/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.120 by utke, Thu Jan 29 21:45:43 2009 UTC revision 1.160 by jmc, Tue Mar 29 11:51:20 2011 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17        echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18        echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
19      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
20      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
21      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
22      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
23        echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
24      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
25      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
26      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
27      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
28      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
29      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
30      echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
31        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
32        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
33      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
34      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
35      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
36      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
37      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
38      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
39      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
40      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
41      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
42      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
43      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
44      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
45      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"  #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
46      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"  #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
47      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
48      echo "                             (DEF=\"12\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
49      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
50      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
51        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
52        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
53      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
54      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
55      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
56      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
57        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
58        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
59      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
60      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
61      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
# Line 104  testoutput_var() Line 113  testoutput_var()
113  {  {
114      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
115      #      #
116      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
117      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
118      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
119    
# Line 176  testoutput_var() Line 185  testoutput_var()
185          fi          fi
186      fi      fi
187      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
188        
189      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
190  }  }
191    
# Line 229  testoutput_run() Line 238  testoutput_run()
238            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
239          fi          fi
240          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
241          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
242            #---
243          allargs=""          allargs=""
244          for xx in $listVar          for xx in $listVar
245          do          do
# Line 264  testoutput_run() Line 274  testoutput_run()
274             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
275          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
276             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
277           'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
278           'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
279           'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
280           'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
281           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
282           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
283           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
284           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
285           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
286           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
287           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
288           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
289          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
290          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
291          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
# Line 291  testoutput_run() Line 301  testoutput_run()
301          done          done
302    
303          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
304          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
305          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
306            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
307            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
308          else          else
309            echo $allargs            echo $allargs
310          fi          fi
311  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
312  }  }
313    
# Line 315  genmakemodel() Line 325  genmakemodel()
325          (          (
326              cd $1;              cd $1;
327              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
328                if test "x$MKDEPEND" != x ; then
329                    command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
330                fi
331              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
332                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
333              elif test "x$OADM" = xt ; then              elif test "x$OADM" = xt ; then
334                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
335              else              else
336                  command="$command --mods=../code"                  command="$command -mods=../code"
337              fi              fi
338              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
339                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
340              fi              fi
341              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
342                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
# Line 331  genmakemodel() Line 344  genmakemodel()
344              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
345                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
346              fi              fi
347              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" != x0 ; then
348                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
349              fi              fi
350                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
351                #- run multi-threaded using OpenMP:
352                    command="$command -omp"
353                fi
354                if test "x$USE_R4" = xt ; then
355                    command="$command -use_r4"
356                fi
357              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
358                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
359              fi              fi
360              if test "x$PAPIS" = xt ; then              if test "x$PAPIS" = xt ; then
361                  command="$command -papis"                  command="$command -papis"
362              else              else
363              if test "x$PCLS" = xt ; then              if test "x$PCLS" = xt ; then
364                  command="$command -pcls"                  command="$command -pcls"
365              fi              fi
366              fi              fi
367              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... '
368              # $command > make.log 2>&1              eval $command > genmake.tr_log 2>&1
             eval $command > make.log 2>&1  
369              RETVAL=$?              RETVAL=$?
370              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
371              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
372              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
373                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
374                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
375                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
376                  return 1                  return 1
377              else              else
378                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
379              fi              fi
380          )          )
381      fi      fi
# Line 365  genmakemodel() Line 384  genmakemodel()
384  makeclean()  makeclean()
385  {  {
386      # makeclean directory      # makeclean directory
387        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
388      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
389          echo "make Clean skipped!"          echo "make Clean skipped!"
390      else      else
# Line 372  makeclean() Line 392  makeclean()
392              cd $1;              cd $1;
393              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
394              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
395                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
396                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
397                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
398                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
399                      tail make.log                      tail make.tr_log
400                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
401                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
402                      return 1                      return 1
403                  fi                  fi
404                    echo successful
405                else
406                    echo ''
407              fi              fi
             echo successful 1>&2  
408              exit 0              exit 0
409          )          )
410      fi      fi
# Line 396  run_clean() Line 418  run_clean()
418      else      else
419          (          (
420              cd $1;              cd $1;
421              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1              printf 'clean run-dir ... '
422              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
423              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
424              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
425              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
426              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
427              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime              #- should remove executable only if sym-link (and above does it)
428                #rm -f $EXECUTABLE
429                rm -f $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
430              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
431              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
432              echo successful 1>&2              echo successful
433              exit 0              exit 0
434          )          )
435      fi      fi
# Line 419  makedependmodel() Line 443  makedependmodel()
443      else      else
444          (          (
445              cd $1;              cd $1;
446              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
447              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
448              RETVAL=$?              RETVAL=$?
449              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
450                  tail make.log                  tail make.tr_log
451                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
452                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
453                  return 1                  return 1
454              else              else
455                  echo successful 1>&2                  echo successful
456              fi              fi
457          )          )
458      fi      fi
# Line 438  makemodel() Line 462  makemodel()
462  {  {
463      # makemodel directory      # makemodel directory
464      (      (
465        mk_fail=0
466        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
467            cd $1;
468            if test -x $EXECUTABLE ; then
469                echo "make skipped!"
470            else
471                echo "no executable!"
472                mk_fail=3
473            fi
474        else
475          cd $1;          cd $1;
476          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
477              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
478              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
479                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1
480              elif test "x$OADM" = xt ; then              elif test "x$OADM" = xt ; then
481                  $MAKE adAll >> make.log 2>&1                  $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1
482              else              else
483                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
484                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE >> make.tr_log 2>&1
485                  else                  else
486                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS >> make.tr_log 2>&1
487                  fi                  fi
488              fi              fi
489              RETVAL=$?              RETVAL=$?
490              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
491                  tail make.log                  tail make.tr_log
492                  echo failed 1>&2                  echo failed
493                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
494                  return 1                  rm -f $EXECUTABLE
495                    mk_fail=1
496              else              else
497                  echo successful 1>&2                  echo successful
498              fi              fi
499            else
500                echo "no Makefile !"
501                mk_fail=2
502          fi          fi
503        fi
504        if test "x$ADM" = xt -a -f taf_ad.log ; then
505                head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
506                nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
507                nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
508                echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
509                                    >> $CDIR"/summary.txt"
510        fi
511        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
512      )      )
513  }  }
514    
515    mk_mpi_size()
516    {
517        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb
518        #
519        # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
520        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
521        # return the effective number of processors.
522    
523        inp=$1
524        out=$2
525        np=$3
526        tmp=TTT.$$
527    
528        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
529        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
530        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
531        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
532    
533        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
534        pp=0
535        i=1
536        while [ $i -le $px ] ; do
537          if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then
538            j=1
539            while [ $j -le $py ] ; do
540              if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
541                ij=`expr $i \* $j`
542                if [ $ij -gt $pp ] ; then
543                  if [ $ij -le $np ] ; then
544                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
545                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
546                  fi
547                fi
548              fi
549              j=`expr $j + 1`
550            done
551          fi
552          i=`expr $i + 1`
553        done
554    
555        #- create new SIZE.h type file:
556        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
557        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
558        if [ $verbose -gt 1 ]; then
559            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
560        fi
561        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
562        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
563        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
564        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
565        rm -f $tmp
566        return $pp
567    }
568    
569  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
570  {  {
571      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 473  symlink_mpifiles() Line 574  symlink_mpifiles()
574    
575      dir=$1      dir=$1
576      code_dir=$2      code_dir=$2
577      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
578      CODE_DIR=$dir/$code_dir  
       
579      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
580      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
581    
582      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
583      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
584          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
585          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
586          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
587              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
588              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
589              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
590              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
591              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
592                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
593                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
594                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
595                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
596                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
597                        rm -f $build_dir/$name
598                  fi                  fi
599              fi              fi
600          done          else
601      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
602                    # dir so long as there is no real file in place
603                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
604                RETVAL=$?
605                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
606                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
607                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
608                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
609                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
610                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
611                    fi
612                fi
613            fi
614        done
615  }  }
616    
617  linkdata()  linkdata()
# Line 521  linkdata() Line 622  linkdata()
622      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
623          (          (
624              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
625                echo 'linkdata from dirs:' $*
626                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
627                for xx in $inpMPI ; do
628                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
629                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
630                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
631                    if test "x$MPI" = "x0" ; then
632                        # not mpi test: remove symbolic link
633                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
634                    else
635                        # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
636                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
637                        if test ! -r $yy ; then
638                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
639                            printf " $xx" 1>&2
640                        fi
641                    fi
642                  fi
643                done
644              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
645              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
646                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
647                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
648                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
649                      if test ! -r eedata ; then                      if test ! -r eedata ; then
650                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
651                          printf 'eedata.mth ' 1>&2                          printf ' eedata.mth' 1>&2
652                      fi                      fi
653                  else                  else
654                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
# Line 538  linkdata() Line 658  linkdata()
658              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
659              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
660                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
661                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
662                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
663                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
664                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 548  linkdata() Line 668  linkdata()
668                              fi                              fi
669                          fi                          fi
670                      done                      done
671                        printf ' ;' 1>&2
672                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
673                          "../"$ldir"/"prepare_run                          "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
674                        else
675                            echo '' 1>&2
676                      fi                      fi
                     printf ' ; ' 1>&2  
677                  fi                  fi
678                  prevDir=$ldir                  prevDir=$ldir
679              done              done
# Line 563  runmodel() Line 685  runmodel()
685  {  {
686      # runmodel directory      # runmodel directory
687      #      #
688      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
689      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
690      (      (
691          cd $1          cd $1
692          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
693          # make output.txt          if test "x$MPI" != x0 ; then
694          echo              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
695          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
696              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
697              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
698                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
699                fi
700                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
701            fi
702            if test -L $EXECUTABLE ; then
703              if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
704                cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
705                outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
706              else rm -f $EXECUTABLE
707              fi
708          fi          fi
709          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
710              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
711              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
712          fi          fi
713          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
714                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
715                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
716                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
717                  RETVAL=8              RETVAL=8
718                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
719          else          else
720              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
721                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
722                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
723                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
724                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
725                  RETVAL=$?              RETVAL=$?
726              else              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
727                  RETVAL=0              if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
728                  if test -f $RUNLOG ; then                  find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
729                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                  find . -name "*.data" -exec rm {} \;
730                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                  rm -rf mnc_test_*
731                  else              fi
732                      touch $RUNLOG            else
733                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              RETVAL=0
734                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
735                      echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1              touch $RUNLOG
736                  fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
737              fi              echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
738              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            fi
739          fi          fi
740          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
741          #if test "x$RETVAL" = x0 ; then          #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE (and AD time)
742            if test -f $OUTPUTFILE ; then
743              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
744                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"
745              if test "x$ADM" = xt ; then
746                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"
747              fi
748            fi
749            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
750          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
751              tail $RUNLOG              echo successful
752              echo successful 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
753              # === Reduce the size of the testing emails!              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
754              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE              return 0
755              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
756                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
757                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
758                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
759                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
760              return 0              return 0
761          else          else
762              tail $RUNLOG              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
763              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
764                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
765              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
766              return 1              return 1
767          fi          fi
768      )      )
# Line 668  EOF Line 812  EOF
812          return 0          return 0
813      else      else
814          echo          echo
815          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
816          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
817          exit 1          exit 1
818      fi      fi
# Line 687  formatresults() Line 831  formatresults()
831      printf '%3s' $listPrt      printf '%3s' $listPrt
832  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
833  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
834        
835      if [ $xx = '..' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
836          printf ' N/O '          printf ' N/O '
837      elif [ $xx = '--' ]; then      elif [ $xx = '--' ]; then
# Line 703  formatresults() Line 847  formatresults()
847      fi      fi
848      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
849      printf '\n'      printf '\n'
850        
851  }  }
852    
853  scandirs()  scandirs()
# Line 718  scandirs() Line 862  scandirs()
862  }  }
863    
864    
865    check_eedata()
866    {
867        # check_eedata size.h eedata
868        if [ $# -eq 2 ] ; then
869          if test -f $1 -a -f $2 ; then
870          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
871          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
872          if test "x$nx" = x ; then
873            rx=10
874          else
875            rx=`expr $sx % $nx`
876          fi
877          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
878          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
879          if test "x$ny" = x ; then
880            ry=20
881          else
882            ry=`expr $sy % $ny`
883          fi
884          echo `expr $rx + $ry`
885        else
886          echo '-1'
887          fi
888        else
889          echo '-2'
890        fi
891    
892    }
893    
894  ###############################################################################  ###############################################################################
895    
896    
897  #  Default properties  #  Default properties
898  debug=0  debug=0
899  verbose=1  verbose=1
 clean=0  
900    
901  IEEE=true  IEEE=true
902  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
# Line 733  fi Line 905  fi
905  GSL=f  GSL=f
906    
907  CLEANUP=f  CLEANUP=f
908    NORUN=f
909  QUICK=f  QUICK=f
910    NOMAKE=f
911  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
912  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
913  NODEPEND=f  NODEPEND=f
914  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
915    
916  BASH=  BASH=
917  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 748  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6" Line 922  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
922  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
923  MPACK=  MPACK=
924  COMMAND=  COMMAND=
925    MKDEPEND=
926  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
927      MAKE=make      MAKE=make
928  fi  fi
# Line 755  if test "x$CC" = x ; then Line 930  if test "x$CC" = x ; then
930      CC=cc      CC=cc
931  fi  fi
932  JOBS=  JOBS=
933  MPI=f  MPI=0
934    MPI_MFILE=
935  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
936  OUTDIR=  OUTDIR=
937  DELDIR=  DELDIR=
938    USE_R4=
939    
940  ADM=  ADM=
941  OADM=  OADM=
# Line 766  OADM= Line 943  OADM=
943  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
944  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
945    
946  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=10
947    
948  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
949    
# Line 781  for ac_option ; do Line 958  for ac_option ; do
958      fi      fi
959    
960      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
961        
962      case $ac_option in      case $ac_option in
963                    
964          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
965              usage ;;  
966                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
967          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
968              ac_prev=OPTFILE ;;  
969          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
970              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
971                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
972          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
973              ac_prev=ADDRESSES ;;  
974          -addr=* | --addr=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
975              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
976          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
977              ac_prev=MPACKDIR ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
978          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
979              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
980            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
981          -tdir | --tdir | -t | --t)  
982              ac_prev=TESTDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
983          -tdir=* | --tdir=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
984              TESTDIRS=$ac_optarg ;;  
985            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
986          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
987              ac_prev=SKIPDIRS ;;  
988          -skipdir=* | --skipdir=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
989              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
990    
991          -bash | --bash | -b | --b)          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
992              ac_prev=BASH ;;          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
993          -bash=* | --bash=*)  
994              BASH=$ac_optarg ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
995            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
         -command | --command | -c | --c)  
             ac_prev=COMMAND ;;  
         -command=* | --command=*)  
             COMMAND=$ac_optarg ;;  
   
         -make | --make | -m | --m)  
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
996    
997          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
998          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
999    
1000          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1001          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1002    
1003          -clean | --clean)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;  
1004    
1005          -quick | --quick | -q | --q)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1006              QUICK=t ;;          -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1007          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1008              NOGENMAKE=t ;;          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1009          -noclean | --noclean | -nc | --nc)          -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1010              NOCLEAN=t ;;          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1011          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
1012              NODEPEND=t ;;          -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1013            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1014    
1015            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1016            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1017            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1018    
1019          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1020              POSTCLEAN=t ;;          -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
   
         -mpi) MPI=t ;;  
1021    
1022          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1023    
1024          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
   
1025          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1026    
1027          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
1028          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
1029          -gsl) GSL=t ;;          -gsl) GSL=t ;;
1030    
1031          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1032          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 875  for ac_option ; do Line 1034  for ac_option ; do
1034    
1035          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1036    
1037          -ts) TS=t;;          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1038    
1039            -ts) TS=t;;
1040          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
   
1041          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1042    
1043          -*)          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1044              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              usage ;;
1045              usage          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1046              ;;              usage ;;
1047            
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
           
1048       esac       esac
1049        
1050  done  done
1051    
1052  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 901  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1055  if test "x$QUICK" = xt ; then
1055      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1056  fi  fi
1057    
1058    #- check length of MPI machine file:
1059    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1060        if test -r $MPI_MFILE ; then
1061            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1062            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1063              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1064              usage
1065            fi
1066            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1067                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1068            fi
1069        else
1070              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1071              usage
1072        fi
1073    fi
1074    
1075  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1076  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
1077      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
# Line 919  else Line 1090  else
1090      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
1091  fi  fi
1092    
1093    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1094  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1095      LIST=`scandirs results/$ref_outp`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1096    elif test $xx = 'start_from' ; then
1097        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1098        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1099  else  else
1100      #- expand group of experiments:      #- expand group of experiments:
1101      LIST=" "      LIST=" "
# Line 935  else Line 1110  else
1110                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1111          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1112        esac        esac
1113      done      done
1114  fi  fi
1115  #echo 'LIST='${LIST}'<'  #echo 'LIST='${LIST}'<'
1116  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
# Line 956  do Line 1131  do
1131          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1132          fi          fi
1133      fi      fi
1134  done  done
1135  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1136  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1137    
# Line 964  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1139  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1139      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1140  fi  fi
1141    
1142  RUNLOG="run.log"  LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1143    RUNLOG="run.tr_log"
1144  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1145  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1146      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1147  fi  fi
1148  if test "x$MPI" = xt ; then  if test "x$MPI" != x0 ; then
1149      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1150  fi  fi
1151    
# Line 992  else Line 1168  else
1168  fi  fi
1169    
1170  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1171  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1172        echo "skipping comparison code build"
1173    else
1174        createcodelet
1175    fi
1176    
1177  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1178  if test "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
# Line 1014  DATE=`date +%Y%m%d` Line 1194  DATE=`date +%Y%m%d`
1194  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1195  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1196      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1197    else
1198        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1199        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1200  fi  fi
1201  DNUM=0  DNUM=0
1202  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
# Line 1055  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1238  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1238      fi      fi
1239  else  else
1240      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1241      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1242      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1243  fi  fi
1244  echo  echo
1245  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1246  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1247      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1248      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1249      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1250         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
 #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"  
1251      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1252      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1253      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
# Line 1086  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1268  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1268  else  else
1269      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1270      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1271      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1272      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1273      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1274      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1275      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
# Line 1098  N n k u  s  a Line 1280  N n k u  s  a
1280    
1281  EOF  EOF
1282  fi  fi
1283    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1284    
1285  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1286  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1287        
1288      # set builddir & rundir:      # set builddir & rundir:
1289      builddir="build"      builddir="build"
1290      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1291      rundir="run"      rundir="run"
1292        pfxdir="tr_$rundir"
1293      if test ! -d $dir/$rundir ; then      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1294          rundir=$builddir          rundir=$builddir
1295      fi      fi
# Line 1114  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1298  for dir in $TESTDIRS ; do
1298    
1299      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1300      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1301          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1302              echo '  ------  clean dir:' $dir/$builddir          makeclean $BUILD_DIR
1303              ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )          (   cd $BUILD_DIR
1304          fi              rm -f $EXECUTABLE *.bak
1305                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1306                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1307            )
1308          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1309              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1310              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1311          fi          fi
1312          (          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1313              cd $dir          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1314              rm -rf tr_run.*          if test $ttd != 0 ; then
1315          )              echo '  --- rm dir:' $trdir
1316                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1317            fi
1318          continue          continue
1319      fi      fi
1320    
1321      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1322      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1323      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1324      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
# Line 1139  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1328  for dir in $TESTDIRS ; do
1328    
1329      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1330    
1331      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1332          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          if test -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" ; then
1333          continue              #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1334                mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI
1335                LOC_NPROC=$?
1336                (   cd $BUILD_DIR
1337                    if test -r SIZE.h.mpi ; then
1338                        cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1339                    else RETVAL=1
1340                    fi
1341                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1342                        rm -f tr_size.mpi
1343                    else
1344                        rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1345                    fi
1346                )
1347            else
1348                echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1349                continue
1350            fi
1351            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1352                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1353                rm -f $LOC_MFILE
1354                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1355                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1356                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1357                    rm -f $LOC_MFILE
1358                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1359                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1360                fi
1361                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1362                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1363                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1364                fi
1365            fi
1366      fi      fi
1367      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1368          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1369          continue          continue
1370      fi      fi
1371        if test "x$MPI" != "x0" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1372            retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1373            if test $retv != 0 ; then
1374                echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1375                continue
1376            fi
1377        fi
1378    
1379      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1380      extra_runs=      extra_runs=
1381      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`      if test "x$NORUN" = xf ; then
1382            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1383        fi
1384      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1385      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1386          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1387          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1388          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1389          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1390              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1391                  if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1392                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
1393                    extra_runs="$extra_runs $name"
1394                  else
1395                    retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1396                    if test $retv = 0 ; then
1397                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1398                  #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"                  else
1399                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1400                  fi                  fi
1401              else                fi
1402                  extra_runs="$extra_runs $name"              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1403              fi              fi
1404              else
1405                extra_runs="$extra_runs $name"
1406              fi
1407          fi          fi
1408      done      done
1409    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1410      echo      echo
1411      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1412         echo "Experiment:  $dir"         echo "Experiment:  $dir"
1413      else      else
1414         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
# Line 1179  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1417  for dir in $TESTDIRS ; do
1417      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1418      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1419    
1420      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1421      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1422      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1423      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      #- report to this experiment local summary file ---
1424            echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1425      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1426          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1427          makeclean $dir/$builddir \      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1428              && run_clean $dir/$rundir  
1429        if test "x$NORUN" = xt ; then
1430                run=N
1431            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1432                && makeclean $dir/$builddir \
1433                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1434                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1435                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1436      else      else
1437          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1438              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
             && run_clean $dir/$rundir \  
1439              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1440              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1441              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1442              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \              && run_clean $dir/$rundir \
1443                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1444              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1445              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1446      fi      fi
1447            #echo "results='$results'"
1448      echo  
1449          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1450          echo          echo 1>&2
1451          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1452          touch $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         if test "x$ADM" = xt ; then  
             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                                 >> $CDIR"/summary.txt"  
         fi  
1453    
1454          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1455              unset run              unset run
1456              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1457              #  reference output file              #  reference output file
1458              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1459              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1460              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1461              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1462              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              #- report to this experiment local summary file ---
1463              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1464              run_clean $dir/tr_run.$ex              #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1465              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input              #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1466              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1467              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1468                run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1469                linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1470                runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1471                && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1472              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1473              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1474              echo              echo 1>&2
1475              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1476              touch $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1477              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1478              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
             echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             if test "x$ADM" = xt ; then  
                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \  
                                    >> $CDIR"/summary.txt"  
             fi  
             if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then  
                 run_clean $dir/tr_run.$ex  
1479              fi              fi
1480          done          done
1481    
1482        if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1483            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1484                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1485                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1486                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1487                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1488                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1489                    eval $mkOpt
1490                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1491                            $SUMMARY > tr_0.tmp_log
1492                    RETVAL=$?
1493                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1494                            cp tr_0.tmp_log $SUMMARY
1495                    else rm -f tr_0.tmp_log
1496                    fi
1497                fi
1498                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1499                grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1500                RETVAL=$?
1501                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1502                    echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state
1503                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \
1504                           | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log
1505                    sed -n '1,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1506                            >> $DRESULTS/genmake_state
1507                    rm -f tr_1.tmp_log
1508                fi
1509            fi
1510        fi
1511      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1512      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1513          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1514              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1515      fi      fi
1516            if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1517    
1518      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1519        
1520  done  done
1521    
1522  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
# Line 1286  else Line 1545  else
1545              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1546              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1547              echo              echo
1548                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1549                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1550          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1551      fi      fi
1552  fi  fi
1553    
1554  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1555        rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1556    fi
1557    
1558  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1559      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'

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