/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.46 by jmc, Sun Jul 18 21:27:42 2004 UTC revision 1.120 by utke, Thu Jan 29 21:45:43 2009 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19        echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
20      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
21      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
22      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"
23      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
24        echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
25        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
26        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
27        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
28        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
29      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
30      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
31      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
32      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
33        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
34      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command) STRING        command to run"
35      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
36      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
37      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
38        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
39        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
40        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
41        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
42        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
43        echo "                             (DEF=\"12\")"
44      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
45      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
46      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
# Line 34  usage() Line 48  usage()
48      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
49      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
50      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
51        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
52        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
53        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
54      echo      echo
55      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
56      echo "such as:"      echo "such as:"
57        echo
58      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
59      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
60      echo      echo
61        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
62        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
63        echo
64      exit 1      exit 1
65  }  }
66    
# Line 47  usage() Line 68  usage()
68  build_mpack()  build_mpack()
69  {  {
70      printf "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
71      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
72        if test ! -x $MPACK ; then
73          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
74              echo              echo
75              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 56  build_mpack() Line 78  build_mpack()
78              echo              echo
79              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
80          fi          fi
         printf "building mpack...  "  
81          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
82              export CC=cc              export CC=cc
83          fi          fi
84            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
85          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
86          RETVAL=$?          RETVAL=$?
87          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 70  build_mpack() Line 92  build_mpack()
92          else          else
93              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
94              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
95                echo "done"
96          fi          fi
97      else      else
98          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
99            echo "already exist"
100      fi      fi
     echo "OK"  
101  }  }
102    
103  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
104  {  {
105      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
106      #      #
107      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
108      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
109        #  using search strings s1 and text label
110    
111      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
112          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
113      fi      fi
114      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
115          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
116          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
117          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
118              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
119                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
120              fi              fi
121              return 99              return 99
122          fi          fi
123      else      else
124          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
125          return 99          return 99
126      fi      fi
127      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
128          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
129      fi      fi
130      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
131      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
132      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
133          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
134              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
135          fi          fi
136          return 99          return 99
137      fi      fi
138        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
139            if [ $verbose -gt 0 ]; then
140                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
141            fi
142            return 99
143        fi
144        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
145        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
146            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
147            return 99
148        fi
149        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
150        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
151            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
152            return 99
153        fi
154      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
155          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
156      fi      fi
157      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
158      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
159          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
160      fi      fi
161      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
162          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 124  testoutput_for_prop() Line 164  testoutput_for_prop()
164      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
165      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
166      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
167      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
168      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
169          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
170              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
171          fi          fi
172          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
173      else      else
174          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
175              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
176          fi          fi
177      fi      fi
178      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
# Line 140  testoutput_for_prop() Line 180  testoutput_for_prop()
180      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
181  }  }
182    
183  dashnum()  testoutput_run()
184  {  {
185      # dashnum n1 n2 n3 ...      # testoutput_run directory subdir reference_output
186      #      #
187      #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99      #  test output from 1 run in "directory"
188    # --> same processing for adjoint & forward test
189      for num in $@ ; do          # default list of output variables to be checked:
190          if [ $num = 99 ]; then          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
191              printf ' --'          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
192          else          listChk=$DEF_CHECK_LIST
193              printf '%3i' $num          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
194          fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
195      done          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
196  }          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
197            listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
198  testoutput_ad()                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
199  {          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
200      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt          # check for ptracer output in reference_output file :
201      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt          outpref=$1/results/$3
202      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
203      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
204      join t05.txt t15.txt > t5.txt          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
205      join t06.txt t16.txt > t6.txt              ptrfound=0
206      echo "-1" >> t5.txt              for jj in $ptr_mon ; do
207      echo "-1" >> t6.txt                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
208      digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
209      digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
210      dashnum $digits_5 $digits_6              done
211      rm -f t[01][56].txt t[56].txt              if test $ptrfound = '1' ; then
212  }                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
213                else
214  testoutput()                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
215  {                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
216      # testoutput directory subdir extension                # remove this ptr from the list of output variable to check
217      #                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
218      #  test output in "directory"                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
219      if test "x$ADM" = x ; then                fi
220          if [ $debug -gt 0 ]; then              fi
221              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
222          fi          done
223          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
224          if [ $debug -gt 0 ]; then          if test $tst != 1 ; then
225              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
226          fi                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
227          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
228          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?          #- put it back once:
229          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
230          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?          fi
231          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
232          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
233          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?          allargs=""
234          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?          for xx in $listVar
235          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?          do
236          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?            case $xx in
237          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
238          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
239          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
240          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
241          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
242          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
243          dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
244              $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
245      else             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
246          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
247      fi             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
248               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
249               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
250               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
251               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
252               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
253               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
254               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
255               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
256               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
257               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
258               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
259            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
260               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
261            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
262               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
263            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
264               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
265            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
266               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
267             'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
268             'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
269             'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;
270             'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
271             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
272             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
273             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
274             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
275             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
276             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;
277             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;
278             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
279            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
280            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
281            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
282            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
283            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
284            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
285                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
286              esac
287              if test $xx = $sVar
288              then allargs="$allargs > $yy <"
289              else allargs="$allargs $yy"
290              fi
291            done
292    
293            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
294            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
295            #-- fill line (up to standard length) with dot:
296              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
297              echo $allargs $adNul
298            else
299              echo $allargs
300            fi
301    # <-- same processing for adjoint & forward test
302  }  }
303    
304  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 221  genmakemodel() Line 315  genmakemodel()
315          (          (
316              cd $1;              cd $1;
317              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
318              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
                 command="$command --mods=../code"  
             else  
319                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
320                  command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"              elif test "x$OADM" = xt ; then
321                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
322                else
323                    command="$command --mods=../code"
324              fi              fi
325              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
326                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 233  genmakemodel() Line 328  genmakemodel()
328              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
329                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
330              fi              fi
331                if test "x$GSL" = xt ; then
332                    command="$command -gsl"
333                fi
334                if test "x$MPI" = xt ; then
335                    command="$command -mpi"
336                fi
337                if test "x$TS" = xt ; then
338                    command="$command -ts"
339                fi
340                if test "x$PAPIS" = xt ; then
341                    command="$command -papis"
342                else
343                if test "x$PCLS" = xt ; then
344                    command="$command -pcls"
345                fi
346                fi
347              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
348              $command > make.log 2>&1              # $command > make.log 2>&1
349                eval $command > make.log 2>&1
350              RETVAL=$?              RETVAL=$?
351              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
352              #  cp Makefile $CDIR              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
353              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
354                  tail make.log                  tail make.log
355                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
# Line 254  makeclean() Line 366  makeclean()
366  {  {
367      # makeclean directory      # makeclean directory
368      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
369          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
370      else      else
371          (          (
372              cd $1;              cd $1;
373              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
374              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
375                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
376                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
377                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
378                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
379                      tail make.log                      tail make.log
380                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
381                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
382                      return 1                      return 1
383                  fi                  fi
# Line 278  makeclean() Line 388  makeclean()
388      fi      fi
389  }  }
390    
391    run_clean()
392    {
393        # run_clean directory
394        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
395            echo "run_clean skipped!"
396        else
397            (
398                cd $1;
399                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
400                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
401                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
402                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
403                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
404                find . -type l -exec rm {} \;
405                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
406                rm -rf mnc_test_*
407                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
408                echo successful 1>&2
409                exit 0
410            )
411        fi
412    }
413    
414  makedependmodel()  makedependmodel()
415  {  {
416      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
# Line 308  makemodel() Line 441  makemodel()
441          cd $1;          cd $1;
442          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
443              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
444              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
445                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
446                elif test "x$OADM" = xt ; then
447                    $MAKE adAll >> make.log 2>&1
448                else
449                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
450                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE >> make.log 2>&1
451                  else                  else
452                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
453                  fi                  fi
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
454              fi              fi
455              RETVAL=$?              RETVAL=$?
456              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 342  symlink_mpifiles() Line 477  symlink_mpifiles()
477      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
478            
479      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
480      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
481    
482      #  Is this an MPI run?      #  Is this an MPI run?
483      if test "x$MPI" = xt ; then      if test "x$MPI" = xt ; then
# Line 380  symlink_mpifiles() Line 515  symlink_mpifiles()
515    
516  linkdata()  linkdata()
517  {  {
518      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
519      #      #
520      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
521      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
522          (          (
523              cd $2              cd $1 ; shift
524              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
525                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
526                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
527                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
528                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
529                      fi                      if test ! -r eedata ; then
530                  done                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
531              else                          printf 'eedata.mth ' 1>&2
                 files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
532                      fi                      fi
533                  done                  else
534                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
535                  for i in $files ; do                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
536                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then                  fi
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
                     fi  
                 done  
537              fi              fi
538                prevDir='NONE'
539                for ldir in $* ; do
540                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
541                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
542                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
543                        for i in $files ; do
544                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
545                                if test ! -r $i  ; then
546                                    printf ' '$i 1>&2
547                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
548                                fi
549                            fi
550                        done
551                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
552                            "../"$ldir"/"prepare_run
553                        fi
554                        printf ' ; ' 1>&2
555                    fi
556                    prevDir=$ldir
557                done
558          )          )
559      fi      fi
560  }  }
# Line 419  runmodel() Line 567  runmodel()
567      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
568      (      (
569          cd $1          cd $1
570          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
571          # make output.txt          # make output.txt
572          echo          echo
573          rm -f run.log          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
574          # echo "COMMAND='$COMMAND'"              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
575          # echo "pwd='"`pwd`"'"              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
576          ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1          fi
577          RETVAL=$?          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
578          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
579              tail run.log              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
580            fi
581            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
582                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
583                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
584                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
585                    RETVAL=8
586                    ENDVAL=-1
587            else
588                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
589                  # output do not exist or is older than executable:
590                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
591                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
592                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
593                    RETVAL=$?
594                else
595                    RETVAL=0
596                    if test -f $RUNLOG ; then
597                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
598                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
599                    else
600                        touch $RUNLOG
601                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
602                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
603                        echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
604                    fi
605                fi
606                ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
607            fi
608            rm -f run.log_tmp
609            #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
610            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
611                tail $RUNLOG
612              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
613              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
614              # if test "x$ADM" = x ; then              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
615              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
             # else  
             #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"  
             # fi  
616              return 0              return 0
617          else          else
618              tail run.log              tail $RUNLOG
619              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
620              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
621                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
622              return 1              return 1
623          fi          fi
624      )      )
# Line 450  createcodelet() Line 628  createcodelet()
628  {  {
629      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
630    
631      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
632      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
633  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
634  #include <math.h>  #include <math.h>
635  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
636    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
637    double a,b,diff;    double a,b,abave,relerr;
638    best = -16;    best = -22;
639    lncnt = 0;    lncnt = 0;
640    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
641      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
642      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
643      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
644      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
645      if (diff > 1.e-12) {      if ( abave == abave ) {
646        diff=fabs(a-b)/diff;        if (abave > 0.0) {
647        if (diff > 0.0) {          relerr=fabs(a-b)/abave;
648          linnum = (int)log10(diff);          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
649          best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
650            best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
651          else { cmplin = -22 ; }
652       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
653        }        }
654        else {     else {
655          if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;     /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
656        }        break; }
     }  
657    }    }
658    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
659      if (linnum != -1) best=-99;
660    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
661    return 0;    return 0;
662  }  }
663  EOF  EOF
664      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
665    
666      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
667          echo "OK"          echo "OK"
668          return 0          return 0
669      else      else
670          echo          echo
671          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
672            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
673          exit 1          exit 1
674      fi      fi
675  }  }
# Line 499  formatresults() Line 681  formatresults()
681      nm=$1      nm=$1
682      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
683      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
684      printf '%3s' $@      listPrt=$@
685        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
686        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
687        printf '%3s' $listPrt
688    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
689    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
690            
691      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
692            printf ' N/O '
693        elif [ $xx = '--' ]; then
694            printf ' N/O '
695        elif [ $xx = 99 ]; then
696          printf ' N/O '          printf ' N/O '
697      else      else
698          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
699              printf ' pass'              printf ' pass'
700          else          else
701              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 515  formatresults() Line 706  formatresults()
706            
707  }  }
708    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
 }  
   
709  scandirs()  scandirs()
710  {  {
711      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
712          for arg in * ; do          for arg in * ; do
713              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
714          done          done
715      else      else
716          echo $*          echo $*
717      fi      fi
718  }  }
719    
# Line 553  scandirs() Line 725  scandirs()
725  debug=0  debug=0
726  verbose=1  verbose=1
727  clean=0  clean=0
 expts=''  
 # ieee=1  
728    
729  IEEE=true  IEEE=true
730  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
731      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
732  fi  fi
733    GSL=f
734    
735  CLEANUP=f  CLEANUP=f
736  QUICK=f  QUICK=f
737  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
738  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
739  NODEPEND=f  NODEPEND=f
740    POSTCLEAN=f
741    
742  BASH=  BASH=
743  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
744  ADDRESSES=  ADDRESSES=
745  TESTDIRS=  TESTDIRS=
746    SKIPDIRS=
747  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
748  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
749  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
750  COMMAND=  COMMAND=
751  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
752        MAKE=make
753    fi
754    if test "x$CC" = x ; then
755        CC=cc
756    fi
757  JOBS=  JOBS=
758  MPI=f  MPI=f
759    MULTI_THREAD=f
760    OUTDIR=
761  DELDIR=  DELDIR=
762    
763  ADM=  ADM=
764    OADM=
765    
766    # list of pTracers to check for monitor output
767    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
768    
769    MATCH_CRIT=13
770    
771  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
772    
# Line 611  for ac_option ; do Line 796  for ac_option ; do
796              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
797          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=*)
798              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
799            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
800                ac_prev=MPACKDIR ;;
801            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
802                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
803    
804          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
805              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
806          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
807              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
808    
809            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
810                ac_prev=SKIPDIRS ;;
811            -skipdir=* | --skipdir=*)
812                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
813    
814          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
815              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
816          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 632  for ac_option ; do Line 826  for ac_option ; do
826          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
827              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
828    
829            -odir | --odir)
830                ac_prev=OUTDIR ;;
831            -odir=* | --odir=*)
832                OUTDIR=$ac_optarg ;;
833    
834            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
835                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
836            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
837                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
838    
839            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
840            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
841    
842          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j) ac_prev=JOBS ;;
843          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
844    
845          -clean | --clean)          -clean | --clean)
846              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
847    
848          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
849              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 647  for ac_option ; do Line 854  for ac_option ; do
854          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
855              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
856    
857            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
858                POSTCLEAN=t ;;
859    
860          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
861    
862            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
863    
864          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
865    
866            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
867    
868          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
869          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
870            -gsl) GSL=t ;;
871    
872          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
873          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 660  for ac_option ; do Line 875  for ac_option ; do
875    
876          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
877    
878            -ts) TS=t;;
879    
880            -papis) PAPIS=t;;
881    
882            -pcls) PCL=t;;
883    
884          -*)          -*)
885              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
886              usage              usage
# Line 680  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 901  if test "x$QUICK" = xt ; then
901      NODEPEND=t      NODEPEND=t
902  fi  fi
903    
904    #- setting for forward or ADM testing
905    if test "x$ADM" = xt ; then
906        code_dir=code_ad
907        inputdir=input_ad
908        ref_outp="output_adm.txt"
909        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
910    elif test "x$OADM" = xt ; then
911        code_dir=code_oad
912        inputdir=input_oad
913        ref_outp="output_oadm.txt"
914        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
915    else
916        code_dir=code
917        inputdir=input
918        ref_outp="output.txt"
919        EXECUTABLE="mitgcmuv"
920    fi
921    
922  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
923      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
924    else
925        #- expand group of experiments:
926        LIST=" "
927        for xx in $TESTDIRS
928        do
929          case $xx in
930            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
931                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
932                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
933                    ;;
934            'tutorials')
935                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
936            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
937          esac
938        done
939  fi  fi
940    #echo 'LIST='${LIST}'<'
941    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
942    TESTDIRS=" "
943    count=0
944    for xx in $LIST
945    do
946        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
947        if test $yy = 0 ; then
948            if test -d $xx ; then
949                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
950                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
951            else count=1 ;
952                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
953            fi
954        else
955            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
956            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
957            fi
958        fi
959    done
960    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
961    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
962    
963  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
964      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
965  fi  fi
966    
967  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  RUNLOG="run.log"
968      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"  OUTPUTFILE=$ref_outp
 fi  
   
969  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
970      COMMAND="$MAKE output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
971    fi
972    if test "x$MPI" = xt ; then
973        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
974  fi  fi
975    
976  echo "OK"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
977    
978    # set the Default List of output variables to be checked:
979    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
980    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
981    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
982    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
983        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
984        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
985        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
986        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
987        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
988    else
989        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
990        EMPTY_RESULTS='.. ..'
991        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
992    fi
993    
994  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
995  createcodelet  createcodelet
996    
997  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
998  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
999      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1000  else  else
1001      build_mpack      build_mpack
1002  fi  fi
1003    
1004  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1005    CMDLINE=$0
1006    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1007        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1008                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1009    done
1010    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1011  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1012  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1013  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1014  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1015    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1016        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1017    fi
1018  DNUM=0  DNUM=0
1019  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1020  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 726  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1028  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1028      exit 1      exit 1
1029  fi  fi
1030  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 printf "Start time:  " >> $SUMMARY  
1031  start_date=`date`  start_date=`date`
1032  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1033    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1034    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1035    
1036  of_path=  of_path=
1037  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 757  else Line 1060  else
1060  fi  fi
1061  echo  echo
1062  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1063  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1064      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1065                  T           S           U           V      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1066  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1067  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1068  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1069  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1070        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1071  EOF      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1072        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1073        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1074            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1075            line_1="$line_1        m  s"
1076            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1077            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1078            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1079        done
1080        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1081        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1082        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1083        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1084        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1085        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1086  else  else
1087      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1088      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1089        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1090        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1091        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1092        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1093      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1094  G D M    C  G  G D M    C  G
1095  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 781  fi Line 1102  fi
1102  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1103  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1104            
1105        # set builddir & rundir:
1106        builddir="build"
1107        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1108        rundir="run"
1109        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1110            rundir=$builddir
1111        fi
1112        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1113        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1114    
1115      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1116      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1117          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then
1118              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/$builddir
1119                ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )
1120          fi          fi
1121          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1122              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir
1123                run_clean $dir/$rundir
1124          fi          fi
1125            (
1126                cd $dir
1127                rm -rf tr_run.*
1128            )
1129          continue          continue
1130      fi      fi
1131    
1132      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1133      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1134      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1135      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1136          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1137          continue          continue
1138      fi      fi
1139    
1140      builddir="input"      # Check for specific files for particular type of run
     rundir="input"  
     use_seperate_build=0  
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
     fi  
       
     #  Check whether there are "extra runs" for this testdir  
     extra_runs=  
     if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then  
         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`  
         echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"  
         for exd in $ex_run_dirs ; do  
             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`  
             outf="$dir/results/output.txt.$name"  
             if test -f $outf -a -r $outf ; then  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
             fi  
         done  
     fi  
   
     if test "x$ADM" = x ; then  
         code_dir=code  
         CODE_DIR=$dir/code  
     else  
         code_dir=code_ad  
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
     fi  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
1141    
1142      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1143          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1144          continue          continue
1145      fi      fi
1146        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1147            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1148            continue
1149        fi
1150    
1151        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1152        extra_runs=
1153        ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1154        #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1155        for exd in $ex_run_dirs ; do
1156            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1157            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1158            outf="$dir/results/$refExOut"
1159            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1160                if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1161                    if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1162                        extra_runs="$extra_runs $name"
1163                    #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1164                    fi
1165                else
1166                    extra_runs="$extra_runs $name"
1167                fi
1168            fi
1169        done
1170    
1171      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1172      echo      echo
1173      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1174           echo "Experiment:  $dir"
1175        else
1176           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1177        fi
1178      echo      echo
1179      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1180      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1181    
1182      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1183      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 856  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1185  for dir in $TESTDIRS ; do
1185      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1186            
1187      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1188          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1189            makeclean $dir/$builddir \
1190                && run_clean $dir/$rundir
1191      else      else
1192          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1193              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1194                && run_clean $dir/$rundir \
1195              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1196              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1197              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1198              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
1199              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1200              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1201      fi      fi
1202            
1203      echo      echo
     if test "x$ADM" = x ; then  
1204          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1205          echo          echo
1206          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1207          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          touch $CDIR"/summary.txt"
1208            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1209          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1210          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1211          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1212          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1213            if test "x$ADM" = xt ; then
1214                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1215                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1216                                    >> $CDIR"/summary.txt"
1217            fi
1218    
         OLD_COMMAND=$COMMAND  
         COMMAND="./mitgcmuv > output.txt"  
1219          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1220              test -e "$dir/tr_run.$ex" && rm -rf "$dir/tr_run.$ex"              unset run
1221              mkdir "$dir/tr_run.$ex"              results=$EMPTY_RESULTS
1222              links=`( cd "$dir/input" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              #  reference output file
1223              (              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1224                  cd "$dir/tr_run.$ex"              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1225                  for i in $links; do              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1226                      ln -s ../input/$i $i              mkdir $rel_CDIR
1227                  done              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1228              )              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1229              links=`( cd "$dir/input.$ex" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              run_clean $dir/tr_run.$ex
1230              (              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
                 cd "$dir/tr_run.$ex"  
                 for i in $links; do  
                     test -e $i  &&  rm -f $i  
                     ln -s ../input.$ex/$i $i  
                 done  
                 ln -s ../$builddir/mitgcmuv mitgcmuv  
             )  
1231              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1232                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
1233              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1234              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1235              echo              echo
1236              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1237              echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              touch $CDIR"/summary.txt"
1238                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1239              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1240              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1241              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1242              echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1243                if test "x$ADM" = xt ; then
1244                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1245                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1246                                       >> $CDIR"/summary.txt"
1247                fi
1248                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1249                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1250                fi
1251          done          done
1252          COMMAND=$OLD_COMMAND  
1253      else      #postclean $dir/$builddir
1254          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1255          fres=$fres"$results   $dir"          makeclean $dir/$builddir \
1256          echo              && run_clean $dir/$rundir
         echo "$fres" >> $SUMMARY  
         echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1257      fi      fi
1258            
1259      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
# Line 931  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1261  for dir in $TESTDIRS ; do
1261  done  done
1262    
1263  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1264  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1265  printf "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1266  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1267    
# Line 962  else Line 1292  else
1292      fi      fi
1293  fi  fi
1294    
1295  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
 rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  
1296    
1297  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1298      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1299      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1300          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1301      fi      fi
1302      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1303  fi  fi
1304    
1305  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then

Legend:
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changed lines
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