/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.77 by jmc, Mon Mar 20 21:50:36 2006 UTC revision 1.114 by jmc, Wed Apr 2 23:41:22 2008 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19        echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
20      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
21      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
22      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"
23      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
24        echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
25        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
26        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
27        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
28        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
29      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
30      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
31      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
# Line 29  usage() Line 36  usage()
36      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
37      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
38      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
39      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
40      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
41        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
42        echo "                             (DEF=\"12\")"
43      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
44      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
45      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
# Line 38  usage() Line 47  usage()
47      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
48      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
49      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
50        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
51        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
52        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
53      echo      echo
54      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
55      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 55  usage() Line 67  usage()
67  build_mpack()  build_mpack()
68  {  {
69      printf "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
70      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
71        if test ! -x $MPACK ; then
72          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
73              echo              echo
74              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 64  build_mpack() Line 77  build_mpack()
77              echo              echo
78              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
79          fi          fi
         printf "building mpack...  "  
80          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
81              export CC=cc              export CC=cc
82          fi          fi
83            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
84          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
85          RETVAL=$?          RETVAL=$?
86          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 78  build_mpack() Line 91  build_mpack()
91          else          else
92              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
93              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
94                echo "done"
95          fi          fi
96      else      else
97          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
98            echo "already exist"
99      fi      fi
     echo "OK"  
100  }  }
101    
102  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
103  {  {
104      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
105      #      #
106      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
107      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
108        #  using search strings s1 and text label
109    
110      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
111          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
112      fi      fi
113      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
114          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
115          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
116          if [ $lncntA -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
117              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
118                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
119              fi              fi
120              return 99              return 99
121          fi          fi
122      else      else
123          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
124          return 99          return 99
125      fi      fi
126      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
127          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
128      fi      fi
129      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
130      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
131      if [ $lncntB -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
132          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
133              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
134          fi          fi
# Line 127  testoutput_for_prop() Line 142  testoutput_for_prop()
142      fi      fi
143      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
144      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
145          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
146          return 99          return 99
147      fi      fi
148      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
149      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
150          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
151          return 99          return 99
152      fi      fi
153      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
154          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
155      fi      fi
156      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
157      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
158          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
159      fi      fi
160      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
161          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 148  testoutput_for_prop() Line 163  testoutput_for_prop()
163      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
164      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
165      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
166      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
167      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
168          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
169              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
170          fi          fi
171          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
172      else      else
173          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
174              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
175          fi          fi
176      fi      fi
177      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
# Line 164  testoutput_for_prop() Line 179  testoutput_for_prop()
179      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
180  }  }
181    
 dashnum()  
 {  
     # dashnum n1 n2 n3 ...  
     #  
     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99  
   
     for num in $@ ; do  
         if [ $num = 99 ]; then  
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
     done  
 }  
   
 testoutput_ad()  
 {  
     grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt  
     grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt  
     grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt  
     grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt  
     join t05.txt t15.txt > t5.txt  
     join t06.txt t16.txt > t6.txt  
     echo "-1" >> t5.txt  
     echo "-1" >> t6.txt  
     digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`  
     digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`  
     dashnum $digits_5 $digits_6  
     rm -f t[01][56].txt t[56].txt  
 }  
   
182  check_for_add_mon_output()  check_for_add_mon_output()
183  {  {
184      # Check for additional types of monitor output      # Check for additional types of monitor output
# Line 220  check_for_add_mon_output() Line 204  check_for_add_mon_output()
204      done      done
205  }  }
206    
207  testoutput()  testoutput_run()
208  {  {
209      # testoutput directory subdir extension      # testoutput_run directory subdir reference_output
210      #      #
211      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
212      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
213          if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
214              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
215          fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
216          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
217          if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
218              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
219          fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
220          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
221          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
222          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
223          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
224          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?          for ii in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ; do
225          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?            tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
226          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?           #echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
227          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?            if test "x$tst" != xt ; then listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"` ; fi
228          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?          done
229          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){t+=($i==$1)}; print t }'`
230          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?          if test $tst != 1 ; then
231          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
232          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
233          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
234          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?          #- put it back once:
235          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
236            fi
237          #  This is for PTRACERS          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
238          for ii in $PTRACERS_NUM ; do          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
239              eval `echo "p0"$ii"_min=99"`          allargs=""
240              eval `echo "p0"$ii"_max=99"`          for xx in $listVar
241              eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`          do
242              eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`            case $xx in
243              tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
244              #echo 'tst = '$tst                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
245              if test "x$tst" = xt ; then                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
246                  a="trcstat_ptracer0"                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
247                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
248                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
249                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
250                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
251                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
252                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
253                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
254                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
255              fi             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
256          done             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
257               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
258          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
259          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
260          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
261          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
262          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
263          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
264          allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
265            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
266          eval "dashnum $allargs"             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
267            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
268      else             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
269          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
270      fi             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
271            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
272               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
273             'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
274             'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
275             'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;
276             'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
277             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
278             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
279             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
280             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
281             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
282             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;
283             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;
284             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
285            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
286            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
287            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
288            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
289            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
290            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
291                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
292              esac
293              if test $xx = $sVar
294              then allargs="$allargs > $yy <"
295              else allargs="$allargs $yy"
296              fi
297            done
298    
299            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
300            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
301            #-- fill line (up to standard length) with dot:
302              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
303              echo $allargs $adNul
304            else
305              echo $allargs
306            fi
307    # <-- same processing for adjoint & forward test
308  }  }
309    
310  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 304  genmakemodel() Line 325  genmakemodel()
325                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
326              else              else
327                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
328              fi              fi
329              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
330                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 312  genmakemodel() Line 332  genmakemodel()
332              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
333                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
334              fi              fi
335                if test "x$GSL" = xt ; then
336                    command="$command -gsl"
337                fi
338              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" = xt ; then
339                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
340              fi              fi
341                if test "x$TS" = xt ; then
342                    command="$command -ts"
343                fi
344                if test "x$PAPIS" = xt ; then
345                    command="$command -papis"
346                else
347                if test "x$PCLS" = xt ; then
348                    command="$command -pcls"
349                fi
350                fi
351              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
352              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
353              RETVAL=$?              RETVAL=$?
# Line 336  makeclean() Line 369  makeclean()
369  {  {
370      # makeclean directory      # makeclean directory
371      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
372          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
373      else      else
374          (          (
375              cd $1;              cd $1;
376              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
377              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
378                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
379                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
380                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
381                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
382                      tail make.log                      tail make.log
383                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
384                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
385                      return 1                      return 1
386                  fi                  fi
# Line 360  makeclean() Line 391  makeclean()
391      fi      fi
392  }  }
393    
394  postclean()  run_clean()
395  {  {
396      # postclean directory      # run_clean directory
397      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
398            echo "run_clean skipped!"
399        else
400          (          (
401              cd $1;              cd $1;
402              if test -r Makefile ; then              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
403                  $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
404              fi              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
405                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
406                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
407                find . -type l -exec rm {} \;
408                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
409                rm -rf mnc_test_*
410                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
411                echo successful 1>&2
412              exit 0              exit 0
413          )          )
414      fi      fi
# Line 438  symlink_mpifiles() Line 478  symlink_mpifiles()
478      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
479            
480      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
481      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
482    
483      #  Is this an MPI run?      #  Is this an MPI run?
484      if test "x$MPI" = xt ; then      if test "x$MPI" = xt ; then
# Line 476  symlink_mpifiles() Line 516  symlink_mpifiles()
516    
517  linkdata()  linkdata()
518  {  {
519      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
520      #      #
521      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
522      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
523          (          (
524              cd $2              cd $1 ; shift
525              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
526                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
527                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
528                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
529                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
530                      fi                      if test ! -r eedata ; then
531                  done                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
532              else                          printf 'eedata.mth ' 1>&2
                 files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
533                      fi                      fi
534                  done                  else
535                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
536                  for i in $files ; do                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
537                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then                  fi
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
                     fi  
                 done  
538              fi              fi
539                prevDir='NONE'
540                for ldir in $* ; do
541                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
542                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
543                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
544                        for i in $files ; do
545                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
546                                if test ! -r $i  ; then
547                                    printf ' '$i 1>&2
548                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
549                                fi
550                            fi
551                        done
552                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
553                            "../"$ldir"/"prepare_run
554                        fi
555                        printf ' ; ' 1>&2
556                    fi
557                    prevDir=$ldir
558                done
559          )          )
560      fi      fi
561  }  }
# Line 518  runmodel() Line 571  runmodel()
571          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
572          # make output.txt          # make output.txt
573          echo          echo
574          rm -f run.log          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
575          if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
576             ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; rm -f run.log ; fi
577             RETVAL=$?          fi
578            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
579                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00
580                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
581            fi
582            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
583                    rm -f run.log ; touch run.log
584                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
585                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
586                    RETVAL=8
587                    ENDVAL=-1
588          else          else
589             echo " $OUTPUTFILE is up to date " > run.log 2>&1              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
590             RETVAL=0                # output do not exist or is older than executable:
591                    rm -f run.log ; touch run.log
592                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
593                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
594                    RETVAL=$?
595                else
596                    RETVAL=0
597                    if test -f run.log ; then
598                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
599                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
600                    else
601                        touch run.log
602                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
603                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
604                        echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1
605                    fi
606                fi
607                ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
608          fi          fi
609          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          rm -f run.log_00
610          # echo "pwd='"`pwd`"'"          #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
611          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
612              tail run.log              tail run.log
613              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
614              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
615              # if test "x$ADM" = x ; then              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
             #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"  
             # else  
             #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"  
             # fi  
616              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
617              return 0              return 0
618          else          else
619              tail run.log              tail run.log
620              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
621              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp run.log $CDIR"/run.log"
622              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
623              return 1              return 1
# Line 553  createcodelet() Line 629  createcodelet()
629  {  {
630      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
631    
632      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
633      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
634  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
635  #include <math.h>  #include <math.h>
636  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
637    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
638    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
639    best = -22;    best = -22;
640    lncnt = 0;    lncnt = 0;
641    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
642      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
643      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
644      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
645      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
646      if (abave > 0.0) {      if ( abave == abave ) {
647        relerr=fabs(a-b)/abave;        if (abave > 0.0) {
648        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }          relerr=fabs(a-b)/abave;
649        else { linnum = -16 ; }          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
650        best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
651      }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
652          else { cmplin = -22 ; }
653       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
654          }
655       else {
656       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
657          break; }
658    }    }
659    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
660      if (linnum != -1) best=-99;
661    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
662    return 0;    return 0;
663  }  }
664  EOF  EOF
665      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
666    
667      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
668          echo "OK"          echo "OK"
669          return 0          return 0
670      else      else
# Line 599  formatresults() Line 682  formatresults()
682      nm=$1      nm=$1
683      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
684      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
685      printf '%3s' $@      listPrt=$@
686        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
687        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
688        printf '%3s' $listPrt
689    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
690    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
691            
692      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
693            printf ' N/O '
694        elif [ $xx = '--' ]; then
695            printf ' N/O '
696        elif [ $xx = 99 ]; then
697          printf ' N/O '          printf ' N/O '
698      else      else
699          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
700              printf ' pass'              printf ' pass'
701          else          else
702              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 615  formatresults() Line 707  formatresults()
707            
708  }  }
709    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
 }  
   
710  scandirs()  scandirs()
711  {  {
712      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
713          for arg in * ; do          for arg in * ; do
714              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
715          done          done
716      else      else
717          echo $*          echo $*
718      fi      fi
719  }  }
720    
# Line 653  scandirs() Line 726  scandirs()
726  debug=0  debug=0
727  verbose=1  verbose=1
728  clean=0  clean=0
 expts=''  
 # ieee=1  
729    
730  IEEE=true  IEEE=true
731  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
732      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
733  fi  fi
734    GSL=f
735    
736  CLEANUP=f  CLEANUP=f
737  QUICK=f  QUICK=f
# Line 673  BASH= Line 744  BASH=
744  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
745  ADDRESSES=  ADDRESSES=
746  TESTDIRS=  TESTDIRS=
747    SKIPDIRS=
748  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
749  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
750  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
751  COMMAND=  COMMAND=
752  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
753      MAKE=make      MAKE=make
# Line 685  if test "x$CC" = x ; then Line 757  if test "x$CC" = x ; then
757  fi  fi
758  JOBS=  JOBS=
759  MPI=f  MPI=f
760    MULTI_THREAD=f
761  OUTDIR=  OUTDIR=
762  DELDIR=  DELDIR=
763    
# Line 693  ADM= Line 766  ADM=
766  # Additional monitor types  # Additional monitor types
767  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
768    
769    MATCH_CRIT=13
770    
771  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
772    
773  ac_prev=  ac_prev=
# Line 721  for ac_option ; do Line 796  for ac_option ; do
796              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
797          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=*)
798              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
799            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
800                ac_prev=MPACKDIR ;;
801            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
802                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
803    
804          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
805              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
806          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
807              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
808    
809            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
810                ac_prev=SKIPDIRS ;;
811            -skipdir=* | --skipdir=*)
812                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
813    
814          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
815              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
816          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 752  for ac_option ; do Line 836  for ac_option ; do
836          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
837              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
838    
839            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
840            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
841    
842          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j) ac_prev=JOBS ;;
843          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
844    
# Line 772  for ac_option ; do Line 859  for ac_option ; do
859    
860          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
861    
862            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
863    
864          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
865    
866          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
867          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
868            -gsl) GSL=t ;;
869    
870          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
871          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 783  for ac_option ; do Line 873  for ac_option ; do
873    
874          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
875    
876            -ts) TS=t;;
877    
878            -papis) PAPIS=t;;
879    
880            -pcls) PCL=t;;
881    
882          -*)          -*)
883              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
884              usage              usage
# Line 803  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 899  if test "x$QUICK" = xt ; then
899      NODEPEND=t      NODEPEND=t
900  fi  fi
901    
902  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  #- setting for forward or ADM testing
     TESTDIRS=`scandirs`  
 fi  
   
 if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  
     OPTFILE=$MITGCM_OF  
 fi  
   
903  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
904        code_dir=code_ad
905        inputdir=input_ad
906        ref_outp="output_adm.txt"
907      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
     OUTPUTFILE="output.txt_adm"  
908  else  else
909        code_dir=code
910        inputdir=input
911        ref_outp="output.txt"
912      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
     OUTPUTFILE="output.txt"  
913  fi  fi
914    
915  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
916      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
917    else
918        #- expand group of experiments:
919        LIST=" "
920        for xx in $TESTDIRS
921        do
922          case $xx in
923            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
924                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
925                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
926                    ;;
927            'tutorials')
928                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
929            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
930          esac
931        done
932    fi
933    #echo 'LIST='${LIST}'<'
934    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
935    TESTDIRS=" "
936    count=0
937    for xx in $LIST
938    do
939        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
940        if test $yy = 0 ; then
941            if test -d $xx ; then
942                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
943                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
944            else count=1 ;
945                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
946            fi
947        else
948            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
949            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
950            fi
951        fi
952    done
953    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
954    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
955    
956    if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
957        OPTFILE=$MITGCM_OF
958  fi  fi
959    
960    OUTPUTFILE=$ref_outp
961  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
962      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
963  fi  fi
964    if test "x$MPI" = xt ; then
965        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
966    fi
967    
 #echo "OK"  
968  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
969    
970    # set the Default List of output variables to be checked:
971    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
972    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
973    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
974    if test "x$ADM" = x ; then
975        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
976        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
977        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
978        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
979        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
980    else
981        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
982        EMPTY_RESULTS='.. ..'
983        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
984    fi
985    
986  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
987  createcodelet  createcodelet
988    
989  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
990  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
991      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
992  else  else
993      build_mpack      build_mpack
994  fi  fi
995    
996  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
997    CMDLINE=$0
998    for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
999  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1000  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1001  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
# Line 861  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1016  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1016      exit 1      exit 1
1017  fi  fi
1018  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 printf "Start time:  " >> $SUMMARY  
1019  start_date=`date`  start_date=`date`
1020  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1021    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1022    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1023    
1024  of_path=  of_path=
1025  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 893  fi Line 1049  fi
1049  echo  echo
1050  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1051  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x ; then
1052      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1053        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1054        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1055           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1056    #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1057      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1058      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1059      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
# Line 917  if test "x$ADM" = x ; then Line 1077  if test "x$ADM" = x ; then
1077  else  else
1078      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1079      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1080        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1081        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1082        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1083        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1084      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1085  G D M    C  G  G D M    C  G
1086  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 929  fi Line 1093  fi
1093  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1094  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1095            
1096        # set builddir & rundir:
1097        builddir="build"
1098        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1099        rundir="run"
1100        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1101            rundir=$builddir
1102        fi
1103        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1104        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1105    
1106      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1107      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1108          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then
1109              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/build
1110                ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )
1111          fi          fi
1112          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1113              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir
1114                run_clean $dir/$rundir
1115          fi          fi
1116          (          (
1117              cd $dir              cd $dir
# Line 946  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1122  for dir in $TESTDIRS ; do
1122    
1123      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1124      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1125      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1126      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1127          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1128          continue          continue
# Line 962  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1133  for dir in $TESTDIRS ; do
1133    
1134      # Check for additional types of monitor output      # Check for additional types of monitor output
1135    
1136      builddir="input"      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1137      rundir="input"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1138      use_seperate_build=0          continue
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1139      fi      fi
1140            if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1141            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1142            continue
1143        fi
1144    
1145      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1146      extra_runs=      extra_runs=
1147      if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1148          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1149          echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      for exd in $ex_run_dirs ; do
1150          for exd in $ex_run_dirs ; do          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1151              name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1152              outf="$dir/results/output.txt.$name"          outf="$dir/results/$refExOut"
1153              if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1154                if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1155                    if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1156                        extra_runs="$extra_runs $name"
1157                    #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1158                    fi
1159                else
1160                  extra_runs="$extra_runs $name"                  extra_runs="$extra_runs $name"
1161              fi              fi
1162          done          fi
1163      fi      done
   
     if test "x$ADM" = x ; then  
         code_dir=code  
         CODE_DIR=$dir/code  
     else  
         code_dir=code_ad  
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
     fi  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
   
     if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then  
         echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"  
         continue  
     fi  
1164    
1165      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1166      echo      echo
1167      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1168           echo "Experiment:  $dir"
1169        else
1170           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1171        fi
1172      echo      echo
1173      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1174      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1175    
1176      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1177      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 1013  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1179  for dir in $TESTDIRS ; do
1179      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1180            
1181      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1182          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1183            makeclean $dir/$builddir \
1184                && run_clean $dir/$rundir
1185      else      else
1186          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1187              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1188                && run_clean $dir/$rundir \
1189              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1190              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1191              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1192              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
1193              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1194              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1195      fi      fi
1196            
1197      echo      echo
     if test "x$ADM" = x ; then  
1198          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1199          echo          echo
1200          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1201          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          touch $CDIR"/summary.txt"
1202            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1203          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1204          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1205          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1206          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1207            if test "x$ADM" = xt ; then
1208                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1209                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1210                                    >> $CDIR"/summary.txt"
1211            fi
1212    
1213          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1214              unset run              unset run
1215              results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'              results=$EMPTY_RESULTS
1216                #  reference output file
1217                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1218              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1219              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1220              mkdir $rel_CDIR              mkdir $rel_CDIR
1221              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1222              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1223              for ldir in input.$ex input ; do              run_clean $dir/tr_run.$ex
1224                  (              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
                     cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1  
                     ls -1 2>/dev/null \  
                         | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'  
                 ) > tr_exrun_links  
                 (  
                     cd "$dir/tr_run.$ex"  
                     cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do  
                         if test ! "x$i" = x ; then  
                             test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i  
                         fi  
                     done  
                 )  
                 test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links  
             done  
             ldir=build  
             (  
                 cd $dir/tr_run.$ex  
                 test ! -e mitgcmuv  &&  ln -s "../"$ldir"/"mitgcmuv .  
             )  
1225              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1226                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
1227              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1228              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1229              echo              echo
1230              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1231              echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              touch $CDIR"/summary.txt"
1232                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1233              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1234              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1235              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1236              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1237                if test "x$ADM" = xt ; then
1238                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1239                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1240                                       >> $CDIR"/summary.txt"
1241                fi
1242                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1243                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1244                fi
1245          done          done
     else  
         fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
         fres=$fres"$results   $dir"  
         echo  
         echo "$fres" >> $SUMMARY  
         echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                            >> $CDIR"/summary.txt"  
     fi  
1246    
1247      postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1248        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1249            makeclean $dir/$builddir \
1250                && run_clean $dir/$rundir
1251        fi
1252            
1253      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1254            
1255  done  done
1256    
1257  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1258  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1259  printf "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1260  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1261    
# Line 1130  else Line 1286  else
1286      fi      fi
1287  fi  fi
1288    
1289  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
 rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  
1290    
1291  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1292      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1293      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1294          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1295      fi      fi
1296      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1297  fi  fi
1298    
1299  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
Legend:
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changed lines
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