/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.10 by edhill, Thu Oct 9 04:19:20 2003 UTC revision 1.49 by edhill, Tue Nov 23 21:25:24 2004 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 12  usage() Line 13  usage()
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"
15      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
16        echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
17      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
18      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
19      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
20      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"
21      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"
22      echo "  (-b|-bash)STRING         location of \"bash\" executable"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
23      echo "                             (DEF=\"\" for \"/bin/bash\")"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
24      echo "  (-command)STRING         command to run"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
25        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
26        echo "  (-command) STRING        command to run"
27      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
28      echo "  (-m|-make)STRING         command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
29      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
30        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
31      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
32      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
33      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
34      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
35      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
36        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
37      echo      echo
38      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"
39      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 40  usage() Line 46  usage()
46  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
47  build_mpack()  build_mpack()
48  {  {
49      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
50      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
51          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
52                echo
53              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
54              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
55              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
56              exit 1              echo
57                HAVE_MPACK=f
58            fi
59            printf "building mpack...  "
60            if test "x$CC" = x ; then
61                export CC=cc
62          fi          fi
63          echo -n "building mpack...  "          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
         ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1  
64          RETVAL=$?          RETVAL=$?
65          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
66              echo              echo
67              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
68              exit 1              echo
69                HAVE_MPACK=f
70            else
71                rm -f tr_build_mpack.out
72                HAVE_MPACK=t
73          fi          fi
74        else
75            HAVE_MPACK=t
76      fi      fi
77      echo "OK"      echo "OK"
78  }  }
79    
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
 }  
   
80  testoutput_for_prop()  testoutput_for_prop()
81  {  {
82      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension
83      #      #
84      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt
85      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
# Line 80  testoutput_for_prop() Line 88  testoutput_for_prop()
88          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2
89      fi      fi
90      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then
91          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
92          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
93          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncnt -lt 3 ]; then
94              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
# Line 93  testoutput_for_prop() Line 101  testoutput_for_prop()
101          return 99          return 99
102      fi      fi
103      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
104          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2
105      fi      fi
106      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
107      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
108      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncnt -lt 3 ]; then
109          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
# Line 110  testoutput_for_prop() Line 118  testoutput_for_prop()
118      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
119          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2
120      fi      fi
121      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
122      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
123        fi
124        echo "-1" >> tmp3.txt
125        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
126        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
127        digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`
128      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
129          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
130              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
# Line 122  testoutput_for_prop() Line 135  testoutput_for_prop()
135              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2
136          fi          fi
137      fi      fi
138      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
139            
140      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
141  }  }
# Line 142  dashnum() Line 155  dashnum()
155      done      done
156  }  }
157    
158    testoutput_ad()
159    {
160        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
161        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
162        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
163        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
164        join t05.txt t15.txt > t5.txt
165        join t06.txt t16.txt > t6.txt
166        echo "-1" >> t5.txt
167        echo "-1" >> t6.txt
168        digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`
169        digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`
170        dashnum $digits_5 $digits_6
171        rm -f t[01][56].txt t[56].txt
172    }
173    
174    check_for_add_mon_output()
175    {
176        # Check for additional types of monitor output
177        if test "x$1" = x ; then
178            return
179        fi
180    
181        ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
182        ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
183        for ii in 1 2 3 4 5 ; do
184            for jj in $ptr_add ; do
185                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
186                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
187                if test ! "x$tst" = x0 ; then
188                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
189                fi
190            done
191            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
192        done
193    }
194    
195  testoutput()  testoutput()
196  {  {
197      # testoutput diretory subdir      # testoutput directory subdir extension
198      #      #
199      #  test output in "directory"      #  test output in "directory"
200        if test "x$ADM" = x ; then
201            if [ $debug -gt 0 ]; then
202                echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2
203            fi
204            testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?
205            if [ $debug -gt 0 ]; then
206                echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2
207            fi
208            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?
209            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?
210            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?
211            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?
212            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?
213            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?
214            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?
215            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?
216            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?
217            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?
218            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?
219            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?
220            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?
221            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
222            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
223            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
224    
225            for ii in 1 2 3 4 5 ; do
226                testoutput_for_prop $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3
227                RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`
228                testoutput_for_prop $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3
229                RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`
230                testoutput_for_prop $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3
231                RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`
232                testoutput_for_prop $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3
233                RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`
234            done
235    
236      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"
237          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"
238      fi          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"
239      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"
240      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"
241          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"
242            allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"
243    
244            eval "dashnum $allargs"
245    
246        else
247            testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
248      fi      fi
       
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?  
       
     dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
         $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd  
249  }  }
250    
251  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 183  genmakemodel() Line 254  genmakemodel()
254      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
255          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
256      else      else
257          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
258                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
259            else
260                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
261            fi
262          (          (
263              cd $1;              cd $1;
264              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE --mods=../code"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
265                if test "x$ADM" = x ; then
266                    command="$command --mods=../code"
267                else
268                    command="$command --mods=../code_ad"
269                    command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"
270                fi
271              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
272                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
                 # echo "  command=\"$command\""  
273              fi              fi
274              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
275                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
276              fi              fi
             # echo "command: \"$command\""  
277              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
278              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
279              RETVAL=$?              RETVAL=$?
280              for i in genmake_state genmake_optfile genmake_local Makefile ; do              #  Reduce the size of the testing emails!
281                  if test -r $i ; then              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
                     cp $i $CDIR  
                 fi  
             done  
282              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
283                  tail make.log                  tail make.log
284                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
285                  cp make.log $CDIR                  cp genmake_* make.log $CDIR
286                  return 1                  return 1
287              else              else
288                  echo "succesful" 1>&2                  echo "successful" 1>&2
289              fi              fi
290          )          )
291      fi      fi
# Line 237  makeclean() Line 313  makeclean()
313                      return 1                      return 1
314                  fi                  fi
315              fi              fi
316              echo succesful 1>&2              echo successful 1>&2
317              exit 0              exit 0
318          )          )
319      fi      fi
# Line 260  makedependmodel() Line 336  makedependmodel()
336                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
337                  return 1                  return 1
338              else              else
339                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
340              fi              fi
341          )          )
342      fi      fi
# Line 273  makemodel() Line 349  makemodel()
349          cd $1;          cd $1;
350          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
351              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
352              $MAKE >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = x ; then
353                    if test "x$JOBS" = x ; then
354                        $MAKE >> make.log 2>&1
355                    else
356                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
357                    fi
358                else
359                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
360                fi
361              RETVAL=$?              RETVAL=$?
362              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
363                  tail make.log                  tail make.log
# Line 281  makemodel() Line 365  makemodel()
365                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
366                  return 1                  return 1
367              else              else
368                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
369              fi              fi
370          fi          fi
371      )      )
372  }  }
373    
374    symlink_mpifiles()
375    {
376        # Put special links so that MPI specific files are used
377        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
378        # the Makefile will link to non-mpi files by default
379    
380        dir=$1
381        code_dir=$2
382        BUILD_DIR=$dir/$3
383        CODE_DIR=$dir/$code_dir
384        
385        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
386        MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
387    
388        #  Is this an MPI run?
389        if test "x$MPI" = xt ; then
390            # YES: We symbolically link these files to the build
391            # dir so long as there is no real file in place
392            for ii in $MPI_FILES ; do
393                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
394                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
395                cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1
396                RETVAL=$?
397                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
398                    if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
399                        #echo Linking $name to $i
400                        (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
401                    fi
402                fi
403            done
404        else
405            # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
406            for ii in $MPI_FILES ; do
407                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
408                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
409                if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
410                    cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
411                    RETVAL=$?
412                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
413                        #echo Un-linking $name from $linktarg
414                        rm -f $BUILD_DIR/$name
415                    fi
416                fi
417            done
418        fi
419        
420    }
421    
422  linkdata()  linkdata()
423  {  {
424      # linkdata flag      # linkdata flag
425      #      #
426      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
427      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test "x$1" = x1 ; then
428          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
429                cd $2
430                if test "x$ADM" = x ; then
431                    files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`
432                    for i in $files ; do
433                        if test ! -d "../input/"$i ; then
434                            ln -sf "../input/"$i $i
435                        fi
436                    done
437                else
438                    files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`
439                    for i in $files ; do
440                        if test ! -d "../input/"$i ; then
441                            ln -sf "../input/"$i $i
442                        fi
443                    done
444                    files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`
445                    for i in $files ; do
446                        if test ! -d "../input_ad/"$i ; then
447                            ln -sf "../input_ad/"$i $i
448                        fi
449                    done
450                fi
451            )
452      fi      fi
453  }  }
454    
# Line 301  runmodel() Line 456  runmodel()
456  {  {
457      # runmodel directory      # runmodel directory
458      #      #
459      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
460      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
461      (      (
462          cd $1          cd $1
463          printf 'runmodel: ' 1>&2          printf 'runmodel ... ' 1>&2
464          # make output.txt          # make output.txt
465          $COMMAND          echo
466            rm -f run.log
467            # echo "COMMAND='$COMMAND'"
468            # echo "pwd='"`pwd`"'"
469            ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1
470          RETVAL=$?          RETVAL=$?
471          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
472              cp output.txt $CDIR"/output.txt"              tail run.log
473                echo successful 1>&2
474                # === Reduce the size of the testing emails!
475                # if test "x$ADM" = x ; then
476                #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
477                # else
478                #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"
479                # fi
480                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
481              return 0              return 0
482          else          else
483                tail run.log
484                echo failed 1>&2
485                cp run.log $CDIR"/run.log"
486                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
487              return 1              return 1
488          fi          fi
489      )      )
# Line 322  createcodelet() Line 493  createcodelet()
493  {  {
494      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
495    
496      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
497      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF
498        program cmpnum  #include <stdio.h>
499        implicit none  #include <math.h>
500        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
501        integer linnum,best    int linnum,best,lncnt;
502        best=-16    double a,b,diff;
503    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -16;
504        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
505  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
506        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
507          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
508          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
509  c         print *,int(log10(diff)),diff      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
510            linnum=int(log10(diff))      if (diff > 1.e-12) {
511            best=max(best,linnum)        diff=fabs(a-b)/diff;
512          endif        if (diff > 0.0) {
513        else          linnum = (int)log10(diff);
514          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22          best = (best > linnum) ? best : linnum;
515        endif        }
516        goto 99        else {
517    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'          if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;
518    70  print *,-best        }
519        end      }
520  EOFA    }
521      if (lncnt == 999) best=-29;
522      printf("%d\n", -best);
523      return 0;
524    }
525    EOF
526        cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
527    
528      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
529          echo "OK"          echo "OK"
530          return 0          return 0
531      else      else
532          echo          echo
533          echo "createcodelet: failed to compile codelet"          echo "ERROR: failed to compile comparison code"
534          exit 1          exit 1
535      fi      fi
536  }  }
# Line 414  scandirs() Line 590  scandirs()
590    
591    
592  ###############################################################################  ###############################################################################
 ###############################################################################  
 ###############################################################################  
593    
594    
595  #  Default properties  #  Default properties
# Line 425  clean=0 Line 599  clean=0
599  expts=''  expts=''
600  # ieee=1  # ieee=1
601    
602  IEEE=  IEEE=true
603  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
604      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
605  fi  fi
# Line 442  OPTFILE=NONE Line 616  OPTFILE=NONE
616  ADDRESSES=  ADDRESSES=
617  TESTDIRS=  TESTDIRS=
618  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
619    HAVE_MPACK=
620  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
621  COMMAND="make output.txt"  COMMAND=
622  MAKE=make  MAKE=make
623    JOBS=
624  MPI=f  MPI=f
625    DELDIR=
626    
627  echo -n "parsing options...  "  ADM=
628    
629    # Additional monitor types
630    # HAVE_PTR01=
631    # HAVE_PTR02=
632    # HAVE_PTR03=
633    # HAVE_PTR04=
634    # HAVE_PTR05=
635    
636    printf "parsing options...  "
637    
638  ac_prev=  ac_prev=
639  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 496  for ac_option ; do Line 682  for ac_option ; do
682          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
683              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
684    
685            -j) ac_prev=JOBS ;;
686            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
687    
688          -clean | --clean)          -clean | --clean)
689              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ;;
690    
# Line 508  for ac_option ; do Line 697  for ac_option ; do
697          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
698              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
699    
700          -mpi) MPI=true ;;          -mpi) MPI=t ;;
701    
702            -adm | -ad) ADM=t ;;
703    
704          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
705          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
# Line 517  for ac_option ; do Line 708  for ac_option ; do
708          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
709          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
710    
711            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
712    
713          -*)          -*)
714              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
715              usage              usage
# Line 545  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 738  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
738      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
739  fi  fi
740    
741    if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
742        COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"
743    fi
744    
745    if test "x$COMMAND" = x ; then
746        COMMAND="$MAKE output.txt"
747    fi
748    
749  echo "OK"  echo "OK"
750    
751  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
752  createcodelet  createcodelet
753    
754  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
755  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
756        echo "skipping mpack build"
757    else
758        build_mpack
759    fi
760    
761  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
762  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
763  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
764  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
765  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
766  DNUM=0  DNUM=0
767  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
768  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 567  done Line 772  done
772  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
773  RETVAL=$?  RETVAL=$?
774  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
775      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
776      exit 1      exit 1
777  fi  fi
778  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
779  date > $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
780  cat << EOF >> $SUMMARY  start_date=`date`
781                  T           S           U           V  echo $start_date > $SUMMARY
 G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  
 E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  
 N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  
 2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  
   
 EOF  
   
 NDIR=0  
782    
783    of_path=
784  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
785      if test -r $OPTFILE ; then      if test -r $OPTFILE ; then
786          OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"          # get the path
787            path=${OPTFILE%/*}
788            if test "x$path" = x ; then
789                of_path=`pwd`
790            else
791                of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
792            fi
793            file=${OPTFILE##*/}
794            OPTFILE=$of_path/$file
795            cp $OPTFILE $DRESULTS
796            echo >> $SUMMARY
797            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
798        else
799            echo | tee $SUMMARY
800            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
801            exit 1
802      fi      fi
803    else
804        echo >> $SUMMARY
805        echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY
806        echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY
807  fi  fi
808  echo  echo
 echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
809  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
810    if test "x$ADM" = x ; then
811        line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
812        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
813        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
814        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
815        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
816        for ii in 1 2 3 4 5 ; do
817            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
818            #  if test "x$tst" = xt ; then
819            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
820            line_1="$line_1        m  s"
821            line_2="$line_2  m  m  e  ."
822            line_3="$line_3  i  a  a  d"
823            line_4="$line_4  n  x  n  ."
824            #  fi
825        done
826        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
827        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
828        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
829        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
830        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
831        echo " "       | tee -a $SUMMARY
832    else
833        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
834        echo >> $SUMMARY
835        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
836    G D M    C  G
837    E p a R  o  r
838    N n k u  s  a
839    2 d e n  t  d
840    
841    EOF
842    fi
843    
844  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
845  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
# Line 608  for dir in $TESTDIRS ; do Line 857  for dir in $TESTDIRS ; do
857    
858      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
859      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
860      if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      fout=
861          echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir"      if test "x$ADM" = x ; then
862            fout=$dir"/results/output.txt"
863        else
864            fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"
865        fi
866        if test ! -r $fout ; then
867            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
868          continue          continue
869      fi      fi
870    
871      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      # Check for additional types of monitor output
872      echo      check_for_add_mon_output  $fout
     echo "Experiment:  $dir"  
     echo  
     unset genmake makedepend make run  
     results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
873    
874      if [ -r $dir/build ]; then      builddir="input"
875          seperatebuilddir=1      rundir="input"
876          builddir=build      use_seperate_build=0
877          rundir=build      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then
878          ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )          builddir="build"
879      else          rundir="build"
880          seperatebuilddir=0          use_seperate_build=1
881          builddir=input          linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir
         rundir=input  
882      fi      fi
883            
884      CODE_DIR=$dir/code      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
885      BUILD_DIR=$dir/$builddir      extra_runs=
886      MPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_mpi SIZE.h_mpi"      if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then
887      NOMPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_nompi SIZE.h_nompi"          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
888            echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
889            for exd in $ex_run_dirs ; do
890                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
891                outf="$dir/results/output.txt.$name"
892                if test -f $outf -a -r $outf ; then
893                    extra_runs="$extra_runs $name"
894                fi
895            done
896        fi
897    
898      #  Is this an MPI run?      if test "x$ADM" = x ; then
899      if test "x$MPI" = xt ; then          code_dir=code
900          FILES=$MPI_FILES          CODE_DIR=$dir/code
         endings="_mpi"  
901      else      else
902          FILES=$NOMPI_FILES          code_dir=code_ad
903          endings="_nompi"          CODE_DIR=$dir/code_ad
904      fi      fi
905            BUILD_DIR=$dir/$builddir
906      #  Check to see that we have the files  
907      have_files=t      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
908      for i in $FILES ; do          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
         if test ! -r $CODE_DIR/$i ; then  
             echo "Warning: can't read file $CODE_DIR/$i"  
             have_files=f  
         fi  
     done  
     if test "x$have_files" != xt -a "x$MPI" = xt ; then  
         echo "Skipping $dir due to lack of input files (see above warning)"  
909          continue          continue
910      fi      fi
911        
912      #  If we have the $FILES and they differ, copy the $FILES to $BUILD_DIR      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
913      if test "x$have_files" = xt ; then      echo
914          for i in $FILES ; do      echo "Experiment:  $dir"
915              sstr="s|$endings||"      echo
916              name=`echo $i | sed -e $sstr `      unset genmake makedepend make run
917              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
918              RETVAL=$?  
             if test "x$RETVAL" != x0 ; then  
                 cp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name  
             fi  
         done  
     fi  
       
919      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
920      CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
921      mkdir $CDIR      mkdir $rel_CDIR
922      CDIR=`pwd`"/$CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
923            
924      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
925          makeclean $dir/$builddir          makeclean $dir/$builddir
926      else      else
927          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
928              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
929                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
930              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
931              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
932              && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \
933              && runmodel $dir/$builddir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
934              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir`
935      fi      fi
936            
937      echo      echo
938      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \      if test "x$ADM" = x ; then
939          ${run:-N} $results          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
940      echo          echo
941      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "$fres" >> $SUMMARY
942          ${run:-N} $results >> $SUMMARY          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
943      echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
944      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
945          ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
946      echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
947      echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
948      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          OLD_COMMAND=$COMMAND
949      echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          COMMAND="./mitgcmuv > output.txt"
950      echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          for ex in $extra_runs ; do
951                test -e "$dir/tr_run.$ex" && rm -rf "$dir/tr_run.$ex"
952                mkdir "$dir/tr_run.$ex"
953                links=`( cd "$dir/input" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`
954                (
955                    cd "$dir/tr_run.$ex"
956                    for i in $links; do
957                        ln -s ../input/$i $i
958                    done
959                )
960                links=`( cd "$dir/input.$ex" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`
961                (
962                    cd "$dir/tr_run.$ex"
963                    for i in $links; do
964                        test -e $i  &&  rm -f $i
965                        ln -s ../input.$ex/$i $i
966                    done
967                    ln -s ../$builddir/mitgcmuv mitgcmuv
968                )
969                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
970                    && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`
971                fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
972                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
973                fres="$fres.$ex"
974                echo
975                echo "$fres" >> $SUMMARY
976                echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
977                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
978                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
979                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
980                echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
981            done
982            COMMAND=$OLD_COMMAND
983        else
984            fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
985            fres=$fres"$results   $dir"
986            echo
987            echo "$fres" >> $SUMMARY
988            echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
989            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
990            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
991            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
992            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
993        fi
994            
995      (      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
         cd $DRESULTS  
         tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1  
         gzip $NDIR".tar"  
     )  
996            
997      if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  done
998          echo "No mail sent"  
999      else  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1000          $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES  echo $start_date >> $SUMMARY
1001    printf "End time:    " >> $SUMMARY
1002    date >> $SUMMARY
1003    
1004    #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1005    #  to send email using mpack.
1006    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1007        echo "No results email was sent."
1008    else
1009        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1010            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1011                && gzip $DRESULTS".tar" \
1012                && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1013          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1014          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1015              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
1016                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1017                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1018                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1019                echo
1020          else          else
1021              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              echo
1022                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1023                echo "  \"$ADDRESSES\""
1024                echo
1025          fi          fi
1026            test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1027            test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1028      fi      fi
1029    fi
1030    
1031      echo "-------------------------------------------------------------------------------"  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out
1032        rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
     NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  
       
 done  
1033    
1034  rm tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1035        cat $SUMMARY
1036        if test -e tr_out.txt ; then
1037            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1038        fi
1039        cat $SUMMARY > tr_out.txt
1040    fi
1041    
1042  cat $SUMMARY  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1043        rm -rf $DRESULTS
1044    fi
1045    
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