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revision 1.120 by utke, Thu Jan 29 21:45:43 2009 UTC revision 1.143 by jmc, Thu Oct 21 21:29:42 2010 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
20      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
21        echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
22      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
23      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
24      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
25      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
26      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
27      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
28      echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
29      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
30      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
31      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
32      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
33      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
34      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
35      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
36      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
37      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
38      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
39      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
40      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
41      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
42      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
43      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
44      echo "                             (DEF=\"12\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
45      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
46      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
47        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
48        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
49      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
50      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
51      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
# Line 104  testoutput_var() Line 107  testoutput_var()
107  {  {
108      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
109      #      #
110      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
111      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
112      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
113    
# Line 176  testoutput_var() Line 179  testoutput_var()
179          fi          fi
180      fi      fi
181      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
182        
183      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
184  }  }
185    
# Line 229  testoutput_run() Line 232  testoutput_run()
232            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
233          fi          fi
234          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
235          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" > $locDIR"/summary.txt"
236          allargs=""          allargs=""
237          for xx in $listVar          for xx in $listVar
238          do          do
# Line 264  testoutput_run() Line 267  testoutput_run()
267             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
268          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
269             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
270           'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
271           'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
272           'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
273           'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
274           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
275           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
276           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
277           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
278           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
279           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
280           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
281           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
282          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
283          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
284          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
# Line 291  testoutput_run() Line 294  testoutput_run()
294          done          done
295    
296          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
297          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
298          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
299            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
300            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
301          else          else
302            echo $allargs            echo $allargs
303          fi          fi
304  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
305  }  }
306    
# Line 315  genmakemodel() Line 318  genmakemodel()
318          (          (
319              cd $1;              cd $1;
320              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
321                if test "x$MKDEPEND" != x ; then
322                    command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
323                fi
324              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
325                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
326              elif test "x$OADM" = xt ; then              elif test "x$OADM" = xt ; then
327                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
328              else              else
329                  command="$command --mods=../code"                  command="$command -mods=../code"
330              fi              fi
331              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
332                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
333              fi              fi
334              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
335                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
# Line 334  genmakemodel() Line 340  genmakemodel()
340              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" = xt ; then
341                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
342              fi              fi
343                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
344                #- run multi-threaded using OpenMP:
345                    command="$command -omp"
346                fi
347                if test "x$USE_R4" = xt ; then
348                    command="$command -use_r4"
349                fi
350              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
351                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
352              fi              fi
353              if test "x$PAPIS" = xt ; then              if test "x$PAPIS" = xt ; then
354                  command="$command -papis"                  command="$command -papis"
355              else              else
356              if test "x$PCLS" = xt ; then              if test "x$PCLS" = xt ; then
357                  command="$command -pcls"                  command="$command -pcls"
358              fi              fi
359              fi              fi
360              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... '
             # $command > make.log 2>&1  
361              eval $command > make.log 2>&1              eval $command > make.log 2>&1
362              RETVAL=$?              RETVAL=$?
363              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
364              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
365              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
366                  tail make.log                  tail make.log
367                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
368                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake_* make.log $CDIR
369                  return 1                  return 1
370              else              else
371                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
372              fi              fi
373          )          )
374      fi      fi
# Line 372  makeclean() Line 384  makeclean()
384              cd $1;              cd $1;
385              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
386              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
387                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
388                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1
389                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
390                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
391                      tail make.log                      tail make.log
392                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
393                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
394                      return 1                      return 1
395                  fi                  fi
396                    echo successful
397                else
398                    echo ''
399              fi              fi
             echo successful 1>&2  
400              exit 0              exit 0
401          )          )
402      fi      fi
# Line 396  run_clean() Line 410  run_clean()
410      else      else
411          (          (
412              cd $1;              cd $1;
413              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1              printf 'clean run-dir ... '
414              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
415              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
416              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
# Line 405  run_clean() Line 419  run_clean()
419              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
420              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
421              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
422              echo successful 1>&2              echo successful
423              exit 0              exit 0
424          )          )
425      fi      fi
# Line 419  makedependmodel() Line 433  makedependmodel()
433      else      else
434          (          (
435              cd $1;              cd $1;
436              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
437              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.log 2>&1
438              RETVAL=$?              RETVAL=$?
439              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
440                  tail make.log                  tail make.log
441                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
442                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
443                  return 1                  return 1
444              else              else
445                  echo successful 1>&2                  echo successful
446              fi              fi
447          )          )
448      fi      fi
# Line 438  makemodel() Line 452  makemodel()
452  {  {
453      # makemodel directory      # makemodel directory
454      (      (
455        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
456            cd $1;
457            if test -x $EXECUTABLE ; then
458                echo "make skipped!"
459            else
460                echo "no executable!"
461                return 2
462            fi
463        else
464          cd $1;          cd $1;
465          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
466              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
467              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
468                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE adall >> make.log 2>&1
469              elif test "x$OADM" = xt ; then              elif test "x$OADM" = xt ; then
# Line 455  makemodel() Line 478  makemodel()
478              RETVAL=$?              RETVAL=$?
479              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
480                  tail make.log                  tail make.log
481                  echo failed 1>&2                  echo failed
482                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
483                    rm -f $EXECUTABLE
484                  return 1                  return 1
485              else              else
486                  echo successful 1>&2                  echo successful
487              fi              fi
488          fi          fi
489        fi
490      )      )
491  }  }
492    
# Line 475  symlink_mpifiles() Line 500  symlink_mpifiles()
500      code_dir=$2      code_dir=$2
501      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
502      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
503        
504      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
505      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
506    
# Line 510  symlink_mpifiles() Line 535  symlink_mpifiles()
535              fi              fi
536          done          done
537      fi      fi
538        
539  }  }
540    
541  linkdata()  linkdata()
# Line 521  linkdata() Line 546  linkdata()
546      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
547          (          (
548              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
549                echo 'linkdata from dirs:' $*
550                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
551                for xx in $inpMPI ; do
552                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
553                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
554                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
555                    if test "x$MPI" = "xt" ; then
556                    # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
557                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
558                        if test ! -r $yy ; then
559                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
560                            printf " $xx" 1>&2
561                        fi
562                    else
563                    # not mpi test: remove symbolic link
564                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
565                    fi
566                  fi
567                done
568              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
569              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
570                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
571                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
572                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
573                      if test ! -r eedata ; then                      if test ! -r eedata ; then
574                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
575                          printf 'eedata.mth ' 1>&2                          printf ' eedata.mth' 1>&2
576                      fi                      fi
577                  else                  else
578                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
# Line 538  linkdata() Line 582  linkdata()
582              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
583              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
584                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
585                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
586                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
587                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
588                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 548  linkdata() Line 592  linkdata()
592                              fi                              fi
593                          fi                          fi
594                      done                      done
595                        printf ' ;' 1>&2
596                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
597                          "../"$ldir"/"prepare_run                          "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
598                        else
599                            echo '' 1>&2
600                      fi                      fi
                     printf ' ; ' 1>&2  
601                  fi                  fi
602                  prevDir=$ldir                  prevDir=$ldir
603              done              done
# Line 563  runmodel() Line 609  runmodel()
609  {  {
610      # runmodel directory      # runmodel directory
611      #      #
612      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
613      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
614      (      (
615          cd $1          cd $1
616          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
617          # make output.txt          if test -L $EXECUTABLE ; then
618          echo            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
         if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then  
619              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
620              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
621              else rm -f $EXECUTABLE
622              fi
623          fi          fi
624          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
625              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
# Line 596  runmodel() Line 643  runmodel()
643                  if test -f $RUNLOG ; then                  if test -f $RUNLOG ; then
644                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
645                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
646                  else                  else
647                      touch $RUNLOG                      touch $RUNLOG
648                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
649                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
# Line 606  runmodel() Line 653  runmodel()
653              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
654          fi          fi
655          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
         #if test "x$RETVAL" = x0 ; then  
656          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
657              tail $RUNLOG              echo successful
658              echo successful 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
659                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
660              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
661              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
662              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
663              return 0              return 0
664            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
665                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
666                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
667                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
668                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
669                return 0
670          else          else
671              tail $RUNLOG              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
672              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
673                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
674              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
675              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
676              return 1              return 1
# Line 668  EOF Line 722  EOF
722          return 0          return 0
723      else      else
724          echo          echo
725          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
726          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
727          exit 1          exit 1
728      fi      fi
# Line 687  formatresults() Line 741  formatresults()
741      printf '%3s' $listPrt      printf '%3s' $listPrt
742  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
743  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
744        
745      if [ $xx = '..' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
746          printf ' N/O '          printf ' N/O '
747      elif [ $xx = '--' ]; then      elif [ $xx = '--' ]; then
# Line 703  formatresults() Line 757  formatresults()
757      fi      fi
758      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
759      printf '\n'      printf '\n'
760        
761  }  }
762    
763  scandirs()  scandirs()
# Line 718  scandirs() Line 772  scandirs()
772  }  }
773    
774    
775    check_eedata()
776    {
777        # check_eedata size.h eedata
778        if [ $# -eq 2 ] ; then
779          if test -f $1 -a -f $2 ; then
780          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
781          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
782          if test "x$nx" = x ; then
783            rx=10
784          else
785            rx=`expr $sx % $nx`
786          fi
787          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
788          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
789          if test "x$ny" = x ; then
790            ry=20
791          else
792            ry=`expr $sy % $ny`
793          fi
794          echo `expr $rx + $ry`
795        else
796          echo '-1'
797          fi
798        else
799          echo '-2'
800        fi
801    
802    }
803    
804  ###############################################################################  ###############################################################################
805    
806    
# Line 733  fi Line 816  fi
816  GSL=f  GSL=f
817    
818  CLEANUP=f  CLEANUP=f
819    NORUN=f
820  QUICK=f  QUICK=f
821    NOMAKE=f
822  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
823  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
824  NODEPEND=f  NODEPEND=f
# Line 748  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6" Line 833  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
833  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
834  MPACK=  MPACK=
835  COMMAND=  COMMAND=
836    MKDEPEND=
837  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
838      MAKE=make      MAKE=make
839  fi  fi
# Line 759  MPI=f Line 845  MPI=f
845  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
846  OUTDIR=  OUTDIR=
847  DELDIR=  DELDIR=
848    USE_R4=
849    
850  ADM=  ADM=
851  OADM=  OADM=
# Line 781  for ac_option ; do Line 868  for ac_option ; do
868      fi      fi
869    
870      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
871        
872      case $ac_option in      case $ac_option in
873                    
874          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h)
# Line 794  for ac_option ; do Line 881  for ac_option ; do
881                    
882          -addr | --addr | -a | --a)          -addr | --addr | -a | --a)
883              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
884          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)
885              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
886          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
887              ac_prev=MPACKDIR ;;              ac_prev=MPACKDIR ;;
# Line 803  for ac_option ; do Line 890  for ac_option ; do
890    
891          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
892              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
893          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)
894              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
895    
896          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
897              ac_prev=SKIPDIRS ;;              ac_prev=SKIPDIRS ;;
898          -skipdir=* | --skipdir=*)          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)
899              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
900    
901          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
902              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
903          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)
904              BASH=$ac_optarg ;;              BASH=$ac_optarg ;;
905    
906          -command | --command | -c | --c)          -command | --command | -c | --c)
907              ac_prev=COMMAND ;;              ac_prev=COMMAND ;;
908          -command=* | --command=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)
909              COMMAND=$ac_optarg ;;              COMMAND=$ac_optarg ;;
910    
911            -makedepend | --makedepend | -md | --md)
912                ac_prev=MKDEPEND ;;
913            -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*)
914                MKDEPEND=$ac_optarg ;;
915    
916          -make | --make | -m | --m)          -make | --make | -m | --m)
917              ac_prev=MAKE ;;              ac_prev=MAKE ;;
918          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)
919              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
920    
921          -odir | --odir)          -odir | --odir)
# Line 839  for ac_option ; do Line 931  for ac_option ; do
931          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
932          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
933    
934          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
935          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
936    
937          -clean | --clean)          -clean | --clean)
938              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
939    
940            -norun | --norun | -nr | --nr)
941                NORUN=t ;;
942            -runonly | --runonly | -ro | --ro)
943                QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
944          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
945              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
946          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
# Line 875  for ac_option ; do Line 971  for ac_option ; do
971    
972          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
973    
974          -ts) TS=t;;          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
975    
976            -ts) TS=t;;
977          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
   
978          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
979    
980          -*)          -*)
981              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
982              usage              usage
983              ;;              ;;
984            
985          *)          *)
986              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
987              usage              usage
988              ;;              ;;
989            
990       esac       esac
991        
992  done  done
993    
994  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 919  else Line 1015  else
1015      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
1016  fi  fi
1017    
1018    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1019  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1020      LIST=`scandirs results/$ref_outp`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1021    elif test $xx = 'start_from' ; then
1022        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1023        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1024  else  else
1025      #- expand group of experiments:      #- expand group of experiments:
1026      LIST=" "      LIST=" "
# Line 935  else Line 1035  else
1035                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1036          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1037        esac        esac
1038      done      done
1039  fi  fi
1040  #echo 'LIST='${LIST}'<'  #echo 'LIST='${LIST}'<'
1041  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
# Line 956  do Line 1056  do
1056          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1057          fi          fi
1058      fi      fi
1059  done  done
1060  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1061  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1062    
# Line 992  else Line 1092  else
1092  fi  fi
1093    
1094  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1095  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1096        echo "skipping comparison code build"
1097    else
1098        createcodelet
1099    fi
1100    
1101  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1102  if test "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
# Line 1014  DATE=`date +%Y%m%d` Line 1118  DATE=`date +%Y%m%d`
1118  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1119  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1120      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1121    else
1122        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1123        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1124  fi  fi
1125  DNUM=0  DNUM=0
1126  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
# Line 1061  fi Line 1168  fi
1168  echo  echo
1169  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1170  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1171      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1172      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1173      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1174         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
 #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"  
1175      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1176      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1177      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
# Line 1086  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1192  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1192  else  else
1193      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1194      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1195      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1196      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1197      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1198      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1199      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
# Line 1098  N n k u  s  a Line 1204  N n k u  s  a
1204    
1205  EOF  EOF
1206  fi  fi
1207    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1208    
1209  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1210  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1211        
1212      # set builddir & rundir:      # set builddir & rundir:
1213      builddir="build"      builddir="build"
1214      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1215      rundir="run"      rundir="run"
1216        pfxdir="tr_$rundir"
1217      if test ! -d $dir/$rundir ; then      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1218          rundir=$builddir          rundir=$builddir
1219      fi      fi
# Line 1114  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1222  for dir in $TESTDIRS ; do
1222    
1223      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1224      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1225          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1226              echo '  ------  clean dir:' $dir/$builddir          makeclean $BUILD_DIR
1227              ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )          rm -f $BUILD_DIR/$EXECUTABLE
         fi  
1228          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1229              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1230              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1231          fi          fi
1232          (          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1233              cd $dir          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1234              rm -rf tr_run.*          if test $ttd != 0 ; then
1235          )              echo '  --- rm dir:' $trdir
1236                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1237            fi
1238          continue          continue
1239      fi      fi
1240    
1241      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1242      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1243      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1244      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
# Line 1147  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1256  for dir in $TESTDIRS ; do
1256          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1257          continue          continue
1258      fi      fi
1259        if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1260          retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1261          if test $retv != 0 ; then
1262            echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1263            continue
1264          fi
1265        fi
1266    
1267      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1268      extra_runs=      extra_runs=
1269      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`      if test "x$NORUN" = xf ; then
1270            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1271        fi
1272      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1273      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1274          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1275          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1276          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1277          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1278              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1279                  if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1280                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
1281                    retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1282                    if test $retv = 0 ; then
1283                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1284                  #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"                  else
1285                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1286                  fi                  fi
1287              else                else
1288                  extra_runs="$extra_runs $name"                  extra_runs="$extra_runs $name"
1289                  fi
1290                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1291              fi              fi
1292              else
1293                extra_runs="$extra_runs $name"
1294              fi
1295          fi          fi
1296      done      done
1297    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1298      echo      echo
1299      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1300         echo "Experiment:  $dir"         echo "Experiment:  $dir"
1301      else      else
1302         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
# Line 1180  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1306  for dir in $TESTDIRS ; do
1306      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1307    
1308      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1309      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1310      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1311      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1312        
1313      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
1314          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='              run=N
1315          makeclean $dir/$builddir \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1316              && run_clean $dir/$rundir              && makeclean $dir/$builddir \
1317                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1318                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1319                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1320      else      else
1321          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1322              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
             && run_clean $dir/$rundir \  
1323              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1324              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1325              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1326              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \              && run_clean $dir/$rundir \
1327                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1328              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1329              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1330      fi      fi
1331            #echo "results='$results'"
1332      echo  
1333          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1334          echo          echo 1>&2
1335          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1336          touch $CDIR"/summary.txt"          touch $locDIR"/summary.txt"
1337          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1338          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1339          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1340          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
1341          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $locDIR"/summary.txt"
1342          if test "x$ADM" = xt ; then          if test "x$ADM" = xt ; then
1343              head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"              head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1344              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1345                                  >> $CDIR"/summary.txt"                                  >> $locDIR"/summary.txt"
1346          fi          fi
1347    
1348          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
# Line 1222  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1351  for dir in $TESTDIRS ; do
1351              #  reference output file              #  reference output file
1352              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1353              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1354              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1355              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1356              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1357              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1358              run_clean $dir/tr_run.$ex              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1359              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1360              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1361              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`              && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1362              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1363              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1364              echo              echo 1>&2
1365              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1366              touch $CDIR"/summary.txt"              touch $locDIR"/summary.txt"
1367              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1368              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1369              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1370              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
1371              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $locDIR"/summary.txt"
1372              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
1373                  head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"                  head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1374                  grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \                  grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$pfxdir.$ex/$OUTPUTFILE \
1375                                     >> $CDIR"/summary.txt"                                     >> $locDIR"/summary.txt"
1376              fi              fi
1377              if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then              if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1378                  run_clean $dir/tr_run.$ex                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1379              fi              fi
1380          done          done
1381    
1382        if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1383            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1384                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1385                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1386                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1387                echo $mkOpt >> $DRESULTS/genmake_state
1388            fi
1389        fi
1390      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1391      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1392          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1393              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1394      fi      fi
1395        
1396      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1397        
1398  done  done
1399    
1400  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
# Line 1286  else Line 1423  else
1423              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1424              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1425              echo              echo
1426                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1427                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1428          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1429      fi      fi
1430  fi  fi
1431    
1432  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1433        rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1434    fi
1435    
1436  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1437      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'

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