/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.9.2.8 by edhill, Sat Oct 4 02:10:52 2003 UTC revision 1.81 by jmc, Thu Jun 15 20:31:09 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 11  usage() Line 12  usage()
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"
15        echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
16        echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
17      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
18      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
19      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
20      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"
21      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"
22      echo "  (-b|-bash)STRING         location of \"bash\" executable"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
23      echo "                             (DEF=\"\" for \"/bin/bash\")"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
24      echo "  (-command)STRING         command to run"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
25        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
26        echo "  (-command) STRING        command to run"
27      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
28      echo "  (-m|-make)STRING         command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
29      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
30        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
31        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
32        echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
33        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
34        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
35      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
36      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
37      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
38      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
39      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
40        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
41      echo      echo
42      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
43      echo "such as:"      echo "such as:"
44        echo
45      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
46      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
47      echo      echo
48        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
49        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
50        echo
51      exit 1      exit 1
52  }  }
53    
54  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
55  build_mpack()  build_mpack()
56  {  {
57      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
58      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
59          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
60                echo
61              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
62              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
63              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
64              exit 1              echo
65                HAVE_MPACK=f
66          fi          fi
67          echo -n "building mpack...  "          printf "building mpack...  "
68          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1          if test "x$CC" = x ; then
69                export CC=cc
70            fi
71            ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
72          RETVAL=$?          RETVAL=$?
73          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
74              echo              echo
75              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
76              exit 1              echo
77                HAVE_MPACK=f
78            else
79                rm -f tr_build_mpack.out
80                HAVE_MPACK=t
81          fi          fi
82        else
83            HAVE_MPACK=t
84      fi      fi
85      echo "OK"      echo "OK"
86  }  }
87    
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
 }  
   
88  testoutput_for_prop()  testoutput_for_prop()
89  {  {
90      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension
91      #      #
92      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt
93      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
# Line 79  testoutput_for_prop() Line 96  testoutput_for_prop()
96          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2
97      fi      fi
98      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then
99          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
100          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
101          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
102              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
103                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
104              fi              fi
# Line 92  testoutput_for_prop() Line 109  testoutput_for_prop()
109          return 99          return 99
110      fi      fi
111      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
112          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2
113      fi      fi
114      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
115      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
116      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
117          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
118              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
119          fi          fi
120          return 99          return 99
121      fi      fi
122        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
123            if [ $verbose -gt 0 ]; then
124                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
125            fi
126            return 99
127        fi
128        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
129        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
130            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2
131            return 99
132        fi
133        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
134        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
135            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2
136            return 99
137        fi
138      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
139          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
140      fi      fi
# Line 109  testoutput_for_prop() Line 142  testoutput_for_prop()
142      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
143          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2
144      fi      fi
145      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
146      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
147        fi
148        echo "-1" >> tmp3.txt
149        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
150        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
151        digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`
152      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
153          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
154              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
# Line 121  testoutput_for_prop() Line 159  testoutput_for_prop()
159              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2
160          fi          fi
161      fi      fi
162      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
163            
164      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
165  }  }
# Line 141  dashnum() Line 179  dashnum()
179      done      done
180  }  }
181    
182    testoutput_ad()
183    {
184        grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
185        grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
186        grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
187        grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
188        join t05.txt t15.txt > t5.txt
189        join t06.txt t16.txt > t6.txt
190        echo "-1" >> t5.txt
191        echo "-1" >> t6.txt
192        digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`
193        digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`
194        dashnum $digits_5 $digits_6
195        rm -f t[01][56].txt t[56].txt
196    }
197    
198    check_for_add_mon_output()
199    {
200        # Check for additional types of monitor output
201        if test "x$1" = x ; then
202            return
203        fi
204    
205        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
206            eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
207        done
208    
209        ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
210        ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
211        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
212            for jj in $ptr_add ; do
213                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
214                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
215                if test ! "x$tst" = x0 ; then
216                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
217                fi
218            done
219            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
220        done
221    }
222    
223  testoutput()  testoutput()
224  {  {
225      # testoutput diretory subdir      # testoutput directory subdir extension
226      #      #
227      #  test output in "directory"      #  test output in "directory"
228        if test "x$ADM" = x ; then
229            if [ $debug -gt 0 ]; then
230                echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2
231            fi
232            testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?
233            if [ $debug -gt 0 ]; then
234                echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2
235            fi
236            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?
237            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?
238            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?
239            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?
240            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?
241            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?
242            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?
243            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?
244            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?
245            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?
246            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?
247            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?
248            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?
249            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
250            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
251            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
252    
253            #  This is for PTRACERS
254            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
255                eval `echo "p0"$ii"_min=99"`
256                eval `echo "p0"$ii"_max=99"`
257                eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`
258                eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`
259                tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
260                #echo 'tst = '$tst
261                if test "x$tst" = xt ; then
262                    a="trcstat_ptracer0"
263                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3
264                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`
265                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3
266                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`
267                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3
268                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`
269                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3
270                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`
271                fi
272            done
273    
274      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"
275          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"
276      fi          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"
277      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"
278      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"
279          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"
280            allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"
281    
282            eval "dashnum $allargs"
283    
284        else
285            testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
286      fi      fi
       
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?  
       
     dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
         $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd  
287  }  }
288    
289  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 182  genmakemodel() Line 292  genmakemodel()
292      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
293          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
294      else      else
295          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
296                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
297            else
298                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
299            fi
300          (          (
301              cd $1;              cd $1;
302              printf 'genmake ... ' 1>&2              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
303              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE --mods=../code"              if test "x$ADM" = x ; then
304                    command="$command --mods=../code"
305                else
306                    command="$command --mods=../code_ad"
307                fi
308              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
309                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
                 # echo "  command=\"$command\""  
310              fi              fi
311                if test "x$IEEE" != x ; then
312                    command="$command -ieee"
313                fi
314                if test "x$MPI" = xt ; then
315                    command="$command -mpi"
316                fi
317                printf 'genmake ... ' 1>&2
318              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
319              RETVAL=$?              RETVAL=$?
320              for i in genmake_state genmake_optfile genmake_local Makefile ; do              #  Reduce the size of the testing emails!
321                  if test -r $i ; then              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
                     cp $i $CDIR  
                 fi  
             done  
322              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
323                  tail make.log                  tail make.log
324                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
325                  cp make.log $CDIR                  cp genmake_* make.log $CDIR
326                  return 1                  return 1
327              else              else
328                  echo "succesful" 1>&2                  echo "successful" 1>&2
329              fi              fi
330          )          )
331      fi      fi
# Line 232  makeclean() Line 353  makeclean()
353                      return 1                      return 1
354                  fi                  fi
355              fi              fi
356              echo succesful 1>&2              echo successful 1>&2
357                exit 0
358            )
359        fi
360    }
361    
362    postclean()
363    {
364        # postclean directory
365        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
366            (
367                cd $1;
368                if test -r Makefile ; then
369                    $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1
370                fi
371              exit 0              exit 0
372          )          )
373      fi      fi
# Line 255  makedependmodel() Line 390  makedependmodel()
390                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
391                  return 1                  return 1
392              else              else
393                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
394              fi              fi
395          )          )
396      fi      fi
# Line 268  makemodel() Line 403  makemodel()
403          cd $1;          cd $1;
404          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
405              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
406              $MAKE >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = x ; then
407                    if test "x$JOBS" = x ; then
408                        $MAKE >> make.log 2>&1
409                    else
410                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
411                    fi
412                else
413                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
414                fi
415              RETVAL=$?              RETVAL=$?
416              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
417                  tail make.log                  tail make.log
# Line 276  makemodel() Line 419  makemodel()
419                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
420                  return 1                  return 1
421              else              else
422                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
423              fi              fi
424          fi          fi
425      )      )
426  }  }
427    
428    symlink_mpifiles()
429    {
430        # Put special links so that MPI specific files are used
431        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
432        # the Makefile will link to non-mpi files by default
433    
434        dir=$1
435        code_dir=$2
436        BUILD_DIR=$dir/$3
437        CODE_DIR=$dir/$code_dir
438        
439        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
440        MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
441    
442        #  Is this an MPI run?
443        if test "x$MPI" = xt ; then
444            # YES: We symbolically link these files to the build
445            # dir so long as there is no real file in place
446            for ii in $MPI_FILES ; do
447                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
448                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
449                cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1
450                RETVAL=$?
451                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
452                    if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
453                        #echo Linking $name to $i
454                        (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
455                    fi
456                fi
457            done
458        else
459            # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
460            for ii in $MPI_FILES ; do
461                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
462                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
463                if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
464                    cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
465                    RETVAL=$?
466                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
467                        #echo Un-linking $name from $linktarg
468                        rm -f $BUILD_DIR/$name
469                    fi
470                fi
471            done
472        fi
473        
474    }
475    
476  linkdata()  linkdata()
477  {  {
478      # linkdata flag      # linkdata flag
479      #      #
480      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
481      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test "x$1" = x1 ; then
482          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
483                cd $2
484                if test "x$ADM" = x ; then
485                    files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`
486                    for i in $files ; do
487                        if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then
488                            ln -sf "../input/"$i $i
489                        fi
490                    done
491                else
492                    files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`
493                    for i in $files ; do
494                        if test ! -d "../input_ad/"$i ; then
495                            ln -sf "../input_ad/"$i $i
496                        fi
497                    done
498                    files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`
499                    for i in $files ; do
500                        if test ! -d "../input/"$i ; then
501                         if test ! -r $i  ; then
502                            ln -sf "../input/"$i $i
503                         fi
504                        fi
505                    done
506                fi
507            )
508      fi      fi
509  }  }
510    
# Line 296  runmodel() Line 512  runmodel()
512  {  {
513      # runmodel directory      # runmodel directory
514      #      #
515      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
516      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
517      (      (
518          cd $1          cd $1
519          printf 'runmodel: ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
520          # make output.txt          # make output.txt
521          $COMMAND          echo
522          RETVAL=$?          rm -f run.log
523            if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
524               ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1
525               RETVAL=$?
526            else
527               echo " $OUTPUTFILE is up to date " > run.log 2>&1
528               RETVAL=0
529            fi
530            # echo "COMMAND='$COMMAND'"
531            # echo "pwd='"`pwd`"'"
532          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
533              cp output.txt $CDIR"/output.txt"              tail run.log
534                echo successful 1>&2
535                # === Reduce the size of the testing emails!
536                # if test "x$ADM" = x ; then
537                #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
538                # else
539                #   cp output_adm.txt $CDIR"/output_adm.txt"
540                # fi
541                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
542              return 0              return 0
543          else          else
544                tail run.log
545                echo failed 1>&2
546                cp run.log $CDIR"/run.log"
547                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
548              return 1              return 1
549          fi          fi
550      )      )
# Line 317  createcodelet() Line 554  createcodelet()
554  {  {
555      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
556    
557      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
558      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF
559        program cmpnum  #include <stdio.h>
560        implicit none  #include <math.h>
561        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
562        integer linnum,best    int linnum,best,lncnt;
563        best=-16    double a,b,abave,relerr;
564    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
565        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
566  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
567        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
568          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
569          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
570  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
571            linnum=int(log10(diff))      if (abave > 0.0) {
572            best=max(best,linnum)        relerr=fabs(a-b)/abave;
573          endif        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }
574        else        else { linnum = -16 ; }
575          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22        best = (best > linnum) ? best : linnum;
576        endif      }
577        goto 99    }
578    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'    if (lncnt == 999) best=-29;
579    70  print *,-best    printf("%d\n", -best);
580        end    return 0;
581  EOFA  }
582    EOF
583        $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
584    
585      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
586          echo "OK"          echo "OK"
587          return 0          return 0
588      else      else
589          echo          echo
590          echo "createcodelet: failed to compile codelet"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
591            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
592          exit 1          exit 1
593      fi      fi
594  }  }
# Line 388  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir Line 627  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir
627   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most
628   -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.   -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.
629   -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.   -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.
  -noieee    By default, $0 uses the -ieee option for genmake. This turns it off.  
630   -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files   -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files
631              and then exits. Use with care.              and then exits. Use with care.
632    
# Line 399  EOF Line 637  EOF
637    
638  scandirs()  scandirs()
639  {  {
640      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
641          for arg in * ; do          for arg in * ; do
642              test -d $arg/input && echo $arg              test -d $arg/$1 && echo $arg
643          done          done
644      else      else
645          echo $*          echo $*
646      fi      fi
647  }  }
648    
649    
650  ###############################################################################  ###############################################################################
 ###############################################################################  
 ###############################################################################  
651    
652    
653  #  Default properties  #  Default properties
# Line 421  clean=0 Line 657  clean=0
657  expts=''  expts=''
658  # ieee=1  # ieee=1
659    
660    IEEE=true
661    if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
662        IEEE=$MITGCM_IEEE
663    fi
664    
665    
666  CLEANUP=f  CLEANUP=f
667  QUICK=f  QUICK=f
668  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
669  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
670  NODEPEND=f  NODEPEND=f
671    POSTCLEAN=f
672    
673  BASH=  BASH=
674  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
675  ADDRESSES=  ADDRESSES=
676  TESTDIRS=  TESTDIRS=
677  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
678    HAVE_MPACK=
679  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
680  COMMAND="make output.txt"  COMMAND=
681  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
682        MAKE=make
683    fi
684    if test "x$CC" = x ; then
685        CC=cc
686    fi
687    JOBS=
688  MPI=f  MPI=f
689    OUTDIR=
690    DELDIR=
691    
692    ADM=
693    
694  echo -n "parsing options...  "  # Additional monitor types
695    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
696    
697    printf "parsing options...  "
698    
699  ac_prev=  ac_prev=
700  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 486  for ac_option ; do Line 743  for ac_option ; do
743          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
744              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
745    
746            -odir | --odir)
747                ac_prev=OUTDIR ;;
748            -odir=* | --odir=*)
749                OUTDIR=$ac_optarg ;;
750    
751            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
752                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
753            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
754                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
755    
756            -j) ac_prev=JOBS ;;
757            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
758    
759          -clean | --clean)          -clean | --clean)
760              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
761    
762          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
763              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 498  for ac_option ; do Line 768  for ac_option ; do
768          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
769              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
770    
771            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
772                POSTCLEAN=t ;;
773    
774          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
775    
776            -adm | -ad) ADM=t ;;
777    
778            -ieee) IEEE=true ;;
779            -noieee) IEEE= ;;
780    
781          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
782          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
783          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
784    
785            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
786    
787          -*)          -*)
788              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
789              usage              usage
# Line 524  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 805  if test "x$QUICK" = xt ; then
805  fi  fi
806    
807  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
808      TESTDIRS=`scandirs`      if test "x$ADM" = xt ; then
809            TESTDIRS=`scandirs results_ad`
810        else
811            TESTDIRS=`scandirs results`
812        fi
813  fi  fi
814    
815  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
816      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
817  fi  fi
818    
819  echo "OK"  if test "x$ADM" = xt ; then
820        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
821        OUTPUTFILE="output_adm.txt"
822    else
823        EXECUTABLE="mitgcmuv"
824        OUTPUTFILE="output.txt"
825    fi
826    
827    if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
828        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
829    fi
830    
831    if test "x$COMMAND" = x ; then
832        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
833    fi
834    
835    #echo "OK"
836    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
837    
838  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
839  createcodelet  createcodelet
840    
841  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
842  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
843        echo "skipping mpack build"
844    else
845        build_mpack
846    fi
847    
848  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
849  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
850  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
851  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
852  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
853    if test "x$OUTDIR" != x ; then
854        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
855    fi
856  DNUM=0  DNUM=0
857  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
858  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 553  done Line 862  done
862  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
863  RETVAL=$?  RETVAL=$?
864  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
865      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
866      exit 1      exit 1
867  fi  fi
868  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
869  date > $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
870  cat << EOF >> $SUMMARY  start_date=`date`
871                  T           S           U           V  echo $start_date > $SUMMARY
 G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  
 E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  
 N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  
 2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  
   
 EOF  
   
 NDIR=0  
872    
873    of_path=
874  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
875      if test -r $OPTFILE ; then      if test -r $OPTFILE ; then
876          OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"          # get the path
877            path=${OPTFILE%/*}
878            if test "x$path" = x ; then
879                of_path=`pwd`
880            else
881                of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
882            fi
883            file=${OPTFILE##*/}
884            OPTFILE=$of_path/$file
885            cp $OPTFILE $DRESULTS
886            echo >> $SUMMARY
887            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
888        else
889            echo | tee $SUMMARY
890            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
891            exit 1
892      fi      fi
893    else
894        echo >> $SUMMARY
895        echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY
896        echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY
897  fi  fi
898  echo  echo
 echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
899  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
900    if test "x$ADM" = x ; then
901        line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
902        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
903        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
904        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
905        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
906        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
907            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
908            #  if test "x$tst" = xt ; then
909            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
910            line_1="$line_1        m  s"
911            line_2="$line_2  m  m  e  ."
912            line_3="$line_3  i  a  a  d"
913            line_4="$line_4  n  x  n  ."
914            #  fi
915        done
916        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
917        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
918        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
919        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
920        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
921        echo " "       | tee -a $SUMMARY
922    else
923        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
924        echo >> $SUMMARY
925        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
926    G D M    C  G
927    E p a R  o  r
928    N n k u  s  a
929    2 d e n  t  d
930    
931    EOF
932    fi
933    
934  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
935  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
# Line 589  for dir in $TESTDIRS ; do Line 942  for dir in $TESTDIRS ; do
942          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -r $dir/input/Makefile ; then
943              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              ( cd $dir/input ; make CLEAN )
944          fi          fi
945            (
946                cd $dir
947                rm -rf tr_run.*
948            )
949          continue          continue
950      fi      fi
951    
952      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
953      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
954      if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      fout=
955          echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir"      if test "x$ADM" = x ; then
956            fout=$dir"/results/output.txt"
957        else
958            fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"
959        fi
960        if test ! -r $fout ; then
961            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
962          continue          continue
963      fi      fi
964        if test "x$ADM" = x ; then
965            check_for_add_mon_output  $fout
966        fi
967    
968      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      # Check for additional types of monitor output
     echo  
     echo "Experiment:  $dir"  
     echo  
     unset genmake makedepend make run  
     results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
969    
970      if [ -r $dir/build ]; then      builddir="input"
971          seperatebuilddir=1      rundir="input"
972          builddir=build      use_seperate_build=0
973          rundir=build      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then
974          ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )          builddir="build"
975      else          rundir="build"
976          seperatebuilddir=0          use_seperate_build=1
977          builddir=input          linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir
         rundir=input  
978      fi      fi
979            
980      CODE_DIR=$dir/code      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
981      BUILD_DIR=$dir/$builddir      extra_runs=
982      MPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_mpi SIZE.h_mpi"      if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then
983      NOMPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_nompi SIZE.h_nompi"          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
984            echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
985            for exd in $ex_run_dirs ; do
986                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
987                outf="$dir/results/output.txt.$name"
988                if test -f $outf -a -r $outf ; then
989                    extra_runs="$extra_runs $name"
990                fi
991            done
992        fi
993    
994      #  Is this an MPI run?      if test "x$ADM" = x ; then
995      if test "x$MPI" = xt ; then          code_dir=code
996          FILES=$MPI_FILES          CODE_DIR=$dir/code
997      else      else
998          FILES=$NOMPI_FILES          code_dir=code_ad
999            CODE_DIR=$dir/code_ad
1000      fi      fi
1001            BUILD_DIR=$dir/$builddir
1002      #  Check to see that we have the files  
1003      have_files=t      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1004      for i in $FILES ; do          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
         if test ! -r $CODE_DIR/$i ; then  
             echo "Warning: can't read file $CODE_DIR/$i"  
             have_files=f  
         fi  
     done  
     if test "x$have_files" != xt -a "x$MPI" = xt ; then  
         echo "Skipping $dir due to lack of input files (see above warning)"  
1005          continue          continue
1006      fi      fi
1007        
1008      #  If we have the $FILES and they differ, copy the $FILES to $BUILD_DIR      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1009      if test "x$have_files" = xt ; then      echo
1010          for i in $FILES ; do      echo "Experiment:  $dir"
1011              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$i > /dev/null 2>&1      echo
1012              RETVAL=$?      unset genmake makedepend make run
1013              if test "x$RETVAL" != x0 ; then      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1014                  cp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$i  
             fi  
         done  
     fi  
       
1015      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1016      CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
1017      mkdir $CDIR      mkdir $rel_CDIR
1018      CDIR=`pwd`"/$CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1019            
1020      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1021          makeclean $dir/$builddir          makeclean $dir/$builddir
1022      else      else
1023          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1024              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1025                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1026              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1027              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1028              && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \
1029              && runmodel $dir/$builddir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1030              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir`
1031      fi      fi
1032            
1033      echo      echo
1034      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \      if test "x$ADM" = x ; then
1035          ${run:-N} $results          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1036      echo          echo
1037      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "$fres" >> $SUMMARY
1038          ${run:-N} $results >> $SUMMARY          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1039      echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1040      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1041          ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1042      echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1043      echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1044      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          for ex in $extra_runs ; do
1045      echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              unset run
1046      echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1047                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1048                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1049                mkdir $rel_CDIR
1050                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1051                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1052                for ldir in input.$ex input ; do
1053                    (
1054                        cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1
1055                        ls -1 2>/dev/null \
1056                            | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'
1057                    ) > tr_exrun_links
1058                    (
1059                        cd "$dir/tr_run.$ex"
1060                        cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do
1061                            if test ! "x$i" = x ; then
1062                                test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i
1063                            fi
1064                        done
1065                    )
1066                    test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links
1067                done
1068                ldir=build
1069                (
1070                    cd $dir/tr_run.$ex
1071                    test ! -e mitgcmuv  &&  ln -s "../"$ldir"/"mitgcmuv .
1072                )
1073                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1074                    && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`
1075                fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1076                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1077                fres="$fres.$ex"
1078                echo
1079                echo "$fres" >> $SUMMARY
1080                echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1081                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1082                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1083                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1084                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1085            done
1086        else
1087            fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1088            fres=$fres"$results   $dir"
1089            echo
1090            echo "$fres" >> $SUMMARY
1091            echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1092            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1093            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1094            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1095            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1096            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1097                               >> $CDIR"/summary.txt"
1098        fi
1099    
1100        postclean $dir/$builddir
1101            
1102      (      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
         cd $DRESULTS  
         tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1  
         gzip $NDIR".tar"  
     )  
1103            
1104      if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  done
1105          echo "No mail sent"  
1106      else  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1107          $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES  echo $start_date >> $SUMMARY
1108    printf "End time:    " >> $SUMMARY
1109    date >> $SUMMARY
1110    
1111    #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1112    #  to send email using mpack.
1113    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1114        echo "No results email was sent."
1115    else
1116        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1117            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1118                && gzip $DRESULTS".tar" \
1119                && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1120          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1121          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1122              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
1123                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1124                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1125                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1126                echo
1127          else          else
1128              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              echo
1129                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1130                echo "  \"$ADDRESSES\""
1131                echo
1132          fi          fi
1133            test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1134            test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1135      fi      fi
1136    fi
1137    
1138      echo "-------------------------------------------------------------------------------"  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out
1139        rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
     NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  
       
 done  
1140    
1141  rm tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1142        cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
1143        if test -e tr_out.txt ; then
1144            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1145        fi
1146        cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt
1147    fi
1148    
1149  cat $SUMMARY  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1150        rm -rf $DRESULTS
1151    fi
1152    
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