/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.9.2.8 by edhill, Sat Oct 4 02:10:52 2003 UTC revision 1.155 by jmc, Wed Jan 19 22:12:55 2011 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 10  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
18      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of test dirs to use"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
19      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
20      echo "  (-b|-bash)STRING         location of \"bash\" executable"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
21      echo "                             (DEF=\"\" for \"/bin/bash\")"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
22      echo "  (-command)STRING         command to run"      echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
23      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
24      echo "  (-m|-make)STRING         command to use for \"make\""      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
25        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
26        echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
27        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
28        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
29        echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
30        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
31        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
32        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
33        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
34        echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
35        echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
36        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
37        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
38        echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
39        echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
40        echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
41      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
42        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
43        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
44        echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
45        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
46        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
47        echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
48        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
49      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
50        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
51        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
52      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
53      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
54      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
55      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
56        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
57        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
58        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
59        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
60      echo      echo
61      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
62      echo "such as:"      echo "such as:"
63        echo
64      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
65      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
66      echo      echo
67        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
68        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
69        echo
70      exit 1      exit 1
71  }  }
72    
73  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
74  build_mpack()  build_mpack()
75  {  {
76      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
77      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
78        if test ! -x $MPACK ; then
79          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
80                echo
81              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
82              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
83              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
84              exit 1              echo
85                HAVE_MPACK=f
86            fi
87            if test "x$CC" = x ; then
88                export CC=cc
89          fi          fi
90          echo -n "building mpack...  "          printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
91          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
92          RETVAL=$?          RETVAL=$?
93          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
94              echo              echo
95              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
96              exit 1              echo
97                HAVE_MPACK=f
98            else
99                rm -f tr_build_mpack.out
100                HAVE_MPACK=t
101                echo "done"
102          fi          fi
103        else
104            HAVE_MPACK=t
105            echo "already exist"
106      fi      fi
     echo "OK"  
 }  
   
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
107  }  }
108    
109  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
110  {  {
111      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
112      #      #
113      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
114      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
115        #  using search strings s1 and text label
116    
117      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
118          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
119      fi      fi
120      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
121          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
122          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
123          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
124              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
125                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
126              fi              fi
127              return 99              return 99
128          fi          fi
129      else      else
130          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
131          return 99          return 99
132      fi      fi
133      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
134          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
135      fi      fi
136      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
137      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
138      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
139          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
140              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
141          fi          fi
142          return 99          return 99
143      fi      fi
144        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
145            if [ $verbose -gt 0 ]; then
146                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
147            fi
148            return 99
149        fi
150        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
151        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
152            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
153            return 99
154        fi
155        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
156        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
157            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
158            return 99
159        fi
160      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
161          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
162      fi      fi
163      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
164      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
165          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
166        fi
167        if [ $verbose -gt 1 ]; then
168            cat tmp3.txt 1>&2
169      fi      fi
170      compare_lines      echo "-1" >> tmp3.txt
171      digits_of_similarity=$?      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
172        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
173        digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
174      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
175          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
176              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
177          fi          fi
178          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
179      else      else
180          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
181              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
182          fi          fi
183      fi      fi
184      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
       
     return $digits_of_similarity  
 }  
   
 dashnum()  
 {  
     # dashnum n1 n2 n3 ...  
     #  
     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99  
185    
186      for num in $@ ; do      return $digits_of_similarity
         if [ $num = 99 ]; then  
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
     done  
187  }  }
188    
189  testoutput()  testoutput_run()
190  {  {
191      # testoutput diretory subdir      # testoutput_run directory subdir reference_output
192      #      #
193      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
194    # --> same processing for adjoint & forward test
195      if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
196          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
197      fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
198      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
199      if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
200          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
201      fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
202                # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
203      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
204      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
205      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
206      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?          # check for ptracer output in reference_output file :
207      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?          outpref=$1/results/$3
208      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
209      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
210      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
211      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?              ptrfound=0
212      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?              for jj in $ptr_mon ; do
213      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
214      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
215      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
216      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?              done
217      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?              if test $ptrfound = '1' ; then
218      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
219                    else
220      dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
221          $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
222                  # remove this ptr from the list of output variable to check
223                  # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
224                    listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
225                  fi
226                fi
227            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
228            done
229            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
230            if test $tst != 1 ; then
231              if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
232                     else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
233              echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
234            #- put it back once:
235              listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
236            fi
237            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
238            #- report to this experiment local summary file ---
239            echo "MACH='$MACH'" > $locDIR"/summary.txt"
240            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
241            echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
242            grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $1/$2/$OUTPUTFILE \
243             | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $locDIR"/summary.txt"
244            echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
245            #---
246            allargs=""
247            for xx in $listVar
248            do
249              case $xx in
250               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
251                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
252                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
253                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
254              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
255              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
256               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
257               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
258               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
259               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
260               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
261               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
262               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
263               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
264               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
265               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
266               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
267               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
268               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
269               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
270               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
271               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
272            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
273               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
274            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
275               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
276            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
277               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
278            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
279               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
280             'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
281             'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
282             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
283             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
284             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
285             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
286             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
287             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
288             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
289             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
290             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
291             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
292            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
293            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
294            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
295            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
296            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
297            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
298                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
299              esac
300              if test $xx = $sVar
301              then allargs="$allargs > $yy <"
302              else allargs="$allargs $yy"
303              fi
304            done
305    
306            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
307            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
308            #-- fill line (up to standard length) with dot:
309              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
310              echo $allargs $adNul
311            else
312              echo $allargs
313            fi
314    # <-- same processing for adjoint & forward test
315  }  }
316    
317  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 182  genmakemodel() Line 320  genmakemodel()
320      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
321          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
322      else      else
323          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
324                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
325            else
326                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
327            fi
328          (          (
329              cd $1;              cd $1;
330              printf 'genmake ... ' 1>&2              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
331              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE --mods=../code"              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
332                    command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
333                fi
334                if test "x$ADM" = xt ; then
335                    command="$command --mods=../code_ad"
336                elif test "x$OADM" = xt ; then
337                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
338                else
339                    command="$command -mods=../code"
340                fi
341              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
342                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
343                  # echo "  command=\"$command\""              fi
344                if test "x$IEEE" != x ; then
345                    command="$command -ieee"
346                fi
347                if test "x$GSL" = xt ; then
348                    command="$command -gsl"
349                fi
350                if test "x$MPI" != x0 ; then
351                    command="$command -mpi"
352                fi
353                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
354                #- run multi-threaded using OpenMP:
355                    command="$command -omp"
356                fi
357                if test "x$USE_R4" = xt ; then
358                    command="$command -use_r4"
359                fi
360                if test "x$TS" = xt ; then
361                    command="$command -ts"
362              fi              fi
363              $command > make.log 2>&1              if test "x$PAPIS" = xt ; then
364                    command="$command -papis"
365                else
366                if test "x$PCLS" = xt ; then
367                    command="$command -pcls"
368                fi
369                fi
370                printf 'genmake ... '
371                eval $command > genmake.tr_log 2>&1
372              RETVAL=$?              RETVAL=$?
373              for i in genmake_state genmake_optfile genmake_local Makefile ; do              #  Reduce the size of the testing emails!
374                  if test -r $i ; then              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
                     cp $i $CDIR  
                 fi  
             done  
375              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
376                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
377                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
378                  cp make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
379                  return 1                  return 1
380              else              else
381                  echo "succesful" 1>&2                  echo "successful"
382              fi              fi
383          )          )
384      fi      fi
# Line 213  genmakemodel() Line 387  genmakemodel()
387  makeclean()  makeclean()
388  {  {
389      # makeclean directory      # makeclean directory
390        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
391      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
392          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
393      else      else
394          (          (
395              cd $1;              cd $1;
396              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
397              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
398                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
399                    $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
400                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
401                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
402                      tail make.log                      tail make.tr_log
403                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
404                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
405                      return 1                      return 1
406                  fi                  fi
407                    echo successful
408                else
409                    echo ''
410              fi              fi
411              echo succesful 1>&2              exit 0
412            )
413        fi
414    }
415    
416    run_clean()
417    {
418        # run_clean directory
419        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
420            echo "run_clean skipped!"
421        else
422            (
423                cd $1;
424                printf 'clean run-dir ... '
425                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
426                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
427                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
428                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
429                find . -type l -exec rm {} \;
430                rm -f $EXECUTABLE $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
431                rm -rf mnc_test_*
432                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
433                echo successful
434              exit 0              exit 0
435          )          )
436      fi      fi
# Line 246  makedependmodel() Line 444  makedependmodel()
444      else      else
445          (          (
446              cd $1;              cd $1;
447              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
448              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
449              RETVAL=$?              RETVAL=$?
450              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
451                  tail make.log                  tail make.tr_log
452                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
453                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
454                  return 1                  return 1
455              else              else
456                  echo succesful 1>&2                  echo successful
457              fi              fi
458          )          )
459      fi      fi
# Line 265  makemodel() Line 463  makemodel()
463  {  {
464      # makemodel directory      # makemodel directory
465      (      (
466        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
467            cd $1;
468            if test -x $EXECUTABLE ; then
469                echo "make skipped!"
470            else
471                echo "no executable!"
472                return 2
473            fi
474        else
475          cd $1;          cd $1;
476          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
477              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
478              $MAKE >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = xt ; then
479                    $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1
480                elif test "x$OADM" = xt ; then
481                    $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1
482                else
483                    if test "x$JOBS" = x ; then
484                        $MAKE >> make.tr_log 2>&1
485                    else
486                        $MAKE -j $JOBS >> make.tr_log 2>&1
487                    fi
488                fi
489              RETVAL=$?              RETVAL=$?
490              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
491                  tail make.log                  tail make.tr_log
492                  echo failed 1>&2                  echo failed
493                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
494                    rm -f $EXECUTABLE
495                  return 1                  return 1
496              else              else
497                  echo succesful 1>&2                  echo successful
498              fi              fi
499          fi          fi
500        fi
501      )      )
502  }  }
503    
504    mk_mpi_size()
505    {
506        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb
507        #
508        # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
509        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
510        # return the effective number of processors.
511    
512        inp=$1
513        out=$2
514        np=$3
515        tmp=TTT.$$
516    
517        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
518        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
519        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
520        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
521    
522        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
523        pp=0
524        i=1
525        while [ $i -le $px ] ; do
526          if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then
527            j=1
528            while [ $j -le $py ] ; do
529              if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
530                ij=`expr $i \* $j`
531                if [ $ij -gt $pp ] ; then
532                  if [ $ij -le $np ] ; then
533                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
534                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
535                  fi
536                fi
537              fi
538              j=`expr $j + 1`
539            done
540          fi
541          i=`expr $i + 1`
542        done
543    
544        #- create new SIZE.h type file:
545        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
546        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
547        if [ $verbose -gt 1 ]; then
548            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
549        fi
550        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
551        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
552        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
553        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
554        rm -f $tmp
555        return $pp
556    }
557    
558    symlink_mpifiles()
559    {
560        # Put special links so that MPI specific files are used
561        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
562        # the Makefile will link to non-mpi files by default
563    
564        dir=$1
565        code_dir=$2
566        build_dir=$dir/$3
567    
568        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
569        MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
570    
571        for ii in $MPI_FILES ; do
572            i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
573            name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
574            file="../$code_dir/$i"
575            if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
576    
577            #  Is this an MPI run?
578            if test "x$MPI" = x0 ; then
579                # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
580                if test -L $build_dir/$name ; then
581                    ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
582                    RETVAL=$?
583                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
584                        if [ $verbose -gt 1 ]; then
585                            echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
586                        rm -f $build_dir/$name
587                    fi
588                fi
589            else
590                # YES: We symbolically link these files to the build
591                # dir so long as there is no real file in place
592                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
593                RETVAL=$?
594                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
595                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
596                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
597                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
598                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
599                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
600                    fi
601                fi
602            fi
603        done
604    }
605    
606  linkdata()  linkdata()
607  {  {
608      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
609      #      #
610      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
611      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test -d $1 ; then
612          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
613                cd $1 ; shift
614                echo 'linkdata from dirs:' $*
615                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
616                for xx in $inpMPI ; do
617                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
618                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
619                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
620                    if test "x$MPI" = "x0" ; then
621                        # not mpi test: remove symbolic link
622                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
623                    else
624                        # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
625                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
626                        if test ! -r $yy ; then
627                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
628                            printf " $xx" 1>&2
629                        fi
630                    fi
631                  fi
632                done
633                if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
634                # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
635                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
636                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
637                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
638                        if test ! -r eedata ; then
639                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
640                            printf ' eedata.mth' 1>&2
641                        fi
642                    else
643                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
644                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
645                    fi
646                fi
647                prevDir='NONE'
648                for ldir in $* ; do
649                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
650                        printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
651                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
652                        for i in $files ; do
653                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
654                                if test ! -r $i  ; then
655                                    printf ' '$i 1>&2
656                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
657                                fi
658                            fi
659                        done
660                        printf ' ;' 1>&2
661                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
662                            "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
663                        else
664                            echo '' 1>&2
665                        fi
666                    fi
667                    prevDir=$ldir
668                done
669            )
670      fi      fi
671  }  }
672    
# Line 296  runmodel() Line 674  runmodel()
674  {  {
675      # runmodel directory      # runmodel directory
676      #      #
677      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
678      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
679      (      (
680          cd $1          cd $1
681          printf 'runmodel: ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
682          # make output.txt          if test -L $EXECUTABLE ; then
683          $COMMAND            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
684          RETVAL=$?              cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
685          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
686              cp output.txt $CDIR"/output.txt"            else rm -f $EXECUTABLE
687              fi
688            fi
689            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
690                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
691                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
692            fi
693            if test "x$MPI" != x0 ; then
694                #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
695                #echo "COMMAND='$COMMAND'"
696                COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $NPROC_MPI /"`
697                #COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / $MFILE_MPI /"`
698                #echo "COMMAND='$COMMAND'"
699            fi
700            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
701                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
702                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
703                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
704                    RETVAL=8
705                    ENDVAL=-1
706            else
707                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
708                  # output do not exist or is older than executable:
709                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
710                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
711                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
712                    RETVAL=$?
713                else
714                    RETVAL=0
715                    if test -f $RUNLOG ; then
716                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
717                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
718                    else
719                        touch $RUNLOG
720                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
721                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
722                        echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
723                    fi
724                fi
725                #ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
726                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
727            fi
728            rm -f run.log_tmp
729            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
730                echo successful
731                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
732                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
733                # === Reduce the size of the testing emails!
734                #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
735                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
736                return 0
737            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
738                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
739                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
740                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
741                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
742              return 0              return 0
743          else          else
744                echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
745                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
746                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
747                cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
748                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
749              return 1              return 1
750          fi          fi
751      )      )
# Line 317  createcodelet() Line 755  createcodelet()
755  {  {
756      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
757    
758      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
759      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
760        program cmpnum  #include <stdio.h>
761        implicit none  #include <math.h>
762        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
763        integer linnum,best    int linnum,cmplin,best,lncnt;
764        best=-16    double a,b,abave,relerr;
765    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
766        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
767  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
768        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
769          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
770          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
771  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
772            linnum=int(log10(diff))      if ( abave == abave ) {
773            best=max(best,linnum)        if (abave > 0.0) {
774          endif          relerr=fabs(a-b)/abave;
775        else          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
776          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22          else { cmplin = -16 ; }
777        endif          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
778        goto 99        else { cmplin = -22 ; }
779    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
780    70  print *,-best        }
781        end     else {
782  EOFA     /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
783          break; }
784      }
785      if (lncnt == 999) best=-29;
786      if (linnum != -1) best=-99;
787      printf("%d\n", -best);
788      return 0;
789    }
790    EOF
791        $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
792    
793      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
794          echo "OK"          echo "OK"
795          return 0          return 0
796      else      else
797          echo          echo
798          echo "createcodelet: failed to compile codelet"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
799            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
800          exit 1          exit 1
801      fi      fi
802  }  }
# Line 361  formatresults() Line 808  formatresults()
808      nm=$1      nm=$1
809      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
810      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
811      printf '%3s' $@      listPrt=$@
812            listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
813      if [ $1 = '--' ]; then      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
814        printf '%3s' $listPrt
815    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
816    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
817    
818        if [ $xx = '..' ]; then
819            printf ' N/O '
820        elif [ $xx = '--' ]; then
821            printf ' N/O '
822        elif [ $xx = 99 ]; then
823          printf ' N/O '          printf ' N/O '
824      else      else
825          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
826              printf ' pass'              printf ' pass'
827          else          else
828              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 374  formatresults() Line 830  formatresults()
830      fi      fi
831      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
832      printf '\n'      printf '\n'
       
 }  
833    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -noieee    By default, $0 uses the -ieee option for genmake. This turns it off.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
834  }  }
835    
836  scandirs()  scandirs()
837  {  {
838      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
839          for arg in * ; do          for arg in * ; do
840              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
841          done          done
842      else      else
843          echo $*          echo $*
844      fi      fi
845  }  }
846    
847    
848  ###############################################################################  check_eedata()
849  ###############################################################################  {
850        # check_eedata size.h eedata
851        if [ $# -eq 2 ] ; then
852          if test -f $1 -a -f $2 ; then
853          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
854          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
855          if test "x$nx" = x ; then
856            rx=10
857          else
858            rx=`expr $sx % $nx`
859          fi
860          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
861          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
862          if test "x$ny" = x ; then
863            ry=20
864          else
865            ry=`expr $sy % $ny`
866          fi
867          echo `expr $rx + $ry`
868        else
869          echo '-1'
870          fi
871        else
872          echo '-2'
873        fi
874    
875    }
876    
877  ###############################################################################  ###############################################################################
878    
879    
# Line 418  scandirs() Line 881  scandirs()
881  debug=0  debug=0
882  verbose=1  verbose=1
883  clean=0  clean=0
884  expts=''  
885  # ieee=1  IEEE=true
886    if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
887        IEEE=$MITGCM_IEEE
888    fi
889    GSL=f
890    
891  CLEANUP=f  CLEANUP=f
892    NORUN=f
893  QUICK=f  QUICK=f
894    NOMAKE=f
895  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
896  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
897  NODEPEND=f  NODEPEND=f
898    POSTCLEAN=f
899    
900  BASH=  BASH=
901  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
902  ADDRESSES=  ADDRESSES=
903  TESTDIRS=  TESTDIRS=
904    SKIPDIRS=
905  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
906  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  HAVE_MPACK=
907  COMMAND="make output.txt"  MPACK=
908  MAKE=make  COMMAND=
909  MPI=f  MKDEPEND=
910    if test "x$MAKE" = x ; then
911        MAKE=make
912    fi
913    if test "x$CC" = x ; then
914        CC=cc
915    fi
916    JOBS=
917    MPI=0
918    MULTI_THREAD=f
919    OUTDIR=
920    DELDIR=
921    USE_R4=
922    
923    ADM=
924    OADM=
925    
926    # list of pTracers to check for monitor output
927    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
928    
929  echo -n "parsing options...  "  MATCH_CRIT=10
930    
931    printf "parsing options...  "
932    
933  ac_prev=  ac_prev=
934  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 450  for ac_option ; do Line 941  for ac_option ; do
941      fi      fi
942    
943      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
944        
945      case $ac_option in      case $ac_option in
946                    
947          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h)
# Line 463  for ac_option ; do Line 954  for ac_option ; do
954                    
955          -addr | --addr | -a | --a)          -addr | --addr | -a | --a)
956              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
957          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)
958              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
959            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
960                ac_prev=MPACKDIR ;;
961            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
962                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
963    
964          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
965              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
966          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)
967              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
968    
969            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
970                ac_prev=SKIPDIRS ;;
971            -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)
972                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
973    
974          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
975              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
976          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)
977              BASH=$ac_optarg ;;              BASH=$ac_optarg ;;
978    
979          -command | --command | -c | --c)          -command | --command | -c | --c)
980              ac_prev=COMMAND ;;              ac_prev=COMMAND ;;
981          -command=* | --command=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)
982              COMMAND=$ac_optarg ;;              COMMAND=$ac_optarg ;;
983    
984            -makedepend | --makedepend | -md | --md)
985                ac_prev=MKDEPEND ;;
986            -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*)
987                MKDEPEND=$ac_optarg ;;
988    
989          -make | --make | -m | --m)          -make | --make | -m | --m)
990              ac_prev=MAKE ;;              ac_prev=MAKE ;;
991          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)
992              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
993    
994            -odir | --odir)
995                ac_prev=OUTDIR ;;
996            -odir=* | --odir=*)
997                OUTDIR=$ac_optarg ;;
998    
999            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
1000                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1001            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
1002                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
1003    
1004            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1005            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1006    
1007            -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1008            -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1009    
1010          -clean | --clean)          -clean | --clean)
1011              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
1012    
1013            -norun | --norun | -nr | --nr)
1014                NORUN=t ;;
1015            -runonly | --runonly | -ro | --ro)
1016                QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1017          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
1018              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
1019          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
# Line 498  for ac_option ; do Line 1023  for ac_option ; do
1023          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
1024              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
1025    
1026          -mpi) MPI=t ;;          -postclean | --postclean | -pc | --pc)
1027                POSTCLEAN=t ;;
1028    
1029            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1030            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1031            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1032    
1033            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1034    
1035            -adm | -ad) ADM=t ;;
1036    
1037            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1038    
1039            -ieee) IEEE=true ;;
1040            -noieee) IEEE= ;;
1041            -gsl) GSL=t ;;
1042    
1043          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1044          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
1045          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
1046    
1047            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1048    
1049            -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1050    
1051            -ts) TS=t;;
1052            -papis) PAPIS=t;;
1053            -pcls) PCL=t;;
1054    
1055          -*)          -*)
1056              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1057              usage              usage
1058              ;;              ;;
1059            
1060          *)          *)
1061              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1062              usage              usage
1063              ;;              ;;
1064            
1065       esac       esac
1066        
1067  done  done
1068    
1069  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 523  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1072  if test "x$QUICK" = xt ; then
1072      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1073  fi  fi
1074    
1075    #- setting for forward or ADM testing
1076    if test "x$ADM" = xt ; then
1077        code_dir=code_ad
1078        inputdir=input_ad
1079        ref_outp="output_adm.txt"
1080        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1081    elif test "x$OADM" = xt ; then
1082        code_dir=code_oad
1083        inputdir=input_oad
1084        ref_outp="output_oadm.txt"
1085        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1086    else
1087        code_dir=code
1088        inputdir=input
1089        ref_outp="output.txt"
1090        EXECUTABLE="mitgcmuv"
1091    fi
1092    
1093    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1094  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1095      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1096    elif test $xx = 'start_from' ; then
1097        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1098        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1099    else
1100        #- expand group of experiments:
1101        LIST=" "
1102        for xx in $TESTDIRS
1103        do
1104          case $xx in
1105            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
1106                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
1107                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
1108                    ;;
1109            'tutorials')
1110                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1111            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1112          esac
1113        done
1114  fi  fi
1115    #echo 'LIST='${LIST}'<'
1116    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1117    TESTDIRS=" "
1118    count=0
1119    for xx in $LIST
1120    do
1121        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1122        if test $yy = 0 ; then
1123            if test -d $xx ; then
1124                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1125                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1126            else count=1 ;
1127                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1128            fi
1129        else
1130            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1131            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1132            fi
1133        fi
1134    done
1135    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1136    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1137    
1138  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1139      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1140  fi  fi
1141    
1142  echo "OK"  RUNLOG="run.tr_log"
1143    OUTPUTFILE=$ref_outp
1144    if test "x$COMMAND" = x ; then
1145        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1146    fi
1147    if test "x$MPI" != x0 ; then
1148        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1149    fi
1150    
1151    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1152    
1153    # set the Default List of output variables to be checked:
1154    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1155    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1156    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1157    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1158        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1159        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1160        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1161        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1162        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1163    else
1164        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1165        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1166        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1167    fi
1168    
1169  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1170  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1171        echo "skipping comparison code build"
1172    else
1173        createcodelet
1174    fi
1175    
1176  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1177  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1178        echo "skipping mpack build"
1179    else
1180        build_mpack
1181    fi
1182    
1183  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1184    CMDLINE=$0
1185    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1186        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1187                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1188    done
1189    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1190  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1191  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1192  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1193  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1194    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1195        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1196    else
1197        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1198        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1199    fi
1200  DNUM=0  DNUM=0
1201  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1202  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 553  done Line 1206  done
1206  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
1207  RETVAL=$?  RETVAL=$?
1208  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1209      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
1210      exit 1      exit 1
1211  fi  fi
1212  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
1213  date > $SUMMARY  start_date=`date`
1214  cat << EOF >> $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1215                  T           S           U           V  echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1216  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
 E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  
 N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  
 2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  
   
 EOF  
   
 NDIR=0  
1217    
1218    of_path=
1219  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1220      if test -r $OPTFILE ; then      if test -r $OPTFILE ; then
1221          OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"          # get the path
1222            path=${OPTFILE%/*}
1223            if test "x$path" = x ; then
1224                of_path=`pwd`
1225            else
1226                of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
1227            fi
1228            file=${OPTFILE##*/}
1229            OPTFILE=$of_path/$file
1230            cp $OPTFILE $DRESULTS
1231            echo >> $SUMMARY
1232            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1233        else
1234            echo | tee $SUMMARY
1235            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
1236            exit 1
1237      fi      fi
1238    else
1239        echo >> $SUMMARY
1240        echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1241        #-note: to be filled later after 1rst run
1242  fi  fi
1243  echo  echo
 echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
1244  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1245    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1246        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1247        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1248        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1249           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1250        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1251        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1252        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1253        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1254        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1255            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1256            line_1="$line_1        m  s"
1257            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1258            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1259            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1260        done
1261        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1262        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1263        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1264        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1265        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1266        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1267    else
1268        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1269        echo >> $SUMMARY
1270        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1271        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1272        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1273        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1274        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1275    G D M    C  G
1276    E p a R  o  r
1277    N n k u  s  a
1278    2 d e n  t  d
1279    
1280    EOF
1281    fi
1282    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1283    
1284  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1285  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1286        
1287        # set builddir & rundir:
1288        builddir="build"
1289        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1290        rundir="run"
1291        pfxdir="tr_$rundir"
1292        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1293            rundir=$builddir
1294        fi
1295        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1296        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1297    
1298      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1299      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1300          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1301              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          makeclean $BUILD_DIR
1302            (   cd $BUILD_DIR
1303                rm -f $EXECUTABLE *.bak
1304                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1305                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1306            )
1307            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1308                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1309                run_clean $dir/$rundir
1310          fi          fi
1311          if test -r $dir/input/Makefile ; then          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1312              ( cd $dir/input ; make CLEAN )          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1313            if test $ttd != 0 ; then
1314                echo '  --- rm dir:' $trdir
1315                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1316          fi          fi
1317          continue          continue
1318      fi      fi
1319    
1320      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1321      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1322      if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1323          echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir"      if test ! -r $fout ; then
1324            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1325          continue          continue
1326      fi      fi
1327    
1328      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      # Check for specific files for particular type of run
     echo  
     echo "Experiment:  $dir"  
     echo  
     unset genmake makedepend make run  
     results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
1329    
1330      if [ -r $dir/build ]; then      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1331          seperatebuilddir=1          if test -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" ; then
1332          builddir=build              #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1333          rundir=build              mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI
1334          ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )              NPROC_MPI=$?
1335      else              (   cd $BUILD_DIR
1336          seperatebuilddir=0                  if test -r SIZE.h.mpi ; then
1337          builddir=input                      cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1338          rundir=input                  else RETVAL=1
1339      fi                  fi
1340                        if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1341      CODE_DIR=$dir/code                      rm -f tr_size.mpi
1342      BUILD_DIR=$dir/$builddir                  else
1343      MPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_mpi SIZE.h_mpi"                      rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1344      NOMPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_nompi SIZE.h_nompi"                  fi
1345                )
1346      #  Is this an MPI run?          else
1347      if test "x$MPI" = xt ; then              echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1348          FILES=$MPI_FILES              continue
     else  
         FILES=$NOMPI_FILES  
     fi  
       
     #  Check to see that we have the files  
     have_files=t  
     for i in $FILES ; do  
         if test ! -r $CODE_DIR/$i ; then  
             echo "Warning: can't read file $CODE_DIR/$i"  
             have_files=f  
1349          fi          fi
1350      done      fi
1351      if test "x$have_files" != xt -a "x$MPI" = xt ; then      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1352          echo "Skipping $dir due to lack of input files (see above warning)"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1353          continue          continue
1354      fi      fi
1355            if test "x$MPI" != "x0" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1356      #  If we have the $FILES and they differ, copy the $FILES to $BUILD_DIR          retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1357      if test "x$have_files" = xt ; then          if test $retv != 0 ; then
1358          for i in $FILES ; do              echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1359              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$i > /dev/null 2>&1              continue
1360              RETVAL=$?          fi
1361              if test "x$RETVAL" != x0 ; then      fi
1362                  cp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$i  
1363        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1364        extra_runs=
1365        if test "x$NORUN" = xf ; then
1366            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1367        fi
1368        #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1369        for exd in $ex_run_dirs ; do
1370            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1371            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1372            outf="$dir/results/$refExOut"
1373            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1374              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1375                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1376                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
1377                    extra_runs="$extra_runs $name"
1378                  else
1379                    retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1380                    if test $retv = 0 ; then
1381                        extra_runs="$extra_runs $name"
1382                    else
1383                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1384                    fi
1385                  fi
1386                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1387              fi              fi
1388          done            else
1389                extra_runs="$extra_runs $name"
1390              fi
1391            fi
1392        done
1393    
1394        echo
1395        if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1396           echo "Experiment:  $dir"
1397        else
1398           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1399      fi      fi
1400            echo
1401        unset genmake makedepend make run
1402        results=$EMPTY_RESULTS
1403    
1404      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1405      CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1406      mkdir $CDIR      mkdir $locDIR
1407      CDIR=`pwd`"/$CDIR"      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1408        
1409      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
1410          makeclean $dir/$builddir              run=N
1411            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1412                && makeclean $dir/$builddir \
1413                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1414                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1415                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1416      else      else
1417          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1418              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1419                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1420              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1421              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1422              && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \              && run_clean $dir/$rundir \
1423              && runmodel $dir/$builddir && run=Y \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1424              && results=`testoutput $dir $rundir`              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1425                && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1426        fi
1427        #echo "results='$results'"
1428    
1429            fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1430            echo 1>&2
1431            echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1432            touch $locDIR"/summary.txt"
1433            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1434            echo "tdir='$dir'" >> $locDIR"/summary.txt"
1435            if test "x$ADM" = xt ; then
1436                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1437                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1438                                    >> $locDIR"/summary.txt"
1439            fi
1440    
1441            for ex in $extra_runs ; do
1442                unset run
1443                results=$EMPTY_RESULTS
1444                #  reference output file
1445                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1446                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1447                locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1448                mkdir $locDIR
1449                CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1450                test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1451                run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1452                linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1453                runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1454                && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1455                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1456                fres="$fres.$ex"
1457                echo 1>&2
1458                echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1459                touch $locDIR"/summary.txt"
1460                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1461                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $locDIR"/summary.txt"
1462                if test "x$ADM" = xt ; then
1463                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1464                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$pfxdir.$ex/$OUTPUTFILE \
1465                                       >> $locDIR"/summary.txt"
1466                fi
1467                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1468                    run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1469                fi
1470            done
1471    
1472        if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1473            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1474                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1475                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1476                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1477                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1478                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1479                    eval $mkOpt
1480                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1481                            $SUMMARY > tr_0.tmp_log
1482                    RETVAL=$?
1483                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1484                            cp tr_0.tmp_log $SUMMARY
1485                    else rm -f tr_0.tmp_log
1486                    fi
1487                fi
1488                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1489                grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1490                RETVAL=$?
1491                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1492                    echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state
1493                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \
1494                           | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log
1495                    sed -n '1,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1496                            >> $DRESULTS/genmake_state
1497                    rm -f tr_1.tmp_log
1498                fi
1499            fi
1500      fi      fi
1501            #postclean $dir/$builddir
1502      echo      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1503      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          makeclean $dir/$builddir \
1504          ${run:-N} $results              && run_clean $dir/$rundir
1505      echo      fi
1506      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \  
1507          ${run:-N} $results >> $SUMMARY      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1508      echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"  
1509      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \  done
1510          ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"  
1511      echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1512      echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1513      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1514      echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  date >> $SUMMARY
1515      echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1516        #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1517      (  #  to send email using mpack.
1518          cd $DRESULTS  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1519          tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1      echo "No results email was sent."
1520          gzip $NDIR".tar"  else
1521      )      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1522                tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1523      if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then              && gzip $DRESULTS".tar" \
1524          echo "No mail sent"              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
     else  
         $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES  
1525          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1526          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1527              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
1528                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1529                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1530                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1531                echo
1532          else          else
1533              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              echo
1534                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1535                echo "  \"$ADDRESSES\""
1536                echo
1537                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1538                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1539          fi          fi
1540      fi      fi
1541    fi
1542    
1543      echo "-------------------------------------------------------------------------------"  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1544            rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1545      NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  fi
       
 done  
1546    
1547  rm tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1548        cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1549        if test -e tr_out.txt ; then
1550            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1551        fi
1552        cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1553    fi
1554    
1555  cat $SUMMARY  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1556        rm -rf $DRESULTS
1557    fi
1558    
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