/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
ViewVC logotype

Diff of /MITgcm/verification/testreport

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Revision Graph Revision Graph | View Patch Patch

revision 1.9.2.8 by edhill, Sat Oct 4 02:10:52 2003 UTC revision 1.177 by jmc, Fri Aug 17 21:29:51 2012 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 10  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of test dirs to use"      echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
19      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
20      echo "  (-b|-bash)STRING         location of \"bash\" executable"      echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
21      echo "                             (DEF=\"\" for \"/bin/bash\")"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
22      echo "  (-command)STRING         command to run"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
23      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
24      echo "  (-m|-make)STRING         command to use for \"make\""      echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
25        echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
26        echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
27        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
28        echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
29        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
30        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
31        echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
32        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
33        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
34        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
35        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
36        echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
37        echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
38        echo "  (-tlm)                   perform a Tangent Linear run"
39        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
40        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
41        echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
42        echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
43        echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
44      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
45      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
46        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
47    #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
48    #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
49        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
50        echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
51        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
52        echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
53        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
54        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
55        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
56        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
57      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
58      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
59      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
60      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
61        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
62        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
63        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
64        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
65        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
66        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
67      echo      echo
68      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
69      echo "such as:"      echo "such as:"
70        echo
71      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
72      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
73      echo      echo
74        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
75        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
76        echo
77      exit 1      exit 1
78  }  }
79    
80  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
81  build_mpack()  build_mpack()
82  {  {
83      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
84      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
85        if test ! -x $MPACK ; then
86          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
87                echo
88              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
89              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
90              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
91              exit 1              echo
92                HAVE_MPACK=f
93            fi
94            if test "x$CC" = x ; then
95                export CC=cc
96          fi          fi
97          echo -n "building mpack...  "          printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
98          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
99          RETVAL=$?          RETVAL=$?
100          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
101              echo              echo
102              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
103              exit 1              echo
104                HAVE_MPACK=f
105            else
106                rm -f tr_build_mpack.out
107                HAVE_MPACK=t
108                echo "done"
109          fi          fi
110        else
111            HAVE_MPACK=t
112            echo "already exist"
113      fi      fi
     echo "OK"  
 }  
   
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
114  }  }
115    
116  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
117  {  {
118      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
119      #      #
120      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
121      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/$reference_output
122        #  using search strings s1 and text label
123    
124      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
125          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
126      fi      fi
127      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
128          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
129          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
130          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
131              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
132                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
133              fi              fi
134              return 99              rm -f tmp1.txt ; return 99
135          fi          fi
136      else      else
137          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
138          return 99          return 99
139      fi      fi
140      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
141          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$5 1>&2
142      fi      fi
143      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
144      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
145      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
146          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
147              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
148          fi          fi
149          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
150        fi
151        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
152            if [ $verbose -gt 0 ]; then
153                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
154            fi
155            rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
156        fi
157        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
158        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
159            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
160            rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
161        fi
162        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
163        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
164            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
165            rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
166      fi      fi
167      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
168          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
169      fi      fi
170      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
171      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
172          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
173      fi      fi
174      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
175      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
176        fi
177        echo "-1" >> tmp3.txt
178        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
179        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
180        digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
181      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
182          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
183              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
184          fi          fi
185          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
186      else      else
187          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
188              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
189          fi          fi
190      fi      fi
191      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
192        
193      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
194  }  }
195    
196  dashnum()  testoutput_run()
197  {  {
198      # dashnum n1 n2 n3 ...      # testoutput_run directory subdir reference_output
199      #      #
200      #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99      #  test output from 1 run in "directory"
201    # --> same processing for adjoint & forward test
202      for num in $@ ; do          # default list of output variables to be checked:
203          if [ $num = 99 ]; then          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
204              printf ' --'          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
205          else          listChk=$DEF_CHECK_LIST
206              printf '%3i' $num          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
207            if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
208            sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
209            # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
210            listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
211                                   | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
212            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
213            # set ref.outp file-name and, if compressed, uncompress it into subdir
214            refoutp=results/$3
215            if test ! -r $1/results/$3 ; then
216              if test -r $1/results/${3}.gz ; then
217                tmpNam1=$3
218                tmpNam2=`echo $tmpNam1 | sed 's/\..*\././'`
219                if test "x$tmpNam1" = "x$tmpNam2" ; then
220                    tmpNam1=`echo $tmpNam2 | sed 's/\./.std./'`
221                fi
222                refoutp=$2/$tmpNam1
223                if [ $debug -gt 0 ]; then
224                    echo "testoutput_run: gunzip 'results/$3.gz' into '$refoutp'" 1>&2
225                fi
226                gzip -cd $1/results/${3}.gz > $1/$refoutp
227              else
228                echo "missing reference output file '$3' (.gz) in '$1/results/'"
229              fi
230          fi          fi
231      done          # check for ptracer output in reference_output file :
232  }          if test $KIND = 0 ; then
233              ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
234  testoutput()            ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
235  {            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
236      # testoutput diretory subdir              ptrfound=0
237      #              for jj in $ptr_mon ; do
238      #  test output in "directory"                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
239                    tst=`grep $name $1/$refoutp | wc -l | awk '{print $1}'`
240                    if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
241                done
242                if test $ptrfound = '1' ; then
243                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
244                else
245                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
246                  # remove this ptr from the list of output variable to check
247                  # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
248                    listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
249                fi
250              # eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
251              done
252            fi
253            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
254            if test $tst != 1 ; then
255              if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
256                     else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
257              echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
258            #- put it back once:
259              listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
260            fi
261            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
262            echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
263            #---
264            allargs=""
265            for xx in $listVar
266            do
267              case $xx in
268               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
269                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
270                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $refoutp ; yy=$?
271                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
272              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  ref_cost_function" "ADM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
273             'AdGrd') testoutput_var $1 "ADM  adjoint_gradient"  "ADM Ad Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
274             'FDGrd') testoutput_var $1 "ADM  finite-diff_grad"  "ADM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
275            'tlmCst') testoutput_var $1 "TLM  ref_cost_function" "TLM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
276            'tlmGrd') testoutput_var $1 "TLM  tangent-lin_grad"  "TLM TL Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
277            'fwdGrd') testoutput_var $1 "TLM  finite-diff_grad"  "TLM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
278               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
279               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
280               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
281               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
282               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
283               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
284               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
285               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
286               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
287               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
288               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
289               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
290               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
291               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
292               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
293               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
294            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
295               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
296            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
297               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
298            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
299               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
300            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
301               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
302             'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
303             'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
304             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
305             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
306             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
307             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
308             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
309             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
310             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
311             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
312             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
313             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
314             'uSImn') testoutput_var $1 "seaice_uice_min"   "SIce Uice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
315             'uSImx') testoutput_var $1 "seaice_uice_max"   "SIce Uice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
316             'uSIav') testoutput_var $1 "seaice_uice_mean"  "SIce Uice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
317             'uSIsd') testoutput_var $1 "seaice_uice_sd"    "SIce Uice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
318             'vSImn') testoutput_var $1 "seaice_vice_min"   "SIce Vice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
319             'vSImx') testoutput_var $1 "seaice_vice_max"   "SIce Vice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
320             'vSIav') testoutput_var $1 "seaice_vice_mean"  "SIce Vice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
321             'vSIsd') testoutput_var $1 "seaice_vice_sd"    "SIce Vice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
322            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
323            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
324            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
325            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
326            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
327            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
328                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
329              esac
330              if test $xx = $sVar
331              then allargs="$allargs > $yy <"
332              else allargs="$allargs $yy"
333              fi
334            done
335    
336      if [ $debug -gt 0 ]; then          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
337          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
338      fi          #-- fill line (up to standard length) with dot:
339      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
340      if [ $debug -gt 0 ]; then            echo $allargs $adNul
341          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          else
342      fi            echo $allargs
343                fi
344      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?  # <-- same processing for adjoint & forward test
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?  
       
     dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
         $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd  
345  }  }
346    
347  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 182  genmakemodel() Line 350  genmakemodel()
350      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
351          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
352      else      else
353          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
354                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
355            else
356                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
357            fi
358          (          (
359              cd $1;              cd $1;
360              printf 'genmake ... ' 1>&2              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
361              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE --mods=../code"              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
362                    command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
363                fi
364                if test $KIND = 1 -o $KIND = 2 ; then
365                    command="$command --mods=../code_ad"
366                elif test $KIND = 4 ; then
367                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
368                else
369                    command="$command -mods=../code"
370                fi
371              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
372                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
373                  # echo "  command=\"$command\""              fi
374                if test $OptLev = 1 ; then
375                    command="$command -ieee"
376                fi
377                if test $OptLev = 0 ; then
378                    command="$command -devel"
379                fi
380                if test "x$GSL" = xt ; then
381                    command="$command -gsl"
382                fi
383                if test "x$MPI" != x0 ; then
384                    command="$command -mpi"
385                fi
386                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
387                #- run multi-threaded using OpenMP:
388                    command="$command -omp"
389              fi              fi
390              $command > make.log 2>&1              if test "x$USE_R4" = xt ; then
391                    command="$command -use_r4"
392                fi
393                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
394                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
395                fi
396                if test "x$TS" = xt ; then
397                    command="$command -ts"
398                fi
399                if test "x$PAPIS" = xt ; then
400                    command="$command -papis"
401                else
402                if test "x$PCLS" = xt ; then
403                    command="$command -pcls"
404                fi
405                fi
406                printf 'genmake ... '
407                eval $command > genmake.tr_log 2>&1
408              RETVAL=$?              RETVAL=$?
409              for i in genmake_state genmake_optfile genmake_local Makefile ; do              #  Reduce the size of the testing emails!
410                  if test -r $i ; then              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
                     cp $i $CDIR  
                 fi  
             done  
411              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
412                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
413                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
414                  cp make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
415                  return 1                  return 1
416              else              else
417                  echo "succesful" 1>&2                  echo "successful"
418              fi              fi
419          )          )
420      fi      fi
# Line 213  genmakemodel() Line 423  genmakemodel()
423  makeclean()  makeclean()
424  {  {
425      # makeclean directory      # makeclean directory
426        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
427      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
428          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
429      else      else
430          (          (
431              cd $1;              cd $1;
432              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
433              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
434                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
435                    $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
436                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
437                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
438                      tail make.log                      tail make.tr_log
439                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
440                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
441                      return 1                      return 1
442                  fi                  fi
443                    echo successful
444                else
445                    echo ''
446              fi              fi
447              echo succesful 1>&2              exit 0
448            )
449        fi
450    }
451    
452    run_clean()
453    {
454        # run_clean directory
455        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
456            echo "run_clean skipped!"
457        else
458            (
459                cd $1;
460                printf 'clean run-dir ... '
461                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
462                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
463                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
464                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
465                find . -type l -exec rm {} \;
466                #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)
467                rm -f $RUNLOG *.txt STD* w2_tile_topology.????.log *diagnostics.log datetime
468                rm -rf mnc_test_*
469                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
470                echo successful
471              exit 0              exit 0
472          )          )
473      fi      fi
# Line 246  makedependmodel() Line 481  makedependmodel()
481      else      else
482          (          (
483              cd $1;              cd $1;
484              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
485              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
486              RETVAL=$?              RETVAL=$?
487              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
488                  tail make.log                  tail make.tr_log
489                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
490                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
491                  return 1                  return 1
492              else              else
493                  echo succesful 1>&2                  echo successful
494              fi              fi
495          )          )
496      fi      fi
# Line 265  makemodel() Line 500  makemodel()
500  {  {
501      # makemodel directory      # makemodel directory
502      (      (
503        mk_fail=0
504        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
505            cd $1;
506            if test -x $EXECUTABLE ; then
507                echo "make skipped!"
508            else
509                echo "no executable!"
510                mk_fail=3
511            fi
512        else
513          cd $1;          cd $1;
514          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
515              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
516              $MAKE >> make.log 2>&1              if test "x$REPLMAKE" = x ; then
517                    $MAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
518                else
519                    $REPLMAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
520                fi
521              RETVAL=$?              RETVAL=$?
522              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
523                  tail make.log                  tail make.tr_log
524                  echo failed 1>&2                  echo failed
525                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
526                  return 1                  tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
527                    rm -f $EXECUTABLE
528                    mk_fail=1
529              else              else
530                  echo succesful 1>&2                  echo successful
531              fi              fi
532            else
533                echo "no Makefile !"
534                mk_fail=2
535          fi          fi
536        fi
537        if test $KIND = 1 -a -f taf_ftl.log ; then
538                head -1 taf_ftl.log >> $CDIR"/summary.txt"
539        fi
540        if test $KIND = 2 -a -f taf_ad.log ; then
541                head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
542                nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
543                nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
544                echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
545                                    >> $CDIR"/summary.txt"
546        fi
547        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
548      )      )
549  }  }
550    
551    mk_mpi_size()
552    {
553        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb threads_Nb_X threads_Nb_Y
554        #
555        #  make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
556        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
557        #  ensure that enough tiles per proc (nSx,nSy) remain for the given
558        #     number of threads (nTx,nTy) ;
559        #  return the effective number of processors.
560    
561        inp=$1
562        out=$2
563        np=$3
564        tx=$4
565        ty=$5
566        tmp=TTT.$$
567    
568        # dirX : select with direction to favor in MPI process repartition
569        #   dirX=1 : prefer to put more proc in X direction
570        #   dirX=0 : prefer to put more proc in Y direction
571        dirX=0
572    
573        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
574        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
575        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
576        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
577    
578        #- for each direction, assume # of threads is a multiple of total number of tiles
579        nx=$px
580        if [ `expr $sx % $tx` -ne 0 -a `expr $sx \* $px % $tx` -eq 0 ] ; then
581            nx=`expr $sx \* $px / $tx`
582            if [ $verbose -gt 1 ]; then
583                echo " change px from $px to $nx to accommodate $tx threads"
584            fi
585        fi
586        ny=$py
587        if [ `expr $sy % $ty` -ne 0 -a `expr $sy \* $py % $ty` -eq 0 ] ; then
588            ny=`expr $sy \* $py / $ty`
589            if [ $verbose -gt 1 ]; then
590                echo " change py from $py to $ny to accommodate $ty threads"
591            fi
592        fi
593        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
594        pp=0
595        i=1
596        while [ $i -le $nx ] ; do
597          if [ `expr $nx % $i` -eq 0 ] ; then
598            j=1
599            while [ $j -le $ny ] ; do
600              if [ `expr $ny % $j` -eq 0 ] ; then
601                ij=`expr $i \* $j`
602                if [ $ij -gt $pp ] ; then
603                    flag=1
604                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
605                    flag=$dirX
606                else
607                    flag=0
608                fi
609                if test $flag = 1 ; then
610                  if [ $ij -le $np ] ; then
611                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
612                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
613                  fi
614                fi
615              fi
616              j=`expr $j + 1`
617            done
618          fi
619          i=`expr $i + 1`
620        done
621    
622        #- create new SIZE.h type file:
623        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
624        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
625        if [ $verbose -gt 1 ]; then
626            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
627        fi
628        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
629        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
630        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
631        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
632        rm -f $tmp
633        return $pp
634    }
635    
636    symlink_mpifiles()
637    {
638        # Put special links so that MPI specific files are used
639        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
640        # the Makefile will link to non-mpi files by default
641    
642        dir=$1
643        code_dir=$2
644        build_dir=$dir/$3
645    
646        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
647        MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
648    
649        for ii in $MPI_FILES ; do
650            i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
651            name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
652            file="../$code_dir/$i"
653            if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
654    
655            #  Is this an MPI run?
656            if test "x$MPI" = x0 ; then
657                # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
658                if test -L $build_dir/$name ; then
659                    ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
660                    RETVAL=$?
661                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
662                        if [ $verbose -gt 1 ]; then
663                            echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
664                        rm -f $build_dir/$name
665                    fi
666                fi
667            else
668                # YES: We symbolically link these files to the build
669                # dir so long as there is no real file in place
670                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
671                RETVAL=$?
672                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
673                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
674                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
675                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
676                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
677                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
678                    fi
679                fi
680            fi
681        done
682    }
683    
684  linkdata()  linkdata()
685  {  {
686      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
687      #      #
688      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
689      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test -d $1 ; then
690          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
691                cd $1 ; shift
692                echo 'linkdata from dirs:' $*
693                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
694                for xx in $inpMPI ; do
695                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
696                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
697                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
698                    if test "x$MPI" = "x0" ; then
699                        # not mpi test: remove symbolic link
700                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
701                    else
702                        # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
703                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
704                        if test ! -r $yy ; then
705                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
706                            printf " $xx" 1>&2
707                        fi
708                    fi
709                  fi
710                done
711                if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
712                # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
713                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
714                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
715                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
716                        if test ! -r eedata ; then
717                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
718                            printf ' eedata.mth' 1>&2
719                        fi
720                    else
721                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
722                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
723                    fi
724                fi
725                prevDir='NONE'
726                for ldir in $* ; do
727                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
728                        printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
729                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
730                        for i in $files ; do
731                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
732                                if test ! -r $i  ; then
733                                    printf ' '$i 1>&2
734                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
735                                fi
736                            fi
737                        done
738                        printf ' ;' 1>&2
739                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
740                            "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
741                        else
742                            echo '' 1>&2
743                        fi
744                    fi
745                    prevDir=$ldir
746                done
747            )
748      fi      fi
749  }  }
750    
# Line 296  runmodel() Line 752  runmodel()
752  {  {
753      # runmodel directory      # runmodel directory
754      #      #
755      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
756      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
757      (      (
758          cd $1          cd $1
759          printf 'runmodel: ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
760          # make output.txt          if test "x$MPI" != x0 ; then
761          $COMMAND              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
762          RETVAL=$?              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
763          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
764              cp output.txt $CDIR"/output.txt"              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
765                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
766                fi
767                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
768            fi
769            if test -L $EXECUTABLE ; then
770              if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
771                cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
772                outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
773              else rm -f $EXECUTABLE
774              fi
775            fi
776            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
777                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
778                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
779            fi
780            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
781                rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
782                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
783                echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
784                RETVAL=8
785                ENDVAL=-1
786            else
787              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
788                # output do not exist or is older than executable:
789                rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
790                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
791                ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
792                RETVAL=$?
793                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
794                if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
795                    find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
796                    find . -name "*.data" -exec rm {} \;
797                    rm -rf mnc_test_*
798                fi
799              else
800                RETVAL=0
801                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
802                touch $RUNLOG
803                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
804                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
805              fi
806            fi
807            rm -f run.log_tmp
808            #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE and time
809            if test -f $OUTPUTFILE ; then
810              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
811                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
812              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE \
813                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
814            fi
815            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
816            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
817                echo successful
818                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
819                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
820                return 0
821            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
822                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
823                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
824                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
825                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
826              return 0              return 0
827          else          else
828                echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
829                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
830                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
831                cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
832              return 1              return 1
833          fi          fi
834      )      )
# Line 317  createcodelet() Line 838  createcodelet()
838  {  {
839      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
840    
841      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
842      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
843        program cmpnum  #include <stdio.h>
844        implicit none  #include <math.h>
845        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
846        integer linnum,best    int linnum,cmplin,best,lncnt;
847        best=-16    double a,b,abave,relerr;
848    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
849        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
850  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
851        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
852          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
853          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
854  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
855            linnum=int(log10(diff))      if ( abave == abave ) {
856            best=max(best,linnum)        if (abave > 0.0) {
857          endif          relerr=fabs(a-b)/abave;
858        else          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
859          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22          else { cmplin = -16 ; }
860        endif          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
861        goto 99        else { cmplin = -22 ; }
862    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
863    70  print *,-best        }
864        end     else {
865  EOFA     /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
866          break; }
867      }
868      if (lncnt == 999) best=-29;
869      if (linnum != -1) best=-99;
870      printf("%d\n", -best);
871      return 0;
872    }
873    EOF
874        $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
875    
876      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
877          echo "OK"          echo "OK"
878          return 0          return 0
879      else      else
880          echo          echo
881          echo "createcodelet: failed to compile codelet"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
882            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
883          exit 1          exit 1
884      fi      fi
885  }  }
# Line 361  formatresults() Line 891  formatresults()
891      nm=$1      nm=$1
892      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
893      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
894      printf '%3s' $@      listPrt=$@
895            listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
896      if [ $1 = '--' ]; then      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
897        printf '%3s' $listPrt
898    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
899    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
900    
901        if [ $xx = '..' ]; then
902            printf ' N/O '
903        elif [ $xx = '--' ]; then
904            printf ' N/O '
905        elif [ $xx = 99 ]; then
906          printf ' N/O '          printf ' N/O '
907      else      else
908          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
909              printf ' pass'              printf ' pass'
910          else          else
911              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 374  formatresults() Line 913  formatresults()
913      fi      fi
914      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
915      printf '\n'      printf '\n'
       
 }  
   
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -noieee    By default, $0 uses the -ieee option for genmake. This turns it off.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
916    
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
917  }  }
918    
919  scandirs()  scandirs()
920  {  {
921      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
922          for arg in * ; do          for arg in * ; do
923              test -d $arg/input && echo $arg             #test -f $arg/$1 && echo $arg
924          done              test -f $arg/$1 -o -f $arg/$1.gz && echo $arg
925            done
926      else      else
927          echo $*          echo $*
928      fi      fi
929  }  }
930    
931    
932  ###############################################################################  check_eedata()
933  ###############################################################################  {
934        # check_eedata eedata size.h
935        if [ $# -eq 2 ] ; then
936         if test -f $1 -a -f $2 ; then
937          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
938          sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
939          if test "x$nx" = x ; then
940            rx=10
941          else
942            rx=`expr $sx % $nx`
943          fi
944          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
945          sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
946          if test "x$ny" = x ; then
947            ry=20
948          else
949            ry=`expr $sy % $ny`
950          fi
951          echo `expr $rx + $ry`
952         else
953          echo '-1'
954         fi
955        elif [ $# -eq 1 ] ; then
956         if test -f $1 ; then
957          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
958          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
959          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
960          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
961         #echo $nx $ny
962          echo $nx
963         else
964          echo '-1'
965         fi
966        else
967          echo '-2'
968        fi
969    
970    }
971    
972  ###############################################################################  ###############################################################################
973    
974    
975  #  Default properties  #  Default properties
976  debug=0  debug=0
977  verbose=1  verbose=1
978  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
979  expts=''  
980  # ieee=1  OptLev=1
981    GSL=f
982    
983  CLEANUP=f  CLEANUP=f
984    NORUN=f
985  QUICK=f  QUICK=f
986    NOMAKE=f
987  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
988  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
989  NODEPEND=f  NODEPEND=f
990    POSTCLEAN=0
991    
992  BASH=  BASH=
993  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
994  ADDRESSES=  ADDRESSES=
995  TESTDIRS=  TESTDIRS=
996    SKIPDIRS=
997  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
998  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  HAVE_MPACK=
999  COMMAND="make output.txt"  MPACK=
1000  MAKE=make  COMMAND=
1001  MPI=f  MKDEPEND=
1002    if test "x$MAKE" = x ; then
1003        MAKE=make
1004    fi
1005    REPLMAKE=
1006    if test "x$CC" = x ; then
1007        CC=cc
1008    fi
1009    JOBS=
1010    TARG=
1011    MPI=0
1012    MPI_MFILE=
1013    MULTI_THREAD=f
1014    OUTDIR=
1015    DELDIR=
1016    USE_R4=
1017    EXTRFLG=
1018    
1019    #- type of testing (KIND):
1020    #   KIND=0 : forward (= default) ;  KIND=1 : Tangent Linear with TAF ;
1021    #   KIND=2 : Adjoint with TAF ;     KIND=4 : Adjoint with OpenAD
1022    KIND=0
1023    
1024    # list of pTracers to check for monitor output
1025    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
1026    
1027  echo -n "parsing options...  "  MATCH_CRIT=10
1028    
1029    printf "parsing options...  "
1030    
1031  ac_prev=  ac_prev=
1032  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 450  for ac_option ; do Line 1039  for ac_option ; do
1039      fi      fi
1040    
1041      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
1042        
1043      case $ac_option in      case $ac_option in
1044                    
1045          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
1046              usage ;;  
1047                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
1048          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
1049              ac_prev=OPTFILE ;;  
1050          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
1051              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
1052                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
1053          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
1054              ac_prev=ADDRESSES ;;  
1055          -addr=* | --addr=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
1056              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
1057            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
1058          -tdir | --tdir | -t | --t)          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
1059              ac_prev=TESTDIRS ;;  
1060          -tdir=* | --tdir=*)          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1061              TESTDIRS=$ac_optarg ;;          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1062    
1063          -bash | --bash | -b | --b)          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1064              ac_prev=BASH ;;          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1065          -bash=* | --bash=*)  
1066              BASH=$ac_optarg ;;          -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1067            -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1068          -command | --command | -c | --c)  
1069              ac_prev=COMMAND ;;          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1070          -command=* | --command=*)          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1071              COMMAND=$ac_optarg ;;  
1072            -repl_mk | --repl_mk ) ac_prev=REPLMAKE ;;
1073          -make | --make | -m | --m)          -repl_mk=* | --repl_mk=*) REPLMAKE=$ac_optarg ;;
1074              ac_prev=MAKE ;;  
1075          -make=* | --make=*)          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1076              MAKE=$ac_optarg ;;          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1077    
1078          -clean | --clean)          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1079              CLEANUP=t ;;          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
1080    
1081          -quick | --quick | -q | --q)          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1082              QUICK=t ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1083          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
1084              NOGENMAKE=t ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1085          -noclean | --noclean | -nc | --nc)          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1086              NOCLEAN=t ;;  
1087          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1088              NODEPEND=t ;;          -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1089    
1090            -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
1091    
1092            -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1093            -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1094            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1095            -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1096            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1097            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1098            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1099    
1100            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1101            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1102    
1103            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1104            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1105            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1106    
1107            -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1108            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1109    
1110            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1111    
1112            -tlm) if test $KIND = 0 ; then KIND=1 ; else
1113                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1114                  fi ;;
1115            -adm | -ad) if test $KIND = 0 ; then KIND=2 ; else
1116                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1117                  fi ;;
1118            -oad) if test $KIND = 0 ; then KIND=4 ; NODEPEND=t ; else
1119                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1120                  fi ;;
1121    
1122            -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1123                     printf " ... " ;;
1124            -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1125                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1126            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1127            -devel) OptLev=0 ;;
1128            -gsl) GSL=t ;;
1129    
         -mpi) MPI=t ;;  
1130          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1131          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
1132          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
1133    
1134          -*)          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1135              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option  
1136              usage          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1137              ;;  
1138                    -ts) TS=t;;
1139          *)          -papis) PAPIS=t;;
1140              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option          -pcls) PCL=t;;
1141              usage  
1142              ;;          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1143                        usage ;;
1144            *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1145                usage ;;
1146    
1147       esac       esac
1148        
1149  done  done
1150    
1151  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 523  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1154  if test "x$QUICK" = xt ; then
1154      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1155  fi  fi
1156    
1157    #- check length of MPI machine file:
1158    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1159        if test -r $MPI_MFILE ; then
1160            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1161            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1162              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1163              usage
1164            fi
1165            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1166                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1167            fi
1168        else
1169              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1170              usage
1171        fi
1172    fi
1173    
1174    #- setting for forward or ADM testing
1175    if test $KIND = 1 ; then
1176        TARG=ftlall
1177        code_dir=code_ad
1178        inputdir=input_ad
1179        ref_outp="output_tlm.txt"
1180        EXECUTABLE="mitgcmuv_ftl"
1181    elif test $KIND = 2 ; then
1182        if test "x$TARG" = xobj ; then TARG=adobj ; else TARG=adall ; fi
1183        code_dir=code_ad
1184        inputdir=input_ad
1185        ref_outp="output_adm.txt"
1186        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1187    elif test $KIND = 4 ; then
1188        TARG=adAll
1189        code_dir=code_oad
1190        inputdir=input_oad
1191        ref_outp="output_oadm.txt"
1192        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1193    else
1194        if test "x$JOBS" != x ; then TARG="-j $JOBS $TARG" ; fi
1195        code_dir=code
1196        inputdir=input
1197        ref_outp="output.txt"
1198        EXECUTABLE="mitgcmuv"
1199    fi
1200    
1201    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1202  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1203      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1204    elif test $xx = 'start_from' ; then
1205        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1206        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1207    else
1208        #- expand group of experiments:
1209        LIST=" "
1210        for xx in $TESTDIRS
1211        do
1212          case $xx in
1213            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
1214                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
1215                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
1216                    ;;
1217            'tutorials')
1218                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1219            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1220          esac
1221        done
1222  fi  fi
1223    #echo 'LIST='${LIST}'<'
1224    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1225    TESTDIRS=" "
1226    count=0
1227    for xx in $LIST
1228    do
1229        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1230        if test $yy = 0 ; then
1231            if test -d $xx ; then
1232                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1233                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1234            else count=1 ;
1235                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1236            fi
1237        else
1238            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1239            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1240            fi
1241        fi
1242    done
1243    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1244    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1245    
1246  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1247      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1248  fi  fi
1249    
1250  echo "OK"  LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1251    RUNLOG="run.tr_log"
1252    OUTPUTFILE=$ref_outp
1253    if test "x$COMMAND" = x ; then
1254        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1255    fi
1256    if test "x$MPI" != x0 ; then
1257        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1258    fi
1259    
1260    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1261    
1262    # set the Default List of output variables to be checked:
1263    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1264    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1265    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1266    if test $KIND = 1 ; then
1267        DEF_CHECK_LIST='tlmGrd tlmCst tlmGrd fwdGrd'
1268        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1269        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1270    elif test $KIND = 2 -o $KIND = 4 ; then
1271        DEF_CHECK_LIST='AdGrd Cost AdGrd FDGrd'
1272        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1273        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1274    else
1275        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1276        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1277        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1278        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1279        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1280    fi
1281    
1282  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1283  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1284        echo "skipping comparison code build"
1285    else
1286        createcodelet
1287    fi
1288    
1289  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1290  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1291        echo "skipping mpack build"
1292    else
1293        build_mpack
1294    fi
1295    
1296  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1297    CMDLINE=$0
1298    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1299        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1300                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1301    done
1302    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1303  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1304  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1305  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1306  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1307    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1308        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1309    else
1310        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1311        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1312    fi
1313  DNUM=0  DNUM=0
1314  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1315  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 553  done Line 1319  done
1319  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
1320  RETVAL=$?  RETVAL=$?
1321  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1322      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
1323      exit 1      exit 1
1324  fi  fi
1325  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
1326  date > $SUMMARY  start_date=`date`
1327  cat << EOF >> $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1328                  T           S           U           V  echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1329  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
 E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  
 N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  
 2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  
   
 EOF  
   
 NDIR=0  
1330    
1331    of_path=
1332  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1333      if test -r $OPTFILE ; then      if test -r $OPTFILE ; then
1334          OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"          # get the path
1335            path=${OPTFILE%/*}
1336            if test "x$path" = x ; then
1337                of_path=`pwd`
1338            else
1339                of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
1340            fi
1341            file=${OPTFILE##*/}
1342            OPTFILE=$of_path/$file
1343            cp $OPTFILE $DRESULTS
1344            echo >> $SUMMARY
1345            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1346        else
1347            echo | tee $SUMMARY
1348            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
1349            exit 1
1350      fi      fi
1351    else
1352        echo >> $SUMMARY
1353        echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1354        #-note: to be filled later after 1rst run
1355  fi  fi
1356  echo  echo
 echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
1357  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1358    if test $KIND = 0 ; then
1359        line_0=`printf '%s %2i' 'default' $MATCH_CRIT`
1360           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1361        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1362        line_2="e p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1363        line_3="n n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1364        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1365        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1366            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1367            line_1="$line_1        m  s"
1368            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1369            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1370            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1371        done
1372    else
1373        line_0=`printf '%s %2i' 'default   ' $MATCH_CRIT`
1374      if test $KIND = 1 ; then
1375        echo "TANGLIN=true" >> $SUMMARY
1376        line_1="G D M    C  T  F"
1377        line_2="e p a R  o  L  D"
1378      else
1379        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1380        line_1="G D M    C  A  F"
1381        line_2="e p a R  o  d  D"
1382      fi
1383        line_3="n n k u  s  G  G"
1384        line_4="2 d e n  t  r  r"
1385        echo >> $SUMMARY
1386    fi
1387        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1388        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1389        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1390        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1391        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1392        echo ""        | tee -a $SUMMARY
1393    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1394    
1395  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1396  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1397        
1398        # set builddir & rundir:
1399        builddir="build"
1400        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1401        rundir="run"
1402        pfxdir="tr_$rundir"
1403        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1404            rundir=$builddir
1405        fi
1406        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1407        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1408    
1409      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1410      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1411          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1412              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          makeclean $BUILD_DIR
1413            (   cd $BUILD_DIR
1414                rm -f $EXECUTABLE *.bak
1415                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1416                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1417            )
1418            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1419                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1420                run_clean $dir/$rundir
1421          fi          fi
1422          if test -r $dir/input/Makefile ; then          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1423              ( cd $dir/input ; make CLEAN )          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1424            if test $ttd != 0 ; then
1425                echo '  --- rm dir:' $trdir
1426                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1427          fi          fi
1428          continue          continue
1429      fi      fi
1430    
1431      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1432      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1433      if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1434          echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir"     #if test ! -r $fout ; then
1435        if test ! -r $fout -a ! -r ${fout}.gz ; then
1436            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1437          continue          continue
1438      fi      fi
1439    
1440      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      # Check for specific files for particular type of run
     echo  
     echo "Experiment:  $dir"  
     echo  
     unset genmake makedepend make run  
     results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
1441    
1442      if [ -r $dir/build ]; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1443          seperatebuilddir=1          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1444          builddir=build          continue
1445          rundir=build      fi
1446          ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1447      else          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1448          seperatebuilddir=0          continue
         builddir=input  
         rundir=input  
1449      fi      fi
       
     CODE_DIR=$dir/code  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
     MPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_mpi SIZE.h_mpi"  
     NOMPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_nompi SIZE.h_nompi"  
1450    
1451      #  Is this an MPI run?      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1452      if test "x$MPI" = xt ; then          ntx=1 ; nty=1
1453          FILES=$MPI_FILES          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1454      else            ff=$dir"/input/eedata.mth"
1455          FILES=$NOMPI_FILES            ntx=`grep "^ *nTx *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
1456      fi            nty=`grep "^ *nTy *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
1457                  if test "x$ntx" = x ; then ntx=1 ; fi
1458      #  Check to see that we have the files            if test "x$nty" = x ; then nty=1 ; fi
1459      have_files=t          fi
1460      for i in $FILES ; do          #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1461          if test ! -r $CODE_DIR/$i ; then          mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $ntx $nty
1462              echo "Warning: can't read file $CODE_DIR/$i"          LOC_NPROC=$?
1463              have_files=f          (   cd $BUILD_DIR
1464                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1465                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1466                else RETVAL=1
1467                fi
1468                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1469                    rm -f tr_size.mpi
1470                else
1471                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1472                fi
1473            )
1474            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1475                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1476                rm -f $LOC_MFILE
1477                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1478                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1479                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1480                    rm -f $LOC_MFILE
1481                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1482                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1483                fi
1484                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1485                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1486                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1487                fi
1488            fi
1489            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1490                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1491                if test $retv != 0 ; then
1492                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1493                    continue
1494                fi
1495          fi          fi
     done  
     if test "x$have_files" != xt -a "x$MPI" = xt ; then  
         echo "Skipping $dir due to lack of input files (see above warning)"  
         continue  
1496      fi      fi
1497        
1498      #  If we have the $FILES and they differ, copy the $FILES to $BUILD_DIR      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1499      if test "x$have_files" = xt ; then      extra_runs=
1500          for i in $FILES ; do      if test "x$NORUN" = xf ; then
1501              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$i > /dev/null 2>&1          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1502              RETVAL=$?      fi
1503              if test "x$RETVAL" != x0 ; then      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1504                  cp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$i      for exd in $ex_run_dirs ; do
1505            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1506            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1507            outf="$dir/results/$refExOut"
1508            #if test -f $outf -a -r $outf ; then
1509            if test -r $outf -o -r ${outf}.gz ; then
1510              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1511                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1512                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
1513                    extra_runs="$extra_runs $name"
1514                  else
1515                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1516                    if test $retv = 0 ; then
1517                        extra_runs="$extra_runs $name"
1518                    else
1519                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1520                    fi
1521                  fi
1522                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1523              fi              fi
1524          done            else
1525                extra_runs="$extra_runs $name"
1526              fi
1527            fi
1528        done
1529    
1530        echo
1531        if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1532            echo "Experiment:  $dir"
1533        else
1534            echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1535      fi      fi
1536            echo
1537      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      unset genmake makedepend make run
1538      CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR      results=$EMPTY_RESULTS
1539      mkdir $CDIR  
1540      CDIR=`pwd`"/$CDIR"      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1541            locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1542      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      mkdir $locDIR
1543          makeclean $dir/$builddir      #- report to this experiment local summary file ---
1544        echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1545        echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1546        echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1547        CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1548    
1549        if test "x$NORUN" = xt ; then
1550                run=N
1551            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1552                && makeclean $dir/$builddir \
1553                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1554                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1555                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1556      else      else
1557          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1558              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1559                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1560              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1561              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1562              && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \              && run_clean $dir/$rundir \
1563              && runmodel $dir/$builddir && run=Y \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1564              && results=`testoutput $dir $rundir`              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1565                && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1566        fi
1567        #echo "results='$results'"
1568    
1569            fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1570            echo 1>&2
1571            echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1572            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1573    
1574            for ex in $extra_runs ; do
1575                unset run
1576                results=$EMPTY_RESULTS
1577                #  reference output file
1578                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1579                #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1580                locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1581                mkdir $locDIR
1582                #- report to this experiment local summary file ---
1583                echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1584                #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1585                #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1586                CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1587                test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1588                run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1589                linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1590                runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1591                && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1592                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1593                fres="$fres.$ex"
1594                echo 1>&2
1595                echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1596                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1597                if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1598                    run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1599                fi
1600            done
1601    
1602        if test ! -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then
1603            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1604                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1605                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1606                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1607                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1608                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1609                    eval $mkOpt
1610                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1611                            $SUMMARY > tmp.tr_log
1612                    RETVAL=$?
1613                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1614                            cp tmp.tr_log $SUMMARY
1615                    else rm -f tmp.tr_log
1616                    fi
1617                fi
1618                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1619                if test -r $gmkLog ; then
1620                    grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1621                    RETVAL=$?
1622                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1623                      echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1624                      echo "extract compiler version:"   >> $DRESULTS/genmake_state
1625                      sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' \
1626                         $gmkLog | grep -v '^... compiler version ' > tmp.tr_log
1627                      sed -n '1p' tmp.tr_log >> $DRESULTS/genmake_state
1628                      sed -n '2,/^$/p' tmp.tr_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1629                                             >> $DRESULTS/genmake_state
1630                      rm -f tmp.tr_log
1631                    fi
1632                    echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1633                    echo "get NETCDF & LAPACK settings:" >> $DRESULTS/genmake_state
1634                    sed -n '/set HAVE_NETCDF=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1635                    sed -n '/set HAVE_LAPACK=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1636                fi
1637            fi
1638      fi      fi
1639            #postclean $dir/$builddir
1640      echo      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1641      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          makeclean $dir/$builddir \
1642          ${run:-N} $results              && run_clean $dir/$rundir
1643      echo      fi
1644      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \      if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1645          ${run:-N} $results >> $SUMMARY  
1646      echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1647      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \  
1648          ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"  done
1649      echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1650      echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1651      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1652      echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1653      echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  date >> $SUMMARY
1654        
1655      (  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1656          cd $DRESULTS  #  to send email using mpack.
1657          tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1658          gzip $NDIR".tar"      echo "No results email was sent."
1659      )  else
1660            if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1661      if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1662          echo "No mail sent"              && gzip $DRESULTS".tar" \
1663      else              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
         $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES  
1664          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1665          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1666              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
1667                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1668                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1669                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1670                echo
1671          else          else
1672              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              echo
1673                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1674                echo "  \"$ADDRESSES\""
1675                echo
1676                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1677                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1678          fi          fi
1679      fi      fi
1680    fi
1681    
1682      echo "-------------------------------------------------------------------------------"  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1683            rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1684      NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  fi
       
 done  
   
 rm tmp_cmpnum.f a.out  
1685    
1686  cat $SUMMARY  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1687        cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1688        if test -e tr_out.txt ; then
1689            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1690        fi
1691        cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1692    fi
1693    
1694    if test "x$DELDIR" = xt ; then
1695        rm -rf $DRESULTS
1696    fi

Legend:
Removed from v.1.9.2.8  
changed lines
  Added in v.1.177

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.22