/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.49 by edhill, Tue Nov 23 21:25:24 2004 UTC revision 1.100 by jmc, Mon Sep 17 15:35:46 2007 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
19      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
21      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
22      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
23        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
24        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
25        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
26      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
27      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
28      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
# Line 27  usage() Line 31  usage()
31      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
32      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
33      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
34        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
35        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
36        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
37        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
38        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
39        echo "                             (DEF=\"12\")"
40      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
41      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
42      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
# Line 34  usage() Line 44  usage()
44      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
45      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
46      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
47        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
48        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
49        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
50      echo      echo
51      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
52      echo "such as:"      echo "such as:"
53        echo
54      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
55      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
56      echo      echo
57        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
58        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
59        echo
60      exit 1      exit 1
61  }  }
62    
# Line 77  build_mpack() Line 94  build_mpack()
94      echo "OK"      echo "OK"
95  }  }
96    
97  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
98  {  {
99      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
100      #      #
101      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
102      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
103        #  using search strings s1 and text label
104    
105      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
106          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
107      fi      fi
108      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
109          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
110          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
111          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
112              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
113                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
114              fi              fi
115              return 99              return 99
116          fi          fi
117      else      else
118          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
119          return 99          return 99
120      fi      fi
121      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
122          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
123      fi      fi
124      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
125      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
126      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
127          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
128              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
129          fi          fi
130          return 99          return 99
131      fi      fi
132        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
133            if [ $verbose -gt 0 ]; then
134                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
135            fi
136            return 99
137        fi
138        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
139        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
140            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
141            return 99
142        fi
143        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
144        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
145            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
146            return 99
147        fi
148      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
149          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
150      fi      fi
151      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
152      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
153          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
154      fi      fi
155      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
156          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 124  testoutput_for_prop() Line 158  testoutput_for_prop()
158      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
159      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
160      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
161      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
162      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
163          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
164              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
165          fi          fi
166          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
167      else      else
168          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
169              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
170          fi          fi
171      fi      fi
172      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
# Line 157  dashnum() Line 191  dashnum()
191    
192  testoutput_ad()  testoutput_ad()
193  {  {
194      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
195      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt      grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
196      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
197      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt      grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
198      join t05.txt t15.txt > t5.txt      join t05.txt t15.txt > t5.txt
199      join t06.txt t16.txt > t6.txt      join t06.txt t16.txt > t6.txt
200      echo "-1" >> t5.txt      echo "-1" >> t5.txt
201      echo "-1" >> t6.txt      echo "-1" >> t6.txt
202      digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`      digits_5=`./tr_cmpnum < t5.txt`
203      digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`      digits_6=`./tr_cmpnum < t6.txt`
204      dashnum $digits_5 $digits_6      dashnum $digits_5 $digits_6
205      rm -f t[01][56].txt t[56].txt      rm -f t[01][56].txt t[56].txt
206  }  }
# Line 178  check_for_add_mon_output() Line 212  check_for_add_mon_output()
212          return          return
213      fi      fi
214    
215        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
216            eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
217        done
218    
219      ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"      ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
220      ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"      ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
221      for ii in 1 2 3 4 5 ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
222          for jj in $ptr_add ; do          for jj in $ptr_add ; do
223              name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`              name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
224              tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`              tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
# Line 192  check_for_add_mon_output() Line 230  check_for_add_mon_output()
230      done      done
231  }  }
232    
233  testoutput()  testoutput_run()
234  {  {
235      # testoutput directory subdir extension      # testoutput_run directory subdir reference_output
236      #      #
237      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
238      if test "x$ADM" = x ; then  #   if test "x$ADM" = x ; then
239          if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
240              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
241          fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
242          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
243          if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
244              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
245          fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
246          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
247          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
248          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
249          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
250          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?          for ii in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ; do
251          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?            tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
252          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?           #echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
253          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?            if test "x$tst" != xt ; then listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"` ; fi
254          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?          done
255          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){t+=($i==$1)}; print t }'`
256          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?          if test $tst != 1 ; then
257          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
258          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
259          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
260          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?          #- put it back once:
261          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
262            fi
263          for ii in 1 2 3 4 5 ; do          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
264              testoutput_for_prop $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
265              RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`          allargs=""
266              testoutput_for_prop $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3          for xx in $listVar
267              RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`          do
268              testoutput_for_prop $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3            case $xx in
269              RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
270              testoutput_for_prop $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
271              RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
272          done                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
273               'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
274          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"             'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
275          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
276          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
277          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
278          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
279          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
280          allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
281               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
282          eval "dashnum $allargs"             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
283               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
284      else             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
285          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
286      fi             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
287               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
288               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
289               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
290               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
291            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
292               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
293            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
294               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
295            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
296               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
297            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
298               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
299                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
300              esac
301              if test $xx = $sVar
302              then allargs="$allargs > $yy <"
303              else allargs="$allargs $yy"
304              fi
305            done
306    
307            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
308            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
309            #-- fill line (up to standard length) with dot:
310              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
311              echo $allargs $adNul
312            else
313              echo $allargs
314            fi
315    
316    #   else
317    #       testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
318    #   fi
319  }  }
320    
321  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 266  genmakemodel() Line 336  genmakemodel()
336                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
337              else              else
338                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
339              fi              fi
340              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
341                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 274  genmakemodel() Line 343  genmakemodel()
343              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
344                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
345              fi              fi
346                if test "x$MPI" = xt ; then
347                    command="$command -mpi"
348                fi
349                if test "x$TS" = xt ; then
350                    command="$command -ts"
351                fi
352                if test "x$PAPIS" = xt ; then
353                    command="$command -papis"
354                else
355                if test "x$PCLS" = xt ; then
356                    command="$command -pcls"
357                fi
358                fi
359              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
360              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
361              RETVAL=$?              RETVAL=$?
# Line 295  makeclean() Line 377  makeclean()
377  {  {
378      # makeclean directory      # makeclean directory
379      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
380          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
381      else      else
382          (          (
383              cd $1;              cd $1;
384              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
385              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
386                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
387                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
388                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
389                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
390                      tail make.log                      tail make.log
391                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
392                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
393                      return 1                      return 1
394                  fi                  fi
# Line 319  makeclean() Line 399  makeclean()
399      fi      fi
400  }  }
401    
402    run_clean()
403    {
404        # run_clean directory
405        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
406            echo "run_clean skipped!"
407        else
408            (
409                cd $1;
410                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
411                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
412                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
413                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
414                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
415                find . -type l -exec rm {} \;
416                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
417                rm -rf mnc_test_*
418                echo successful 1>&2
419                exit 0
420            )
421        fi
422    }
423    
424  makedependmodel()  makedependmodel()
425  {  {
426      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
# Line 421  symlink_mpifiles() Line 523  symlink_mpifiles()
523    
524  linkdata()  linkdata()
525  {  {
526      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
527      #      #
528      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
529      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
530          (          (
531              cd $2              cd $1 ; shift
532              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
533                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
534                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
535                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
536                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
537                      fi                      if test ! -r eedata ; then
538                  done                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
539              else                          printf 'eedata.mth ' 1>&2
                 files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
540                      fi                      fi
541                  done                  else
542                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
543                  for i in $files ; do                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
544                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then                  fi
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
                     fi  
                 done  
545              fi              fi
546                for ldir in $* ; do
547                    if test -d "../"$ldir ; then
548                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
549                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
550                        for i in $files ; do
551                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
552                                if test ! -r $i  ; then
553                                    printf ' '$i 1>&2
554                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
555                                fi
556                            fi
557                        done
558                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
559                            "../"$ldir"/"prepare_run
560                        fi
561                        printf ' ; ' 1>&2
562                    fi
563                done
564          )          )
565      fi      fi
566  }  }
# Line 460  runmodel() Line 573  runmodel()
573      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
574      (      (
575          cd $1          cd $1
576          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
577          # make output.txt          # make output.txt
578          echo          echo
579          rm -f run.log          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
580          # echo "COMMAND='$COMMAND'"              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00
581          # echo "pwd='"`pwd`"'"              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
582          ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1          fi
583          RETVAL=$?          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
584          if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  rm -f run.log ; touch run.log
585                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
586                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
587                    RETVAL=8
588                    ENDVAL=-1
589            else
590                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
591                  # output do not exist or is older than executable:
592                    rm -f run.log ; touch run.log
593                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
594                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
595                    RETVAL=$?
596                else
597                    RETVAL=0
598                    if test -f run.log ; then
599                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
600                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
601                    else
602                        touch run.log
603                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
604                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
605                        echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1
606                    fi
607                fi
608                ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
609            fi
610            rm -f run.log_00
611            #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
612            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
613              tail run.log              tail run.log
614              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
615              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
616              # if test "x$ADM" = x ; then              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
             #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"  
             # else  
             #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"  
             # fi  
617              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
618              return 0              return 0
619          else          else
620              tail run.log              tail run.log
621              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
622              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp run.log $CDIR"/run.log"
623              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
624              return 1              return 1
# Line 494  createcodelet() Line 631  createcodelet()
631      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
632    
633      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
634      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
635  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
636  #include <math.h>  #include <math.h>
637  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
638    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
639    double a,b,diff;    double a,b,abave,relerr;
640    best = -16;    best = -22;
641    lncnt = 0;    lncnt = 0;
642    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
643      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
644      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
645      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
646      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
647      if (diff > 1.e-12) {      if ( abave == abave ) {
648        diff=fabs(a-b)/diff;        if (abave > 0.0) {
649        if (diff > 0.0) {          relerr=fabs(a-b)/abave;
650          linnum = (int)log10(diff);          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
651          best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
652        }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
653        else {        else { cmplin = -22 ; }
654          if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
655        }        }
656      }     else {
657       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
658          break; }
659    }    }
660    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
661      if (linnum != -1) best=-99;
662    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
663    return 0;    return 0;
664  }  }
665  EOF  EOF
666      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
667    
668      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
669          echo "OK"          echo "OK"
670          return 0          return 0
671      else      else
672          echo          echo
673          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
674            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
675          exit 1          exit 1
676      fi      fi
677  }  }
# Line 542  formatresults() Line 683  formatresults()
683      nm=$1      nm=$1
684      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
685      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
686      printf '%3s' $@      listPrt=$@
687        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
688        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
689        printf '%3s' $listPrt
690    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
691    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
692            
693      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
694            printf ' N/O '
695        elif [ $xx = '--' ]; then
696            printf ' N/O '
697        elif [ $xx = 99 ]; then
698          printf ' N/O '          printf ' N/O '
699      else      else
700          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
701              printf ' pass'              printf ' pass'
702          else          else
703              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 558  formatresults() Line 708  formatresults()
708            
709  }  }
710    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
 }  
   
711  scandirs()  scandirs()
712  {  {
713      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
714          for arg in * ; do          for arg in * ; do
715              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
716          done          done
717      else      else
718          echo $*          echo $*
719      fi      fi
720  }  }
721    
# Line 610  QUICK=f Line 741  QUICK=f
741  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
742  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
743  NODEPEND=f  NODEPEND=f
744    POSTCLEAN=f
745    
746  BASH=  BASH=
747  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
748  ADDRESSES=  ADDRESSES=
749  TESTDIRS=  TESTDIRS=
750    SKIPDIRS=
751  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
752  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
753  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
754  COMMAND=  COMMAND=
755  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
756        MAKE=make
757    fi
758    if test "x$CC" = x ; then
759        CC=cc
760    fi
761  JOBS=  JOBS=
762  MPI=f  MPI=f
763    MULTI_THREAD=f
764    OUTDIR=
765  DELDIR=  DELDIR=
766    
767  ADM=  ADM=
768    
769  # Additional monitor types  # Additional monitor types
770  # HAVE_PTR01=  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
771  # HAVE_PTR02=  
772  # HAVE_PTR03=  MATCH_CRIT=13
 # HAVE_PTR04=  
 # HAVE_PTR05=  
773    
774  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
775    
# Line 667  for ac_option ; do Line 805  for ac_option ; do
805          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
806              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
807    
808            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
809                ac_prev=SKIPDIRS ;;
810            -skipdir=* | --skipdir=*)
811                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
812    
813          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
814              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
815          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 682  for ac_option ; do Line 825  for ac_option ; do
825          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
826              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
827    
828            -odir | --odir)
829                ac_prev=OUTDIR ;;
830            -odir=* | --odir=*)
831                OUTDIR=$ac_optarg ;;
832    
833            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
834                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
835            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
836                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
837    
838            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
839            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
840    
841          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j) ac_prev=JOBS ;;
842          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
843    
844          -clean | --clean)          -clean | --clean)
845              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
846    
847          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
848              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 697  for ac_option ; do Line 853  for ac_option ; do
853          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
854              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
855    
856            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
857                POSTCLEAN=t ;;
858    
859          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
860    
861            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
862    
863          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
864    
865          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
# Line 710  for ac_option ; do Line 871  for ac_option ; do
871    
872          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
873    
874            -ts) TS=t;;
875    
876            -papis) PAPIS=t;;
877    
878            -pcls) PCL=t;;
879    
880          -*)          -*)
881              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
882              usage              usage
# Line 730  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 897  if test "x$QUICK" = xt ; then
897      NODEPEND=t      NODEPEND=t
898  fi  fi
899    
900    #- setting for forward or ADM testing
901    if test "x$ADM" = xt ; then
902        code_dir=code_ad
903        input_dirs='input_ad input'
904        ref_outp="output_adm.txt"
905        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
906    else
907        code_dir=code
908        input_dirs='input'
909        ref_outp="output.txt"
910        EXECUTABLE="mitgcmuv"
911    fi
912    
913  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
914      TESTDIRS=`scandirs`  #   if test "x$ADM" = xt ; then
915    #       LIST=`scandirs results_ad/$ref_outp`
916    #   else
917            LIST=`scandirs results/$ref_outp`
918    #   fi
919    else
920        #- expand group of experiments:
921        LIST=" "
922        for xx in $TESTDIRS
923        do
924          case $xx in
925            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
926                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
927                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
928                    ;;
929            'tutorials')
930                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
931            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
932          esac
933        done
934  fi  fi
935    #echo 'LIST='${LIST}'<'
936    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
937    TESTDIRS=" "
938    count=0
939    for xx in $LIST
940    do
941        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
942        if test $yy = 0 ; then
943            if test -d $xx ; then
944                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
945                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
946            else count=1 ;
947                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
948            fi
949        else
950            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
951            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
952            fi
953        fi
954    done
955    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
956    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
957    
958  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
959      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
960  fi  fi
961    
962  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  OUTPUTFILE=$ref_outp
     COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"  
 fi  
   
963  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
964      COMMAND="$MAKE output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
965    fi
966    if test "x$MPI" = xt ; then
967        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
968  fi  fi
969    
970  echo "OK"  #echo "OK"
971    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
972    
973    # set the Default List of output variables to be checked:
974    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
975    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
976    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
977    if test "x$ADM" = x ; then
978        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
979        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
980        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
981        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
982        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
983    else
984        DEF_CHECK_LIST='Cost Cost Grad'
985        EMPTY_RESULTS='.. ..'
986        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
987    fi
988    
989  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
990  createcodelet  createcodelet
# Line 763  MACH=`hostname` Line 1001  MACH=`hostname`
1001  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1002  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1003  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1004    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1005        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1006    fi
1007  DNUM=0  DNUM=0
1008  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1009  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 808  fi Line 1049  fi
1049  echo  echo
1050  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1051  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x ; then
1052      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1053        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1054        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1055           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1056    #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1057      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1058      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1059      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1060      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1061      for ii in 1 2 3 4 5 ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1062          #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`          #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
1063          #  if test "x$tst" = xt ; then          #  if test "x$tst" = xt ; then
1064          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
# Line 832  if test "x$ADM" = x ; then Line 1077  if test "x$ADM" = x ; then
1077  else  else
1078      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1079      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1080        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1081        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1082        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1083        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1084      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1085  G D M    C  G  G D M    C  G
1086  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 847  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1096  for dir in $TESTDIRS ; do
1096      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1097      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1098          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $dir/build/Makefile ; then
1099                echo '  ------  clean dir:' $dir/build
1100              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              ( cd $dir/build ; make CLEAN )
1101          fi          fi
1102          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/run/CVS ; then
1103              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/run
1104                run_clean $dir/run
1105          fi          fi
1106            (
1107                cd $dir
1108                rm -rf tr_run.*
1109            )
1110          continue          continue
1111      fi      fi
1112    
# Line 859  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1114  for dir in $TESTDIRS ; do
1114      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1115      fout=      fout=
1116      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1117          fout=$dir"/results/output.txt"          fout=$dir"/results/"$ref_outp
1118      else      else
1119          fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"          fout=$dir"/results_ad/"$ref_outp
1120      fi      fi
1121      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1122          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1123          continue          continue
1124      fi      fi
1125        if test "x$ADM" = x ; then
1126            check_for_add_mon_output  $fout
1127        fi
1128    
1129      # Check for additional types of monitor output      # Check for additional types of monitor output
     check_for_add_mon_output  $fout  
1130    
1131      builddir="input"      builddir="build"
1132      rundir="input"      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1133      use_seperate_build=0      rundir="run"
1134      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1135          builddir="build"          rundir=$builddir
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1136      fi      fi
1137            CODE_DIR=$dir/$code_dir
1138        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1139    
1140        if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1141            echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1142            continue
1143        fi
1144        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1145            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1146            continue
1147        fi
1148    
1149      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1150      extra_runs=      extra_runs=
1151      if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1152          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
1153          echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"          #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1154          for exd in $ex_run_dirs ; do          for exd in $ex_run_dirs ; do
1155              name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`              name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
1156              outf="$dir/results/output.txt.$name"              outf="$dir/results/output.$name.txt"
1157              if test -f $outf -a -r $outf ; then              if test -f $outf -a -r $outf ; then
1158                  extra_runs="$extra_runs $name"                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1159                        if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1160                            extra_runs="$extra_runs $name"
1161                        #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1162                        fi
1163                    else
1164                        extra_runs="$extra_runs $name"
1165                    fi
1166              fi              fi
1167          done          done
1168      fi      fi
1169    
     if test "x$ADM" = x ; then  
         code_dir=code  
         CODE_DIR=$dir/code  
     else  
         code_dir=code_ad  
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
     fi  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
   
     if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then  
         echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"  
         continue  
     fi  
   
1170      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1171      echo      echo
1172      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1173           echo "Experiment:  $dir"
1174        else
1175           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1176        fi
1177      echo      echo
1178      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1179      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1180    
1181      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1182      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 922  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1184  for dir in $TESTDIRS ; do
1184      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1185            
1186      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1187          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1188            makeclean $dir/$builddir \
1189                && run_clean $dir/$rundir
1190      else      else
1191          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1192              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1193                && run_clean $dir/$rundir \
1194              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1195              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1196              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1197              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
1198              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1199              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1200      fi      fi
1201            
1202      echo      echo
1203      if test "x$ADM" = x ; then  #   if test "x$ADM" = x ; then
1204          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1205          echo          echo
1206          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1207          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          touch $CDIR"/summary.txt"
1208            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1209          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1210          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1211          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1212          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1213    
         OLD_COMMAND=$COMMAND  
         COMMAND="./mitgcmuv > output.txt"  
1214          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1215              test -e "$dir/tr_run.$ex" && rm -rf "$dir/tr_run.$ex"              unset run
1216              mkdir "$dir/tr_run.$ex"              results=$EMPTY_RESULTS
1217              links=`( cd "$dir/input" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1218              (              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1219                  cd "$dir/tr_run.$ex"              mkdir $rel_CDIR
1220                  for i in $links; do              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1221                      ln -s ../input/$i $i              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1222                  done              run_clean $dir/tr_run.$ex
1223              )              linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
             links=`( cd "$dir/input.$ex" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`  
             (  
                 cd "$dir/tr_run.$ex"  
                 for i in $links; do  
                     test -e $i  &&  rm -f $i  
                     ln -s ../input.$ex/$i $i  
                 done  
                 ln -s ../$builddir/mitgcmuv mitgcmuv  
             )  
1224              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1225                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`                  && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex "output.${ex}.txt"`
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
1226              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1227              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1228              echo              echo
1229              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1230              echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              touch $CDIR"/summary.txt"
1231                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1232              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1233              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1234              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1235              echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1236                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1237                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1238                fi
1239          done          done
1240          COMMAND=$OLD_COMMAND  #   else
1241      else  #       fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1242          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  #       fres=$fres"$results   $dir"
1243          fres=$fres"$results   $dir"  #       echo
1244          echo  #       echo "$fres" >> $SUMMARY
1245          echo "$fres" >> $SUMMARY  #       touch $CDIR"/summary.txt"
1246          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  #       echo "fresults='$fres'" >> $CDIR"/summary.txt"
1247          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  #       echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1248          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  #       echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1249          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  #       echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1250          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  #       echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1251    #   fi
1252        if test "x$ADM" = xt ; then
1253            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1254                               >> $CDIR"/summary.txt"
1255        fi
1256    
1257        #postclean $dir/$builddir
1258        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1259            makeclean $dir/$builddir \
1260                && run_clean $dir/$rundir
1261      fi      fi
1262            
1263      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
# Line 1028  else Line 1296  else
1296      fi      fi
1297  fi  fi
1298    
1299  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
 rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  
1300    
1301  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1302      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.//'
1303      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1304          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1305      fi      fi
1306      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/  \.//g' > tr_out.txt
1307  fi  fi
1308    
1309  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
Legend:
Removed from v.1.49  
changed lines
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