/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.9.2.8 by edhill, Sat Oct 4 02:10:52 2003 UTC revision 1.136 by jmc, Mon Mar 8 16:36:20 2010 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 10  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of test dirs to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
20      echo "  (-b|-bash)STRING         location of \"bash\" executable"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
21      echo "                             (DEF=\"\" for \"/bin/bash\")"      echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
22      echo "  (-command)STRING         command to run"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
23      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
24      echo "  (-m|-make)STRING         command to use for \"make\""      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
25        echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
26        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
27        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
28        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
29        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
30        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
31        echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
32        echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
33        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
34        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
35        echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
36        echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
37      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
38        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
39        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
40        echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
41        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
42        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
43        echo "                             (DEF=\"12\")"
44        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
45      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
46        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
47        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
48      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
49      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
50      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
51      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
52        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
53        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
54        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
55        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
56      echo      echo
57      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
58      echo "such as:"      echo "such as:"
59        echo
60      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
61      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
62      echo      echo
63        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
64        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
65        echo
66      exit 1      exit 1
67  }  }
68    
69  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
70  build_mpack()  build_mpack()
71  {  {
72      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
73      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
74        if test ! -x $MPACK ; then
75          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
76                echo
77              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
78              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
79              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
80              exit 1              echo
81                HAVE_MPACK=f
82          fi          fi
83          echo -n "building mpack...  "          if test "x$CC" = x ; then
84          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1              export CC=cc
85            fi
86            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
87            ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
88          RETVAL=$?          RETVAL=$?
89          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
90              echo              echo
91              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
92              exit 1              echo
93                HAVE_MPACK=f
94            else
95                rm -f tr_build_mpack.out
96                HAVE_MPACK=t
97                echo "done"
98          fi          fi
99        else
100            HAVE_MPACK=t
101            echo "already exist"
102      fi      fi
     echo "OK"  
 }  
   
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
103  }  }
104    
105  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
106  {  {
107      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
108      #      #
109      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
110      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
111        #  using search strings s1 and text label
112    
113      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
114          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
115      fi      fi
116      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
117          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
118          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
119          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
120              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
121                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
122              fi              fi
123              return 99              return 99
124          fi          fi
125      else      else
126          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
127          return 99          return 99
128      fi      fi
129      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
130          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
131      fi      fi
132      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
133      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
134      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
135          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
136              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
137          fi          fi
138          return 99          return 99
139      fi      fi
140        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
141            if [ $verbose -gt 0 ]; then
142                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
143            fi
144            return 99
145        fi
146        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
147        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
148            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
149            return 99
150        fi
151        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
152        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
153            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
154            return 99
155        fi
156      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
157          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
158      fi      fi
159      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
160      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
161          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
162        fi
163        if [ $verbose -gt 1 ]; then
164            cat tmp3.txt 1>&2
165      fi      fi
166      compare_lines      echo "-1" >> tmp3.txt
167      digits_of_similarity=$?      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
168        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
169        digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
170      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
171          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
172              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
173          fi          fi
174          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
175      else      else
176          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
177              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
178          fi          fi
179      fi      fi
180      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
       
     return $digits_of_similarity  
 }  
   
 dashnum()  
 {  
     # dashnum n1 n2 n3 ...  
     #  
     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99  
181    
182      for num in $@ ; do      return $digits_of_similarity
         if [ $num = 99 ]; then  
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
     done  
183  }  }
184    
185  testoutput()  testoutput_run()
186  {  {
187      # testoutput diretory subdir      # testoutput_run directory subdir reference_output
188      #      #
189      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
190    # --> same processing for adjoint & forward test
191      if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
192          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
193      fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
194      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
195      if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
196          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
197      fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
198                # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
199      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
200      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
201      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
202      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?          # check for ptracer output in reference_output file :
203      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?          outpref=$1/results/$3
204      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
205      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
206      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
207      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?              ptrfound=0
208      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?              for jj in $ptr_mon ; do
209      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
210      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
211      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
212      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?              done
213      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?              if test $ptrfound = '1' ; then
214      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
215                    else
216      dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
217          $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
218                  # remove this ptr from the list of output variable to check
219                  # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
220                    listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
221                  fi
222                fi
223            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
224            done
225            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
226            if test $tst != 1 ; then
227              if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
228                     else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
229              echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
230            #- put it back once:
231              listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
232            fi
233            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
234            echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
235            allargs=""
236            for xx in $listVar
237            do
238              case $xx in
239               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
240                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
241                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
242                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
243              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
244              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
245               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
246               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
247               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
248               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
249               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
250               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
251               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
252               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
253               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
254               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
255               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
256               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
257               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
258               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
259               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
260               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
261            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
262               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
263            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
264               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
265            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
266               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
267            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
268               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
269             'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
270             'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
271             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
272             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
273             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
274             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
275             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
276             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
277             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
278             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
279             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
280             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
281            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
282            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
283            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
284            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
285            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
286            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
287                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
288              esac
289              if test $xx = $sVar
290              then allargs="$allargs > $yy <"
291              else allargs="$allargs $yy"
292              fi
293            done
294    
295            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
296            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
297            #-- fill line (up to standard length) with dot:
298              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
299              echo $allargs $adNul
300            else
301              echo $allargs
302            fi
303    # <-- same processing for adjoint & forward test
304  }  }
305    
306  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 182  genmakemodel() Line 309  genmakemodel()
309      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
310          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
311      else      else
312          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
313                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
314            else
315                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
316            fi
317          (          (
318              cd $1;              cd $1;
319              printf 'genmake ... ' 1>&2              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
320              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE --mods=../code"              if test "x$ADM" = xt ; then
321                    command="$command --mods=../code_ad"
322                elif test "x$OADM" = xt ; then
323                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
324                else
325                    command="$command -mods=../code"
326                fi
327              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
328                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
329                  # echo "  command=\"$command\""              fi
330                if test "x$IEEE" != x ; then
331                    command="$command -ieee"
332                fi
333                if test "x$GSL" = xt ; then
334                    command="$command -gsl"
335                fi
336                if test "x$MPI" = xt ; then
337                    command="$command -mpi"
338                fi
339                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
340                #- run multi-threaded using OpenMP:
341                    command="$command -omp"
342              fi              fi
343              $command > make.log 2>&1              if test "x$USE_R4" = xt ; then
344                    command="$command -use_r4"
345                fi
346                if test "x$TS" = xt ; then
347                    command="$command -ts"
348                fi
349                if test "x$PAPIS" = xt ; then
350                    command="$command -papis"
351                else
352                if test "x$PCLS" = xt ; then
353                    command="$command -pcls"
354                fi
355                fi
356                printf 'genmake ... ' 1>&2
357                # $command > make.log 2>&1
358                eval $command > make.log 2>&1
359              RETVAL=$?              RETVAL=$?
360              for i in genmake_state genmake_optfile genmake_local Makefile ; do              #  Reduce the size of the testing emails!
361                  if test -r $i ; then              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
                     cp $i $CDIR  
                 fi  
             done  
362              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
363                  tail make.log                  tail make.log
364                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
365                  cp make.log $CDIR                  cp genmake_* make.log $CDIR
366                  return 1                  return 1
367              else              else
368                  echo "succesful" 1>&2                  echo "successful" 1>&2
369              fi              fi
370          )          )
371      fi      fi
# Line 214  makeclean() Line 375  makeclean()
375  {  {
376      # makeclean directory      # makeclean directory
377      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
378          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
379      else      else
380          (          (
381              cd $1;              cd $1;
382              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
383              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
384                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
385                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
386                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
387                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
388                      tail make.log                      tail make.log
389                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
390                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
391                      return 1                      return 1
392                  fi                  fi
393                    echo successful 1>&2
394                else
395                    echo ''
396              fi              fi
397              echo succesful 1>&2              exit 0
398            )
399        fi
400    }
401    
402    run_clean()
403    {
404        # run_clean directory
405        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
406            echo "run_clean skipped!"
407        else
408            (
409                cd $1;
410                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
411                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
412                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
413                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
414                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
415                find . -type l -exec rm {} \;
416                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
417                rm -rf mnc_test_*
418                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
419                echo successful 1>&2
420              exit 0              exit 0
421          )          )
422      fi      fi
# Line 255  makedependmodel() Line 439  makedependmodel()
439                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
440                  return 1                  return 1
441              else              else
442                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
443              fi              fi
444          )          )
445      fi      fi
# Line 265  makemodel() Line 449  makemodel()
449  {  {
450      # makemodel directory      # makemodel directory
451      (      (
452        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
453            cd $1;
454            if test -x $EXECUTABLE ; then
455                echo "make skipped!"
456            else
457                echo "no executable!"
458                return 2
459            fi
460        else
461          cd $1;          cd $1;
462          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
463              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
464              $MAKE >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = xt ; then
465                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
466                elif test "x$OADM" = xt ; then
467                    $MAKE adAll >> make.log 2>&1
468                else
469                    if test "x$JOBS" = x ; then
470                        $MAKE >> make.log 2>&1
471                    else
472                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
473                    fi
474                fi
475              RETVAL=$?              RETVAL=$?
476              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
477                  tail make.log                  tail make.log
478                  echo failed 1>&2                  echo failed 1>&2
479                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
480                    rm -f $EXECUTABLE
481                  return 1                  return 1
482              else              else
483                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
484              fi              fi
485          fi          fi
486        fi
487      )      )
488  }  }
489    
490    symlink_mpifiles()
491    {
492        # Put special links so that MPI specific files are used
493        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
494        # the Makefile will link to non-mpi files by default
495    
496        dir=$1
497        code_dir=$2
498        BUILD_DIR=$dir/$3
499        CODE_DIR=$dir/$code_dir
500    
501        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
502        MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
503    
504        #  Is this an MPI run?
505        if test "x$MPI" = xt ; then
506            # YES: We symbolically link these files to the build
507            # dir so long as there is no real file in place
508            for ii in $MPI_FILES ; do
509                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
510                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
511                cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1
512                RETVAL=$?
513                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
514                    if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
515                        #echo Linking $name to $i
516                        (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
517                    fi
518                fi
519            done
520        else
521            # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
522            for ii in $MPI_FILES ; do
523                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
524                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
525                if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
526                    cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
527                    RETVAL=$?
528                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
529                        #echo Un-linking $name from $linktarg
530                        rm -f $BUILD_DIR/$name
531                    fi
532                fi
533            done
534        fi
535    
536    }
537    
538  linkdata()  linkdata()
539  {  {
540      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
541      #      #
542      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
543      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test -d $1 ; then
544          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
545                cd $1 ; shift
546                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
547                for xx in $inpMPI ; do
548                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
549                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
550                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
551                    if test "x$MPI" = "xt" ; then
552                    # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
553                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
554                        if test ! -r $yy ; then
555                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
556                            printf "$xx " 1>&2
557                        fi
558                    else
559                    # not mpi test: remove symbolic link
560                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
561                    fi
562                  fi
563                done
564                if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
565                # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
566                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
567                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
568                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
569                        if test ! -r eedata ; then
570                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
571                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
572                        fi
573                    else
574                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
575                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
576                    fi
577                fi
578                prevDir='NONE'
579                for ldir in $* ; do
580                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
581                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
582                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
583                        for i in $files ; do
584                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
585                                if test ! -r $i  ; then
586                                    printf ' '$i 1>&2
587                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
588                                fi
589                            fi
590                        done
591                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
592                            "../"$ldir"/"prepare_run
593                        fi
594                        printf ' ; ' 1>&2
595                    fi
596                    prevDir=$ldir
597                done
598            )
599      fi      fi
600  }  }
601    
# Line 296  runmodel() Line 603  runmodel()
603  {  {
604      # runmodel directory      # runmodel directory
605      #      #
606      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
607      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
608      (      (
609          cd $1          cd $1
610          printf 'runmodel: ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
611          # make output.txt          # make output.txt
612          $COMMAND          echo
613          RETVAL=$?          if test -L $EXECUTABLE ; then
614          if test "x$RETVAL" = x0 ; then            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
615              cp output.txt $CDIR"/output.txt"              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
616                outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
617              else rm -f $EXECUTABLE
618              fi
619            fi
620            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
621                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
622                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
623            fi
624            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
625                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
626                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
627                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
628                    RETVAL=8
629                    ENDVAL=-1
630            else
631                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
632                  # output do not exist or is older than executable:
633                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
634                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
635                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
636                    RETVAL=$?
637                else
638                    RETVAL=0
639                    if test -f $RUNLOG ; then
640                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
641                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
642                    else
643                        touch $RUNLOG
644                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
645                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
646                        echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
647                    fi
648                fi
649                ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
650            fi
651            rm -f run.log_tmp
652            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
653                tail $RUNLOG
654                echo successful 1>&2
655                # === Reduce the size of the testing emails!
656                #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
657                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
658                return 0
659            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
660                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
661                tail $RUNLOG
662                echo finished with error '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
663              return 0              return 0
664          else          else
665                tail $RUNLOG
666                echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
667                cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
668                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
669              return 1              return 1
670          fi          fi
671      )      )
# Line 317  createcodelet() Line 675  createcodelet()
675  {  {
676      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
677    
678      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
679      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
680        program cmpnum  #include <stdio.h>
681        implicit none  #include <math.h>
682        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
683        integer linnum,best    int linnum,cmplin,best,lncnt;
684        best=-16    double a,b,abave,relerr;
685    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
686        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
687  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
688        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
689          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
690          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
691  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
692            linnum=int(log10(diff))      if ( abave == abave ) {
693            best=max(best,linnum)        if (abave > 0.0) {
694          endif          relerr=fabs(a-b)/abave;
695        else          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
696          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22          else { cmplin = -16 ; }
697        endif          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
698        goto 99        else { cmplin = -22 ; }
699    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
700    70  print *,-best        }
701        end     else {
702  EOFA     /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
703          break; }
704      }
705      if (lncnt == 999) best=-29;
706      if (linnum != -1) best=-99;
707      printf("%d\n", -best);
708      return 0;
709    }
710    EOF
711        $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
712    
713      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
714          echo "OK"          echo "OK"
715          return 0          return 0
716      else      else
717          echo          echo
718          echo "createcodelet: failed to compile codelet"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
719            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
720          exit 1          exit 1
721      fi      fi
722  }  }
# Line 361  formatresults() Line 728  formatresults()
728      nm=$1      nm=$1
729      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
730      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
731      printf '%3s' $@      listPrt=$@
732            listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
733      if [ $1 = '--' ]; then      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
734        printf '%3s' $listPrt
735    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
736    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
737    
738        if [ $xx = '..' ]; then
739            printf ' N/O '
740        elif [ $xx = '--' ]; then
741            printf ' N/O '
742        elif [ $xx = 99 ]; then
743          printf ' N/O '          printf ' N/O '
744      else      else
745          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
746              printf ' pass'              printf ' pass'
747          else          else
748              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 374  formatresults() Line 750  formatresults()
750      fi      fi
751      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
752      printf '\n'      printf '\n'
       
 }  
753    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -noieee    By default, $0 uses the -ieee option for genmake. This turns it off.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
754  }  }
755    
756  scandirs()  scandirs()
757  {  {
758      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
759          for arg in * ; do          for arg in * ; do
760              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
761          done          done
762      else      else
763          echo $*          echo $*
764      fi      fi
765  }  }
766    
767    
768  ###############################################################################  check_eedata()
769  ###############################################################################  {
770        # check_eedata size.h eedata
771        if [ $# -eq 2 ] ; then
772          if test -f $1 -a -f $2 ; then
773          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
774          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
775          if test "x$nx" = x ; then
776            rx=10
777          else
778            rx=`expr $sx % $nx`
779          fi
780          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
781          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
782          if test "x$ny" = x ; then
783            ry=20
784          else
785            ry=`expr $sy % $ny`
786          fi
787          echo `expr $rx + $ry`
788        else
789          echo '-1'
790          fi
791        else
792          echo '-2'
793        fi
794    
795    }
796    
797  ###############################################################################  ###############################################################################
798    
799    
# Line 418  scandirs() Line 801  scandirs()
801  debug=0  debug=0
802  verbose=1  verbose=1
803  clean=0  clean=0
804  expts=''  
805  # ieee=1  IEEE=true
806    if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
807        IEEE=$MITGCM_IEEE
808    fi
809    GSL=f
810    
811  CLEANUP=f  CLEANUP=f
812    NORUN=f
813  QUICK=f  QUICK=f
814    NOMAKE=f
815  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
816  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
817  NODEPEND=f  NODEPEND=f
818    POSTCLEAN=f
819    
820  BASH=  BASH=
821  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
822  ADDRESSES=  ADDRESSES=
823  TESTDIRS=  TESTDIRS=
824    SKIPDIRS=
825  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
826  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  HAVE_MPACK=
827  COMMAND="make output.txt"  MPACK=
828  MAKE=make  COMMAND=
829    if test "x$MAKE" = x ; then
830        MAKE=make
831    fi
832    if test "x$CC" = x ; then
833        CC=cc
834    fi
835    JOBS=
836  MPI=f  MPI=f
837    MULTI_THREAD=f
838    OUTDIR=
839    DELDIR=
840    USE_R4=
841    
842    ADM=
843    OADM=
844    
845    # list of pTracers to check for monitor output
846    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
847    
848    MATCH_CRIT=13
849    
850  echo -n "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
851    
852  ac_prev=  ac_prev=
853  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 450  for ac_option ; do Line 860  for ac_option ; do
860      fi      fi
861    
862      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
863        
864      case $ac_option in      case $ac_option in
865                    
866          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h)
# Line 463  for ac_option ; do Line 873  for ac_option ; do
873                    
874          -addr | --addr | -a | --a)          -addr | --addr | -a | --a)
875              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
876          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)
877              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
878            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
879                ac_prev=MPACKDIR ;;
880            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
881                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
882    
883          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
884              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
885          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)
886              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
887    
888            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
889                ac_prev=SKIPDIRS ;;
890            -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)
891                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
892    
893          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
894              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
895          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)
896              BASH=$ac_optarg ;;              BASH=$ac_optarg ;;
897    
898          -command | --command | -c | --c)          -command | --command | -c | --c)
899              ac_prev=COMMAND ;;              ac_prev=COMMAND ;;
900          -command=* | --command=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)
901              COMMAND=$ac_optarg ;;              COMMAND=$ac_optarg ;;
902    
903          -make | --make | -m | --m)          -make | --make | -m | --m)
904              ac_prev=MAKE ;;              ac_prev=MAKE ;;
905          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)
906              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
907    
908            -odir | --odir)
909                ac_prev=OUTDIR ;;
910            -odir=* | --odir=*)
911                OUTDIR=$ac_optarg ;;
912    
913            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
914                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
915            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
916                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
917    
918            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
919            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
920    
921            -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
922            -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
923    
924          -clean | --clean)          -clean | --clean)
925              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
926    
927            -norun | --norun | -nr | --nr)
928                NORUN=t ;;
929            -runonly | --runonly | -ro | --ro)
930                QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
931          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
932              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
933          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
# Line 498  for ac_option ; do Line 937  for ac_option ; do
937          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
938              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
939    
940            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
941                POSTCLEAN=t ;;
942    
943          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
944    
945            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
946    
947            -adm | -ad) ADM=t ;;
948    
949            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
950    
951            -ieee) IEEE=true ;;
952            -noieee) IEEE= ;;
953            -gsl) GSL=t ;;
954    
955          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
956          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
957          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
958    
959            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
960    
961            -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
962    
963            -ts) TS=t;;
964            -papis) PAPIS=t;;
965            -pcls) PCL=t;;
966    
967          -*)          -*)
968              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
969              usage              usage
970              ;;              ;;
971            
972          *)          *)
973              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
974              usage              usage
975              ;;              ;;
976            
977       esac       esac
978        
979  done  done
980    
981  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 523  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 984  if test "x$QUICK" = xt ; then
984      NODEPEND=t      NODEPEND=t
985  fi  fi
986    
987    #- setting for forward or ADM testing
988    if test "x$ADM" = xt ; then
989        code_dir=code_ad
990        inputdir=input_ad
991        ref_outp="output_adm.txt"
992        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
993    elif test "x$OADM" = xt ; then
994        code_dir=code_oad
995        inputdir=input_oad
996        ref_outp="output_oadm.txt"
997        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
998    else
999        code_dir=code
1000        inputdir=input
1001        ref_outp="output.txt"
1002        EXECUTABLE="mitgcmuv"
1003    fi
1004    
1005  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1006      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1007    else
1008        #- expand group of experiments:
1009        LIST=" "
1010        for xx in $TESTDIRS
1011        do
1012          case $xx in
1013            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
1014                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
1015                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
1016                    ;;
1017            'tutorials')
1018                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1019            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1020          esac
1021        done
1022  fi  fi
1023    #echo 'LIST='${LIST}'<'
1024    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1025    TESTDIRS=" "
1026    count=0
1027    for xx in $LIST
1028    do
1029        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1030        if test $yy = 0 ; then
1031            if test -d $xx ; then
1032                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1033                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1034            else count=1 ;
1035                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1036            fi
1037        else
1038            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1039            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1040            fi
1041        fi
1042    done
1043    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1044    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1045    
1046  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1047      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1048  fi  fi
1049    
1050  echo "OK"  RUNLOG="run.log"
1051    OUTPUTFILE=$ref_outp
1052    if test "x$COMMAND" = x ; then
1053        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1054    fi
1055    if test "x$MPI" = xt ; then
1056        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1057    fi
1058    
1059    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1060    
1061    # set the Default List of output variables to be checked:
1062    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1063    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1064    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1065    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1066        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1067        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1068        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1069        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1070        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1071    else
1072        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1073        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1074        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1075    fi
1076    
1077  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1078  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1079        echo "skipping comparison code build"
1080    else
1081        createcodelet
1082    fi
1083    
1084  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1085  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1086        echo "skipping mpack build"
1087    else
1088        build_mpack
1089    fi
1090    
1091  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1092    CMDLINE=$0
1093    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1094        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1095                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1096    done
1097    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1098  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1099  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1100  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1101  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1102    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1103        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1104    else
1105        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1106        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1107    fi
1108  DNUM=0  DNUM=0
1109  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1110  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 553  done Line 1114  done
1114  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
1115  RETVAL=$?  RETVAL=$?
1116  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1117      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
1118      exit 1      exit 1
1119  fi  fi
1120  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
1121  date > $SUMMARY  start_date=`date`
1122  cat << EOF >> $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1123                  T           S           U           V  echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1124  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
 E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  
 N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  
 2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  
   
 EOF  
   
 NDIR=0  
1125    
1126    of_path=
1127  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1128      if test -r $OPTFILE ; then      if test -r $OPTFILE ; then
1129          OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"          # get the path
1130            path=${OPTFILE%/*}
1131            if test "x$path" = x ; then
1132                of_path=`pwd`
1133            else
1134                of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
1135            fi
1136            file=${OPTFILE##*/}
1137            OPTFILE=$of_path/$file
1138            cp $OPTFILE $DRESULTS
1139            echo >> $SUMMARY
1140            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1141        else
1142            echo | tee $SUMMARY
1143            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
1144            exit 1
1145      fi      fi
1146    else
1147        echo >> $SUMMARY
1148        echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY
1149        echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY
1150  fi  fi
1151  echo  echo
 echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
1152  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1153    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1154        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1155        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1156        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1157           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1158    #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1159        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1160        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1161        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1162        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1163        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1164            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1165            line_1="$line_1        m  s"
1166            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1167            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1168            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1169        done
1170        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1171        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1172        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1173        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1174        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1175        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1176    else
1177        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1178        echo >> $SUMMARY
1179        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1180        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1181        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1182        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1183        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1184    G D M    C  G
1185    E p a R  o  r
1186    N n k u  s  a
1187    2 d e n  t  d
1188    
1189    EOF
1190    fi
1191    
1192  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1193  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1194        
1195        # set builddir & rundir:
1196        builddir="build"
1197        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1198        rundir="run"
1199        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1200            rundir=$builddir
1201        fi
1202        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1203        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1204    
1205      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1206      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1207          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1208              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          makeclean $BUILD_DIR
1209            rm -f $BUILD_DIR/$EXECUTABLE
1210            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1211                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1212                run_clean $dir/$rundir
1213          fi          fi
1214          if test -r $dir/input/Makefile ; then          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`
1215              ( cd $dir/input ; make CLEAN )          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1216            if test $ttd != 0 ; then
1217                echo '  --- rm dir:' $trdir
1218                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1219          fi          fi
1220          continue          continue
1221      fi      fi
1222    
1223      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1224      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1225      if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1226          echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir"      if test ! -r $fout ; then
1227            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1228          continue          continue
1229      fi      fi
1230    
1231      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      # Check for specific files for particular type of run
     echo  
     echo "Experiment:  $dir"  
     echo  
     unset genmake makedepend make run  
     results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
1232    
1233      if [ -r $dir/build ]; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1234          seperatebuilddir=1          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1235          builddir=build          continue
         rundir=build  
         ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )  
     else  
         seperatebuilddir=0  
         builddir=input  
         rundir=input  
1236      fi      fi
1237            if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1238      CODE_DIR=$dir/code          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1239      BUILD_DIR=$dir/$builddir          continue
     MPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_mpi SIZE.h_mpi"  
     NOMPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_nompi SIZE.h_nompi"  
   
     #  Is this an MPI run?  
     if test "x$MPI" = xt ; then  
         FILES=$MPI_FILES  
     else  
         FILES=$NOMPI_FILES  
1240      fi      fi
1241            if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1242      #  Check to see that we have the files        retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1243      have_files=t        if test $retv != 0 ; then
1244      for i in $FILES ; do          echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
         if test ! -r $CODE_DIR/$i ; then  
             echo "Warning: can't read file $CODE_DIR/$i"  
             have_files=f  
         fi  
     done  
     if test "x$have_files" != xt -a "x$MPI" = xt ; then  
         echo "Skipping $dir due to lack of input files (see above warning)"  
1245          continue          continue
1246          fi
1247      fi      fi
1248        
1249      #  If we have the $FILES and they differ, copy the $FILES to $BUILD_DIR      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1250      if test "x$have_files" = xt ; then      extra_runs=
1251          for i in $FILES ; do      if test "x$NORUN" = xf ; then
1252              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$i > /dev/null 2>&1          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1253              RETVAL=$?      fi
1254              if test "x$RETVAL" != x0 ; then      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1255                  cp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$i      for exd in $ex_run_dirs ; do
1256            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1257            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1258            outf="$dir/results/$refExOut"
1259            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1260              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1261                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1262                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
1263                    retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1264                    if test $retv = 0 ; then
1265                        extra_runs="$extra_runs $name"
1266                    else
1267                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1268                    fi
1269                  else
1270                    extra_runs="$extra_runs $name"
1271                  fi
1272                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1273              fi              fi
1274          done            else
1275                extra_runs="$extra_runs $name"
1276              fi
1277            fi
1278        done
1279    
1280        echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1281        echo
1282        if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1283           echo "Experiment:  $dir"
1284        else
1285           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1286      fi      fi
1287            echo
1288        unset genmake makedepend make run
1289        results=$EMPTY_RESULTS
1290    
1291      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1292      CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
1293      mkdir $CDIR      mkdir $rel_CDIR
1294      CDIR=`pwd`"/$CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1295        
1296      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
1297          makeclean $dir/$builddir              run=N
1298            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1299                && makeclean $dir/$builddir \
1300                && run_clean $dir/$rundir \
1301                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1302                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1303                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1304      else      else
1305          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1306              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1307                && run_clean $dir/$rundir \
1308                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1309              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1310              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1311              && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
1312              && runmodel $dir/$builddir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1313              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1314      fi      fi
1315        
1316      echo      #echo "results='$results'"
     formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \  
         ${run:-N} $results  
1317      echo      echo
1318      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1319          ${run:-N} $results >> $SUMMARY          echo
1320      echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1321      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          touch $CDIR"/summary.txt"
1322          ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1323      echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1324      echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1325      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1326      echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1327      echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          if test "x$ADM" = xt ; then
1328                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1329      (              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1330          cd $DRESULTS                                  >> $CDIR"/summary.txt"
1331          tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1          fi
1332          gzip $NDIR".tar"  
1333      )          for ex in $extra_runs ; do
1334                    unset run
1335      if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then              results=$EMPTY_RESULTS
1336          echo "No mail sent"              #  reference output file
1337      else              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1338          $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1339                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1340                mkdir $rel_CDIR
1341                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1342                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1343                run_clean $dir/tr_run.$ex
1344                linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
1345                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1346                && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
1347                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1348                fres="$fres.$ex"
1349                echo
1350                echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1351                touch $CDIR"/summary.txt"
1352                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1353                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1354                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1355                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1356                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1357                if test "x$ADM" = xt ; then
1358                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1359                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1360                                       >> $CDIR"/summary.txt"
1361                fi
1362                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1363                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1364                fi
1365            done
1366    
1367        #postclean $dir/$builddir
1368        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1369            makeclean $dir/$builddir \
1370                && run_clean $dir/$rundir
1371        fi
1372    
1373        echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1374    
1375    done
1376    
1377    printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1378    echo "$start_date" >> $SUMMARY
1379    printf "End time:    " >> $SUMMARY
1380    date >> $SUMMARY
1381    
1382    #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1383    #  to send email using mpack.
1384    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1385        echo "No results email was sent."
1386    else
1387        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1388            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1389                && gzip $DRESULTS".tar" \
1390                && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1391          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1392          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1393              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
1394                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1395                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1396                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1397                echo
1398          else          else
1399              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              echo
1400                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1401                echo "  \"$ADDRESSES\""
1402                echo
1403                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1404                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1405          fi          fi
1406      fi      fi
1407    fi
1408    
1409      echo "-------------------------------------------------------------------------------"  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1410            rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1411      NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  fi
       
 done  
1412    
1413  rm tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1414        cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1415        if test -e tr_out.txt ; then
1416            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1417        fi
1418        cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1419    fi
1420    
1421  cat $SUMMARY  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1422        rm -rf $DRESULTS
1423    fi
1424    

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