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revision 1.117 by jmc, Tue Aug 19 18:29:12 2008 UTC revision 1.166 by jmc, Fri Aug 19 22:24:26 2011 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18        echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
19        echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
20        echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
21      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
22      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
23      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
24        echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
25      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
26      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
27      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
28      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
29      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
30      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
31      echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
32        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
33        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
34      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
35      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
36      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
37      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
38      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
39      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
40      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
41      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
42        echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
43      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
44      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
45      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
46      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"  #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
47      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"  #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
48      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
49      echo "                             (DEF=\"12\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
50      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
51      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
52        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
53        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
54        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
55        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
56      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
57      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
58      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
59      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
60        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
61        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
62      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
63      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
64      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
# Line 103  testoutput_var() Line 116  testoutput_var()
116  {  {
117      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
118      #      #
119      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
120      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
121      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
122    
# Line 175  testoutput_var() Line 188  testoutput_var()
188          fi          fi
189      fi      fi
190      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
191        
192      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
193  }  }
194    
# Line 211  testoutput_run() Line 224  testoutput_run()
224                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
225              else              else
226                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
227                if test "x$ADM" = x ; then                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
228                # remove this ptr from the list of output variable to check                # remove this ptr from the list of output variable to check
229                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
230                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
# Line 228  testoutput_run() Line 241  testoutput_run()
241            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
242          fi          fi
243          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
244          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
245            #---
246          allargs=""          allargs=""
247          for xx in $listVar          for xx in $listVar
248          do          do
# Line 263  testoutput_run() Line 277  testoutput_run()
277             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
278          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
279             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
280           'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
281           'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
282           'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
283           'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
284           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
285           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
286           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
287           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
288           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
289           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
290           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
291           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
292          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
293          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
294          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
# Line 290  testoutput_run() Line 304  testoutput_run()
304          done          done
305    
306          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
307          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
308          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
309            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
310            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
311          else          else
312            echo $allargs            echo $allargs
313          fi          fi
314  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
315  }  }
316    
# Line 314  genmakemodel() Line 328  genmakemodel()
328          (          (
329              cd $1;              cd $1;
330              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
331              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
332                  command="$command --mods=../code"                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
333              else              fi
334                if test "x$ADM" = xt ; then
335                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
336                elif test "x$OADM" = xt ; then
337                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
338                else
339                    command="$command -mods=../code"
340              fi              fi
341              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
342                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
343              fi              fi
344              if test "x$IEEE" != x ; then              if test $OptLev = 1 ; then
345                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
346                fi
347                if test $OptLev = 0 ; then
348                    command="$command -devel"
349              fi              fi
350              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
351                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
352              fi              fi
353              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" != x0 ; then
354                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
355              fi              fi
356                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
357                #- run multi-threaded using OpenMP:
358                    command="$command -omp"
359                fi
360                if test "x$USE_R4" = xt ; then
361                    command="$command -use_r4"
362                fi
363                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
364                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
365                fi
366              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
367                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
368              fi              fi
369              if test "x$PAPIS" = xt ; then              if test "x$PAPIS" = xt ; then
370                  command="$command -papis"                  command="$command -papis"
371              else              else
372              if test "x$PCLS" = xt ; then              if test "x$PCLS" = xt ; then
373                  command="$command -pcls"                  command="$command -pcls"
374              fi              fi
375              fi              fi
376              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... '
377              $command > make.log 2>&1              eval $command > genmake.tr_log 2>&1
378              RETVAL=$?              RETVAL=$?
379              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
380              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
381              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
382                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
383                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
384                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
385                  return 1                  return 1
386              else              else
387                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
388              fi              fi
389          )          )
390      fi      fi
# Line 361  genmakemodel() Line 393  genmakemodel()
393  makeclean()  makeclean()
394  {  {
395      # makeclean directory      # makeclean directory
396        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
397      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
398          echo "make Clean skipped!"          echo "make Clean skipped!"
399      else      else
# Line 368  makeclean() Line 401  makeclean()
401              cd $1;              cd $1;
402              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
403              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
404                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
405                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
406                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
407                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
408                      tail make.log                      tail make.tr_log
409                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
410                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
411                      return 1                      return 1
412                  fi                  fi
413                    echo successful
414                else
415                    echo ''
416              fi              fi
             echo successful 1>&2  
417              exit 0              exit 0
418          )          )
419      fi      fi
# Line 392  run_clean() Line 427  run_clean()
427      else      else
428          (          (
429              cd $1;              cd $1;
430              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1              printf 'clean run-dir ... '
431              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
432              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
433              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
434              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
435              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
436              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime              #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)
437                rm -f $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
438              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
439              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
440              echo successful 1>&2              echo successful
441              exit 0              exit 0
442          )          )
443      fi      fi
# Line 415  makedependmodel() Line 451  makedependmodel()
451      else      else
452          (          (
453              cd $1;              cd $1;
454              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
455              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
456              RETVAL=$?              RETVAL=$?
457              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
458                  tail make.log                  tail make.tr_log
459                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
460                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
461                  return 1                  return 1
462              else              else
463                  echo successful 1>&2                  echo successful
464              fi              fi
465          )          )
466      fi      fi
# Line 434  makemodel() Line 470  makemodel()
470  {  {
471      # makemodel directory      # makemodel directory
472      (      (
473        mk_fail=0
474        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
475            cd $1;
476            if test -x $EXECUTABLE ; then
477                echo "make skipped!"
478            else
479                echo "no executable!"
480                mk_fail=3
481            fi
482        else
483          cd $1;          cd $1;
484          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
485              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
486              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
487                    $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1
488                elif test "x$OADM" = xt ; then
489                    $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1
490                else
491                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
492                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
493                  else                  else
494                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS $TARG >> make.tr_log 2>&1
495                  fi                  fi
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
496              fi              fi
497              RETVAL=$?              RETVAL=$?
498              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
499                  tail make.log                  tail make.tr_log
500                  echo failed 1>&2                  echo failed
501                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
502                  return 1                  tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
503                    rm -f $EXECUTABLE
504                    mk_fail=1
505              else              else
506                  echo successful 1>&2                  echo successful
507              fi              fi
508            else
509                echo "no Makefile !"
510                mk_fail=2
511          fi          fi
512        fi
513        if test "x$ADM" = xt -a -f taf_ad.log ; then
514                head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
515                nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
516                nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
517                echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
518                                    >> $CDIR"/summary.txt"
519        fi
520        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
521      )      )
522  }  }
523    
524    mk_mpi_size()
525    {
526        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb prefer_to_split_X
527        #
528        # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
529        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
530        # return the effective number of processors.
531    
532        inp=$1
533        out=$2
534        np=$3
535        dirX=$4
536        tmp=TTT.$$
537    
538        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
539        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
540        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
541        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
542    
543        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
544        pp=0
545        i=1
546        while [ $i -le $px ] ; do
547          if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then
548            j=1
549            while [ $j -le $py ] ; do
550              if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
551                ij=`expr $i \* $j`
552                if [ $ij -gt $pp ] ; then
553                    flag=1
554                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
555                    flag=$dirX
556                else
557                    flag=0
558                fi
559                if test $flag = 1 ; then
560                  if [ $ij -le $np ] ; then
561                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
562                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
563                  fi
564                fi
565              fi
566              j=`expr $j + 1`
567            done
568          fi
569          i=`expr $i + 1`
570        done
571    
572        #- create new SIZE.h type file:
573        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
574        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
575        if [ $verbose -gt 1 ]; then
576            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
577        fi
578        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
579        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
580        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
581        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
582        rm -f $tmp
583        return $pp
584    }
585    
586  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
587  {  {
588      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 467  symlink_mpifiles() Line 591  symlink_mpifiles()
591    
592      dir=$1      dir=$1
593      code_dir=$2      code_dir=$2
594      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
595      CODE_DIR=$dir/$code_dir  
       
596      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
597      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
598    
599      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
600      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
601          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
602          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
603          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
604              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
605              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
606              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
607              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
608              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
609                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
610                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
611                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
612                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
613                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
614                        rm -f $build_dir/$name
615                  fi                  fi
616              fi              fi
617          done          else
618      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
619                    # dir so long as there is no real file in place
620                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
621                RETVAL=$?
622                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
623                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
624                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
625                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
626                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
627                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
628                    fi
629                fi
630            fi
631        done
632  }  }
633    
634  linkdata()  linkdata()
# Line 515  linkdata() Line 639  linkdata()
639      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
640          (          (
641              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
642                echo 'linkdata from dirs:' $*
643                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
644                for xx in $inpMPI ; do
645                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
646                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
647                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
648                    if test "x$MPI" = "x0" ; then
649                        # not mpi test: remove symbolic link
650                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
651                    else
652                        # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
653                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
654                        if test ! -r $yy ; then
655                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
656                            printf " $xx" 1>&2
657                        fi
658                    fi
659                  fi
660                done
661              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
662              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
663                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
664                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
665                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
666                      if test ! -r eedata ; then                      if test ! -r eedata ; then
667                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
668                          printf 'eedata.mth ' 1>&2                          printf ' eedata.mth' 1>&2
669                      fi                      fi
670                  else                  else
671                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
# Line 532  linkdata() Line 675  linkdata()
675              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
676              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
677                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
678                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
679                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
680                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
681                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 542  linkdata() Line 685  linkdata()
685                              fi                              fi
686                          fi                          fi
687                      done                      done
688                        printf ' ;' 1>&2
689                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
690                          "../"$ldir"/"prepare_run                          "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
691                        else
692                            echo '' 1>&2
693                      fi                      fi
                     printf ' ; ' 1>&2  
694                  fi                  fi
695                  prevDir=$ldir                  prevDir=$ldir
696              done              done
# Line 557  runmodel() Line 702  runmodel()
702  {  {
703      # runmodel directory      # runmodel directory
704      #      #
705      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
706      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
707      (      (
708          cd $1          cd $1
709          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
710          # make output.txt          if test "x$MPI" != x0 ; then
711          echo              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
712          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
713              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
714              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; rm -f run.log ; fi              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
715                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
716                fi
717                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
718            fi
719            if test -L $EXECUTABLE ; then
720              if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
721                cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
722                outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
723              else rm -f $EXECUTABLE
724              fi
725          fi          fi
726          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
727              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
728              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
729          fi          fi
730          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
731                  rm -f run.log ; touch run.log              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
732                  if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
733                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
734                  RETVAL=8              RETVAL=8
735                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
736          else          else
737              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
738                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
739                  rm -f run.log ; touch run.log              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
740                  if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
741                  ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
742                  RETVAL=$?              RETVAL=$?
743              else              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
744                  RETVAL=0              if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
745                  if test -f run.log ; then                  find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
746                      if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                  find . -name "*.data" -exec rm {} \;
747                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1                  rm -rf mnc_test_*
748                  else              fi
749                      touch run.log            else
750                      if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi              RETVAL=0
751                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
752                      echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1              touch $RUNLOG
753                  fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
754              fi              echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
755              ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            fi
756            fi
757            rm -f run.log_tmp
758            #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE (and AD time)
759            if test -f $OUTPUTFILE ; then
760              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
761                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"
762              if test "x$ADM" = xt ; then
763                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"
764              fi
765          fi          fi
766          rm -f run.log_00          if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
         #if test "x$RETVAL" = x0 ; then  
767          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
768              tail run.log              echo successful
769              echo successful 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
770              # === Reduce the size of the testing emails!              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
771              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE              return 0
772              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
773                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
774                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
775                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
776                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
777              return 0              return 0
778          else          else
779              tail run.log              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
780              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
781              cp run.log $CDIR"/run.log"              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
782              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
783              return 1              return 1
784          fi          fi
785      )      )
# Line 662  EOF Line 829  EOF
829          return 0          return 0
830      else      else
831          echo          echo
832          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
833          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
834          exit 1          exit 1
835      fi      fi
# Line 681  formatresults() Line 848  formatresults()
848      printf '%3s' $listPrt      printf '%3s' $listPrt
849  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
850  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
851        
852      if [ $xx = '..' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
853          printf ' N/O '          printf ' N/O '
854      elif [ $xx = '--' ]; then      elif [ $xx = '--' ]; then
# Line 697  formatresults() Line 864  formatresults()
864      fi      fi
865      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
866      printf '\n'      printf '\n'
867        
868  }  }
869    
870  scandirs()  scandirs()
# Line 712  scandirs() Line 879  scandirs()
879  }  }
880    
881    
882    check_eedata()
883    {
884        # check_eedata eedata size.h
885        if [ $# -eq 2 ] ; then
886         if test -f $1 -a -f $2 ; then
887          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
888          sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
889          if test "x$nx" = x ; then
890            rx=10
891          else
892            rx=`expr $sx % $nx`
893          fi
894          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
895          sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
896          if test "x$ny" = x ; then
897            ry=20
898          else
899            ry=`expr $sy % $ny`
900          fi
901          echo `expr $rx + $ry`
902         else
903          echo '-1'
904         fi
905        elif [ $# -eq 1 ] ; then
906         if test -f $1 ; then
907          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
908          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
909          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
910          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
911         #echo $nx $ny
912          echo $nx
913         else
914          echo '-1'
915         fi
916        else
917          echo '-2'
918        fi
919    
920    }
921    
922  ###############################################################################  ###############################################################################
923    
924    
925  #  Default properties  #  Default properties
926  debug=0  debug=0
927  verbose=1  verbose=1
928  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
929    
930  IEEE=true  IEEE=true
931  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
932      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
933  fi  fi
934    OptLev=1
935  GSL=f  GSL=f
936    
937  CLEANUP=f  CLEANUP=f
938    NORUN=f
939  QUICK=f  QUICK=f
940    NOMAKE=f
941  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
942  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
943  NODEPEND=f  NODEPEND=f
944  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
945    
946  BASH=  BASH=
947  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 742  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6" Line 952  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
952  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
953  MPACK=  MPACK=
954  COMMAND=  COMMAND=
955    MKDEPEND=
956  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
957      MAKE=make      MAKE=make
958  fi  fi
# Line 749  if test "x$CC" = x ; then Line 960  if test "x$CC" = x ; then
960      CC=cc      CC=cc
961  fi  fi
962  JOBS=  JOBS=
963  MPI=f  TARG=
964    MPI=0
965    MPI_MFILE=
966  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
967  OUTDIR=  OUTDIR=
968  DELDIR=  DELDIR=
969    USE_R4=
970    EXTRFLG=
971    
972  ADM=  ADM=
973    OADM=
974    
975  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
976  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
977    
978  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=10
979    
980  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
981    
# Line 774  for ac_option ; do Line 990  for ac_option ; do
990      fi      fi
991    
992      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
993        
994      case $ac_option in      case $ac_option in
995                    
996          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
997              usage ;;  
998                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
999          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
1000              ac_prev=OPTFILE ;;  
1001          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
1002              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
1003                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
1004          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
1005              ac_prev=ADDRESSES ;;  
1006          -addr=* | --addr=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
1007              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
1008          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
1009              ac_prev=MPACKDIR ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
1010          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
1011              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1012            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1013          -tdir | --tdir | -t | --t)  
1014              ac_prev=TESTDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1015          -tdir=* | --tdir=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1016              TESTDIRS=$ac_optarg ;;  
1017            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1018          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1019              ac_prev=SKIPDIRS ;;  
1020          -skipdir=* | --skipdir=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1021              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1022    
1023          -bash | --bash | -b | --b)          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1024              ac_prev=BASH ;;          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1025          -bash=* | --bash=*)  
1026              BASH=$ac_optarg ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1027            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
         -command | --command | -c | --c)  
             ac_prev=COMMAND ;;  
         -command=* | --command=*)  
             COMMAND=$ac_optarg ;;  
   
         -make | --make | -m | --m)  
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
1028    
1029          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1030          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1031    
1032          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1033          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1034    
1035          -clean | --clean)          -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1036              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;          -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1037    
1038          -quick | --quick | -q | --q)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             QUICK=t ;;  
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
1039    
1040          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1041              POSTCLEAN=t ;;          -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1042            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1043            -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1044            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1045            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1046            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1047    
1048            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1049            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1050    
1051            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1052            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1053            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1054    
1055          -mpi) MPI=t ;;          -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1056            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1057    
1058          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1059    
1060          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
1061            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1062    
1063          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1064          -noieee) IEEE= ;;                   printf " ... " ;;
1065          -gsl) GSL=t ;;          -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1066                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1067            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1068            -devel) OptLev=0 ;;
1069            -gsl) GSL=t ;;
1070    
1071          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1072          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 866  for ac_option ; do Line 1074  for ac_option ; do
1074    
1075          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1076    
1077          -ts) TS=t;;          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1078    
1079            -ts) TS=t;;
1080          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
   
1081          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1082    
1083          -*)          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1084              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              usage ;;
1085              usage          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1086              ;;              usage ;;
1087            
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
           
1088       esac       esac
1089        
1090  done  done
1091    
1092  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 892  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1095  if test "x$QUICK" = xt ; then
1095      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1096  fi  fi
1097    
1098    #- check length of MPI machine file:
1099    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1100        if test -r $MPI_MFILE ; then
1101            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1102            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1103              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1104              usage
1105            fi
1106            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1107                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1108            fi
1109        else
1110              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1111              usage
1112        fi
1113    fi
1114    
1115  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1116  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
1117      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
1118      inputdir=input_ad      inputdir=input_ad
1119      ref_outp="output_adm.txt"      ref_outp="output_adm.txt"
1120      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1121    elif test "x$OADM" = xt ; then
1122        code_dir=code_oad
1123        inputdir=input_oad
1124        ref_outp="output_oadm.txt"
1125        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1126  else  else
1127      code_dir=code      code_dir=code
1128      inputdir=input      inputdir=input
# Line 905  else Line 1130  else
1130      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
1131  fi  fi
1132    
1133    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1134  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1135      LIST=`scandirs results/$ref_outp`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1136    elif test $xx = 'start_from' ; then
1137        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1138        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1139  else  else
1140      #- expand group of experiments:      #- expand group of experiments:
1141      LIST=" "      LIST=" "
# Line 921  else Line 1150  else
1150                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1151          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1152        esac        esac
1153      done      done
1154  fi  fi
1155  #echo 'LIST='${LIST}'<'  #echo 'LIST='${LIST}'<'
1156  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
# Line 942  do Line 1171  do
1171          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1172          fi          fi
1173      fi      fi
1174  done  done
1175  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1176  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1177    
# Line 950  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1179  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1179      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1180  fi  fi
1181    
1182    LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1183    RUNLOG="run.tr_log"
1184  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1185  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1186      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1187  fi  fi
1188  if test "x$MPI" = xt ; then  if test "x$MPI" != x0 ; then
1189      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1190  fi  fi
1191    
# Line 964  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )" Line 1195  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1195  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1196  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1197  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1198  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1199      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1200      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1201      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
# Line 977  else Line 1208  else
1208  fi  fi
1209    
1210  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1211  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1212        echo "skipping comparison code build"
1213    else
1214        createcodelet
1215    fi
1216    
1217  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1218  if test "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
# Line 988  fi Line 1223  fi
1223    
1224  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1225  CMDLINE=$0  CMDLINE=$0
1226  for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1227        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1228                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1229    done
1230    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1231  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1232  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1233  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1234  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1235  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1236      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1237    else
1238        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1239        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1240  fi  fi
1241  DNUM=0  DNUM=0
1242  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
# Line 1036  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1278  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1278      fi      fi
1279  else  else
1280      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1281      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1282      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1283  fi  fi
1284  echo  echo
1285  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1286  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1287      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1288      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1289      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1290         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
 #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"  
1291      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1292      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1293      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
# Line 1067  if test "x$ADM" = x ; then Line 1308  if test "x$ADM" = x ; then
1308  else  else
1309      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1310      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1311      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1312      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1313      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1314      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1315      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
# Line 1079  N n k u  s  a Line 1320  N n k u  s  a
1320    
1321  EOF  EOF
1322  fi  fi
1323    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1324    
1325  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1326  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1327        
1328      # set builddir & rundir:      # set builddir & rundir:
1329      builddir="build"      builddir="build"
1330      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1331      rundir="run"      rundir="run"
1332        pfxdir="tr_$rundir"
1333      if test ! -d $dir/$rundir ; then      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1334          rundir=$builddir          rundir=$builddir
1335      fi      fi
# Line 1095  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1338  for dir in $TESTDIRS ; do
1338    
1339      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1340      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1341          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1342              echo '  ------  clean dir:' $dir/$builddir          makeclean $BUILD_DIR
1343              ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )          (   cd $BUILD_DIR
1344          fi              rm -f $EXECUTABLE *.bak
1345                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1346                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1347            )
1348          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1349              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1350              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1351          fi          fi
1352          (          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1353              cd $dir          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1354              rm -rf tr_run.*          if test $ttd != 0 ; then
1355          )              echo '  --- rm dir:' $trdir
1356                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1357            fi
1358          continue          continue
1359      fi      fi
1360    
1361      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1362      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1363      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1364      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
# Line 1120  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1368  for dir in $TESTDIRS ; do
1368    
1369      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1370    
1371      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1372          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1373          continue          continue
1374      fi      fi
# Line 1129  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1377  for dir in $TESTDIRS ; do
1377          continue          continue
1378      fi      fi
1379    
1380        if test "x$MPI" != "x0" ; then
1381            prefer_X=0
1382            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1383                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth"`
1384                if test $retv = 1 ; then prefer_X=1 ; fi
1385            fi
1386            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1387            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $prefer_X
1388            LOC_NPROC=$?
1389            (   cd $BUILD_DIR
1390                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1391                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1392                else RETVAL=1
1393                fi
1394                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1395                    rm -f tr_size.mpi
1396                else
1397                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1398                fi
1399            )
1400            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1401                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1402                rm -f $LOC_MFILE
1403                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1404                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1405                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1406                    rm -f $LOC_MFILE
1407                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1408                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1409                fi
1410                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1411                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1412                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1413                fi
1414            fi
1415            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1416                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1417                if test $retv != 0 ; then
1418                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1419                    continue
1420                fi
1421            fi
1422        fi
1423    
1424      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1425      extra_runs=      extra_runs=
1426      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`      if test "x$NORUN" = xf ; then
1427            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1428        fi
1429      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1430      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1431          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1432          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1433          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1434          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1435              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1436                  if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1437                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
1438                    extra_runs="$extra_runs $name"
1439                  else
1440                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1441                    if test $retv = 0 ; then
1442                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1443                  #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"                  else
1444                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1445                  fi                  fi
1446              else                fi
1447                  extra_runs="$extra_runs $name"              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1448              fi              fi
1449              else
1450                extra_runs="$extra_runs $name"
1451              fi
1452          fi          fi
1453      done      done
1454    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1455      echo      echo
1456      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1457         echo "Experiment:  $dir"         echo "Experiment:  $dir"
1458      else      else
1459         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
# Line 1160  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1462  for dir in $TESTDIRS ; do
1462      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1463      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1464    
1465      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1466      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1467      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1468      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      #- report to this experiment local summary file ---
1469            echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1470      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1471          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1472          makeclean $dir/$builddir \      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1473              && run_clean $dir/$rundir  
1474        if test "x$NORUN" = xt ; then
1475                run=N
1476            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1477                && makeclean $dir/$builddir \
1478                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1479                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1480                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1481      else      else
1482          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1483              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
             && run_clean $dir/$rundir \  
1484              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1485              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1486              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1487              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \              && run_clean $dir/$rundir \
1488                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1489              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1490              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1491      fi      fi
1492            #echo "results='$results'"
1493      echo  
1494          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1495          echo          echo 1>&2
1496          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1497          touch $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         if test "x$ADM" = xt ; then  
             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                                 >> $CDIR"/summary.txt"  
         fi  
1498    
1499          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1500              unset run              unset run
1501              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1502              #  reference output file              #  reference output file
1503              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1504              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1505              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1506              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1507              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              #- report to this experiment local summary file ---
1508              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1509              run_clean $dir/tr_run.$ex              #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1510              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input              #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1511              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1512              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1513                run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1514                linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1515                runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1516                && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1517              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1518              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1519              echo              echo 1>&2
1520              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1521              touch $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1522              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1523              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
             echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             if test "x$ADM" = xt ; then  
                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \  
                                    >> $CDIR"/summary.txt"  
             fi  
             if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then  
                 run_clean $dir/tr_run.$ex  
1524              fi              fi
1525          done          done
1526    
1527        if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1528            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1529                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1530                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1531                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1532                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1533                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1534                    eval $mkOpt
1535                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1536                            $SUMMARY > tr_0.tmp_log
1537                    RETVAL=$?
1538                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1539                            cp tr_0.tmp_log $SUMMARY
1540                    else rm -f tr_0.tmp_log
1541                    fi
1542                fi
1543                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1544                grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1545                RETVAL=$?
1546                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1547                    echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state
1548                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \
1549                            | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log
1550                    sed -n '1p' tr_1.tmp_log >> $DRESULTS/genmake_state
1551                    sed -n '2,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1552                            >> $DRESULTS/genmake_state
1553                    rm -f tr_1.tmp_log
1554                fi
1555            fi
1556        fi
1557      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1558      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1559          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1560              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1561      fi      fi
1562            if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1563    
1564      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1565        
1566  done  done
1567    
1568  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
# Line 1267  else Line 1591  else
1591              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1592              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1593              echo              echo
1594                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1595                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1596          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1597      fi      fi
1598  fi  fi
1599    
1600  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1601        rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1602    fi
1603    
1604  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1605      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
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