/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.77 by jmc, Mon Mar 20 21:50:36 2006 UTC revision 1.156 by jmc, Thu Jan 20 21:55:52 2011 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16        echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17        echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18        echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
19      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
20      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
21      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
22      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
23      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
24      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
25      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
26        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
27        echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
28        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
29        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
30        echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
31        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
32        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
33        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
34        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
35      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
36      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
37      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
38      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
39      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
40      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
41        echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
42      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
43      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
44      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
45      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"  #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
46      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"  #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
47        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
48        echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
49      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
50      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
51        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
52        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
53      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
54      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
55      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
56      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
57        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
58        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
59      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
60        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
61        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
62        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
63      echo      echo
64      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
65      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 55  usage() Line 77  usage()
77  build_mpack()  build_mpack()
78  {  {
79      printf "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
80      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
81        if test ! -x $MPACK ; then
82          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
83              echo              echo
84              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 64  build_mpack() Line 87  build_mpack()
87              echo              echo
88              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
89          fi          fi
         printf "building mpack...  "  
90          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
91              export CC=cc              export CC=cc
92          fi          fi
93            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
94          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
95          RETVAL=$?          RETVAL=$?
96          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 78  build_mpack() Line 101  build_mpack()
101          else          else
102              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
103              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
104                echo "done"
105          fi          fi
106      else      else
107          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
108            echo "already exist"
109      fi      fi
     echo "OK"  
110  }  }
111    
112  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
113  {  {
114      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
115      #      #
116      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
117      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
118        #  using search strings s1 and text label
119    
120      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
121          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
122      fi      fi
123      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
124          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
125          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
126          if [ $lncntA -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
127              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
128                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
129              fi              fi
130              return 99              return 99
131          fi          fi
132      else      else
133          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
134          return 99          return 99
135      fi      fi
136      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
137          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
138      fi      fi
139      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
140      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
141      if [ $lncntB -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
142          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
143              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
144          fi          fi
# Line 127  testoutput_for_prop() Line 152  testoutput_for_prop()
152      fi      fi
153      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
154      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
155          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
156          return 99          return 99
157      fi      fi
158      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
159      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
160          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
161          return 99          return 99
162      fi      fi
163      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
164          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
165      fi      fi
166      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
167      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
168          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
169      fi      fi
170      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
171          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 148  testoutput_for_prop() Line 173  testoutput_for_prop()
173      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
174      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
175      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
176      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
177      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
178          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
179              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
180          fi          fi
181          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
182      else      else
183          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
184              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
185          fi          fi
186      fi      fi
187      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
       
     return $digits_of_similarity  
 }  
   
 dashnum()  
 {  
     # dashnum n1 n2 n3 ...  
     #  
     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99  
   
     for num in $@ ; do  
         if [ $num = 99 ]; then  
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
     done  
 }  
   
 testoutput_ad()  
 {  
     grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt  
     grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt  
     grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt  
     grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt  
     join t05.txt t15.txt > t5.txt  
     join t06.txt t16.txt > t6.txt  
     echo "-1" >> t5.txt  
     echo "-1" >> t6.txt  
     digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`  
     digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`  
     dashnum $digits_5 $digits_6  
     rm -f t[01][56].txt t[56].txt  
 }  
   
 check_for_add_mon_output()  
 {  
     # Check for additional types of monitor output  
     if test "x$1" = x ; then  
         return  
     fi  
188    
189      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      return $digits_of_similarity
         eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"  
     done  
   
     ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"  
     ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"  
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         for jj in $ptr_add ; do  
             name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`  
             tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`  
             if test ! "x$tst" = x0 ; then  
                 eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"  
             fi  
         done  
         #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'  
     done  
190  }  }
191    
192  testoutput()  testoutput_run()
193  {  {
194      # testoutput directory subdir extension      # testoutput_run directory subdir reference_output
195      #      #
196      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
197      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
198          if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
199              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
200          fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
201          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
202          if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
203              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
204          fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
205          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
206          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
207          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
208          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
209          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?          # check for ptracer output in reference_output file :
210          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?          outpref=$1/results/$3
211          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
212          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?  
   
         #  This is for PTRACERS  
213          for ii in $PTRACERS_NUM ; do          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
214              eval `echo "p0"$ii"_min=99"`              ptrfound=0
215              eval `echo "p0"$ii"_max=99"`              for jj in $ptr_mon ; do
216              eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
217              eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
218              tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
219              #echo 'tst = '$tst              done
220              if test "x$tst" = xt ; then              if test $ptrfound = '1' ; then
221                  a="trcstat_ptracer0"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
222                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3              else
223                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
224                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
225                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`                # remove this ptr from the list of output variable to check
226                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
227                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
228                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3                fi
                 RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`  
229              fi              fi
230            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
231          done          done
232            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
233          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"          if test $tst != 1 ; then
234          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
235          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
236          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
237          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"          #- put it back once:
238          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
239          allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"          fi
240            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
241          eval "dashnum $allargs"          #- report to this experiment local summary file ---
242            echo "MACH='$MACH'" > $locDIR"/summary.txt"
243      else          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
244          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
245      fi          grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $1/$2/$OUTPUTFILE \
246             | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $locDIR"/summary.txt"
247            echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
248            #---
249            allargs=""
250            for xx in $listVar
251            do
252              case $xx in
253               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
254                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
255                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
256                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
257              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
258              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
259               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
260               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
261               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
262               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
263               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
264               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
265               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
266               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
267               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
268               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
269               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
270               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
271               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
272               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
273               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
274               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
275            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
276               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
277            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
278               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
279            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
280               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
281            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
282               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
283             'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
284             'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
285             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
286             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
287             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
288             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
289             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
290             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
291             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
292             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
293             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
294             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
295            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
296            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
297            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
298            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
299            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
300            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
301                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
302              esac
303              if test $xx = $sVar
304              then allargs="$allargs > $yy <"
305              else allargs="$allargs $yy"
306              fi
307            done
308    
309            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
310            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
311            #-- fill line (up to standard length) with dot:
312              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
313              echo $allargs $adNul
314            else
315              echo $allargs
316            fi
317    # <-- same processing for adjoint & forward test
318  }  }
319    
320  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 300  genmakemodel() Line 331  genmakemodel()
331          (          (
332              cd $1;              cd $1;
333              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
334              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
335                  command="$command --mods=../code"                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
336              else              fi
337                if test "x$ADM" = xt ; then
338                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
339                  command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"              elif test "x$OADM" = xt ; then
340                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
341                else
342                    command="$command -mods=../code"
343              fi              fi
344              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
345                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
346              fi              fi
347              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
348                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
349              fi              fi
350              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
351                    command="$command -gsl"
352                fi
353                if test "x$MPI" != x0 ; then
354                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
355              fi              fi
356              printf 'genmake ... ' 1>&2              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
357              $command > make.log 2>&1              #- run multi-threaded using OpenMP:
358                    command="$command -omp"
359                fi
360                if test "x$USE_R4" = xt ; then
361                    command="$command -use_r4"
362                fi
363                if test "x$TS" = xt ; then
364                    command="$command -ts"
365                fi
366                if test "x$PAPIS" = xt ; then
367                    command="$command -papis"
368                else
369                if test "x$PCLS" = xt ; then
370                    command="$command -pcls"
371                fi
372                fi
373                printf 'genmake ... '
374                eval $command > genmake.tr_log 2>&1
375              RETVAL=$?              RETVAL=$?
376              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
377              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
378              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
379                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
380                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
381                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
382                  return 1                  return 1
383              else              else
384                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
385              fi              fi
386          )          )
387      fi      fi
# Line 335  genmakemodel() Line 390  genmakemodel()
390  makeclean()  makeclean()
391  {  {
392      # makeclean directory      # makeclean directory
393        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
394      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
395          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
396      else      else
397          (          (
398              cd $1;              cd $1;
399              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
400              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
401                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
402                    $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
403                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
404                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
405                      tail make.log                      tail make.tr_log
406                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
407                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
408                      return 1                      return 1
409                  fi                  fi
410                    echo successful
411                else
412                    echo ''
413              fi              fi
             echo successful 1>&2  
414              exit 0              exit 0
415          )          )
416      fi      fi
417  }  }
418    
419  postclean()  run_clean()
420  {  {
421      # postclean directory      # run_clean directory
422      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
423            echo "run_clean skipped!"
424        else
425          (          (
426              cd $1;              cd $1;
427              if test -r Makefile ; then              printf 'clean run-dir ... '
428                  $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
429              fi              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
430                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
431                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
432                find . -type l -exec rm {} \;
433                rm -f $EXECUTABLE $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
434                rm -rf mnc_test_*
435                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
436                echo successful
437              exit 0              exit 0
438          )          )
439      fi      fi
# Line 382  makedependmodel() Line 447  makedependmodel()
447      else      else
448          (          (
449              cd $1;              cd $1;
450              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
451              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
452              RETVAL=$?              RETVAL=$?
453              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
454                  tail make.log                  tail make.tr_log
455                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
456                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
457                  return 1                  return 1
458              else              else
459                  echo successful 1>&2                  echo successful
460              fi              fi
461          )          )
462      fi      fi
# Line 401  makemodel() Line 466  makemodel()
466  {  {
467      # makemodel directory      # makemodel directory
468      (      (
469        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
470            cd $1;
471            if test -x $EXECUTABLE ; then
472                echo "make skipped!"
473            else
474                echo "no executable!"
475                return 2
476            fi
477        else
478          cd $1;          cd $1;
479          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
480              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
481              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
482                    $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1
483                elif test "x$OADM" = xt ; then
484                    $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1
485                else
486                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
487                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE >> make.tr_log 2>&1
488                  else                  else
489                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS >> make.tr_log 2>&1
490                  fi                  fi
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
491              fi              fi
492              RETVAL=$?              RETVAL=$?
493              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
494                  tail make.log                  tail make.tr_log
495                  echo failed 1>&2                  echo failed
496                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
497                    rm -f $EXECUTABLE
498                  return 1                  return 1
499              else              else
500                  echo successful 1>&2                  echo successful
501              fi              fi
502          fi          fi
503        fi
504      )      )
505  }  }
506    
507    mk_mpi_size()
508    {
509        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb
510        #
511        # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
512        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
513        # return the effective number of processors.
514    
515        inp=$1
516        out=$2
517        np=$3
518        tmp=TTT.$$
519    
520        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
521        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
522        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
523        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
524    
525        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
526        pp=0
527        i=1
528        while [ $i -le $px ] ; do
529          if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then
530            j=1
531            while [ $j -le $py ] ; do
532              if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
533                ij=`expr $i \* $j`
534                if [ $ij -gt $pp ] ; then
535                  if [ $ij -le $np ] ; then
536                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
537                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
538                  fi
539                fi
540              fi
541              j=`expr $j + 1`
542            done
543          fi
544          i=`expr $i + 1`
545        done
546    
547        #- create new SIZE.h type file:
548        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
549        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
550        if [ $verbose -gt 1 ]; then
551            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
552        fi
553        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
554        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
555        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
556        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
557        rm -f $tmp
558        return $pp
559    }
560    
561  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
562  {  {
563      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 434  symlink_mpifiles() Line 566  symlink_mpifiles()
566    
567      dir=$1      dir=$1
568      code_dir=$2      code_dir=$2
569      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
570      CODE_DIR=$dir/$code_dir  
       
571      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
572      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
573    
574      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
575      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
576          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
577          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
578          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
579              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
580              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
581              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
582              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
583              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
584                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
585                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
586                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
587                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
588                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
589                        rm -f $build_dir/$name
590                  fi                  fi
591              fi              fi
592          done          else
593      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
594                    # dir so long as there is no real file in place
595                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
596                RETVAL=$?
597                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
598                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
599                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
600                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
601                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
602                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
603                    fi
604                fi
605            fi
606        done
607  }  }
608    
609  linkdata()  linkdata()
610  {  {
611      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
612      #      #
613      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
614      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
615          (          (
616              cd $2              cd $1 ; shift
617              if test "x$ADM" = x ; then              echo 'linkdata from dirs:' $*
618                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
619                  for i in $files ; do              for xx in $inpMPI ; do
620                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
621                          ln -sf "../input/"$i $i                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
622                      fi                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
623                  done                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
624              else                      # not mpi test: remove symbolic link
625                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
626                  for i in $files ; do                  else
627                      if test ! -d "../input/"$i ; then                      # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
628                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
629                        if test ! -r $yy ; then
630                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
631                            printf " $xx" 1>&2
632                      fi                      fi
633                  done                  fi
634                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`                fi
635                  for i in $files ; do              done
636                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
637                          ln -sf "../input_ad/"$i $i              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
638                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
639                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
640                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
641                        if test ! -r eedata ; then
642                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
643                            printf ' eedata.mth' 1>&2
644                      fi                      fi
645                  done                  else
646                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
647                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
648                    fi
649              fi              fi
650                prevDir='NONE'
651                for ldir in $* ; do
652                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
653                        printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
654                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
655                        for i in $files ; do
656                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
657                                if test ! -r $i  ; then
658                                    printf ' '$i 1>&2
659                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
660                                fi
661                            fi
662                        done
663                        printf ' ;' 1>&2
664                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
665                            "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
666                        else
667                            echo '' 1>&2
668                        fi
669                    fi
670                    prevDir=$ldir
671                done
672          )          )
673      fi      fi
674  }  }
# Line 511  runmodel() Line 677  runmodel()
677  {  {
678      # runmodel directory      # runmodel directory
679      #      #
680      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
681      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
682      (      (
683          cd $1          cd $1
684          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
685          # make output.txt          if test -L $EXECUTABLE ; then
686          echo            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
687          rm -f run.log              cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
688          if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then              outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
689             ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1            else rm -f $EXECUTABLE
690             RETVAL=$?            fi
691            fi
692            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
693                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
694                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
695            fi
696            if test "x$MPI" != x0 ; then
697                #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
698                #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
699                COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
700                if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
701                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
702                fi
703                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
704            fi
705            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
706                rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
707                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
708                echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
709                RETVAL=8
710                ENDVAL=-1
711          else          else
712             echo " $OUTPUTFILE is up to date " > run.log 2>&1            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
713             RETVAL=0              # output do not exist or is older than executable:
714                rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
715                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
716                ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
717                RETVAL=$?
718                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
719                if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
720                    find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
721                    find . -name "*.data" -exec rm {} \;
722                    rm -rf mnc_test_*
723                fi
724              else
725                RETVAL=0
726                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
727                touch $RUNLOG
728                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
729                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
730              fi
731          fi          fi
732          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          rm -f run.log_tmp
733          # echo "pwd='"`pwd`"'"          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
734          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              echo successful
735              tail run.log              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
736              echo successful 1>&2              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
737              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
738              # if test "x$ADM" = x ; then              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
             #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"  
             # else  
             #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"  
             # fi  
739              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
740              return 0              return 0
741            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
742                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
743                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
744                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
745                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
746                return 0
747          else          else
748              tail run.log              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
749              echo failed 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
750              cp run.log $CDIR"/run.log"              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
751                cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
752              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
753              return 1              return 1
754          fi          fi
# Line 553  createcodelet() Line 759  createcodelet()
759  {  {
760      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
761    
762      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
763      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
764  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
765  #include <math.h>  #include <math.h>
766  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
767    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
768    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
769    best = -22;    best = -22;
770    lncnt = 0;    lncnt = 0;
771    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
772      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
773      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
774      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
775      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
776      if (abave > 0.0) {      if ( abave == abave ) {
777        relerr=fabs(a-b)/abave;        if (abave > 0.0) {
778        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }          relerr=fabs(a-b)/abave;
779        else { linnum = -16 ; }          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
780        best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
781      }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
782          else { cmplin = -22 ; }
783       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
784          }
785       else {
786       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
787          break; }
788    }    }
789    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
790      if (linnum != -1) best=-99;
791    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
792    return 0;    return 0;
793  }  }
794  EOF  EOF
795      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
796    
797      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
798          echo "OK"          echo "OK"
799          return 0          return 0
800      else      else
801          echo          echo
802          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
803          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
804          exit 1          exit 1
805      fi      fi
# Line 599  formatresults() Line 812  formatresults()
812      nm=$1      nm=$1
813      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
814      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
815      printf '%3s' $@      listPrt=$@
816            listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
817      if [ $1 = '--' ]; then      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
818        printf '%3s' $listPrt
819    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
820    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
821    
822        if [ $xx = '..' ]; then
823            printf ' N/O '
824        elif [ $xx = '--' ]; then
825            printf ' N/O '
826        elif [ $xx = 99 ]; then
827          printf ' N/O '          printf ' N/O '
828      else      else
829          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
830              printf ' pass'              printf ' pass'
831          else          else
832              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 612  formatresults() Line 834  formatresults()
834      fi      fi
835      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
836      printf '\n'      printf '\n'
       
 }  
   
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
837    
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
838  }  }
839    
840  scandirs()  scandirs()
841  {  {
842      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
843          for arg in * ; do          for arg in * ; do
844              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
845          done          done
846      else      else
847          echo $*          echo $*
848      fi      fi
849  }  }
850    
851    
852    check_eedata()
853    {
854        # check_eedata size.h eedata
855        if [ $# -eq 2 ] ; then
856          if test -f $1 -a -f $2 ; then
857          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
858          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
859          if test "x$nx" = x ; then
860            rx=10
861          else
862            rx=`expr $sx % $nx`
863          fi
864          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
865          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
866          if test "x$ny" = x ; then
867            ry=20
868          else
869            ry=`expr $sy % $ny`
870          fi
871          echo `expr $rx + $ry`
872        else
873          echo '-1'
874          fi
875        else
876          echo '-2'
877        fi
878    
879    }
880    
881  ###############################################################################  ###############################################################################
882    
883    
884  #  Default properties  #  Default properties
885  debug=0  debug=0
886  verbose=1  verbose=1
 clean=0  
 expts=''  
 # ieee=1  
887    
888  IEEE=true  IEEE=true
889  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
890      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
891  fi  fi
892    GSL=f
893    
894  CLEANUP=f  CLEANUP=f
895    NORUN=f
896  QUICK=f  QUICK=f
897    NOMAKE=f
898  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
899  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
900  NODEPEND=f  NODEPEND=f
901  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
902    
903  BASH=  BASH=
904  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
905  ADDRESSES=  ADDRESSES=
906  TESTDIRS=  TESTDIRS=
907    SKIPDIRS=
908  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
909  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
910  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
911  COMMAND=  COMMAND=
912    MKDEPEND=
913  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
914      MAKE=make      MAKE=make
915  fi  fi
# Line 684  if test "x$CC" = x ; then Line 917  if test "x$CC" = x ; then
917      CC=cc      CC=cc
918  fi  fi
919  JOBS=  JOBS=
920  MPI=f  MPI=0
921    MPI_MFILE=
922    MULTI_THREAD=f
923  OUTDIR=  OUTDIR=
924  DELDIR=  DELDIR=
925    USE_R4=
926    
927  ADM=  ADM=
928    OADM=
929    
930  # Additional monitor types  # list of pTracers to check for monitor output
931  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
932    
933    MATCH_CRIT=10
934    
935  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
936    
937  ac_prev=  ac_prev=
# Line 706  for ac_option ; do Line 945  for ac_option ; do
945      fi      fi
946    
947      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
948        
949      case $ac_option in      case $ac_option in
950                    
951          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
952              usage ;;  
953                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
954          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
955              ac_prev=OPTFILE ;;  
956          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
957              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
958                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
959          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
960              ac_prev=ADDRESSES ;;  
961          -addr=* | --addr=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
962              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
963            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
964          -tdir | --tdir | -t | --t)          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
965              ac_prev=TESTDIRS ;;  
966          -tdir=* | --tdir=*)          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
967              TESTDIRS=$ac_optarg ;;          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
968    
969          -bash | --bash | -b | --b)          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
970              ac_prev=BASH ;;          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
971          -bash=* | --bash=*)  
972              BASH=$ac_optarg ;;          -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
973            -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
974          -command | --command | -c | --c)  
975              ac_prev=COMMAND ;;          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
976          -command=* | --command=*)          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
977              COMMAND=$ac_optarg ;;  
978            -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
979          -make | --make | -m | --m)          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
980              ac_prev=MAKE ;;  
981          -make=* | --make=*)          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
982              MAKE=$ac_optarg ;;          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
983    
984          -odir | --odir)          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
985              ac_prev=OUTDIR ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
986          -odir=* | --odir=*)  
987              OUTDIR=$ac_optarg ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
988            -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
989          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
990              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
991          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
992              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
993            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
994          -j) ac_prev=JOBS ;;          -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
995          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
996            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
997          -clean | --clean)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
998              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;  
999            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1000          -quick | --quick | -q | --q)          -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1001              QUICK=t ;;  
1002          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1003              NOGENMAKE=t ;;          -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1004          -noclean | --noclean | -nc | --nc)          -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
1005    
1006          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1007              POSTCLEAN=t ;;          -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1008    
1009          -mpi) MPI=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1010    
1011          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
1012            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1013    
1014          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
1015          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
1016            -gsl) GSL=t ;;
1017    
1018          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1019          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 783  for ac_option ; do Line 1021  for ac_option ; do
1021    
1022          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1023    
1024          -*)          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1025              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option  
1026              usage          -ts) TS=t;;
1027              ;;          -papis) PAPIS=t;;
1028                    -pcls) PCL=t;;
1029          *)  
1030              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1031              usage              usage ;;
1032              ;;          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1033                        usage ;;
1034    
1035       esac       esac
1036        
1037  done  done
1038    
1039  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 803  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1042  if test "x$QUICK" = xt ; then
1042      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1043  fi  fi
1044    
1045  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  #- check length of MPI machine file:
1046      TESTDIRS=`scandirs`  if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1047  fi      if test -r $MPI_MFILE ; then
1048            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1049  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then          if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1050      OPTFILE=$MITGCM_OF            echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1051              usage
1052            fi
1053            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1054                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1055            fi
1056        else
1057              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1058              usage
1059        fi
1060  fi  fi
1061    
1062    #- setting for forward or ADM testing
1063  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
1064        code_dir=code_ad
1065        inputdir=input_ad
1066        ref_outp="output_adm.txt"
1067        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1068    elif test "x$OADM" = xt ; then
1069        code_dir=code_oad
1070        inputdir=input_oad
1071        ref_outp="output_oadm.txt"
1072      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
     OUTPUTFILE="output.txt_adm"  
1073  else  else
1074        code_dir=code
1075        inputdir=input
1076        ref_outp="output.txt"
1077      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
     OUTPUTFILE="output.txt"  
1078  fi  fi
1079    
1080  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1081      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1082        LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1083    elif test $xx = 'start_from' ; then
1084        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1085        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1086    else
1087        #- expand group of experiments:
1088        LIST=" "
1089        for xx in $TESTDIRS
1090        do
1091          case $xx in
1092            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
1093                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
1094                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
1095                    ;;
1096            'tutorials')
1097                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1098            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1099          esac
1100        done
1101    fi
1102    #echo 'LIST='${LIST}'<'
1103    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1104    TESTDIRS=" "
1105    count=0
1106    for xx in $LIST
1107    do
1108        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1109        if test $yy = 0 ; then
1110            if test -d $xx ; then
1111                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1112                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1113            else count=1 ;
1114                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1115            fi
1116        else
1117            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1118            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1119            fi
1120        fi
1121    done
1122    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1123    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1124    
1125    if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1126        OPTFILE=$MITGCM_OF
1127  fi  fi
1128    
1129    LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1130    RUNLOG="run.tr_log"
1131    OUTPUTFILE=$ref_outp
1132  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1133      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1134  fi  fi
1135    if test "x$MPI" != x0 ; then
1136        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1137    fi
1138    
 #echo "OK"  
1139  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1140    
1141    # set the Default List of output variables to be checked:
1142    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1143    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1144    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1145    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1146        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1147        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1148        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1149        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1150        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1151    else
1152        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1153        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1154        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1155    fi
1156    
1157  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1158  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1159        echo "skipping comparison code build"
1160    else
1161        createcodelet
1162    fi
1163    
1164  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1165  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1166      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1167  else  else
1168      build_mpack      build_mpack
1169  fi  fi
1170    
1171  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1172    CMDLINE=$0
1173    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1174        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1175                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1176    done
1177    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1178  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1179  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1180  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1181  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1182  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1183      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1184    else
1185        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1186        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1187  fi  fi
1188  DNUM=0  DNUM=0
1189  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
# Line 861  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1198  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1198      exit 1      exit 1
1199  fi  fi
1200  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 printf "Start time:  " >> $SUMMARY  
1201  start_date=`date`  start_date=`date`
1202  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1203    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1204    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1205    
1206  of_path=  of_path=
1207  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 887  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1225  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1225      fi      fi
1226  else  else
1227      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1228      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1229      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1230  fi  fi
1231  echo  echo
1232  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1233  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1234      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1235        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1236        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1237           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1238      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1239      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1240      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1241      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1242      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
         #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`  
         #  if test "x$tst" = xt ; then  
1243          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1244          line_1="$line_1        m  s"          line_1="$line_1        m  s"
1245          line_2="$line_2  m  m  e  ."          line_2="$line_2  m  m  e  ."
1246          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1247          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
         #  fi  
1248      done      done
1249      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1250      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
# Line 917  if test "x$ADM" = x ; then Line 1255  if test "x$ADM" = x ; then
1255  else  else
1256      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1257      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1258        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1259        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1260        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1261        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1262      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1263  G D M    C  G  G D M    C  G
1264  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 925  N n k u  s  a Line 1267  N n k u  s  a
1267    
1268  EOF  EOF
1269  fi  fi
1270    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1271    
1272  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1273  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1274        
1275        # set builddir & rundir:
1276        builddir="build"
1277        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1278        rundir="run"
1279        pfxdir="tr_$rundir"
1280        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1281            rundir=$builddir
1282        fi
1283        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1284        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1285    
1286      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1287      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1288          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1289              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          makeclean $BUILD_DIR
1290            (   cd $BUILD_DIR
1291                rm -f $EXECUTABLE *.bak
1292                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1293                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1294            )
1295            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1296                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1297                run_clean $dir/$rundir
1298          fi          fi
1299          if test -r $dir/input/Makefile ; then          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1300              ( cd $dir/input ; make CLEAN )          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1301            if test $ttd != 0 ; then
1302                echo '  --- rm dir:' $trdir
1303                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1304          fi          fi
         (  
             cd $dir  
             rm -rf tr_run.*  
         )  
1305          continue          continue
1306      fi      fi
1307    
1308      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1309      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1310      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1311      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1312          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1313          continue          continue
1314      fi      fi
     if test "x$ADM" = x ; then  
         check_for_add_mon_output  $fout  
     fi  
1315    
1316      # Check for additional types of monitor output      # Check for specific files for particular type of run
1317    
1318      builddir="input"      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1319      rundir="input"          if test -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" ; then
1320      use_seperate_build=0              #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1321      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then              mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI
1322          builddir="build"              LOC_NPROC=$?
1323          rundir="build"              (   cd $BUILD_DIR
1324          use_seperate_build=1                  if test -r SIZE.h.mpi ; then
1325          linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir                      cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1326                    else RETVAL=1
1327                    fi
1328                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1329                        rm -f tr_size.mpi
1330                    else
1331                        rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1332                    fi
1333                )
1334            else
1335                echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1336                continue
1337            fi
1338            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1339                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1340                rm -f $LOC_MFILE
1341                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1342                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1343                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1344                    rm -f $LOC_MFILE
1345                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1346                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1347                fi
1348                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1349                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1350                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1351                fi
1352            fi
1353        fi
1354        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1355            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1356            continue
1357        fi
1358        if test "x$MPI" != "x0" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1359            retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1360            if test $retv != 0 ; then
1361                echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1362                continue
1363            fi
1364      fi      fi
1365        
1366      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1367      extra_runs=      extra_runs=
1368      if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then      if test "x$NORUN" = xf ; then
1369          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1370          echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      fi
1371          for exd in $ex_run_dirs ; do      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1372              name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`      for exd in $ex_run_dirs ; do
1373              outf="$dir/results/output.txt.$name"          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1374              if test -f $outf -a -r $outf ; then          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1375            outf="$dir/results/$refExOut"
1376            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1377              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1378                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1379                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
1380                  extra_runs="$extra_runs $name"                  extra_runs="$extra_runs $name"
1381                  else
1382                    retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1383                    if test $retv = 0 ; then
1384                        extra_runs="$extra_runs $name"
1385                    else
1386                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1387                    fi
1388                  fi
1389                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1390              fi              fi
1391          done            else
1392      fi              extra_runs="$extra_runs $name"
1393              fi
1394            fi
1395        done
1396    
1397      if test "x$ADM" = x ; then      echo
1398          code_dir=code      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1399          CODE_DIR=$dir/code         echo "Experiment:  $dir"
1400      else      else
1401          code_dir=code_ad         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
     fi  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
   
     if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then  
         echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"  
         continue  
1402      fi      fi
   
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
     echo  
     echo "Experiment:  $dir"  
1403      echo      echo
1404      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1405      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1406    
1407      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1408      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1409      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1410      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1411        
1412      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
1413          makeclean $dir/$builddir              run=N
1414            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1415                && makeclean $dir/$builddir \
1416                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1417                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1418                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1419      else      else
1420          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1421              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1422              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1423              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1424              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1425              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && run_clean $dir/$rundir \
1426                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1427              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1428              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1429      fi      fi
1430            #echo "results='$results'"
1431      echo  
     if test "x$ADM" = x ; then  
1432          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1433          echo          echo 1>&2
1434          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1435          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          touch $locDIR"/summary.txt"
1436          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1437          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $locDIR"/summary.txt"
1438          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          if test "x$ADM" = xt ; then
1439          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1440                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1441                                    >> $locDIR"/summary.txt"
1442            fi
1443    
1444          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1445              unset run              unset run
1446              results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'              results=$EMPTY_RESULTS
1447                #  reference output file
1448                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1449              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1450              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1451              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1452              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1453              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1454              for ldir in input.$ex input ; do              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1455                  (              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1456                      cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1457                      ls -1 2>/dev/null \              && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
                         | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'  
                 ) > tr_exrun_links  
                 (  
                     cd "$dir/tr_run.$ex"  
                     cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do  
                         if test ! "x$i" = x ; then  
                             test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i  
                         fi  
                     done  
                 )  
                 test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links  
             done  
             ldir=build  
             (  
                 cd $dir/tr_run.$ex  
                 test ! -e mitgcmuv  &&  ln -s "../"$ldir"/"mitgcmuv .  
             )  
             runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \  
                 && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`  
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
1458              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1459              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1460              echo              echo 1>&2
1461              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1462              echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              touch $locDIR"/summary.txt"
1463              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1464              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $locDIR"/summary.txt"
1465              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              if test "x$ADM" = xt ; then
1466              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"                  head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1467                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$pfxdir.$ex/$OUTPUTFILE \
1468                                       >> $locDIR"/summary.txt"
1469                fi
1470                if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1471                    run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1472                fi
1473          done          done
1474      else  
1475          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`      if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1476          fres=$fres"$results   $dir"          if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1477          echo              mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1478          echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1479          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1480          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1481          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1482          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"                  eval $mkOpt
1483          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"                  sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1484          grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \                          $SUMMARY > tr_0.tmp_log
1485                             >> $CDIR"/summary.txt"                  RETVAL=$?
1486                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1487                            cp tr_0.tmp_log $SUMMARY
1488                    else rm -f tr_0.tmp_log
1489                    fi
1490                fi
1491                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1492                grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1493                RETVAL=$?
1494                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1495                    echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state
1496                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \
1497                           | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log
1498                    sed -n '1,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1499                            >> $DRESULTS/genmake_state
1500                    rm -f tr_1.tmp_log
1501                fi
1502            fi
1503      fi      fi
1504        #postclean $dir/$builddir
1505        if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1506            makeclean $dir/$builddir \
1507                && run_clean $dir/$rundir
1508        fi
1509        if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1510    
     postclean $dir/$builddir  
       
1511      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1512        
1513  done  done
1514    
1515  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1516  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1517  printf "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1518  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1519    
# Line 1124  else Line 1538  else
1538              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1539              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1540              echo              echo
1541                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1542                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1543          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1544      fi      fi
1545  fi  fi
1546    
1547  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1548  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum      rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1549    fi
1550    
1551  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1552      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1553      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1554          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1555      fi      fi
1556      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1557  fi  fi
1558    
1559  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then

Legend:
Removed from v.1.77  
changed lines
  Added in v.1.156

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