/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.120 by utke, Thu Jan 29 21:45:43 2009 UTC revision 1.154 by jmc, Fri Jan 14 23:55:00 2011 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17        echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
18      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
19      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
20      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
21      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
22        echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
23      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
24      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
25      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
26      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
27      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
28      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
29      echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
30        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
31        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
32      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
33      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
34      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
35      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
36      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
37      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
38      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
39      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
40      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
41      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
42      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
43      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
44      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
45      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
46      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
47      echo "                             (DEF=\"12\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
48      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
49      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
50        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
51        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
52      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
53      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
54      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
# Line 104  testoutput_var() Line 110  testoutput_var()
110  {  {
111      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
112      #      #
113      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
114      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
115      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
116    
# Line 176  testoutput_var() Line 182  testoutput_var()
182          fi          fi
183      fi      fi
184      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
185        
186      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
187  }  }
188    
# Line 229  testoutput_run() Line 235  testoutput_run()
235            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
236          fi          fi
237          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
238          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"          #- report to this experiment local summary file ---
239            echo "MACH='$MACH'" > $locDIR"/summary.txt"
240            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
241            echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
242            grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $1/$2/$OUTPUTFILE \
243             | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $locDIR"/summary.txt"
244            echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
245            #---
246          allargs=""          allargs=""
247          for xx in $listVar          for xx in $listVar
248          do          do
# Line 264  testoutput_run() Line 277  testoutput_run()
277             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
278          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
279             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
280           'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
281           'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
282           'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
283           'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
284           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
285           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
286           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
287           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
288           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
289           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
290           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
291           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
292          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
293          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
294          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
# Line 291  testoutput_run() Line 304  testoutput_run()
304          done          done
305    
306          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
307          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
308          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
309            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
310            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
311          else          else
312            echo $allargs            echo $allargs
313          fi          fi
314  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
315  }  }
316    
# Line 315  genmakemodel() Line 328  genmakemodel()
328          (          (
329              cd $1;              cd $1;
330              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
331                if test "x$MKDEPEND" != x ; then
332                    command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
333                fi
334              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
335                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
336              elif test "x$OADM" = xt ; then              elif test "x$OADM" = xt ; then
337                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
338              else              else
339                  command="$command --mods=../code"                  command="$command -mods=../code"
340              fi              fi
341              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
342                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
343              fi              fi
344              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
345                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
# Line 331  genmakemodel() Line 347  genmakemodel()
347              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
348                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
349              fi              fi
350              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" != x0 ; then
351                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
352              fi              fi
353                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
354                #- run multi-threaded using OpenMP:
355                    command="$command -omp"
356                fi
357                if test "x$USE_R4" = xt ; then
358                    command="$command -use_r4"
359                fi
360              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
361                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
362              fi              fi
363              if test "x$PAPIS" = xt ; then              if test "x$PAPIS" = xt ; then
364                  command="$command -papis"                  command="$command -papis"
365              else              else
366              if test "x$PCLS" = xt ; then              if test "x$PCLS" = xt ; then
367                  command="$command -pcls"                  command="$command -pcls"
368              fi              fi
369              fi              fi
370              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... '
371              # $command > make.log 2>&1              eval $command > genmake.tr_log 2>&1
             eval $command > make.log 2>&1  
372              RETVAL=$?              RETVAL=$?
373              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
374              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
375              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
376                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
377                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
378                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
379                  return 1                  return 1
380              else              else
381                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
382              fi              fi
383          )          )
384      fi      fi
# Line 365  genmakemodel() Line 387  genmakemodel()
387  makeclean()  makeclean()
388  {  {
389      # makeclean directory      # makeclean directory
390        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
391      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
392          echo "make Clean skipped!"          echo "make Clean skipped!"
393      else      else
# Line 372  makeclean() Line 395  makeclean()
395              cd $1;              cd $1;
396              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
397              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
398                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
399                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
400                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
401                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
402                      tail make.log                      tail make.tr_log
403                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
404                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
405                      return 1                      return 1
406                  fi                  fi
407                    echo successful
408                else
409                    echo ''
410              fi              fi
             echo successful 1>&2  
411              exit 0              exit 0
412          )          )
413      fi      fi
# Line 396  run_clean() Line 421  run_clean()
421      else      else
422          (          (
423              cd $1;              cd $1;
424              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1              printf 'clean run-dir ... '
425              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
426              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
427              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
428              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
429              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
430              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime              rm -f $EXECUTABLE $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
431              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
432              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
433              echo successful 1>&2              echo successful
434              exit 0              exit 0
435          )          )
436      fi      fi
# Line 419  makedependmodel() Line 444  makedependmodel()
444      else      else
445          (          (
446              cd $1;              cd $1;
447              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
448              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
449              RETVAL=$?              RETVAL=$?
450              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
451                  tail make.log                  tail make.tr_log
452                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
453                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
454                  return 1                  return 1
455              else              else
456                  echo successful 1>&2                  echo successful
457              fi              fi
458          )          )
459      fi      fi
# Line 438  makemodel() Line 463  makemodel()
463  {  {
464      # makemodel directory      # makemodel directory
465      (      (
466        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
467            cd $1;
468            if test -x $EXECUTABLE ; then
469                echo "make skipped!"
470            else
471                echo "no executable!"
472                return 2
473            fi
474        else
475          cd $1;          cd $1;
476          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
477              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
478              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
479                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1
480              elif test "x$OADM" = xt ; then              elif test "x$OADM" = xt ; then
481                  $MAKE adAll >> make.log 2>&1                  $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1
482              else              else
483                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
484                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE >> make.tr_log 2>&1
485                  else                  else
486                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS >> make.tr_log 2>&1
487                  fi                  fi
488              fi              fi
489              RETVAL=$?              RETVAL=$?
490              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
491                  tail make.log                  tail make.tr_log
492                  echo failed 1>&2                  echo failed
493                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
494                    rm -f $EXECUTABLE
495                  return 1                  return 1
496              else              else
497                  echo successful 1>&2                  echo successful
498              fi              fi
499          fi          fi
500        fi
501      )      )
502  }  }
503    
504    mk_mpi_size()
505    {
506        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb
507        #
508        # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
509        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
510        # return the effective number of processors.
511    
512        inp=$1
513        out=$2
514        np=$3
515        tmp=TTT.$$
516    
517        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
518        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
519        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
520        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
521    
522        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
523        pp=0
524        for i in `seq 1 $px` ; do
525          if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then
526            for j in `seq 1 $py` ; do
527              if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
528                ij=`expr $i \* $j`
529                if [ $ij -gt $pp ] ; then
530                  if [ $ij -le $np ] ; then
531                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
532                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
533                  fi
534                fi
535              fi
536            done
537          fi
538        done
539    
540        #- create new SIZE.h type file:
541        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
542        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
543        if [ $verbose -gt 1 ]; then
544            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
545        fi
546        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
547        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
548        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
549        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
550        rm -f $tmp
551        return $pp
552    }
553    
554  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
555  {  {
556      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 473  symlink_mpifiles() Line 559  symlink_mpifiles()
559    
560      dir=$1      dir=$1
561      code_dir=$2      code_dir=$2
562      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
563      CODE_DIR=$dir/$code_dir  
       
564      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
565      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
566    
567      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
568      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
569          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
570          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
571          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
572              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
573              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
574              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
575              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
576              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
577                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
578                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
579                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
580                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
581                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
582                        rm -f $build_dir/$name
583                  fi                  fi
584              fi              fi
585          done          else
586      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
587                    # dir so long as there is no real file in place
588                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
589                RETVAL=$?
590                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
591                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
592                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
593                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
594                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
595                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
596                    fi
597                fi
598            fi
599        done
600  }  }
601    
602  linkdata()  linkdata()
# Line 521  linkdata() Line 607  linkdata()
607      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
608          (          (
609              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
610                echo 'linkdata from dirs:' $*
611                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
612                for xx in $inpMPI ; do
613                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
614                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
615                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
616                    if test "x$MPI" = "x0" ; then
617                        # not mpi test: remove symbolic link
618                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
619                    else
620                        # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
621                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
622                        if test ! -r $yy ; then
623                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
624                            printf " $xx" 1>&2
625                        fi
626                    fi
627                  fi
628                done
629              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
630              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
631                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
632                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
633                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
634                      if test ! -r eedata ; then                      if test ! -r eedata ; then
635                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
636                          printf 'eedata.mth ' 1>&2                          printf ' eedata.mth' 1>&2
637                      fi                      fi
638                  else                  else
639                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
# Line 538  linkdata() Line 643  linkdata()
643              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
644              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
645                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
646                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
647                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
648                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
649                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 548  linkdata() Line 653  linkdata()
653                              fi                              fi
654                          fi                          fi
655                      done                      done
656                        printf ' ;' 1>&2
657                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
658                          "../"$ldir"/"prepare_run                          "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
659                        else
660                            echo '' 1>&2
661                      fi                      fi
                     printf ' ; ' 1>&2  
662                  fi                  fi
663                  prevDir=$ldir                  prevDir=$ldir
664              done              done
# Line 563  runmodel() Line 670  runmodel()
670  {  {
671      # runmodel directory      # runmodel directory
672      #      #
673      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
674      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
675      (      (
676          cd $1          cd $1
677          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
678          # make output.txt          if test -L $EXECUTABLE ; then
679          echo            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
680          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then              cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
681              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
682              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi            else rm -f $EXECUTABLE
683              fi
684          fi          fi
685          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
686              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
687              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
688          fi          fi
689            if test "x$MPI" != x0 ; then
690                #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
691                #echo "COMMAND='$COMMAND'"
692                COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/-np * XX /-np $NPROC_MPI /"`
693                #echo "COMMAND='$COMMAND'"
694            fi
695          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
696                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
697                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
# Line 596  runmodel() Line 710  runmodel()
710                  if test -f $RUNLOG ; then                  if test -f $RUNLOG ; then
711                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
712                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
713                  else                  else
714                      touch $RUNLOG                      touch $RUNLOG
715                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
716                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
717                      echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1                      echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
718                  fi                  fi
719              fi              fi
720              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`              #ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
721                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
722          fi          fi
723          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
         #if test "x$RETVAL" = x0 ; then  
724          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
725              tail $RUNLOG              echo successful
726              echo successful 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
727                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
728              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
729              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
730              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
731              return 0              return 0
732            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
733                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
734                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
735                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
736                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
737                return 0
738          else          else
739              tail $RUNLOG              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
740              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
741                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
742              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
743              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
744              return 1              return 1
# Line 668  EOF Line 790  EOF
790          return 0          return 0
791      else      else
792          echo          echo
793          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
794          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
795          exit 1          exit 1
796      fi      fi
# Line 687  formatresults() Line 809  formatresults()
809      printf '%3s' $listPrt      printf '%3s' $listPrt
810  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
811  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
812        
813      if [ $xx = '..' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
814          printf ' N/O '          printf ' N/O '
815      elif [ $xx = '--' ]; then      elif [ $xx = '--' ]; then
# Line 703  formatresults() Line 825  formatresults()
825      fi      fi
826      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
827      printf '\n'      printf '\n'
828        
829  }  }
830    
831  scandirs()  scandirs()
# Line 718  scandirs() Line 840  scandirs()
840  }  }
841    
842    
843    check_eedata()
844    {
845        # check_eedata size.h eedata
846        if [ $# -eq 2 ] ; then
847          if test -f $1 -a -f $2 ; then
848          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
849          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
850          if test "x$nx" = x ; then
851            rx=10
852          else
853            rx=`expr $sx % $nx`
854          fi
855          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
856          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
857          if test "x$ny" = x ; then
858            ry=20
859          else
860            ry=`expr $sy % $ny`
861          fi
862          echo `expr $rx + $ry`
863        else
864          echo '-1'
865          fi
866        else
867          echo '-2'
868        fi
869    
870    }
871    
872  ###############################################################################  ###############################################################################
873    
874    
# Line 733  fi Line 884  fi
884  GSL=f  GSL=f
885    
886  CLEANUP=f  CLEANUP=f
887    NORUN=f
888  QUICK=f  QUICK=f
889    NOMAKE=f
890  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
891  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
892  NODEPEND=f  NODEPEND=f
# Line 748  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6" Line 901  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
901  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
902  MPACK=  MPACK=
903  COMMAND=  COMMAND=
904    MKDEPEND=
905  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
906      MAKE=make      MAKE=make
907  fi  fi
# Line 755  if test "x$CC" = x ; then Line 909  if test "x$CC" = x ; then
909      CC=cc      CC=cc
910  fi  fi
911  JOBS=  JOBS=
912  MPI=f  MPI=0
913  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
914  OUTDIR=  OUTDIR=
915  DELDIR=  DELDIR=
916    USE_R4=
917    
918  ADM=  ADM=
919  OADM=  OADM=
# Line 766  OADM= Line 921  OADM=
921  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
922  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
923    
924  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=10
925    
926  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
927    
# Line 781  for ac_option ; do Line 936  for ac_option ; do
936      fi      fi
937    
938      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
939        
940      case $ac_option in      case $ac_option in
941                    
942          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h)
# Line 794  for ac_option ; do Line 949  for ac_option ; do
949                    
950          -addr | --addr | -a | --a)          -addr | --addr | -a | --a)
951              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
952          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)
953              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
954          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
955              ac_prev=MPACKDIR ;;              ac_prev=MPACKDIR ;;
# Line 803  for ac_option ; do Line 958  for ac_option ; do
958    
959          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
960              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
961          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)
962              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
963    
964          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
965              ac_prev=SKIPDIRS ;;              ac_prev=SKIPDIRS ;;
966          -skipdir=* | --skipdir=*)          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)
967              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
968    
969          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
970              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
971          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)
972              BASH=$ac_optarg ;;              BASH=$ac_optarg ;;
973    
974          -command | --command | -c | --c)          -command | --command | -c | --c)
975              ac_prev=COMMAND ;;              ac_prev=COMMAND ;;
976          -command=* | --command=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)
977              COMMAND=$ac_optarg ;;              COMMAND=$ac_optarg ;;
978    
979            -makedepend | --makedepend | -md | --md)
980                ac_prev=MKDEPEND ;;
981            -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*)
982                MKDEPEND=$ac_optarg ;;
983    
984          -make | --make | -m | --m)          -make | --make | -m | --m)
985              ac_prev=MAKE ;;              ac_prev=MAKE ;;
986          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)
987              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
988    
989          -odir | --odir)          -odir | --odir)
# Line 839  for ac_option ; do Line 999  for ac_option ; do
999          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1000          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1001    
1002          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1003          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1004    
1005          -clean | --clean)          -clean | --clean)
1006              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
1007    
1008            -norun | --norun | -nr | --nr)
1009                NORUN=t ;;
1010            -runonly | --runonly | -ro | --ro)
1011                QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1012          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
1013              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
1014          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
# Line 857  for ac_option ; do Line 1021  for ac_option ; do
1021          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -postclean | --postclean | -pc | --pc)
1022              POSTCLEAN=t ;;              POSTCLEAN=t ;;
1023    
1024          -mpi) MPI=t ;;          -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1025            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1026            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1027    
1028          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1029    
# Line 875  for ac_option ; do Line 1041  for ac_option ; do
1041    
1042          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1043    
1044          -ts) TS=t;;          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1045    
1046            -ts) TS=t;;
1047          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
   
1048          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1049    
1050          -*)          -*)
1051              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1052              usage              usage
1053              ;;              ;;
1054            
1055          *)          *)
1056              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1057              usage              usage
1058              ;;              ;;
1059            
1060       esac       esac
1061        
1062  done  done
1063    
1064  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 919  else Line 1085  else
1085      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
1086  fi  fi
1087    
1088    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1089  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1090      LIST=`scandirs results/$ref_outp`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1091    elif test $xx = 'start_from' ; then
1092        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1093        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1094  else  else
1095      #- expand group of experiments:      #- expand group of experiments:
1096      LIST=" "      LIST=" "
# Line 935  else Line 1105  else
1105                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1106          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1107        esac        esac
1108      done      done
1109  fi  fi
1110  #echo 'LIST='${LIST}'<'  #echo 'LIST='${LIST}'<'
1111  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
# Line 956  do Line 1126  do
1126          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1127          fi          fi
1128      fi      fi
1129  done  done
1130  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1131  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1132    
# Line 964  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1134  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1134      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1135  fi  fi
1136    
1137  RUNLOG="run.log"  RUNLOG="run.tr_log"
1138  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1139  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1140      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1141  fi  fi
1142  if test "x$MPI" = xt ; then  if test "x$MPI" != x0 ; then
1143      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1144  fi  fi
1145    
# Line 992  else Line 1162  else
1162  fi  fi
1163    
1164  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1165  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1166        echo "skipping comparison code build"
1167    else
1168        createcodelet
1169    fi
1170    
1171  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1172  if test "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
# Line 1014  DATE=`date +%Y%m%d` Line 1188  DATE=`date +%Y%m%d`
1188  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1189  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1190      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1191    else
1192        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1193        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1194  fi  fi
1195  DNUM=0  DNUM=0
1196  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
# Line 1055  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1232  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1232      fi      fi
1233  else  else
1234      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1235      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1236      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1237  fi  fi
1238  echo  echo
1239  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1240  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1241      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1242      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1243      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1244         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
 #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"  
1245      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1246      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1247      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
# Line 1086  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1262  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1262  else  else
1263      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1264      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1265      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1266      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1267      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1268      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1269      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
# Line 1098  N n k u  s  a Line 1274  N n k u  s  a
1274    
1275  EOF  EOF
1276  fi  fi
1277    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1278    
1279  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1280  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1281        
1282      # set builddir & rundir:      # set builddir & rundir:
1283      builddir="build"      builddir="build"
1284      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1285      rundir="run"      rundir="run"
1286        pfxdir="tr_$rundir"
1287      if test ! -d $dir/$rundir ; then      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1288          rundir=$builddir          rundir=$builddir
1289      fi      fi
# Line 1114  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1292  for dir in $TESTDIRS ; do
1292    
1293      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1294      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1295          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1296              echo '  ------  clean dir:' $dir/$builddir          makeclean $BUILD_DIR
1297              ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )          (   cd $BUILD_DIR
1298          fi              rm -f $EXECUTABLE *.bak
1299                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1300                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1301            )
1302          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1303              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1304              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1305          fi          fi
1306          (          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1307              cd $dir          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1308              rm -rf tr_run.*          if test $ttd != 0 ; then
1309          )              echo '  --- rm dir:' $trdir
1310                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1311            fi
1312          continue          continue
1313      fi      fi
1314    
1315      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1316      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1317      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1318      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
# Line 1139  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1322  for dir in $TESTDIRS ; do
1322    
1323      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1324    
1325      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1326          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          if test -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" ; then
1327          continue              #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1328                mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI
1329                NPROC_MPI=$?
1330                (   cd $BUILD_DIR
1331                    if test -r SIZE.h.mpi ; then
1332                        cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1333                    else RETVAL=1
1334                    fi
1335                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1336                        rm -f tr_size.mpi
1337                    else
1338                        rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1339                    fi
1340                )
1341            else
1342                echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1343                continue
1344            fi
1345      fi      fi
1346      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1347          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1348          continue          continue
1349      fi      fi
1350        if test "x$MPI" != "x0" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1351            retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1352            if test $retv != 0 ; then
1353                echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1354                continue
1355            fi
1356        fi
1357    
1358      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1359      extra_runs=      extra_runs=
1360      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`      if test "x$NORUN" = xf ; then
1361            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1362        fi
1363      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1364      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1365          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1366          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1367          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1368          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1369              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1370                  if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1371                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
1372                    extra_runs="$extra_runs $name"
1373                  else
1374                    retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1375                    if test $retv = 0 ; then
1376                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1377                  #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"                  else
1378                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1379                  fi                  fi
1380              else                fi
1381                  extra_runs="$extra_runs $name"              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1382              fi              fi
1383              else
1384                extra_runs="$extra_runs $name"
1385              fi
1386          fi          fi
1387      done      done
1388    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1389      echo      echo
1390      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1391         echo "Experiment:  $dir"         echo "Experiment:  $dir"
1392      else      else
1393         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
# Line 1180  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1397  for dir in $TESTDIRS ; do
1397      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1398    
1399      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1400      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1401      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1402      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1403        
1404      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
1405          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='              run=N
1406          makeclean $dir/$builddir \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1407              && run_clean $dir/$rundir              && makeclean $dir/$builddir \
1408                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1409                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1410                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1411      else      else
1412          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1413              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
             && run_clean $dir/$rundir \  
1414              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1415              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1416              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1417              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \              && run_clean $dir/$rundir \
1418                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1419              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1420              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1421      fi      fi
1422            #echo "results='$results'"
1423      echo  
1424          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1425          echo          echo 1>&2
1426          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1427          touch $CDIR"/summary.txt"          touch $locDIR"/summary.txt"
1428          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1429          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1430          if test "x$ADM" = xt ; then          if test "x$ADM" = xt ; then
1431              head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"              head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1432              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1433                                  >> $CDIR"/summary.txt"                                  >> $locDIR"/summary.txt"
1434          fi          fi
1435    
1436          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
# Line 1222  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1439  for dir in $TESTDIRS ; do
1439              #  reference output file              #  reference output file
1440              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1441              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1442              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1443              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1444              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1445              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1446              run_clean $dir/tr_run.$ex              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1447              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1448              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1449              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`              && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1450              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1451              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1452              echo              echo 1>&2
1453              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1454              touch $CDIR"/summary.txt"              touch $locDIR"/summary.txt"
1455              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1456              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $locDIR"/summary.txt"
             echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1457              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
1458                  head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"                  head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1459                  grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \                  grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$pfxdir.$ex/$OUTPUTFILE \
1460                                     >> $CDIR"/summary.txt"                                     >> $locDIR"/summary.txt"
1461              fi              fi
1462              if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then              if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1463                  run_clean $dir/tr_run.$ex                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1464              fi              fi
1465          done          done
1466    
1467        if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1468            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1469                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1470                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1471                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1472                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1473                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1474                    eval $mkOpt
1475                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1476                            $SUMMARY > tr_0.tmp_log
1477                    RETVAL=$?
1478                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1479                            cp tr_0.tmp_log $SUMMARY
1480                    else rm -f tr_0.tmp_log
1481                    fi
1482                fi
1483                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1484                grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1485                RETVAL=$?
1486                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1487                    echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state
1488                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \
1489                           | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log
1490                    sed -n '1,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1491                            >> $DRESULTS/genmake_state
1492                    rm -f tr_1.tmp_log
1493                fi
1494            fi
1495        fi
1496      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1497      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1498          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1499              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1500      fi      fi
1501        
1502      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1503        
1504  done  done
1505    
1506  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
# Line 1286  else Line 1529  else
1529              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1530              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1531              echo              echo
1532                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1533                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1534          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1535      fi      fi
1536  fi  fi
1537    
1538  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1539        rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1540    fi
1541    
1542  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1543      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'

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