/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.10 by edhill, Thu Oct 9 04:19:20 2003 UTC revision 1.34 by edhill, Fri Mar 12 02:44:34 2004 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 12  usage() Line 13  usage()
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"
15      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
16        echo "                             (DEF=\"noieee\")"
17      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
18      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
19      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
20      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"
21      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"
22      echo "  (-b|-bash)STRING         location of \"bash\" executable"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
23      echo "                             (DEF=\"\" for \"/bin/bash\")"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
24      echo "  (-command)STRING         command to run"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
25        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
26        echo "  (-command) STRING        command to run"
27      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
28      echo "  (-m|-make)STRING         command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
29      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
30      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
31      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
# Line 40  usage() Line 44  usage()
44  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
45  build_mpack()  build_mpack()
46  {  {
47      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
48      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
49          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
50                echo
51              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
52              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
53              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
54              exit 1              echo
55                HAVE_MPACK=f
56            fi
57            printf "building mpack...  "
58            if test "x$CC" = x ; then
59                export CC=cc
60          fi          fi
61          echo -n "building mpack...  "          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
         ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1  
62          RETVAL=$?          RETVAL=$?
63          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
64              echo              echo
65              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
66              exit 1              echo
67                HAVE_MPACK=f
68            else
69                rm -f tr_build_mpack.out
70                HAVE_MPACK=t
71          fi          fi
72        else
73            HAVE_MPACK=t
74      fi      fi
75      echo "OK"      echo "OK"
76  }  }
77    
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
 }  
   
78  testoutput_for_prop()  testoutput_for_prop()
79  {  {
80      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension
81      #      #
82      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt
83      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
# Line 80  testoutput_for_prop() Line 86  testoutput_for_prop()
86          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2
87      fi      fi
88      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then
89          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
90          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
91          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncnt -lt 3 ]; then
92              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
# Line 93  testoutput_for_prop() Line 99  testoutput_for_prop()
99          return 99          return 99
100      fi      fi
101      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
102          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2
103      fi      fi
104      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
105      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
106      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncnt -lt 3 ]; then
107          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
# Line 110  testoutput_for_prop() Line 116  testoutput_for_prop()
116      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
117          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2
118      fi      fi
119      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
120      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
121        fi
122        echo "-1" >> tmp3.txt
123        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
124        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
125        digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`
126      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
127          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
128              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
# Line 122  testoutput_for_prop() Line 133  testoutput_for_prop()
133              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2
134          fi          fi
135      fi      fi
136      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
137            
138      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
139  }  }
# Line 142  dashnum() Line 153  dashnum()
153      done      done
154  }  }
155    
156    testoutput_ad()
157    {
158        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
159        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
160        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
161        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
162        join t05.txt t15.txt > t5.txt
163        join t06.txt t16.txt > t6.txt
164        echo "-1" >> t5.txt
165        echo "-1" >> t6.txt
166        digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`
167        digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`
168        dashnum $digits_5 $digits_6
169        rm -f t[01][56].txt t[56].txt
170    }
171    
172  testoutput()  testoutput()
173  {  {
174      # testoutput diretory subdir      # testoutput directory subdir extension
175      #      #
176      #  test output in "directory"      #  test output in "directory"
177        if test "x$ADM" = x ; then
178      if [ $debug -gt 0 ]; then          if [ $debug -gt 0 ]; then
179          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2
180      fi          fi
181      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?
182      if [ $debug -gt 0 ]; then          if [ $debug -gt 0 ]; then
183          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2
184            fi
185            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?
186            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?
187            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?
188            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?
189            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?
190            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?
191            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?
192            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?
193            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?
194            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?
195            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?
196            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?
197            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?
198            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
199            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
200            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
201            dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \
202                $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd
203        else
204            testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
205      fi      fi
       
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?  
       
     dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
         $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd  
206  }  }
207    
208  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 183  genmakemodel() Line 211  genmakemodel()
211      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
212          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
213      else      else
214          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
215                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
216            else
217                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
218            fi
219          (          (
220              cd $1;              cd $1;
221              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE --mods=../code"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
222                if test "x$ADM" = x ; then
223                    command="$command --mods=../code"
224                else
225                    command="$command --mods=../code_ad"
226                    command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"
227                fi
228              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
229                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
                 # echo "  command=\"$command\""  
230              fi              fi
231              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
232                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
233              fi              fi
             # echo "command: \"$command\""  
234              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
235              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
236              RETVAL=$?              RETVAL=$?
237              for i in genmake_state genmake_optfile genmake_local Makefile ; do              cp Makefile $CDIR
                 if test -r $i ; then  
                     cp $i $CDIR  
                 fi  
             done  
238              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
239                  tail make.log                  tail make.log
240                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
241                  cp make.log $CDIR                  cp genmake_* make.log $CDIR
242                  return 1                  return 1
243              else              else
244                  echo "succesful" 1>&2                  echo "successful" 1>&2
245              fi              fi
246          )          )
247      fi      fi
# Line 237  makeclean() Line 269  makeclean()
269                      return 1                      return 1
270                  fi                  fi
271              fi              fi
272              echo succesful 1>&2              echo successful 1>&2
273              exit 0              exit 0
274          )          )
275      fi      fi
# Line 260  makedependmodel() Line 292  makedependmodel()
292                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
293                  return 1                  return 1
294              else              else
295                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
296              fi              fi
297          )          )
298      fi      fi
# Line 273  makemodel() Line 305  makemodel()
305          cd $1;          cd $1;
306          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
307              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
308              $MAKE >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = x ; then
309                    $MAKE >> make.log 2>&1
310                else
311                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
312                fi
313              RETVAL=$?              RETVAL=$?
314              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
315                  tail make.log                  tail make.log
# Line 281  makemodel() Line 317  makemodel()
317                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
318                  return 1                  return 1
319              else              else
320                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
321              fi              fi
322          fi          fi
323      )      )
324  }  }
325    
326    symlink_mpifiles()
327    {
328        # Put special links so that MPI specific files are used
329        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
330        # the Makefile will link to non-mpi files by default
331    
332        dir=$1
333        code_dir=$2
334        BUILD_DIR=$dir/$3
335        CODE_DIR=$dir/$code_dir
336    
337        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
338        MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
339    
340        #  Is this an MPI run?
341        if test "x$MPI" = xt ; then
342            # YES: We symbolically link these files to the build
343            # dir so long as there is no real file in place
344            for ii in $MPI_FILES ; do
345                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
346                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
347                cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1
348                RETVAL=$?
349                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
350                    if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
351                    #echo Linking $name to $i
352                        (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
353                    fi
354                fi
355            done
356        else
357        # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
358            for ii in $MPI_FILES ; do
359                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
360                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
361                if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
362                    linktarg=`(cd $BUILD_DIR; readlink $name)`
363                    if test $linktarg = "../$code_dir/$name"_mpi ; then
364                    #echo Un-linking $name from $linktarg
365                        rm -f $BUILD_DIR/$name
366                    fi
367                fi
368            done
369        fi
370        
371    }
372    
373  linkdata()  linkdata()
374  {  {
375      # linkdata flag      # linkdata flag
376      #      #
377      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
378      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test "x$1" = x1 ; then
379          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
380                cd $2
381                if test "x$ADM" = x ; then
382                    files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`
383                    for i in $files ; do
384                        if test ! -d "../input/"$i ; then
385                            ln -sf "../input/"$i $i
386                        fi
387                    done
388                else
389                    files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`
390                    for i in $files ; do
391                        if test ! -d "../input/"$i ; then
392                            ln -sf "../input/"$i $i
393                        fi
394                    done
395                    files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`
396                    for i in $files ; do
397                        if test ! -d "../input_ad/"$i ; then
398                            ln -sf "../input_ad/"$i $i
399                        fi
400                    done
401                fi
402            )
403      fi      fi
404  }  }
405    
# Line 301  runmodel() Line 407  runmodel()
407  {  {
408      # runmodel directory      # runmodel directory
409      #      #
410      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
411      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
412      (      (
413          cd $1          cd $1
414          printf 'runmodel: ' 1>&2          printf 'runmodel ... ' 1>&2
415          # make output.txt          # make output.txt
416          $COMMAND          $COMMAND >> run.log 2>&1
417          RETVAL=$?          RETVAL=$?
418          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
419              cp output.txt $CDIR"/output.txt"              echo successful 1>&2
420                if test "x$ADM" = x ; then
421                    cp output.txt $CDIR"/output.txt"
422                else
423                    cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"
424                fi
425              return 0              return 0
426          else          else
427                tail run.log
428                echo failed 1>&2
429                cp run.log $CDIR"/run.log"
430              return 1              return 1
431          fi          fi
432      )      )
# Line 322  createcodelet() Line 436  createcodelet()
436  {  {
437      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
438    
439      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
440      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF
441        program cmpnum  #include <stdio.h>
442        implicit none  #include <math.h>
443        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
444        integer linnum,best    int linnum,best,lncnt;
445        best=-16    double a,b,diff;
446    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -16;
447        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
448  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
449        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
450          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
451          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
452  c         print *,int(log10(diff)),diff      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
453            linnum=int(log10(diff))      if (diff > 1.e-12) {
454            best=max(best,linnum)        diff=fabs(a-b)/diff;
455          endif        if (diff > 0.0) {
456        else          linnum = (int)log10(diff);
457          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22          best = (best > linnum) ? best : linnum;
458        endif        }
459        goto 99        else {
460    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'          if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;
461    70  print *,-best        }
462        end      }
463  EOFA    }
464      if (lncnt == 999) best=-29;
465      printf("%d\n", -best);
466      return 0;
467    }
468    EOF
469        cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
470    
471      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
472          echo "OK"          echo "OK"
473          return 0          return 0
474      else      else
475          echo          echo
476          echo "createcodelet: failed to compile codelet"          echo "ERROR: failed to compile comparison code"
477          exit 1          exit 1
478      fi      fi
479  }  }
# Line 414  scandirs() Line 533  scandirs()
533    
534    
535  ###############################################################################  ###############################################################################
 ###############################################################################  
 ###############################################################################  
536    
537    
538  #  Default properties  #  Default properties
# Line 442  OPTFILE=NONE Line 559  OPTFILE=NONE
559  ADDRESSES=  ADDRESSES=
560  TESTDIRS=  TESTDIRS=
561  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
562    HAVE_MPACK=
563  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
564  COMMAND="make output.txt"  COMMAND=
565  MAKE=make  MAKE=make
566  MPI=f  MPI=f
567    
568  echo -n "parsing options...  "  ADM=
569    
570    printf "parsing options...  "
571    
572  ac_prev=  ac_prev=
573  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 508  for ac_option ; do Line 628  for ac_option ; do
628          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
629              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
630    
631          -mpi) MPI=true ;;          -mpi) MPI=t ;;
632    
633            -adm | -ad) ADM=t ;;
634    
635          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
636          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
# Line 545  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 667  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
667      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
668  fi  fi
669    
670    if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
671        COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"
672    fi
673    
674    if test "x$COMMAND" = x ; then
675        COMMAND="make output.txt"
676    fi
677    
678  echo "OK"  echo "OK"
679    
680  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
681  createcodelet  createcodelet
682    
683  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
684  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
685        echo "skipping mpack build"
686    else
687        build_mpack
688    fi
689    
690  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
691  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
692  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
693  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
694  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
695  DNUM=0  DNUM=0
696  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
697  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 567  done Line 701  done
701  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
702  RETVAL=$?  RETVAL=$?
703  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
704      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
705      exit 1      exit 1
706  fi  fi
707  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
708  date > $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
709  cat << EOF >> $SUMMARY  start_date=`date`
710    echo $start_date > $SUMMARY
711    
712    of_path=
713    if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
714        if test -r $OPTFILE ; then
715            # get the path
716            path=${OPTFILE%/*}
717            if test "x$path" = x ; then
718                of_path=`pwd`
719            else
720                of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
721            fi
722            file=${OPTFILE##*/}
723            OPTFILE=$of_path/$file
724            cp $OPTFILE $DRESULTS
725            echo >> $SUMMARY
726            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
727        else
728            echo | tee $SUMMARY
729            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
730            exit 1
731        fi
732    else
733        echo >> $SUMMARY
734        echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY
735        echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY
736    fi
737    echo
738    echo >> $SUMMARY
739    if test "x$ADM" = x ; then
740        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
741                  T           S           U           V                  T           S           U           V
742  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s
743  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .
# Line 580  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a Line 745  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a
745  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .
746    
747  EOF  EOF
748    else
749        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
750        echo >> $SUMMARY
751        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
752    G D M    C  G
753    E p a R  o  r
754    N n k u  s  a
755    2 d e n  t  d
756    
757  NDIR=0  EOF
   
 if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  
     if test -r $OPTFILE ; then  
         OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"  
     fi  
758  fi  fi
 echo  
 echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
 echo >> $SUMMARY  
759    
760  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
761  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
# Line 608  for dir in $TESTDIRS ; do Line 773  for dir in $TESTDIRS ; do
773    
774      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
775      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
776      if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      fout=
777          echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir"      if test "x$ADM" = x ; then
778            fout=$dir"/results/output.txt"
779        else
780            fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"
781        fi
782        if test ! -r $fout ; then
783            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
784            continue
785        fi
786    
787        builddir="input"
788        rundir="input"
789        use_seperate_build=0
790        if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then
791            builddir="build"
792            rundir="build"
793            use_seperate_build=1
794            linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir
795        fi
796        
797        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
798        extra_runs=
799        if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then
800            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
801            echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
802            for exd in $ex_run_dirs ; do
803                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
804                outf="$dir/results/output.txt.$name"
805                if test -f $outf -a -r $outf ; then
806                    extra_runs="$extra_runs $name"
807                fi
808            done
809        fi
810    
811        if test "x$ADM" = x ; then
812            code_dir=code
813            CODE_DIR=$dir/code
814        else
815            code_dir=code_ad
816            CODE_DIR=$dir/code_ad
817        fi
818        BUILD_DIR=$dir/$builddir
819    
820        if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
821            echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
822          continue          continue
823      fi      fi
824    
# Line 620  for dir in $TESTDIRS ; do Line 829  for dir in $TESTDIRS ; do
829      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
830      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
831    
     if [ -r $dir/build ]; then  
         seperatebuilddir=1  
         builddir=build  
         rundir=build  
         ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )  
     else  
         seperatebuilddir=0  
         builddir=input  
         rundir=input  
     fi  
       
     CODE_DIR=$dir/code  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
     MPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_mpi SIZE.h_mpi"  
     NOMPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_nompi SIZE.h_nompi"  
   
     #  Is this an MPI run?  
     if test "x$MPI" = xt ; then  
         FILES=$MPI_FILES  
         endings="_mpi"  
     else  
         FILES=$NOMPI_FILES  
         endings="_nompi"  
     fi  
       
     #  Check to see that we have the files  
     have_files=t  
     for i in $FILES ; do  
         if test ! -r $CODE_DIR/$i ; then  
             echo "Warning: can't read file $CODE_DIR/$i"  
             have_files=f  
         fi  
     done  
     if test "x$have_files" != xt -a "x$MPI" = xt ; then  
         echo "Skipping $dir due to lack of input files (see above warning)"  
         continue  
     fi  
       
     #  If we have the $FILES and they differ, copy the $FILES to $BUILD_DIR  
     if test "x$have_files" = xt ; then  
         for i in $FILES ; do  
             sstr="s|$endings||"  
             name=`echo $i | sed -e $sstr `  
             cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1  
             RETVAL=$?  
             if test "x$RETVAL" != x0 ; then  
                 cp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name  
             fi  
         done  
     fi  
       
832      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
833      CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
834      mkdir $CDIR      mkdir $rel_CDIR
835      CDIR=`pwd`"/$CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
836            
837      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
838          makeclean $dir/$builddir          makeclean $dir/$builddir
839      else      else
840          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
841              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
842                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
843              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
844              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
845              && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \
846              && runmodel $dir/$builddir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
847              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir`
848      fi      fi
849            
850      echo      echo
851      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \      if test "x$ADM" = x ; then
852          ${run:-N} $results          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
853      echo          echo
854      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "$fres" >> $SUMMARY
855          ${run:-N} $results >> $SUMMARY          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
856      echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
857      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
858          ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
859      echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
860      echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
861      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          for ex in $extra_runs ; do
862      echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              test -e "$dir/tr_run" && rm -rf "$dir/tr_run"
863      echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              mkdir "$dir/tr_run"
864                ( cd "$dir/input" ; links=`ls -1 | grep -v CVS` )
865                (
866                    cd "$dir/tr_run"
867                    for i in $links; do
868                        ln -s ../input/$i $i
869                    done
870                )
871                ( cd "$dir/input.$ex" ; links=`ls -1 | grep -v CVS` )
872                (
873                    cd "$dir/tr_run"
874                    for i in $links; do
875                        test -e $i  &&  rm -f $i
876                        ln -s ../input.$ex/$i $i
877                    done
878                    ln -s ../$builddir/Makefile Makefile
879                    ln -s ../$builddir/mitgcmuv mitgcmuv
880                )
881                runmodel $dir/tr_run && run=Y \
882                    && results=`testoutput $dir $rundir "."$ex`
883                fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
884                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
885                fres="$fres.$ex"
886                echo
887                echo "$fres" >> $SUMMARY
888                echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
889                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
890                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
891                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
892                echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
893            done
894        else
895            fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
896            fres=$fres"$results   $dir"
897            echo
898            echo "$fres" >> $SUMMARY
899            echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
900            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
901            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
902            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
903            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
904        fi
905            
906      (      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
         cd $DRESULTS  
         tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1  
         gzip $NDIR".tar"  
     )  
907            
908      if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  done
909          echo "No mail sent"  
910      else  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
911          $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES  echo $start_date >> $SUMMARY
912    printf "End time:    " >> $SUMMARY
913    date >> $SUMMARY
914    
915    #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
916    #  to send email using mpack.
917    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
918        echo "No results email was sent."
919    else
920        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
921            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
922                && gzip $DRESULTS".tar" \
923                && $MPACK -s MITgcm-test -m 1500000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
924          RETVAL=$?          RETVAL=$?
925          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
926              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
927                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
928                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
929                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
930                echo
931          else          else
932              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              echo
933                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
934                echo "  \"$ADDRESSES\""
935                echo
936          fi          fi
937            test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
938            test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
939      fi      fi
940    fi
941    
942      echo "-------------------------------------------------------------------------------"  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out
943        rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
     NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  
       
 done  
   
 rm tmp_cmpnum.f a.out  
944    
945  cat $SUMMARY  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
946        cat $SUMMARY
947        if test -e tr_out.txt ; then
948            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
949        fi
950        cat $SUMMARY > tr_out.txt
951    fi
952    

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