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revision 1.117 by jmc, Tue Aug 19 18:29:12 2008 UTC revision 1.153 by jmc, Wed Dec 29 22:35:50 2010 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
20      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
21        echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
22      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
23      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
24      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
25      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
26      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
27      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
28      echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
29        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
30        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
31      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
32      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
33      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
34      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
35      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
36      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
37      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
38      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
39        echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
40      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
41      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
42      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
43      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
44      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
45      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
46      echo "                             (DEF=\"12\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
47      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
48      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
49        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
50        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
51      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
52      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
53      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
# Line 103  testoutput_var() Line 109  testoutput_var()
109  {  {
110      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
111      #      #
112      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
113      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
114      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
115    
# Line 175  testoutput_var() Line 181  testoutput_var()
181          fi          fi
182      fi      fi
183      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
184        
185      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
186  }  }
187    
# Line 211  testoutput_run() Line 217  testoutput_run()
217                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
218              else              else
219                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
220                if test "x$ADM" = x ; then                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
221                # remove this ptr from the list of output variable to check                # remove this ptr from the list of output variable to check
222                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
223                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
# Line 228  testoutput_run() Line 234  testoutput_run()
234            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
235          fi          fi
236          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
237          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" > $locDIR"/summary.txt"
238          allargs=""          allargs=""
239          for xx in $listVar          for xx in $listVar
240          do          do
# Line 263  testoutput_run() Line 269  testoutput_run()
269             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
270          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
271             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
272           'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
273           'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
274           'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
275           'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
276           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
277           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
278           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
279           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
280           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
281           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
282           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
283           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
284          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
285          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
286          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
# Line 290  testoutput_run() Line 296  testoutput_run()
296          done          done
297    
298          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
299          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
300          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
301            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
302            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
303          else          else
304            echo $allargs            echo $allargs
305          fi          fi
306  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
307  }  }
308    
# Line 314  genmakemodel() Line 320  genmakemodel()
320          (          (
321              cd $1;              cd $1;
322              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
323              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
324                  command="$command --mods=../code"                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
325              else              fi
326                if test "x$ADM" = xt ; then
327                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
328                elif test "x$OADM" = xt ; then
329                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
330                else
331                    command="$command -mods=../code"
332              fi              fi
333              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
334                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
335              fi              fi
336              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
337                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
# Line 331  genmakemodel() Line 342  genmakemodel()
342              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" = xt ; then
343                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
344              fi              fi
345                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
346                #- run multi-threaded using OpenMP:
347                    command="$command -omp"
348                fi
349                if test "x$USE_R4" = xt ; then
350                    command="$command -use_r4"
351                fi
352              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
353                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
354              fi              fi
355              if test "x$PAPIS" = xt ; then              if test "x$PAPIS" = xt ; then
356                  command="$command -papis"                  command="$command -papis"
357              else              else
358              if test "x$PCLS" = xt ; then              if test "x$PCLS" = xt ; then
359                  command="$command -pcls"                  command="$command -pcls"
360              fi              fi
361              fi              fi
362              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... '
363              $command > make.log 2>&1              eval $command > genmake.tr_log 2>&1
364              RETVAL=$?              RETVAL=$?
365              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
366              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
367              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
368                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
369                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
370                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
371                  return 1                  return 1
372              else              else
373                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
374              fi              fi
375          )          )
376      fi      fi
# Line 361  genmakemodel() Line 379  genmakemodel()
379  makeclean()  makeclean()
380  {  {
381      # makeclean directory      # makeclean directory
382        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
383      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
384          echo "make Clean skipped!"          echo "make Clean skipped!"
385      else      else
# Line 368  makeclean() Line 387  makeclean()
387              cd $1;              cd $1;
388              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
389              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
390                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
391                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1                  rm -f Makefile.old
392                    $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
393                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
394                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
395                      tail make.log                      tail make.tr_log
396                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
397                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
398                      return 1                      return 1
399                  fi                  fi
400                    echo successful
401                else
402                    echo ''
403              fi              fi
             echo successful 1>&2  
404              exit 0              exit 0
405          )          )
406      fi      fi
# Line 392  run_clean() Line 414  run_clean()
414      else      else
415          (          (
416              cd $1;              cd $1;
417              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1              printf 'clean run-dir ... '
418              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
419              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
420              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
421              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
422              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
423              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime              rm -f $EXECUTABLE $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
424              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
425              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
426              echo successful 1>&2              echo successful
427              exit 0              exit 0
428          )          )
429      fi      fi
# Line 415  makedependmodel() Line 437  makedependmodel()
437      else      else
438          (          (
439              cd $1;              cd $1;
440              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
441              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
442              RETVAL=$?              RETVAL=$?
443              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
444                  tail make.log                  tail make.tr_log
445                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
446                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
447                  return 1                  return 1
448              else              else
449                  echo successful 1>&2                  echo successful
450              fi              fi
451          )          )
452      fi      fi
# Line 434  makemodel() Line 456  makemodel()
456  {  {
457      # makemodel directory      # makemodel directory
458      (      (
459        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
460            cd $1;
461            if test -x $EXECUTABLE ; then
462                echo "make skipped!"
463            else
464                echo "no executable!"
465                return 2
466            fi
467        else
468          cd $1;          cd $1;
469          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
470              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
471              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
472                    $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1
473                elif test "x$OADM" = xt ; then
474                    $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1
475                else
476                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
477                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE >> make.tr_log 2>&1
478                  else                  else
479                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS >> make.tr_log 2>&1
480                  fi                  fi
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
481              fi              fi
482              RETVAL=$?              RETVAL=$?
483              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
484                  tail make.log                  tail make.tr_log
485                  echo failed 1>&2                  echo failed
486                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
487                    rm -f $EXECUTABLE
488                  return 1                  return 1
489              else              else
490                  echo successful 1>&2                  echo successful
491              fi              fi
492          fi          fi
493        fi
494      )      )
495  }  }
496    
# Line 469  symlink_mpifiles() Line 504  symlink_mpifiles()
504      code_dir=$2      code_dir=$2
505      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
506      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
507        
508      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
509      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
510    
# Line 504  symlink_mpifiles() Line 539  symlink_mpifiles()
539              fi              fi
540          done          done
541      fi      fi
542        
543  }  }
544    
545  linkdata()  linkdata()
# Line 515  linkdata() Line 550  linkdata()
550      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
551          (          (
552              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
553                echo 'linkdata from dirs:' $*
554                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
555                for xx in $inpMPI ; do
556                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
557                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
558                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
559                    if test "x$MPI" = "xt" ; then
560                    # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
561                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
562                        if test ! -r $yy ; then
563                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
564                            printf " $xx" 1>&2
565                        fi
566                    else
567                    # not mpi test: remove symbolic link
568                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
569                    fi
570                  fi
571                done
572              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
573              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
574                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
575                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
576                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
577                      if test ! -r eedata ; then                      if test ! -r eedata ; then
578                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
579                          printf 'eedata.mth ' 1>&2                          printf ' eedata.mth' 1>&2
580                      fi                      fi
581                  else                  else
582                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
# Line 532  linkdata() Line 586  linkdata()
586              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
587              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
588                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
589                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
590                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
591                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
592                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 542  linkdata() Line 596  linkdata()
596                              fi                              fi
597                          fi                          fi
598                      done                      done
599                        printf ' ;' 1>&2
600                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
601                          "../"$ldir"/"prepare_run                          "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
602                        else
603                            echo '' 1>&2
604                      fi                      fi
                     printf ' ; ' 1>&2  
605                  fi                  fi
606                  prevDir=$ldir                  prevDir=$ldir
607              done              done
# Line 557  runmodel() Line 613  runmodel()
613  {  {
614      # runmodel directory      # runmodel directory
615      #      #
616      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
617      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
618      (      (
619          cd $1          cd $1
620          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
621          # make output.txt          if test -L $EXECUTABLE ; then
622          echo            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
         if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then  
623              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
624              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; rm -f run.log ; fi              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
625              else rm -f $EXECUTABLE
626              fi
627          fi          fi
628          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
629              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
630              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
631          fi          fi
632          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
633                  rm -f run.log ; touch run.log                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
634                  if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
635                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
636                  RETVAL=8                  RETVAL=8
637                  ENDVAL=-1                  ENDVAL=-1
638          else          else
639              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
640                # output do not exist or is older than executable:                # output do not exist or is older than executable:
641                  rm -f run.log ; touch run.log                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
642                  if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
643                  ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
644                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
645              else              else
646                  RETVAL=0                  RETVAL=0
647                  if test -f run.log ; then                  if test -f $RUNLOG ; then
648                      if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
649                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
650                  else                  else
651                      touch run.log                      touch $RUNLOG
652                      if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
653                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
654                      echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1                      echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
655                  fi                  fi
656              fi              fi
657              ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`              #ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
658                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
659          fi          fi
660          rm -f run.log_00          rm -f run.log_tmp
         #if test "x$RETVAL" = x0 ; then  
661          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
662              tail run.log              echo successful
663              echo successful 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
664                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
665              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
666              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
667              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
668              return 0              return 0
669            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
670                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
671                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
672                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
673                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
674                return 0
675          else          else
676              tail run.log              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
677              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
678              cp run.log $CDIR"/run.log"              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
679                cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
680              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
681              return 1              return 1
682          fi          fi
# Line 662  EOF Line 727  EOF
727          return 0          return 0
728      else      else
729          echo          echo
730          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
731          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
732          exit 1          exit 1
733      fi      fi
# Line 681  formatresults() Line 746  formatresults()
746      printf '%3s' $listPrt      printf '%3s' $listPrt
747  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
748  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
749        
750      if [ $xx = '..' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
751          printf ' N/O '          printf ' N/O '
752      elif [ $xx = '--' ]; then      elif [ $xx = '--' ]; then
# Line 697  formatresults() Line 762  formatresults()
762      fi      fi
763      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
764      printf '\n'      printf '\n'
765        
766  }  }
767    
768  scandirs()  scandirs()
# Line 712  scandirs() Line 777  scandirs()
777  }  }
778    
779    
780    check_eedata()
781    {
782        # check_eedata size.h eedata
783        if [ $# -eq 2 ] ; then
784          if test -f $1 -a -f $2 ; then
785          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
786          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
787          if test "x$nx" = x ; then
788            rx=10
789          else
790            rx=`expr $sx % $nx`
791          fi
792          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
793          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
794          if test "x$ny" = x ; then
795            ry=20
796          else
797            ry=`expr $sy % $ny`
798          fi
799          echo `expr $rx + $ry`
800        else
801          echo '-1'
802          fi
803        else
804          echo '-2'
805        fi
806    
807    }
808    
809  ###############################################################################  ###############################################################################
810    
811    
# Line 727  fi Line 821  fi
821  GSL=f  GSL=f
822    
823  CLEANUP=f  CLEANUP=f
824    NORUN=f
825  QUICK=f  QUICK=f
826    NOMAKE=f
827  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
828  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
829  NODEPEND=f  NODEPEND=f
# Line 742  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6" Line 838  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
838  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
839  MPACK=  MPACK=
840  COMMAND=  COMMAND=
841    MKDEPEND=
842  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
843      MAKE=make      MAKE=make
844  fi  fi
# Line 753  MPI=f Line 850  MPI=f
850  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
851  OUTDIR=  OUTDIR=
852  DELDIR=  DELDIR=
853    USE_R4=
854    
855  ADM=  ADM=
856    OADM=
857    
858  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
859  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
860    
861  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=10
862    
863  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
864    
# Line 774  for ac_option ; do Line 873  for ac_option ; do
873      fi      fi
874    
875      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
876        
877      case $ac_option in      case $ac_option in
878                    
879          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h)
# Line 787  for ac_option ; do Line 886  for ac_option ; do
886                    
887          -addr | --addr | -a | --a)          -addr | --addr | -a | --a)
888              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
889          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)
890              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
891          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
892              ac_prev=MPACKDIR ;;              ac_prev=MPACKDIR ;;
# Line 796  for ac_option ; do Line 895  for ac_option ; do
895    
896          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
897              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
898          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)
899              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
900    
901          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
902              ac_prev=SKIPDIRS ;;              ac_prev=SKIPDIRS ;;
903          -skipdir=* | --skipdir=*)          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)
904              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
905    
906          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
907              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
908          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)
909              BASH=$ac_optarg ;;              BASH=$ac_optarg ;;
910    
911          -command | --command | -c | --c)          -command | --command | -c | --c)
912              ac_prev=COMMAND ;;              ac_prev=COMMAND ;;
913          -command=* | --command=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)
914              COMMAND=$ac_optarg ;;              COMMAND=$ac_optarg ;;
915    
916            -makedepend | --makedepend | -md | --md)
917                ac_prev=MKDEPEND ;;
918            -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*)
919                MKDEPEND=$ac_optarg ;;
920    
921          -make | --make | -m | --m)          -make | --make | -m | --m)
922              ac_prev=MAKE ;;              ac_prev=MAKE ;;
923          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)
924              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
925    
926          -odir | --odir)          -odir | --odir)
# Line 832  for ac_option ; do Line 936  for ac_option ; do
936          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
937          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
938    
939          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
940          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
941    
942          -clean | --clean)          -clean | --clean)
943              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
944    
945            -norun | --norun | -nr | --nr)
946                NORUN=t ;;
947            -runonly | --runonly | -ro | --ro)
948                QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
949          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
950              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
951          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
# Line 856  for ac_option ; do Line 964  for ac_option ; do
964    
965          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
966    
967            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
968    
969          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
970          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
971          -gsl) GSL=t ;;          -gsl) GSL=t ;;
# Line 866  for ac_option ; do Line 976  for ac_option ; do
976    
977          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
978    
979          -ts) TS=t;;          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
980    
981            -ts) TS=t;;
982          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
   
983          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
984    
985          -*)          -*)
986              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
987              usage              usage
988              ;;              ;;
989            
990          *)          *)
991              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
992              usage              usage
993              ;;              ;;
994            
995       esac       esac
996        
997  done  done
998    
999  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 898  if test "x$ADM" = xt ; then Line 1008  if test "x$ADM" = xt ; then
1008      inputdir=input_ad      inputdir=input_ad
1009      ref_outp="output_adm.txt"      ref_outp="output_adm.txt"
1010      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1011    elif test "x$OADM" = xt ; then
1012        code_dir=code_oad
1013        inputdir=input_oad
1014        ref_outp="output_oadm.txt"
1015        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1016  else  else
1017      code_dir=code      code_dir=code
1018      inputdir=input      inputdir=input
# Line 905  else Line 1020  else
1020      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
1021  fi  fi
1022    
1023    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1024  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1025      LIST=`scandirs results/$ref_outp`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1026    elif test $xx = 'start_from' ; then
1027        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1028        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1029  else  else
1030      #- expand group of experiments:      #- expand group of experiments:
1031      LIST=" "      LIST=" "
# Line 921  else Line 1040  else
1040                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1041          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1042        esac        esac
1043      done      done
1044  fi  fi
1045  #echo 'LIST='${LIST}'<'  #echo 'LIST='${LIST}'<'
1046  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
# Line 942  do Line 1061  do
1061          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1062          fi          fi
1063      fi      fi
1064  done  done
1065  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1066  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1067    
# Line 950  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1069  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1069      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1070  fi  fi
1071    
1072    RUNLOG="run.tr_log"
1073  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1074  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1075      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
# Line 964  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )" Line 1084  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1084  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1085  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1086  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1087  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1088      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1089      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1090      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
# Line 977  else Line 1097  else
1097  fi  fi
1098    
1099  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1100  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1101        echo "skipping comparison code build"
1102    else
1103        createcodelet
1104    fi
1105    
1106  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1107  if test "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
# Line 988  fi Line 1112  fi
1112    
1113  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1114  CMDLINE=$0  CMDLINE=$0
1115  for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1116        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1117                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1118    done
1119    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1120  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1121  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1122  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1123  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1124  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1125      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1126    else
1127        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1128        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1129  fi  fi
1130  DNUM=0  DNUM=0
1131  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
# Line 1036  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1167  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1167      fi      fi
1168  else  else
1169      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1170      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1171      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1172  fi  fi
1173  echo  echo
1174  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1175  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1176      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1177      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1178      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1179         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
 #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"  
1180      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1181      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1182      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
# Line 1067  if test "x$ADM" = x ; then Line 1197  if test "x$ADM" = x ; then
1197  else  else
1198      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1199      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1200      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1201      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1202      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1203      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1204      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
# Line 1079  N n k u  s  a Line 1209  N n k u  s  a
1209    
1210  EOF  EOF
1211  fi  fi
1212    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1213    
1214  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1215  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1216        
1217      # set builddir & rundir:      # set builddir & rundir:
1218      builddir="build"      builddir="build"
1219      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1220      rundir="run"      rundir="run"
1221        pfxdir="tr_$rundir"
1222      if test ! -d $dir/$rundir ; then      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1223          rundir=$builddir          rundir=$builddir
1224      fi      fi
# Line 1095  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1227  for dir in $TESTDIRS ; do
1227    
1228      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1229      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1230          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1231              echo '  ------  clean dir:' $dir/$builddir          makeclean $BUILD_DIR
1232              ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )          (   cd $BUILD_DIR
1233          fi              rm -f $EXECUTABLE *.bak
1234                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1235                rm -f genmake.tr_log make.tr_log
1236            )
1237          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1238              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1239              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1240          fi          fi
1241          (          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1242              cd $dir          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1243              rm -rf tr_run.*          if test $ttd != 0 ; then
1244          )              echo '  --- rm dir:' $trdir
1245                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1246            fi
1247          continue          continue
1248      fi      fi
1249    
1250      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1251      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1252      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1253      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
# Line 1128  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1265  for dir in $TESTDIRS ; do
1265          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1266          continue          continue
1267      fi      fi
1268        if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1269          retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1270          if test $retv != 0 ; then
1271            echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1272            continue
1273          fi
1274        fi
1275    
1276      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1277      extra_runs=      extra_runs=
1278      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`      if test "x$NORUN" = xf ; then
1279            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1280        fi
1281      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1282      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1283          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1284          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1285          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1286          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1287              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1288                  if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1289                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
1290                    retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1291                    if test $retv = 0 ; then
1292                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1293                  #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"                  else
1294                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1295                  fi                  fi
1296              else                else
1297                  extra_runs="$extra_runs $name"                  extra_runs="$extra_runs $name"
1298                  fi
1299                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1300              fi              fi
1301              else
1302                extra_runs="$extra_runs $name"
1303              fi
1304          fi          fi
1305      done      done
1306    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1307      echo      echo
1308      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1309         echo "Experiment:  $dir"         echo "Experiment:  $dir"
1310      else      else
1311         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
# Line 1161  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1315  for dir in $TESTDIRS ; do
1315      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1316    
1317      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1318      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1319      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1320      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1321        
1322      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
1323          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='              run=N
1324          makeclean $dir/$builddir \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1325              && run_clean $dir/$rundir              && makeclean $dir/$builddir \
1326                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1327                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1328                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1329      else      else
1330          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1331              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
             && run_clean $dir/$rundir \  
1332              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1333              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1334              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1335              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \              && run_clean $dir/$rundir \
1336                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1337              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1338              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1339      fi      fi
1340            #echo "results='$results'"
1341      echo  
1342          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1343          echo          echo 1>&2
1344          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1345          touch $CDIR"/summary.txt"          touch $locDIR"/summary.txt"
1346          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1347          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1348          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1349          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
1350          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $locDIR"/summary.txt"
1351          if test "x$ADM" = xt ; then          if test "x$ADM" = xt ; then
1352              head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"              head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1353              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1354                                  >> $CDIR"/summary.txt"                                  >> $locDIR"/summary.txt"
1355          fi          fi
1356    
1357          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
# Line 1203  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1360  for dir in $TESTDIRS ; do
1360              #  reference output file              #  reference output file
1361              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1362              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1363              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1364              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1365              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1366              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1367              run_clean $dir/tr_run.$ex              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1368              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1369              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1370              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`              && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1371              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1372              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1373              echo              echo 1>&2
1374              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1375              touch $CDIR"/summary.txt"              touch $locDIR"/summary.txt"
1376              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1377              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1378              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1379              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
1380              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $locDIR"/summary.txt"
1381              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
1382                  head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"                  head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1383                  grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \                  grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$pfxdir.$ex/$OUTPUTFILE \
1384                                     >> $CDIR"/summary.txt"                                     >> $locDIR"/summary.txt"
1385              fi              fi
1386              if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then              if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1387                  run_clean $dir/tr_run.$ex                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1388              fi              fi
1389          done          done
1390    
1391        if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1392            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1393                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1394                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1395                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1396                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1397                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1398                    eval $mkOpt
1399                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1400                            $SUMMARY > tr_0.tmp_log
1401                    RETVAL=$?
1402                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1403                            cp tr_0.tmp_log $SUMMARY
1404                    else rm -f tr_0.tmp_log
1405                    fi
1406                fi
1407                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1408                grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1409                RETVAL=$?
1410                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1411                    echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state
1412                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \
1413                           | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log
1414                    sed -n '1,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1415                            >> $DRESULTS/genmake_state
1416                    rm -f tr_1.tmp_log
1417                fi
1418            fi
1419        fi
1420      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1421      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1422          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1423              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1424      fi      fi
1425        
1426      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1427        
1428  done  done
1429    
1430  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
# Line 1267  else Line 1453  else
1453              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1454              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1455              echo              echo
1456                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1457                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1458          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1459      fi      fi
1460  fi  fi
1461    
1462  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1463        rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1464    fi
1465    
1466  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1467      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'

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changed lines
  Added in v.1.153

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