/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.117 by jmc, Tue Aug 19 18:29:12 2008 UTC revision 1.125 by jmc, Tue May 12 18:44:24 2009 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
# Line 30  usage() Line 30  usage()
30      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
31      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
32      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
33        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
34      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command) STRING        command to run"
35      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
36      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
# Line 211  testoutput_run() Line 212  testoutput_run()
212                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
213              else              else
214                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
215                if test "x$ADM" = x ; then                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
216                # remove this ptr from the list of output variable to check                # remove this ptr from the list of output variable to check
217                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
218                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
# Line 314  genmakemodel() Line 315  genmakemodel()
315          (          (
316              cd $1;              cd $1;
317              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
318              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
                 command="$command --mods=../code"  
             else  
319                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
320                elif test "x$OADM" = xt ; then
321                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
322                else
323                    command="$command -mods=../code"
324              fi              fi
325              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
326                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
327              fi              fi
328              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
329                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
# Line 331  genmakemodel() Line 334  genmakemodel()
334              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" = xt ; then
335                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
336              fi              fi
337                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
338                #- run multi-threaded using OpenMP:
339                    command="$command -omp"
340                fi
341              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
342                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
343              fi              fi
# Line 342  genmakemodel() Line 349  genmakemodel()
349              fi              fi
350              fi              fi
351              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
352              $command > make.log 2>&1              # $command > make.log 2>&1
353                eval $command > make.log 2>&1
354              RETVAL=$?              RETVAL=$?
355              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
356              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
# Line 437  makemodel() Line 445  makemodel()
445          cd $1;          cd $1;
446          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
447              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
448              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
449                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
450                elif test "x$OADM" = xt ; then
451                    $MAKE adAll >> make.log 2>&1
452                else
453                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
454                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE >> make.log 2>&1
455                  else                  else
456                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
457                  fi                  fi
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
458              fi              fi
459              RETVAL=$?              RETVAL=$?
460              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 515  linkdata() Line 525  linkdata()
525      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
526          (          (
527              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
528                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
529                for xx in $inpMPI ; do
530                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
531                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
532                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
533                    if test "x$MPI" = "xt" ; then
534                    # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
535                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
536                        if test ! -r $yy ; then
537                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
538                            printf "$xx " 1>&2
539                        fi
540                    else
541                    # not mpi test: remove symbolic link
542                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
543                    fi
544                  fi
545                done
546              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
547              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
548                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
# Line 566  runmodel() Line 594  runmodel()
594          echo          echo
595          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
596              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
597              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; rm -f run.log ; fi              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
598          fi          fi
599          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
600              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
601              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
602          fi          fi
603          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
604                  rm -f run.log ; touch run.log                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
605                  if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
606                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
607                  RETVAL=8                  RETVAL=8
608                  ENDVAL=-1                  ENDVAL=-1
609          else          else
610              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
611                # output do not exist or is older than executable:                # output do not exist or is older than executable:
612                  rm -f run.log ; touch run.log                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
613                  if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
614                  ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
615                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
616              else              else
617                  RETVAL=0                  RETVAL=0
618                  if test -f run.log ; then                  if test -f $RUNLOG ; then
619                      if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
620                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
621                  else                  else
622                      touch run.log                      touch $RUNLOG
623                      if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
624                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
625                      echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1                      echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
626                  fi                  fi
627              fi              fi
628              ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
629          fi          fi
630          rm -f run.log_00          rm -f run.log_tmp
631          #if test "x$RETVAL" = x0 ; then          #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
632          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
633              tail run.log              tail $RUNLOG
634              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
635              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
636              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
637              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
638              return 0              return 0
639          else          else
640              tail run.log              tail $RUNLOG
641              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
642              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
643              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
644              return 1              return 1
645          fi          fi
# Line 712  scandirs() Line 740  scandirs()
740  }  }
741    
742    
743    check_eedata()
744    {
745        # check_eedata size.h eedata
746        if [ $# -eq 2 ] ; then
747          if test -f $1 -a -f $2 ; then
748          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
749          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
750          if test "x$nx" = x ; then
751            rx=10
752          else
753            rx=`expr $sx % $nx`
754          fi
755          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
756          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
757          if test "x$ny" = x ; then
758            ry=20
759          else
760            ry=`expr $sy % $ny`
761          fi
762          echo `expr $rx + $ry`
763        else
764          echo '-1'
765          fi
766        else
767          echo '-2'
768        fi
769    
770    }
771    
772  ###############################################################################  ###############################################################################
773    
774    
# Line 755  OUTDIR= Line 812  OUTDIR=
812  DELDIR=  DELDIR=
813    
814  ADM=  ADM=
815    OADM=
816    
817  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
818  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
# Line 856  for ac_option ; do Line 914  for ac_option ; do
914    
915          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
916    
917            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
918    
919          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
920          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
921          -gsl) GSL=t ;;          -gsl) GSL=t ;;
# Line 898  if test "x$ADM" = xt ; then Line 958  if test "x$ADM" = xt ; then
958      inputdir=input_ad      inputdir=input_ad
959      ref_outp="output_adm.txt"      ref_outp="output_adm.txt"
960      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
961    elif test "x$OADM" = xt ; then
962        code_dir=code_oad
963        inputdir=input_oad
964        ref_outp="output_oadm.txt"
965        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
966  else  else
967      code_dir=code      code_dir=code
968      inputdir=input      inputdir=input
# Line 950  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1015  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1015      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1016  fi  fi
1017    
1018    RUNLOG="run.log"
1019  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1020  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1021      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
# Line 964  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )" Line 1030  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1030  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1031  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1032  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1033  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1034      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1035      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1036      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
# Line 988  fi Line 1054  fi
1054    
1055  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1056  CMDLINE=$0  CMDLINE=$0
1057  for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1058        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1059                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1060    done
1061    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1062  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1063  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1064  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1065  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1066  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1067      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1068    else
1069        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1070        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1071  fi  fi
1072  DNUM=0  DNUM=0
1073  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
# Line 1041  else Line 1114  else
1114  fi  fi
1115  echo  echo
1116  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1117  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1118      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1119      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1120      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
# Line 1128  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1201  for dir in $TESTDIRS ; do
1201          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1202          continue          continue
1203      fi      fi
1204        if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1205          retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1206          if test $retv != 0 ; then
1207            echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1208            continue
1209          fi
1210        fi
1211    
1212      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1213      extra_runs=      extra_runs=
# Line 1138  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1218  for dir in $TESTDIRS ; do
1218          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1219          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1220          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1221              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1222                  if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1223                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
1224                    retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1225                    if test $retv = 0 ; then
1226                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1227                  #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"                  else
1228                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1229                  fi                  fi
1230              else                else
1231                  extra_runs="$extra_runs $name"                  extra_runs="$extra_runs $name"
1232                  fi
1233                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1234              fi              fi
1235              else
1236                extra_runs="$extra_runs $name"
1237              fi
1238          fi          fi
1239      done      done
1240    
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