/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.9.2.8 by edhill, Sat Oct 4 02:10:52 2003 UTC revision 1.118 by jmc, Thu Aug 28 17:12:10 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 10  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of test dirs to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
20      echo "  (-b|-bash)STRING         location of \"bash\" executable"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
21      echo "                             (DEF=\"\" for \"/bin/bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
22      echo "  (-command)STRING         command to run"      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"
23        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
24        echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
25        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
26        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
27        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
28        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
29        echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
30        echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
31        echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
32        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
33        echo "  (-command) STRING        command to run"
34      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
35      echo "  (-m|-make)STRING         command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
36      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
37        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
38        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
39        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
40        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
41        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
42        echo "                             (DEF=\"12\")"
43        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
44      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
45      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
46      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
47      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
48      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
49        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
50        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
51        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
52        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
53      echo      echo
54      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
55      echo "such as:"      echo "such as:"
56        echo
57      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
58      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
59      echo      echo
60        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
61        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
62        echo
63      exit 1      exit 1
64  }  }
65    
66  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
67  build_mpack()  build_mpack()
68  {  {
69      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
70      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
71        if test ! -x $MPACK ; then
72          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
73                echo
74              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
75              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
76              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
77              exit 1              echo
78                HAVE_MPACK=f
79          fi          fi
80          echo -n "building mpack...  "          if test "x$CC" = x ; then
81          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1              export CC=cc
82            fi
83            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
84            ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
85          RETVAL=$?          RETVAL=$?
86          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
87              echo              echo
88              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
89              exit 1              echo
90                HAVE_MPACK=f
91            else
92                rm -f tr_build_mpack.out
93                HAVE_MPACK=t
94                echo "done"
95          fi          fi
96        else
97            HAVE_MPACK=t
98            echo "already exist"
99      fi      fi
     echo "OK"  
 }  
   
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
100  }  }
101    
102  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
103  {  {
104      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
105      #      #
106      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
107      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
108        #  using search strings s1 and text label
109    
110      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
111          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
112      fi      fi
113      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
114          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
115          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
116          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
117              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
118                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
119              fi              fi
120              return 99              return 99
121          fi          fi
122      else      else
123          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
124          return 99          return 99
125      fi      fi
126      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
127          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
128      fi      fi
129      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
130      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
131      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
132          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
133              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
134          fi          fi
135          return 99          return 99
136      fi      fi
137        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
138            if [ $verbose -gt 0 ]; then
139                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
140            fi
141            return 99
142        fi
143        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
144        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
145            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
146            return 99
147        fi
148        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
149        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
150            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
151            return 99
152        fi
153      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
154          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
155      fi      fi
156      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
157      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
158          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
159      fi      fi
160      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
161      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
162        fi
163        echo "-1" >> tmp3.txt
164        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
165        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
166        digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
167      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
168          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
169              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
170          fi          fi
171          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
172      else      else
173          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
174              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
175          fi          fi
176      fi      fi
177      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
178            
179      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
180  }  }
181    
182  dashnum()  testoutput_run()
 {  
     # dashnum n1 n2 n3 ...  
     #  
     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99  
   
     for num in $@ ; do  
         if [ $num = 99 ]; then  
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
     done  
 }  
   
 testoutput()  
183  {  {
184      # testoutput diretory subdir      # testoutput_run directory subdir reference_output
185      #      #
186      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
187    # --> same processing for adjoint & forward test
188      if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
189          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
190      fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
191      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
192      if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
193          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
194      fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
195                # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
196      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
197      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
198      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
199      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?          # check for ptracer output in reference_output file :
200      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?          outpref=$1/results/$3
201      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
202      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
203      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
204      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?              ptrfound=0
205      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?              for jj in $ptr_mon ; do
206      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
207      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
208      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
209      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?              done
210      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?              if test $ptrfound = '1' ; then
211      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
212                    else
213      dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
214          $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd                if test "x$ADM" = x ; then
215                  # remove this ptr from the list of output variable to check
216                  # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
217                    listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
218                  fi
219                fi
220            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
221            done
222            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
223            if test $tst != 1 ; then
224              if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
225                     else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
226              echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
227            #- put it back once:
228              listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
229            fi
230            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
231            echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
232            allargs=""
233            for xx in $listVar
234            do
235              case $xx in
236               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
237                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
238                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
239                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
240              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
241              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
242               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
243               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
244               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
245               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
246               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
247               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
248               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
249               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
250               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
251               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
252               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
253               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
254               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
255               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
256               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
257               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
258            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
259               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
260            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
261               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
262            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
263               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
264            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
265               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
266             'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
267             'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
268             'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;
269             'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
270             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
271             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
272             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
273             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
274             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
275             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;
276             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;
277             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
278            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
279            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
280            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
281            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
282            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
283            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
284                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
285              esac
286              if test $xx = $sVar
287              then allargs="$allargs > $yy <"
288              else allargs="$allargs $yy"
289              fi
290            done
291    
292            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
293            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
294            #-- fill line (up to standard length) with dot:
295              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
296              echo $allargs $adNul
297            else
298              echo $allargs
299            fi
300    # <-- same processing for adjoint & forward test
301  }  }
302    
303  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 182  genmakemodel() Line 306  genmakemodel()
306      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
307          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
308      else      else
309          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
310                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
311            else
312                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
313            fi
314          (          (
315              cd $1;              cd $1;
316              printf 'genmake ... ' 1>&2              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
317              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE --mods=../code"              if test "x$ADM" = x ; then
318                    command="$command --mods=../code"
319                else
320                    command="$command --mods=../code_ad"
321                fi
322              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
323                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
                 # echo "  command=\"$command\""  
324              fi              fi
325                if test "x$IEEE" != x ; then
326                    command="$command -ieee"
327                fi
328                if test "x$GSL" = xt ; then
329                    command="$command -gsl"
330                fi
331                if test "x$MPI" = xt ; then
332                    command="$command -mpi"
333                fi
334                if test "x$TS" = xt ; then
335                    command="$command -ts"
336                fi
337                if test "x$PAPIS" = xt ; then
338                    command="$command -papis"
339                else
340                if test "x$PCLS" = xt ; then
341                    command="$command -pcls"
342                fi
343                fi
344                printf 'genmake ... ' 1>&2
345              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
346              RETVAL=$?              RETVAL=$?
347              for i in genmake_state genmake_optfile genmake_local Makefile ; do              #  Reduce the size of the testing emails!
348                  if test -r $i ; then              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
                     cp $i $CDIR  
                 fi  
             done  
349              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
350                  tail make.log                  tail make.log
351                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
352                  cp make.log $CDIR                  cp genmake_* make.log $CDIR
353                  return 1                  return 1
354              else              else
355                  echo "succesful" 1>&2                  echo "successful" 1>&2
356              fi              fi
357          )          )
358      fi      fi
# Line 214  makeclean() Line 362  makeclean()
362  {  {
363      # makeclean directory      # makeclean directory
364      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
365          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
366      else      else
367          (          (
368              cd $1;              cd $1;
369              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
370              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
371                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
372                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
373                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
374                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
375                      tail make.log                      tail make.log
376                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
377                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
378                      return 1                      return 1
379                  fi                  fi
380              fi              fi
381              echo succesful 1>&2              echo successful 1>&2
382                exit 0
383            )
384        fi
385    }
386    
387    run_clean()
388    {
389        # run_clean directory
390        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
391            echo "run_clean skipped!"
392        else
393            (
394                cd $1;
395                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
396                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
397                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
398                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
399                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
400                find . -type l -exec rm {} \;
401                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
402                rm -rf mnc_test_*
403                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
404                echo successful 1>&2
405              exit 0              exit 0
406          )          )
407      fi      fi
# Line 255  makedependmodel() Line 424  makedependmodel()
424                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
425                  return 1                  return 1
426              else              else
427                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
428              fi              fi
429          )          )
430      fi      fi
# Line 268  makemodel() Line 437  makemodel()
437          cd $1;          cd $1;
438          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
439              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
440              $MAKE >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = x ; then
441                    if test "x$JOBS" = x ; then
442                        $MAKE >> make.log 2>&1
443                    else
444                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
445                    fi
446                else
447                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
448                fi
449              RETVAL=$?              RETVAL=$?
450              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
451                  tail make.log                  tail make.log
# Line 276  makemodel() Line 453  makemodel()
453                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
454                  return 1                  return 1
455              else              else
456                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
457              fi              fi
458          fi          fi
459      )      )
460  }  }
461    
462    symlink_mpifiles()
463    {
464        # Put special links so that MPI specific files are used
465        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
466        # the Makefile will link to non-mpi files by default
467    
468        dir=$1
469        code_dir=$2
470        BUILD_DIR=$dir/$3
471        CODE_DIR=$dir/$code_dir
472        
473        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
474        MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
475    
476        #  Is this an MPI run?
477        if test "x$MPI" = xt ; then
478            # YES: We symbolically link these files to the build
479            # dir so long as there is no real file in place
480            for ii in $MPI_FILES ; do
481                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
482                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
483                cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1
484                RETVAL=$?
485                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
486                    if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
487                        #echo Linking $name to $i
488                        (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
489                    fi
490                fi
491            done
492        else
493            # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
494            for ii in $MPI_FILES ; do
495                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
496                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
497                if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
498                    cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
499                    RETVAL=$?
500                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
501                        #echo Un-linking $name from $linktarg
502                        rm -f $BUILD_DIR/$name
503                    fi
504                fi
505            done
506        fi
507        
508    }
509    
510  linkdata()  linkdata()
511  {  {
512      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
513      #      #
514      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
515      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test -d $1 ; then
516          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
517                cd $1 ; shift
518                if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
519                # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
520                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
521                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
522                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
523                        if test ! -r eedata ; then
524                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
525                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
526                        fi
527                    else
528                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
529                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
530                    fi
531                fi
532                prevDir='NONE'
533                for ldir in $* ; do
534                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
535                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
536                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
537                        for i in $files ; do
538                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
539                                if test ! -r $i  ; then
540                                    printf ' '$i 1>&2
541                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
542                                fi
543                            fi
544                        done
545                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
546                            "../"$ldir"/"prepare_run
547                        fi
548                        printf ' ; ' 1>&2
549                    fi
550                    prevDir=$ldir
551                done
552            )
553      fi      fi
554  }  }
555    
# Line 296  runmodel() Line 557  runmodel()
557  {  {
558      # runmodel directory      # runmodel directory
559      #      #
560      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
561      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
562      (      (
563          cd $1          cd $1
564          printf 'runmodel: ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
565          # make output.txt          # make output.txt
566          $COMMAND          echo
567          RETVAL=$?          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
568          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
569              cp output.txt $CDIR"/output.txt"              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; rm -f run.log ; fi
570            fi
571            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
572                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00
573                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
574            fi
575            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
576                    rm -f run.log ; touch run.log
577                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
578                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
579                    RETVAL=8
580                    ENDVAL=-1
581            else
582                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
583                  # output do not exist or is older than executable:
584                    rm -f run.log ; touch run.log
585                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
586                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
587                    RETVAL=$?
588                else
589                    RETVAL=0
590                    if test -f run.log ; then
591                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
592                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
593                    else
594                        touch run.log
595                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
596                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
597                        echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1
598                    fi
599                fi
600                ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
601            fi
602            rm -f run.log_00
603            #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
604            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
605                tail run.log
606                echo successful 1>&2
607                # === Reduce the size of the testing emails!
608                #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
609                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
610              return 0              return 0
611          else          else
612                tail run.log
613                echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
614                cp run.log $CDIR"/run.log"
615                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
616              return 1              return 1
617          fi          fi
618      )      )
# Line 317  createcodelet() Line 622  createcodelet()
622  {  {
623      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
624    
625      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
626      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
627        program cmpnum  #include <stdio.h>
628        implicit none  #include <math.h>
629        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
630        integer linnum,best    int linnum,cmplin,best,lncnt;
631        best=-16    double a,b,abave,relerr;
632    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
633        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
634  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
635        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
636          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
637          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
638  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
639            linnum=int(log10(diff))      if ( abave == abave ) {
640            best=max(best,linnum)        if (abave > 0.0) {
641          endif          relerr=fabs(a-b)/abave;
642        else          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
643          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22          else { cmplin = -16 ; }
644        endif          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
645        goto 99        else { cmplin = -22 ; }
646    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
647    70  print *,-best        }
648        end     else {
649  EOFA     /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
650          break; }
651      }
652      if (lncnt == 999) best=-29;
653      if (linnum != -1) best=-99;
654      printf("%d\n", -best);
655      return 0;
656    }
657    EOF
658        $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
659    
660      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
661          echo "OK"          echo "OK"
662          return 0          return 0
663      else      else
664          echo          echo
665          echo "createcodelet: failed to compile codelet"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
666            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
667          exit 1          exit 1
668      fi      fi
669  }  }
# Line 361  formatresults() Line 675  formatresults()
675      nm=$1      nm=$1
676      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
677      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
678      printf '%3s' $@      listPrt=$@
679        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
680        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
681        printf '%3s' $listPrt
682    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
683    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
684            
685      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
686            printf ' N/O '
687        elif [ $xx = '--' ]; then
688            printf ' N/O '
689        elif [ $xx = 99 ]; then
690          printf ' N/O '          printf ' N/O '
691      else      else
692          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
693              printf ' pass'              printf ' pass'
694          else          else
695              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 377  formatresults() Line 700  formatresults()
700            
701  }  }
702    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -noieee    By default, $0 uses the -ieee option for genmake. This turns it off.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
 }  
   
703  scandirs()  scandirs()
704  {  {
705      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
706          for arg in * ; do          for arg in * ; do
707              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
708          done          done
709      else      else
710          echo $*          echo $*
711      fi      fi
712  }  }
713    
714    
715  ###############################################################################  ###############################################################################
 ###############################################################################  
 ###############################################################################  
716    
717    
718  #  Default properties  #  Default properties
719  debug=0  debug=0
720  verbose=1  verbose=1
721  clean=0  clean=0
722  expts=''  
723  # ieee=1  IEEE=true
724    if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
725        IEEE=$MITGCM_IEEE
726    fi
727    GSL=f
728    
729  CLEANUP=f  CLEANUP=f
730  QUICK=f  QUICK=f
731  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
732  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
733  NODEPEND=f  NODEPEND=f
734    POSTCLEAN=f
735    
736  BASH=  BASH=
737  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
738  ADDRESSES=  ADDRESSES=
739  TESTDIRS=  TESTDIRS=
740    SKIPDIRS=
741  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
742  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  HAVE_MPACK=
743  COMMAND="make output.txt"  MPACK=
744  MAKE=make  COMMAND=
745    if test "x$MAKE" = x ; then
746        MAKE=make
747    fi
748    if test "x$CC" = x ; then
749        CC=cc
750    fi
751    JOBS=
752  MPI=f  MPI=f
753    MULTI_THREAD=f
754    OUTDIR=
755    DELDIR=
756    
757    ADM=
758    
759    # list of pTracers to check for monitor output
760    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
761    
762  echo -n "parsing options...  "  MATCH_CRIT=13
763    
764    printf "parsing options...  "
765    
766  ac_prev=  ac_prev=
767  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 465  for ac_option ; do Line 789  for ac_option ; do
789              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
790          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=*)
791              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
792            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
793                ac_prev=MPACKDIR ;;
794            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
795                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
796    
797          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
798              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
799          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
800              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
801    
802            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
803                ac_prev=SKIPDIRS ;;
804            -skipdir=* | --skipdir=*)
805                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
806    
807          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
808              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
809          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 486  for ac_option ; do Line 819  for ac_option ; do
819          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
820              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
821    
822            -odir | --odir)
823                ac_prev=OUTDIR ;;
824            -odir=* | --odir=*)
825                OUTDIR=$ac_optarg ;;
826    
827            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
828                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
829            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
830                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
831    
832            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
833            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
834    
835            -j) ac_prev=JOBS ;;
836            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
837    
838          -clean | --clean)          -clean | --clean)
839              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
840    
841          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
842              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 498  for ac_option ; do Line 847  for ac_option ; do
847          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
848              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
849    
850            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
851                POSTCLEAN=t ;;
852    
853          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
854    
855            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
856    
857            -adm | -ad) ADM=t ;;
858    
859            -ieee) IEEE=true ;;
860            -noieee) IEEE= ;;
861            -gsl) GSL=t ;;
862    
863          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
864          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
865          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
866    
867            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
868    
869            -ts) TS=t;;
870    
871            -papis) PAPIS=t;;
872    
873            -pcls) PCL=t;;
874    
875          -*)          -*)
876              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
877              usage              usage
# Line 523  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 892  if test "x$QUICK" = xt ; then
892      NODEPEND=t      NODEPEND=t
893  fi  fi
894    
895    #- setting for forward or ADM testing
896    if test "x$ADM" = xt ; then
897        code_dir=code_ad
898        inputdir=input_ad
899        ref_outp="output_adm.txt"
900        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
901    else
902        code_dir=code
903        inputdir=input
904        ref_outp="output.txt"
905        EXECUTABLE="mitgcmuv"
906    fi
907    
908  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
909      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
910    else
911        #- expand group of experiments:
912        LIST=" "
913        for xx in $TESTDIRS
914        do
915          case $xx in
916            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
917                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
918                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
919                    ;;
920            'tutorials')
921                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
922            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
923          esac
924        done
925  fi  fi
926    #echo 'LIST='${LIST}'<'
927    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
928    TESTDIRS=" "
929    count=0
930    for xx in $LIST
931    do
932        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
933        if test $yy = 0 ; then
934            if test -d $xx ; then
935                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
936                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
937            else count=1 ;
938                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
939            fi
940        else
941            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
942            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
943            fi
944        fi
945    done
946    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
947    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
948    
949  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
950      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
951  fi  fi
952    
953  echo "OK"  OUTPUTFILE=$ref_outp
954    if test "x$COMMAND" = x ; then
955        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
956    fi
957    if test "x$MPI" = xt ; then
958        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
959    fi
960    
961    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
962    
963    # set the Default List of output variables to be checked:
964    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
965    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
966    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
967    if test "x$ADM" = x ; then
968        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
969        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
970        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
971        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
972        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
973    else
974        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
975        EMPTY_RESULTS='.. ..'
976        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
977    fi
978    
979  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
980  createcodelet  createcodelet
981    
982  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
983  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
984        echo "skipping mpack build"
985    else
986        build_mpack
987    fi
988    
989  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
990    CMDLINE=$0
991    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
992        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
993                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
994    done
995    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
996  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
997  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
998  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
999  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1000    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1001        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1002    fi
1003  DNUM=0  DNUM=0
1004  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1005  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 553  done Line 1009  done
1009  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
1010  RETVAL=$?  RETVAL=$?
1011  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1012      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
1013      exit 1      exit 1
1014  fi  fi
1015  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
1016  date > $SUMMARY  start_date=`date`
1017  cat << EOF >> $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1018                  T           S           U           V  echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1019  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
 E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  
 N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  
 2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  
   
 EOF  
   
 NDIR=0  
1020    
1021    of_path=
1022  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1023      if test -r $OPTFILE ; then      if test -r $OPTFILE ; then
1024          OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"          # get the path
1025            path=${OPTFILE%/*}
1026            if test "x$path" = x ; then
1027                of_path=`pwd`
1028            else
1029                of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
1030            fi
1031            file=${OPTFILE##*/}
1032            OPTFILE=$of_path/$file
1033            cp $OPTFILE $DRESULTS
1034            echo >> $SUMMARY
1035            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1036        else
1037            echo | tee $SUMMARY
1038            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
1039            exit 1
1040      fi      fi
1041    else
1042        echo >> $SUMMARY
1043        echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY
1044        echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY
1045  fi  fi
1046  echo  echo
 echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
1047  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1048    if test "x$ADM" = x ; then
1049        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1050        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1051        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1052           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1053    #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1054        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1055        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1056        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1057        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1058        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1059            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1060            line_1="$line_1        m  s"
1061            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1062            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1063            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1064        done
1065        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1066        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1067        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1068        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1069        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1070        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1071    else
1072        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1073        echo >> $SUMMARY
1074        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1075        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1076        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1077        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1078        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1079    G D M    C  G
1080    E p a R  o  r
1081    N n k u  s  a
1082    2 d e n  t  d
1083    
1084    EOF
1085    fi
1086    
1087  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1088  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1089            
1090        # set builddir & rundir:
1091        builddir="build"
1092        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1093        rundir="run"
1094        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1095            rundir=$builddir
1096        fi
1097        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1098        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1099    
1100      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1101      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1102          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then
1103              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/$builddir
1104                ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )
1105          fi          fi
1106          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1107              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir
1108                run_clean $dir/$rundir
1109          fi          fi
1110            (
1111                cd $dir
1112                rm -rf tr_run.*
1113            )
1114          continue          continue
1115      fi      fi
1116    
1117      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1118      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1119      if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1120          echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir"      if test ! -r $fout ; then
1121            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1122          continue          continue
1123      fi      fi
1124    
1125      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      # Check for specific files for particular type of run
     echo  
     echo "Experiment:  $dir"  
     echo  
     unset genmake makedepend make run  
     results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
1126    
1127      if [ -r $dir/build ]; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1128          seperatebuilddir=1          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1129          builddir=build          continue
         rundir=build  
         ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )  
     else  
         seperatebuilddir=0  
         builddir=input  
         rundir=input  
     fi  
       
     CODE_DIR=$dir/code  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
     MPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_mpi SIZE.h_mpi"  
     NOMPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_nompi SIZE.h_nompi"  
   
     #  Is this an MPI run?  
     if test "x$MPI" = xt ; then  
         FILES=$MPI_FILES  
     else  
         FILES=$NOMPI_FILES  
1130      fi      fi
1131            if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1132      #  Check to see that we have the files          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
     have_files=t  
     for i in $FILES ; do  
         if test ! -r $CODE_DIR/$i ; then  
             echo "Warning: can't read file $CODE_DIR/$i"  
             have_files=f  
         fi  
     done  
     if test "x$have_files" != xt -a "x$MPI" = xt ; then  
         echo "Skipping $dir due to lack of input files (see above warning)"  
1133          continue          continue
1134      fi      fi
1135        
1136      #  If we have the $FILES and they differ, copy the $FILES to $BUILD_DIR      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1137      if test "x$have_files" = xt ; then      extra_runs=
1138          for i in $FILES ; do      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1139              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$i > /dev/null 2>&1      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1140              RETVAL=$?      for exd in $ex_run_dirs ; do
1141              if test "x$RETVAL" != x0 ; then          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1142                  cp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$i          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1143            outf="$dir/results/$refExOut"
1144            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1145                if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1146                    if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1147                        extra_runs="$extra_runs $name"
1148                    #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1149                    fi
1150                else
1151                    extra_runs="$extra_runs $name"
1152              fi              fi
1153          done          fi
1154        done
1155    
1156        echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1157        echo
1158        if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1159           echo "Experiment:  $dir"
1160        else
1161           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1162      fi      fi
1163            echo
1164        unset genmake makedepend make run
1165        results=$EMPTY_RESULTS
1166    
1167      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1168      CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
1169      mkdir $CDIR      mkdir $rel_CDIR
1170      CDIR=`pwd`"/$CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1171            
1172      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1173          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1174            makeclean $dir/$builddir \
1175                && run_clean $dir/$rundir
1176      else      else
1177          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1178              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1179                && run_clean $dir/$rundir \
1180                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1181              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1182              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1183              && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
1184              && runmodel $dir/$builddir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1185              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1186      fi      fi
1187            
1188      echo      echo
1189      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1190          ${run:-N} $results          echo
1191      echo          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1192      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          touch $CDIR"/summary.txt"
1193          ${run:-N} $results >> $SUMMARY          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1194      echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1195      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1196          ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1197      echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1198      echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          if test "x$ADM" = xt ; then
1199      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1200      echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1201      echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"                                  >> $CDIR"/summary.txt"
1202            fi
1203    
1204            for ex in $extra_runs ; do
1205                unset run
1206                results=$EMPTY_RESULTS
1207                #  reference output file
1208                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1209                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1210                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1211                mkdir $rel_CDIR
1212                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1213                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1214                run_clean $dir/tr_run.$ex
1215                linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
1216                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1217                && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
1218                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1219                fres="$fres.$ex"
1220                echo
1221                echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1222                touch $CDIR"/summary.txt"
1223                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1224                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1225                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1226                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1227                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1228                if test "x$ADM" = xt ; then
1229                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1230                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1231                                       >> $CDIR"/summary.txt"
1232                fi
1233                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1234                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1235                fi
1236            done
1237    
1238        #postclean $dir/$builddir
1239        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1240            makeclean $dir/$builddir \
1241                && run_clean $dir/$rundir
1242        fi
1243            
1244      (      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
         cd $DRESULTS  
         tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1  
         gzip $NDIR".tar"  
     )  
1245            
1246      if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  done
1247          echo "No mail sent"  
1248      else  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1249          $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1250    printf "End time:    " >> $SUMMARY
1251    date >> $SUMMARY
1252    
1253    #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1254    #  to send email using mpack.
1255    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1256        echo "No results email was sent."
1257    else
1258        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1259            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1260                && gzip $DRESULTS".tar" \
1261                && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1262          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1263          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1264              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
1265                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1266                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1267                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1268                echo
1269          else          else
1270              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              echo
1271                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1272                echo "  \"$ADDRESSES\""
1273                echo
1274          fi          fi
1275            test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1276            test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1277      fi      fi
1278    fi
1279    
1280      echo "-------------------------------------------------------------------------------"  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
       
     NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  
       
 done  
1281    
1282  rm tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1283        cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1284        if test -e tr_out.txt ; then
1285            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1286        fi
1287        cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1288    fi
1289    
1290  cat $SUMMARY  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1291        rm -rf $DRESULTS
1292    fi
1293    
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