/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.9.2.5 by edhill, Fri Oct 3 16:03:00 2003 UTC revision 1.76 by jmc, Sun Feb 26 17:40:37 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 11  usage() Line 12  usage()
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"
15        echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
16        echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
17      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
18      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
19      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
20      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"
21      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"
22      echo "  (-b|-bash)STRING         location of \"bash\" executable"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
23      echo "                             (DEF=\"\" for \"/bin/bash\")"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
24      echo "  (-c|-command)STRING      command to run"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
25        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
26        echo "  (-command) STRING        command to run"
27      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
28      echo "  (-m|-make)STRING         command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
29      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
30        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
31        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
32        echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
33        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
34        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
35        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
36      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
37      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
38      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
39      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
40        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
41      echo      echo
42      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
43      echo "such as:"      echo "such as:"
44        echo
45      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
46      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
47      echo      echo
48        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
49        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
50        echo
51      exit 1      exit 1
52  }  }
53    
54  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
55  build_mpack()  build_mpack()
56  {  {
57      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
58      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
59          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
60                echo
61              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
62              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
63              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
64              exit 1              echo
65                HAVE_MPACK=f
66          fi          fi
67          echo -n "building mpack...  "          printf "building mpack...  "
68          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1          if test "x$CC" = x ; then
69                export CC=cc
70            fi
71            ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
72          RETVAL=$?          RETVAL=$?
73          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
74              echo              echo
75              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
76              exit 1              echo
77                HAVE_MPACK=f
78            else
79                rm -f tr_build_mpack.out
80                HAVE_MPACK=t
81          fi          fi
82        else
83            HAVE_MPACK=t
84      fi      fi
85      echo "OK"      echo "OK"
86  }  }
87    
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
 }  
   
88  testoutput_for_prop()  testoutput_for_prop()
89  {  {
90      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension
91      #      #
92      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt
93      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
# Line 78  testoutput_for_prop() Line 96  testoutput_for_prop()
96          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2
97      fi      fi
98      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then
99          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
100          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
101          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
102              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
103                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
104              fi              fi
# Line 91  testoutput_for_prop() Line 109  testoutput_for_prop()
109          return 99          return 99
110      fi      fi
111      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
112          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2
113      fi      fi
114      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
115      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
116      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
117          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
118              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
119          fi          fi
120          return 99          return 99
121      fi      fi
122        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
123            if [ $verbose -gt 0 ]; then
124                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
125            fi
126            return 99
127        fi
128        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
129        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
130            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2
131            return 99
132        fi
133        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
134        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
135            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2
136            return 99
137        fi
138      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
139          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
140      fi      fi
# Line 108  testoutput_for_prop() Line 142  testoutput_for_prop()
142      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
143          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2
144      fi      fi
145      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
146      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
147        fi
148        echo "-1" >> tmp3.txt
149        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
150        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
151        digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`
152      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
153          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
154              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
# Line 120  testoutput_for_prop() Line 159  testoutput_for_prop()
159              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2
160          fi          fi
161      fi      fi
162      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
163            
164      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
165  }  }
# Line 140  dashnum() Line 179  dashnum()
179      done      done
180  }  }
181    
182    testoutput_ad()
183    {
184        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
185        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
186        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
187        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
188        join t05.txt t15.txt > t5.txt
189        join t06.txt t16.txt > t6.txt
190        echo "-1" >> t5.txt
191        echo "-1" >> t6.txt
192        digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`
193        digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`
194        dashnum $digits_5 $digits_6
195        rm -f t[01][56].txt t[56].txt
196    }
197    
198    check_for_add_mon_output()
199    {
200        # Check for additional types of monitor output
201        if test "x$1" = x ; then
202            return
203        fi
204    
205        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
206            eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
207        done
208    
209        ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
210        ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
211        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
212            for jj in $ptr_add ; do
213                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
214                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
215                if test ! "x$tst" = x0 ; then
216                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
217                fi
218            done
219            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
220        done
221    }
222    
223  testoutput()  testoutput()
224  {  {
225      # testoutput diretory subdir      # testoutput directory subdir extension
226      #      #
227      #  test output in "directory"      #  test output in "directory"
228        if test "x$ADM" = x ; then
229            if [ $debug -gt 0 ]; then
230                echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2
231            fi
232            testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?
233            if [ $debug -gt 0 ]; then
234                echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2
235            fi
236            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?
237            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?
238            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?
239            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?
240            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?
241            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?
242            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?
243            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?
244            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?
245            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?
246            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?
247            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?
248            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?
249            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
250            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
251            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
252    
253            #  This is for PTRACERS
254            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
255                eval `echo "p0"$ii"_min=99"`
256                eval `echo "p0"$ii"_max=99"`
257                eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`
258                eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`
259                tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
260                #echo 'tst = '$tst
261                if test "x$tst" = xt ; then
262                    a="trcstat_ptracer0"
263                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3
264                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`
265                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3
266                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`
267                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3
268                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`
269                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3
270                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`
271                fi
272            done
273    
274      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"
275          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"
276      fi          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"
277      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"
278      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"
279          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"
280            allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"
281    
282            eval "dashnum $allargs"
283    
284        else
285            testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
286      fi      fi
       
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?  
       
     dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
         $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd  
287  }  }
288    
289  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 181  genmakemodel() Line 292  genmakemodel()
292      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
293          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
294      else      else
295          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
296                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
297            else
298                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
299            fi
300          (          (
301              cd $1;              cd $1;
302                command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
303                if test "x$ADM" = x ; then
304                    command="$command --mods=../code"
305                else
306                    command="$command --mods=../code_ad"
307                    command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"
308                fi
309                if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
310                    command="$command --optfile=$OPTFILE"
311                fi
312                if test "x$IEEE" != x ; then
313                    command="$command -ieee"
314                fi
315                if test "x$MPI" = xt ; then
316                    command="$command -mpi"
317                fi
318              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
319              # ../../../tools/genmake -ieee -mods=../code > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
             $GENMAKE2  -ds -m $MAKE --mods=../code "--optfile="$OPTFILE > make.log 2>&1  
320              RETVAL=$?              RETVAL=$?
321              for i in gm_state gm_optfile gm_local Makefile ; do              #  Reduce the size of the testing emails!
322                  if test -r $i ; then              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
                     cp $i $CDIR  
                 fi  
             done  
323              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
324                  tail make.log                  tail make.log
325                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
326                  cp make.log $CDIR                  cp genmake_* make.log $CDIR
327                  return 1                  return 1
328              else              else
329                  echo "succesful" 1>&2                  echo "successful" 1>&2
330              fi              fi
331          )          )
332      fi      fi
# Line 227  makeclean() Line 354  makeclean()
354                      return 1                      return 1
355                  fi                  fi
356              fi              fi
357              echo succesful 1>&2              echo successful 1>&2
358                exit 0
359            )
360        fi
361    }
362    
363    postclean()
364    {
365        # postclean directory
366        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
367            (
368                cd $1;
369                if test -r Makefile ; then
370                    $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1
371                fi
372              exit 0              exit 0
373          )          )
374      fi      fi
# Line 250  makedependmodel() Line 391  makedependmodel()
391                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
392                  return 1                  return 1
393              else              else
394                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
395              fi              fi
396          )          )
397      fi      fi
# Line 263  makemodel() Line 404  makemodel()
404          cd $1;          cd $1;
405          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
406              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
407              $MAKE >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = x ; then
408                    if test "x$JOBS" = x ; then
409                        $MAKE >> make.log 2>&1
410                    else
411                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
412                    fi
413                else
414                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
415                fi
416              RETVAL=$?              RETVAL=$?
417              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
418                  tail make.log                  tail make.log
# Line 271  makemodel() Line 420  makemodel()
420                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
421                  return 1                  return 1
422              else              else
423                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
424              fi              fi
425          fi          fi
426      )      )
427  }  }
428    
429    symlink_mpifiles()
430    {
431        # Put special links so that MPI specific files are used
432        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
433        # the Makefile will link to non-mpi files by default
434    
435        dir=$1
436        code_dir=$2
437        BUILD_DIR=$dir/$3
438        CODE_DIR=$dir/$code_dir
439        
440        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
441        MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
442    
443        #  Is this an MPI run?
444        if test "x$MPI" = xt ; then
445            # YES: We symbolically link these files to the build
446            # dir so long as there is no real file in place
447            for ii in $MPI_FILES ; do
448                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
449                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
450                cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1
451                RETVAL=$?
452                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
453                    if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
454                        #echo Linking $name to $i
455                        (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
456                    fi
457                fi
458            done
459        else
460            # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
461            for ii in $MPI_FILES ; do
462                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
463                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
464                if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
465                    cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
466                    RETVAL=$?
467                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
468                        #echo Un-linking $name from $linktarg
469                        rm -f $BUILD_DIR/$name
470                    fi
471                fi
472            done
473        fi
474        
475    }
476    
477  linkdata()  linkdata()
478  {  {
479      # linkdata flag      # linkdata flag
480      #      #
481      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
482      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test "x$1" = x1 ; then
483          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
484                cd $2
485                if test "x$ADM" = x ; then
486                    files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`
487                    for i in $files ; do
488                        if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then
489                            ln -sf "../input/"$i $i
490                        fi
491                    done
492                else
493                    files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`
494                    for i in $files ; do
495                        if test ! -d "../input/"$i ; then
496                            ln -sf "../input/"$i $i
497                        fi
498                    done
499                    files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`
500                    for i in $files ; do
501                        if test ! -d "../input_ad/"$i ; then
502                            ln -sf "../input_ad/"$i $i
503                        fi
504                    done
505                fi
506            )
507      fi      fi
508  }  }
509    
# Line 291  runmodel() Line 511  runmodel()
511  {  {
512      # runmodel directory      # runmodel directory
513      #      #
514      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
515      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
516      (      (
517          cd $1          cd $1
518          printf 'runmodel: ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
519          # make output.txt          # make output.txt
520          $COMMAND          echo
521          RETVAL=$?          rm -f run.log
522            if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
523               ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1
524               RETVAL=$?
525            else
526               echo " $OUTPUTFILE is up to date " > run.log 2>&1
527               RETVAL=0
528            fi
529            # echo "COMMAND='$COMMAND'"
530            # echo "pwd='"`pwd`"'"
531          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
532              cp output.txt $CDIR"/output.txt"              tail run.log
533                echo successful 1>&2
534                # === Reduce the size of the testing emails!
535                # if test "x$ADM" = x ; then
536                #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
537                # else
538                #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"
539                # fi
540                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
541              return 0              return 0
542          else          else
543                tail run.log
544                echo failed 1>&2
545                cp run.log $CDIR"/run.log"
546                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
547              return 1              return 1
548          fi          fi
549      )      )
# Line 312  createcodelet() Line 553  createcodelet()
553  {  {
554      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
555    
556      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
557      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF
558        program cmpnum  #include <stdio.h>
559        implicit none  #include <math.h>
560        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
561        integer linnum,best    int linnum,best,lncnt;
562        best=-16    double a,b,abave,relerr;
563    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
564        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
565  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
566        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
567          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
568          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
569  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
570            linnum=int(log10(diff))      if (abave > 0.0) {
571            best=max(best,linnum)        relerr=fabs(a-b)/abave;
572          endif        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }
573        else        else { linnum = -16 ; }
574          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22        best = (best > linnum) ? best : linnum;
575        endif      }
576        goto 99    }
577    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'    if (lncnt == 999) best=-29;
578    70  print *,-best    printf("%d\n", -best);
579        end    return 0;
580  EOFA  }
581    EOF
582        $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
583    
584      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
585          echo "OK"          echo "OK"
586          return 0          return 0
587      else      else
588          echo          echo
589          echo "createcodelet: failed to compile codelet"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
590            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
591          exit 1          exit 1
592      fi      fi
593  }  }
# Line 383  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir Line 626  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir
626   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most
627   -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.   -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.
628   -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.   -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.
  -noieee    By default, $0 uses the -ieee option for genmake. This turns it off.  
629   -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files   -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files
630              and then exits. Use with care.              and then exits. Use with care.
631    
# Line 405  scandirs() Line 647  scandirs()
647    
648    
649  ###############################################################################  ###############################################################################
 ###############################################################################  
 ###############################################################################  
650    
651    
652  #  Default properties  #  Default properties
# Line 416  clean=0 Line 656  clean=0
656  expts=''  expts=''
657  # ieee=1  # ieee=1
658    
659    IEEE=true
660    if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
661        IEEE=$MITGCM_IEEE
662    fi
663    
664    
665  CLEANUP=f  CLEANUP=f
666  QUICK=f  QUICK=f
667  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
668  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
669  NODEPEND=f  NODEPEND=f
670    POSTCLEAN=f
671    
672  BASH=  BASH=
673  OPTFILES=  OPTFILE=NONE
674  ADDRESSES=  ADDRESSES=
675  TESTDIRS=  TESTDIRS=
676  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
677    HAVE_MPACK=
678  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
679  COMMAND="make output.txt"  COMMAND=
680  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
681        MAKE=make
682    fi
683    if test "x$CC" = x ; then
684        CC=cc
685    fi
686    JOBS=
687  MPI=f  MPI=f
688    OUTDIR=
689    DELDIR=
690    
691  echo -n "parsing options...  "  ADM=
692    
693    # Additional monitor types
694    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
695    
696    printf "parsing options...  "
697    
698  ac_prev=  ac_prev=
699  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 452  for ac_option ; do Line 713  for ac_option ; do
713              usage ;;              usage ;;
714                    
715          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile | --optfile | -of | --of)
716              ac_prev=OPTFILES ;;              ac_prev=OPTFILE ;;
717          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)
718              OPTFILES=$ac_optarg ;;              OPTFILE=$ac_optarg ;;
719                    
720          -addr | --addr | -a | --a)          -addr | --addr | -a | --a)
721              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
# Line 481  for ac_option ; do Line 742  for ac_option ; do
742          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
743              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
744    
745            -odir | --odir)
746                ac_prev=OUTDIR ;;
747            -odir=* | --odir=*)
748                OUTDIR=$ac_optarg ;;
749    
750            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
751                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
752            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
753                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
754    
755            -j) ac_prev=JOBS ;;
756            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
757    
758          -clean | --clean)          -clean | --clean)
759              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
760    
761          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
762              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 493  for ac_option ; do Line 767  for ac_option ; do
767          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
768              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
769    
770            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
771                POSTCLEAN=t ;;
772    
773          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
774    
775            -adm | -ad) ADM=t ;;
776    
777            -ieee) IEEE=true ;;
778            -noieee) IEEE= ;;
779    
780          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
781          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
         -clean) clean=1 ;;  
782          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
783    
784            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
785    
786          -*)          -*)
787              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
788              usage              usage
# Line 523  if test "x$TESTDIRS" = x ; then Line 807  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
807      TESTDIRS=`scandirs`      TESTDIRS=`scandirs`
808  fi  fi
809    
810  if test "x$OPTFILES" = x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
811      OPTFILES=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
812  fi  fi
813  if test "x$OPTFILES" = x ; then  
814      echo "Error: please specify an optfile using either the command-line or"  if test "x$ADM" = xt ; then
815      echo "  the MITGCM_OF environment variable.  Also, examples are located "      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
816      echo "  in \$ROOTDIR/tools/build_options"      OUTPUTFILE="output.txt_adm"
817      exit 1  else
818        EXECUTABLE="mitgcmuv"
819        OUTPUTFILE="output.txt"
820    fi
821    
822    if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
823        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE 2>&1"
824  fi  fi
825    
826  echo "OK"  if test "x$COMMAND" = x ; then
827        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
828    fi
829    
830    #echo "OK"
831    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
832    
833  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
834  createcodelet  createcodelet
835    
836  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
837  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
838        echo "skipping mpack build"
839    else
840        build_mpack
841    fi
842    
843  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
844  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
845  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
846  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
847  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
848    if test "x$OUTDIR" != x ; then
849        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
850    fi
851  DNUM=0  DNUM=0
852  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
853  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 555  done Line 857  done
857  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
858  RETVAL=$?  RETVAL=$?
859  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
860      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
861      exit 1      exit 1
862  fi  fi
863  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
864  date > $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
865  cat << EOF >> $SUMMARY  start_date=`date`
866                  T           S           U           V  echo $start_date > $SUMMARY
867  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  
868  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  of_path=
869  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
870  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      if test -r $OPTFILE ; then
871            # get the path
872  EOF          path=${OPTFILE%/*}
873            if test "x$path" = x ; then
874  NDIR=0              of_path=`pwd`
875            else
876  #  For each optfile...              of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
877  for OPTFILE in $OPTFILES ; do          fi
878            file=${OPTFILE##*/}
879      OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"          OPTFILE=$of_path/$file
880      if test ! -r $OPTFILE ; then          cp $OPTFILE $DRESULTS
881          echo "Error: can't read optfile \"$OPTFILE\""          echo >> $SUMMARY
882            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
883        else
884            echo | tee $SUMMARY
885            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
886          exit 1          exit 1
887      fi      fi
888      echo  else
     echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
889      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
890            echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY
891      #  ...and each test directory...      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY
892      for dir in $TESTDIRS ; do  fi
893    echo
894    echo >> $SUMMARY
895    if test "x$ADM" = x ; then
896        line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
897        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
898        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
899        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
900        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
901        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
902            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
903            #  if test "x$tst" = xt ; then
904            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
905            line_1="$line_1        m  s"
906            line_2="$line_2  m  m  e  ."
907            line_3="$line_3  i  a  a  d"
908            line_4="$line_4  n  x  n  ."
909            #  fi
910        done
911        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
912        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
913        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
914        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
915        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
916        echo " "       | tee -a $SUMMARY
917    else
918        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
919        echo >> $SUMMARY
920        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
921    G D M    C  G
922    E p a R  o  r
923    N n k u  s  a
924    2 d e n  t  d
925    
926          #  Cleanup only!  EOF
927          if test "x$CLEANUP" = xt ; then  fi
             if test -r $dir/build/Makefile ; then  
                 ( cd $dir/build ; make CLEAN )  
             fi  
             if test -r $dir/input/Makefile ; then  
                 ( cd $dir/input ; make CLEAN )  
             fi  
             continue  
         fi  
928    
929          #  Verify that the testdir exists and contains previous  #  ...and each test directory...
930          #  results in the correct location--or skip this directory!  for dir in $TESTDIRS ; do
931          if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      
932              echo      #  Cleanup only!
933              echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir"      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
934              echo          if test -r $dir/build/Makefile ; then
935              continue              ( cd $dir/build ; make CLEAN )
936          fi          fi
937            if test -r $dir/input/Makefile ; then
938          echo "-------------------------------------------------------------------------------"              ( cd $dir/input ; make CLEAN )
         echo  
         echo "Experiment:  $dir"  
         echo  
         unset genmake makedepend make run  
         results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
   
         if [ -r $dir/build ]; then  
             seperatebuilddir=1  
             builddir=build  
             rundir=build  
             ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )  
         else  
             seperatebuilddir=0  
             builddir=input  
             rundir=input  
939          fi          fi
940            (
941                cd $dir
942                rm -rf tr_run.*
943            )
944            continue
945        fi
946    
947          CODE_DIR=$dir/code      #  Verify that the testdir exists and contains previous
948          BUILD_DIR=$dir/$builddir      #  results in the correct location--or skip this directory!
949          MPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_mpi SIZE.h_mpi"      fout=
950          NOMPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_nompi SIZE.h_nompi"      if test "x$ADM" = x ; then
951          #  Is this an MPI run?          fout=$dir"/results/output.txt"
952          if test "x$MPI" = xt ; then      else
953              FILES=$MPI_FILES          fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"
954          else      fi
955              FILES=$NOMPI_FILES      if test ! -r $fout ; then
956          fi          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
957            continue
958        fi
959        if test "x$ADM" = x ; then
960            check_for_add_mon_output  $fout
961        fi
962    
963          #  Check to see that we have the files      # Check for additional types of monitor output
964          have_files=t  
965          for i in $FILES ; do      builddir="input"
966              if test ! -r $CODE_DIR/$i ; then      rundir="input"
967                  echo "Warning: can't read file $CODE_DIR/$i" | tee -a $SUMMARY      use_seperate_build=0
968                  have_files=f      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then
969            builddir="build"
970            rundir="build"
971            use_seperate_build=1
972            linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir
973        fi
974        
975        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
976        extra_runs=
977        if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then
978            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
979            echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
980            for exd in $ex_run_dirs ; do
981                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
982                outf="$dir/results/output.txt.$name"
983                if test -f $outf -a -r $outf ; then
984                    extra_runs="$extra_runs $name"
985              fi              fi
986          done          done
987          if test "x$have_files" != xt -a "x$MPI" = xt ; then      fi
             echo "Skipping $dir due to lack of input files (see above warning)" \  
                 | tee -a $SUMMARY  
             continue  
         fi  
988    
989          #  If we have the $FILES and they differ, copy the $FILES to $BUILD_DIR      if test "x$ADM" = x ; then
990          if "x$have_files" = xt ; then          code_dir=code
991              for i in $FILES ; do          CODE_DIR=$dir/code
992                  cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$i > /dev/null 2>&1      else
993                  RETVAL=$?          code_dir=code_ad
994                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then          CODE_DIR=$dir/code_ad
995                      cp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$i      fi
996                  fi      BUILD_DIR=$dir/$builddir
             done  
         fi  
997    
998          #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
999          CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1000          mkdir $CDIR          continue
1001          CDIR=`pwd`"/$CDIR"      fi
1002    
1003          if test "x$CLEANUP" = xt ; then      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1004              makeclean $dir/$builddir      echo
1005          else      echo "Experiment:  $dir"
1006              genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \      echo
1007                  && makeclean $dir/$builddir \      unset genmake makedepend make run
1008                  && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
                 && makemodel $dir/$builddir && make=Y \  
                 && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \  
                 && runmodel $dir/$builddir && run=Y \  
                 && results=`testoutput $dir $rundir`  
         fi  
1009    
1010        #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1011        rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
1012        mkdir $rel_CDIR
1013        CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1014        
1015        if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1016            makeclean $dir/$builddir
1017        else
1018            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1019                && makeclean $dir/$builddir \
1020                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1021                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1022                && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1023                && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \
1024                && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1025                && results=`testoutput $dir $rundir`
1026        fi
1027        
1028        echo
1029        if test "x$ADM" = x ; then
1030            fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1031          echo          echo
1032          formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "$fres" >> $SUMMARY
1033              ${run:-N} $results          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1034            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1035            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1036            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1037            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1038    
1039            for ex in $extra_runs ; do
1040                unset run
1041                results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1042                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1043                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1044                mkdir $rel_CDIR
1045                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1046                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1047                for ldir in input.$ex input ; do
1048                    (
1049                        cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1
1050                        ls -1 2>/dev/null \
1051                            | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'
1052                    ) > tr_exrun_links
1053                    (
1054                        cd "$dir/tr_run.$ex"
1055                        cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do
1056                            if test ! "x$i" = x ; then
1057                                test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i
1058                            fi
1059                        done
1060                    )
1061                    test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links
1062                done
1063                ldir=build
1064                (
1065                    cd $dir/tr_run.$ex
1066                    test ! -e mitgcmuv  &&  ln -s "../"$ldir"/"mitgcmuv .
1067                )
1068                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1069                    && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`
1070                fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1071                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1072                fres="$fres.$ex"
1073                echo
1074                echo "$fres" >> $SUMMARY
1075                echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1076                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1077                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1078                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1079                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1080            done
1081        else
1082            fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1083            fres=$fres"$results   $dir"
1084          echo          echo
1085          formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "$fres" >> $SUMMARY
1086              ${run:-N} $results >> $SUMMARY          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
         echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"  
         formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \  
             ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1087          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1088          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1089          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1090          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1091        fi
1092    
1093          (      postclean $dir/$builddir
1094              cd $DRESULTS      
1095              tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1096              gzip $NDIR".tar"      
1097          )  done
1098    
1099          if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1100              echo "No mail sent"  echo $start_date >> $SUMMARY
1101    printf "End time:    " >> $SUMMARY
1102    date >> $SUMMARY
1103    
1104    #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1105    #  to send email using mpack.
1106    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1107        echo "No results email was sent."
1108    else
1109        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1110            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1111                && gzip $DRESULTS".tar" \
1112                && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1113            RETVAL=$?
1114            if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1115                echo
1116                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1117                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1118                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1119                echo
1120          else          else
1121              $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES              echo
1122              RETVAL=$?              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1123              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              echo "  \"$ADDRESSES\""
1124                  echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
             else  
                 rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"  
             fi  
1125          fi          fi
1126            test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1127            test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1128        fi
1129    fi
1130    
1131          NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out
1132            rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
     done  
 done  
1133    
1134  rm tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1135        cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
1136        if test -e tr_out.txt ; then
1137            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1138        fi
1139        cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt
1140    fi
1141    
1142  cat $SUMMARY  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1143        rm -rf $DRESULTS
1144    fi
1145    
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