/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.77 by jmc, Mon Mar 20 21:50:36 2006 UTC revision 1.94 by jmc, Thu Sep 6 22:31:45 2007 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
19      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
21      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
22      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
23        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
24        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
25        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
26      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
27      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
28      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
# Line 29  usage() Line 33  usage()
33      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
34      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
35      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
36      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
37      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
38        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
39        echo "                             (DEF=\"12\")"
40      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
41      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
42      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
# Line 38  usage() Line 44  usage()
44      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
45      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
46      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
47        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
48        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
49        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
50      echo      echo
51      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
52      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 85  build_mpack() Line 94  build_mpack()
94      echo "OK"      echo "OK"
95  }  }
96    
97  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
98  {  {
99      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir extension
100      #      #
101      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
102      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/output.$extension
103        #  using search strings s1 and text label
104    
105      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
106          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
107      fi      fi
108      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
109          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
110          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
111          if [ $lncntA -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
112              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
# Line 105  testoutput_for_prop() Line 115  testoutput_for_prop()
115              return 99              return 99
116          fi          fi
117      else      else
118          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
119          return 99          return 99
120      fi      fi
121      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
122          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/output.$5 1>&2
123      fi      fi
124      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
125      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
126      if [ $lncntB -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
127          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
# Line 127  testoutput_for_prop() Line 137  testoutput_for_prop()
137      fi      fi
138      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
139      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
140          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
141          return 99          return 99
142      fi      fi
143      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
144      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
145          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
146          return 99          return 99
147      fi      fi
148      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
149          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
150      fi      fi
151      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
152      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
153          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
154      fi      fi
155      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
156          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 148  testoutput_for_prop() Line 158  testoutput_for_prop()
158      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
159      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
160      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
161      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
162      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
163          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
164              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
165          fi          fi
166          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
167      else      else
# Line 181  dashnum() Line 191  dashnum()
191    
192  testoutput_ad()  testoutput_ad()
193  {  {
194      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
195      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt      grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
196      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
197      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt      grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
198      join t05.txt t15.txt > t5.txt      join t05.txt t15.txt > t5.txt
199      join t06.txt t16.txt > t6.txt      join t06.txt t16.txt > t6.txt
200      echo "-1" >> t5.txt      echo "-1" >> t5.txt
201      echo "-1" >> t6.txt      echo "-1" >> t6.txt
202      digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`      digits_5=`./tr_cmpnum < t5.txt`
203      digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`      digits_6=`./tr_cmpnum < t6.txt`
204      dashnum $digits_5 $digits_6      dashnum $digits_5 $digits_6
205      rm -f t[01][56].txt t[56].txt      rm -f t[01][56].txt t[56].txt
206  }  }
# Line 220  check_for_add_mon_output() Line 230  check_for_add_mon_output()
230      done      done
231  }  }
232    
233  testoutput()  testoutput_run()
234  {  {
235      # testoutput directory subdir extension      # testoutput_run directory subdir extension
236      #      #
237      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
238      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
239          if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
240              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
241          fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
242          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
243          if [ $debug -gt 0 ]; then          nbDef=`echo $listChk | awk '{print NF-1+3*gsub("+","E")}'`
244              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
245          fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
246          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
247          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
248          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?          listVar=`echo $listChk | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if (sub("+","",$i)) \
249          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?              {printf " %s %s %s %s",$i"mn",$i"mx",$i"av",$i"sd"} else {printf " %s",$i} }}'`
250          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
251          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?          for ii in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ; do
252          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?            tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
253          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?           #echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
254          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?            if test "x$tst" != xt ; then listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"` ; fi
255          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?          done
256          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){t+=($i==$1)}; print t }'`
257          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?          if test $tst != 1 ; then
258          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
259          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
260          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
261          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?          #- put it back once:
262              listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
263          #  This is for PTRACERS          fi
264          for ii in $PTRACERS_NUM ; do          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
265              eval `echo "p0"$ii"_min=99"`          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
266              eval `echo "p0"$ii"_max=99"`          allargs=""
267              eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`          for xx in $listVar
268              eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`          do
269              tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`            case $xx in
270              #echo 'tst = '$tst             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
271              if test "x$tst" = xt ; then                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
272                  a="trcstat_ptracer0"                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; yy=$?
273                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
274                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
275                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
276                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
277                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "theta s.d."     $2 $3; yy=$? ;;
278                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
279                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
280                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
281              fi             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "salt s.d."       $2 $3; yy=$? ;;
282          done             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
283               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
284          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
285          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U s.d."          $2 $3; yy=$? ;;
286          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
287          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
288          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
289          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V s.d."          $2 $3; yy=$? ;;
290          allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
291               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
292          eval "dashnum $allargs"          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
293               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
294            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
295               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
296            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
297               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"    $2 $3; yy=$? ;;
298                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
299              esac
300              if test $xx = $sVar
301              then allargs="$allargs > $yy <"
302              else allargs="$allargs $yy"
303              fi
304            done
305    
306            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
307            if [ $nbVar -lt $nbDef ] ; then
308            #-- fill line (up to standard length) with dot:
309              adNul=`expr $nbDef - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
310              echo $allargs $adNul
311            else
312              echo $allargs
313            fi
314    
315      else      else
316          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
# Line 304  genmakemodel() Line 335  genmakemodel()
335                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
336              else              else
337                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
338              fi              fi
339              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
340                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 315  genmakemodel() Line 345  genmakemodel()
345              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" = xt ; then
346                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
347              fi              fi
348                if test "x$TS" = xt ; then
349                    command="$command -ts"
350                fi
351                if test "x$PAPIS" = xt ; then
352                    command="$command -papis"
353                else
354                if test "x$PCLS" = xt ; then
355                    command="$command -pcls"
356                fi
357                fi
358              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
359              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
360              RETVAL=$?              RETVAL=$?
# Line 336  makeclean() Line 376  makeclean()
376  {  {
377      # makeclean directory      # makeclean directory
378      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
379          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
380      else      else
381          (          (
382              cd $1;              cd $1;
383              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
384              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
385                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
386                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
387                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
388                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
389                      tail make.log                      tail make.log
390                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
391                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
392                      return 1                      return 1
393                  fi                  fi
# Line 360  makeclean() Line 398  makeclean()
398      fi      fi
399  }  }
400    
401  postclean()  run_clean()
402  {  {
403      # postclean directory      # run_clean directory
404      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
405            echo "run_clean skipped!"
406        else
407          (          (
408              cd $1;              cd $1;
409              if test -r Makefile ; then              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
410                  $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
411              fi              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
412                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
413                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
414                find . -type l -exec rm {} \;
415                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
416                rm -rf mnc_test_*
417                echo successful 1>&2
418              exit 0              exit 0
419          )          )
420      fi      fi
# Line 476  symlink_mpifiles() Line 522  symlink_mpifiles()
522    
523  linkdata()  linkdata()
524  {  {
525      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
526      #      #
527      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
528      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
529          (          (
530              cd $2              cd $1 ; shift
531              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
532                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
533                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
534                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
535                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
536                        if test ! -r eedata ; then
537                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
538                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
539                      fi                      fi
540                  done                  else
541              else                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
542                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
543                  for i in $files ; do                  fi
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
                     fi  
                 done  
                 files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input_ad/"$i ; then  
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
                     fi  
                 done  
544              fi              fi
545                for ldir in $* ; do
546                    if test -d "../"$ldir ; then
547                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
548                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
549                        for i in $files ; do
550                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
551                                if test ! -r $i  ; then
552                                    printf ' '$i 1>&2
553                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
554                                fi
555                            fi
556                        done
557                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
558                            "../"$ldir"/"prepare_run
559                        fi
560                        printf ' ; ' 1>&2
561                    fi
562                done
563          )          )
564      fi      fi
565  }  }
# Line 518  runmodel() Line 575  runmodel()
575          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
576          # make output.txt          # make output.txt
577          echo          echo
578          rm -f run.log          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
579          if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00
580             ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
581             RETVAL=$?          fi
582            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
583                    rm -f run.log ; touch run.log
584                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
585                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
586                    RETVAL=8
587                    ENDVAL=-1
588          else          else
589             echo " $OUTPUTFILE is up to date " > run.log 2>&1              if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
590             RETVAL=0                  rm -f run.log ; touch run.log
591                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
592                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
593                    RETVAL=$?
594                else
595                    RETVAL=0
596                    if test -f run.log ; then
597                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
598                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
599                    else
600                        touch run.log
601                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
602                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
603                        echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1
604                    fi
605                fi
606                ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
607          fi          fi
608          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          rm -f run.log_00
609          # echo "pwd='"`pwd`"'"          #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
610          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
611              tail run.log              tail run.log
612              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
613              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
614              # if test "x$ADM" = x ; then              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
             #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"  
             # else  
             #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"  
             # fi  
615              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
616              return 0              return 0
617          else          else
618              tail run.log              tail run.log
619              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
620              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp run.log $CDIR"/run.log"
621              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
622              return 1              return 1
# Line 554  createcodelet() Line 629  createcodelet()
629      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
630    
631      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
632      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
633  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
634  #include <math.h>  #include <math.h>
635  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
636    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
637    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
638    best = -22;    best = -22;
639    lncnt = 0;    lncnt = 0;
# Line 567  int main( int argc, char** argv )  { Line 642  int main( int argc, char** argv )  {
642      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
643      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
644      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
645      if (abave > 0.0) {      if ( abave == abave ) {
646        relerr=fabs(a-b)/abave;        if (abave > 0.0) {
647        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }          relerr=fabs(a-b)/abave;
648        else { linnum = -16 ; }          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
649        best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
650      }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
651          else { cmplin = -22 ; }
652       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
653          }
654       else {
655       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
656          break; }
657    }    }
658    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
659      if (linnum != -1) best=-99;
660    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
661    return 0;    return 0;
662  }  }
663  EOF  EOF
664      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
665    
666      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
667          echo "OK"          echo "OK"
668          return 0          return 0
669      else      else
# Line 599  formatresults() Line 681  formatresults()
681      nm=$1      nm=$1
682      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
683      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
684      printf '%3s' $@      listPrt=$@
685        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
686        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
687        printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
688    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > / /' | sed 's/  < / /'
689            
690      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
691            printf ' N/O '
692        elif [ $xx = '--' ]; then
693            printf ' N/O '
694        elif [ $xx = 99 ]; then
695          printf ' N/O '          printf ' N/O '
696      else      else
697          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
698              printf ' pass'              printf ' pass'
699          else          else
700              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 615  formatresults() Line 705  formatresults()
705            
706  }  }
707    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
 }  
   
708  scandirs()  scandirs()
709  {  {
710      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
711          for arg in * ; do          for arg in * ; do
712              test -d $arg/input && echo $arg              test -d $arg/$1 && echo $arg
713          done          done
714      else      else
715          echo $*          echo $*
716      fi      fi
717  }  }
718    
# Line 673  BASH= Line 744  BASH=
744  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
745  ADDRESSES=  ADDRESSES=
746  TESTDIRS=  TESTDIRS=
747    SKIPDIRS=
748  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
749  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
750  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
# Line 685  if test "x$CC" = x ; then Line 757  if test "x$CC" = x ; then
757  fi  fi
758  JOBS=  JOBS=
759  MPI=f  MPI=f
760    MULTI_THREAD=f
761  OUTDIR=  OUTDIR=
762  DELDIR=  DELDIR=
763    
# Line 693  ADM= Line 766  ADM=
766  # Additional monitor types  # Additional monitor types
767  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
768    
769    MATCH_CRIT=13
770    
771  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
772    
773  ac_prev=  ac_prev=
# Line 727  for ac_option ; do Line 802  for ac_option ; do
802          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
803              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
804    
805            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
806                ac_prev=SKIPDIRS ;;
807            -skipdir=* | --skipdir=*)
808                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
809    
810          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
811              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
812          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 752  for ac_option ; do Line 832  for ac_option ; do
832          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
833              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
834    
835            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
836            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
837    
838          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j) ac_prev=JOBS ;;
839          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
840    
# Line 772  for ac_option ; do Line 855  for ac_option ; do
855    
856          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
857    
858            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
859    
860          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
861    
862          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
# Line 783  for ac_option ; do Line 868  for ac_option ; do
868    
869          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
870    
871            -ts) TS=t;;
872    
873            -papis) PAPIS=t;;
874    
875            -pcls) PCL=t;;
876    
877          -*)          -*)
878              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
879              usage              usage
# Line 804  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 895  if test "x$QUICK" = xt ; then
895  fi  fi
896    
897  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
898      TESTDIRS=`scandirs`      if test "x$ADM" = xt ; then
899            LIST=`scandirs results_ad`
900        else
901            LIST=`scandirs results`
902        fi
903    else
904        #- expand group of experiments:
905        LIST=" "
906        for xx in $TESTDIRS
907        do
908          case $xx in
909            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
910                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
911                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
912                    ;;
913            'tutorials')
914                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
915            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
916          esac
917        done
918  fi  fi
919    #echo 'LIST='${LIST}'<'
920    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
921    TESTDIRS=" "
922    count=0
923    for xx in $LIST
924    do
925        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
926        if test $yy = 0 ; then
927            if test -d $xx ; then
928                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
929                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
930            else count=1 ;
931                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
932            fi
933        else
934            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
935            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
936            fi
937        fi
938    done
939    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
940    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
941    
942  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
943      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
# Line 813  fi Line 945  fi
945    
946  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
947      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
948      OUTPUTFILE="output.txt_adm"      OUTPUTFILE="output_adm.txt"
949  else  else
950      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
951      OUTPUTFILE="output.txt"      OUTPUTFILE="output.txt"
952  fi  fi
953    
 if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  
     COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"  
 fi  
   
954  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
955      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
956  fi  fi
957    if test "x$MPI" = xt ; then
958        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
959    fi
960    
961  #echo "OK"  #echo "OK"
962  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
963    
964    # set the Default List of output variables to be checked:
965    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
966    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
967    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
968    if test "x$ADM" != xt ; then
969        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
970        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
971        nbDef=`echo $DEF_CHECK_LIST | awk '{print NF-1+3*gsub("+","E")}'`
972        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
973        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $nbDef - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
974    fi
975    
976  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
977  createcodelet  createcodelet
978    
# Line 893  fi Line 1036  fi
1036  echo  echo
1037  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1038  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x ; then
1039      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1040        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1041        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1042           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1043    #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1044      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1045      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1046      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
# Line 932  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1079  for dir in $TESTDIRS ; do
1079      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1080      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1081          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $dir/build/Makefile ; then
1082                echo '  ------  clean dir:' $dir/build
1083              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              ( cd $dir/build ; make CLEAN )
1084          fi          fi
1085          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/run/CVS ; then
1086              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/run
1087                run_clean $dir/run
1088          fi          fi
1089          (          (
1090              cd $dir              cd $dir
# Line 950  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1099  for dir in $TESTDIRS ; do
1099      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1100          fout=$dir"/results/output.txt"          fout=$dir"/results/output.txt"
1101      else      else
1102          fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"          fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"
1103      fi      fi
1104      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1105          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
# Line 962  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1111  for dir in $TESTDIRS ; do
1111    
1112      # Check for additional types of monitor output      # Check for additional types of monitor output
1113    
1114      builddir="input"      builddir="build"
1115      rundir="input"      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1116      use_seperate_build=0      rundir="run"
1117      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then     #rundir=$builddir
1118          builddir="build"      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1119          rundir="build"          rundir=$builddir
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1120      fi      fi
1121            
     #  Check whether there are "extra runs" for this testdir  
     extra_runs=  
     if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then  
         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`  
         echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"  
         for exd in $ex_run_dirs ; do  
             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`  
             outf="$dir/results/output.txt.$name"  
             if test -f $outf -a -r $outf ; then  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
             fi  
         done  
     fi  
   
1122      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1123          code_dir=code          code_dir=code
1124          CODE_DIR=$dir/code          CODE_DIR=$dir/code
1125            input_dirs='input'
1126      else      else
1127          code_dir=code_ad          code_dir=code_ad
1128          CODE_DIR=$dir/code_ad          CODE_DIR=$dir/code_ad
1129            input_dirs='input_ad input'
1130      fi      fi
1131      BUILD_DIR=$dir/$builddir      BUILD_DIR=$dir/$builddir
1132    
# Line 999  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1134  for dir in $TESTDIRS ; do
1134          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1135          continue          continue
1136      fi      fi
1137        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1138            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1139            continue
1140        fi
1141    
1142        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1143        extra_runs=
1144        if test "x$ADM" = x ; then
1145            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
1146            #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1147            for exd in $ex_run_dirs ; do
1148                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
1149                outf="$dir/results/output.$name.txt"
1150                if test -f $outf -a -r $outf ; then
1151                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1152                        if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1153                            extra_runs="$extra_runs $name"
1154                        #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1155                        fi
1156                    else
1157                        extra_runs="$extra_runs $name"
1158                    fi
1159                fi
1160            done
1161        fi
1162    
1163      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1164      echo      echo
1165      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1166           echo "Experiment:  $dir"
1167        else
1168           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1169        fi
1170      echo      echo
1171      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1172      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1173    
1174      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1175      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 1013  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1177  for dir in $TESTDIRS ; do
1177      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1178            
1179      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1180          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1181            makeclean $dir/$builddir \
1182                && run_clean $dir/$rundir
1183      else      else
1184          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1185              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1186                && run_clean $dir/$rundir \
1187              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1188              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1189              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1190              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
1191              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1192              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir "txt"`
1193      fi      fi
1194            
1195      echo      echo
# Line 1030  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1197  for dir in $TESTDIRS ; do
1197          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1198          echo          echo
1199          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" >> $SUMMARY
1200          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          touch $CDIR"/summary.txt"
1201            echo "fresults='$fres'" >> $CDIR"/summary.txt"
1202          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1203          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1204          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
# Line 1038  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1206  for dir in $TESTDIRS ; do
1206    
1207          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1208              unset run              unset run
1209              results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'              results=$EMPTY_RESULTS
1210              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1211              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1212              mkdir $rel_CDIR              mkdir $rel_CDIR
1213              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1214              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1215              for ldir in input.$ex input ; do              run_clean $dir/tr_run.$ex
1216                  (              linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
                     cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1  
                     ls -1 2>/dev/null \  
                         | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'  
                 ) > tr_exrun_links  
                 (  
                     cd "$dir/tr_run.$ex"  
                     cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do  
                         if test ! "x$i" = x ; then  
                             test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i  
                         fi  
                     done  
                 )  
                 test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links  
             done  
             ldir=build  
             (  
                 cd $dir/tr_run.$ex  
                 test ! -e mitgcmuv  &&  ln -s "../"$ldir"/"mitgcmuv .  
             )  
1217              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1218                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`                  && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex ${ex}".txt"`
1219              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1220              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1221              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1222              echo              echo
1223              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" >> $SUMMARY
1224              echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              touch $CDIR"/summary.txt"
1225                echo "fresults='$fres'" >> $CDIR"/summary.txt"
1226              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1227              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1228              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1229              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1230                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1231                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1232                fi
1233          done          done
1234      else      else
1235          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1236          fres=$fres"$results   $dir"          fres=$fres"$results   $dir"
1237          echo          echo
1238          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" >> $SUMMARY
1239          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          touch $CDIR"/summary.txt"
1240            echo "fresults='$fres'" >> $CDIR"/summary.txt"
1241          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1242          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1243          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
# Line 1092  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1246  for dir in $TESTDIRS ; do
1246                             >> $CDIR"/summary.txt"                             >> $CDIR"/summary.txt"
1247      fi      fi
1248    
1249      postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1250        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1251            makeclean $dir/$builddir \
1252                && run_clean $dir/$rundir
1253        fi
1254            
1255      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1256            
# Line 1130  else Line 1288  else
1288      fi      fi
1289  fi  fi
1290    
1291  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
 rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  
1292    
1293  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1294      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'      cat $SUMMARY | sed 's/  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.//'
1295    #   cat $SUMMARY | sed 's/  \.//g'
1296      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1297          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1298      fi      fi
1299      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed 's/  \.//g' > tr_out.txt
1300  fi  fi
1301    
1302  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then

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