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revision 1.117 by jmc, Tue Aug 19 18:29:12 2008 UTC revision 1.140 by jmc, Fri Apr 30 13:07:19 2010 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
20      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
21        echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
22      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
23      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
24      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
25      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
26      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
27      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
28      echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
29      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
30      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
31      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
32      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
33      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
34      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
35      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
36      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
37      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
38      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
39      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
40      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
41      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
42      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
43      echo "                             (DEF=\"12\")"      echo "                             (DEF=\"12\")"
44      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
45      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
46        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
47        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
48      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
49      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
50      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
# Line 103  testoutput_var() Line 106  testoutput_var()
106  {  {
107      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
108      #      #
109      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
110      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
111      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
112    
# Line 175  testoutput_var() Line 178  testoutput_var()
178          fi          fi
179      fi      fi
180      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
181        
182      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
183  }  }
184    
# Line 211  testoutput_run() Line 214  testoutput_run()
214                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
215              else              else
216                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
217                if test "x$ADM" = x ; then                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
218                # remove this ptr from the list of output variable to check                # remove this ptr from the list of output variable to check
219                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
220                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
# Line 228  testoutput_run() Line 231  testoutput_run()
231            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
232          fi          fi
233          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
234          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" > $locDIR"/summary.txt"
235          allargs=""          allargs=""
236          for xx in $listVar          for xx in $listVar
237          do          do
# Line 263  testoutput_run() Line 266  testoutput_run()
266             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
267          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
268             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
269           'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
270           'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
271           'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
272           'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
273           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
274           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
275           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
276           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
277           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
278           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
279           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
280           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
281          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
282          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
283          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
# Line 290  testoutput_run() Line 293  testoutput_run()
293          done          done
294    
295          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
296          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
297          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
298            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
299            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
300          else          else
301            echo $allargs            echo $allargs
302          fi          fi
303  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
304  }  }
305    
# Line 314  genmakemodel() Line 317  genmakemodel()
317          (          (
318              cd $1;              cd $1;
319              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
320              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
                 command="$command --mods=../code"  
             else  
321                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
322                elif test "x$OADM" = xt ; then
323                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
324                else
325                    command="$command -mods=../code"
326              fi              fi
327              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
328                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
329              fi              fi
330              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
331                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
# Line 331  genmakemodel() Line 336  genmakemodel()
336              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" = xt ; then
337                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
338              fi              fi
339                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
340                #- run multi-threaded using OpenMP:
341                    command="$command -omp"
342                fi
343                if test "x$USE_R4" = xt ; then
344                    command="$command -use_r4"
345                fi
346              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
347                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
348              fi              fi
349              if test "x$PAPIS" = xt ; then              if test "x$PAPIS" = xt ; then
350                  command="$command -papis"                  command="$command -papis"
351              else              else
352              if test "x$PCLS" = xt ; then              if test "x$PCLS" = xt ; then
353                  command="$command -pcls"                  command="$command -pcls"
354              fi              fi
355              fi              fi
356              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... '
357              $command > make.log 2>&1              eval $command > make.log 2>&1
358              RETVAL=$?              RETVAL=$?
359              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
360              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
361              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
362                  tail make.log                  tail make.log
363                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
364                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake_* make.log $CDIR
365                  return 1                  return 1
366              else              else
367                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
368              fi              fi
369          )          )
370      fi      fi
# Line 368  makeclean() Line 380  makeclean()
380              cd $1;              cd $1;
381              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
382              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
383                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
384                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1
385                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
386                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
387                      tail make.log                      tail make.log
388                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
389                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
390                      return 1                      return 1
391                  fi                  fi
392                    echo successful
393                else
394                    echo ''
395              fi              fi
             echo successful 1>&2  
396              exit 0              exit 0
397          )          )
398      fi      fi
# Line 392  run_clean() Line 406  run_clean()
406      else      else
407          (          (
408              cd $1;              cd $1;
409              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1              printf 'clean run-dir ... '
410              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
411              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
412              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
# Line 401  run_clean() Line 415  run_clean()
415              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
416              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
417              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
418              echo successful 1>&2              echo successful
419              exit 0              exit 0
420          )          )
421      fi      fi
# Line 415  makedependmodel() Line 429  makedependmodel()
429      else      else
430          (          (
431              cd $1;              cd $1;
432              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
433              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.log 2>&1
434              RETVAL=$?              RETVAL=$?
435              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
436                  tail make.log                  tail make.log
437                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
438                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
439                  return 1                  return 1
440              else              else
441                  echo successful 1>&2                  echo successful
442              fi              fi
443          )          )
444      fi      fi
# Line 434  makemodel() Line 448  makemodel()
448  {  {
449      # makemodel directory      # makemodel directory
450      (      (
451        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
452            cd $1;
453            if test -x $EXECUTABLE ; then
454                echo "make skipped!"
455            else
456                echo "no executable!"
457                return 2
458            fi
459        else
460          cd $1;          cd $1;
461          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
462              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
463              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
464                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
465                elif test "x$OADM" = xt ; then
466                    $MAKE adAll >> make.log 2>&1
467                else
468                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
469                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE >> make.log 2>&1
470                  else                  else
471                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
472                  fi                  fi
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
473              fi              fi
474              RETVAL=$?              RETVAL=$?
475              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
476                  tail make.log                  tail make.log
477                  echo failed 1>&2                  echo failed
478                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
479                    rm -f $EXECUTABLE
480                  return 1                  return 1
481              else              else
482                  echo successful 1>&2                  echo successful
483              fi              fi
484          fi          fi
485        fi
486      )      )
487  }  }
488    
# Line 469  symlink_mpifiles() Line 496  symlink_mpifiles()
496      code_dir=$2      code_dir=$2
497      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
498      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
499        
500      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
501      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
502    
# Line 504  symlink_mpifiles() Line 531  symlink_mpifiles()
531              fi              fi
532          done          done
533      fi      fi
534        
535  }  }
536    
537  linkdata()  linkdata()
# Line 515  linkdata() Line 542  linkdata()
542      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
543          (          (
544              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
545                echo 'linkdata from dirs:' $*
546                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
547                for xx in $inpMPI ; do
548                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
549                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
550                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
551                    if test "x$MPI" = "xt" ; then
552                    # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
553                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
554                        if test ! -r $yy ; then
555                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
556                            printf " $xx" 1>&2
557                        fi
558                    else
559                    # not mpi test: remove symbolic link
560                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
561                    fi
562                  fi
563                done
564              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
565              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
566                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
567                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
568                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
569                      if test ! -r eedata ; then                      if test ! -r eedata ; then
570                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
571                          printf 'eedata.mth ' 1>&2                          printf ' eedata.mth' 1>&2
572                      fi                      fi
573                  else                  else
574                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
# Line 532  linkdata() Line 578  linkdata()
578              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
579              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
580                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
581                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
582                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
583                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
584                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 542  linkdata() Line 588  linkdata()
588                              fi                              fi
589                          fi                          fi
590                      done                      done
591                        printf ' ;' 1>&2
592                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
593                          "../"$ldir"/"prepare_run                          "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
594                        else
595                            echo '' 1>&2
596                      fi                      fi
                     printf ' ; ' 1>&2  
597                  fi                  fi
598                  prevDir=$ldir                  prevDir=$ldir
599              done              done
# Line 557  runmodel() Line 605  runmodel()
605  {  {
606      # runmodel directory      # runmodel directory
607      #      #
608      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
609      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
610      (      (
611          cd $1          cd $1
612          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
613          # make output.txt          if test -L $EXECUTABLE ; then
614          echo            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
         if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then  
615              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
616              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; rm -f run.log ; fi              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
617              else rm -f $EXECUTABLE
618              fi
619          fi          fi
620          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
621              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
622              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
623          fi          fi
624          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
625                  rm -f run.log ; touch run.log                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
626                  if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
627                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
628                  RETVAL=8                  RETVAL=8
629                  ENDVAL=-1                  ENDVAL=-1
630          else          else
631              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
632                # output do not exist or is older than executable:                # output do not exist or is older than executable:
633                  rm -f run.log ; touch run.log                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
634                  if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
635                  ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
636                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
637              else              else
638                  RETVAL=0                  RETVAL=0
639                  if test -f run.log ; then                  if test -f $RUNLOG ; then
640                      if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
641                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
642                  else                  else
643                      touch run.log                      touch $RUNLOG
644                      if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
645                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
646                      echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1                      echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
647                  fi                  fi
648              fi              fi
649              ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
650          fi          fi
651          rm -f run.log_00          rm -f run.log_tmp
         #if test "x$RETVAL" = x0 ; then  
652          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
653              tail run.log              echo successful
654              echo successful 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
655                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
656              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
657              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
658              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
659              return 0              return 0
660            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
661                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
662                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
663                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
664                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
665                return 0
666          else          else
667              tail run.log              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
668              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
669              cp run.log $CDIR"/run.log"              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
670                cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
671              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
672              return 1              return 1
673          fi          fi
# Line 662  EOF Line 718  EOF
718          return 0          return 0
719      else      else
720          echo          echo
721          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
722          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
723          exit 1          exit 1
724      fi      fi
# Line 681  formatresults() Line 737  formatresults()
737      printf '%3s' $listPrt      printf '%3s' $listPrt
738  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
739  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
740        
741      if [ $xx = '..' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
742          printf ' N/O '          printf ' N/O '
743      elif [ $xx = '--' ]; then      elif [ $xx = '--' ]; then
# Line 697  formatresults() Line 753  formatresults()
753      fi      fi
754      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
755      printf '\n'      printf '\n'
756        
757  }  }
758    
759  scandirs()  scandirs()
# Line 712  scandirs() Line 768  scandirs()
768  }  }
769    
770    
771    check_eedata()
772    {
773        # check_eedata size.h eedata
774        if [ $# -eq 2 ] ; then
775          if test -f $1 -a -f $2 ; then
776          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
777          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
778          if test "x$nx" = x ; then
779            rx=10
780          else
781            rx=`expr $sx % $nx`
782          fi
783          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
784          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
785          if test "x$ny" = x ; then
786            ry=20
787          else
788            ry=`expr $sy % $ny`
789          fi
790          echo `expr $rx + $ry`
791        else
792          echo '-1'
793          fi
794        else
795          echo '-2'
796        fi
797    
798    }
799    
800  ###############################################################################  ###############################################################################
801    
802    
# Line 727  fi Line 812  fi
812  GSL=f  GSL=f
813    
814  CLEANUP=f  CLEANUP=f
815    NORUN=f
816  QUICK=f  QUICK=f
817    NOMAKE=f
818  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
819  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
820  NODEPEND=f  NODEPEND=f
# Line 753  MPI=f Line 840  MPI=f
840  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
841  OUTDIR=  OUTDIR=
842  DELDIR=  DELDIR=
843    USE_R4=
844    
845  ADM=  ADM=
846    OADM=
847    
848  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
849  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
# Line 774  for ac_option ; do Line 863  for ac_option ; do
863      fi      fi
864    
865      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
866        
867      case $ac_option in      case $ac_option in
868                    
869          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h)
# Line 787  for ac_option ; do Line 876  for ac_option ; do
876                    
877          -addr | --addr | -a | --a)          -addr | --addr | -a | --a)
878              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
879          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)
880              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
881          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
882              ac_prev=MPACKDIR ;;              ac_prev=MPACKDIR ;;
# Line 796  for ac_option ; do Line 885  for ac_option ; do
885    
886          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
887              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
888          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)
889              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
890    
891          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
892              ac_prev=SKIPDIRS ;;              ac_prev=SKIPDIRS ;;
893          -skipdir=* | --skipdir=*)          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)
894              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
895    
896          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
897              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
898          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)
899              BASH=$ac_optarg ;;              BASH=$ac_optarg ;;
900    
901          -command | --command | -c | --c)          -command | --command | -c | --c)
902              ac_prev=COMMAND ;;              ac_prev=COMMAND ;;
903          -command=* | --command=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)
904              COMMAND=$ac_optarg ;;              COMMAND=$ac_optarg ;;
905    
906          -make | --make | -m | --m)          -make | --make | -m | --m)
907              ac_prev=MAKE ;;              ac_prev=MAKE ;;
908          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)
909              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
910    
911          -odir | --odir)          -odir | --odir)
# Line 832  for ac_option ; do Line 921  for ac_option ; do
921          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
922          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
923    
924          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
925          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
926    
927          -clean | --clean)          -clean | --clean)
928              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
929    
930            -norun | --norun | -nr | --nr)
931                NORUN=t ;;
932            -runonly | --runonly | -ro | --ro)
933                QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
934          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
935              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
936          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
# Line 856  for ac_option ; do Line 949  for ac_option ; do
949    
950          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
951    
952            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
953    
954          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
955          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
956          -gsl) GSL=t ;;          -gsl) GSL=t ;;
# Line 866  for ac_option ; do Line 961  for ac_option ; do
961    
962          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
963    
964          -ts) TS=t;;          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
965    
966            -ts) TS=t;;
967          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
   
968          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
969    
970          -*)          -*)
971              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
972              usage              usage
973              ;;              ;;
974            
975          *)          *)
976              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
977              usage              usage
978              ;;              ;;
979            
980       esac       esac
981        
982  done  done
983    
984  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 898  if test "x$ADM" = xt ; then Line 993  if test "x$ADM" = xt ; then
993      inputdir=input_ad      inputdir=input_ad
994      ref_outp="output_adm.txt"      ref_outp="output_adm.txt"
995      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
996    elif test "x$OADM" = xt ; then
997        code_dir=code_oad
998        inputdir=input_oad
999        ref_outp="output_oadm.txt"
1000        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1001  else  else
1002      code_dir=code      code_dir=code
1003      inputdir=input      inputdir=input
# Line 921  else Line 1021  else
1021                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1022          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1023        esac        esac
1024      done      done
1025  fi  fi
1026  #echo 'LIST='${LIST}'<'  #echo 'LIST='${LIST}'<'
1027  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
# Line 942  do Line 1042  do
1042          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1043          fi          fi
1044      fi      fi
1045  done  done
1046  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1047  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1048    
# Line 950  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1050  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1050      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1051  fi  fi
1052    
1053    RUNLOG="run.log"
1054  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1055  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1056      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
# Line 964  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )" Line 1065  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1065  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1066  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1067  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1068  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1069      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1070      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1071      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
# Line 977  else Line 1078  else
1078  fi  fi
1079    
1080  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1081  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1082        echo "skipping comparison code build"
1083    else
1084        createcodelet
1085    fi
1086    
1087  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1088  if test "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
# Line 988  fi Line 1093  fi
1093    
1094  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1095  CMDLINE=$0  CMDLINE=$0
1096  for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1097        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1098                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1099    done
1100    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1101  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1102  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1103  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1104  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1105  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1106      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1107    else
1108        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1109        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1110  fi  fi
1111  DNUM=0  DNUM=0
1112  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
# Line 1041  else Line 1153  else
1153  fi  fi
1154  echo  echo
1155  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1156  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1157      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1158      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1159      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1160         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
 #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"  
1161      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1162      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1163      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
# Line 1067  if test "x$ADM" = x ; then Line 1178  if test "x$ADM" = x ; then
1178  else  else
1179      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1180      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1181      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1182      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1183      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1184      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1185      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
# Line 1079  N n k u  s  a Line 1190  N n k u  s  a
1190    
1191  EOF  EOF
1192  fi  fi
1193    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1194    
1195  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1196  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1197        
1198      # set builddir & rundir:      # set builddir & rundir:
1199      builddir="build"      builddir="build"
1200      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
# Line 1095  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1207  for dir in $TESTDIRS ; do
1207    
1208      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1209      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1210          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1211              echo '  ------  clean dir:' $dir/$builddir          makeclean $BUILD_DIR
1212              ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )          rm -f $BUILD_DIR/$EXECUTABLE
         fi  
1213          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1214              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1215              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1216          fi          fi
1217          (          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`
1218              cd $dir          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1219              rm -rf tr_run.*          if test $ttd != 0 ; then
1220          )              echo '  --- rm dir:' $trdir
1221                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1222            fi
1223          continue          continue
1224      fi      fi
1225    
1226      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1227      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1228      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1229      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
# Line 1128  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1241  for dir in $TESTDIRS ; do
1241          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1242          continue          continue
1243      fi      fi
1244        if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1245          retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1246          if test $retv != 0 ; then
1247            echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1248            continue
1249          fi
1250        fi
1251    
1252      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1253      extra_runs=      extra_runs=
1254      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`      if test "x$NORUN" = xf ; then
1255            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1256        fi
1257      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1258      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1259          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1260          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1261          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1262          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1263              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1264                  if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1265                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
1266                    retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1267                    if test $retv = 0 ; then
1268                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1269                  #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"                  else
1270                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1271                  fi                  fi
1272              else                else
1273                  extra_runs="$extra_runs $name"                  extra_runs="$extra_runs $name"
1274                  fi
1275                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1276              fi              fi
1277              else
1278                extra_runs="$extra_runs $name"
1279              fi
1280          fi          fi
1281      done      done
1282    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1283      echo      echo
1284      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1285         echo "Experiment:  $dir"         echo "Experiment:  $dir"
1286      else      else
1287         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
# Line 1161  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1291  for dir in $TESTDIRS ; do
1291      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1292    
1293      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1294      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1295      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1296      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1297        
1298      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
1299          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='              run=N
1300          makeclean $dir/$builddir \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1301              && run_clean $dir/$rundir              && makeclean $dir/$builddir \
1302                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1303                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1304                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1305      else      else
1306          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1307              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
             && run_clean $dir/$rundir \  
1308              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1309              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1310              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1311              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \              && run_clean $dir/$rundir \
1312                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1313              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1314              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1315      fi      fi
1316            #echo "results='$results'"
1317      echo  
1318          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1319          echo          echo 1>&2
1320          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1321          touch $CDIR"/summary.txt"          touch $locDIR"/summary.txt"
1322          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1323          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1324          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1325          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
1326          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $locDIR"/summary.txt"
1327          if test "x$ADM" = xt ; then          if test "x$ADM" = xt ; then
1328              head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"              head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1329              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1330                                  >> $CDIR"/summary.txt"                                  >> $locDIR"/summary.txt"
1331          fi          fi
1332    
1333          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
# Line 1203  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1336  for dir in $TESTDIRS ; do
1336              #  reference output file              #  reference output file
1337              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1338              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1339              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1340              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1341              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1342              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1343              run_clean $dir/tr_run.$ex              run_clean $dir/tr_run.$ex
1344              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1345              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1346              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
1347              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1348              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1349              echo              echo 1>&2
1350              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1351              touch $CDIR"/summary.txt"              touch $locDIR"/summary.txt"
1352              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1353              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1354              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1355              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
1356              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $locDIR"/summary.txt"
1357              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
1358                  head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"                  head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1359                  grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \                  grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1360                                     >> $CDIR"/summary.txt"                                     >> $locDIR"/summary.txt"
1361              fi              fi
1362              if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then              if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1363                  run_clean $dir/tr_run.$ex                  run_clean $dir/tr_run.$ex
1364              fi              fi
1365          done          done
1366    
1367        if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1368            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1369                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1370                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1371                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1372                echo $mkOpt >> $DRESULTS/genmake_state
1373            fi
1374        fi
1375      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1376      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1377          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1378              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1379      fi      fi
1380        
1381      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1382        
1383  done  done
1384    
1385  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
# Line 1267  else Line 1408  else
1408              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1409              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1410              echo              echo
1411                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1412                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1413          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1414      fi      fi
1415  fi  fi
1416    
1417  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1418        rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1419    fi
1420    
1421  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1422      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
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