/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.77 by jmc, Mon Mar 20 21:50:36 2006 UTC revision 1.208 by jmc, Fri May 20 19:34:38 2016 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo " ---- type of test : ----"
15      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-tlm)                   perform a Tangent Linear run"
     echo "                             (DEF=\"-ieee\")"  
     echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"  
     echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"  
     echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"  
     echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"  
     echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"  
     echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"  
     echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"  
     echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"  
16      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
17      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
18      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
19      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
20        echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
21        echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
22        echo "  (-command|-c) STRING     command to run (e.g., if non-standard MPI setting)"
23        echo "                            DEF='mitgcmuv' or ='mpirun -np TR_NPROC mitgcmuv'"
24        echo " ---- testing options : ----"
25        echo "  (-optfile|-of) STRING    optfile to use"
26        echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
27        echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
28        echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
29        echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
30        echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
31        echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
32        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
33        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
34        echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
35        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
36        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
37        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
38        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
39        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
40        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
41        echo " ---- system options : ----"
42        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or \"sh\" shell"
43        echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
44        echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
45        echo "  (-ncad)                  use genmake2 option \"-nocat4ad\" (-ncad)"
46        echo "  (-small_f)               make target small_f before making target all"
47        echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
48        echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
49      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
50        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
51        echo " ---- output options : ----"
52        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
53        echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
54      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
55      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
56      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
57      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
58      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-send)       STRING     sending command (instead of using mpack)"
59      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-savdir|-sd) STRING     location to save output tar file to send (DEF='$SAVDIR')"
60        echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
61        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
62        echo " -- do only some parts: --"
63        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
64        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
65        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
66        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
67      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
68      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
69      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
70      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
71        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
72        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
73      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
74      echo      echo
75      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
# Line 55  usage() Line 88  usage()
88  build_mpack()  build_mpack()
89  {  {
90      printf "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
91      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
92        if test ! -x $MPACK ; then
93          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
94              echo              echo
95              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 64  build_mpack() Line 98  build_mpack()
98              echo              echo
99              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
100          fi          fi
         printf "building mpack...  "  
101          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
102              export CC=cc              export CC=cc
103          fi          fi
104            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
105          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
106          RETVAL=$?          RETVAL=$?
107          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 78  build_mpack() Line 112  build_mpack()
112          else          else
113              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
114              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
115                echo "done"
116          fi          fi
117      else      else
118          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
119            echo "already exist"
120      fi      fi
     echo "OK"  
121  }  }
122    
123  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
124  {  {
125      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
126      #      #
127      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
128      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/$reference_output
129        #  using search strings s1 and text label
130    
131      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
132          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
133      fi      fi
134      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
135          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | nl > ${TMP}a.txt
136          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l ${TMP}a.txt | awk '{print $1}' `
137          if [ $lncntA -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
138              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
139                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
140              fi              fi
141              return 99              rm -f ${TMP}a.txt ; return 99
142          fi          fi
143      else      else
144          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
145          return 99          return 99
146      fi      fi
147      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
148          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$5 1>&2
149      fi      fi
150      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/$5 | sed 's/.*=//' | nl > ${TMP}b.txt
151      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l ${TMP}b.txt | awk '{print $1}' `
152      if [ $lncntB -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
153          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
154              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
155          fi          fi
156          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
157      fi      fi
158      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
159          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
160              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
161          fi          fi
162          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
163      fi      fi
164      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat ${TMP}a.txt | grep -i nan | wc -l`
165      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
166          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
167          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
168      fi      fi
169      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat ${TMP}a.txt | grep -i inf | wc -l`
170      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
171          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
172          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
173      fi      fi
174      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
175          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt 1>&2
176      fi      fi
177      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
178        join ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' | sed -e 's|:||g' > ${TMP}c.txt
179      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
180          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
181      fi      fi
182      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
183          cat tmp3.txt 1>&2          cat ${TMP}c.txt 1>&2
184      fi      fi
185      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> ${TMP}c.txt
186      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < ${TMP}c.txt`
     cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt  
     digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`  
187      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
188          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
189              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
190          fi          fi
191          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
192      else      else
193          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
194              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
195          fi          fi
196      fi      fi
197      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ${TMP}c.txt
198        
199      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
200  }  }
201    
202  dashnum()  testoutput_run()
203  {  {
204      # dashnum n1 n2 n3 ...      # testoutput_run directory subdir reference_output
205      #      #
206      #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99      #  test output from 1 run in "directory"
207    # --> same processing for adjoint & forward test
208      for num in $@ ; do          # default list of output variables to be checked:
209          if [ $num = 99 ]; then          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
210              printf ' --'          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
211          else          listChk=$DEF_CHECK_LIST
212              printf '%3i' $num          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
213            if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
214            sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
215            # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
216            listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
217                                   | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
218            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
219            # set ref.outp file-name and, if compressed, uncompress it into subdir
220            refoutp=results/$3
221            if test ! -r $1/results/$3 ; then
222              if test -r $1/results/${3}.gz ; then
223                tmpNam1=$3
224                tmpNam2=`echo $tmpNam1 | sed 's/\..*\././'`
225                if test "x$tmpNam1" = "x$tmpNam2" ; then
226                    tmpNam1=`echo $tmpNam2 | sed 's/\./.std./'`
227                fi
228                refoutp=$2/$tmpNam1
229                if [ $debug -gt 0 ]; then
230                    echo "testoutput_run: gunzip 'results/$3.gz' into '$refoutp'" 1>&2
231                fi
232                gzip -cd $1/results/${3}.gz > $1/$refoutp
233              else
234                echo "missing reference output file '$3' (.gz) in '$1/results/'"
235              fi
236          fi          fi
237      done          # check for ptracer output in reference_output file :
238  }          if test $KIND = 0 ; then
239              ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
240  testoutput_ad()            ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
241  {            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
242      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt              ptrfound=0
243      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt              for jj in $ptr_mon ; do
244      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
245      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt                  tst=`grep $name $1/$refoutp | wc -l | awk '{print $1}'`
246      join t05.txt t15.txt > t5.txt                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
247      join t06.txt t16.txt > t6.txt              done
248      echo "-1" >> t5.txt              if test $ptrfound = '1' ; then
     echo "-1" >> t6.txt  
     digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`  
     digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`  
     dashnum $digits_5 $digits_6  
     rm -f t[01][56].txt t[56].txt  
 }  
   
 check_for_add_mon_output()  
 {  
     # Check for additional types of monitor output  
     if test "x$1" = x ; then  
         return  
     fi  
   
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"  
     done  
   
     ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"  
     ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"  
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         for jj in $ptr_add ; do  
             name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`  
             tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`  
             if test ! "x$tst" = x0 ; then  
249                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
250                else
251                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
252                  # remove this ptr from the list of output variable to check
253                  # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
254                    listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
255              fi              fi
256          done            # eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
257          #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'            done
258      done          fi
259  }          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
260            if test $tst != 1 ; then
261  testoutput()            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
262  {                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
263      # testoutput directory subdir extension            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
264      #          #- put it back once:
265      #  test output in "directory"            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
266      if test "x$ADM" = x ; then          fi
267          if [ $debug -gt 0 ]; then          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
268              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
269          fi          #---
270          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?          allargs=""
271          if [ $debug -gt 0 ]; then          for xx in $listVar
272              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          do
273          fi           #ii=`echo $xx | sed 's/^pt[0-9][0-9]*..$/XXX/'`        #- any ptr number
274          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?            ii=`echo $xx | sed 's/^pt[1-9]..$/XXX/'`              #- 1 to 9 ptr number
275          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?            if test $ii != 'XXX' ; then
276          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?            #- all except ptracer stats:
277          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?              case $xx in
278          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
279          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
280          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $refoutp ; yy=$?
281          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
282          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  ref_cost_function" "ADM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
283          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?           'AdGrd') testoutput_var $1 "ADM  adjoint_gradient"  "ADM Ad Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
284          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?           'FDGrd') testoutput_var $1 "ADM  finite-diff_grad"  "ADM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
285          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?          'tlmCst') testoutput_var $1 "TLM  ref_cost_function" "TLM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
286          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?          'tlmGrd') testoutput_var $1 "TLM  tangent-lin_grad"  "TLM TL Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
287          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?          'fwdGrd') testoutput_var $1 "TLM  finite-diff_grad"  "TLM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
288          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
289          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
290               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
291          #  This is for PTRACERS             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
292          for ii in $PTRACERS_NUM ; do             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
293              eval `echo "p0"$ii"_min=99"`             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
294              eval `echo "p0"$ii"_max=99"`             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
295              eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
296              eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
297              tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
298              #echo 'tst = '$tst             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
299              if test "x$tst" = xt ; then             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
300                  a="trcstat_ptracer0"             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
301                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
302                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
303                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
304                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
305                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
306                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
307                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
308                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
309              fi           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
310             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
311             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
312             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
313             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
314             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
315             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
316             'uSImn') testoutput_var $1 "seaice_uice_min"   "SIce Uice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
317             'uSImx') testoutput_var $1 "seaice_uice_max"   "SIce Uice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
318             'uSIav') testoutput_var $1 "seaice_uice_mean"  "SIce Uice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
319             'uSIsd') testoutput_var $1 "seaice_uice_sd"    "SIce Uice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
320             'vSImn') testoutput_var $1 "seaice_vice_min"   "SIce Vice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
321             'vSImx') testoutput_var $1 "seaice_vice_max"   "SIce Vice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
322             'vSIav') testoutput_var $1 "seaice_vice_mean"  "SIce Vice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
323             'vSIsd') testoutput_var $1 "seaice_vice_sd"    "SIce Vice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
324            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
325            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
326            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
327            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Glob-ave"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
328            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South-av"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
329            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North-av"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
330            'HthMxS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_max_S" "thSIc H South-max" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
331            'HthMxN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_max_N" "thSIc H North-max" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
332             'sbo_M') testoutput_var $1 "sbo_mass"          "SBO mass"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
333             'sboFW') testoutput_var $1 "sbo_mass_fw"       "SBO m-FW"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
334             'sboAc') testoutput_var $1 "sbo_zoamc"         "SBO AM-C"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
335             'sboAp') testoutput_var $1 "sbo_zoamp"         "SBO AM-P"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
336            'StrmIc') testoutput_var $1 "STREAMICE_FP_ERR" "StreamIce Solver" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
337                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
338                esac
339              else
340              #- ptracers stats:
341                nn=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
342                ii=`echo $xx | sed 's/^pt[0-9]*//'`
343                case $ii in
344                'mn') testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$nn"_min"  "p0"$nn"_min"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
345                'mx') testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$nn"_max"  "p0"$nn"_max"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
346                'av') testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$nn"_mean" "p0"$nn"_mean" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
347                'sd') testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$nn"_sd"   "p0"$nn"_StDv" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
348                esac
349              fi
350              if test $xx = $sVar
351              then allargs="$allargs > $yy <"
352              else allargs="$allargs $yy"
353              fi
354          done          done
355    
356          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
357          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
358          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"          #-- fill line (up to standard length) with dot:
359          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
360          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"            echo $allargs $adNul
361          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"          else
362          allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"            echo $allargs
363            fi
364          eval "dashnum $allargs"  # <-- same processing for adjoint & forward test
   
     else  
         testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"  
     fi  
365  }  }
366    
367  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 300  genmakemodel() Line 378  genmakemodel()
378          (          (
379              cd $1;              cd $1;
380              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
381              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
382                  command="$command --mods=../code"                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
383                fi
384                if test $KIND = 4 ; then
385                    command="$command -oad -mods=../$code_dir"
386              else              else
387                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command -mods=../$code_dir"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
388              fi              fi
389              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
390                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
391              fi              fi
392              if test "x$IEEE" != x ; then              if test $OptLev = 1 ; then
393                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
394              fi              fi
395              if test "x$MPI" = xt ; then              if test $OptLev = 0 ; then
396                    command="$command -devel"
397                fi
398                if test "x$GSL" = xt ; then
399                    command="$command -gsl"
400                fi
401                if test "x$MPI" != x0 ; then
402                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
403              fi              fi
404              printf 'genmake ... ' 1>&2              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
405              $command > make.log 2>&1              #- run multi-threaded using OpenMP:
406                    command="$command -omp"
407                fi
408                if test "x$USE_R4" = xt ; then
409                    command="$command -use_r4"
410                fi
411                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
412                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
413                fi
414                if test "x$NOCATAD" = xt ; then
415                    command="$command -nocat4ad"
416                fi
417                if test "x$TS" = xt ; then
418                    command="$command -ts"
419                fi
420                if test "x$PAPIS" = xt ; then
421                    command="$command -papis"
422                else
423                if test "x$PCLS" = xt ; then
424                    command="$command -pcls"
425                fi
426                fi
427                printf 'genmake ... '
428                eval $command > genmake.tr_log 2>&1
429              RETVAL=$?              RETVAL=$?
430              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
431              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
432              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
433                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
434                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
435                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
436                  return 1                  return 1
437              else              else
438                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
439              fi              fi
440          )          )
441      fi      fi
# Line 335  genmakemodel() Line 444  genmakemodel()
444  makeclean()  makeclean()
445  {  {
446      # makeclean directory      # makeclean directory
447        if test "x$NOGENMAKE" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
448      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
449          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
450      else      else
451          (          (
452              cd $1;              cd $1;
453              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
454              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
455                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
456                    $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
457                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
458                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
459                      tail make.log                      tail make.tr_log
460                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
461                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
462                      return 1                      return 1
463                  fi                  fi
464                    echo successful
465                else
466                    echo ''
467              fi              fi
             echo successful 1>&2  
468              exit 0              exit 0
469          )          )
470      fi      fi
471  }  }
472    
473  postclean()  run_clean()
474  {  {
475      # postclean directory      # run_clean directory
476      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
477          (          echo "run_clean skipped!"
478              cd $1;      else
479              if test -r Makefile ; then        (
480                  $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1          cd $1;
481              fi          printf 'clean run-dir ... '
482              exit 0          # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
483          )          find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
484            find . -name "*.data" -exec rm {} \;
485            find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
486            find . -type l -exec rm {} \;
487            #- should remove executable only if sym-link (already done above)
488            rm -f $RUNLOG *.txt STDOUT.* STDERR.* *diagnostics.log *.[0-9][0-9][0-9][0-9].log
489            rm -f datetime costfinal divided.ctrl snapshot* output_adm.*.diva_*
490            rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
491            rm -f oad_cp.[0-9][0-9][0-9].?????
492            rm -rf mnc_test_*
493            echo successful
494            exit 0
495          )
496      fi      fi
497  }  }
498    
# Line 382  makedependmodel() Line 504  makedependmodel()
504      else      else
505          (          (
506              cd $1;              cd $1;
507              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
508              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
509              RETVAL=$?              RETVAL=$?
510              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
511                  tail make.log                  tail make.tr_log
512                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
513                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
514                  return 1                  return 1
515              else              else
516                  echo successful 1>&2                  echo successful
517              fi              fi
518          )          )
519      fi      fi
# Line 401  makemodel() Line 523  makemodel()
523  {  {
524      # makemodel directory      # makemodel directory
525      (      (
526        mk_fail=0
527        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
528            cd $1;
529            if test -x $EXECUTABLE ; then
530                echo "make skipped!"
531            else
532                echo "no executable!"
533                mk_fail=3
534            fi
535        else
536          cd $1;          cd $1;
537          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
538              printf 'make ... ' 1>&2              if test "x$MKSMALLF" = xt ; then
539              if test "x$ADM" = x ; then                  printf 'make small_f ... '
540                  if test "x$JOBS" = x ; then                  $MAKE_CMD small_f >> make.tr_log 2>&1
541                      $MAKE >> make.log 2>&1                  RETVAL=$?
542                    if test "x$RETVAL" != x0 ; then
543                        tail make.tr_log
544                        echo failed
545                        cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
546                        tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
547                        rm -f $EXECUTABLE
548                        mk_fail=1
549                  else                  else
550                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      echo successful
551                  fi                  fi
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
552              fi              fi
553                printf 'make ... '
554                $MAKE_CMD $TARG >> make.tr_log 2>&1
555              RETVAL=$?              RETVAL=$?
556              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
557                  tail make.log                  tail make.tr_log
558                  echo failed 1>&2                  echo failed
559                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
560                  return 1                  tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
561                    rm -f $EXECUTABLE
562                    mk_fail=1
563              else              else
564                  echo successful 1>&2                  echo successful
565              fi              fi
566            else
567                echo "no Makefile !"
568                mk_fail=2
569            fi
570        fi
571        if test $KIND = 1 -a -f taf_ftl.log ; then
572            head -1 taf_ftl.log >> $CDIR"/summary.txt"
573        fi
574        if test $KIND = 2 -a -f taf_ad.log ; then
575            head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
576            nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
577            nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
578            if test -f taf_output ; then
579                n2er=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_output`
580                n3er=`grep -c '\*ERROR\* ' taf_output`
581                nerr=`expr $nerr + $n2er + $n3er`
582          fi          fi
583            echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
584                                    >> $CDIR"/summary.txt"
585        fi
586        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
587      )      )
588  }  }
589    
590    mk_mpi_size()
591    {
592        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb threads_Nb_X threads_Nb_Y
593        #
594        #  make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
595        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
596        #  ensure that enough tiles per proc (nSx,nSy) remain for the given
597        #     number of threads (nTx,nTy) ;
598        #  return the effective number of processors.
599    
600        inp=$1
601        out=$2
602        np=$3
603        tx=$4
604        ty=$5
605        tmp=TTT.$$
606    
607        # dirX : select with direction to favor in MPI process repartition
608        #   dirX=1 : prefer to put more proc in X direction
609        #   dirX=0 : prefer to put more proc in Y direction
610        dirX=0
611    
612        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
613        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
614        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
615        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
616    
617        #- for each direction, assume # of threads is a multiple of total number of tiles
618        nx=$px
619        if [ `expr $sx % $tx` -ne 0 -a `expr $sx \* $px % $tx` -eq 0 ] ; then
620            nx=`expr $sx \* $px / $tx`
621            if [ $verbose -gt 1 ]; then
622                echo " change px from $px to $nx to accommodate $tx threads"
623            fi
624        fi
625        ny=$py
626        if [ `expr $sy % $ty` -ne 0 -a `expr $sy \* $py % $ty` -eq 0 ] ; then
627            ny=`expr $sy \* $py / $ty`
628            if [ $verbose -gt 1 ]; then
629                echo " change py from $py to $ny to accommodate $ty threads"
630            fi
631        fi
632        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
633        pp=0
634        i=1
635        while [ $i -le $nx ] ; do
636          if [ `expr $nx % $i` -eq 0 ] ; then
637            j=1
638            while [ $j -le $ny ] ; do
639              if [ `expr $ny % $j` -eq 0 ] ; then
640                ij=`expr $i \* $j`
641                if [ $ij -gt $pp ] ; then
642                    flag=1
643                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
644                    flag=$dirX
645                else
646                    flag=0
647                fi
648                if test $flag = 1 ; then
649                  if [ $ij -le $np ] ; then
650                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
651                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
652                  fi
653                fi
654              fi
655              j=`expr $j + 1`
656            done
657          fi
658          i=`expr $i + 1`
659        done
660    
661        #- create new SIZE.h type file:
662        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
663        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
664        if [ $verbose -gt 1 ]; then
665            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
666        fi
667        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
668        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
669        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
670        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
671        rm -f $tmp
672        return $pp
673    }
674    
675  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
676  {  {
677      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 434  symlink_mpifiles() Line 680  symlink_mpifiles()
680    
681      dir=$1      dir=$1
682      code_dir=$2      code_dir=$2
683      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
684      CODE_DIR=$dir/$code_dir  
       
685      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
686      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
687    
688      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
689      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
690          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
691          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
692          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
693              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
694              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
695              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
696              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
697              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
698                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
699                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
700                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
701                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
702                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
703                        rm -f $build_dir/$name
704                  fi                  fi
705              fi              fi
706          done          else
707      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
708                    # dir so long as there is no real file in place
709                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
710                RETVAL=$?
711                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
712                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
713                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
714                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
715                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
716                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
717                    fi
718                fi
719            fi
720        done
721  }  }
722    
723  linkdata()  linkdata()
724  {  {
725      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
726      #      #
727      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
728      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
729          (          (
730              cd $2              cd $1 ; shift
731              if test "x$ADM" = x ; then              echo 'linkdata from dirs:' $*
732                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
733                  for i in $files ; do              for xx in $inpMPI ; do
734                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
735                          ln -sf "../input/"$i $i                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
736                      fi                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
737                  done                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
738              else                      # not mpi test: remove symbolic link
739                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
740                  for i in $files ; do                  else
741                      if test ! -d "../input/"$i ; then                      # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
742                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
743                        if test ! -r $yy ; then
744                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
745                            printf " $xx" 1>&2
746                      fi                      fi
747                  done                  fi
748                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`                fi
749                  for i in $files ; do              done
750                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
751                          ln -sf "../input_ad/"$i $i              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
752                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
753                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
754                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
755                        if test ! -r eedata ; then
756                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
757                            printf ' eedata.mth' 1>&2
758                      fi                      fi
759                  done                  else
760                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
761                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
762                    fi
763              fi              fi
764                prevDir='NONE'
765                for ldir in $* ; do
766                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
767                        printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
768                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
769                        for i in $files ; do
770                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
771                                if test ! -r $i  ; then
772                                    printf ' '$i 1>&2
773                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
774                                fi
775                            fi
776                        done
777                        printf ' ;' 1>&2
778                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
779                            "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
780                        else
781                            echo '' 1>&2
782                        fi
783                    fi
784                    prevDir=$ldir
785                done
786          )          )
787      fi      fi
788  }  }
# Line 511  runmodel() Line 791  runmodel()
791  {  {
792      # runmodel directory      # runmodel directory
793      #      #
794      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
795      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
796      (      (
797          cd $1          cd $1
798          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
799          # make output.txt          if test "x$MPI" != x0 ; then
800          echo              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
801          rm -f run.log              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
802          if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC/ $LOC_NPROC/"`
803             ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
804             RETVAL=$?                COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
805                fi
806                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
807            fi
808            if test -L $EXECUTABLE ; then
809              if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
810                cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
811                outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
812              else rm -f $EXECUTABLE
813              fi
814            fi
815            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
816                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
817                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
818            fi
819            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
820                rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
821                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
822                echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
823                RETVAL=8
824                ENDVAL=-1
825          else          else
826             echo " $OUTPUTFILE is up to date " > run.log 2>&1            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
827             RETVAL=0              # output do not exist or is older than executable:
828                rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
829                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
830            #- Divided Adjoint Run:
831            #  get the number of additional runs (add_DIVA_runs) from file "run_ADM_DIVA"
832                if test $KIND = 2 -a -f run_ADM_DIVA ; then
833                  adm_diva_nb=`sed -n '/^ *add_DIVA_runs\>.*=/p' run_ADM_DIVA | sed 's/ //g'`
834                  echo " Divided Adjoint Run: $adm_diva_nb" >> $RUNLOG
835                  eval "let $adm_diva_nb"
836                  if [ $add_DIVA_runs -ge 1 ] ; then
837                    rm -f costf* divided.ctrl snapshot*
838                    echo -n "(add_DIVA_runs=$add_DIVA_runs) ... "
839                    for ii in `seq 1 $add_DIVA_runs` ; do
840                      ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
841                      echo " additional DIVA run # $ii : done" >> $RUNLOG
842                      mv -f $OUTPUTFILE ${OUTPUTFILE}.diva_${ii}
843                    done
844                  fi
845                fi
846            #- special DIVA processing ends here
847                ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
848                RETVAL=$?
849                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
850                if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
851                    find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
852                    find . -name "*.data" -exec rm {} \;
853                    rm -rf mnc_test_*
854                fi
855              else
856                RETVAL=0
857                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
858                touch $RUNLOG
859                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
860                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
861              fi
862          fi          fi
863          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          rm -f run.log_tmp
864          # echo "pwd='"`pwd`"'"          #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE and time
865          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test -f $OUTPUTFILE ; then
866              tail run.log            grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
867              echo successful 1>&2                  | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
868              # === Reduce the size of the testing emails!  #         grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE \
869              # if test "x$ADM" = x ; then  #               | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
870              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"  #         some implementations of grep cannot do contextual searches so we
871              # else  #         replace the above with a sed command
872              #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"            cat $OUTPUTFILE | sed -n '/Seconds in section "ALL/{N
873              # fi            N
874              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi            N
875              p
876              }' | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
877            fi
878            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
879            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
880                echo successful
881                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
882                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
883                return 0
884            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
885                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
886                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
887                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
888                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
889              return 0              return 0
890          else          else
891              tail run.log              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
892              echo failed 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
893              cp run.log $CDIR"/run.log"              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
894              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
895              return 1              return 1
896          fi          fi
897      )      )
# Line 553  createcodelet() Line 901  createcodelet()
901  {  {
902      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
903    
904      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
905      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
906  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
907  #include <math.h>  #include <math.h>
908  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
909    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
910    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
911    best = -22;    best = -22;
912    lncnt = 0;    lncnt = 0;
913    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
914      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
915      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
916      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
917      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
918      if (abave > 0.0) {      if ( abave == abave ) {
919        relerr=fabs(a-b)/abave;        if (abave > 0.0) {
920        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }          relerr=fabs(a-b)/abave;
921        else { linnum = -16 ; }          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
922        best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
923      }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
924          else { cmplin = -22 ; }
925       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
926          }
927       else {
928       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
929          break; }
930    }    }
931    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
932      if (linnum != -1) best=-99;
933    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
934    return 0;    return 0;
935  }  }
936  EOF  EOF
937      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
938    
939      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
940          echo "OK"          echo "OK"
941          return 0          return 0
942      else      else
943          echo          echo
944          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
945          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
946          exit 1          exit 1
947      fi      fi
# Line 599  formatresults() Line 954  formatresults()
954      nm=$1      nm=$1
955      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
956      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
957      printf '%3s' $@      listPrt=$@
958            listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
959      if [ $1 = '--' ]; then      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
960        printf '%3s' $listPrt
961    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
962    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
963    
964        if [ $xx = '..' ]; then
965            printf ' N/O '
966        elif [ $xx = '--' ]; then
967            printf ' N/O '
968        elif [ $xx = 99 ]; then
969          printf ' N/O '          printf ' N/O '
970      else      else
971          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
972              printf ' pass'              printf ' pass'
973          else          else
974              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
975          fi          fi
976      fi      fi
977      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
978        if test $KIND = 2 ; then
979            #-- apppend taf repport summary:
980            tafrep=`grep -c '^ TAF reports ' $CDIR/summary.txt`
981            if test $tafrep = 1 ; then
982                grep '^ TAF reports ' $CDIR/summary.txt | awk '{printf "  (e=%i, w=%i)",$3,$6}'
983            fi
984        fi
985      printf '\n'      printf '\n'
       
 }  
986    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
987  }  }
988    
989  scandirs()  scandirs()
990  {  {
991      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
992          for arg in * ; do          for arg in * ; do
993              test -d $arg/input && echo $arg             #test -f $arg/$1 && echo $arg
994          done              test -f $arg/$1 -o -f $arg/$1.gz && echo $arg
995            done
996      else      else
997          echo $*          echo $*
998      fi      fi
999  }  }
1000    
1001    
1002    check_eedata()
1003    {
1004        # check_eedata eedata size.h
1005        if [ $# -eq 2 ] ; then
1006         if test -f $1 -a -f $2 ; then
1007          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
1008          sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
1009          if test "x$nx" = x ; then
1010            rx=10
1011          else
1012            rx=`expr $sx % $nx`
1013          fi
1014          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
1015          sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
1016          if test "x$ny" = x ; then
1017            ry=20
1018          else
1019            ry=`expr $sy % $ny`
1020          fi
1021          echo `expr $rx + $ry`
1022         else
1023          echo '-1'
1024         fi
1025        elif [ $# -eq 1 ] ; then
1026         if test -f $1 ; then
1027          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
1028          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
1029          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
1030          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
1031         #echo $nx $ny
1032          echo $nx
1033         else
1034          echo '-1'
1035         fi
1036        else
1037          echo '-2'
1038        fi
1039    
1040    }
1041    
1042  ###############################################################################  ###############################################################################
1043    
1044    
1045  #  Default properties  #  Default properties
1046  debug=0  debug=0
1047  verbose=1  verbose=1
1048  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
 expts=''  
 # ieee=1  
   
 IEEE=true  
 if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  
     IEEE=$MITGCM_IEEE  
 fi  
1049    
1050    OptLev=1
1051    GSL=f
1052    
1053  CLEANUP=f  CLEANUP=f
1054    NORUN=f
1055  QUICK=f  QUICK=f
1056    NOMAKE=f
1057  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
1058  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
1059  NODEPEND=f  NODEPEND=f
1060  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
1061    
1062  BASH=  BASH=
1063  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
1064  ADDRESSES=  ADDRESSES=
1065  TESTDIRS=  TESTDIRS=
1066    SKIPDIRS=
1067  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
1068  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
1069  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
1070    SENDCMD=
1071    SAVDIR='.'
1072  COMMAND=  COMMAND=
1073    MKDEPEND=
1074  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
1075      MAKE=make      MAKE=make
1076  fi  fi
1077    MAKE_CMD=
1078  if test "x$CC" = x ; then  if test "x$CC" = x ; then
1079      CC=cc      CC=cc
1080  fi  fi
1081  JOBS=  JOBS=
1082  MPI=f  TARG=
1083    MPI=0
1084    MPI_MFILE=
1085    MULTI_THREAD=f
1086  OUTDIR=  OUTDIR=
1087  DELDIR=  DELDIR=
1088    USE_R4=
1089    EXTRFLG=
1090    NOCATAD=
1091    MKSMALLF=
1092    
1093    #- type of testing (KIND):
1094    #   KIND=0 : forward (= default) ;  KIND=1 : Tangent Linear with TAF ;
1095    #   KIND=2 : Adjoint with TAF ;     KIND=4 : Adjoint with OpenAD
1096    KIND=0
1097    
1098  ADM=  # list of pTracers to check for monitor output
   
 # Additional monitor types  
1099  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
1100    
1101    MATCH_CRIT=10
1102    
1103  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
1104    
1105  ac_prev=  ac_prev=
# Line 706  for ac_option ; do Line 1113  for ac_option ; do
1113      fi      fi
1114    
1115      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
1116        
1117      case $ac_option in      case $ac_option in
1118                    
1119          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
             usage ;;  
           
         -optfile | --optfile | -of | --of)  
             ac_prev=OPTFILE ;;  
         -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)  
             OPTFILE=$ac_optarg ;;  
           
         -addr | --addr | -a | --a)  
             ac_prev=ADDRESSES ;;  
         -addr=* | --addr=*)  
             ADDRESSES=$ac_optarg ;;  
   
         -tdir | --tdir | -t | --t)  
             ac_prev=TESTDIRS ;;  
         -tdir=* | --tdir=*)  
             TESTDIRS=$ac_optarg ;;  
   
         -bash | --bash | -b | --b)  
             ac_prev=BASH ;;  
         -bash=* | --bash=*)  
             BASH=$ac_optarg ;;  
   
         -command | --command | -c | --c)  
             ac_prev=COMMAND ;;  
         -command=* | --command=*)  
             COMMAND=$ac_optarg ;;  
   
         -make | --make | -m | --m)  
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
   
         -j) ac_prev=JOBS ;;  
         -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;  
   
         -clean | --clean)  
             CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;  
   
         -quick | --quick | -q | --q)  
             QUICK=t ;;  
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
   
         -postclean | --postclean | -pc | --pc)  
             POSTCLEAN=t ;;  
   
         -mpi) MPI=t ;;  
1120    
1121          -adm | -ad) ADM=t ;;          -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
1122            -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
1123    
1124          -ieee) IEEE=true ;;          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
1125          -noieee) IEEE= ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
1126            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
1127            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
1128    
1129            -send | --send ) ac_prev=SENDCMD ;;
1130            -send=* | --send=* ) SENDCMD=$ac_optarg ;;
1131            -savdir | --savdir | -sd | --sd ) ac_prev=SAVDIR ;;
1132            -savdir=* | --savdir=* | -sd=* | --sd=* ) SAVDIR=$ac_optarg ;;
1133    
1134            -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
1135            -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
1136            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
1137            -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
1138    
1139            -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1140            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1141    
1142            -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1143            -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1144    
1145            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1146            -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1147    
1148            -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1149            -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1150    
1151            -repl_mk | --repl_mk ) ac_prev=MAKE_CMD ;;
1152            -repl_mk=* | --repl_mk=*) MAKE_CMD=$ac_optarg ;;
1153    
1154            -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1155            -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1156    
1157            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1158            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
1159    
1160            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1161            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1162    
1163            -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1164            -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1165    
1166            -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1167            -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1168    
1169            -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
1170    
1171            -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1172            -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1173            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1174            -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1175            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1176            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1177            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1178    
1179            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1180            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1181    
1182            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1183            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1184            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1185    
1186            -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1187            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1188    
1189            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1190    
1191            -tlm) if test $KIND = 0 ; then KIND=1 ; else
1192                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1193                  fi ;;
1194            -adm | -ad) if test $KIND = 0 ; then KIND=2 ; else
1195                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1196                  fi ;;
1197            -oad) if test $KIND = 0 ; then KIND=4 ; NODEPEND=t ; else
1198                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1199                  fi ;;
1200            -ncad) NOCATAD=t ;;
1201            -small_f) MKSMALLF=t ;;
1202    
1203            -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1204                     printf " ... " ;;
1205            -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1206                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1207            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1208            -devel) OptLev=0 ;;
1209            -gsl) GSL=t ;;
1210    
1211          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1212          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 783  for ac_option ; do Line 1214  for ac_option ; do
1214    
1215          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1216    
1217          -*)          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1218              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option  
1219              usage          -ts) TS=t;;
1220              ;;          -papis) PAPIS=t;;
1221                    -pcls) PCLS=t;;
1222          *)  
1223              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1224              usage              usage ;;
1225              ;;          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1226                        usage ;;
1227    
1228       esac       esac
1229        
1230  done  done
1231    
1232  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 802  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1234  if test "x$QUICK" = xt ; then
1234      NOCLEAN=t      NOCLEAN=t
1235      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1236  fi  fi
1237    if test "x$MAKE_CMD" = x ; then MAKE_CMD=$MAKE ; fi
1238    
1239  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  #- check length of MPI machine file:
1240      TESTDIRS=`scandirs`  if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1241  fi      if test -r $MPI_MFILE ; then
1242            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1243  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then          if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1244      OPTFILE=$MITGCM_OF            echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1245              usage
1246            fi
1247            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1248                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1249            fi
1250        else
1251              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1252              usage
1253        fi
1254  fi  fi
1255    
1256  if test "x$ADM" = xt ; then  #- setting for forward or ADM testing
1257    if test $KIND = 1 ; then
1258        TARG=ftlall
1259        code_dir=code_ad
1260        inputdir=input_ad
1261        ref_outp="output_tlm.txt"
1262        EXECUTABLE="mitgcmuv_ftl"
1263    elif test $KIND = 2 ; then
1264        if test "x$TARG" = xobj ; then TARG=adobj ; else TARG=adall ; fi
1265        code_dir=code_ad
1266        inputdir=input_ad
1267        ref_outp="output_adm.txt"
1268        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1269    elif test $KIND = 4 ; then
1270        TARG=adAll
1271        code_dir=code_oad
1272        inputdir=input_oad
1273        ref_outp="output_oadm.txt"
1274      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
     OUTPUTFILE="output.txt_adm"  
1275  else  else
1276        code_dir=code
1277        inputdir=input
1278        ref_outp="output.txt"
1279      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
     OUTPUTFILE="output.txt"  
1280  fi  fi
1281    if test "x$JOBS" != x ; then TARG="-j $JOBS $TARG" ; fi
1282    
1283    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1284    if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1285        LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1286    elif test $xx = 'start_from' ; then
1287        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1288        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1289    else
1290        #- expand group of experiments:
1291        LIST=" "
1292        for xx in $TESTDIRS
1293        do
1294          case $xx in
1295            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
1296                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
1297                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
1298                    ;;
1299            'tutorials')
1300                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1301            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1302          esac
1303        done
1304    fi
1305    #echo 'LIST='${LIST}'<'
1306    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1307    TESTDIRS=" "
1308    count=0
1309    for xx in $LIST
1310    do
1311        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1312        if test $yy = 0 ; then
1313            if test -d $xx ; then
1314                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1315                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1316            else count=1 ;
1317                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1318            fi
1319        else
1320            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1321            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1322            fi
1323        fi
1324    done
1325    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1326    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1327    
1328  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1329      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"  RUNLOG="run.tr_log"
1330    if test "x$MPI" = x0 ; then
1331      OUTPUTFILE=$ref_outp
1332      if test "x$COMMAND" = x ; then COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE" ; fi
1333    else
1334      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1335      if test "x$COMMAND" = x ; then COMMAND="mpirun -np TR_NPROC ./$EXECUTABLE" ; fi
1336  fi  fi
1337    
1338  if test "x$COMMAND" = x ; then  echo "OK (COMMAND='$COMMAND')"
1339      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"  
1340    #TMP=./tr_$$
1341    #- try to put temporary files in system-local /tmp dir
1342    TMP=/tmp/tr_${USER}_$$
1343    touch $TMP ; retVal=$?
1344    if [ $retVal -eq 0 ] ; then
1345      if test ! -r $TMP ; then TMP=./tr_$$ ; fi
1346    else
1347      TMP=./tr_$$
1348  fi  fi
1349    rm -f $TMP
1350    if [ $verbose -gt 1 ]; then echo " temp files: $TMP" ; fi
1351    
1352  #echo "OK"  # set the Default List of output variables to be checked:
1353  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1354    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1355    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1356    if test $KIND = 1 ; then
1357        DEF_CHECK_LIST='tlmGrd tlmCst tlmGrd fwdGrd'
1358        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1359        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1360    elif test $KIND = 2 -o $KIND = 4 ; then
1361        DEF_CHECK_LIST='AdGrd Cost AdGrd FDGrd'
1362        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1363        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1364    else
1365        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1366        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1367        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1368        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1369        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1370    fi
1371    
1372  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1373  createcodelet  if test "x$CLEANUP" = xt -o -x tr_cmpnum ; then
1374        echo "skipping comparison code build"
1375    else
1376        createcodelet
1377    fi
1378    
1379  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1380  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x -o "x$SENDCMD" != x ; then
1381      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1382  else  else
1383      build_mpack      build_mpack
1384        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then SENDCMD=$MPACK ; fi
1385  fi  fi
1386    
1387  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1388    CMDLINE=$0
1389    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1390        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx" ; else
1391          nb=`echo $xx | grep -c '='`
1392          if test $nb = 0 ; then CMDLINE="$CMDLINE '$xx'"
1393          else yy=`echo "$xx'" | sed "s/=/='/"` ;
1394                                 CMDLINE="$CMDLINE $yy" ; fi
1395        fi
1396    done
1397  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1398  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1399  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1400  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1401  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1402      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1403    else
1404       #short_name=`hostname -s | tr '[:upper:]' '[:lower:]'`
1405       # hostname -s is not universal (does work on AIX system)
1406        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//' | tr '[:upper:]' '[:lower:]'`
1407        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1408  fi  fi
1409  DNUM=0  DNUM=0
1410  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
# Line 861  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1419  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1419      exit 1      exit 1
1420  fi  fi
1421  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 printf "Start time:  " >> $SUMMARY  
1422  start_date=`date`  start_date=`date`
1423  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1424    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1425    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1426    
1427  of_path=  of_path=
1428  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 881  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1440  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1440          echo >> $SUMMARY          echo >> $SUMMARY
1441          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1442      else      else
1443          echo | tee $SUMMARY          echo | tee -a $SUMMARY
1444          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee -a $SUMMARY
1445          exit 1          exit 1
1446      fi      fi
1447  else  else
1448      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1449      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1450      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1451  fi  fi
1452  echo  echo
1453  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1454  if test "x$ADM" = x ; then  if test $KIND = 0 ; then
1455      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"      line_0=`printf '%s %2i' 'default' $MATCH_CRIT`
1456           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1457      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1458      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="e p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1459      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="n n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1460      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1461      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
         #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`  
         #  if test "x$tst" = xt ; then  
1462          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1463          line_1="$line_1        m  s"          line_1="$line_1        m  s"
1464          line_2="$line_2  m  m  e  ."          line_2="$line_2  m  m  e  ."
1465          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1466          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
         #  fi  
1467      done      done
1468    else
1469        line_0=`printf '%s %2i' 'default   ' $MATCH_CRIT`
1470      if test $KIND = 1 ; then
1471       #echo "TANGLIN=true" >> $SUMMARY
1472        echo "TangLin generated by TAF" >> $SUMMARY
1473      elif test $KIND = 3 ; then
1474        echo "TangLin generated by OpenAD" >> $SUMMARY
1475      elif test $KIND = 2 ; then
1476       #echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1477        echo "Adjoint generated by TAF" >> $SUMMARY
1478      else
1479        echo "Adjoint generated by OpenAD" >> $SUMMARY
1480      fi
1481      if test $KIND = 1 -o $KIND = 3 ; then
1482        line_1="G D M    C  T  F"
1483        line_2="e p a R  o  L  D"
1484      else
1485        line_1="G D M    C  A  F"
1486        line_2="e p a R  o  d  D"
1487      fi
1488        line_3="n n k u  s  G  G"
1489        line_4="2 d e n  t  r  r"
1490        echo >> $SUMMARY
1491    fi
1492    if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1493      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1494      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1495      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1496      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1497      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1498      echo " "       | tee -a $SUMMARY      echo ""        | tee -a $SUMMARY
 else  
     echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY  
     echo >> $SUMMARY  
     cat << EOF | tee -a $SUMMARY  
 G D M    C  G  
 E p a R  o  r  
 N n k u  s  a  
 2 d e n  t  d  
   
 EOF  
1499  fi  fi
1500    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1501    
1502  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1503  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1504        
1505        # set builddir & rundir:
1506        builddir="build"
1507        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1508        rundir="run"
1509        pfxdir="tr_$rundir"
1510        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1511            rundir=$builddir
1512        fi
1513        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1514        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1515    
1516      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1517      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1518          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1519              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          makeclean $BUILD_DIR
1520            (   cd $BUILD_DIR
1521                rm -f $EXECUTABLE *.bak
1522                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1523                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1524                rm -rf mpi_headers
1525            )
1526            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1527                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1528                run_clean $dir/$rundir
1529          fi          fi
1530          if test -r $dir/input/Makefile ; then          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1531              ( cd $dir/input ; make CLEAN )          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1532            if test $ttd != 0 ; then
1533                echo '  --- rm dir:' $trdir
1534                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1535          fi          fi
         (  
             cd $dir  
             rm -rf tr_run.*  
         )  
1536          continue          continue
1537      fi      fi
1538    
1539      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1540      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1541      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1542      if test "x$ADM" = x ; then     #if test ! -r $fout ; then
1543          fout=$dir"/results/output.txt"      if test ! -r $fout -a ! -r ${fout}.gz ; then
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
     if test ! -r $fout ; then  
1544          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1545          continue          continue
1546      fi      fi
     if test "x$ADM" = x ; then  
         check_for_add_mon_output  $fout  
     fi  
1547    
1548      # Check for additional types of monitor output      # Check for specific files for particular type of run
1549    
1550      builddir="input"      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1551      rundir="input"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1552      use_seperate_build=0          continue
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1553      fi      fi
1554            if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1555      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1556      extra_runs=          continue
     if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then  
         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`  
         echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"  
         for exd in $ex_run_dirs ; do  
             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`  
             outf="$dir/results/output.txt.$name"  
             if test -f $outf -a -r $outf ; then  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
             fi  
         done  
1557      fi      fi
1558    
1559      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1560          code_dir=code          ntx=1 ; nty=1
1561          CODE_DIR=$dir/code          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1562      else            ff=$dir"/input/eedata.mth"
1563          code_dir=code_ad            ntx=`grep "^ *nTx *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
1564          CODE_DIR=$dir/code_ad            nty=`grep "^ *nTy *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
1565              if test "x$ntx" = x ; then ntx=1 ; fi
1566              if test "x$nty" = x ; then nty=1 ; fi
1567            fi
1568            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1569            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $ntx $nty
1570            LOC_NPROC=$?
1571            (   cd $BUILD_DIR
1572                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1573                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1574                else RETVAL=1
1575                fi
1576                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1577                    rm -f tr_size.mpi
1578                else
1579                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1580                fi
1581            )
1582            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1583                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1584                rm -f $LOC_MFILE
1585                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1586                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1587                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1588                    rm -f $LOC_MFILE
1589                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1590                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1591                fi
1592                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1593                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1594                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1595                fi
1596            fi
1597            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1598                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1599                if test $retv != 0 ; then
1600                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1601                    continue
1602                fi
1603            fi
1604      fi      fi
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
1605    
1606      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1607          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"      extra_runs=
1608          continue      if test "x$NORUN" = xf ; then
1609            ex_run_dirs=`( cd $dir ; ls -d $inputdir.* 2> /dev/null )`
1610      fi      fi
1611        #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1612        for exd in $ex_run_dirs ; do
1613            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1614            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1615            outf="$dir/results/$refExOut"
1616            if test -r $outf -o -r ${outf}.gz ; then
1617              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1618                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1619                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
1620                    extra_runs="$extra_runs $name"
1621                  else
1622                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1623                    if test $retv = 0 ; then
1624                        extra_runs="$extra_runs $name"
1625                    else
1626                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1627                    fi
1628                  fi
1629                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1630                fi
1631              else
1632                extra_runs="$extra_runs $name"
1633              fi
1634            fi
1635        done
1636    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1637      echo      echo
1638      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1639            echo "Experiment:  $dir"
1640        else
1641            echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1642        fi
1643      echo      echo
1644      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1645      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1646    
1647      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1648      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1649      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1650      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      #- report to this experiment local summary file ---
1651            echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1652      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1653          makeclean $dir/$builddir      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1654        CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1655    
1656        if test "x$NORUN" = xt ; then
1657                run=N
1658            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1659                && makeclean $dir/$builddir \
1660                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1661                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1662                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1663      else      else
1664          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1665              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1666              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1667              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1668              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1669              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && run_clean $dir/$rundir \
1670                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1671              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1672              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1673      fi      fi
1674            #echo "results='$results'"
1675      echo  
     if test "x$ADM" = x ; then  
1676          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1677          echo          echo 1>&2
1678          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1679          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1680    
1681          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1682              unset run              unset run
1683              results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'              results=$EMPTY_RESULTS
1684              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  reference output file
1685              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1686              mkdir $rel_CDIR              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1687              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1688              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              mkdir $locDIR
1689              for ldir in input.$ex input ; do              #- report to this experiment local summary file ---
1690                  (              echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1691                      cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1              #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1692                      ls -1 2>/dev/null \              #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1693                          | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1694                  ) > tr_exrun_links              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1695                  (              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1696                      cd "$dir/tr_run.$ex"              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1697                      cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1698                          if test ! "x$i" = x ; then              && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1699                              test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i              fres=`formatresults $dir.$ex ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1700                          fi              echo 1>&2
1701                      done              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1702                  )              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1703                  test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1704              done                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1705              ldir=build              fi
             (  
                 cd $dir/tr_run.$ex  
                 test ! -e mitgcmuv  &&  ln -s "../"$ldir"/"mitgcmuv .  
             )  
             runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \  
                 && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`  
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
             fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`  
             fres="$fres.$ex"  
             echo  
             echo "$fres" >> $SUMMARY  
             echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
             echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1706          done          done
1707      else  
1708          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`      if test ! -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then
1709          fres=$fres"$results   $dir"          if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1710          echo              mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1711          echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1712          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  #           sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1713          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  # bsd-sed cannot do the above code
1714          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              cat $dir/$builddir/Makefile | \
1715          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"                  sed -n '/^# executed by:/{N
1716          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"                                            p
1717          grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \                                            }' >> $DRESULTS/genmake_state
1718                             >> $CDIR"/summary.txt"              echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1719                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1720                    eval $mkOpt
1721    #               sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1722    #                       $SUMMARY > tmp.tr_log
1723    # bsd-sed requires a newline after "a\":
1724                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\\
1725                             OPTFILE=${OPTFILE}" $SUMMARY > tmp.tr_log
1726                    RETVAL=$?
1727                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1728                        cp -f tmp.tr_log $SUMMARY
1729                    fi
1730                    rm -f tmp.tr_log
1731                fi
1732                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1733                if test -r $gmkLog ; then
1734                    grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1735                    RETVAL=$?
1736                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1737                      echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1738                      echo "extract compiler version:"   >> $DRESULTS/genmake_state
1739                      sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' \
1740                         $gmkLog | grep -v '^... compiler version ' > tmp.tr_log
1741                      sed -n '1p' tmp.tr_log >> $DRESULTS/genmake_state
1742                      sed -n '2,/^$/p' tmp.tr_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1743                                             >> $DRESULTS/genmake_state
1744                      rm -f tmp.tr_log
1745                    fi
1746                fi
1747                gmkLog=$dir/$builddir/genmake_state
1748                if test -r $gmkLog ; then
1749                    echo -n "from '$gmkLog', "      >> $DRESULTS/genmake_state
1750                    echo "get genmake settings:"    >> $DRESULTS/genmake_state
1751                    sed -n '/^HAVE_/p' $gmkLog | sed 's/^./ &/' \
1752                                                    >> $DRESULTS/genmake_state
1753                fi
1754            fi
1755        fi
1756        #postclean $dir/$builddir
1757        if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1758            makeclean $dir/$builddir \
1759                && run_clean $dir/$rundir
1760      fi      fi
1761        if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1762    
     postclean $dir/$builddir  
       
1763      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1764        
1765  done  done
1766    
1767  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1768  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1769  printf "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1770  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1771    
# Line 1108  date >> $SUMMARY Line 1774  date >> $SUMMARY
1774  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1775      echo "No results email was sent."      echo "No results email was sent."
1776  else  else
1777      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$SENDCMD" != x ; then
1778          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          if [ $verbose -gt 1 ]; then
1779              && gzip $DRESULTS".tar" \             echo " run: $SENDCMD -s MITgcm-test -m 3555000 ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" $ADDRESSES"
1780              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES          fi
1781            tar -cf ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1782                && gzip ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" \
1783                && $SENDCMD -s MITgcm-test -m 3555000 ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" $ADDRESSES
1784          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1785          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1786              echo              echo
# Line 1124  else Line 1793  else
1793              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1794              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1795              echo              echo
1796                test -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" &&  rm -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar"
1797                test -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" &&  rm -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz"
1798          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1799      fi      fi
1800  fi  fi
1801    
1802  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1803  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum      rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1804    fi
1805    
1806  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1807      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1808      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1809          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1810      fi      fi
1811      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1812  fi  fi
1813    
1814  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1815      rm -rf $DRESULTS      rm -rf $DRESULTS
1816  fi  fi
1817    echo "======== End of testreport execution ========"

Legend:
Removed from v.1.77  
changed lines
  Added in v.1.208

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