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revision 1.120 by utke, Thu Jan 29 21:45:43 2009 UTC revision 1.171 by jmc, Wed Mar 14 02:34:20 2012 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18        echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
19        echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
20        echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
21      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
22      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
23      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
24        echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
25      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
26      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
27      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
28      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
29      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
30      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
31      echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
32        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
33        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
34      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
35      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
36      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
37      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
38      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
39      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
40      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
41      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
42      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
43      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
44      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
45      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
46      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"  #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
47      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"  #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
48      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
49      echo "                             (DEF=\"12\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
50      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
51      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
52        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
53        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
54        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
55        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
56      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
57      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
58      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
59      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
60        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
61        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
62      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
63      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
64      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
# Line 104  testoutput_var() Line 116  testoutput_var()
116  {  {
117      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
118      #      #
119      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
120      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
121      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
122    
# Line 176  testoutput_var() Line 188  testoutput_var()
188          fi          fi
189      fi      fi
190      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
191        
192      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
193  }  }
194    
# Line 229  testoutput_run() Line 241  testoutput_run()
241            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
242          fi          fi
243          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
244          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
245            #---
246          allargs=""          allargs=""
247          for xx in $listVar          for xx in $listVar
248          do          do
# Line 238  testoutput_run() Line 251  testoutput_run()
251                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
252                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
253                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
254            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  ref_cost_function" "ADM CostFct" $2 $3; yy=$? ;;
255            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;           'AdGrd') testoutput_var $1 "ADM  adjoint_gradient"  "ADM Ad Grad" $2 $3; yy=$? ;;
256             'FDGrd') testoutput_var $1 "ADM  finite-diff_grad"  "ADM FD Grad" $2 $3; yy=$? ;;
257             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
258             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
259             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
# Line 264  testoutput_run() Line 278  testoutput_run()
278             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
279          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
280             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
281           'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
282           'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
283           'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
284           'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
285           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
286           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
287           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
288           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
289           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
290           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
291           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
292           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
293             'uSImn') testoutput_var $1 "seaice_uice_min"   "SIce Uice min"   $2 $3; yy=$? ;;
294             'uSImx') testoutput_var $1 "seaice_uice_max"   "SIce Uice max"   $2 $3; yy=$? ;;
295             'uSIav') testoutput_var $1 "seaice_uice_mean"  "SIce Uice mean"  $2 $3; yy=$? ;;
296             'uSIsd') testoutput_var $1 "seaice_uice_sd"    "SIce Uice StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
297             'vSImn') testoutput_var $1 "seaice_vice_min"   "SIce Vice min"   $2 $3; yy=$? ;;
298             'vSImx') testoutput_var $1 "seaice_vice_max"   "SIce Vice max"   $2 $3; yy=$? ;;
299             'vSIav') testoutput_var $1 "seaice_vice_mean"  "SIce Vice mean"  $2 $3; yy=$? ;;
300             'vSIsd') testoutput_var $1 "seaice_vice_sd"    "SIce Vice StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
301          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
302          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
303          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
# Line 291  testoutput_run() Line 313  testoutput_run()
313          done          done
314    
315          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
316          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
317          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
318            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
319            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
320          else          else
321            echo $allargs            echo $allargs
322          fi          fi
323  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
324  }  }
325    
# Line 315  genmakemodel() Line 337  genmakemodel()
337          (          (
338              cd $1;              cd $1;
339              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
340                if test "x$MKDEPEND" != x ; then
341                    command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
342                fi
343              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
344                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
345              elif test "x$OADM" = xt ; then              elif test "x$OADM" = xt ; then
346                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
347              else              else
348                  command="$command --mods=../code"                  command="$command -mods=../code"
349              fi              fi
350              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
351                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
352              fi              fi
353              if test "x$IEEE" != x ; then              if test $OptLev = 1 ; then
354                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
355                fi
356                if test $OptLev = 0 ; then
357                    command="$command -devel"
358              fi              fi
359              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
360                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
361              fi              fi
362              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" != x0 ; then
363                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
364              fi              fi
365                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
366                #- run multi-threaded using OpenMP:
367                    command="$command -omp"
368                fi
369                if test "x$USE_R4" = xt ; then
370                    command="$command -use_r4"
371                fi
372                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
373                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
374                fi
375              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
376                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
377              fi              fi
378              if test "x$PAPIS" = xt ; then              if test "x$PAPIS" = xt ; then
379                  command="$command -papis"                  command="$command -papis"
380              else              else
381              if test "x$PCLS" = xt ; then              if test "x$PCLS" = xt ; then
382                  command="$command -pcls"                  command="$command -pcls"
383              fi              fi
384              fi              fi
385              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... '
386              # $command > make.log 2>&1              eval $command > genmake.tr_log 2>&1
             eval $command > make.log 2>&1  
387              RETVAL=$?              RETVAL=$?
388              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
389              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
390              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
391                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
392                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
393                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
394                  return 1                  return 1
395              else              else
396                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
397              fi              fi
398          )          )
399      fi      fi
# Line 365  genmakemodel() Line 402  genmakemodel()
402  makeclean()  makeclean()
403  {  {
404      # makeclean directory      # makeclean directory
405        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
406      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
407          echo "make Clean skipped!"          echo "make Clean skipped!"
408      else      else
# Line 372  makeclean() Line 410  makeclean()
410              cd $1;              cd $1;
411              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
412              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
413                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
414                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
415                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
416                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
417                      tail make.log                      tail make.tr_log
418                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
419                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
420                      return 1                      return 1
421                  fi                  fi
422                    echo successful
423                else
424                    echo ''
425              fi              fi
             echo successful 1>&2  
426              exit 0              exit 0
427          )          )
428      fi      fi
# Line 396  run_clean() Line 436  run_clean()
436      else      else
437          (          (
438              cd $1;              cd $1;
439              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1              printf 'clean run-dir ... '
440              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
441              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
442              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
443              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
444              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
445              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime              #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)
446                rm -f $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
447              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
448              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
449              echo successful 1>&2              echo successful
450              exit 0              exit 0
451          )          )
452      fi      fi
# Line 419  makedependmodel() Line 460  makedependmodel()
460      else      else
461          (          (
462              cd $1;              cd $1;
463              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
464              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
465              RETVAL=$?              RETVAL=$?
466              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
467                  tail make.log                  tail make.tr_log
468                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
469                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
470                  return 1                  return 1
471              else              else
472                  echo successful 1>&2                  echo successful
473              fi              fi
474          )          )
475      fi      fi
# Line 438  makemodel() Line 479  makemodel()
479  {  {
480      # makemodel directory      # makemodel directory
481      (      (
482        mk_fail=0
483        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
484            cd $1;
485            if test -x $EXECUTABLE ; then
486                echo "make skipped!"
487            else
488                echo "no executable!"
489                mk_fail=3
490            fi
491        else
492          cd $1;          cd $1;
493          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
494              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
495              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$REPLMAKE" = x ; then
496                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
497              elif test "x$OADM" = xt ; then              else
498                  $MAKE adAll >> make.log 2>&1                  $REPLMAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
             else  
                 if test "x$JOBS" = x ; then  
                     $MAKE >> make.log 2>&1  
                 else  
                     $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1  
                 fi  
499              fi              fi
500              RETVAL=$?              RETVAL=$?
501              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
502                  tail make.log                  tail make.tr_log
503                  echo failed 1>&2                  echo failed
504                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
505                  return 1                  tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
506                    rm -f $EXECUTABLE
507                    mk_fail=1
508              else              else
509                  echo successful 1>&2                  echo successful
510              fi              fi
511            else
512                echo "no Makefile !"
513                mk_fail=2
514          fi          fi
515        fi
516        if test "x$ADM" = xt -a -f taf_ad.log ; then
517                head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
518                nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
519                nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
520                echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
521                                    >> $CDIR"/summary.txt"
522        fi
523        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
524      )      )
525  }  }
526    
527    mk_mpi_size()
528    {
529        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb prefer_to_split_X
530        #
531        # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
532        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
533        # return the effective number of processors.
534    
535        inp=$1
536        out=$2
537        np=$3
538        dirX=$4
539        tmp=TTT.$$
540    
541        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
542        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
543        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
544        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
545    
546        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
547        pp=0
548        i=1
549        while [ $i -le $px ] ; do
550          if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then
551            j=1
552            while [ $j -le $py ] ; do
553              if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
554                ij=`expr $i \* $j`
555                if [ $ij -gt $pp ] ; then
556                    flag=1
557                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
558                    flag=$dirX
559                else
560                    flag=0
561                fi
562                if test $flag = 1 ; then
563                  if [ $ij -le $np ] ; then
564                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
565                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
566                  fi
567                fi
568              fi
569              j=`expr $j + 1`
570            done
571          fi
572          i=`expr $i + 1`
573        done
574    
575        #- create new SIZE.h type file:
576        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
577        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
578        if [ $verbose -gt 1 ]; then
579            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
580        fi
581        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
582        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
583        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
584        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
585        rm -f $tmp
586        return $pp
587    }
588    
589  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
590  {  {
591      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 473  symlink_mpifiles() Line 594  symlink_mpifiles()
594    
595      dir=$1      dir=$1
596      code_dir=$2      code_dir=$2
597      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
598      CODE_DIR=$dir/$code_dir  
       
599      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
600      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
601    
602      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
603      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
604          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
605          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
606          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
607              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
608              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
609              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
610              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
611              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
612                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
613                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
614                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
615                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
616                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
617                        rm -f $build_dir/$name
618                  fi                  fi
619              fi              fi
620          done          else
621      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
622                    # dir so long as there is no real file in place
623                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
624                RETVAL=$?
625                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
626                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
627                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
628                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
629                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
630                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
631                    fi
632                fi
633            fi
634        done
635  }  }
636    
637  linkdata()  linkdata()
# Line 521  linkdata() Line 642  linkdata()
642      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
643          (          (
644              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
645                echo 'linkdata from dirs:' $*
646                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
647                for xx in $inpMPI ; do
648                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
649                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
650                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
651                    if test "x$MPI" = "x0" ; then
652                        # not mpi test: remove symbolic link
653                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
654                    else
655                        # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
656                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
657                        if test ! -r $yy ; then
658                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
659                            printf " $xx" 1>&2
660                        fi
661                    fi
662                  fi
663                done
664              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
665              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
666                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
667                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
668                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
669                      if test ! -r eedata ; then                      if test ! -r eedata ; then
670                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
671                          printf 'eedata.mth ' 1>&2                          printf ' eedata.mth' 1>&2
672                      fi                      fi
673                  else                  else
674                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
# Line 538  linkdata() Line 678  linkdata()
678              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
679              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
680                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
681                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
682                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
683                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
684                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 548  linkdata() Line 688  linkdata()
688                              fi                              fi
689                          fi                          fi
690                      done                      done
691                        printf ' ;' 1>&2
692                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
693                          "../"$ldir"/"prepare_run                          "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
694                        else
695                            echo '' 1>&2
696                      fi                      fi
                     printf ' ; ' 1>&2  
697                  fi                  fi
698                  prevDir=$ldir                  prevDir=$ldir
699              done              done
# Line 563  runmodel() Line 705  runmodel()
705  {  {
706      # runmodel directory      # runmodel directory
707      #      #
708      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
709      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
710      (      (
711          cd $1          cd $1
712          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
713          # make output.txt          if test "x$MPI" != x0 ; then
714          echo              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
715          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
716              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
717              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
718                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
719                fi
720                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
721            fi
722            if test -L $EXECUTABLE ; then
723              if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
724                cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
725                outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
726              else rm -f $EXECUTABLE
727              fi
728          fi          fi
729          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
730              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
731              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
732          fi          fi
733          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
734                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
735                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
736                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
737                  RETVAL=8              RETVAL=8
738                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
739          else          else
740              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
741                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
742                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
743                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
744                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
745                  RETVAL=$?              RETVAL=$?
746              else              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
747                  RETVAL=0              if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
748                  if test -f $RUNLOG ; then                  find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
749                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                  find . -name "*.data" -exec rm {} \;
750                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                  rm -rf mnc_test_*
751                  else              fi
752                      touch $RUNLOG            else
753                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              RETVAL=0
754                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
755                      echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1              touch $RUNLOG
756                  fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
757              fi              echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
758              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            fi
759          fi          fi
760          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
761          #if test "x$RETVAL" = x0 ; then          #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE (and AD time)
762            if test -f $OUTPUTFILE ; then
763              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
764                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"
765              if test "x$ADM" = xt ; then
766                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"
767              fi
768            fi
769            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
770          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
771              tail $RUNLOG              echo successful
772              echo successful 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
773              # === Reduce the size of the testing emails!              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
774              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE              return 0
775              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
776                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
777                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
778                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
779                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
780              return 0              return 0
781          else          else
782              tail $RUNLOG              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
783              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
784                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
785              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
786              return 1              return 1
787          fi          fi
788      )      )
# Line 668  EOF Line 832  EOF
832          return 0          return 0
833      else      else
834          echo          echo
835          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
836          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
837          exit 1          exit 1
838      fi      fi
# Line 687  formatresults() Line 851  formatresults()
851      printf '%3s' $listPrt      printf '%3s' $listPrt
852  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
853  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
854        
855      if [ $xx = '..' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
856          printf ' N/O '          printf ' N/O '
857      elif [ $xx = '--' ]; then      elif [ $xx = '--' ]; then
# Line 703  formatresults() Line 867  formatresults()
867      fi      fi
868      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
869      printf '\n'      printf '\n'
870        
871  }  }
872    
873  scandirs()  scandirs()
# Line 718  scandirs() Line 882  scandirs()
882  }  }
883    
884    
885    check_eedata()
886    {
887        # check_eedata eedata size.h
888        if [ $# -eq 2 ] ; then
889         if test -f $1 -a -f $2 ; then
890          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
891          sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
892          if test "x$nx" = x ; then
893            rx=10
894          else
895            rx=`expr $sx % $nx`
896          fi
897          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
898          sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
899          if test "x$ny" = x ; then
900            ry=20
901          else
902            ry=`expr $sy % $ny`
903          fi
904          echo `expr $rx + $ry`
905         else
906          echo '-1'
907         fi
908        elif [ $# -eq 1 ] ; then
909         if test -f $1 ; then
910          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
911          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
912          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
913          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
914         #echo $nx $ny
915          echo $nx
916         else
917          echo '-1'
918         fi
919        else
920          echo '-2'
921        fi
922    
923    }
924    
925  ###############################################################################  ###############################################################################
926    
927    
928  #  Default properties  #  Default properties
929  debug=0  debug=0
930  verbose=1  verbose=1
931  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
932    
933  IEEE=true  OptLev=1
 if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  
     IEEE=$MITGCM_IEEE  
 fi  
934  GSL=f  GSL=f
935    
936  CLEANUP=f  CLEANUP=f
937    NORUN=f
938  QUICK=f  QUICK=f
939    NOMAKE=f
940  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
941  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
942  NODEPEND=f  NODEPEND=f
943  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
944    
945  BASH=  BASH=
946  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 748  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6" Line 951  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
951  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
952  MPACK=  MPACK=
953  COMMAND=  COMMAND=
954    MKDEPEND=
955  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
956      MAKE=make      MAKE=make
957  fi  fi
958    REPLMAKE=
959  if test "x$CC" = x ; then  if test "x$CC" = x ; then
960      CC=cc      CC=cc
961  fi  fi
962  JOBS=  JOBS=
963  MPI=f  TARG=
964    MPI=0
965    MPI_MFILE=
966  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
967  OUTDIR=  OUTDIR=
968  DELDIR=  DELDIR=
969    USE_R4=
970    EXTRFLG=
971    
972  ADM=  ADM=
973  OADM=  OADM=
# Line 766  OADM= Line 975  OADM=
975  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
976  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
977    
978  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=10
979    
980  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
981    
# Line 781  for ac_option ; do Line 990  for ac_option ; do
990      fi      fi
991    
992      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
993        
994      case $ac_option in      case $ac_option in
995                    
996          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
997              usage ;;  
998                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
999          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
1000              ac_prev=OPTFILE ;;  
1001          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
1002              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
1003                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
1004          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
1005              ac_prev=ADDRESSES ;;  
1006          -addr=* | --addr=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
1007              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
1008          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
1009              ac_prev=MPACKDIR ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
1010          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
1011              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1012            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1013          -tdir | --tdir | -t | --t)  
1014              ac_prev=TESTDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1015          -tdir=* | --tdir=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1016              TESTDIRS=$ac_optarg ;;  
1017            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1018          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1019              ac_prev=SKIPDIRS ;;  
1020          -skipdir=* | --skipdir=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1021              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1022    
1023          -bash | --bash | -b | --b)          -repl_mk | --repl_mk ) ac_prev=REPLMAKE ;;
1024              ac_prev=BASH ;;          -repl_mk=* | --repl_mk=*) REPLMAKE=$ac_optarg ;;
1025          -bash=* | --bash=*)  
1026              BASH=$ac_optarg ;;          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1027            -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1028          -command | --command | -c | --c)  
1029              ac_prev=COMMAND ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1030          -command=* | --command=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
             COMMAND=$ac_optarg ;;  
   
         -make | --make | -m | --m)  
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
1031    
1032          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1033          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1034    
1035          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1036          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1037    
1038          -clean | --clean)          -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1039              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;          -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1040    
1041          -quick | --quick | -q | --q)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             QUICK=t ;;  
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
1042    
1043          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1044              POSTCLEAN=t ;;          -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1045            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1046            -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1047            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1048            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1049            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1050    
1051            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1052            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1053    
1054            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1055            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1056            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1057    
1058          -mpi) MPI=t ;;          -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1059            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1060    
1061          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1062    
1063          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
   
1064          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1065    
1066          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1067          -noieee) IEEE= ;;                   printf " ... " ;;
1068          -gsl) GSL=t ;;          -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1069                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1070            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1071            -devel) OptLev=0 ;;
1072            -gsl) GSL=t ;;
1073    
1074          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1075          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 875  for ac_option ; do Line 1077  for ac_option ; do
1077    
1078          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1079    
1080          -ts) TS=t;;          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1081    
1082            -ts) TS=t;;
1083          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
   
1084          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1085    
1086          -*)          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1087              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              usage ;;
1088              usage          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1089              ;;              usage ;;
1090            
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
           
1091       esac       esac
1092        
1093  done  done
1094    
1095  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 901  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1098  if test "x$QUICK" = xt ; then
1098      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1099  fi  fi
1100    
1101    #- check length of MPI machine file:
1102    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1103        if test -r $MPI_MFILE ; then
1104            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1105            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1106              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1107              usage
1108            fi
1109            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1110                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1111            fi
1112        else
1113              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1114              usage
1115        fi
1116    fi
1117    
1118  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1119  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
1120        if test "x$TARG" = xobj ; then TARG=adobj ; else TARG=adall ; fi
1121      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
1122      inputdir=input_ad      inputdir=input_ad
1123      ref_outp="output_adm.txt"      ref_outp="output_adm.txt"
1124      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1125  elif test "x$OADM" = xt ; then  elif test "x$OADM" = xt ; then
1126        TARG=adAll
1127      code_dir=code_oad      code_dir=code_oad
1128      inputdir=input_oad      inputdir=input_oad
1129      ref_outp="output_oadm.txt"      ref_outp="output_oadm.txt"
1130      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1131  else  else
1132        if test "x$JOBS" != x ; then TARG="-j $JOBS $TARG" ; fi
1133      code_dir=code      code_dir=code
1134      inputdir=input      inputdir=input
1135      ref_outp="output.txt"      ref_outp="output.txt"
1136      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
1137  fi  fi
1138    
1139    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1140  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1141      LIST=`scandirs results/$ref_outp`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1142    elif test $xx = 'start_from' ; then
1143        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1144        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1145  else  else
1146      #- expand group of experiments:      #- expand group of experiments:
1147      LIST=" "      LIST=" "
# Line 935  else Line 1156  else
1156                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1157          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1158        esac        esac
1159      done      done
1160  fi  fi
1161  #echo 'LIST='${LIST}'<'  #echo 'LIST='${LIST}'<'
1162  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
# Line 956  do Line 1177  do
1177          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1178          fi          fi
1179      fi      fi
1180  done  done
1181  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1182  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1183    
# Line 964  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1185  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1185      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1186  fi  fi
1187    
1188  RUNLOG="run.log"  LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1189    RUNLOG="run.tr_log"
1190  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1191  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1192      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1193  fi  fi
1194  if test "x$MPI" = xt ; then  if test "x$MPI" != x0 ; then
1195      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1196  fi  fi
1197    
# Line 986  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1208  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1208      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1209      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1210  else  else
1211      DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'      DEF_CHECK_LIST='AdGrd Cost AdGrd FDGrd'
1212      EMPTY_RESULTS='.. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1213      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1214  fi  fi
1215    
1216  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1217  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1218        echo "skipping comparison code build"
1219    else
1220        createcodelet
1221    fi
1222    
1223  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1224  if test "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
# Line 1014  DATE=`date +%Y%m%d` Line 1240  DATE=`date +%Y%m%d`
1240  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1241  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1242      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1243    else
1244        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1245        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1246  fi  fi
1247  DNUM=0  DNUM=0
1248  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
# Line 1055  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1284  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1284      fi      fi
1285  else  else
1286      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1287      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1288      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1289  fi  fi
1290  echo  echo
1291  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1292  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1293      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1294      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1295      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1296         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
 #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"  
1297      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1298      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="e p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1299      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="n n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1300      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1301      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1302          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
# Line 1086  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1314  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1314  else  else
1315      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1316      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1317      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1318      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1319      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1320      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1321      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1322  G D M    C  G  G D M    C  A  F
1323  E p a R  o  r  e p a R  o  d  D
1324  N n k u  s  a  n n k u  s  G  G
1325  2 d e n  t  d  2 d e n  t  r  r
1326    
1327  EOF  EOF
1328  fi  fi
1329    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1330    
1331  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1332  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1333        
1334      # set builddir & rundir:      # set builddir & rundir:
1335      builddir="build"      builddir="build"
1336      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1337      rundir="run"      rundir="run"
1338        pfxdir="tr_$rundir"
1339      if test ! -d $dir/$rundir ; then      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1340          rundir=$builddir          rundir=$builddir
1341      fi      fi
# Line 1114  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1344  for dir in $TESTDIRS ; do
1344    
1345      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1346      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1347          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1348              echo '  ------  clean dir:' $dir/$builddir          makeclean $BUILD_DIR
1349              ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )          (   cd $BUILD_DIR
1350          fi              rm -f $EXECUTABLE *.bak
1351                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1352                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1353            )
1354          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1355              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1356              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1357          fi          fi
1358          (          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1359              cd $dir          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1360              rm -rf tr_run.*          if test $ttd != 0 ; then
1361          )              echo '  --- rm dir:' $trdir
1362                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1363            fi
1364          continue          continue
1365      fi      fi
1366    
1367      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1368      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1369      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1370      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
# Line 1139  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1374  for dir in $TESTDIRS ; do
1374    
1375      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1376    
1377      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1378          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1379          continue          continue
1380      fi      fi
# Line 1148  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1383  for dir in $TESTDIRS ; do
1383          continue          continue
1384      fi      fi
1385    
1386        if test "x$MPI" != "x0" ; then
1387            prefer_X=0
1388            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1389                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth"`
1390                if test $retv = 1 ; then prefer_X=1 ; fi
1391            fi
1392            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1393            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $prefer_X
1394            LOC_NPROC=$?
1395            (   cd $BUILD_DIR
1396                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1397                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1398                else RETVAL=1
1399                fi
1400                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1401                    rm -f tr_size.mpi
1402                else
1403                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1404                fi
1405            )
1406            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1407                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1408                rm -f $LOC_MFILE
1409                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1410                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1411                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1412                    rm -f $LOC_MFILE
1413                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1414                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1415                fi
1416                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1417                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1418                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1419                fi
1420            fi
1421            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1422                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1423                if test $retv != 0 ; then
1424                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1425                    continue
1426                fi
1427            fi
1428        fi
1429    
1430      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1431      extra_runs=      extra_runs=
1432      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`      if test "x$NORUN" = xf ; then
1433            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1434        fi
1435      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1436      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1437          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1438          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1439          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1440          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1441              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1442                  if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1443                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
1444                    extra_runs="$extra_runs $name"
1445                  else
1446                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1447                    if test $retv = 0 ; then
1448                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1449                  #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"                  else
1450                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1451                  fi                  fi
1452              else                fi
1453                  extra_runs="$extra_runs $name"              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1454              fi              fi
1455              else
1456                extra_runs="$extra_runs $name"
1457              fi
1458          fi          fi
1459      done      done
1460    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1461      echo      echo
1462      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1463         echo "Experiment:  $dir"         echo "Experiment:  $dir"
1464      else      else
1465         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
# Line 1179  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1468  for dir in $TESTDIRS ; do
1468      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1469      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1470    
1471      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1472      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1473      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1474      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      #- report to this experiment local summary file ---
1475            echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1476      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1477          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1478          makeclean $dir/$builddir \      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1479              && run_clean $dir/$rundir  
1480        if test "x$NORUN" = xt ; then
1481                run=N
1482            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1483                && makeclean $dir/$builddir \
1484                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1485                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1486                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1487      else      else
1488          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1489              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
             && run_clean $dir/$rundir \  
1490              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1491              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1492              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1493              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \              && run_clean $dir/$rundir \
1494                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1495              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1496              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1497      fi      fi
1498            #echo "results='$results'"
1499      echo  
1500          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1501          echo          echo 1>&2
1502          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1503          touch $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         if test "x$ADM" = xt ; then  
             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                                 >> $CDIR"/summary.txt"  
         fi  
1504    
1505          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1506              unset run              unset run
1507              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1508              #  reference output file              #  reference output file
1509              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1510              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1511              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1512              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1513              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              #- report to this experiment local summary file ---
1514              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1515              run_clean $dir/tr_run.$ex              #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1516              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input              #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1517              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1518              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1519                run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1520                linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1521                runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1522                && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1523              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1524              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1525              echo              echo 1>&2
1526              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1527              touch $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1528              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1529              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
             echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             if test "x$ADM" = xt ; then  
                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \  
                                    >> $CDIR"/summary.txt"  
             fi  
             if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then  
                 run_clean $dir/tr_run.$ex  
1530              fi              fi
1531          done          done
1532    
1533        if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1534            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1535                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1536                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1537                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1538                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1539                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1540                    eval $mkOpt
1541                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1542                            $SUMMARY > tr_0.tmp_log
1543                    RETVAL=$?
1544                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1545                            cp tr_0.tmp_log $SUMMARY
1546                    else rm -f tr_0.tmp_log
1547                    fi
1548                fi
1549                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1550                grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1551                RETVAL=$?
1552                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1553                    echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state
1554                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \
1555                            | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log
1556                    sed -n '1p' tr_1.tmp_log >> $DRESULTS/genmake_state
1557                    sed -n '2,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1558                            >> $DRESULTS/genmake_state
1559                    rm -f tr_1.tmp_log
1560                fi
1561            fi
1562        fi
1563      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1564      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1565          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1566              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1567      fi      fi
1568            if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1569    
1570      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1571        
1572  done  done
1573    
1574  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
# Line 1286  else Line 1597  else
1597              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1598              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1599              echo              echo
1600                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1601                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1602          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1603      fi      fi
1604  fi  fi
1605    
1606  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1607        rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1608    fi
1609    
1610  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1611      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
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