/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.10 by edhill, Thu Oct 9 04:19:20 2003 UTC revision 1.88 by jmc, Tue Aug 29 00:18:35 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 10  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17        echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
19      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
21      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
22      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
23      echo "  (-b|-bash)STRING         location of \"bash\" executable"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
24      echo "                             (DEF=\"\" for \"/bin/bash\")"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
25      echo "  (-command)STRING         command to run"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
26        echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
27        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
28        echo "  (-command) STRING        command to run"
29      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
30      echo "  (-m|-make)STRING         command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
31      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
32        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
33        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
34        echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
35        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
36        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
37      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
38      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
39      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
40      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
41      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
42        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
43      echo      echo
44      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
45      echo "such as:"      echo "such as:"
46        echo
47      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
48      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
49      echo      echo
50        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
51        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
52        echo
53      exit 1      exit 1
54  }  }
55    
56  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
57  build_mpack()  build_mpack()
58  {  {
59      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
60      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
61          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
62                echo
63              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
64              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
65              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
66              exit 1              echo
67                HAVE_MPACK=f
68          fi          fi
69          echo -n "building mpack...  "          printf "building mpack...  "
70          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1          if test "x$CC" = x ; then
71                export CC=cc
72            fi
73            ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
74          RETVAL=$?          RETVAL=$?
75          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
76              echo              echo
77              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
78              exit 1              echo
79                HAVE_MPACK=f
80            else
81                rm -f tr_build_mpack.out
82                HAVE_MPACK=t
83          fi          fi
84        else
85            HAVE_MPACK=t
86      fi      fi
87      echo "OK"      echo "OK"
88  }  }
89    
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
 }  
   
90  testoutput_for_prop()  testoutput_for_prop()
91  {  {
92      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension
93      #      #
94      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares files $dir/$subdir/$OUTPUTFILE and $dir/results/output.txt
95      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
96    
97      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
98          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
99      fi      fi
100      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
101          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
102          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
103          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
104              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
105                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
106              fi              fi
107              return 99              return 99
108          fi          fi
109      else      else
110          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_for_prop: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
111          return 99          return 99
112      fi      fi
113      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
114          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.$5 1>&2
115      fi      fi
116      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
117      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
118      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
119          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
120              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
121          fi          fi
122          return 99          return 99
123      fi      fi
124        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
125            if [ $verbose -gt 0 ]; then
126                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
127            fi
128            return 99
129        fi
130        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
131        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
132            echo testoutput_for_prop: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
133            return 99
134        fi
135        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
136        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
137            echo testoutput_for_prop: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
138            return 99
139        fi
140      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
141          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
142      fi      fi
# Line 110  testoutput_for_prop() Line 144  testoutput_for_prop()
144      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
145          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2
146      fi      fi
147      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
148      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
149        fi
150        echo "-1" >> tmp3.txt
151        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
152        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
153        digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`
154      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
155          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
156              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
# Line 122  testoutput_for_prop() Line 161  testoutput_for_prop()
161              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2
162          fi          fi
163      fi      fi
164      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
165            
166      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
167  }  }
# Line 142  dashnum() Line 181  dashnum()
181      done      done
182  }  }
183    
184    testoutput_ad()
185    {
186        grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
187        grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
188        grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
189        grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
190        join t05.txt t15.txt > t5.txt
191        join t06.txt t16.txt > t6.txt
192        echo "-1" >> t5.txt
193        echo "-1" >> t6.txt
194        digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`
195        digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`
196        dashnum $digits_5 $digits_6
197        rm -f t[01][56].txt t[56].txt
198    }
199    
200    check_for_add_mon_output()
201    {
202        # Check for additional types of monitor output
203        if test "x$1" = x ; then
204            return
205        fi
206    
207        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
208            eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
209        done
210    
211        ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
212        ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
213        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
214            for jj in $ptr_add ; do
215                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
216                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
217                if test ! "x$tst" = x0 ; then
218                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
219                fi
220            done
221            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
222        done
223    }
224    
225  testoutput()  testoutput()
226  {  {
227      # testoutput diretory subdir      # testoutput directory subdir extension
228      #      #
229      #  test output in "directory"      #  test output in "directory"
230        if test "x$ADM" = x ; then
231            if [ $debug -gt 0 ]; then
232                echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2
233            fi
234            testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?
235            if [ $debug -gt 0 ]; then
236                echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2
237            fi
238            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?
239            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?
240            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?
241            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?
242            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?
243            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?
244            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?
245            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?
246            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?
247            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?
248            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?
249            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?
250            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?
251            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
252            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
253            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
254    
255            #  This is for PTRACERS
256            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
257                eval `echo "p0"$ii"_min=99"`
258                eval `echo "p0"$ii"_max=99"`
259                eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`
260                eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`
261                tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
262                #echo 'tst = '$tst
263                if test "x$tst" = xt ; then
264                    a="trcstat_ptracer0"
265                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3
266                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`
267                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3
268                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`
269                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3
270                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`
271                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3
272                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`
273                fi
274            done
275    
276      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"
277          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"
278      fi          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"
279      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"
280      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"
281          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"
282            allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"
283    
284            eval "dashnum $allargs"
285    
286        else
287            testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
288      fi      fi
       
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?  
       
     dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
         $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd  
289  }  }
290    
291  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 183  genmakemodel() Line 294  genmakemodel()
294      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
295          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
296      else      else
297          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
298                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
299            else
300                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
301            fi
302          (          (
303              cd $1;              cd $1;
304              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE --mods=../code"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
305                if test "x$ADM" = x ; then
306                    command="$command --mods=../code"
307                else
308                    command="$command --mods=../code_ad"
309                fi
310              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
311                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
                 # echo "  command=\"$command\""  
312              fi              fi
313              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
314                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
315              fi              fi
316              # echo "command: \"$command\""              if test "x$MPI" = xt ; then
317                    command="$command -mpi"
318                fi
319              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
320              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
321              RETVAL=$?              RETVAL=$?
322              for i in genmake_state genmake_optfile genmake_local Makefile ; do              #  Reduce the size of the testing emails!
323                  if test -r $i ; then              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
                     cp $i $CDIR  
                 fi  
             done  
324              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
325                  tail make.log                  tail make.log
326                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
327                  cp make.log $CDIR                  cp genmake_* make.log $CDIR
328                  return 1                  return 1
329              else              else
330                  echo "succesful" 1>&2                  echo "successful" 1>&2
331              fi              fi
332          )          )
333      fi      fi
# Line 219  makeclean() Line 337  makeclean()
337  {  {
338      # makeclean directory      # makeclean directory
339      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
340          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
341      else      else
342          (          (
343              cd $1;              cd $1;
344              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
345              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
346                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
347                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
348                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
349                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
350                      tail make.log                      tail make.log
351                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
352                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
353                      return 1                      return 1
354                  fi                  fi
355              fi              fi
356              echo succesful 1>&2              echo successful 1>&2
357                exit 0
358            )
359        fi
360    }
361    
362    run_clean()
363    {
364        # run_clean directory
365        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
366            echo "run_clean skipped!"
367        else
368            (
369                cd $1;
370                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
371                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
372                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
373                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
374                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
375                find . -type l -exec rm {} \;
376                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
377                rm -rf mnc_test_*
378                echo successful 1>&2
379              exit 0              exit 0
380          )          )
381      fi      fi
# Line 260  makedependmodel() Line 398  makedependmodel()
398                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
399                  return 1                  return 1
400              else              else
401                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
402              fi              fi
403          )          )
404      fi      fi
# Line 273  makemodel() Line 411  makemodel()
411          cd $1;          cd $1;
412          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
413              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
414              $MAKE >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = x ; then
415                    if test "x$JOBS" = x ; then
416                        $MAKE >> make.log 2>&1
417                    else
418                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
419                    fi
420                else
421                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
422                fi
423              RETVAL=$?              RETVAL=$?
424              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
425                  tail make.log                  tail make.log
# Line 281  makemodel() Line 427  makemodel()
427                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
428                  return 1                  return 1
429              else              else
430                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
431              fi              fi
432          fi          fi
433      )      )
434  }  }
435    
436    symlink_mpifiles()
437    {
438        # Put special links so that MPI specific files are used
439        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
440        # the Makefile will link to non-mpi files by default
441    
442        dir=$1
443        code_dir=$2
444        BUILD_DIR=$dir/$3
445        CODE_DIR=$dir/$code_dir
446        
447        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
448        MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
449    
450        #  Is this an MPI run?
451        if test "x$MPI" = xt ; then
452            # YES: We symbolically link these files to the build
453            # dir so long as there is no real file in place
454            for ii in $MPI_FILES ; do
455                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
456                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
457                cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1
458                RETVAL=$?
459                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
460                    if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
461                        #echo Linking $name to $i
462                        (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
463                    fi
464                fi
465            done
466        else
467            # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
468            for ii in $MPI_FILES ; do
469                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
470                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
471                if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
472                    cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
473                    RETVAL=$?
474                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
475                        #echo Un-linking $name from $linktarg
476                        rm -f $BUILD_DIR/$name
477                    fi
478                fi
479            done
480        fi
481        
482    }
483    
484  linkdata()  linkdata()
485  {  {
486      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
487      #      #
488      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
489      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test -d $1 ; then
490          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
491                cd $1 ; shift
492                if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
493                # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
494                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
495                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
496                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
497                        if test ! -r eedata ; then
498                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
499                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
500                        fi
501                    else
502                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
503                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
504                    fi
505                fi
506                for ldir in $* ; do
507                    if test -d "../"$ldir ; then
508                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
509                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
510                        for i in $files ; do
511                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
512                                if test ! -r $i  ; then
513                                    printf ' '$i 1>&2
514                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
515                                fi
516                            fi
517                        done
518                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
519                            "../"$ldir"/"prepare_run
520                        fi
521                        printf ' ; ' 1>&2
522                    fi
523                done
524            )
525      fi      fi
526  }  }
527    
# Line 301  runmodel() Line 529  runmodel()
529  {  {
530      # runmodel directory      # runmodel directory
531      #      #
532      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
533      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
534      (      (
535          cd $1          cd $1
536          printf 'runmodel: ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
537          # make output.txt          # make output.txt
538          $COMMAND          echo
539          RETVAL=$?          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
540          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00
541              cp output.txt $CDIR"/output.txt"              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
542            fi
543            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
544                    rm -f run.log ; touch run.log
545                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
546                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
547                    RETVAL=8
548                    ENDVAL=-1
549            else
550                if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
551                    rm -f run.log ; touch run.log
552                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
553                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
554                    RETVAL=$?
555                else
556                    RETVAL=0
557                    if test -f run.log ; then
558                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
559                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
560                    else
561                        touch run.log
562                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
563                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
564                        echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1
565                    fi
566                fi
567                ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
568            fi
569            rm -f run.log_00
570            #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
571            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
572                tail run.log
573                echo successful 1>&2
574                # === Reduce the size of the testing emails!
575                #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
576                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
577              return 0              return 0
578          else          else
579                tail run.log
580                echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
581                cp run.log $CDIR"/run.log"
582                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
583              return 1              return 1
584          fi          fi
585      )      )
# Line 322  createcodelet() Line 589  createcodelet()
589  {  {
590      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
591    
592      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
593      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF
594        program cmpnum  #include <stdio.h>
595        implicit none  #include <math.h>
596        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
597        integer linnum,best    int linnum,best,lncnt;
598        best=-16    double a,b,abave,relerr;
599    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
600        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
601  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
602        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
603          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
604          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
605  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
606            linnum=int(log10(diff))      if (abave > 0.0) {
607            best=max(best,linnum)        relerr=fabs(a-b)/abave;
608          endif        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }
609        else        else { linnum = -16 ; }
610          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22        best = (best > linnum) ? best : linnum;
611        endif      }
612        goto 99    }
613    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'    if (lncnt == 999) best=-29;
614    70  print *,-best    printf("%d\n", -best);
615        end    return 0;
616  EOFA  }
617    EOF
618        $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
619    
620      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
621          echo "OK"          echo "OK"
622          return 0          return 0
623      else      else
624          echo          echo
625          echo "createcodelet: failed to compile codelet"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
626            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
627          exit 1          exit 1
628      fi      fi
629  }  }
# Line 403  EOF Line 672  EOF
672    
673  scandirs()  scandirs()
674  {  {
675      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
676          for arg in * ; do          for arg in * ; do
677              test -d $arg/input && echo $arg              test -d $arg/$1 && echo $arg
678          done          done
679      else      else
680          echo $*          echo $*
681      fi      fi
682  }  }
683    
684    
685  ###############################################################################  ###############################################################################
 ###############################################################################  
 ###############################################################################  
686    
687    
688  #  Default properties  #  Default properties
# Line 425  clean=0 Line 692  clean=0
692  expts=''  expts=''
693  # ieee=1  # ieee=1
694    
695  IEEE=  IEEE=true
696  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
697      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
698  fi  fi
# Line 436  QUICK=f Line 703  QUICK=f
703  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
704  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
705  NODEPEND=f  NODEPEND=f
706    POSTCLEAN=f
707    
708  BASH=  BASH=
709  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
710  ADDRESSES=  ADDRESSES=
711  TESTDIRS=  TESTDIRS=
712  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
713    HAVE_MPACK=
714  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
715  COMMAND="make output.txt"  COMMAND=
716  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
717        MAKE=make
718    fi
719    if test "x$CC" = x ; then
720        CC=cc
721    fi
722    JOBS=
723  MPI=f  MPI=f
724    MULTI_THREAD=f
725    OUTDIR=
726    DELDIR=
727    
728    ADM=
729    
730    # Additional monitor types
731    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
732    
733  echo -n "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
734    
735  ac_prev=  ac_prev=
736  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 496  for ac_option ; do Line 779  for ac_option ; do
779          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
780              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
781    
782            -odir | --odir)
783                ac_prev=OUTDIR ;;
784            -odir=* | --odir=*)
785                OUTDIR=$ac_optarg ;;
786    
787            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
788                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
789            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
790                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
791    
792            -j) ac_prev=JOBS ;;
793            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
794    
795          -clean | --clean)          -clean | --clean)
796              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
797    
798          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
799              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 508  for ac_option ; do Line 804  for ac_option ; do
804          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
805              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
806    
807          -mpi) MPI=true ;;          -postclean | --postclean | -pc | --pc)
808                POSTCLEAN=t ;;
809    
810            -mpi) MPI=t ;;
811    
812            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
813    
814            -adm | -ad) ADM=t ;;
815    
816          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
817          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
# Line 517  for ac_option ; do Line 820  for ac_option ; do
820          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
821          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
822    
823            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
824    
825          -*)          -*)
826              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
827              usage              usage
# Line 538  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 843  if test "x$QUICK" = xt ; then
843  fi  fi
844    
845  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
846      TESTDIRS=`scandirs`      if test "x$ADM" = xt ; then
847            TESTDIRS=`scandirs results_ad`
848        else
849            TESTDIRS=`scandirs results`
850        fi
851    else
852        #- expand group of experiments:
853        LIST=" "
854        for xx in $TESTDIRS
855        do
856          case $xx in
857            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
858                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
859                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
860                    ;;
861            'tutorials')
862                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
863            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
864          esac
865        done
866        #echo 'LIST='${LIST}'<'
867        #- remove duplicate and non-directory:
868        TESTDIRS=" "
869        for xx in $LIST
870        do
871            if test -d $xx ; then
872                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
873                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
874            else
875                echo " -- skip \"$xx\" : not a directory !"
876            fi
877        done
878  fi  fi
879    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
880    
881  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
882      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
883  fi  fi
884    
885  echo "OK"  if test "x$ADM" = xt ; then
886        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
887        OUTPUTFILE="output_adm.txt"
888    else
889        EXECUTABLE="mitgcmuv"
890        OUTPUTFILE="output.txt"
891    fi
892    
893    if test "x$COMMAND" = x ; then
894        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
895    fi
896    if test "x$MPI" = xt ; then
897        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
898    fi
899    
900    #echo "OK"
901    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
902    
903  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
904  createcodelet  createcodelet
905    
906  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
907  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
908        echo "skipping mpack build"
909    else
910        build_mpack
911    fi
912    
913  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
914  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
915  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
916  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
917  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
918    if test "x$OUTDIR" != x ; then
919        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
920    fi
921  DNUM=0  DNUM=0
922  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
923  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 567  done Line 927  done
927  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
928  RETVAL=$?  RETVAL=$?
929  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
930      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
931      exit 1      exit 1
932  fi  fi
933  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
934  date > $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
935  cat << EOF >> $SUMMARY  start_date=`date`
936                  T           S           U           V  echo $start_date > $SUMMARY
 G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  
 E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  
 N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  
 2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  
   
 EOF  
   
 NDIR=0  
937    
938    of_path=
939  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
940      if test -r $OPTFILE ; then      if test -r $OPTFILE ; then
941          OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"          # get the path
942            path=${OPTFILE%/*}
943            if test "x$path" = x ; then
944                of_path=`pwd`
945            else
946                of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
947            fi
948            file=${OPTFILE##*/}
949            OPTFILE=$of_path/$file
950            cp $OPTFILE $DRESULTS
951            echo >> $SUMMARY
952            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
953        else
954            echo | tee $SUMMARY
955            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
956            exit 1
957      fi      fi
958    else
959        echo >> $SUMMARY
960        echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY
961        echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY
962  fi  fi
963  echo  echo
 echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
964  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
965    if test "x$ADM" = x ; then
966        line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
967        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
968        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
969        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
970        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
971        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
972            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
973            #  if test "x$tst" = xt ; then
974            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
975            line_1="$line_1        m  s"
976            line_2="$line_2  m  m  e  ."
977            line_3="$line_3  i  a  a  d"
978            line_4="$line_4  n  x  n  ."
979            #  fi
980        done
981        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
982        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
983        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
984        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
985        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
986        echo " "       | tee -a $SUMMARY
987    else
988        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
989        echo >> $SUMMARY
990        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
991    G D M    C  G
992    E p a R  o  r
993    N n k u  s  a
994    2 d e n  t  d
995    
996    EOF
997    fi
998    
999  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1000  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
# Line 598  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1002  for dir in $TESTDIRS ; do
1002      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1003      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1004          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $dir/build/Makefile ; then
1005                echo '  ------  clean dir:' $dir/build
1006              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              ( cd $dir/build ; make CLEAN )
1007          fi          fi
1008          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/run/CVS ; then
1009              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/run
1010                run_clean $dir/run
1011          fi          fi
1012            (
1013                cd $dir
1014                rm -rf tr_run.*
1015            )
1016          continue          continue
1017      fi      fi
1018    
1019      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1020      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1021      if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      fout=
1022          echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir"      if test "x$ADM" = x ; then
1023            fout=$dir"/results/output.txt"
1024        else
1025            fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"
1026        fi
1027        if test ! -r $fout ; then
1028            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1029          continue          continue
1030      fi      fi
1031        if test "x$ADM" = x ; then
1032            check_for_add_mon_output  $fout
1033        fi
1034    
1035      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      # Check for additional types of monitor output
     echo  
     echo "Experiment:  $dir"  
     echo  
     unset genmake makedepend make run  
     results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
1036    
1037      if [ -r $dir/build ]; then      builddir="build"
1038          seperatebuilddir=1      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1039          builddir=build      rundir="run"
1040          rundir=build     #rundir=$builddir
1041          ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1042      else          rundir=$builddir
         seperatebuilddir=0  
         builddir=input  
         rundir=input  
1043      fi      fi
1044            
1045      CODE_DIR=$dir/code      if test "x$ADM" = x ; then
1046            code_dir=code
1047            CODE_DIR=$dir/code
1048            input_dirs='input'
1049        else
1050            code_dir=code_ad
1051            CODE_DIR=$dir/code_ad
1052            input_dirs='input_ad input'
1053        fi
1054      BUILD_DIR=$dir/$builddir      BUILD_DIR=$dir/$builddir
     MPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_mpi SIZE.h_mpi"  
     NOMPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_nompi SIZE.h_nompi"  
1055    
1056      #  Is this an MPI run?      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1057      if test "x$MPI" = xt ; then          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1058          FILES=$MPI_FILES          continue
         endings="_mpi"  
     else  
         FILES=$NOMPI_FILES  
         endings="_nompi"  
1059      fi      fi
1060            if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1061      #  Check to see that we have the files          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
     have_files=t  
     for i in $FILES ; do  
         if test ! -r $CODE_DIR/$i ; then  
             echo "Warning: can't read file $CODE_DIR/$i"  
             have_files=f  
         fi  
     done  
     if test "x$have_files" != xt -a "x$MPI" = xt ; then  
         echo "Skipping $dir due to lack of input files (see above warning)"  
1062          continue          continue
1063      fi      fi
1064        
1065      #  If we have the $FILES and they differ, copy the $FILES to $BUILD_DIR      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1066      if test "x$have_files" = xt ; then      extra_runs=
1067          for i in $FILES ; do      if test "x$ADM" = x ; then
1068              sstr="s|$endings||"          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
1069              name=`echo $i | sed -e $sstr `          #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1070              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          for exd in $ex_run_dirs ; do
1071              RETVAL=$?              name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
1072              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              outf="$dir/results/output.$name.txt"
1073                  cp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name              if test -f $outf -a -r $outf ; then
1074                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1075                        if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1076                            extra_runs="$extra_runs $name"
1077                        #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1078                        fi
1079                    else
1080                        extra_runs="$extra_runs $name"
1081                    fi
1082              fi              fi
1083          done          done
1084      fi      fi
1085        
1086        echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1087        echo
1088        if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1089           echo "Experiment:  $dir"
1090        else
1091           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1092        fi
1093        echo
1094        unset genmake makedepend make run
1095        results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1096    
1097      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1098      CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
1099      mkdir $CDIR      mkdir $rel_CDIR
1100      CDIR=`pwd`"/$CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1101            
1102      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1103          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1104            makeclean $dir/$builddir \
1105                && run_clean $dir/$rundir
1106      else      else
1107          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1108              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1109                && run_clean $dir/$rundir \
1110                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1111              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1112              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1113              && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
1114              && runmodel $dir/$builddir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1115              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir "txt"`
1116      fi      fi
1117            
1118      echo      echo
1119      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \      if test "x$ADM" = x ; then
1120          ${run:-N} $results          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1121      echo          echo
1122      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "$fres" >> $SUMMARY
1123          ${run:-N} $results >> $SUMMARY          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1124      echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1125      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1126          ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1127      echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1128      echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1129      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          for ex in $extra_runs ; do
1130      echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              unset run
1131      echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1132                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1133                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1134                mkdir $rel_CDIR
1135                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1136                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1137                run_clean $dir/tr_run.$ex
1138                linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
1139                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1140                    && results=`testoutput $dir tr_run.$ex ${ex}".txt"`
1141                fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1142                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1143                fres="$fres.$ex"
1144                echo
1145                echo "$fres" >> $SUMMARY
1146                echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1147                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1148                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1149                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1150                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1151                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1152                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1153                fi
1154            done
1155        else
1156            fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1157            fres=$fres"$results   $dir"
1158            echo
1159            echo "$fres" >> $SUMMARY
1160            echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1161            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1162            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1163            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1164            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1165            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1166                               >> $CDIR"/summary.txt"
1167        fi
1168    
1169        #postclean $dir/$builddir
1170        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1171            makeclean $dir/$builddir \
1172                && run_clean $dir/$rundir
1173        fi
1174            
1175      (      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
         cd $DRESULTS  
         tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1  
         gzip $NDIR".tar"  
     )  
1176            
1177      if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  done
1178          echo "No mail sent"  
1179      else  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1180          $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES  echo $start_date >> $SUMMARY
1181    printf "End time:    " >> $SUMMARY
1182    date >> $SUMMARY
1183    
1184    #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1185    #  to send email using mpack.
1186    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1187        echo "No results email was sent."
1188    else
1189        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1190            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1191                && gzip $DRESULTS".tar" \
1192                && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1193          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1194          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1195              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
1196                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1197                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1198                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1199                echo
1200          else          else
1201              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              echo
1202                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1203                echo "  \"$ADDRESSES\""
1204                echo
1205          fi          fi
1206            test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1207            test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1208      fi      fi
1209    fi
1210    
1211      echo "-------------------------------------------------------------------------------"  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out
1212        rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
     NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  
       
 done  
1213    
1214  rm tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1215        cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
1216        if test -e tr_out.txt ; then
1217            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1218        fi
1219        cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt
1220    fi
1221    
1222  cat $SUMMARY  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1223        rm -rf $DRESULTS
1224    fi
1225    
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