/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
ViewVC logotype

Diff of /MITgcm/verification/testreport

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Revision Graph Revision Graph | View Patch Patch

revision 1.77 by jmc, Mon Mar 20 21:50:36 2006 UTC revision 1.92 by jmc, Wed Sep 5 01:46:37 2007 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
19      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
21      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
22      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
23        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
24        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
25        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
26      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
27      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
28      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
# Line 29  usage() Line 33  usage()
33      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
34      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
35      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
36      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
37      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
38        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
39        echo "                             (DEF=\"12\")"
40      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
41      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
42      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
# Line 38  usage() Line 44  usage()
44      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
45      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
46      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
47        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
48        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
49        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
50      echo      echo
51      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
52      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 89  testoutput_for_prop() Line 98  testoutput_for_prop()
98  {  {
99      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension
100      #      #
101      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares files $dir/$subdir/$OUTPUTFILE and $dir/results/output.txt
102      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
103    
104      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
105          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
106      fi      fi
107      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
108          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
109          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
110          if [ $lncntA -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
111              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
# Line 105  testoutput_for_prop() Line 114  testoutput_for_prop()
114              return 99              return 99
115          fi          fi
116      else      else
117          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_for_prop: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
118          return 99          return 99
119      fi      fi
120      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
121          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.$5 1>&2
122      fi      fi
123      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
124      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
125      if [ $lncntB -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
126          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
# Line 127  testoutput_for_prop() Line 136  testoutput_for_prop()
136      fi      fi
137      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
138      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
139          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_for_prop: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
140          return 99          return 99
141      fi      fi
142      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
143      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
144          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_for_prop: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
145          return 99          return 99
146      fi      fi
147      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
# Line 148  testoutput_for_prop() Line 157  testoutput_for_prop()
157      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
158      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
159      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
160      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
161      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
162          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
163              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
# Line 181  dashnum() Line 190  dashnum()
190    
191  testoutput_ad()  testoutput_ad()
192  {  {
193      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
194      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt      grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
195      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
196      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt      grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
197      join t05.txt t15.txt > t5.txt      join t05.txt t15.txt > t5.txt
198      join t06.txt t16.txt > t6.txt      join t06.txt t16.txt > t6.txt
199      echo "-1" >> t5.txt      echo "-1" >> t5.txt
200      echo "-1" >> t6.txt      echo "-1" >> t6.txt
201      digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`      digits_5=`./tr_cmpnum < t5.txt`
202      digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`      digits_6=`./tr_cmpnum < t6.txt`
203      dashnum $digits_5 $digits_6      dashnum $digits_5 $digits_6
204      rm -f t[01][56].txt t[56].txt      rm -f t[01][56].txt t[56].txt
205  }  }
# Line 304  genmakemodel() Line 313  genmakemodel()
313                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
314              else              else
315                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
316              fi              fi
317              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
318                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 315  genmakemodel() Line 323  genmakemodel()
323              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" = xt ; then
324                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
325              fi              fi
326                if test "x$TS" = xt ; then
327                    command="$command -ts"
328                fi
329                if test "x$PAPIS" = xt ; then
330                    command="$command -papis"
331                else
332                if test "x$PCLS" = xt ; then
333                    command="$command -pcls"
334                fi
335                fi
336              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
337              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
338              RETVAL=$?              RETVAL=$?
# Line 336  makeclean() Line 354  makeclean()
354  {  {
355      # makeclean directory      # makeclean directory
356      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
357          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
358      else      else
359          (          (
360              cd $1;              cd $1;
361              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
362              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
363                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
364                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
365                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
366                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
367                      tail make.log                      tail make.log
368                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
369                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
370                      return 1                      return 1
371                  fi                  fi
# Line 360  makeclean() Line 376  makeclean()
376      fi      fi
377  }  }
378    
379  postclean()  run_clean()
380  {  {
381      # postclean directory      # run_clean directory
382      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
383            echo "run_clean skipped!"
384        else
385          (          (
386              cd $1;              cd $1;
387              if test -r Makefile ; then              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
388                  $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
389              fi              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
390                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
391                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
392                find . -type l -exec rm {} \;
393                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
394                rm -rf mnc_test_*
395                echo successful 1>&2
396              exit 0              exit 0
397          )          )
398      fi      fi
# Line 476  symlink_mpifiles() Line 500  symlink_mpifiles()
500    
501  linkdata()  linkdata()
502  {  {
503      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
504      #      #
505      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
506      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
507          (          (
508              cd $2              cd $1 ; shift
509              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
510                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
511                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
512                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
513                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
514                        if test ! -r eedata ; then
515                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
516                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
517                      fi                      fi
518                  done                  else
519              else                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
520                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
521                  for i in $files ; do                  fi
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
                     fi  
                 done  
                 files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input_ad/"$i ; then  
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
                     fi  
                 done  
522              fi              fi
523                for ldir in $* ; do
524                    if test -d "../"$ldir ; then
525                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
526                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
527                        for i in $files ; do
528                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
529                                if test ! -r $i  ; then
530                                    printf ' '$i 1>&2
531                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
532                                fi
533                            fi
534                        done
535                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
536                            "../"$ldir"/"prepare_run
537                        fi
538                        printf ' ; ' 1>&2
539                    fi
540                done
541          )          )
542      fi      fi
543  }  }
# Line 518  runmodel() Line 553  runmodel()
553          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
554          # make output.txt          # make output.txt
555          echo          echo
556          rm -f run.log          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
557          if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00
558             ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
559             RETVAL=$?          fi
560            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
561                    rm -f run.log ; touch run.log
562                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
563                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
564                    RETVAL=8
565                    ENDVAL=-1
566          else          else
567             echo " $OUTPUTFILE is up to date " > run.log 2>&1              if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
568             RETVAL=0                  rm -f run.log ; touch run.log
569                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
570                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
571                    RETVAL=$?
572                else
573                    RETVAL=0
574                    if test -f run.log ; then
575                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
576                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
577                    else
578                        touch run.log
579                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
580                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
581                        echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1
582                    fi
583                fi
584                ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
585          fi          fi
586          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          rm -f run.log_00
587          # echo "pwd='"`pwd`"'"          #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
588          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
589              tail run.log              tail run.log
590              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
591              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
592              # if test "x$ADM" = x ; then              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
             #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"  
             # else  
             #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"  
             # fi  
593              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
594              return 0              return 0
595          else          else
596              tail run.log              tail run.log
597              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
598              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp run.log $CDIR"/run.log"
599              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
600              return 1              return 1
# Line 554  createcodelet() Line 607  createcodelet()
607      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
608    
609      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
610      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
611  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
612  #include <math.h>  #include <math.h>
613  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
614    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
615    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
616    best = -22;    best = -22;
617    lncnt = 0;    lncnt = 0;
# Line 567  int main( int argc, char** argv )  { Line 620  int main( int argc, char** argv )  {
620      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
621      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
622      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
623      if (abave > 0.0) {      if ( abave == abave ) {
624        relerr=fabs(a-b)/abave;        if (abave > 0.0) {
625        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }          relerr=fabs(a-b)/abave;
626        else { linnum = -16 ; }          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
627        best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
628      }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
629          else { cmplin = -22 ; }
630       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
631          }
632       else {
633       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
634          break; }
635    }    }
636    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
637      if (linnum != -1) best=-99;
638    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
639    return 0;    return 0;
640  }  }
641  EOF  EOF
642      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
643    
644      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
645          echo "OK"          echo "OK"
646          return 0          return 0
647      else      else
# Line 604  formatresults() Line 664  formatresults()
664      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $1 = '--' ]; then
665          printf ' N/O '          printf ' N/O '
666      else      else
667          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $1 -ge $MATCH_CRIT ]; then
668              printf ' pass'              printf ' pass'
669          else          else
670              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 615  formatresults() Line 675  formatresults()
675            
676  }  }
677    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
 }  
   
678  scandirs()  scandirs()
679  {  {
680      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
681          for arg in * ; do          for arg in * ; do
682              test -d $arg/input && echo $arg              test -d $arg/$1 && echo $arg
683          done          done
684      else      else
685          echo $*          echo $*
686      fi      fi
687  }  }
688    
# Line 673  BASH= Line 714  BASH=
714  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
715  ADDRESSES=  ADDRESSES=
716  TESTDIRS=  TESTDIRS=
717    SKIPDIRS=
718  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
719  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
720  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
# Line 685  if test "x$CC" = x ; then Line 727  if test "x$CC" = x ; then
727  fi  fi
728  JOBS=  JOBS=
729  MPI=f  MPI=f
730    MULTI_THREAD=f
731  OUTDIR=  OUTDIR=
732  DELDIR=  DELDIR=
733    
# Line 693  ADM= Line 736  ADM=
736  # Additional monitor types  # Additional monitor types
737  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
738    
739    MATCH_CRIT=13
740    
741  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
742    
743  ac_prev=  ac_prev=
# Line 727  for ac_option ; do Line 772  for ac_option ; do
772          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
773              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
774    
775            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
776                ac_prev=SKIPDIRS ;;
777            -skipdir=* | --skipdir=*)
778                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
779    
780          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
781              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
782          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 752  for ac_option ; do Line 802  for ac_option ; do
802          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
803              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
804    
805            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
806            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
807    
808          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j) ac_prev=JOBS ;;
809          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
810    
# Line 772  for ac_option ; do Line 825  for ac_option ; do
825    
826          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
827    
828            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
829    
830          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
831    
832          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
# Line 783  for ac_option ; do Line 838  for ac_option ; do
838    
839          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
840    
841            -ts) TS=t;;
842    
843            -papis) PAPIS=t;;
844    
845            -pcls) PCL=t;;
846    
847          -*)          -*)
848              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
849              usage              usage
# Line 804  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 865  if test "x$QUICK" = xt ; then
865  fi  fi
866    
867  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
868      TESTDIRS=`scandirs`      if test "x$ADM" = xt ; then
869            LIST=`scandirs results_ad`
870        else
871            LIST=`scandirs results`
872        fi
873    else
874        #- expand group of experiments:
875        LIST=" "
876        for xx in $TESTDIRS
877        do
878          case $xx in
879            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
880                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
881                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
882                    ;;
883            'tutorials')
884                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
885            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
886          esac
887        done
888  fi  fi
889    #echo 'LIST='${LIST}'<'
890    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
891    TESTDIRS=" "
892    count=0
893    for xx in $LIST
894    do
895        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
896        if test $yy = 0 ; then
897            if test -d $xx ; then
898                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
899                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
900            else count=1 ;
901                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
902            fi
903        else
904            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
905            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
906            fi
907        fi
908    done
909    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
910    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
911    
912  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
913      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
# Line 813  fi Line 915  fi
915    
916  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
917      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
918      OUTPUTFILE="output.txt_adm"      OUTPUTFILE="output_adm.txt"
919  else  else
920      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
921      OUTPUTFILE="output.txt"      OUTPUTFILE="output.txt"
922  fi  fi
923    
 if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  
     COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"  
 fi  
   
924  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
925      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
926  fi  fi
927    if test "x$MPI" = xt ; then
928        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
929    fi
930    
931  #echo "OK"  #echo "OK"
932  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
# Line 893  fi Line 994  fi
994  echo  echo
995  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
996  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x ; then
997      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
998        then line_0="      "$MATCH_CRIT ;
999        else line_0="     "$MATCH_CRIT ; fi
1000        line_0="   $line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1001    #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1002      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1003      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1004      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
# Line 932  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1037  for dir in $TESTDIRS ; do
1037      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1038      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1039          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $dir/build/Makefile ; then
1040                echo '  ------  clean dir:' $dir/build
1041              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              ( cd $dir/build ; make CLEAN )
1042          fi          fi
1043          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/run/CVS ; then
1044              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/run
1045                run_clean $dir/run
1046          fi          fi
1047          (          (
1048              cd $dir              cd $dir
# Line 950  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1057  for dir in $TESTDIRS ; do
1057      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1058          fout=$dir"/results/output.txt"          fout=$dir"/results/output.txt"
1059      else      else
1060          fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"          fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"
1061      fi      fi
1062      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1063          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
# Line 962  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1069  for dir in $TESTDIRS ; do
1069    
1070      # Check for additional types of monitor output      # Check for additional types of monitor output
1071    
1072      builddir="input"      builddir="build"
1073      rundir="input"      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1074      use_seperate_build=0      rundir="run"
1075      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then     #rundir=$builddir
1076          builddir="build"      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1077          rundir="build"          rundir=$builddir
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1078      fi      fi
1079            
     #  Check whether there are "extra runs" for this testdir  
     extra_runs=  
     if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then  
         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`  
         echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"  
         for exd in $ex_run_dirs ; do  
             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`  
             outf="$dir/results/output.txt.$name"  
             if test -f $outf -a -r $outf ; then  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
             fi  
         done  
     fi  
   
1080      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1081          code_dir=code          code_dir=code
1082          CODE_DIR=$dir/code          CODE_DIR=$dir/code
1083            input_dirs='input'
1084      else      else
1085          code_dir=code_ad          code_dir=code_ad
1086          CODE_DIR=$dir/code_ad          CODE_DIR=$dir/code_ad
1087            input_dirs='input_ad input'
1088      fi      fi
1089      BUILD_DIR=$dir/$builddir      BUILD_DIR=$dir/$builddir
1090    
# Line 999  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1092  for dir in $TESTDIRS ; do
1092          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1093          continue          continue
1094      fi      fi
1095        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1096            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1097            continue
1098        fi
1099    
1100        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1101        extra_runs=
1102        if test "x$ADM" = x ; then
1103            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
1104            #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1105            for exd in $ex_run_dirs ; do
1106                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
1107                outf="$dir/results/output.$name.txt"
1108                if test -f $outf -a -r $outf ; then
1109                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1110                        if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1111                            extra_runs="$extra_runs $name"
1112                        #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1113                        fi
1114                    else
1115                        extra_runs="$extra_runs $name"
1116                    fi
1117                fi
1118            done
1119        fi
1120    
1121      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1122      echo      echo
1123      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1124           echo "Experiment:  $dir"
1125        else
1126           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1127        fi
1128      echo      echo
1129      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1130      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
# Line 1013  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1135  for dir in $TESTDIRS ; do
1135      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1136            
1137      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1138          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1139            makeclean $dir/$builddir \
1140                && run_clean $dir/$rundir
1141      else      else
1142          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1143              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1144                && run_clean $dir/$rundir \
1145              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1146              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1147              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1148              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
1149              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1150              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir "txt"`
1151      fi      fi
1152            
1153      echo      echo
# Line 1044  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1169  for dir in $TESTDIRS ; do
1169              mkdir $rel_CDIR              mkdir $rel_CDIR
1170              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1171              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1172              for ldir in input.$ex input ; do              run_clean $dir/tr_run.$ex
1173                  (              linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
                     cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1  
                     ls -1 2>/dev/null \  
                         | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'  
                 ) > tr_exrun_links  
                 (  
                     cd "$dir/tr_run.$ex"  
                     cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do  
                         if test ! "x$i" = x ; then  
                             test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i  
                         fi  
                     done  
                 )  
                 test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links  
             done  
             ldir=build  
             (  
                 cd $dir/tr_run.$ex  
                 test ! -e mitgcmuv  &&  ln -s "../"$ldir"/"mitgcmuv .  
             )  
1174              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1175                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex ${ex}".txt"`
1176              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1177              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1178              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
# Line 1077  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1183  for dir in $TESTDIRS ; do
1183              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1184              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1185              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1186                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1187                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1188                fi
1189          done          done
1190      else      else
1191          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
# Line 1092  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1201  for dir in $TESTDIRS ; do
1201                             >> $CDIR"/summary.txt"                             >> $CDIR"/summary.txt"
1202      fi      fi
1203    
1204      postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1205        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1206            makeclean $dir/$builddir \
1207                && run_clean $dir/$rundir
1208        fi
1209            
1210      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1211            
# Line 1130  else Line 1243  else
1243      fi      fi
1244  fi  fi
1245    
1246  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
 rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  
1247    
1248  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1249      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
Legend:
Removed from v.1.77  
changed lines
  Added in v.1.92
  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.22