/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.9.2.8 by edhill, Sat Oct 4 02:10:52 2003 UTC revision 1.160 by jmc, Tue Mar 29 11:51:20 2011 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 10  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of test dirs to use"      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
19      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
20      echo "  (-b|-bash)STRING         location of \"bash\" executable"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
21      echo "                             (DEF=\"\" for \"/bin/bash\")"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
22      echo "  (-command)STRING         command to run"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
23      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
24      echo "  (-m|-make)STRING         command to use for \"make\""      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
25        echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
26        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
27        echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
28        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
29        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
30        echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
31        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
32        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
33        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
34        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
35        echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
36        echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
37        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
38        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
39        echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
40        echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
41        echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
42      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
43      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
44        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
45    #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
46    #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
47        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
48        echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
49        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
50        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
51        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
52        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
53      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
54      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
55      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
56      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
57        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
58        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
59        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
60        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
61        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
62        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
63      echo      echo
64      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
65      echo "such as:"      echo "such as:"
66        echo
67      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
68      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
69      echo      echo
70        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
71        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
72        echo
73      exit 1      exit 1
74  }  }
75    
76  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
77  build_mpack()  build_mpack()
78  {  {
79      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
80      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
81        if test ! -x $MPACK ; then
82          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
83                echo
84              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
85              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
86              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
87              exit 1              echo
88                HAVE_MPACK=f
89            fi
90            if test "x$CC" = x ; then
91                export CC=cc
92          fi          fi
93          echo -n "building mpack...  "          printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
94          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
95          RETVAL=$?          RETVAL=$?
96          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
97              echo              echo
98              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
99              exit 1              echo
100                HAVE_MPACK=f
101            else
102                rm -f tr_build_mpack.out
103                HAVE_MPACK=t
104                echo "done"
105          fi          fi
106        else
107            HAVE_MPACK=t
108            echo "already exist"
109      fi      fi
     echo "OK"  
 }  
   
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
110  }  }
111    
112  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
113  {  {
114      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
115      #      #
116      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
117      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
118        #  using search strings s1 and text label
119    
120      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
121          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
122      fi      fi
123      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
124          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
125          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
126          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
127              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
128                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
129              fi              fi
130              return 99              return 99
131          fi          fi
132      else      else
133          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
134          return 99          return 99
135      fi      fi
136      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
137          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
138      fi      fi
139      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
140      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
141      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
142          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
143              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
144          fi          fi
145          return 99          return 99
146      fi      fi
147        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
148            if [ $verbose -gt 0 ]; then
149                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
150            fi
151            return 99
152        fi
153        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
154        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
155            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
156            return 99
157        fi
158        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
159        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
160            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
161            return 99
162        fi
163      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
164          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
165      fi      fi
166      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
167      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
168          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
169      fi      fi
170      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
171      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
172        fi
173        echo "-1" >> tmp3.txt
174        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
175        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
176        digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
177      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
178          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
179              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
180          fi          fi
181          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
182      else      else
183          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
184              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
185          fi          fi
186      fi      fi
187      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
       
     return $digits_of_similarity  
 }  
188    
189  dashnum()      return $digits_of_similarity
 {  
     # dashnum n1 n2 n3 ...  
     #  
     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99  
   
     for num in $@ ; do  
         if [ $num = 99 ]; then  
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
     done  
190  }  }
191    
192  testoutput()  testoutput_run()
193  {  {
194      # testoutput diretory subdir      # testoutput_run directory subdir reference_output
195      #      #
196      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
197    # --> same processing for adjoint & forward test
198      if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
199          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
200      fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
201      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
202      if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
203          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
204      fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
205                # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
206      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
207      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
208      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
209      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?          # check for ptracer output in reference_output file :
210      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?          outpref=$1/results/$3
211      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
212      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
213      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
214      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?              ptrfound=0
215      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?              for jj in $ptr_mon ; do
216      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
217      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
218      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
219      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?              done
220      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?              if test $ptrfound = '1' ; then
221      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
222                    else
223      dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
224          $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
225                  # remove this ptr from the list of output variable to check
226                  # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
227                    listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
228                  fi
229                fi
230            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
231            done
232            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
233            if test $tst != 1 ; then
234              if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
235                     else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
236              echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
237            #- put it back once:
238              listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
239            fi
240            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
241            echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
242            #---
243            allargs=""
244            for xx in $listVar
245            do
246              case $xx in
247               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
248                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
249                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
250                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
251              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
252              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
253               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
254               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
255               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
256               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
257               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
258               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
259               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
260               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
261               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
262               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
263               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
264               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
265               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
266               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
267               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
268               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
269            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
270               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
271            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
272               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
273            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
274               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
275            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
276               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
277             'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
278             'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
279             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
280             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
281             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
282             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
283             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
284             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
285             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
286             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
287             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
288             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
289            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
290            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
291            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
292            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
293            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
294            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
295                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
296              esac
297              if test $xx = $sVar
298              then allargs="$allargs > $yy <"
299              else allargs="$allargs $yy"
300              fi
301            done
302    
303            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
304            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
305            #-- fill line (up to standard length) with dot:
306              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
307              echo $allargs $adNul
308            else
309              echo $allargs
310            fi
311    # <-- same processing for adjoint & forward test
312  }  }
313    
314  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 182  genmakemodel() Line 317  genmakemodel()
317      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
318          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
319      else      else
320          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
321                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
322            else
323                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
324            fi
325          (          (
326              cd $1;              cd $1;
327              printf 'genmake ... ' 1>&2              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
328              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE --mods=../code"              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
329                    command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
330                fi
331                if test "x$ADM" = xt ; then
332                    command="$command --mods=../code_ad"
333                elif test "x$OADM" = xt ; then
334                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
335                else
336                    command="$command -mods=../code"
337                fi
338              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
339                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
340                  # echo "  command=\"$command\""              fi
341                if test "x$IEEE" != x ; then
342                    command="$command -ieee"
343              fi              fi
344              $command > make.log 2>&1              if test "x$GSL" = xt ; then
345                    command="$command -gsl"
346                fi
347                if test "x$MPI" != x0 ; then
348                    command="$command -mpi"
349                fi
350                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
351                #- run multi-threaded using OpenMP:
352                    command="$command -omp"
353                fi
354                if test "x$USE_R4" = xt ; then
355                    command="$command -use_r4"
356                fi
357                if test "x$TS" = xt ; then
358                    command="$command -ts"
359                fi
360                if test "x$PAPIS" = xt ; then
361                    command="$command -papis"
362                else
363                if test "x$PCLS" = xt ; then
364                    command="$command -pcls"
365                fi
366                fi
367                printf 'genmake ... '
368                eval $command > genmake.tr_log 2>&1
369              RETVAL=$?              RETVAL=$?
370              for i in genmake_state genmake_optfile genmake_local Makefile ; do              #  Reduce the size of the testing emails!
371                  if test -r $i ; then              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
                     cp $i $CDIR  
                 fi  
             done  
372              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
373                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
374                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
375                  cp make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
376                  return 1                  return 1
377              else              else
378                  echo "succesful" 1>&2                  echo "successful"
379              fi              fi
380          )          )
381      fi      fi
# Line 213  genmakemodel() Line 384  genmakemodel()
384  makeclean()  makeclean()
385  {  {
386      # makeclean directory      # makeclean directory
387        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
388      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
389          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
390      else      else
391          (          (
392              cd $1;              cd $1;
393              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
394              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
395                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
396                    $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
397                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
398                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
399                      tail make.log                      tail make.tr_log
400                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
401                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
402                      return 1                      return 1
403                  fi                  fi
404                    echo successful
405                else
406                    echo ''
407              fi              fi
408              echo succesful 1>&2              exit 0
409            )
410        fi
411    }
412    
413    run_clean()
414    {
415        # run_clean directory
416        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
417            echo "run_clean skipped!"
418        else
419            (
420                cd $1;
421                printf 'clean run-dir ... '
422                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
423                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
424                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
425                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
426                find . -type l -exec rm {} \;
427                #- should remove executable only if sym-link (and above does it)
428                #rm -f $EXECUTABLE
429                rm -f $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
430                rm -rf mnc_test_*
431                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
432                echo successful
433              exit 0              exit 0
434          )          )
435      fi      fi
# Line 246  makedependmodel() Line 443  makedependmodel()
443      else      else
444          (          (
445              cd $1;              cd $1;
446              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
447              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
448              RETVAL=$?              RETVAL=$?
449              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
450                  tail make.log                  tail make.tr_log
451                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
452                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
453                  return 1                  return 1
454              else              else
455                  echo succesful 1>&2                  echo successful
456              fi              fi
457          )          )
458      fi      fi
# Line 265  makemodel() Line 462  makemodel()
462  {  {
463      # makemodel directory      # makemodel directory
464      (      (
465        mk_fail=0
466        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
467            cd $1;
468            if test -x $EXECUTABLE ; then
469                echo "make skipped!"
470            else
471                echo "no executable!"
472                mk_fail=3
473            fi
474        else
475          cd $1;          cd $1;
476          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
477              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
478              $MAKE >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = xt ; then
479                    $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1
480                elif test "x$OADM" = xt ; then
481                    $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1
482                else
483                    if test "x$JOBS" = x ; then
484                        $MAKE >> make.tr_log 2>&1
485                    else
486                        $MAKE -j $JOBS >> make.tr_log 2>&1
487                    fi
488                fi
489              RETVAL=$?              RETVAL=$?
490              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
491                  tail make.log                  tail make.tr_log
492                  echo failed 1>&2                  echo failed
493                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
494                  return 1                  rm -f $EXECUTABLE
495                    mk_fail=1
496              else              else
497                  echo succesful 1>&2                  echo successful
498              fi              fi
499            else
500                echo "no Makefile !"
501                mk_fail=2
502          fi          fi
503        fi
504        if test "x$ADM" = xt -a -f taf_ad.log ; then
505                head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
506                nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
507                nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
508                echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
509                                    >> $CDIR"/summary.txt"
510        fi
511        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
512      )      )
513  }  }
514    
515    mk_mpi_size()
516    {
517        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb
518        #
519        # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
520        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
521        # return the effective number of processors.
522    
523        inp=$1
524        out=$2
525        np=$3
526        tmp=TTT.$$
527    
528        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
529        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
530        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
531        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
532    
533        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
534        pp=0
535        i=1
536        while [ $i -le $px ] ; do
537          if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then
538            j=1
539            while [ $j -le $py ] ; do
540              if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
541                ij=`expr $i \* $j`
542                if [ $ij -gt $pp ] ; then
543                  if [ $ij -le $np ] ; then
544                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
545                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
546                  fi
547                fi
548              fi
549              j=`expr $j + 1`
550            done
551          fi
552          i=`expr $i + 1`
553        done
554    
555        #- create new SIZE.h type file:
556        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
557        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
558        if [ $verbose -gt 1 ]; then
559            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
560        fi
561        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
562        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
563        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
564        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
565        rm -f $tmp
566        return $pp
567    }
568    
569    symlink_mpifiles()
570    {
571        # Put special links so that MPI specific files are used
572        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
573        # the Makefile will link to non-mpi files by default
574    
575        dir=$1
576        code_dir=$2
577        build_dir=$dir/$3
578    
579        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
580        MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
581    
582        for ii in $MPI_FILES ; do
583            i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
584            name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
585            file="../$code_dir/$i"
586            if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
587    
588            #  Is this an MPI run?
589            if test "x$MPI" = x0 ; then
590                # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
591                if test -L $build_dir/$name ; then
592                    ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
593                    RETVAL=$?
594                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
595                        if [ $verbose -gt 1 ]; then
596                            echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
597                        rm -f $build_dir/$name
598                    fi
599                fi
600            else
601                # YES: We symbolically link these files to the build
602                # dir so long as there is no real file in place
603                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
604                RETVAL=$?
605                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
606                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
607                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
608                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
609                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
610                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
611                    fi
612                fi
613            fi
614        done
615    }
616    
617  linkdata()  linkdata()
618  {  {
619      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
620      #      #
621      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
622      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test -d $1 ; then
623          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
624                cd $1 ; shift
625                echo 'linkdata from dirs:' $*
626                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
627                for xx in $inpMPI ; do
628                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
629                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
630                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
631                    if test "x$MPI" = "x0" ; then
632                        # not mpi test: remove symbolic link
633                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
634                    else
635                        # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
636                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
637                        if test ! -r $yy ; then
638                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
639                            printf " $xx" 1>&2
640                        fi
641                    fi
642                  fi
643                done
644                if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
645                # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
646                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
647                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
648                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
649                        if test ! -r eedata ; then
650                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
651                            printf ' eedata.mth' 1>&2
652                        fi
653                    else
654                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
655                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
656                    fi
657                fi
658                prevDir='NONE'
659                for ldir in $* ; do
660                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
661                        printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
662                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
663                        for i in $files ; do
664                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
665                                if test ! -r $i  ; then
666                                    printf ' '$i 1>&2
667                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
668                                fi
669                            fi
670                        done
671                        printf ' ;' 1>&2
672                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
673                            "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
674                        else
675                            echo '' 1>&2
676                        fi
677                    fi
678                    prevDir=$ldir
679                done
680            )
681      fi      fi
682  }  }
683    
# Line 296  runmodel() Line 685  runmodel()
685  {  {
686      # runmodel directory      # runmodel directory
687      #      #
688      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
689      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
690      (      (
691          cd $1          cd $1
692          printf 'runmodel: ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
693          # make output.txt          if test "x$MPI" != x0 ; then
694          $COMMAND              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
695          RETVAL=$?              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
696          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
697              cp output.txt $CDIR"/output.txt"              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
698                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
699                fi
700                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
701            fi
702            if test -L $EXECUTABLE ; then
703              if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
704                cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
705                outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
706              else rm -f $EXECUTABLE
707              fi
708            fi
709            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
710                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
711                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
712            fi
713            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
714                rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
715                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
716                echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
717                RETVAL=8
718                ENDVAL=-1
719            else
720              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
721                # output do not exist or is older than executable:
722                rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
723                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
724                ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
725                RETVAL=$?
726                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
727                if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
728                    find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
729                    find . -name "*.data" -exec rm {} \;
730                    rm -rf mnc_test_*
731                fi
732              else
733                RETVAL=0
734                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
735                touch $RUNLOG
736                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
737                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
738              fi
739            fi
740            rm -f run.log_tmp
741            #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE (and AD time)
742            if test -f $OUTPUTFILE ; then
743              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
744                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"
745              if test "x$ADM" = xt ; then
746                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"
747              fi
748            fi
749            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
750            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
751                echo successful
752                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
753                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
754                return 0
755            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
756                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
757                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
758                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
759                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
760              return 0              return 0
761          else          else
762                echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
763                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
764                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
765                cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
766              return 1              return 1
767          fi          fi
768      )      )
# Line 317  createcodelet() Line 772  createcodelet()
772  {  {
773      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
774    
775      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
776      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
777        program cmpnum  #include <stdio.h>
778        implicit none  #include <math.h>
779        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
780        integer linnum,best    int linnum,cmplin,best,lncnt;
781        best=-16    double a,b,abave,relerr;
782    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
783        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
784  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
785        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
786          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
787          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
788  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
789            linnum=int(log10(diff))      if ( abave == abave ) {
790            best=max(best,linnum)        if (abave > 0.0) {
791          endif          relerr=fabs(a-b)/abave;
792        else          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
793          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22          else { cmplin = -16 ; }
794        endif          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
795        goto 99        else { cmplin = -22 ; }
796    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
797    70  print *,-best        }
798        end     else {
799  EOFA     /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
800          break; }
801      }
802      if (lncnt == 999) best=-29;
803      if (linnum != -1) best=-99;
804      printf("%d\n", -best);
805      return 0;
806    }
807    EOF
808        $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
809    
810      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
811          echo "OK"          echo "OK"
812          return 0          return 0
813      else      else
814          echo          echo
815          echo "createcodelet: failed to compile codelet"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
816            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
817          exit 1          exit 1
818      fi      fi
819  }  }
# Line 361  formatresults() Line 825  formatresults()
825      nm=$1      nm=$1
826      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
827      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
828      printf '%3s' $@      listPrt=$@
829            listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
830      if [ $1 = '--' ]; then      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
831        printf '%3s' $listPrt
832    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
833    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
834    
835        if [ $xx = '..' ]; then
836            printf ' N/O '
837        elif [ $xx = '--' ]; then
838            printf ' N/O '
839        elif [ $xx = 99 ]; then
840          printf ' N/O '          printf ' N/O '
841      else      else
842          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
843              printf ' pass'              printf ' pass'
844          else          else
845              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 374  formatresults() Line 847  formatresults()
847      fi      fi
848      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
849      printf '\n'      printf '\n'
       
 }  
   
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
850    
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -noieee    By default, $0 uses the -ieee option for genmake. This turns it off.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
851  }  }
852    
853  scandirs()  scandirs()
854  {  {
855      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
856          for arg in * ; do          for arg in * ; do
857              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
858          done          done
859      else      else
860          echo $*          echo $*
861      fi      fi
862  }  }
863    
864    
865  ###############################################################################  check_eedata()
866  ###############################################################################  {
867        # check_eedata size.h eedata
868        if [ $# -eq 2 ] ; then
869          if test -f $1 -a -f $2 ; then
870          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
871          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
872          if test "x$nx" = x ; then
873            rx=10
874          else
875            rx=`expr $sx % $nx`
876          fi
877          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
878          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
879          if test "x$ny" = x ; then
880            ry=20
881          else
882            ry=`expr $sy % $ny`
883          fi
884          echo `expr $rx + $ry`
885        else
886          echo '-1'
887          fi
888        else
889          echo '-2'
890        fi
891    
892    }
893    
894  ###############################################################################  ###############################################################################
895    
896    
897  #  Default properties  #  Default properties
898  debug=0  debug=0
899  verbose=1  verbose=1
900  clean=0  
901  expts=''  IEEE=true
902  # ieee=1  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
903        IEEE=$MITGCM_IEEE
904    fi
905    GSL=f
906    
907  CLEANUP=f  CLEANUP=f
908    NORUN=f
909  QUICK=f  QUICK=f
910    NOMAKE=f
911  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
912  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
913  NODEPEND=f  NODEPEND=f
914    POSTCLEAN=0
915    
916  BASH=  BASH=
917  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
918  ADDRESSES=  ADDRESSES=
919  TESTDIRS=  TESTDIRS=
920    SKIPDIRS=
921  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
922  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  HAVE_MPACK=
923  COMMAND="make output.txt"  MPACK=
924  MAKE=make  COMMAND=
925  MPI=f  MKDEPEND=
926    if test "x$MAKE" = x ; then
927        MAKE=make
928    fi
929    if test "x$CC" = x ; then
930        CC=cc
931    fi
932    JOBS=
933    MPI=0
934    MPI_MFILE=
935    MULTI_THREAD=f
936    OUTDIR=
937    DELDIR=
938    USE_R4=
939    
940    ADM=
941    OADM=
942    
943    # list of pTracers to check for monitor output
944    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
945    
946  echo -n "parsing options...  "  MATCH_CRIT=10
947    
948    printf "parsing options...  "
949    
950  ac_prev=  ac_prev=
951  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 450  for ac_option ; do Line 958  for ac_option ; do
958      fi      fi
959    
960      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
961        
962      case $ac_option in      case $ac_option in
963                    
964          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
965              usage ;;  
966                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
967          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
968              ac_prev=OPTFILE ;;  
969          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
970              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
971                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
972          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
973              ac_prev=ADDRESSES ;;  
974          -addr=* | --addr=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
975              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
976            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
977          -tdir | --tdir | -t | --t)          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
978              ac_prev=TESTDIRS ;;  
979          -tdir=* | --tdir=*)          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
980              TESTDIRS=$ac_optarg ;;          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
981    
982          -bash | --bash | -b | --b)          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
983              ac_prev=BASH ;;          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
984          -bash=* | --bash=*)  
985              BASH=$ac_optarg ;;          -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
986            -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
987          -command | --command | -c | --c)  
988              ac_prev=COMMAND ;;          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
989          -command=* | --command=*)          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
990              COMMAND=$ac_optarg ;;  
991            -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
992          -make | --make | -m | --m)          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
993              ac_prev=MAKE ;;  
994          -make=* | --make=*)          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
995              MAKE=$ac_optarg ;;          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
996    
997          -clean | --clean)          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
998              CLEANUP=t ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
999    
1000          -quick | --quick | -q | --q)          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1001              QUICK=t ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1002          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
1003              NOGENMAKE=t ;;          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
1004          -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
1005              NOCLEAN=t ;;          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1006          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1007              NODEPEND=t ;;          -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1008            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1009            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1010            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1011    
1012            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1013            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1014    
1015            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1016            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1017            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1018    
1019            -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1020            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1021    
1022            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1023    
1024            -adm | -ad) ADM=t ;;
1025            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1026    
1027            -ieee) IEEE=true ;;
1028            -noieee) IEEE= ;;
1029            -gsl) GSL=t ;;
1030    
         -mpi) MPI=t ;;  
1031          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1032          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
1033          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
1034    
1035          -*)          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1036              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option  
1037              usage          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1038              ;;  
1039                    -ts) TS=t;;
1040          *)          -papis) PAPIS=t;;
1041              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option          -pcls) PCL=t;;
1042              usage  
1043              ;;          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1044                        usage ;;
1045            *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1046                usage ;;
1047    
1048       esac       esac
1049        
1050  done  done
1051    
1052  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 523  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1055  if test "x$QUICK" = xt ; then
1055      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1056  fi  fi
1057    
1058    #- check length of MPI machine file:
1059    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1060        if test -r $MPI_MFILE ; then
1061            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1062            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1063              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1064              usage
1065            fi
1066            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1067                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1068            fi
1069        else
1070              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1071              usage
1072        fi
1073    fi
1074    
1075    #- setting for forward or ADM testing
1076    if test "x$ADM" = xt ; then
1077        code_dir=code_ad
1078        inputdir=input_ad
1079        ref_outp="output_adm.txt"
1080        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1081    elif test "x$OADM" = xt ; then
1082        code_dir=code_oad
1083        inputdir=input_oad
1084        ref_outp="output_oadm.txt"
1085        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1086    else
1087        code_dir=code
1088        inputdir=input
1089        ref_outp="output.txt"
1090        EXECUTABLE="mitgcmuv"
1091    fi
1092    
1093    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1094  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1095      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1096    elif test $xx = 'start_from' ; then
1097        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1098        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1099    else
1100        #- expand group of experiments:
1101        LIST=" "
1102        for xx in $TESTDIRS
1103        do
1104          case $xx in
1105            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
1106                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
1107                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
1108                    ;;
1109            'tutorials')
1110                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1111            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1112          esac
1113        done
1114  fi  fi
1115    #echo 'LIST='${LIST}'<'
1116    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1117    TESTDIRS=" "
1118    count=0
1119    for xx in $LIST
1120    do
1121        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1122        if test $yy = 0 ; then
1123            if test -d $xx ; then
1124                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1125                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1126            else count=1 ;
1127                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1128            fi
1129        else
1130            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1131            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1132            fi
1133        fi
1134    done
1135    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1136    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1137    
1138  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1139      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1140  fi  fi
1141    
1142  echo "OK"  LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1143    RUNLOG="run.tr_log"
1144    OUTPUTFILE=$ref_outp
1145    if test "x$COMMAND" = x ; then
1146        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1147    fi
1148    if test "x$MPI" != x0 ; then
1149        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1150    fi
1151    
1152    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1153    
1154    # set the Default List of output variables to be checked:
1155    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1156    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1157    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1158    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1159        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1160        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1161        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1162        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1163        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1164    else
1165        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1166        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1167        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1168    fi
1169    
1170  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1171  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1172        echo "skipping comparison code build"
1173    else
1174        createcodelet
1175    fi
1176    
1177  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1178  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1179        echo "skipping mpack build"
1180    else
1181        build_mpack
1182    fi
1183    
1184  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1185    CMDLINE=$0
1186    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1187        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1188                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1189    done
1190    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1191  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1192  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1193  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1194  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1195    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1196        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1197    else
1198        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1199        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1200    fi
1201  DNUM=0  DNUM=0
1202  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1203  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 553  done Line 1207  done
1207  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
1208  RETVAL=$?  RETVAL=$?
1209  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1210      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
1211      exit 1      exit 1
1212  fi  fi
1213  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
1214  date > $SUMMARY  start_date=`date`
1215  cat << EOF >> $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1216                  T           S           U           V  echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1217  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
 E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  
 N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  
 2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  
   
 EOF  
   
 NDIR=0  
1218    
1219    of_path=
1220  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1221      if test -r $OPTFILE ; then      if test -r $OPTFILE ; then
1222          OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"          # get the path
1223            path=${OPTFILE%/*}
1224            if test "x$path" = x ; then
1225                of_path=`pwd`
1226            else
1227                of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
1228            fi
1229            file=${OPTFILE##*/}
1230            OPTFILE=$of_path/$file
1231            cp $OPTFILE $DRESULTS
1232            echo >> $SUMMARY
1233            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1234        else
1235            echo | tee $SUMMARY
1236            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
1237            exit 1
1238      fi      fi
1239    else
1240        echo >> $SUMMARY
1241        echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1242        #-note: to be filled later after 1rst run
1243  fi  fi
1244  echo  echo
 echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
1245  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1246    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1247        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1248        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1249        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1250           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1251        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1252        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1253        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1254        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1255        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1256            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1257            line_1="$line_1        m  s"
1258            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1259            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1260            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1261        done
1262        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1263        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1264        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1265        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1266        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1267        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1268    else
1269        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1270        echo >> $SUMMARY
1271        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1272        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1273        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1274        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1275        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1276    G D M    C  G
1277    E p a R  o  r
1278    N n k u  s  a
1279    2 d e n  t  d
1280    
1281    EOF
1282    fi
1283    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1284    
1285  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1286  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1287        
1288        # set builddir & rundir:
1289        builddir="build"
1290        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1291        rundir="run"
1292        pfxdir="tr_$rundir"
1293        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1294            rundir=$builddir
1295        fi
1296        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1297        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1298    
1299      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1300      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1301          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1302              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          makeclean $BUILD_DIR
1303            (   cd $BUILD_DIR
1304                rm -f $EXECUTABLE *.bak
1305                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1306                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1307            )
1308            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1309                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1310                run_clean $dir/$rundir
1311          fi          fi
1312          if test -r $dir/input/Makefile ; then          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1313              ( cd $dir/input ; make CLEAN )          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1314            if test $ttd != 0 ; then
1315                echo '  --- rm dir:' $trdir
1316                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1317          fi          fi
1318          continue          continue
1319      fi      fi
1320    
1321      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1322      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1323      if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1324          echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir"      if test ! -r $fout ; then
1325            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1326          continue          continue
1327      fi      fi
1328    
1329      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      # Check for specific files for particular type of run
     echo  
     echo "Experiment:  $dir"  
     echo  
     unset genmake makedepend make run  
     results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
   
     if [ -r $dir/build ]; then  
         seperatebuilddir=1  
         builddir=build  
         rundir=build  
         ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )  
     else  
         seperatebuilddir=0  
         builddir=input  
         rundir=input  
     fi  
       
     CODE_DIR=$dir/code  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
     MPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_mpi SIZE.h_mpi"  
     NOMPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_nompi SIZE.h_nompi"  
1330    
1331      #  Is this an MPI run?      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1332      if test "x$MPI" = xt ; then          if test -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" ; then
1333          FILES=$MPI_FILES              #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1334      else              mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI
1335          FILES=$NOMPI_FILES              LOC_NPROC=$?
1336      fi              (   cd $BUILD_DIR
1337                        if test -r SIZE.h.mpi ; then
1338      #  Check to see that we have the files                      cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1339      have_files=t                  else RETVAL=1
1340      for i in $FILES ; do                  fi
1341          if test ! -r $CODE_DIR/$i ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1342              echo "Warning: can't read file $CODE_DIR/$i"                      rm -f tr_size.mpi
1343              have_files=f                  else
1344                        rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1345                    fi
1346                )
1347            else
1348                echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1349                continue
1350          fi          fi
1351      done          if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1352      if test "x$have_files" != xt -a "x$MPI" = xt ; then              #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1353          echo "Skipping $dir due to lack of input files (see above warning)"              rm -f $LOC_MFILE
1354                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1355                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1356                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1357                    rm -f $LOC_MFILE
1358                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1359                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1360                fi
1361                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1362                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1363                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1364                fi
1365            fi
1366        fi
1367        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1368            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1369          continue          continue
1370      fi      fi
1371            if test "x$MPI" != "x0" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1372      #  If we have the $FILES and they differ, copy the $FILES to $BUILD_DIR          retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1373      if test "x$have_files" = xt ; then          if test $retv != 0 ; then
1374          for i in $FILES ; do              echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1375              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$i > /dev/null 2>&1              continue
1376              RETVAL=$?          fi
1377              if test "x$RETVAL" != x0 ; then      fi
1378                  cp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$i  
1379        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1380        extra_runs=
1381        if test "x$NORUN" = xf ; then
1382            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1383        fi
1384        #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1385        for exd in $ex_run_dirs ; do
1386            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1387            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1388            outf="$dir/results/$refExOut"
1389            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1390              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1391                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1392                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
1393                    extra_runs="$extra_runs $name"
1394                  else
1395                    retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1396                    if test $retv = 0 ; then
1397                        extra_runs="$extra_runs $name"
1398                    else
1399                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1400                    fi
1401                  fi
1402                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1403              fi              fi
1404          done            else
1405                extra_runs="$extra_runs $name"
1406              fi
1407            fi
1408        done
1409    
1410        echo
1411        if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1412           echo "Experiment:  $dir"
1413        else
1414           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1415      fi      fi
1416            echo
1417      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      unset genmake makedepend make run
1418      CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR      results=$EMPTY_RESULTS
1419      mkdir $CDIR  
1420      CDIR=`pwd`"/$CDIR"      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1421            locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1422      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      mkdir $locDIR
1423          makeclean $dir/$builddir      #- report to this experiment local summary file ---
1424        echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1425        echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1426        echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1427        CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1428    
1429        if test "x$NORUN" = xt ; then
1430                run=N
1431            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1432                && makeclean $dir/$builddir \
1433                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1434                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1435                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1436      else      else
1437          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1438              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1439                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1440              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1441              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1442              && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \              && run_clean $dir/$rundir \
1443              && runmodel $dir/$builddir && run=Y \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1444              && results=`testoutput $dir $rundir`              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1445                && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1446        fi
1447        #echo "results='$results'"
1448    
1449            fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1450            echo 1>&2
1451            echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1452            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1453    
1454            for ex in $extra_runs ; do
1455                unset run
1456                results=$EMPTY_RESULTS
1457                #  reference output file
1458                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1459                #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1460                locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1461                mkdir $locDIR
1462                #- report to this experiment local summary file ---
1463                echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1464                #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1465                #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1466                CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1467                test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1468                run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1469                linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1470                runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1471                && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1472                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1473                fres="$fres.$ex"
1474                echo 1>&2
1475                echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1476                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1477                if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1478                    run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1479                fi
1480            done
1481    
1482        if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1483            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1484                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1485                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1486                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1487                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1488                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1489                    eval $mkOpt
1490                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1491                            $SUMMARY > tr_0.tmp_log
1492                    RETVAL=$?
1493                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1494                            cp tr_0.tmp_log $SUMMARY
1495                    else rm -f tr_0.tmp_log
1496                    fi
1497                fi
1498                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1499                grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1500                RETVAL=$?
1501                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1502                    echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state
1503                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \
1504                           | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log
1505                    sed -n '1,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1506                            >> $DRESULTS/genmake_state
1507                    rm -f tr_1.tmp_log
1508                fi
1509            fi
1510      fi      fi
1511            #postclean $dir/$builddir
1512      echo      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1513      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          makeclean $dir/$builddir \
1514          ${run:-N} $results              && run_clean $dir/$rundir
1515      echo      fi
1516      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \      if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1517          ${run:-N} $results >> $SUMMARY  
1518      echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1519      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \  
1520          ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"  done
1521      echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1522      echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1523      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1524      echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1525      echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  date >> $SUMMARY
1526        
1527      (  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1528          cd $DRESULTS  #  to send email using mpack.
1529          tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1530          gzip $NDIR".tar"      echo "No results email was sent."
1531      )  else
1532            if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1533      if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1534          echo "No mail sent"              && gzip $DRESULTS".tar" \
1535      else              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
         $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES  
1536          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1537          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1538              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
1539                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1540                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1541                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1542                echo
1543          else          else
1544              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              echo
1545                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1546                echo "  \"$ADDRESSES\""
1547                echo
1548                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1549                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1550          fi          fi
1551      fi      fi
1552    fi
1553    
1554      echo "-------------------------------------------------------------------------------"  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1555            rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1556      NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  fi
       
 done  
1557    
1558  rm tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1559        cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1560        if test -e tr_out.txt ; then
1561            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1562        fi
1563        cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1564    fi
1565    
1566  cat $SUMMARY  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1567        rm -rf $DRESULTS
1568    fi
1569    
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