/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.77 by jmc, Mon Mar 20 21:50:36 2006 UTC revision 1.140 by jmc, Fri Apr 30 13:07:19 2010 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16        echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
21      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
22      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
23      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
24        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
25        echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
26        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
27        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
28        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
29        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
30        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
31      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
32      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
33      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
34      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
35      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
36      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
37      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
38      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
39      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
40      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
41      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
42        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
43        echo "                             (DEF=\"12\")"
44      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
45      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
46        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
47        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
48      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
49      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
50      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
51      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
52      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
53        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
54        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
55        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
56      echo      echo
57      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
58      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 55  usage() Line 70  usage()
70  build_mpack()  build_mpack()
71  {  {
72      printf "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
73      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
74        if test ! -x $MPACK ; then
75          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
76              echo              echo
77              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 64  build_mpack() Line 80  build_mpack()
80              echo              echo
81              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
82          fi          fi
         printf "building mpack...  "  
83          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
84              export CC=cc              export CC=cc
85          fi          fi
86            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
87          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
88          RETVAL=$?          RETVAL=$?
89          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 78  build_mpack() Line 94  build_mpack()
94          else          else
95              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
96              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
97                echo "done"
98          fi          fi
99      else      else
100          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
101            echo "already exist"
102      fi      fi
     echo "OK"  
103  }  }
104    
105  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
106  {  {
107      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
108      #      #
109      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
110      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
111        #  using search strings s1 and text label
112    
113      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
114          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
115      fi      fi
116      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
117          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
118          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
119          if [ $lncntA -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
120              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
121                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
122              fi              fi
123              return 99              return 99
124          fi          fi
125      else      else
126          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
127          return 99          return 99
128      fi      fi
129      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
130          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
131      fi      fi
132      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
133      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
134      if [ $lncntB -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
135          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
136              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
137          fi          fi
# Line 127  testoutput_for_prop() Line 145  testoutput_for_prop()
145      fi      fi
146      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
147      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
148          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
149          return 99          return 99
150      fi      fi
151      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
152      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
153          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
154          return 99          return 99
155      fi      fi
156      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
157          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
158      fi      fi
159      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
160      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
161          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
162      fi      fi
163      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
164          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 148  testoutput_for_prop() Line 166  testoutput_for_prop()
166      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
167      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
168      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
169      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
170      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
171          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
172              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
173          fi          fi
174          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
175      else      else
176          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
177              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
178          fi          fi
179      fi      fi
180      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
       
     return $digits_of_similarity  
 }  
   
 dashnum()  
 {  
     # dashnum n1 n2 n3 ...  
     #  
     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99  
   
     for num in $@ ; do  
         if [ $num = 99 ]; then  
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
     done  
 }  
   
 testoutput_ad()  
 {  
     grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt  
     grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt  
     grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt  
     grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt  
     join t05.txt t15.txt > t5.txt  
     join t06.txt t16.txt > t6.txt  
     echo "-1" >> t5.txt  
     echo "-1" >> t6.txt  
     digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`  
     digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`  
     dashnum $digits_5 $digits_6  
     rm -f t[01][56].txt t[56].txt  
 }  
181    
182  check_for_add_mon_output()      return $digits_of_similarity
 {  
     # Check for additional types of monitor output  
     if test "x$1" = x ; then  
         return  
     fi  
   
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"  
     done  
   
     ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"  
     ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"  
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         for jj in $ptr_add ; do  
             name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`  
             tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`  
             if test ! "x$tst" = x0 ; then  
                 eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"  
             fi  
         done  
         #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'  
     done  
183  }  }
184    
185  testoutput()  testoutput_run()
186  {  {
187      # testoutput directory subdir extension      # testoutput_run directory subdir reference_output
188      #      #
189      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
190      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
191          if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
192              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
193          fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
194          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
195          if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
196              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
197          fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
198          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
199          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
200          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
201          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
202          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?          # check for ptracer output in reference_output file :
203          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?          outpref=$1/results/$3
204          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
205          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?  
   
         #  This is for PTRACERS  
206          for ii in $PTRACERS_NUM ; do          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
207              eval `echo "p0"$ii"_min=99"`              ptrfound=0
208              eval `echo "p0"$ii"_max=99"`              for jj in $ptr_mon ; do
209              eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
210              eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
211              tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
212              #echo 'tst = '$tst              done
213              if test "x$tst" = xt ; then              if test $ptrfound = '1' ; then
214                  a="trcstat_ptracer0"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
215                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3              else
216                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
217                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
218                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`                # remove this ptr from the list of output variable to check
219                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
220                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
221                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3                fi
                 RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`  
222              fi              fi
223            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
224          done          done
225            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
226          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"          if test $tst != 1 ; then
227          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
228          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
229          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
230          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"          #- put it back once:
231          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
232          allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"          fi
233            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
234          eval "dashnum $allargs"          echo "listVar='$listVar'" > $locDIR"/summary.txt"
235            allargs=""
236      else          for xx in $listVar
237          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          do
238      fi            case $xx in
239               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
240                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
241                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
242                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
243              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
244              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
245               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
246               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
247               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
248               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
249               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
250               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
251               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
252               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
253               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
254               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
255               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
256               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
257               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
258               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
259               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
260               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
261            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
262               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
263            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
264               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
265            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
266               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
267            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
268               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
269             'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
270             'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
271             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
272             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
273             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
274             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
275             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
276             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
277             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
278             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
279             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
280             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
281            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
282            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
283            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
284            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
285            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
286            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
287                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
288              esac
289              if test $xx = $sVar
290              then allargs="$allargs > $yy <"
291              else allargs="$allargs $yy"
292              fi
293            done
294    
295            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
296            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
297            #-- fill line (up to standard length) with dot:
298              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
299              echo $allargs $adNul
300            else
301              echo $allargs
302            fi
303    # <-- same processing for adjoint & forward test
304  }  }
305    
306  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 300  genmakemodel() Line 317  genmakemodel()
317          (          (
318              cd $1;              cd $1;
319              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
320              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
                 command="$command --mods=../code"  
             else  
321                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
322                  command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"              elif test "x$OADM" = xt ; then
323                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
324                else
325                    command="$command -mods=../code"
326              fi              fi
327              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
328                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
329              fi              fi
330              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
331                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
332              fi              fi
333                if test "x$GSL" = xt ; then
334                    command="$command -gsl"
335                fi
336              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" = xt ; then
337                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
338              fi              fi
339              printf 'genmake ... ' 1>&2              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
340              $command > make.log 2>&1              #- run multi-threaded using OpenMP:
341                    command="$command -omp"
342                fi
343                if test "x$USE_R4" = xt ; then
344                    command="$command -use_r4"
345                fi
346                if test "x$TS" = xt ; then
347                    command="$command -ts"
348                fi
349                if test "x$PAPIS" = xt ; then
350                    command="$command -papis"
351                else
352                if test "x$PCLS" = xt ; then
353                    command="$command -pcls"
354                fi
355                fi
356                printf 'genmake ... '
357                eval $command > make.log 2>&1
358              RETVAL=$?              RETVAL=$?
359              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
360              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
361              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
362                  tail make.log                  tail make.log
363                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
364                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake_* make.log $CDIR
365                  return 1                  return 1
366              else              else
367                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
368              fi              fi
369          )          )
370      fi      fi
# Line 336  makeclean() Line 374  makeclean()
374  {  {
375      # makeclean directory      # makeclean directory
376      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
377          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
378      else      else
379          (          (
380              cd $1;              cd $1;
381              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
382              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
383                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
384                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
385                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
386                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
387                      tail make.log                      tail make.log
388                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
389                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
390                      return 1                      return 1
391                  fi                  fi
392                    echo successful
393                else
394                    echo ''
395              fi              fi
             echo successful 1>&2  
396              exit 0              exit 0
397          )          )
398      fi      fi
399  }  }
400    
401  postclean()  run_clean()
402  {  {
403      # postclean directory      # run_clean directory
404      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
405            echo "run_clean skipped!"
406        else
407          (          (
408              cd $1;              cd $1;
409              if test -r Makefile ; then              printf 'clean run-dir ... '
410                  $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
411              fi              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
412                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
413                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
414                find . -type l -exec rm {} \;
415                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
416                rm -rf mnc_test_*
417                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
418                echo successful
419              exit 0              exit 0
420          )          )
421      fi      fi
# Line 382  makedependmodel() Line 429  makedependmodel()
429      else      else
430          (          (
431              cd $1;              cd $1;
432              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
433              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.log 2>&1
434              RETVAL=$?              RETVAL=$?
435              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
436                  tail make.log                  tail make.log
437                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
438                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
439                  return 1                  return 1
440              else              else
441                  echo successful 1>&2                  echo successful
442              fi              fi
443          )          )
444      fi      fi
# Line 401  makemodel() Line 448  makemodel()
448  {  {
449      # makemodel directory      # makemodel directory
450      (      (
451        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
452            cd $1;
453            if test -x $EXECUTABLE ; then
454                echo "make skipped!"
455            else
456                echo "no executable!"
457                return 2
458            fi
459        else
460          cd $1;          cd $1;
461          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
462              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
463              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
464                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
465                elif test "x$OADM" = xt ; then
466                    $MAKE adAll >> make.log 2>&1
467                else
468                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
469                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE >> make.log 2>&1
470                  else                  else
471                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
472                  fi                  fi
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
473              fi              fi
474              RETVAL=$?              RETVAL=$?
475              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
476                  tail make.log                  tail make.log
477                  echo failed 1>&2                  echo failed
478                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
479                    rm -f $EXECUTABLE
480                  return 1                  return 1
481              else              else
482                  echo successful 1>&2                  echo successful
483              fi              fi
484          fi          fi
485        fi
486      )      )
487  }  }
488    
# Line 436  symlink_mpifiles() Line 496  symlink_mpifiles()
496      code_dir=$2      code_dir=$2
497      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
498      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
499        
500      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
501      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
502    
503      #  Is this an MPI run?      #  Is this an MPI run?
504      if test "x$MPI" = xt ; then      if test "x$MPI" = xt ; then
# Line 471  symlink_mpifiles() Line 531  symlink_mpifiles()
531              fi              fi
532          done          done
533      fi      fi
534        
535  }  }
536    
537  linkdata()  linkdata()
538  {  {
539      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
540      #      #
541      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
542      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
543          (          (
544              cd $2              cd $1 ; shift
545              if test "x$ADM" = x ; then              echo 'linkdata from dirs:' $*
546                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
547                  for i in $files ; do              for xx in $inpMPI ; do
548                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
549                          ln -sf "../input/"$i $i                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
550                      fi                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
551                  done                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
552              else                  # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
553                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
554                  for i in $files ; do                      if test ! -r $yy ; then
555                      if test ! -d "../input/"$i ; then                          ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
556                          ln -sf "../input/"$i $i                          printf " $xx" 1>&2
557                      fi                      fi
558                  done                  else
559                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`                  # not mpi test: remove symbolic link
560                  for i in $files ; do                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
561                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then                  fi
562                          ln -sf "../input_ad/"$i $i                fi
563                done
564                if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
565                # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
566                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
567                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
568                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
569                        if test ! -r eedata ; then
570                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
571                            printf ' eedata.mth' 1>&2
572                      fi                      fi
573                  done                  else
574                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
575                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
576                    fi
577              fi              fi
578                prevDir='NONE'
579                for ldir in $* ; do
580                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
581                        printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
582                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
583                        for i in $files ; do
584                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
585                                if test ! -r $i  ; then
586                                    printf ' '$i 1>&2
587                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
588                                fi
589                            fi
590                        done
591                        printf ' ;' 1>&2
592                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
593                            "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
594                        else
595                            echo '' 1>&2
596                        fi
597                    fi
598                    prevDir=$ldir
599                done
600          )          )
601      fi      fi
602  }  }
# Line 511  runmodel() Line 605  runmodel()
605  {  {
606      # runmodel directory      # runmodel directory
607      #      #
608      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
609      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
610      (      (
611          cd $1          cd $1
612          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
613          # make output.txt          if test -L $EXECUTABLE ; then
614          echo            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
615          rm -f run.log              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
616          if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
617             ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1            else rm -f $EXECUTABLE
618             RETVAL=$?            fi
619            fi
620            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
621                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
622                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
623            fi
624            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
625                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
626                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
627                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
628                    RETVAL=8
629                    ENDVAL=-1
630          else          else
631             echo " $OUTPUTFILE is up to date " > run.log 2>&1              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
632             RETVAL=0                # output do not exist or is older than executable:
633                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
634                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
635                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
636                    RETVAL=$?
637                else
638                    RETVAL=0
639                    if test -f $RUNLOG ; then
640                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
641                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
642                    else
643                        touch $RUNLOG
644                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
645                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
646                        echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
647                    fi
648                fi
649                ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
650          fi          fi
651          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          rm -f run.log_tmp
652          # echo "pwd='"`pwd`"'"          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
653          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              echo successful
654              tail run.log              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
655              echo successful 1>&2              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
656              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
657              # if test "x$ADM" = x ; then              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
             #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"  
             # else  
             #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"  
             # fi  
658              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
659              return 0              return 0
660            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
661                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
662                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
663                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
664                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
665                return 0
666          else          else
667              tail run.log              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
668              echo failed 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
669              cp run.log $CDIR"/run.log"              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
670                cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
671              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
672              return 1              return 1
673          fi          fi
# Line 553  createcodelet() Line 678  createcodelet()
678  {  {
679      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
680    
681      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
682      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
683  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
684  #include <math.h>  #include <math.h>
685  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
686    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
687    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
688    best = -22;    best = -22;
689    lncnt = 0;    lncnt = 0;
690    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
691      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
692      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
693      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
694      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
695      if (abave > 0.0) {      if ( abave == abave ) {
696        relerr=fabs(a-b)/abave;        if (abave > 0.0) {
697        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }          relerr=fabs(a-b)/abave;
698        else { linnum = -16 ; }          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
699        best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
700      }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
701          else { cmplin = -22 ; }
702       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
703          }
704       else {
705       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
706          break; }
707    }    }
708    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
709      if (linnum != -1) best=-99;
710    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
711    return 0;    return 0;
712  }  }
713  EOF  EOF
714      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
715    
716      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
717          echo "OK"          echo "OK"
718          return 0          return 0
719      else      else
720          echo          echo
721          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
722          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
723          exit 1          exit 1
724      fi      fi
# Line 599  formatresults() Line 731  formatresults()
731      nm=$1      nm=$1
732      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
733      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
734      printf '%3s' $@      listPrt=$@
735            listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
736      if [ $1 = '--' ]; then      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
737        printf '%3s' $listPrt
738    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
739    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
740    
741        if [ $xx = '..' ]; then
742            printf ' N/O '
743        elif [ $xx = '--' ]; then
744            printf ' N/O '
745        elif [ $xx = 99 ]; then
746          printf ' N/O '          printf ' N/O '
747      else      else
748          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
749              printf ' pass'              printf ' pass'
750          else          else
751              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 612  formatresults() Line 753  formatresults()
753      fi      fi
754      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
755      printf '\n'      printf '\n'
       
 }  
   
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
756    
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
757  }  }
758    
759  scandirs()  scandirs()
760  {  {
761      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
762          for arg in * ; do          for arg in * ; do
763              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
764          done          done
765      else      else
766          echo $*          echo $*
767      fi      fi
768  }  }
769    
770    
771    check_eedata()
772    {
773        # check_eedata size.h eedata
774        if [ $# -eq 2 ] ; then
775          if test -f $1 -a -f $2 ; then
776          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
777          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
778          if test "x$nx" = x ; then
779            rx=10
780          else
781            rx=`expr $sx % $nx`
782          fi
783          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
784          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
785          if test "x$ny" = x ; then
786            ry=20
787          else
788            ry=`expr $sy % $ny`
789          fi
790          echo `expr $rx + $ry`
791        else
792          echo '-1'
793          fi
794        else
795          echo '-2'
796        fi
797    
798    }
799    
800  ###############################################################################  ###############################################################################
801    
802    
# Line 653  scandirs() Line 804  scandirs()
804  debug=0  debug=0
805  verbose=1  verbose=1
806  clean=0  clean=0
 expts=''  
 # ieee=1  
807    
808  IEEE=true  IEEE=true
809  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
810      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
811  fi  fi
812    GSL=f
813    
814  CLEANUP=f  CLEANUP=f
815    NORUN=f
816  QUICK=f  QUICK=f
817    NOMAKE=f
818  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
819  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
820  NODEPEND=f  NODEPEND=f
# Line 673  BASH= Line 824  BASH=
824  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
825  ADDRESSES=  ADDRESSES=
826  TESTDIRS=  TESTDIRS=
827    SKIPDIRS=
828  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
829  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
830  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
831  COMMAND=  COMMAND=
832  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
833      MAKE=make      MAKE=make
# Line 685  if test "x$CC" = x ; then Line 837  if test "x$CC" = x ; then
837  fi  fi
838  JOBS=  JOBS=
839  MPI=f  MPI=f
840    MULTI_THREAD=f
841  OUTDIR=  OUTDIR=
842  DELDIR=  DELDIR=
843    USE_R4=
844    
845  ADM=  ADM=
846    OADM=
847    
848  # Additional monitor types  # list of pTracers to check for monitor output
849  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
850    
851    MATCH_CRIT=13
852    
853  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
854    
855  ac_prev=  ac_prev=
# Line 706  for ac_option ; do Line 863  for ac_option ; do
863      fi      fi
864    
865      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
866        
867      case $ac_option in      case $ac_option in
868                    
869          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h)
# Line 719  for ac_option ; do Line 876  for ac_option ; do
876                    
877          -addr | --addr | -a | --a)          -addr | --addr | -a | --a)
878              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
879          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)
880              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
881            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
882                ac_prev=MPACKDIR ;;
883            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
884                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
885    
886          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
887              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
888          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)
889              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
890    
891            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
892                ac_prev=SKIPDIRS ;;
893            -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)
894                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
895    
896          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
897              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
898          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)
899              BASH=$ac_optarg ;;              BASH=$ac_optarg ;;
900    
901          -command | --command | -c | --c)          -command | --command | -c | --c)
902              ac_prev=COMMAND ;;              ac_prev=COMMAND ;;
903          -command=* | --command=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)
904              COMMAND=$ac_optarg ;;              COMMAND=$ac_optarg ;;
905    
906          -make | --make | -m | --m)          -make | --make | -m | --m)
907              ac_prev=MAKE ;;              ac_prev=MAKE ;;
908          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)
909              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
910    
911          -odir | --odir)          -odir | --odir)
# Line 752  for ac_option ; do Line 918  for ac_option ; do
918          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
919              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
920    
921          -j) ac_prev=JOBS ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
922          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
923    
924            -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
925            -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
926    
927          -clean | --clean)          -clean | --clean)
928              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
929    
930            -norun | --norun | -nr | --nr)
931                NORUN=t ;;
932            -runonly | --runonly | -ro | --ro)
933                QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
934          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
935              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
936          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
# Line 772  for ac_option ; do Line 945  for ac_option ; do
945    
946          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
947    
948            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
949    
950          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
951    
952            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
953    
954          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
955          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
956            -gsl) GSL=t ;;
957    
958          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
959          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 783  for ac_option ; do Line 961  for ac_option ; do
961    
962          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
963    
964            -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
965    
966            -ts) TS=t;;
967            -papis) PAPIS=t;;
968            -pcls) PCL=t;;
969    
970          -*)          -*)
971              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
972              usage              usage
973              ;;              ;;
974            
975          *)          *)
976              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
977              usage              usage
978              ;;              ;;
979            
980       esac       esac
981        
982  done  done
983    
984  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 803  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 987  if test "x$QUICK" = xt ; then
987      NODEPEND=t      NODEPEND=t
988  fi  fi
989    
990  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  #- setting for forward or ADM testing
     TESTDIRS=`scandirs`  
 fi  
   
 if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  
     OPTFILE=$MITGCM_OF  
 fi  
   
991  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
992        code_dir=code_ad
993        inputdir=input_ad
994        ref_outp="output_adm.txt"
995        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
996    elif test "x$OADM" = xt ; then
997        code_dir=code_oad
998        inputdir=input_oad
999        ref_outp="output_oadm.txt"
1000      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
     OUTPUTFILE="output.txt_adm"  
1001  else  else
1002        code_dir=code
1003        inputdir=input
1004        ref_outp="output.txt"
1005      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
     OUTPUTFILE="output.txt"  
1006  fi  fi
1007    
1008  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1009      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1010    else
1011        #- expand group of experiments:
1012        LIST=" "
1013        for xx in $TESTDIRS
1014        do
1015          case $xx in
1016            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
1017                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
1018                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
1019                    ;;
1020            'tutorials')
1021                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1022            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1023          esac
1024        done
1025  fi  fi
1026    #echo 'LIST='${LIST}'<'
1027    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1028    TESTDIRS=" "
1029    count=0
1030    for xx in $LIST
1031    do
1032        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1033        if test $yy = 0 ; then
1034            if test -d $xx ; then
1035                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1036                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1037            else count=1 ;
1038                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1039            fi
1040        else
1041            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1042            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1043            fi
1044        fi
1045    done
1046    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1047    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1048    
1049    if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1050        OPTFILE=$MITGCM_OF
1051    fi
1052    
1053    RUNLOG="run.log"
1054    OUTPUTFILE=$ref_outp
1055  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1056      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1057  fi  fi
1058    if test "x$MPI" = xt ; then
1059        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1060    fi
1061    
 #echo "OK"  
1062  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1063    
1064    # set the Default List of output variables to be checked:
1065    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1066    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1067    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1068    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1069        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1070        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1071        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1072        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1073        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1074    else
1075        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1076        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1077        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1078    fi
1079    
1080  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1081  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1082        echo "skipping comparison code build"
1083    else
1084        createcodelet
1085    fi
1086    
1087  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1088  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1089      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1090  else  else
1091      build_mpack      build_mpack
1092  fi  fi
1093    
1094  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1095    CMDLINE=$0
1096    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1097        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1098                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1099    done
1100    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1101  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1102  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1103  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1104  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1105  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1106      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1107    else
1108        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1109        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1110  fi  fi
1111  DNUM=0  DNUM=0
1112  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
# Line 861  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1121  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1121      exit 1      exit 1
1122  fi  fi
1123  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 printf "Start time:  " >> $SUMMARY  
1124  start_date=`date`  start_date=`date`
1125  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1126    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1127    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1128    
1129  of_path=  of_path=
1130  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 892  else Line 1153  else
1153  fi  fi
1154  echo  echo
1155  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1156  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1157      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1158        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1159        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1160           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1161      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1162      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1163      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1164      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1165      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
         #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`  
         #  if test "x$tst" = xt ; then  
1166          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1167          line_1="$line_1        m  s"          line_1="$line_1        m  s"
1168          line_2="$line_2  m  m  e  ."          line_2="$line_2  m  m  e  ."
1169          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1170          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
         #  fi  
1171      done      done
1172      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1173      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
# Line 917  if test "x$ADM" = x ; then Line 1178  if test "x$ADM" = x ; then
1178  else  else
1179      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1180      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1181        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1182        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1183        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1184        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1185      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1186  G D M    C  G  G D M    C  G
1187  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 925  N n k u  s  a Line 1190  N n k u  s  a
1190    
1191  EOF  EOF
1192  fi  fi
1193    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1194    
1195  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1196  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1197        
1198        # set builddir & rundir:
1199        builddir="build"
1200        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1201        rundir="run"
1202        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1203            rundir=$builddir
1204        fi
1205        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1206        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1207    
1208      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1209      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1210          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1211              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          makeclean $BUILD_DIR
1212            rm -f $BUILD_DIR/$EXECUTABLE
1213            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1214                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1215                run_clean $dir/$rundir
1216          fi          fi
1217          if test -r $dir/input/Makefile ; then          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`
1218              ( cd $dir/input ; make CLEAN )          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1219            if test $ttd != 0 ; then
1220                echo '  --- rm dir:' $trdir
1221                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1222          fi          fi
         (  
             cd $dir  
             rm -rf tr_run.*  
         )  
1223          continue          continue
1224      fi      fi
1225    
1226      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1227      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1228      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1229      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1230          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1231          continue          continue
1232      fi      fi
     if test "x$ADM" = x ; then  
         check_for_add_mon_output  $fout  
     fi  
1233    
1234      # Check for additional types of monitor output      # Check for specific files for particular type of run
1235    
1236      builddir="input"      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1237      rundir="input"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1238      use_seperate_build=0          continue
1239      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then      fi
1240          builddir="build"      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1241          rundir="build"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1242          use_seperate_build=1          continue
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1243      fi      fi
1244            if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1245          retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1246          if test $retv != 0 ; then
1247            echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1248            continue
1249          fi
1250        fi
1251    
1252      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1253      extra_runs=      extra_runs=
1254      if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then      if test "x$NORUN" = xf ; then
1255          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1256          echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      fi
1257          for exd in $ex_run_dirs ; do      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1258              name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`      for exd in $ex_run_dirs ; do
1259              outf="$dir/results/output.txt.$name"          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1260              if test -f $outf -a -r $outf ; then          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1261            outf="$dir/results/$refExOut"
1262            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1263              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1264                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1265                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
1266                    retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1267                    if test $retv = 0 ; then
1268                        extra_runs="$extra_runs $name"
1269                    else
1270                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1271                    fi
1272                  else
1273                  extra_runs="$extra_runs $name"                  extra_runs="$extra_runs $name"
1274                  fi
1275                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1276              fi              fi
1277          done            else
1278      fi              extra_runs="$extra_runs $name"
1279              fi
1280            fi
1281        done
1282    
1283      if test "x$ADM" = x ; then      echo
1284          code_dir=code      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1285          CODE_DIR=$dir/code         echo "Experiment:  $dir"
1286      else      else
1287          code_dir=code_ad         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
     fi  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
   
     if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then  
         echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"  
         continue  
1288      fi      fi
   
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
     echo  
     echo "Experiment:  $dir"  
1289      echo      echo
1290      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1291      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1292    
1293      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1294      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1295      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1296      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1297        
1298      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
1299          makeclean $dir/$builddir              run=N
1300            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1301                && makeclean $dir/$builddir \
1302                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1303                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1304                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1305      else      else
1306          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1307              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1308              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1309              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1310              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1311              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && run_clean $dir/$rundir \
1312                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1313              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1314              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1315      fi      fi
1316            #echo "results='$results'"
1317      echo  
     if test "x$ADM" = x ; then  
1318          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1319          echo          echo 1>&2
1320          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1321          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          touch $locDIR"/summary.txt"
1322          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1323          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1324          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1325          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
1326            echo "tdir='$dir'" >> $locDIR"/summary.txt"
1327            if test "x$ADM" = xt ; then
1328                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1329                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1330                                    >> $locDIR"/summary.txt"
1331            fi
1332    
1333          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1334              unset run              unset run
1335              results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'              results=$EMPTY_RESULTS
1336                #  reference output file
1337                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1338              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1339              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1340              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1341              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1342              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1343              for ldir in input.$ex input ; do              run_clean $dir/tr_run.$ex
1344                  (              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir
                     cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1  
                     ls -1 2>/dev/null \  
                         | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'  
                 ) > tr_exrun_links  
                 (  
                     cd "$dir/tr_run.$ex"  
                     cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do  
                         if test ! "x$i" = x ; then  
                             test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i  
                         fi  
                     done  
                 )  
                 test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links  
             done  
             ldir=build  
             (  
                 cd $dir/tr_run.$ex  
                 test ! -e mitgcmuv  &&  ln -s "../"$ldir"/"mitgcmuv .  
             )  
1345              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1346                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
1347              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1348              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1349              echo              echo 1>&2
1350              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1351              echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              touch $locDIR"/summary.txt"
1352              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1353              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1354              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1355              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
1356                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $locDIR"/summary.txt"
1357                if test "x$ADM" = xt ; then
1358                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1359                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1360                                       >> $locDIR"/summary.txt"
1361                fi
1362                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1363                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1364                fi
1365          done          done
1366      else  
1367          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`      if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1368          fres=$fres"$results   $dir"          if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1369          echo              mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1370          echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1371          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1372          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo $mkOpt >> $DRESULTS/genmake_state
1373          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          fi
1374          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"      fi
1375          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"      #postclean $dir/$builddir
1376          grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1377                             >> $CDIR"/summary.txt"          makeclean $dir/$builddir \
1378                && run_clean $dir/$rundir
1379      fi      fi
1380    
     postclean $dir/$builddir  
       
1381      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1382        
1383  done  done
1384    
1385  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1386  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1387  printf "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1388  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1389    
# Line 1124  else Line 1408  else
1408              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1409              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1410              echo              echo
1411                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1412                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1413          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1414      fi      fi
1415  fi  fi
1416    
1417  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1418  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum      rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1419    fi
1420    
1421  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1422      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1423      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1424          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1425      fi      fi
1426      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1427  fi  fi
1428    
1429  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then

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Removed from v.1.77  
changed lines
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