/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.10 by edhill, Thu Oct 9 04:19:20 2003 UTC revision 1.83 by jmc, Wed Jul 5 22:39:57 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 10  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17        echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
19      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
21      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"
22      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"
23      echo "  (-b|-bash)STRING         location of \"bash\" executable"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
24      echo "                             (DEF=\"\" for \"/bin/bash\")"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
25      echo "  (-command)STRING         command to run"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
26        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
27        echo "  (-command) STRING        command to run"
28      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
29      echo "  (-m|-make)STRING         command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
30      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
31        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
32        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
33        echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
34        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
35        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
36      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
37      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
38      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
39      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
40      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
41        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
42      echo      echo
43      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
44      echo "such as:"      echo "such as:"
45        echo
46      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
47      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
48      echo      echo
49        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
50        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
51        echo
52      exit 1      exit 1
53  }  }
54    
55  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
56  build_mpack()  build_mpack()
57  {  {
58      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
59      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
60          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
61                echo
62              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
63              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
64              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
65              exit 1              echo
66                HAVE_MPACK=f
67          fi          fi
68          echo -n "building mpack...  "          printf "building mpack...  "
69          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1          if test "x$CC" = x ; then
70                export CC=cc
71            fi
72            ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
73          RETVAL=$?          RETVAL=$?
74          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
75              echo              echo
76              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
77              exit 1              echo
78                HAVE_MPACK=f
79            else
80                rm -f tr_build_mpack.out
81                HAVE_MPACK=t
82          fi          fi
83        else
84            HAVE_MPACK=t
85      fi      fi
86      echo "OK"      echo "OK"
87  }  }
88    
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
 }  
   
89  testoutput_for_prop()  testoutput_for_prop()
90  {  {
91      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension
92      #      #
93      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt
94      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
# Line 80  testoutput_for_prop() Line 97  testoutput_for_prop()
97          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2
98      fi      fi
99      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then
100          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
101          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
102          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
103              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
104                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
105              fi              fi
# Line 93  testoutput_for_prop() Line 110  testoutput_for_prop()
110          return 99          return 99
111      fi      fi
112      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
113          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2
114      fi      fi
115      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
116      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
117      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
118          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
119              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
120          fi          fi
121          return 99          return 99
122      fi      fi
123        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
124            if [ $verbose -gt 0 ]; then
125                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
126            fi
127            return 99
128        fi
129        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
130        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
131            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2
132            return 99
133        fi
134        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
135        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
136            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2
137            return 99
138        fi
139      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
140          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
141      fi      fi
# Line 110  testoutput_for_prop() Line 143  testoutput_for_prop()
143      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
144          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2
145      fi      fi
146      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
147      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
148        fi
149        echo "-1" >> tmp3.txt
150        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
151        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
152        digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`
153      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
154          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
155              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
# Line 122  testoutput_for_prop() Line 160  testoutput_for_prop()
160              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2
161          fi          fi
162      fi      fi
163      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
164            
165      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
166  }  }
# Line 142  dashnum() Line 180  dashnum()
180      done      done
181  }  }
182    
183    testoutput_ad()
184    {
185        grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
186        grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
187        grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
188        grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
189        join t05.txt t15.txt > t5.txt
190        join t06.txt t16.txt > t6.txt
191        echo "-1" >> t5.txt
192        echo "-1" >> t6.txt
193        digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`
194        digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`
195        dashnum $digits_5 $digits_6
196        rm -f t[01][56].txt t[56].txt
197    }
198    
199    check_for_add_mon_output()
200    {
201        # Check for additional types of monitor output
202        if test "x$1" = x ; then
203            return
204        fi
205    
206        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
207            eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
208        done
209    
210        ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
211        ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
212        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
213            for jj in $ptr_add ; do
214                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
215                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
216                if test ! "x$tst" = x0 ; then
217                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
218                fi
219            done
220            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
221        done
222    }
223    
224  testoutput()  testoutput()
225  {  {
226      # testoutput diretory subdir      # testoutput directory subdir extension
227      #      #
228      #  test output in "directory"      #  test output in "directory"
229        if test "x$ADM" = x ; then
230            if [ $debug -gt 0 ]; then
231                echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2
232            fi
233            testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?
234            if [ $debug -gt 0 ]; then
235                echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2
236            fi
237            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?
238            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?
239            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?
240            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?
241            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?
242            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?
243            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?
244            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?
245            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?
246            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?
247            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?
248            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?
249            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?
250            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
251            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
252            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
253    
254            #  This is for PTRACERS
255            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
256                eval `echo "p0"$ii"_min=99"`
257                eval `echo "p0"$ii"_max=99"`
258                eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`
259                eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`
260                tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
261                #echo 'tst = '$tst
262                if test "x$tst" = xt ; then
263                    a="trcstat_ptracer0"
264                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3
265                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`
266                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3
267                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`
268                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3
269                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`
270                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3
271                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`
272                fi
273            done
274    
275      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"
276          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"
277      fi          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"
278      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"
279      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"
280          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"
281            allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"
282    
283            eval "dashnum $allargs"
284    
285        else
286            testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
287      fi      fi
       
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?  
       
     dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
         $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd  
288  }  }
289    
290  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 183  genmakemodel() Line 293  genmakemodel()
293      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
294          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
295      else      else
296          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
297                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
298            else
299                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
300            fi
301          (          (
302              cd $1;              cd $1;
303              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE --mods=../code"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
304                if test "x$ADM" = x ; then
305                    command="$command --mods=../code"
306                else
307                    command="$command --mods=../code_ad"
308                fi
309              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
310                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
                 # echo "  command=\"$command\""  
311              fi              fi
312              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
313                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
314              fi              fi
315              # echo "command: \"$command\""              if test "x$MPI" = xt ; then
316                    command="$command -mpi"
317                fi
318              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
319              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
320              RETVAL=$?              RETVAL=$?
321              for i in genmake_state genmake_optfile genmake_local Makefile ; do              #  Reduce the size of the testing emails!
322                  if test -r $i ; then              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
                     cp $i $CDIR  
                 fi  
             done  
323              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
324                  tail make.log                  tail make.log
325                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
326                  cp make.log $CDIR                  cp genmake_* make.log $CDIR
327                  return 1                  return 1
328              else              else
329                  echo "succesful" 1>&2                  echo "successful" 1>&2
330              fi              fi
331          )          )
332      fi      fi
# Line 219  makeclean() Line 336  makeclean()
336  {  {
337      # makeclean directory      # makeclean directory
338      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
339          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
340      else      else
341          (          (
342              cd $1;              cd $1;
343              if test -e output.txt ; then              #if test -e output.txt ; then rm -f output.txt ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
344              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
345                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
346                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
347                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
348                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
349                      tail make.log                      tail make.log
350                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
351                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
352                      return 1                      return 1
353                  fi                  fi
354              fi              fi
355              echo succesful 1>&2              echo successful 1>&2
356                exit 0
357            )
358        fi
359    }
360    
361    run_clean()
362    {
363        # run_clean directory
364        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
365            echo "run_clean skipped!"
366        else
367            (
368                cd $1;
369                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
370                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
371                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
372                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
373                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
374                find . -type l -exec rm {} \;
375                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
376                rm -rf mnc_test_*
377                echo successful 1>&2
378              exit 0              exit 0
379          )          )
380      fi      fi
# Line 260  makedependmodel() Line 397  makedependmodel()
397                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
398                  return 1                  return 1
399              else              else
400                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
401              fi              fi
402          )          )
403      fi      fi
# Line 273  makemodel() Line 410  makemodel()
410          cd $1;          cd $1;
411          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
412              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
413              $MAKE >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = x ; then
414                    if test "x$JOBS" = x ; then
415                        $MAKE >> make.log 2>&1
416                    else
417                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
418                    fi
419                else
420                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
421                fi
422              RETVAL=$?              RETVAL=$?
423              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
424                  tail make.log                  tail make.log
# Line 281  makemodel() Line 426  makemodel()
426                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
427                  return 1                  return 1
428              else              else
429                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
430              fi              fi
431          fi          fi
432      )      )
433  }  }
434    
435    symlink_mpifiles()
436    {
437        # Put special links so that MPI specific files are used
438        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
439        # the Makefile will link to non-mpi files by default
440    
441        dir=$1
442        code_dir=$2
443        BUILD_DIR=$dir/$3
444        CODE_DIR=$dir/$code_dir
445        
446        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
447        MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
448    
449        #  Is this an MPI run?
450        if test "x$MPI" = xt ; then
451            # YES: We symbolically link these files to the build
452            # dir so long as there is no real file in place
453            for ii in $MPI_FILES ; do
454                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
455                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
456                cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1
457                RETVAL=$?
458                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
459                    if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
460                        #echo Linking $name to $i
461                        (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
462                    fi
463                fi
464            done
465        else
466            # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
467            for ii in $MPI_FILES ; do
468                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
469                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
470                if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
471                    cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
472                    RETVAL=$?
473                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
474                        #echo Un-linking $name from $linktarg
475                        rm -f $BUILD_DIR/$name
476                    fi
477                fi
478            done
479        fi
480        
481    }
482    
483  linkdata()  linkdata()
484  {  {
485      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
486      #      #
487      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
488      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test -d $1 ; then
489          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
490                cd $1 ; shift
491                if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
492                # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
493                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
494                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
495                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
496                        if test ! -r eedata ; then
497                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
498                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
499                        fi
500                    else
501                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
502                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
503                    fi
504                fi
505                for ldir in $* ; do
506                    if test -d "../"$ldir ; then
507                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
508                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
509                        for i in $files ; do
510                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
511                                if test ! -r $i  ; then
512                                    printf ' '$i 1>&2
513                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
514                                fi
515                            fi
516                        done
517                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
518                            "../"$ldir"/"prepare_run
519                        fi
520                        printf ' ; ' 1>&2
521                    fi
522                done
523            )
524      fi      fi
525  }  }
526    
# Line 301  runmodel() Line 528  runmodel()
528  {  {
529      # runmodel directory      # runmodel directory
530      #      #
531      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
532      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
533      (      (
534          cd $1          cd $1
535          printf 'runmodel: ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
536          # make output.txt          # make output.txt
537          $COMMAND          echo
538          RETVAL=$?          rm -f run.log
539            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
540                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log
541                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
542            else
543                touch run.log
544            fi
545            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
546                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
547                    RETVAL=8
548            else
549                if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
550                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
551                    RETVAL=$?
552                else
553                    echo " $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
554                    RETVAL=0
555                fi
556            fi
557            # echo "COMMAND='$COMMAND'"
558            # echo "pwd='"`pwd`"'"
559          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
560              cp output.txt $CDIR"/output.txt"              tail run.log
561                echo successful 1>&2
562                # === Reduce the size of the testing emails!
563                # if test "x$ADM" = x ; then
564                #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
565                # else
566                #   cp output_adm.txt $CDIR"/output_adm.txt"
567                # fi
568                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
569              return 0              return 0
570          else          else
571                tail run.log
572                echo failed 1>&2
573                cp run.log $CDIR"/run.log"
574                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
575              return 1              return 1
576          fi          fi
577      )      )
# Line 322  createcodelet() Line 581  createcodelet()
581  {  {
582      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
583    
584      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
585      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF
586        program cmpnum  #include <stdio.h>
587        implicit none  #include <math.h>
588        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
589        integer linnum,best    int linnum,best,lncnt;
590        best=-16    double a,b,abave,relerr;
591    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
592        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
593  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
594        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
595          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
596          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
597  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
598            linnum=int(log10(diff))      if (abave > 0.0) {
599            best=max(best,linnum)        relerr=fabs(a-b)/abave;
600          endif        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }
601        else        else { linnum = -16 ; }
602          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22        best = (best > linnum) ? best : linnum;
603        endif      }
604        goto 99    }
605    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'    if (lncnt == 999) best=-29;
606    70  print *,-best    printf("%d\n", -best);
607        end    return 0;
608  EOFA  }
609    EOF
610        $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
611    
612      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
613          echo "OK"          echo "OK"
614          return 0          return 0
615      else      else
616          echo          echo
617          echo "createcodelet: failed to compile codelet"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
618            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
619          exit 1          exit 1
620      fi      fi
621  }  }
# Line 403  EOF Line 664  EOF
664    
665  scandirs()  scandirs()
666  {  {
667      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
668          for arg in * ; do          for arg in * ; do
669              test -d $arg/input && echo $arg              test -d $arg/$1 && echo $arg
670          done          done
671      else      else
672          echo $*          echo $*
673      fi      fi
674  }  }
675    
676    
677  ###############################################################################  ###############################################################################
 ###############################################################################  
 ###############################################################################  
678    
679    
680  #  Default properties  #  Default properties
# Line 425  clean=0 Line 684  clean=0
684  expts=''  expts=''
685  # ieee=1  # ieee=1
686    
687  IEEE=  IEEE=true
688  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
689      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
690  fi  fi
# Line 436  QUICK=f Line 695  QUICK=f
695  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
696  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
697  NODEPEND=f  NODEPEND=f
698    POSTCLEAN=f
699    
700  BASH=  BASH=
701  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
702  ADDRESSES=  ADDRESSES=
703  TESTDIRS=  TESTDIRS=
704  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
705    HAVE_MPACK=
706  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
707  COMMAND="make output.txt"  COMMAND=
708  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
709        MAKE=make
710    fi
711    if test "x$CC" = x ; then
712        CC=cc
713    fi
714    JOBS=
715  MPI=f  MPI=f
716    MULTI_THREAD=f
717    OUTDIR=
718    DELDIR=
719    
720    ADM=
721    
722  echo -n "parsing options...  "  # Additional monitor types
723    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
724    
725    printf "parsing options...  "
726    
727  ac_prev=  ac_prev=
728  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 496  for ac_option ; do Line 771  for ac_option ; do
771          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
772              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
773    
774            -odir | --odir)
775                ac_prev=OUTDIR ;;
776            -odir=* | --odir=*)
777                OUTDIR=$ac_optarg ;;
778    
779            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
780                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
781            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
782                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
783    
784            -j) ac_prev=JOBS ;;
785            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
786    
787          -clean | --clean)          -clean | --clean)
788              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
789    
790          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
791              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 508  for ac_option ; do Line 796  for ac_option ; do
796          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
797              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
798    
799          -mpi) MPI=true ;;          -postclean | --postclean | -pc | --pc)
800                POSTCLEAN=t ;;
801    
802            -mpi) MPI=t ;;
803    
804            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
805    
806            -adm | -ad) ADM=t ;;
807    
808          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
809          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
# Line 517  for ac_option ; do Line 812  for ac_option ; do
812          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
813          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
814    
815            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
816    
817          -*)          -*)
818              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
819              usage              usage
# Line 538  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 835  if test "x$QUICK" = xt ; then
835  fi  fi
836    
837  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
838      TESTDIRS=`scandirs`      if test "x$ADM" = xt ; then
839            TESTDIRS=`scandirs results_ad`
840        else
841            TESTDIRS=`scandirs results`
842        fi
843  fi  fi
844    
845  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
846      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
847  fi  fi
848    
849  echo "OK"  if test "x$ADM" = xt ; then
850        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
851        OUTPUTFILE="output_adm.txt"
852    else
853        EXECUTABLE="mitgcmuv"
854        OUTPUTFILE="output.txt"
855    fi
856    
857    if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
858        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
859    fi
860    
861    if test "x$COMMAND" = x ; then
862        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
863    fi
864    
865    #echo "OK"
866    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
867    
868  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
869  createcodelet  createcodelet
870    
871  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
872  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
873        echo "skipping mpack build"
874    else
875        build_mpack
876    fi
877    
878  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
879  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
880  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
881  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
882  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
883    if test "x$OUTDIR" != x ; then
884        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
885    fi
886  DNUM=0  DNUM=0
887  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
888  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 567  done Line 892  done
892  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
893  RETVAL=$?  RETVAL=$?
894  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
895      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
896      exit 1      exit 1
897  fi  fi
898  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
899  date > $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
900  cat << EOF >> $SUMMARY  start_date=`date`
901                  T           S           U           V  echo $start_date > $SUMMARY
 G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  
 E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  
 N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  
 2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  
   
 EOF  
   
 NDIR=0  
902    
903    of_path=
904  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
905      if test -r $OPTFILE ; then      if test -r $OPTFILE ; then
906          OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"          # get the path
907            path=${OPTFILE%/*}
908            if test "x$path" = x ; then
909                of_path=`pwd`
910            else
911                of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
912            fi
913            file=${OPTFILE##*/}
914            OPTFILE=$of_path/$file
915            cp $OPTFILE $DRESULTS
916            echo >> $SUMMARY
917            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
918        else
919            echo | tee $SUMMARY
920            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
921            exit 1
922      fi      fi
923    else
924        echo >> $SUMMARY
925        echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY
926        echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY
927  fi  fi
928  echo  echo
 echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
929  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
930    if test "x$ADM" = x ; then
931        line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
932        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
933        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
934        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
935        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
936        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
937            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
938            #  if test "x$tst" = xt ; then
939            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
940            line_1="$line_1        m  s"
941            line_2="$line_2  m  m  e  ."
942            line_3="$line_3  i  a  a  d"
943            line_4="$line_4  n  x  n  ."
944            #  fi
945        done
946        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
947        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
948        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
949        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
950        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
951        echo " "       | tee -a $SUMMARY
952    else
953        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
954        echo >> $SUMMARY
955        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
956    G D M    C  G
957    E p a R  o  r
958    N n k u  s  a
959    2 d e n  t  d
960    
961    EOF
962    fi
963    
964  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
965  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
# Line 598  for dir in $TESTDIRS ; do Line 967  for dir in $TESTDIRS ; do
967      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
968      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
969          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $dir/build/Makefile ; then
970                echo '  ------  clean dir:' $dir/build
971              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              ( cd $dir/build ; make CLEAN )
972          fi          fi
973          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/run/CVS ; then
974              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/run
975                run_clean $dir/run
976          fi          fi
977            (
978                cd $dir
979                rm -rf tr_run.*
980            )
981          continue          continue
982      fi      fi
983    
984      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
985      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
986      if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      fout=
987          echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir"      if test "x$ADM" = x ; then
988            fout=$dir"/results/output.txt"
989        else
990            fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"
991        fi
992        if test ! -r $fout ; then
993            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
994          continue          continue
995      fi      fi
996        if test "x$ADM" = x ; then
997            check_for_add_mon_output  $fout
998        fi
999    
1000      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      # Check for additional types of monitor output
     echo  
     echo "Experiment:  $dir"  
     echo  
     unset genmake makedepend make run  
     results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
1001    
1002      if [ -r $dir/build ]; then      builddir="build"
1003          seperatebuilddir=1      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1004          builddir=build      rundir="run"
1005          rundir=build     #rundir=$builddir
1006          ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1007      else          rundir=$builddir
         seperatebuilddir=0  
         builddir=input  
         rundir=input  
1008      fi      fi
1009            
1010      CODE_DIR=$dir/code      if test "x$ADM" = x ; then
1011            code_dir=code
1012            CODE_DIR=$dir/code
1013            input_dirs='input'
1014        else
1015            code_dir=code_ad
1016            CODE_DIR=$dir/code_ad
1017            input_dirs='input_ad input'
1018        fi
1019      BUILD_DIR=$dir/$builddir      BUILD_DIR=$dir/$builddir
     MPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_mpi SIZE.h_mpi"  
     NOMPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_nompi SIZE.h_nompi"  
1020    
1021      #  Is this an MPI run?      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1022      if test "x$MPI" = xt ; then          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1023          FILES=$MPI_FILES          continue
         endings="_mpi"  
     else  
         FILES=$NOMPI_FILES  
         endings="_nompi"  
1024      fi      fi
1025            if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1026      #  Check to see that we have the files          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
     have_files=t  
     for i in $FILES ; do  
         if test ! -r $CODE_DIR/$i ; then  
             echo "Warning: can't read file $CODE_DIR/$i"  
             have_files=f  
         fi  
     done  
     if test "x$have_files" != xt -a "x$MPI" = xt ; then  
         echo "Skipping $dir due to lack of input files (see above warning)"  
1027          continue          continue
1028      fi      fi
1029        
1030      #  If we have the $FILES and they differ, copy the $FILES to $BUILD_DIR      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1031      if test "x$have_files" = xt ; then      extra_runs=
1032          for i in $FILES ; do      if test "x$ADM" = x ; then
1033              sstr="s|$endings||"          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
1034              name=`echo $i | sed -e $sstr `          #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1035              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          for exd in $ex_run_dirs ; do
1036              RETVAL=$?              name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
1037              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              outf="$dir/results/output.txt.$name"
1038                  cp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name              if test -f $outf -a -r $outf ; then
1039                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1040                        if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1041                            extra_runs="$extra_runs $name"
1042                        #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1043                        fi
1044                    else
1045                        extra_runs="$extra_runs $name"
1046                    fi
1047              fi              fi
1048          done          done
1049      fi      fi
1050        
1051        echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1052        echo
1053        if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1054           echo "Experiment:  $dir"
1055        else
1056           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1057        fi
1058        echo
1059        unset genmake makedepend make run
1060        results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1061    
1062      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1063      CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
1064      mkdir $CDIR      mkdir $rel_CDIR
1065      CDIR=`pwd`"/$CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1066            
1067      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1068          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1069            makeclean $dir/$builddir \
1070                && run_clean $dir/$rundir
1071      else      else
1072          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1073              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1074                && run_clean $dir/$rundir \
1075                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1076              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1077              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1078              && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
1079              && runmodel $dir/$builddir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1080              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir`
1081      fi      fi
1082            
1083      echo      echo
1084      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \      if test "x$ADM" = x ; then
1085          ${run:-N} $results          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1086      echo          echo
1087      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "$fres" >> $SUMMARY
1088          ${run:-N} $results >> $SUMMARY          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1089      echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1090      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1091          ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1092      echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1093      echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1094      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          for ex in $extra_runs ; do
1095      echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              unset run
1096      echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1097                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1098                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1099                mkdir $rel_CDIR
1100                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1101                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1102                run_clean $dir/tr_run.$ex
1103                linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
1104                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1105                    && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`
1106                fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1107                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1108                fres="$fres.$ex"
1109                echo
1110                echo "$fres" >> $SUMMARY
1111                echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1112                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1113                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1114                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1115                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1116                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1117                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1118                fi
1119            done
1120        else
1121            fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1122            fres=$fres"$results   $dir"
1123            echo
1124            echo "$fres" >> $SUMMARY
1125            echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1126            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1127            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1128            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1129            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1130            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1131                               >> $CDIR"/summary.txt"
1132        fi
1133    
1134        #postclean $dir/$builddir
1135        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1136            makeclean $dir/$builddir \
1137                && run_clean $dir/$rundir
1138        fi
1139            
1140      (      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
         cd $DRESULTS  
         tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1  
         gzip $NDIR".tar"  
     )  
1141            
1142      if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  done
1143          echo "No mail sent"  
1144      else  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1145          $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES  echo $start_date >> $SUMMARY
1146    printf "End time:    " >> $SUMMARY
1147    date >> $SUMMARY
1148    
1149    #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1150    #  to send email using mpack.
1151    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1152        echo "No results email was sent."
1153    else
1154        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1155            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1156                && gzip $DRESULTS".tar" \
1157                && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1158          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1159          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1160              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
1161                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1162                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1163                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1164                echo
1165          else          else
1166              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              echo
1167                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1168                echo "  \"$ADDRESSES\""
1169                echo
1170          fi          fi
1171            test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1172            test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1173      fi      fi
1174    fi
1175    
1176      echo "-------------------------------------------------------------------------------"  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out
1177        rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
     NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  
       
 done  
1178    
1179  rm tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1180        cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
1181        if test -e tr_out.txt ; then
1182            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1183        fi
1184        cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt
1185    fi
1186    
1187  cat $SUMMARY  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1188        rm -rf $DRESULTS
1189    fi
1190    
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