/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.77 by jmc, Mon Mar 20 21:50:36 2006 UTC revision 1.200 by jmc, Sun Feb 22 22:48:18 2015 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo " ---- type of test : ----"
15      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-tlm)                   perform a Tangent Linear run"
     echo "                             (DEF=\"-ieee\")"  
     echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"  
     echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"  
     echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"  
     echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"  
     echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"  
     echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"  
     echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"  
     echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"  
16      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
17      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
18      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
19      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
20        echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
21        echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
22        echo "  (-command|-c) STRING     command to run (e.g., if non-standard MPI setting)"
23        echo "                            DEF='mitgcmuv' or ='mpirun -np TR_NPROC mitgcmuv'"
24        echo " ---- testing options : ----"
25        echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
26        echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
27        echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
28        echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
29        echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
30        echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
31        echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
32        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
33        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
34        echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
35        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
36        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
37        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
38        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
39        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
40        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
41        echo " ---- system options : ----"
42        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or \"sh\" shell"
43        echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
44        echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
45        echo "  (-ncad)                  used genmake2 option \"-nocat4ad\" (-ncad)"
46        echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
47        echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
48      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
49        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
50        echo " ---- output options : ----"
51        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
52        echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
53      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
54      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
55      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
56      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
57      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-send)       STRING     sending command (instead of using mpack)"
58      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-savdir|-sd) STRING     location to save output tar file to send (DEF='$SAVDIR')"
59        echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
60        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
61        echo " -- do only some parts: --"
62        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
63        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
64        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
65        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
66      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
67      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
68      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
69      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
70        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
71        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
72      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
73      echo      echo
74      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
# Line 55  usage() Line 87  usage()
87  build_mpack()  build_mpack()
88  {  {
89      printf "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
90      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
91        if test ! -x $MPACK ; then
92          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
93              echo              echo
94              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 64  build_mpack() Line 97  build_mpack()
97              echo              echo
98              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
99          fi          fi
         printf "building mpack...  "  
100          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
101              export CC=cc              export CC=cc
102          fi          fi
103            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
104          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
105          RETVAL=$?          RETVAL=$?
106          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 78  build_mpack() Line 111  build_mpack()
111          else          else
112              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
113              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
114                echo "done"
115          fi          fi
116      else      else
117          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
118            echo "already exist"
119      fi      fi
     echo "OK"  
120  }  }
121    
122  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
123  {  {
124      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
125      #      #
126      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
127      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/$reference_output
128        #  using search strings s1 and text label
129    
130      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
131          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
132      fi      fi
133      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
134          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > ${TMP}a.txt
135          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l ${TMP}a.txt | awk '{print $1}' `
136          if [ $lncntA -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
137              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
138                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
139              fi              fi
140              return 99              rm -f ${TMP}a.txt ; return 99
141          fi          fi
142      else      else
143          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
144          return 99          return 99
145      fi      fi
146      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
147          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$5 1>&2
148      fi      fi
149      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > ${TMP}b.txt
150      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l ${TMP}b.txt | awk '{print $1}' `
151      if [ $lncntB -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
152          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
153              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
154          fi          fi
155          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
156      fi      fi
157      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
158          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
159              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
160          fi          fi
161          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
162      fi      fi
163      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat ${TMP}a.txt | grep -i nan | wc -l`
164      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
165          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
166          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
167      fi      fi
168      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat ${TMP}a.txt | grep -i inf | wc -l`
169      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
170          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
171          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
172      fi      fi
173      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
174          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt 1>&2
175      fi      fi
176      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
177        join ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' | sed -e 's|:||g' > ${TMP}c.txt
178      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
179          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
180      fi      fi
181      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
182          cat tmp3.txt 1>&2          cat ${TMP}c.txt 1>&2
183      fi      fi
184      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> ${TMP}c.txt
185      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < ${TMP}c.txt`
     cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt  
     digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`  
186      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
187          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
188              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
189          fi          fi
190          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
191      else      else
192          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
193              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
194          fi          fi
195      fi      fi
196      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ${TMP}c.txt
197        
198      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
199  }  }
200    
201  dashnum()  testoutput_run()
202  {  {
203      # dashnum n1 n2 n3 ...      # testoutput_run directory subdir reference_output
204      #      #
205      #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99      #  test output from 1 run in "directory"
206    # --> same processing for adjoint & forward test
207      for num in $@ ; do          # default list of output variables to be checked:
208          if [ $num = 99 ]; then          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
209              printf ' --'          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
210          else          listChk=$DEF_CHECK_LIST
211              printf '%3i' $num          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
212            if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
213            sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
214            # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
215            listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
216                                   | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
217            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
218            # set ref.outp file-name and, if compressed, uncompress it into subdir
219            refoutp=results/$3
220            if test ! -r $1/results/$3 ; then
221              if test -r $1/results/${3}.gz ; then
222                tmpNam1=$3
223                tmpNam2=`echo $tmpNam1 | sed 's/\..*\././'`
224                if test "x$tmpNam1" = "x$tmpNam2" ; then
225                    tmpNam1=`echo $tmpNam2 | sed 's/\./.std./'`
226                fi
227                refoutp=$2/$tmpNam1
228                if [ $debug -gt 0 ]; then
229                    echo "testoutput_run: gunzip 'results/$3.gz' into '$refoutp'" 1>&2
230                fi
231                gzip -cd $1/results/${3}.gz > $1/$refoutp
232              else
233                echo "missing reference output file '$3' (.gz) in '$1/results/'"
234              fi
235          fi          fi
236      done          # check for ptracer output in reference_output file :
237  }          if test $KIND = 0 ; then
238              ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
239  testoutput_ad()            ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
240  {            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
241      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt              ptrfound=0
242      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt              for jj in $ptr_mon ; do
243      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
244      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt                  tst=`grep $name $1/$refoutp | wc -l | awk '{print $1}'`
245      join t05.txt t15.txt > t5.txt                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
246      join t06.txt t16.txt > t6.txt              done
247      echo "-1" >> t5.txt              if test $ptrfound = '1' ; then
     echo "-1" >> t6.txt  
     digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`  
     digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`  
     dashnum $digits_5 $digits_6  
     rm -f t[01][56].txt t[56].txt  
 }  
   
 check_for_add_mon_output()  
 {  
     # Check for additional types of monitor output  
     if test "x$1" = x ; then  
         return  
     fi  
   
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"  
     done  
   
     ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"  
     ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"  
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         for jj in $ptr_add ; do  
             name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`  
             tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`  
             if test ! "x$tst" = x0 ; then  
248                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
249                else
250                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
251                  # remove this ptr from the list of output variable to check
252                  # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
253                    listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
254              fi              fi
255          done            # eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
256          #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'            done
257      done          fi
258  }          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
259            if test $tst != 1 ; then
260  testoutput()            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
261  {                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
262      # testoutput directory subdir extension            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
263      #          #- put it back once:
264      #  test output in "directory"            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
265      if test "x$ADM" = x ; then          fi
266          if [ $debug -gt 0 ]; then          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
267              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
268          fi          #---
269          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?          allargs=""
270          if [ $debug -gt 0 ]; then          for xx in $listVar
271              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          do
272          fi            case $xx in
273          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
274          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
275          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $refoutp ; yy=$?
276          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
277          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  ref_cost_function" "ADM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
278          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?           'AdGrd') testoutput_var $1 "ADM  adjoint_gradient"  "ADM Ad Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
279          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?           'FDGrd') testoutput_var $1 "ADM  finite-diff_grad"  "ADM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
280          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?          'tlmCst') testoutput_var $1 "TLM  ref_cost_function" "TLM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
281          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?          'tlmGrd') testoutput_var $1 "TLM  tangent-lin_grad"  "TLM TL Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
282          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?          'fwdGrd') testoutput_var $1 "TLM  finite-diff_grad"  "TLM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
283          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
284          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
285          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
286          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
287          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
288          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
289               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
290          #  This is for PTRACERS             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
291          for ii in $PTRACERS_NUM ; do             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
292              eval `echo "p0"$ii"_min=99"`             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
293              eval `echo "p0"$ii"_max=99"`             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
294              eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
295              eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
296              tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
297              #echo 'tst = '$tst             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
298              if test "x$tst" = xt ; then             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
299                  a="trcstat_ptracer0"          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
300                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
301                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
302                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
303                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
304                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
305                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
306                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
307                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
308              fi           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
309             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
310             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
311             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
312             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
313             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
314             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
315             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
316             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
317             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
318             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
319             'uSImn') testoutput_var $1 "seaice_uice_min"   "SIce Uice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
320             'uSImx') testoutput_var $1 "seaice_uice_max"   "SIce Uice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
321             'uSIav') testoutput_var $1 "seaice_uice_mean"  "SIce Uice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
322             'uSIsd') testoutput_var $1 "seaice_uice_sd"    "SIce Uice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
323             'vSImn') testoutput_var $1 "seaice_vice_min"   "SIce Vice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
324             'vSImx') testoutput_var $1 "seaice_vice_max"   "SIce Vice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
325             'vSIav') testoutput_var $1 "seaice_vice_mean"  "SIce Vice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
326             'vSIsd') testoutput_var $1 "seaice_vice_sd"    "SIce Vice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
327            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
328            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
329            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
330            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Glob-ave"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
331            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South-av"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
332            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North-av"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
333            'HthMxS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_max_S" "thSIc H South-max" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
334            'HthMxN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_max_N" "thSIc H North-max" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
335             'sbo_M') testoutput_var $1 "sbo_mass"          "SBO mass"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
336             'sboFW') testoutput_var $1 "sbo_mass_fw"       "SBO m-FW"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
337             'sboAc') testoutput_var $1 "sbo_zoamc"         "SBO AM-C"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
338             'sboAp') testoutput_var $1 "sbo_zoamp"         "SBO AM-P"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
339            'StrmIc') testoutput_var $1 "STREAMICE_FP_ERR" "StreamIce Solver" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
340                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
341              esac
342              if test $xx = $sVar
343              then allargs="$allargs > $yy <"
344              else allargs="$allargs $yy"
345              fi
346          done          done
347    
348          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
349          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
350          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"          #-- fill line (up to standard length) with dot:
351          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
352          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"            echo $allargs $adNul
353          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"          else
354          allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"            echo $allargs
355            fi
356          eval "dashnum $allargs"  # <-- same processing for adjoint & forward test
   
     else  
         testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"  
     fi  
357  }  }
358    
359  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 300  genmakemodel() Line 370  genmakemodel()
370          (          (
371              cd $1;              cd $1;
372              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
373              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
374                  command="$command --mods=../code"                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
375                fi
376                if test $KIND = 4 ; then
377                    command="$command -oad -mods=../$code_dir"
378              else              else
379                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command -mods=../$code_dir"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
380              fi              fi
381              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
382                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
383              fi              fi
384              if test "x$IEEE" != x ; then              if test $OptLev = 1 ; then
385                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
386              fi              fi
387              if test "x$MPI" = xt ; then              if test $OptLev = 0 ; then
388                    command="$command -devel"
389                fi
390                if test "x$GSL" = xt ; then
391                    command="$command -gsl"
392                fi
393                if test "x$MPI" != x0 ; then
394                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
395              fi              fi
396              printf 'genmake ... ' 1>&2              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
397              $command > make.log 2>&1              #- run multi-threaded using OpenMP:
398                    command="$command -omp"
399                fi
400                if test "x$USE_R4" = xt ; then
401                    command="$command -use_r4"
402                fi
403                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
404                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
405                fi
406                if test "x$NOCATAD" = xt ; then
407                    command="$command -nocat4ad"
408                fi
409                if test "x$TS" = xt ; then
410                    command="$command -ts"
411                fi
412                if test "x$PAPIS" = xt ; then
413                    command="$command -papis"
414                else
415                if test "x$PCLS" = xt ; then
416                    command="$command -pcls"
417                fi
418                fi
419                printf 'genmake ... '
420                eval $command > genmake.tr_log 2>&1
421              RETVAL=$?              RETVAL=$?
422              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
423              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
424              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
425                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
426                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
427                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
428                  return 1                  return 1
429              else              else
430                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
431              fi              fi
432          )          )
433      fi      fi
# Line 335  genmakemodel() Line 436  genmakemodel()
436  makeclean()  makeclean()
437  {  {
438      # makeclean directory      # makeclean directory
439        if test "x$NOGENMAKE" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
440      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
441          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
442      else      else
443          (          (
444              cd $1;              cd $1;
445              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
446              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
447                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
448                    $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
449                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
450                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
451                      tail make.log                      tail make.tr_log
452                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
453                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
454                      return 1                      return 1
455                  fi                  fi
456                    echo successful
457                else
458                    echo ''
459              fi              fi
             echo successful 1>&2  
460              exit 0              exit 0
461          )          )
462      fi      fi
463  }  }
464    
465  postclean()  run_clean()
466  {  {
467      # postclean directory      # run_clean directory
468      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
469          (          echo "run_clean skipped!"
470              cd $1;      else
471              if test -r Makefile ; then        (
472                  $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1          cd $1;
473              fi          printf 'clean run-dir ... '
474              exit 0          # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
475          )          find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
476            find . -name "*.data" -exec rm {} \;
477            find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
478            find . -type l -exec rm {} \;
479            #- should remove executable only if sym-link (already done above)
480            rm -f $RUNLOG *.txt STDOUT.* STDERR.* *diagnostics.log *.[0-9][0-9][0-9][0-9].log
481            rm -f datetime costfinal divided.ctrl snapshot* output_adm.*.diva_*
482            rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
483            rm -f oad_cp.[0-9][0-9][0-9].?????
484            rm -rf mnc_test_*
485            echo successful
486            exit 0
487          )
488      fi      fi
489  }  }
490    
# Line 382  makedependmodel() Line 496  makedependmodel()
496      else      else
497          (          (
498              cd $1;              cd $1;
499              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
500              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
501              RETVAL=$?              RETVAL=$?
502              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
503                  tail make.log                  tail make.tr_log
504                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
505                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
506                  return 1                  return 1
507              else              else
508                  echo successful 1>&2                  echo successful
509              fi              fi
510          )          )
511      fi      fi
# Line 401  makemodel() Line 515  makemodel()
515  {  {
516      # makemodel directory      # makemodel directory
517      (      (
518        mk_fail=0
519        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
520            cd $1;
521            if test -x $EXECUTABLE ; then
522                echo "make skipped!"
523            else
524                echo "no executable!"
525                mk_fail=3
526            fi
527        else
528          cd $1;          cd $1;
529          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
530              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
531              if test "x$ADM" = x ; then              $MAKE_CMD $TARG >> make.tr_log 2>&1
                 if test "x$JOBS" = x ; then  
                     $MAKE >> make.log 2>&1  
                 else  
                     $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1  
                 fi  
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
             fi  
532              RETVAL=$?              RETVAL=$?
533              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
534                  tail make.log                  tail make.tr_log
535                  echo failed 1>&2                  echo failed
536                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
537                  return 1                  tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
538                    rm -f $EXECUTABLE
539                    mk_fail=1
540              else              else
541                  echo successful 1>&2                  echo successful
542              fi              fi
543            else
544                echo "no Makefile !"
545                mk_fail=2
546            fi
547        fi
548        if test $KIND = 1 -a -f taf_ftl.log ; then
549            head -1 taf_ftl.log >> $CDIR"/summary.txt"
550        fi
551        if test $KIND = 2 -a -f taf_ad.log ; then
552            head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
553            nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
554            nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
555            if test -f taf_output ; then
556                n2er=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_output`
557                n3er=`grep -c '\*ERROR\* ' taf_output`
558                nerr=`expr $nerr + $n2er + $n3er`
559          fi          fi
560            echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
561                                    >> $CDIR"/summary.txt"
562        fi
563        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
564      )      )
565  }  }
566    
567    mk_mpi_size()
568    {
569        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb threads_Nb_X threads_Nb_Y
570        #
571        #  make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
572        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
573        #  ensure that enough tiles per proc (nSx,nSy) remain for the given
574        #     number of threads (nTx,nTy) ;
575        #  return the effective number of processors.
576    
577        inp=$1
578        out=$2
579        np=$3
580        tx=$4
581        ty=$5
582        tmp=TTT.$$
583    
584        # dirX : select with direction to favor in MPI process repartition
585        #   dirX=1 : prefer to put more proc in X direction
586        #   dirX=0 : prefer to put more proc in Y direction
587        dirX=0
588    
589        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
590        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
591        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
592        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
593    
594        #- for each direction, assume # of threads is a multiple of total number of tiles
595        nx=$px
596        if [ `expr $sx % $tx` -ne 0 -a `expr $sx \* $px % $tx` -eq 0 ] ; then
597            nx=`expr $sx \* $px / $tx`
598            if [ $verbose -gt 1 ]; then
599                echo " change px from $px to $nx to accommodate $tx threads"
600            fi
601        fi
602        ny=$py
603        if [ `expr $sy % $ty` -ne 0 -a `expr $sy \* $py % $ty` -eq 0 ] ; then
604            ny=`expr $sy \* $py / $ty`
605            if [ $verbose -gt 1 ]; then
606                echo " change py from $py to $ny to accommodate $ty threads"
607            fi
608        fi
609        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
610        pp=0
611        i=1
612        while [ $i -le $nx ] ; do
613          if [ `expr $nx % $i` -eq 0 ] ; then
614            j=1
615            while [ $j -le $ny ] ; do
616              if [ `expr $ny % $j` -eq 0 ] ; then
617                ij=`expr $i \* $j`
618                if [ $ij -gt $pp ] ; then
619                    flag=1
620                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
621                    flag=$dirX
622                else
623                    flag=0
624                fi
625                if test $flag = 1 ; then
626                  if [ $ij -le $np ] ; then
627                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
628                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
629                  fi
630                fi
631              fi
632              j=`expr $j + 1`
633            done
634          fi
635          i=`expr $i + 1`
636        done
637    
638        #- create new SIZE.h type file:
639        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
640        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
641        if [ $verbose -gt 1 ]; then
642            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
643        fi
644        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
645        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
646        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
647        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
648        rm -f $tmp
649        return $pp
650    }
651    
652  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
653  {  {
654      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 434  symlink_mpifiles() Line 657  symlink_mpifiles()
657    
658      dir=$1      dir=$1
659      code_dir=$2      code_dir=$2
660      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
661      CODE_DIR=$dir/$code_dir  
       
662      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
663      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
664    
665      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
666      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
667          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
668          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
669          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
670              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
671              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
672              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
673              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
674              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
675                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
676                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
677                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
678                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
679                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
680                        rm -f $build_dir/$name
681                  fi                  fi
682              fi              fi
683          done          else
684      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
685                    # dir so long as there is no real file in place
686                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
687                RETVAL=$?
688                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
689                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
690                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
691                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
692                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
693                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
694                    fi
695                fi
696            fi
697        done
698  }  }
699    
700  linkdata()  linkdata()
701  {  {
702      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
703      #      #
704      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
705      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
706          (          (
707              cd $2              cd $1 ; shift
708              if test "x$ADM" = x ; then              echo 'linkdata from dirs:' $*
709                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
710                  for i in $files ; do              for xx in $inpMPI ; do
711                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
712                          ln -sf "../input/"$i $i                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
713                      fi                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
714                  done                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
715              else                      # not mpi test: remove symbolic link
716                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
717                  for i in $files ; do                  else
718                      if test ! -d "../input/"$i ; then                      # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
719                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
720                        if test ! -r $yy ; then
721                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
722                            printf " $xx" 1>&2
723                      fi                      fi
724                  done                  fi
725                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`                fi
726                  for i in $files ; do              done
727                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
728                          ln -sf "../input_ad/"$i $i              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
729                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
730                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
731                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
732                        if test ! -r eedata ; then
733                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
734                            printf ' eedata.mth' 1>&2
735                      fi                      fi
736                  done                  else
737                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
738                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
739                    fi
740              fi              fi
741                prevDir='NONE'
742                for ldir in $* ; do
743                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
744                        printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
745                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
746                        for i in $files ; do
747                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
748                                if test ! -r $i  ; then
749                                    printf ' '$i 1>&2
750                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
751                                fi
752                            fi
753                        done
754                        printf ' ;' 1>&2
755                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
756                            "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
757                        else
758                            echo '' 1>&2
759                        fi
760                    fi
761                    prevDir=$ldir
762                done
763          )          )
764      fi      fi
765  }  }
# Line 511  runmodel() Line 768  runmodel()
768  {  {
769      # runmodel directory      # runmodel directory
770      #      #
771      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
772      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
773      (      (
774          cd $1          cd $1
775          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
776          # make output.txt          if test "x$MPI" != x0 ; then
777          echo              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
778          rm -f run.log              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
779          if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
780             ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
781             RETVAL=$?                COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
782                fi
783                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
784            fi
785            if test -L $EXECUTABLE ; then
786              if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
787                cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
788                outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
789              else rm -f $EXECUTABLE
790              fi
791            fi
792            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
793                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
794                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
795            fi
796            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
797                rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
798                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
799                echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
800                RETVAL=8
801                ENDVAL=-1
802          else          else
803             echo " $OUTPUTFILE is up to date " > run.log 2>&1            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
804             RETVAL=0              # output do not exist or is older than executable:
805                rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
806                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
807            #- Divided Adjoint Run:
808            #  get the number of additional runs (add_DIVA_runs) from file "run_ADM_DIVA"
809                if test $KIND = 2 -a -f run_ADM_DIVA ; then
810                  adm_diva_nb=`sed -n '/^ *add_DIVA_runs\>.*=/p' run_ADM_DIVA | sed 's/ //g'`
811                  echo " Divided Adjoint Run: $adm_diva_nb" >> $RUNLOG
812                  eval "let $adm_diva_nb"
813                  if [ $add_DIVA_runs -ge 1 ] ; then
814                    rm -f costf* divided.ctrl snapshot*
815                    echo -n "(add_DIVA_runs=$add_DIVA_runs) ... "
816                    for ii in `seq 1 $add_DIVA_runs` ; do
817                      ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
818                      echo " additional DIVA run # $ii : done" >> $RUNLOG
819                      mv -f $OUTPUTFILE ${OUTPUTFILE}.diva_${ii}
820                    done
821                  fi
822                fi
823            #- special DIVA processing ends here
824                ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
825                RETVAL=$?
826                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
827                if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
828                    find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
829                    find . -name "*.data" -exec rm {} \;
830                    rm -rf mnc_test_*
831                fi
832              else
833                RETVAL=0
834                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
835                touch $RUNLOG
836                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
837                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
838              fi
839          fi          fi
840          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          rm -f run.log_tmp
841          # echo "pwd='"`pwd`"'"          #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE and time
842          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test -f $OUTPUTFILE ; then
843              tail run.log            grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
844              echo successful 1>&2                  | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
845              # === Reduce the size of the testing emails!            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE \
846              # if test "x$ADM" = x ; then                  | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
847              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"          fi
848              # else          if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
849              #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
850              # fi              echo successful
851              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
852                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
853                return 0
854            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
855                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
856                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
857                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
858                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
859              return 0              return 0
860          else          else
861              tail run.log              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
862              echo failed 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
863              cp run.log $CDIR"/run.log"              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
864              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
865              return 1              return 1
866          fi          fi
867      )      )
# Line 553  createcodelet() Line 871  createcodelet()
871  {  {
872      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
873    
874      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
875      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
876  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
877  #include <math.h>  #include <math.h>
878  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
879    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
880    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
881    best = -22;    best = -22;
882    lncnt = 0;    lncnt = 0;
883    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
884      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
885      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
886      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
887      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
888      if (abave > 0.0) {      if ( abave == abave ) {
889        relerr=fabs(a-b)/abave;        if (abave > 0.0) {
890        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }          relerr=fabs(a-b)/abave;
891        else { linnum = -16 ; }          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
892        best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
893      }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
894          else { cmplin = -22 ; }
895       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
896          }
897       else {
898       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
899          break; }
900    }    }
901    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
902      if (linnum != -1) best=-99;
903    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
904    return 0;    return 0;
905  }  }
906  EOF  EOF
907      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
908    
909      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
910          echo "OK"          echo "OK"
911          return 0          return 0
912      else      else
913          echo          echo
914          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
915          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
916          exit 1          exit 1
917      fi      fi
# Line 599  formatresults() Line 924  formatresults()
924      nm=$1      nm=$1
925      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
926      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
927      printf '%3s' $@      listPrt=$@
928            listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
929      if [ $1 = '--' ]; then      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
930        printf '%3s' $listPrt
931    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
932    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
933    
934        if [ $xx = '..' ]; then
935            printf ' N/O '
936        elif [ $xx = '--' ]; then
937            printf ' N/O '
938        elif [ $xx = 99 ]; then
939          printf ' N/O '          printf ' N/O '
940      else      else
941          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
942              printf ' pass'              printf ' pass'
943          else          else
944              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
945          fi          fi
946      fi      fi
947      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
948        if test $KIND = 2 ; then
949            #-- apppend taf repport summary:
950            tafrep=`grep -c '^ TAF reports ' $CDIR/summary.txt`
951            if test $tafrep = 1 ; then
952                grep '^ TAF reports ' $CDIR/summary.txt | awk '{printf "  (e=%i, w=%i)",$3,$6}'
953            fi
954        fi
955      printf '\n'      printf '\n'
       
 }  
956    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
957  }  }
958    
959  scandirs()  scandirs()
960  {  {
961      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
962          for arg in * ; do          for arg in * ; do
963              test -d $arg/input && echo $arg             #test -f $arg/$1 && echo $arg
964          done              test -f $arg/$1 -o -f $arg/$1.gz && echo $arg
965            done
966      else      else
967          echo $*          echo $*
968      fi      fi
969  }  }
970    
971    
972    check_eedata()
973    {
974        # check_eedata eedata size.h
975        if [ $# -eq 2 ] ; then
976         if test -f $1 -a -f $2 ; then
977          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
978          sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
979          if test "x$nx" = x ; then
980            rx=10
981          else
982            rx=`expr $sx % $nx`
983          fi
984          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
985          sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
986          if test "x$ny" = x ; then
987            ry=20
988          else
989            ry=`expr $sy % $ny`
990          fi
991          echo `expr $rx + $ry`
992         else
993          echo '-1'
994         fi
995        elif [ $# -eq 1 ] ; then
996         if test -f $1 ; then
997          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
998          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
999          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
1000          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
1001         #echo $nx $ny
1002          echo $nx
1003         else
1004          echo '-1'
1005         fi
1006        else
1007          echo '-2'
1008        fi
1009    
1010    }
1011    
1012  ###############################################################################  ###############################################################################
1013    
1014    
1015  #  Default properties  #  Default properties
1016  debug=0  debug=0
1017  verbose=1  verbose=1
1018  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
 expts=''  
 # ieee=1  
   
 IEEE=true  
 if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  
     IEEE=$MITGCM_IEEE  
 fi  
1019    
1020    OptLev=1
1021    GSL=f
1022    
1023  CLEANUP=f  CLEANUP=f
1024    NORUN=f
1025  QUICK=f  QUICK=f
1026    NOMAKE=f
1027  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
1028  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
1029  NODEPEND=f  NODEPEND=f
1030  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
1031    
1032  BASH=  BASH=
1033  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
1034  ADDRESSES=  ADDRESSES=
1035  TESTDIRS=  TESTDIRS=
1036    SKIPDIRS=
1037  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
1038  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
1039  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
1040    SENDCMD=
1041    SAVDIR='.'
1042  COMMAND=  COMMAND=
1043    MKDEPEND=
1044  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
1045      MAKE=make      MAKE=make
1046  fi  fi
1047    MAKE_CMD=
1048  if test "x$CC" = x ; then  if test "x$CC" = x ; then
1049      CC=cc      CC=cc
1050  fi  fi
1051  JOBS=  JOBS=
1052  MPI=f  TARG=
1053    MPI=0
1054    MPI_MFILE=
1055    MULTI_THREAD=f
1056  OUTDIR=  OUTDIR=
1057  DELDIR=  DELDIR=
1058    USE_R4=
1059    EXTRFLG=
1060    NOCATAD=
1061    
1062    #- type of testing (KIND):
1063    #   KIND=0 : forward (= default) ;  KIND=1 : Tangent Linear with TAF ;
1064    #   KIND=2 : Adjoint with TAF ;     KIND=4 : Adjoint with OpenAD
1065    KIND=0
1066    
1067  ADM=  # list of pTracers to check for monitor output
   
 # Additional monitor types  
1068  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
1069    
1070    MATCH_CRIT=10
1071    
1072  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
1073    
1074  ac_prev=  ac_prev=
# Line 706  for ac_option ; do Line 1082  for ac_option ; do
1082      fi      fi
1083    
1084      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
1085        
1086      case $ac_option in      case $ac_option in
1087                    
1088          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
             usage ;;  
           
         -optfile | --optfile | -of | --of)  
             ac_prev=OPTFILE ;;  
         -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)  
             OPTFILE=$ac_optarg ;;  
           
         -addr | --addr | -a | --a)  
             ac_prev=ADDRESSES ;;  
         -addr=* | --addr=*)  
             ADDRESSES=$ac_optarg ;;  
   
         -tdir | --tdir | -t | --t)  
             ac_prev=TESTDIRS ;;  
         -tdir=* | --tdir=*)  
             TESTDIRS=$ac_optarg ;;  
   
         -bash | --bash | -b | --b)  
             ac_prev=BASH ;;  
         -bash=* | --bash=*)  
             BASH=$ac_optarg ;;  
   
         -command | --command | -c | --c)  
             ac_prev=COMMAND ;;  
         -command=* | --command=*)  
             COMMAND=$ac_optarg ;;  
   
         -make | --make | -m | --m)  
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
   
         -j) ac_prev=JOBS ;;  
         -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;  
   
         -clean | --clean)  
             CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;  
   
         -quick | --quick | -q | --q)  
             QUICK=t ;;  
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
   
         -postclean | --postclean | -pc | --pc)  
             POSTCLEAN=t ;;  
   
         -mpi) MPI=t ;;  
1089    
1090          -adm | -ad) ADM=t ;;          -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
1091            -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
1092    
1093          -ieee) IEEE=true ;;          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
1094          -noieee) IEEE= ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
1095            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
1096            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
1097    
1098            -send | --send ) ac_prev=SENDCMD ;;
1099            -send=* | --send=* ) SENDCMD=$ac_optarg ;;
1100            -savdir | --savdir | -sd | --sd ) ac_prev=SAVDIR ;;
1101            -savdir=* | --savdir=* | -sd=* | --sd=* ) SAVDIR=$ac_optarg ;;
1102    
1103            -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
1104            -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
1105            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
1106            -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
1107    
1108            -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1109            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1110    
1111            -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1112            -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1113    
1114            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1115            -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1116    
1117            -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1118            -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1119    
1120            -repl_mk | --repl_mk ) ac_prev=MAKE_CMD ;;
1121            -repl_mk=* | --repl_mk=*) MAKE_CMD=$ac_optarg ;;
1122    
1123            -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1124            -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1125    
1126            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1127            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
1128    
1129            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1130            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1131    
1132            -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1133            -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1134    
1135            -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1136            -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1137    
1138            -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
1139    
1140            -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1141            -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1142            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1143            -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1144            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1145            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1146            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1147    
1148            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1149            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1150    
1151            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1152            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1153            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1154    
1155            -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1156            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1157    
1158            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1159    
1160            -tlm) if test $KIND = 0 ; then KIND=1 ; else
1161                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1162                  fi ;;
1163            -adm | -ad) if test $KIND = 0 ; then KIND=2 ; else
1164                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1165                  fi ;;
1166            -oad) if test $KIND = 0 ; then KIND=4 ; NODEPEND=t ; else
1167                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1168                  fi ;;
1169            -ncad) NOCATAD=t ;;
1170    
1171            -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1172                     printf " ... " ;;
1173            -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1174                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1175            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1176            -devel) OptLev=0 ;;
1177            -gsl) GSL=t ;;
1178    
1179          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1180          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 783  for ac_option ; do Line 1182  for ac_option ; do
1182    
1183          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1184    
1185          -*)          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1186              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option  
1187              usage          -ts) TS=t;;
1188              ;;          -papis) PAPIS=t;;
1189                    -pcls) PCLS=t;;
1190          *)  
1191              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1192              usage              usage ;;
1193              ;;          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1194                        usage ;;
1195    
1196       esac       esac
1197        
1198  done  done
1199    
1200  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 802  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1202  if test "x$QUICK" = xt ; then
1202      NOCLEAN=t      NOCLEAN=t
1203      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1204  fi  fi
1205    if test "x$MAKE_CMD" = x ; then MAKE_CMD=$MAKE ; fi
1206    
1207    #- check length of MPI machine file:
1208    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1209        if test -r $MPI_MFILE ; then
1210            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1211            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1212              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1213              usage
1214            fi
1215            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1216                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1217            fi
1218        else
1219              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1220              usage
1221        fi
1222    fi
1223    
1224    #- setting for forward or ADM testing
1225    if test $KIND = 1 ; then
1226        TARG=ftlall
1227        code_dir=code_ad
1228        inputdir=input_ad
1229        ref_outp="output_tlm.txt"
1230        EXECUTABLE="mitgcmuv_ftl"
1231    elif test $KIND = 2 ; then
1232        if test "x$TARG" = xobj ; then TARG=adobj ; else TARG=adall ; fi
1233        code_dir=code_ad
1234        inputdir=input_ad
1235        ref_outp="output_adm.txt"
1236        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1237    elif test $KIND = 4 ; then
1238        TARG=adAll
1239        code_dir=code_oad
1240        inputdir=input_oad
1241        ref_outp="output_oadm.txt"
1242        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1243    else
1244        code_dir=code
1245        inputdir=input
1246        ref_outp="output.txt"
1247        EXECUTABLE="mitgcmuv"
1248    fi
1249    if test "x$JOBS" != x ; then TARG="-j $JOBS $TARG" ; fi
1250    
1251    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1252  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1253      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1254    elif test $xx = 'start_from' ; then
1255        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1256        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1257    else
1258        #- expand group of experiments:
1259        LIST=" "
1260        for xx in $TESTDIRS
1261        do
1262          case $xx in
1263            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
1264                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
1265                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
1266                    ;;
1267            'tutorials')
1268                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1269            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1270          esac
1271        done
1272  fi  fi
1273    #echo 'LIST='${LIST}'<'
1274    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1275    TESTDIRS=" "
1276    count=0
1277    for xx in $LIST
1278    do
1279        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1280        if test $yy = 0 ; then
1281            if test -d $xx ; then
1282                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1283                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1284            else count=1 ;
1285                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1286            fi
1287        else
1288            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1289            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1290            fi
1291        fi
1292    done
1293    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1294    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1295    
1296  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1297      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1298  fi  fi
1299    
1300  if test "x$ADM" = xt ; then  LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1301      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"  RUNLOG="run.tr_log"
1302      OUTPUTFILE="output.txt_adm"  if test "x$MPI" = x0 ; then
1303      OUTPUTFILE=$ref_outp
1304      if test "x$COMMAND" = x ; then COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE" ; fi
1305  else  else
1306      EXECUTABLE="mitgcmuv"    OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1307      OUTPUTFILE="output.txt"    if test "x$COMMAND" = x ; then COMMAND="mpirun -v -np TR_NPROC ./$EXECUTABLE" ; fi
1308  fi  fi
1309    
1310  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  echo "OK (COMMAND='$COMMAND')"
     COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"  
 fi  
1311    
1312  if test "x$COMMAND" = x ; then  #TMP=./tr_$$
1313      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"  #- try to put temporary files in system-local /tmp dir
1314    TMP=/tmp/tr_${USER}_$$
1315    touch $TMP ; retVal=$?
1316    if [ $retVal -eq 0 ] ; then
1317      if test ! -r $TMP ; then TMP=./tr_$$ ; fi
1318    else
1319      TMP=./tr_$$
1320  fi  fi
1321    rm -f $TMP
1322    if [ $verbose -gt 1 ]; then echo " temp files: $TMP" ; fi
1323    
1324  #echo "OK"  # set the Default List of output variables to be checked:
1325  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1326    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1327    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1328    if test $KIND = 1 ; then
1329        DEF_CHECK_LIST='tlmGrd tlmCst tlmGrd fwdGrd'
1330        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1331        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1332    elif test $KIND = 2 -o $KIND = 4 ; then
1333        DEF_CHECK_LIST='AdGrd Cost AdGrd FDGrd'
1334        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1335        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1336    else
1337        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1338        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1339        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1340        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1341        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1342    fi
1343    
1344  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1345  createcodelet  if test "x$CLEANUP" = xt -o -x tr_cmpnum ; then
1346        echo "skipping comparison code build"
1347    else
1348        createcodelet
1349    fi
1350    
1351  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1352  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x -o "x$SENDCMD" != x ; then
1353      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1354  else  else
1355      build_mpack      build_mpack
1356        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then SENDCMD=$MPACK ; fi
1357  fi  fi
1358    
1359  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1360    CMDLINE=$0
1361    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1362        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx" ; else
1363          nb=`echo $xx | grep -c '='`
1364          if test $nb = 0 ; then CMDLINE="$CMDLINE '$xx'"
1365          else yy=`echo "$xx'" | sed "s/=/='/"` ;
1366                                 CMDLINE="$CMDLINE $yy" ; fi
1367        fi
1368    done
1369  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1370  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1371  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1372  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1373  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1374      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1375    else
1376       #short_name=`hostname -s | tr '[:upper:]' '[:lower:]'`
1377       # hostname -s is not universal (does work on AIX system)
1378        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//' | tr '[:upper:]' '[:lower:]'`
1379        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1380  fi  fi
1381  DNUM=0  DNUM=0
1382  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
# Line 861  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1391  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1391      exit 1      exit 1
1392  fi  fi
1393  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 printf "Start time:  " >> $SUMMARY  
1394  start_date=`date`  start_date=`date`
1395  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1396    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1397    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1398    
1399  of_path=  of_path=
1400  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 881  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1412  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1412          echo >> $SUMMARY          echo >> $SUMMARY
1413          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1414      else      else
1415          echo | tee $SUMMARY          echo | tee -a $SUMMARY
1416          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee -a $SUMMARY
1417          exit 1          exit 1
1418      fi      fi
1419  else  else
1420      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1421      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1422      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1423  fi  fi
1424  echo  echo
1425  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1426  if test "x$ADM" = x ; then  if test $KIND = 0 ; then
1427      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"      line_0=`printf '%s %2i' 'default' $MATCH_CRIT`
1428           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1429      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1430      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="e p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1431      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="n n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1432      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1433      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
         #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`  
         #  if test "x$tst" = xt ; then  
1434          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1435          line_1="$line_1        m  s"          line_1="$line_1        m  s"
1436          line_2="$line_2  m  m  e  ."          line_2="$line_2  m  m  e  ."
1437          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1438          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
         #  fi  
1439      done      done
1440    else
1441        line_0=`printf '%s %2i' 'default   ' $MATCH_CRIT`
1442      if test $KIND = 1 ; then
1443       #echo "TANGLIN=true" >> $SUMMARY
1444        echo "TangLin generated by TAF" >> $SUMMARY
1445      elif test $KIND = 3 ; then
1446        echo "TangLin generated by OpenAD" >> $SUMMARY
1447      elif test $KIND = 2 ; then
1448       #echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1449        echo "Adjoint generated by TAF" >> $SUMMARY
1450      else
1451        echo "Adjoint generated by OpenAD" >> $SUMMARY
1452      fi
1453      if test $KIND = 1 -o $KIND = 3 ; then
1454        line_1="G D M    C  T  F"
1455        line_2="e p a R  o  L  D"
1456      else
1457        line_1="G D M    C  A  F"
1458        line_2="e p a R  o  d  D"
1459      fi
1460        line_3="n n k u  s  G  G"
1461        line_4="2 d e n  t  r  r"
1462        echo >> $SUMMARY
1463    fi
1464    if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1465      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1466      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1467      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1468      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1469      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1470      echo " "       | tee -a $SUMMARY      echo ""        | tee -a $SUMMARY
 else  
     echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY  
     echo >> $SUMMARY  
     cat << EOF | tee -a $SUMMARY  
 G D M    C  G  
 E p a R  o  r  
 N n k u  s  a  
 2 d e n  t  d  
   
 EOF  
1471  fi  fi
1472    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1473    
1474  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1475  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1476        
1477        # set builddir & rundir:
1478        builddir="build"
1479        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1480        rundir="run"
1481        pfxdir="tr_$rundir"
1482        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1483            rundir=$builddir
1484        fi
1485        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1486        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1487    
1488      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1489      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1490          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1491              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          makeclean $BUILD_DIR
1492            (   cd $BUILD_DIR
1493                rm -f $EXECUTABLE *.bak
1494                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1495                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1496                rm -rf mpi_headers
1497            )
1498            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1499                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1500                run_clean $dir/$rundir
1501          fi          fi
1502          if test -r $dir/input/Makefile ; then          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1503              ( cd $dir/input ; make CLEAN )          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1504            if test $ttd != 0 ; then
1505                echo '  --- rm dir:' $trdir
1506                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1507          fi          fi
         (  
             cd $dir  
             rm -rf tr_run.*  
         )  
1508          continue          continue
1509      fi      fi
1510    
1511      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1512      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1513      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1514      if test "x$ADM" = x ; then     #if test ! -r $fout ; then
1515          fout=$dir"/results/output.txt"      if test ! -r $fout -a ! -r ${fout}.gz ; then
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
     if test ! -r $fout ; then  
1516          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1517          continue          continue
1518      fi      fi
     if test "x$ADM" = x ; then  
         check_for_add_mon_output  $fout  
     fi  
1519    
1520      # Check for additional types of monitor output      # Check for specific files for particular type of run
1521    
1522      builddir="input"      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1523      rundir="input"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1524      use_seperate_build=0          continue
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1525      fi      fi
1526            if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1527      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1528      extra_runs=          continue
     if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then  
         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`  
         echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"  
         for exd in $ex_run_dirs ; do  
             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`  
             outf="$dir/results/output.txt.$name"  
             if test -f $outf -a -r $outf ; then  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
             fi  
         done  
1529      fi      fi
1530    
1531      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1532          code_dir=code          ntx=1 ; nty=1
1533          CODE_DIR=$dir/code          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1534      else            ff=$dir"/input/eedata.mth"
1535          code_dir=code_ad            ntx=`grep "^ *nTx *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
1536          CODE_DIR=$dir/code_ad            nty=`grep "^ *nTy *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
1537              if test "x$ntx" = x ; then ntx=1 ; fi
1538              if test "x$nty" = x ; then nty=1 ; fi
1539            fi
1540            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1541            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $ntx $nty
1542            LOC_NPROC=$?
1543            (   cd $BUILD_DIR
1544                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1545                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1546                else RETVAL=1
1547                fi
1548                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1549                    rm -f tr_size.mpi
1550                else
1551                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1552                fi
1553            )
1554            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1555                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1556                rm -f $LOC_MFILE
1557                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1558                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1559                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1560                    rm -f $LOC_MFILE
1561                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1562                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1563                fi
1564                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1565                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1566                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1567                fi
1568            fi
1569            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1570                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1571                if test $retv != 0 ; then
1572                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1573                    continue
1574                fi
1575            fi
1576      fi      fi
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
1577    
1578      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1579          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"      extra_runs=
1580          continue      if test "x$NORUN" = xf ; then
1581            ex_run_dirs=`( cd $dir ; ls -d $inputdir.* 2> /dev/null )`
1582      fi      fi
1583        #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1584        for exd in $ex_run_dirs ; do
1585            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1586            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1587            outf="$dir/results/$refExOut"
1588            if test -r $outf -o -r ${outf}.gz ; then
1589              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1590                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1591                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
1592                    extra_runs="$extra_runs $name"
1593                  else
1594                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1595                    if test $retv = 0 ; then
1596                        extra_runs="$extra_runs $name"
1597                    else
1598                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1599                    fi
1600                  fi
1601                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1602                fi
1603              else
1604                extra_runs="$extra_runs $name"
1605              fi
1606            fi
1607        done
1608    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1609      echo      echo
1610      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1611            echo "Experiment:  $dir"
1612        else
1613            echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1614        fi
1615      echo      echo
1616      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1617      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1618    
1619      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1620      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1621      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1622      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      #- report to this experiment local summary file ---
1623            echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1624      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1625          makeclean $dir/$builddir      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1626        CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1627    
1628        if test "x$NORUN" = xt ; then
1629                run=N
1630            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1631                && makeclean $dir/$builddir \
1632                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1633                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1634                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1635      else      else
1636          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1637              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1638              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1639              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1640              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1641              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && run_clean $dir/$rundir \
1642                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1643              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1644              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1645      fi      fi
1646            #echo "results='$results'"
1647      echo  
     if test "x$ADM" = x ; then  
1648          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1649          echo          echo 1>&2
1650          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1651          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1652    
1653          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1654              unset run              unset run
1655              results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'              results=$EMPTY_RESULTS
1656              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  reference output file
1657              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1658              mkdir $rel_CDIR              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1659              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1660              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              mkdir $locDIR
1661              for ldir in input.$ex input ; do              #- report to this experiment local summary file ---
1662                  (              echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1663                      cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1              #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1664                      ls -1 2>/dev/null \              #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1665                          | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1666                  ) > tr_exrun_links              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1667                  (              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1668                      cd "$dir/tr_run.$ex"              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1669                      cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1670                          if test ! "x$i" = x ; then              && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1671                              test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i              fres=`formatresults $dir.$ex ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1672                          fi              echo 1>&2
1673                      done              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1674                  )              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1675                  test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1676              done                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1677              ldir=build              fi
             (  
                 cd $dir/tr_run.$ex  
                 test ! -e mitgcmuv  &&  ln -s "../"$ldir"/"mitgcmuv .  
             )  
             runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \  
                 && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`  
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
             fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`  
             fres="$fres.$ex"  
             echo  
             echo "$fres" >> $SUMMARY  
             echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
             echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1678          done          done
1679      else  
1680          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`      if test ! -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then
1681          fres=$fres"$results   $dir"          if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1682          echo              mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1683          echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1684          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  #           sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1685          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  # bsd-sed cannot do the above code
1686          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              cat $dir/$builddir/Makefile | \
1687          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"                  sed  -n '/^# executed by:/{N
1688          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"                                             p
1689          grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \                                             }' >> $DRESULTS/genmake_state
1690                             >> $CDIR"/summary.txt"              echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1691                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1692                    eval $mkOpt
1693    #               sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1694    #                       $SUMMARY > tmp.tr_log
1695    # bsd-sed requires a newline after "a\":
1696                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\\
1697                             OPTFILE=${OPTFILE}" $SUMMARY > tmp.tr_log
1698                    RETVAL=$?
1699                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1700                        cp -f tmp.tr_log $SUMMARY
1701                    fi
1702                    rm -f tmp.tr_log
1703                fi
1704                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1705                if test -r $gmkLog ; then
1706                    grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1707                    RETVAL=$?
1708                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1709                      echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1710                      echo "extract compiler version:"   >> $DRESULTS/genmake_state
1711                      sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' \
1712                         $gmkLog | grep -v '^... compiler version ' > tmp.tr_log
1713                      sed -n '1p' tmp.tr_log >> $DRESULTS/genmake_state
1714                      sed -n '2,/^$/p' tmp.tr_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1715                                             >> $DRESULTS/genmake_state
1716                      rm -f tmp.tr_log
1717                    fi
1718                    echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1719                    echo "get NETCDF & LAPACK settings:" >> $DRESULTS/genmake_state
1720                    sed -n '/set HAVE_NETCDF=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1721                    sed -n '/set HAVE_LAPACK=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1722                fi
1723            fi
1724        fi
1725        #postclean $dir/$builddir
1726        if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1727            makeclean $dir/$builddir \
1728                && run_clean $dir/$rundir
1729      fi      fi
1730        if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1731    
     postclean $dir/$builddir  
       
1732      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1733        
1734  done  done
1735    
1736  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1737  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1738  printf "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1739  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1740    
# Line 1108  date >> $SUMMARY Line 1743  date >> $SUMMARY
1743  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1744      echo "No results email was sent."      echo "No results email was sent."
1745  else  else
1746      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$SENDCMD" != x ; then
1747          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          if [ $verbose -gt 1 ]; then
1748              && gzip $DRESULTS".tar" \             echo " run: $SENDCMD -s MITgcm-test -m 3555000 ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" $ADDRESSES"
1749              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES          fi
1750            tar -cf ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1751                && gzip ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" \
1752                && $SENDCMD -s MITgcm-test -m 3555000 ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" $ADDRESSES
1753          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1754          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1755              echo              echo
# Line 1124  else Line 1762  else
1762              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1763              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1764              echo              echo
1765                test -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" &&  rm -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar"
1766                test -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" &&  rm -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz"
1767          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1768      fi      fi
1769  fi  fi
1770    
1771  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1772  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum      rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1773    fi
1774    
1775  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1776      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1777      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1778          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1779      fi      fi
1780      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1781  fi  fi
1782    
1783  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1784      rm -rf $DRESULTS      rm -rf $DRESULTS
1785  fi  fi
1786    echo "======== End of testreport execution ========"

Legend:
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changed lines
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