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revision 1.117 by jmc, Tue Aug 19 18:29:12 2008 UTC revision 1.161 by jmc, Sat Apr 30 22:20:17 2011 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17        echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18        echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
19      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
20      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
21      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
22      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
23        echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
24      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
25      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
26      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
27      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
28      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
29      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
30      echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
31        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
32        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
33      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
34      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
35      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
36      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
37      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
38      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
39      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
40      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
41        echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
42      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
43      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
44      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
45      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"  #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
46      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"  #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
47      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
48      echo "                             (DEF=\"12\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
49      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
50      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
51        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
52        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
53      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
54      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
55      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
56      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
57        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
58        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
59      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
60      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
61      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
# Line 103  testoutput_var() Line 113  testoutput_var()
113  {  {
114      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
115      #      #
116      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
117      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
118      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
119    
# Line 175  testoutput_var() Line 185  testoutput_var()
185          fi          fi
186      fi      fi
187      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
188        
189      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
190  }  }
191    
# Line 211  testoutput_run() Line 221  testoutput_run()
221                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
222              else              else
223                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
224                if test "x$ADM" = x ; then                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
225                # remove this ptr from the list of output variable to check                # remove this ptr from the list of output variable to check
226                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
227                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
# Line 228  testoutput_run() Line 238  testoutput_run()
238            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
239          fi          fi
240          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
241          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
242            #---
243          allargs=""          allargs=""
244          for xx in $listVar          for xx in $listVar
245          do          do
# Line 263  testoutput_run() Line 274  testoutput_run()
274             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
275          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
276             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
277           'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
278           'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
279           'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
280           'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
281           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
282           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
283           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
284           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
285           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
286           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
287           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
288           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
289          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
290          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
291          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
# Line 290  testoutput_run() Line 301  testoutput_run()
301          done          done
302    
303          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
304          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
305          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
306            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
307            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
308          else          else
309            echo $allargs            echo $allargs
310          fi          fi
311  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
312  }  }
313    
# Line 314  genmakemodel() Line 325  genmakemodel()
325          (          (
326              cd $1;              cd $1;
327              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
328              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
329                  command="$command --mods=../code"                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
330              else              fi
331                if test "x$ADM" = xt ; then
332                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
333                elif test "x$OADM" = xt ; then
334                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
335                else
336                    command="$command -mods=../code"
337              fi              fi
338              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
339                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
340              fi              fi
341              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
342                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
# Line 328  genmakemodel() Line 344  genmakemodel()
344              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
345                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
346              fi              fi
347              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" != x0 ; then
348                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
349              fi              fi
350                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
351                #- run multi-threaded using OpenMP:
352                    command="$command -omp"
353                fi
354                if test "x$USE_R4" = xt ; then
355                    command="$command -use_r4"
356                fi
357              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
358                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
359              fi              fi
360              if test "x$PAPIS" = xt ; then              if test "x$PAPIS" = xt ; then
361                  command="$command -papis"                  command="$command -papis"
362              else              else
363              if test "x$PCLS" = xt ; then              if test "x$PCLS" = xt ; then
364                  command="$command -pcls"                  command="$command -pcls"
365              fi              fi
366              fi              fi
367              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... '
368              $command > make.log 2>&1              eval $command > genmake.tr_log 2>&1
369              RETVAL=$?              RETVAL=$?
370              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
371              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
372              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
373                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
374                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
375                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
376                  return 1                  return 1
377              else              else
378                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
379              fi              fi
380          )          )
381      fi      fi
# Line 361  genmakemodel() Line 384  genmakemodel()
384  makeclean()  makeclean()
385  {  {
386      # makeclean directory      # makeclean directory
387        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
388      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
389          echo "make Clean skipped!"          echo "make Clean skipped!"
390      else      else
# Line 368  makeclean() Line 392  makeclean()
392              cd $1;              cd $1;
393              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
394              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
395                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
396                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
397                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
398                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
399                      tail make.log                      tail make.tr_log
400                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
401                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
402                      return 1                      return 1
403                  fi                  fi
404                    echo successful
405                else
406                    echo ''
407              fi              fi
             echo successful 1>&2  
408              exit 0              exit 0
409          )          )
410      fi      fi
# Line 392  run_clean() Line 418  run_clean()
418      else      else
419          (          (
420              cd $1;              cd $1;
421              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1              printf 'clean run-dir ... '
422              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
423              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
424              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
425              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
426              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
427              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime              #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)
428                rm -f $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
429              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
430              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
431              echo successful 1>&2              echo successful
432              exit 0              exit 0
433          )          )
434      fi      fi
# Line 415  makedependmodel() Line 442  makedependmodel()
442      else      else
443          (          (
444              cd $1;              cd $1;
445              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
446              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
447              RETVAL=$?              RETVAL=$?
448              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
449                  tail make.log                  tail make.tr_log
450                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
451                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
452                  return 1                  return 1
453              else              else
454                  echo successful 1>&2                  echo successful
455              fi              fi
456          )          )
457      fi      fi
# Line 434  makemodel() Line 461  makemodel()
461  {  {
462      # makemodel directory      # makemodel directory
463      (      (
464        mk_fail=0
465        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
466            cd $1;
467            if test -x $EXECUTABLE ; then
468                echo "make skipped!"
469            else
470                echo "no executable!"
471                mk_fail=3
472            fi
473        else
474          cd $1;          cd $1;
475          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
476              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
477              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
478                    $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1
479                elif test "x$OADM" = xt ; then
480                    $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1
481                else
482                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
483                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE >> make.tr_log 2>&1
484                  else                  else
485                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS >> make.tr_log 2>&1
486                  fi                  fi
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
487              fi              fi
488              RETVAL=$?              RETVAL=$?
489              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
490                  tail make.log                  tail make.tr_log
491                  echo failed 1>&2                  echo failed
492                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
493                  return 1                  rm -f $EXECUTABLE
494                    mk_fail=1
495              else              else
496                  echo successful 1>&2                  echo successful
497              fi              fi
498            else
499                echo "no Makefile !"
500                mk_fail=2
501          fi          fi
502        fi
503        if test "x$ADM" = xt -a -f taf_ad.log ; then
504                head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
505                nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
506                nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
507                echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
508                                    >> $CDIR"/summary.txt"
509        fi
510        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
511      )      )
512  }  }
513    
514    mk_mpi_size()
515    {
516        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb prefer_to_split_X
517        #
518        # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
519        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
520        # return the effective number of processors.
521    
522        inp=$1
523        out=$2
524        np=$3
525        dirX=$4
526        tmp=TTT.$$
527    
528        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
529        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
530        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
531        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
532    
533        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
534        pp=0
535        i=1
536        while [ $i -le $px ] ; do
537          if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then
538            j=1
539            while [ $j -le $py ] ; do
540              if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
541                ij=`expr $i \* $j`
542                if [ $ij -gt $pp ] ; then
543                    flag=1
544                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
545                    flag=$dirX
546                else
547                    flag=0
548                fi
549                if test $flag = 1 ; then
550                  if [ $ij -le $np ] ; then
551                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
552                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
553                  fi
554                fi
555              fi
556              j=`expr $j + 1`
557            done
558          fi
559          i=`expr $i + 1`
560        done
561    
562        #- create new SIZE.h type file:
563        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
564        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
565        if [ $verbose -gt 1 ]; then
566            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
567        fi
568        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
569        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
570        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
571        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
572        rm -f $tmp
573        return $pp
574    }
575    
576  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
577  {  {
578      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 467  symlink_mpifiles() Line 581  symlink_mpifiles()
581    
582      dir=$1      dir=$1
583      code_dir=$2      code_dir=$2
584      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
585      CODE_DIR=$dir/$code_dir  
       
586      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
587      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
588    
589      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
590      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
591          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
592          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
593          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
594              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
595              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
596              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
597              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
598              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
599                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
600                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
601                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
602                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
603                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
604                        rm -f $build_dir/$name
605                  fi                  fi
606              fi              fi
607          done          else
608      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
609                    # dir so long as there is no real file in place
610                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
611                RETVAL=$?
612                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
613                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
614                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
615                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
616                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
617                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
618                    fi
619                fi
620            fi
621        done
622  }  }
623    
624  linkdata()  linkdata()
# Line 515  linkdata() Line 629  linkdata()
629      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
630          (          (
631              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
632                echo 'linkdata from dirs:' $*
633                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
634                for xx in $inpMPI ; do
635                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
636                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
637                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
638                    if test "x$MPI" = "x0" ; then
639                        # not mpi test: remove symbolic link
640                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
641                    else
642                        # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
643                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
644                        if test ! -r $yy ; then
645                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
646                            printf " $xx" 1>&2
647                        fi
648                    fi
649                  fi
650                done
651              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
652              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
653                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
654                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
655                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
656                      if test ! -r eedata ; then                      if test ! -r eedata ; then
657                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
658                          printf 'eedata.mth ' 1>&2                          printf ' eedata.mth' 1>&2
659                      fi                      fi
660                  else                  else
661                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
# Line 532  linkdata() Line 665  linkdata()
665              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
666              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
667                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
668                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
669                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
670                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
671                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 542  linkdata() Line 675  linkdata()
675                              fi                              fi
676                          fi                          fi
677                      done                      done
678                        printf ' ;' 1>&2
679                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
680                          "../"$ldir"/"prepare_run                          "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
681                        else
682                            echo '' 1>&2
683                      fi                      fi
                     printf ' ; ' 1>&2  
684                  fi                  fi
685                  prevDir=$ldir                  prevDir=$ldir
686              done              done
# Line 557  runmodel() Line 692  runmodel()
692  {  {
693      # runmodel directory      # runmodel directory
694      #      #
695      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
696      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
697      (      (
698          cd $1          cd $1
699          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
700          # make output.txt          if test "x$MPI" != x0 ; then
701          echo              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
702          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
703              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
704              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; rm -f run.log ; fi              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
705                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
706                fi
707                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
708            fi
709            if test -L $EXECUTABLE ; then
710              if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
711                cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
712                outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
713              else rm -f $EXECUTABLE
714              fi
715          fi          fi
716          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
717              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
718              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
719          fi          fi
720          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
721                  rm -f run.log ; touch run.log              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
722                  if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
723                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
724                  RETVAL=8              RETVAL=8
725                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
726          else          else
727              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
728                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
729                  rm -f run.log ; touch run.log              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
730                  if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
731                  ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
732                  RETVAL=$?              RETVAL=$?
733              else              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
734                  RETVAL=0              if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
735                  if test -f run.log ; then                  find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
736                      if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                  find . -name "*.data" -exec rm {} \;
737                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1                  rm -rf mnc_test_*
738                  else              fi
739                      touch run.log            else
740                      if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi              RETVAL=0
741                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
742                      echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1              touch $RUNLOG
743                  fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
744              fi              echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
745              ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            fi
746            fi
747            rm -f run.log_tmp
748            #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE (and AD time)
749            if test -f $OUTPUTFILE ; then
750              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
751                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"
752              if test "x$ADM" = xt ; then
753                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"
754              fi
755          fi          fi
756          rm -f run.log_00          if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
         #if test "x$RETVAL" = x0 ; then  
757          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
758              tail run.log              echo successful
759              echo successful 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
760              # === Reduce the size of the testing emails!              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
761              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE              return 0
762              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
763                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
764                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
765                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
766                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
767              return 0              return 0
768          else          else
769              tail run.log              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
770              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
771              cp run.log $CDIR"/run.log"              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
772              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
773              return 1              return 1
774          fi          fi
775      )      )
# Line 662  EOF Line 819  EOF
819          return 0          return 0
820      else      else
821          echo          echo
822          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
823          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
824          exit 1          exit 1
825      fi      fi
# Line 681  formatresults() Line 838  formatresults()
838      printf '%3s' $listPrt      printf '%3s' $listPrt
839  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
840  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
841        
842      if [ $xx = '..' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
843          printf ' N/O '          printf ' N/O '
844      elif [ $xx = '--' ]; then      elif [ $xx = '--' ]; then
# Line 697  formatresults() Line 854  formatresults()
854      fi      fi
855      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
856      printf '\n'      printf '\n'
857        
858  }  }
859    
860  scandirs()  scandirs()
# Line 712  scandirs() Line 869  scandirs()
869  }  }
870    
871    
872    check_eedata()
873    {
874        # check_eedata eedata size.h
875        if [ $# -eq 2 ] ; then
876         if test -f $1 -a -f $2 ; then
877          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
878          sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
879          if test "x$nx" = x ; then
880            rx=10
881          else
882            rx=`expr $sx % $nx`
883          fi
884          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
885          sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
886          if test "x$ny" = x ; then
887            ry=20
888          else
889            ry=`expr $sy % $ny`
890          fi
891          echo `expr $rx + $ry`
892         else
893          echo '-1'
894         fi
895        elif [ $# -eq 1 ] ; then
896         if test -f $1 ; then
897          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
898          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
899          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
900          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
901         #echo $nx $ny
902          echo $nx
903         else
904          echo '-1'
905         fi
906        else
907          echo '-2'
908        fi
909    
910    }
911    
912  ###############################################################################  ###############################################################################
913    
914    
915  #  Default properties  #  Default properties
916  debug=0  debug=0
917  verbose=1  verbose=1
 clean=0  
918    
919  IEEE=true  IEEE=true
920  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
# Line 727  fi Line 923  fi
923  GSL=f  GSL=f
924    
925  CLEANUP=f  CLEANUP=f
926    NORUN=f
927  QUICK=f  QUICK=f
928    NOMAKE=f
929  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
930  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
931  NODEPEND=f  NODEPEND=f
932  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
933    
934  BASH=  BASH=
935  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 742  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6" Line 940  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
940  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
941  MPACK=  MPACK=
942  COMMAND=  COMMAND=
943    MKDEPEND=
944  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
945      MAKE=make      MAKE=make
946  fi  fi
# Line 749  if test "x$CC" = x ; then Line 948  if test "x$CC" = x ; then
948      CC=cc      CC=cc
949  fi  fi
950  JOBS=  JOBS=
951  MPI=f  MPI=0
952    MPI_MFILE=
953  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
954  OUTDIR=  OUTDIR=
955  DELDIR=  DELDIR=
956    USE_R4=
957    
958  ADM=  ADM=
959    OADM=
960    
961  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
962  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
963    
964  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=10
965    
966  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
967    
# Line 774  for ac_option ; do Line 976  for ac_option ; do
976      fi      fi
977    
978      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
979        
980      case $ac_option in      case $ac_option in
981                    
982          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
983              usage ;;  
984                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
985          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
986              ac_prev=OPTFILE ;;  
987          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
988              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
989                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
990          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
991              ac_prev=ADDRESSES ;;  
992          -addr=* | --addr=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
993              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
994          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
995              ac_prev=MPACKDIR ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
996          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
997              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
998            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
999          -tdir | --tdir | -t | --t)  
1000              ac_prev=TESTDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1001          -tdir=* | --tdir=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1002              TESTDIRS=$ac_optarg ;;  
1003            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1004          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1005              ac_prev=SKIPDIRS ;;  
1006          -skipdir=* | --skipdir=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1007              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1008    
1009          -bash | --bash | -b | --b)          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1010              ac_prev=BASH ;;          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1011          -bash=* | --bash=*)  
1012              BASH=$ac_optarg ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1013            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
         -command | --command | -c | --c)  
             ac_prev=COMMAND ;;  
         -command=* | --command=*)  
             COMMAND=$ac_optarg ;;  
   
         -make | --make | -m | --m)  
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
1014    
1015          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1016          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1017    
1018          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1019          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1020    
1021          -clean | --clean)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;  
1022    
1023          -quick | --quick | -q | --q)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1024              QUICK=t ;;          -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1025          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1026              NOGENMAKE=t ;;          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1027          -noclean | --noclean | -nc | --nc)          -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1028              NOCLEAN=t ;;          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1029          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
1030              NODEPEND=t ;;          -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1031            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1032    
1033            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1034            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1035            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1036    
1037          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1038              POSTCLEAN=t ;;          -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
   
         -mpi) MPI=t ;;  
1039    
1040          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1041    
1042          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
1043            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1044    
1045          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
1046          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
1047          -gsl) GSL=t ;;          -gsl) GSL=t ;;
1048    
1049          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1050          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 866  for ac_option ; do Line 1052  for ac_option ; do
1052    
1053          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1054    
1055          -ts) TS=t;;          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1056    
1057            -ts) TS=t;;
1058          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
   
1059          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1060    
1061          -*)          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1062              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              usage ;;
1063              usage          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1064              ;;              usage ;;
1065            
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
           
1066       esac       esac
1067        
1068  done  done
1069    
1070  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 892  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1073  if test "x$QUICK" = xt ; then
1073      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1074  fi  fi
1075    
1076    #- check length of MPI machine file:
1077    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1078        if test -r $MPI_MFILE ; then
1079            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1080            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1081              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1082              usage
1083            fi
1084            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1085                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1086            fi
1087        else
1088              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1089              usage
1090        fi
1091    fi
1092    
1093  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1094  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
1095      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
1096      inputdir=input_ad      inputdir=input_ad
1097      ref_outp="output_adm.txt"      ref_outp="output_adm.txt"
1098      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1099    elif test "x$OADM" = xt ; then
1100        code_dir=code_oad
1101        inputdir=input_oad
1102        ref_outp="output_oadm.txt"
1103        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1104  else  else
1105      code_dir=code      code_dir=code
1106      inputdir=input      inputdir=input
# Line 905  else Line 1108  else
1108      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
1109  fi  fi
1110    
1111    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1112  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1113      LIST=`scandirs results/$ref_outp`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1114    elif test $xx = 'start_from' ; then
1115        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1116        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1117  else  else
1118      #- expand group of experiments:      #- expand group of experiments:
1119      LIST=" "      LIST=" "
# Line 921  else Line 1128  else
1128                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1129          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1130        esac        esac
1131      done      done
1132  fi  fi
1133  #echo 'LIST='${LIST}'<'  #echo 'LIST='${LIST}'<'
1134  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
# Line 942  do Line 1149  do
1149          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1150          fi          fi
1151      fi      fi
1152  done  done
1153  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1154  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1155    
# Line 950  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1157  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1157      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1158  fi  fi
1159    
1160    LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1161    RUNLOG="run.tr_log"
1162  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1163  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1164      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1165  fi  fi
1166  if test "x$MPI" = xt ; then  if test "x$MPI" != x0 ; then
1167      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1168  fi  fi
1169    
# Line 964  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )" Line 1173  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1173  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1174  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1175  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1176  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1177      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1178      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1179      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
# Line 977  else Line 1186  else
1186  fi  fi
1187    
1188  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1189  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1190        echo "skipping comparison code build"
1191    else
1192        createcodelet
1193    fi
1194    
1195  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1196  if test "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
# Line 988  fi Line 1201  fi
1201    
1202  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1203  CMDLINE=$0  CMDLINE=$0
1204  for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1205        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1206                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1207    done
1208    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1209  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1210  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1211  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1212  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1213  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1214      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1215    else
1216        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1217        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1218  fi  fi
1219  DNUM=0  DNUM=0
1220  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
# Line 1036  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1256  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1256      fi      fi
1257  else  else
1258      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1259      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1260      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1261  fi  fi
1262  echo  echo
1263  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1264  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1265      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1266      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1267      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1268         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
 #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"  
1269      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1270      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1271      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
# Line 1067  if test "x$ADM" = x ; then Line 1286  if test "x$ADM" = x ; then
1286  else  else
1287      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1288      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1289      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1290      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1291      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1292      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1293      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
# Line 1079  N n k u  s  a Line 1298  N n k u  s  a
1298    
1299  EOF  EOF
1300  fi  fi
1301    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1302    
1303  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1304  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1305        
1306      # set builddir & rundir:      # set builddir & rundir:
1307      builddir="build"      builddir="build"
1308      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1309      rundir="run"      rundir="run"
1310        pfxdir="tr_$rundir"
1311      if test ! -d $dir/$rundir ; then      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1312          rundir=$builddir          rundir=$builddir
1313      fi      fi
# Line 1095  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1316  for dir in $TESTDIRS ; do
1316    
1317      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1318      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1319          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1320              echo '  ------  clean dir:' $dir/$builddir          makeclean $BUILD_DIR
1321              ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )          (   cd $BUILD_DIR
1322          fi              rm -f $EXECUTABLE *.bak
1323                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1324                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1325            )
1326          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1327              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1328              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1329          fi          fi
1330          (          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1331              cd $dir          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1332              rm -rf tr_run.*          if test $ttd != 0 ; then
1333          )              echo '  --- rm dir:' $trdir
1334                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1335            fi
1336          continue          continue
1337      fi      fi
1338    
1339      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1340      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1341      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1342      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
# Line 1120  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1346  for dir in $TESTDIRS ; do
1346    
1347      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1348    
1349      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1350          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1351          continue          continue
1352      fi      fi
# Line 1129  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1355  for dir in $TESTDIRS ; do
1355          continue          continue
1356      fi      fi
1357    
1358        if test "x$MPI" != "x0" ; then
1359            prefer_X=0
1360            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1361                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth"`
1362                if test $retv = 1 ; then prefer_X=1 ; fi
1363            fi
1364            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1365            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $prefer_X
1366            LOC_NPROC=$?
1367            (   cd $BUILD_DIR
1368                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1369                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1370                else RETVAL=1
1371                fi
1372                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1373                    rm -f tr_size.mpi
1374                else
1375                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1376                fi
1377            )
1378            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1379                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1380                rm -f $LOC_MFILE
1381                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1382                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1383                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1384                    rm -f $LOC_MFILE
1385                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1386                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1387                fi
1388                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1389                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1390                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1391                fi
1392            fi
1393            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1394                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1395                if test $retv != 0 ; then
1396                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1397                    continue
1398                fi
1399            fi
1400        fi
1401    
1402      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1403      extra_runs=      extra_runs=
1404      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`      if test "x$NORUN" = xf ; then
1405            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1406        fi
1407      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1408      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1409          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1410          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1411          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1412          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1413              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1414                  if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1415                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
1416                    extra_runs="$extra_runs $name"
1417                  else
1418                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1419                    if test $retv = 0 ; then
1420                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1421                  #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"                  else
1422                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1423                  fi                  fi
1424              else                fi
1425                  extra_runs="$extra_runs $name"              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1426              fi              fi
1427              else
1428                extra_runs="$extra_runs $name"
1429              fi
1430          fi          fi
1431      done      done
1432    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1433      echo      echo
1434      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1435         echo "Experiment:  $dir"         echo "Experiment:  $dir"
1436      else      else
1437         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
# Line 1160  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1440  for dir in $TESTDIRS ; do
1440      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1441      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1442    
1443      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1444      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1445      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1446      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      #- report to this experiment local summary file ---
1447            echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1448      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1449          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1450          makeclean $dir/$builddir \      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1451              && run_clean $dir/$rundir  
1452        if test "x$NORUN" = xt ; then
1453                run=N
1454            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1455                && makeclean $dir/$builddir \
1456                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1457                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1458                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1459      else      else
1460          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1461              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
             && run_clean $dir/$rundir \  
1462              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1463              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1464              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1465              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \              && run_clean $dir/$rundir \
1466                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1467              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1468              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1469      fi      fi
1470            #echo "results='$results'"
1471      echo  
1472          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1473          echo          echo 1>&2
1474          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1475          touch $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         if test "x$ADM" = xt ; then  
             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                                 >> $CDIR"/summary.txt"  
         fi  
1476    
1477          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1478              unset run              unset run
1479              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1480              #  reference output file              #  reference output file
1481              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1482              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1483              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1484              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1485              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              #- report to this experiment local summary file ---
1486              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1487              run_clean $dir/tr_run.$ex              #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1488              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input              #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1489              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1490              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1491                run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1492                linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1493                runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1494                && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1495              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1496              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1497              echo              echo 1>&2
1498              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1499              touch $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1500              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1501              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
             echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             if test "x$ADM" = xt ; then  
                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \  
                                    >> $CDIR"/summary.txt"  
             fi  
             if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then  
                 run_clean $dir/tr_run.$ex  
1502              fi              fi
1503          done          done
1504    
1505        if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1506            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1507                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1508                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1509                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1510                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1511                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1512                    eval $mkOpt
1513                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1514                            $SUMMARY > tr_0.tmp_log
1515                    RETVAL=$?
1516                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1517                            cp tr_0.tmp_log $SUMMARY
1518                    else rm -f tr_0.tmp_log
1519                    fi
1520                fi
1521                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1522                grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1523                RETVAL=$?
1524                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1525                    echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state
1526                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \
1527                           | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log
1528                    sed -n '1,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1529                            >> $DRESULTS/genmake_state
1530                    rm -f tr_1.tmp_log
1531                fi
1532            fi
1533        fi
1534      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1535      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1536          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1537              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1538      fi      fi
1539            if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1540    
1541      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1542        
1543  done  done
1544    
1545  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
# Line 1267  else Line 1568  else
1568              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1569              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1570              echo              echo
1571                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1572                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1573          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1574      fi      fi
1575  fi  fi
1576    
1577  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1578        rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1579    fi
1580    
1581  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1582      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'

Legend:
Removed from v.1.117  
changed lines
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