/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.77 by jmc, Mon Mar 20 21:50:36 2006 UTC revision 1.126 by jmc, Tue May 19 21:34:01 2009 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19        echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
20      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
21      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
22      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"
23      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
24        echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
25        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
26        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
27        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
28        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
29      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
30      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
31      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
32      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
33        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
34      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command) STRING        command to run"
35      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
36      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
37      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
38      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
39      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
40      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
41      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
42        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
43        echo "                             (DEF=\"12\")"
44      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
45      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
46      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
# Line 38  usage() Line 48  usage()
48      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
49      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
50      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
51        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
52        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
53        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
54      echo      echo
55      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
56      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 55  usage() Line 68  usage()
68  build_mpack()  build_mpack()
69  {  {
70      printf "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
71      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
72        if test ! -x $MPACK ; then
73          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
74              echo              echo
75              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 64  build_mpack() Line 78  build_mpack()
78              echo              echo
79              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
80          fi          fi
         printf "building mpack...  "  
81          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
82              export CC=cc              export CC=cc
83          fi          fi
84            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
85          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
86          RETVAL=$?          RETVAL=$?
87          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 78  build_mpack() Line 92  build_mpack()
92          else          else
93              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
94              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
95                echo "done"
96          fi          fi
97      else      else
98          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
99            echo "already exist"
100      fi      fi
     echo "OK"  
101  }  }
102    
103  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
104  {  {
105      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
106      #      #
107      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
108      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
109        #  using search strings s1 and text label
110    
111      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
112          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
113      fi      fi
114      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
115          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
116          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
117          if [ $lncntA -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
118              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
119                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
120              fi              fi
121              return 99              return 99
122          fi          fi
123      else      else
124          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
125          return 99          return 99
126      fi      fi
127      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
128          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
129      fi      fi
130      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
131      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
132      if [ $lncntB -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
133          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
134              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
135          fi          fi
# Line 127  testoutput_for_prop() Line 143  testoutput_for_prop()
143      fi      fi
144      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
145      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
146          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
147          return 99          return 99
148      fi      fi
149      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
150      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
151          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
152          return 99          return 99
153      fi      fi
154      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
155          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
156      fi      fi
157      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
158      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
159          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
160      fi      fi
161      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
162          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 148  testoutput_for_prop() Line 164  testoutput_for_prop()
164      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
165      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
166      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
167      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
168      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
169          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
170              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
171          fi          fi
172          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
173      else      else
174          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
175              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
176          fi          fi
177      fi      fi
178      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
# Line 164  testoutput_for_prop() Line 180  testoutput_for_prop()
180      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
181  }  }
182    
183  dashnum()  testoutput_run()
184  {  {
185      # dashnum n1 n2 n3 ...      # testoutput_run directory subdir reference_output
186      #      #
187      #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99      #  test output from 1 run in "directory"
188    # --> same processing for adjoint & forward test
189      for num in $@ ; do          # default list of output variables to be checked:
190          if [ $num = 99 ]; then          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
191              printf ' --'          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
192          else          listChk=$DEF_CHECK_LIST
193              printf '%3i' $num          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
194          fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
195      done          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
196  }          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
197            listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
198  testoutput_ad()                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
199  {          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
200      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt          # check for ptracer output in reference_output file :
201      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt          outpref=$1/results/$3
202      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
203      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
     join t05.txt t15.txt > t5.txt  
     join t06.txt t16.txt > t6.txt  
     echo "-1" >> t5.txt  
     echo "-1" >> t6.txt  
     digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`  
     digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`  
     dashnum $digits_5 $digits_6  
     rm -f t[01][56].txt t[56].txt  
 }  
   
 check_for_add_mon_output()  
 {  
     # Check for additional types of monitor output  
     if test "x$1" = x ; then  
         return  
     fi  
   
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"  
     done  
   
     ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"  
     ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"  
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         for jj in $ptr_add ; do  
             name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`  
             tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`  
             if test ! "x$tst" = x0 ; then  
                 eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"  
             fi  
         done  
         #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'  
     done  
 }  
   
 testoutput()  
 {  
     # testoutput directory subdir extension  
     #  
     #  test output in "directory"  
     if test "x$ADM" = x ; then  
         if [ $debug -gt 0 ]; then  
             echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2  
         fi  
         testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?  
         if [ $debug -gt 0 ]; then  
             echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2  
         fi  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?  
   
         #  This is for PTRACERS  
204          for ii in $PTRACERS_NUM ; do          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
205              eval `echo "p0"$ii"_min=99"`              ptrfound=0
206              eval `echo "p0"$ii"_max=99"`              for jj in $ptr_mon ; do
207              eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
208              eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
209              tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
210              #echo 'tst = '$tst              done
211              if test "x$tst" = xt ; then              if test $ptrfound = '1' ; then
212                  a="trcstat_ptracer0"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
213                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3              else
214                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
215                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
216                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`                # remove this ptr from the list of output variable to check
217                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
218                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
219                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3                fi
                 RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`  
220              fi              fi
221            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
222          done          done
223            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
224          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"          if test $tst != 1 ; then
225          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
226          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
227          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
228          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"          #- put it back once:
229          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
230          allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"          fi
231            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
232          eval "dashnum $allargs"          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
233            allargs=""
234      else          for xx in $listVar
235          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          do
236      fi            case $xx in
237               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
238                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
239                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
240                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
241              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
242              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
243               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
244               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
245               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
246               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
247               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
248               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
249               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
250               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
251               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
252               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
253               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
254               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
255               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
256               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
257               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
258               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
259            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
260               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
261            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
262               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
263            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
264               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
265            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
266               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
267             'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
268             'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
269             'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;
270             'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
271             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
272             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
273             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
274             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
275             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
276             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
277             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
278             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
279            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
280            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
281            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
282            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
283            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
284            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
285                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
286              esac
287              if test $xx = $sVar
288              then allargs="$allargs > $yy <"
289              else allargs="$allargs $yy"
290              fi
291            done
292    
293            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
294            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
295            #-- fill line (up to standard length) with dot:
296              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
297              echo $allargs $adNul
298            else
299              echo $allargs
300            fi
301    # <-- same processing for adjoint & forward test
302  }  }
303    
304  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 300  genmakemodel() Line 315  genmakemodel()
315          (          (
316              cd $1;              cd $1;
317              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
318              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
                 command="$command --mods=../code"  
             else  
319                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
320                  command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"              elif test "x$OADM" = xt ; then
321                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
322                else
323                    command="$command -mods=../code"
324              fi              fi
325              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
326                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
327              fi              fi
328              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
329                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
330              fi              fi
331                if test "x$GSL" = xt ; then
332                    command="$command -gsl"
333                fi
334              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" = xt ; then
335                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
336              fi              fi
337                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
338                #- run multi-threaded using OpenMP:
339                    command="$command -omp"
340                fi
341                if test "x$TS" = xt ; then
342                    command="$command -ts"
343                fi
344                if test "x$PAPIS" = xt ; then
345                    command="$command -papis"
346                else
347                if test "x$PCLS" = xt ; then
348                    command="$command -pcls"
349                fi
350                fi
351              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
352              $command > make.log 2>&1              # $command > make.log 2>&1
353                eval $command > make.log 2>&1
354              RETVAL=$?              RETVAL=$?
355              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
356              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
# Line 336  makeclean() Line 370  makeclean()
370  {  {
371      # makeclean directory      # makeclean directory
372      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
373          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
374      else      else
375          (          (
376              cd $1;              cd $1;
377              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
378              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
379                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
380                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
381                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
382                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
383                      tail make.log                      tail make.log
384                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
385                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
386                      return 1                      return 1
387                  fi                  fi
# Line 360  makeclean() Line 392  makeclean()
392      fi      fi
393  }  }
394    
395  postclean()  run_clean()
396  {  {
397      # postclean directory      # run_clean directory
398      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
399            echo "run_clean skipped!"
400        else
401          (          (
402              cd $1;              cd $1;
403              if test -r Makefile ; then              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
404                  $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
405              fi              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
406                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
407                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
408                find . -type l -exec rm {} \;
409                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
410                rm -rf mnc_test_*
411                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
412                echo successful 1>&2
413              exit 0              exit 0
414          )          )
415      fi      fi
# Line 404  makemodel() Line 445  makemodel()
445          cd $1;          cd $1;
446          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
447              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
448              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
449                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
450                elif test "x$OADM" = xt ; then
451                    $MAKE adAll >> make.log 2>&1
452                else
453                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
454                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE >> make.log 2>&1
455                  else                  else
456                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
457                  fi                  fi
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
458              fi              fi
459              RETVAL=$?              RETVAL=$?
460              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 438  symlink_mpifiles() Line 481  symlink_mpifiles()
481      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
482            
483      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
484      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
485    
486      #  Is this an MPI run?      #  Is this an MPI run?
487      if test "x$MPI" = xt ; then      if test "x$MPI" = xt ; then
# Line 476  symlink_mpifiles() Line 519  symlink_mpifiles()
519    
520  linkdata()  linkdata()
521  {  {
522      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
523      #      #
524      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
525      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
526          (          (
527              cd $2              cd $1 ; shift
528              if test "x$ADM" = x ; then              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
529                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              for xx in $inpMPI ; do
530                  for i in $files ; do                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
531                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
532                          ln -sf "../input/"$i $i                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
533                      fi                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
534                  done                  # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
535              else                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
536                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test ! -r $yy ; then
537                  for i in $files ; do                          ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
538                      if test ! -d "../input/"$i ; then                          printf "$xx " 1>&2
                         ln -sf "../input/"$i $i  
539                      fi                      fi
540                  done                  else
541                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`                  # not mpi test: remove symbolic link
542                  for i in $files ; do                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
543                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then                  fi
544                          ln -sf "../input_ad/"$i $i                fi
545                done
546                if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
547                # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
548                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
549                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
550                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
551                        if test ! -r eedata ; then
552                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
553                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
554                      fi                      fi
555                  done                  else
556                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
557                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
558                    fi
559              fi              fi
560                prevDir='NONE'
561                for ldir in $* ; do
562                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
563                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
564                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
565                        for i in $files ; do
566                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
567                                if test ! -r $i  ; then
568                                    printf ' '$i 1>&2
569                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
570                                fi
571                            fi
572                        done
573                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
574                            "../"$ldir"/"prepare_run
575                        fi
576                        printf ' ; ' 1>&2
577                    fi
578                    prevDir=$ldir
579                done
580          )          )
581      fi      fi
582  }  }
# Line 518  runmodel() Line 592  runmodel()
592          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
593          # make output.txt          # make output.txt
594          echo          echo
595          rm -f run.log          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
596          if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
597             ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
598             RETVAL=$?          fi
599            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
600                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
601                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
602            fi
603            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
604                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
605                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
606                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
607                    RETVAL=8
608                    ENDVAL=-1
609          else          else
610             echo " $OUTPUTFILE is up to date " > run.log 2>&1              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
611             RETVAL=0                # output do not exist or is older than executable:
612                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
613                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
614                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
615                    RETVAL=$?
616                else
617                    RETVAL=0
618                    if test -f $RUNLOG ; then
619                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
620                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
621                    else
622                        touch $RUNLOG
623                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
624                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
625                        echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
626                    fi
627                fi
628                ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
629          fi          fi
630          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          rm -f run.log_tmp
631          # echo "pwd='"`pwd`"'"          #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
632          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
633              tail run.log              tail $RUNLOG
634              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
635              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
636              # if test "x$ADM" = x ; then              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
             #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"  
             # else  
             #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"  
             # fi  
637              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
638              return 0              return 0
639          else          else
640              tail run.log              tail $RUNLOG
641              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
642              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
643              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
644              return 1              return 1
645          fi          fi
# Line 553  createcodelet() Line 650  createcodelet()
650  {  {
651      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
652    
653      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
654      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
655  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
656  #include <math.h>  #include <math.h>
657  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
658    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
659    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
660    best = -22;    best = -22;
661    lncnt = 0;    lncnt = 0;
662    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
663      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
664      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
665      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
666      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
667      if (abave > 0.0) {      if ( abave == abave ) {
668        relerr=fabs(a-b)/abave;        if (abave > 0.0) {
669        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }          relerr=fabs(a-b)/abave;
670        else { linnum = -16 ; }          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
671        best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
672      }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
673          else { cmplin = -22 ; }
674       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
675          }
676       else {
677       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
678          break; }
679    }    }
680    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
681      if (linnum != -1) best=-99;
682    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
683    return 0;    return 0;
684  }  }
685  EOF  EOF
686      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
687    
688      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
689          echo "OK"          echo "OK"
690          return 0          return 0
691      else      else
# Line 599  formatresults() Line 703  formatresults()
703      nm=$1      nm=$1
704      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
705      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
706      printf '%3s' $@      listPrt=$@
707        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
708        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
709        printf '%3s' $listPrt
710    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
711    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
712            
713      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
714            printf ' N/O '
715        elif [ $xx = '--' ]; then
716            printf ' N/O '
717        elif [ $xx = 99 ]; then
718          printf ' N/O '          printf ' N/O '
719      else      else
720          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
721              printf ' pass'              printf ' pass'
722          else          else
723              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 615  formatresults() Line 728  formatresults()
728            
729  }  }
730    
731  show_help()  scandirs()
732  {  {
733      cat - << EOF      if [ $# -eq 1 ]; then
734  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]          for arg in * ; do
735                test -f $arg/$1 && echo $arg
736   -help|-h      Show this help message          done
737   -quiet     Reduce the amount of output      else
738   -verbose   Produce copious amounts of output          echo $*
739   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most      fi
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
740  }  }
741    
742  scandirs()  
743    check_eedata()
744  {  {
745      if [ $# -eq 0 ]; then      # check_eedata size.h eedata
746          for arg in * ; do      if [ $# -eq 2 ] ; then
747              test -d $arg/input && echo $arg        if test -f $1 -a -f $2 ; then
748          done        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
749          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
750          if test "x$nx" = x ; then
751            rx=10
752          else
753            rx=`expr $sx % $nx`
754          fi
755          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
756          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
757          if test "x$ny" = x ; then
758            ry=20
759          else
760            ry=`expr $sy % $ny`
761          fi
762          echo `expr $rx + $ry`
763        else
764          echo '-1'
765          fi
766      else      else
767          echo $*        echo '-2'
768      fi      fi
 }  
769    
770    }
771    
772  ###############################################################################  ###############################################################################
773    
# Line 653  scandirs() Line 776  scandirs()
776  debug=0  debug=0
777  verbose=1  verbose=1
778  clean=0  clean=0
 expts=''  
 # ieee=1  
779    
780  IEEE=true  IEEE=true
781  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
782      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
783  fi  fi
784    GSL=f
785    
786  CLEANUP=f  CLEANUP=f
787  QUICK=f  QUICK=f
# Line 673  BASH= Line 794  BASH=
794  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
795  ADDRESSES=  ADDRESSES=
796  TESTDIRS=  TESTDIRS=
797    SKIPDIRS=
798  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
799  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
800  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
801  COMMAND=  COMMAND=
802  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
803      MAKE=make      MAKE=make
# Line 685  if test "x$CC" = x ; then Line 807  if test "x$CC" = x ; then
807  fi  fi
808  JOBS=  JOBS=
809  MPI=f  MPI=f
810    MULTI_THREAD=f
811  OUTDIR=  OUTDIR=
812  DELDIR=  DELDIR=
813    
814  ADM=  ADM=
815    OADM=
816    
817  # Additional monitor types  # list of pTracers to check for monitor output
818  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
819    
820    MATCH_CRIT=13
821    
822  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
823    
824  ac_prev=  ac_prev=
# Line 721  for ac_option ; do Line 847  for ac_option ; do
847              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
848          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=*)
849              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
850            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
851                ac_prev=MPACKDIR ;;
852            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
853                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
854    
855          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
856              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
857          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
858              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
859    
860            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
861                ac_prev=SKIPDIRS ;;
862            -skipdir=* | --skipdir=*)
863                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
864    
865          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
866              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
867          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 752  for ac_option ; do Line 887  for ac_option ; do
887          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
888              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
889    
890            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
891            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
892    
893          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j) ac_prev=JOBS ;;
894          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
895    
# Line 772  for ac_option ; do Line 910  for ac_option ; do
910    
911          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
912    
913            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
914    
915          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
916    
917            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
918    
919          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
920          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
921            -gsl) GSL=t ;;
922    
923          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
924          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 783  for ac_option ; do Line 926  for ac_option ; do
926    
927          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
928    
929            -ts) TS=t;;
930    
931            -papis) PAPIS=t;;
932    
933            -pcls) PCL=t;;
934    
935          -*)          -*)
936              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
937              usage              usage
# Line 803  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 952  if test "x$QUICK" = xt ; then
952      NODEPEND=t      NODEPEND=t
953  fi  fi
954    
955  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  #- setting for forward or ADM testing
     TESTDIRS=`scandirs`  
 fi  
   
 if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  
     OPTFILE=$MITGCM_OF  
 fi  
   
956  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
957        code_dir=code_ad
958        inputdir=input_ad
959        ref_outp="output_adm.txt"
960        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
961    elif test "x$OADM" = xt ; then
962        code_dir=code_oad
963        inputdir=input_oad
964        ref_outp="output_oadm.txt"
965      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
     OUTPUTFILE="output.txt_adm"  
966  else  else
967        code_dir=code
968        inputdir=input
969        ref_outp="output.txt"
970      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
     OUTPUTFILE="output.txt"  
971  fi  fi
972    
973  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
974      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
975    else
976        #- expand group of experiments:
977        LIST=" "
978        for xx in $TESTDIRS
979        do
980          case $xx in
981            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
982                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
983                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
984                    ;;
985            'tutorials')
986                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
987            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
988          esac
989        done
990    fi
991    #echo 'LIST='${LIST}'<'
992    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
993    TESTDIRS=" "
994    count=0
995    for xx in $LIST
996    do
997        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
998        if test $yy = 0 ; then
999            if test -d $xx ; then
1000                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1001                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1002            else count=1 ;
1003                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1004            fi
1005        else
1006            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1007            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1008            fi
1009        fi
1010    done
1011    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1012    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1013    
1014    if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1015        OPTFILE=$MITGCM_OF
1016  fi  fi
1017    
1018    RUNLOG="run.log"
1019    OUTPUTFILE=$ref_outp
1020  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1021      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1022  fi  fi
1023    if test "x$MPI" = xt ; then
1024        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1025    fi
1026    
 #echo "OK"  
1027  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1028    
1029    # set the Default List of output variables to be checked:
1030    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1031    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1032    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1033    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1034        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1035        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1036        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1037        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1038        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1039    else
1040        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1041        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1042        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1043    fi
1044    
1045  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1046  createcodelet  createcodelet
1047    
1048  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1049  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1050      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1051  else  else
1052      build_mpack      build_mpack
1053  fi  fi
1054    
1055  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1056    CMDLINE=$0
1057    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1058        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1059                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1060    done
1061    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1062  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1063  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1064  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1065  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1066  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1067      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1068    else
1069        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1070        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1071  fi  fi
1072  DNUM=0  DNUM=0
1073  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
# Line 861  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1082  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1082      exit 1      exit 1
1083  fi  fi
1084  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 printf "Start time:  " >> $SUMMARY  
1085  start_date=`date`  start_date=`date`
1086  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1087    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1088    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1089    
1090  of_path=  of_path=
1091  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 892  else Line 1114  else
1114  fi  fi
1115  echo  echo
1116  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1117  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1118      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1119        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1120        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1121           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1122    #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1123      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1124      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1125      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1126      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1127      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
         #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`  
         #  if test "x$tst" = xt ; then  
1128          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1129          line_1="$line_1        m  s"          line_1="$line_1        m  s"
1130          line_2="$line_2  m  m  e  ."          line_2="$line_2  m  m  e  ."
1131          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1132          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
         #  fi  
1133      done      done
1134      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1135      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
# Line 917  if test "x$ADM" = x ; then Line 1140  if test "x$ADM" = x ; then
1140  else  else
1141      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1142      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1143        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1144        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1145        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1146        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1147      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1148  G D M    C  G  G D M    C  G
1149  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 929  fi Line 1156  fi
1156  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1157  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1158            
1159        # set builddir & rundir:
1160        builddir="build"
1161        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1162        rundir="run"
1163        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1164            rundir=$builddir
1165        fi
1166        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1167        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1168    
1169      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1170      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1171          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then
1172              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/$builddir
1173                ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )
1174          fi          fi
1175          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1176              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir
1177                run_clean $dir/$rundir
1178          fi          fi
1179          (          (
1180              cd $dir              cd $dir
# Line 946  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1185  for dir in $TESTDIRS ; do
1185    
1186      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1187      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1188      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1189      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1190          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1191          continue          continue
1192      fi      fi
     if test "x$ADM" = x ; then  
         check_for_add_mon_output  $fout  
     fi  
1193    
1194      # Check for additional types of monitor output      # Check for specific files for particular type of run
1195    
1196      builddir="input"      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1197      rundir="input"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1198      use_seperate_build=0          continue
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1199      fi      fi
1200            if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1201            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1202            continue
1203        fi
1204        if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1205          retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1206          if test $retv != 0 ; then
1207            echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1208            continue
1209          fi
1210        fi
1211    
1212      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1213      extra_runs=      extra_runs=
1214      if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1215          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1216          echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      for exd in $ex_run_dirs ; do
1217          for exd in $ex_run_dirs ; do          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1218              name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1219              outf="$dir/results/output.txt.$name"          outf="$dir/results/$refExOut"
1220              if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1221              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1222                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1223                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
1224                    retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1225                    if test $retv = 0 ; then
1226                        extra_runs="$extra_runs $name"
1227                    else
1228                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1229                    fi
1230                  else
1231                  extra_runs="$extra_runs $name"                  extra_runs="$extra_runs $name"
1232                  fi
1233                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1234              fi              fi
1235          done            else
1236      fi              extra_runs="$extra_runs $name"
1237              fi
1238      if test "x$ADM" = x ; then          fi
1239          code_dir=code      done
         CODE_DIR=$dir/code  
     else  
         code_dir=code_ad  
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
     fi  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
   
     if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then  
         echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"  
         continue  
     fi  
1240    
1241      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1242      echo      echo
1243      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1244           echo "Experiment:  $dir"
1245        else
1246           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1247        fi
1248      echo      echo
1249      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1250      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1251    
1252      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1253      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 1013  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1255  for dir in $TESTDIRS ; do
1255      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1256            
1257      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1258          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1259            makeclean $dir/$builddir \
1260                && run_clean $dir/$rundir
1261      else      else
1262          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1263              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1264                && run_clean $dir/$rundir \
1265              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1266              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1267              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1268              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
1269              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1270              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1271      fi      fi
1272            
1273      echo      echo
     if test "x$ADM" = x ; then  
1274          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1275          echo          echo
1276          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1277          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          touch $CDIR"/summary.txt"
1278            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1279          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1280          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1281          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1282          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1283            if test "x$ADM" = xt ; then
1284                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1285                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1286                                    >> $CDIR"/summary.txt"
1287            fi
1288    
1289          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1290              unset run              unset run
1291              results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'              results=$EMPTY_RESULTS
1292                #  reference output file
1293                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1294              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1295              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1296              mkdir $rel_CDIR              mkdir $rel_CDIR
1297              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1298              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1299              for ldir in input.$ex input ; do              run_clean $dir/tr_run.$ex
1300                  (              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
                     cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1  
                     ls -1 2>/dev/null \  
                         | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'  
                 ) > tr_exrun_links  
                 (  
                     cd "$dir/tr_run.$ex"  
                     cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do  
                         if test ! "x$i" = x ; then  
                             test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i  
                         fi  
                     done  
                 )  
                 test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links  
             done  
             ldir=build  
             (  
                 cd $dir/tr_run.$ex  
                 test ! -e mitgcmuv  &&  ln -s "../"$ldir"/"mitgcmuv .  
             )  
1301              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1302                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
1303              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1304              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1305              echo              echo
1306              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1307              echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              touch $CDIR"/summary.txt"
1308                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1309              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1310              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1311              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1312              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1313                if test "x$ADM" = xt ; then
1314                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1315                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1316                                       >> $CDIR"/summary.txt"
1317                fi
1318                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1319                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1320                fi
1321          done          done
     else  
         fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
         fres=$fres"$results   $dir"  
         echo  
         echo "$fres" >> $SUMMARY  
         echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                            >> $CDIR"/summary.txt"  
     fi  
1322    
1323      postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1324        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1325            makeclean $dir/$builddir \
1326                && run_clean $dir/$rundir
1327        fi
1328            
1329      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1330            
1331  done  done
1332    
1333  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1334  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1335  printf "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1336  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1337    
# Line 1130  else Line 1362  else
1362      fi      fi
1363  fi  fi
1364    
1365  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
 rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  
1366    
1367  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1368      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1369      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1370          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1371      fi      fi
1372      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1373  fi  fi
1374    
1375  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
Legend:
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