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revision 1.77 by jmc, Mon Mar 20 21:50:36 2006 UTC revision 1.106 by jmc, Tue Oct 23 19:36:15 2007 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
19      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
21      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
22      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
23        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
24        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
25        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
26      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
27      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
28      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
# Line 29  usage() Line 33  usage()
33      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
34      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
35      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
36      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
37      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
38        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
39        echo "                             (DEF=\"12\")"
40      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
41      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
42      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
# Line 38  usage() Line 44  usage()
44      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
45      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
46      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
47        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
48        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
49        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
50      echo      echo
51      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
52      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 85  build_mpack() Line 94  build_mpack()
94      echo "OK"      echo "OK"
95  }  }
96    
97  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
98  {  {
99      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
100      #      #
101      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
102      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
103        #  using search strings s1 and text label
104    
105      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
106          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
107      fi      fi
108      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
109          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
110          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
111          if [ $lncntA -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
112              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
113                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
114              fi              fi
115              return 99              return 99
116          fi          fi
117      else      else
118          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
119          return 99          return 99
120      fi      fi
121      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
122          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
123      fi      fi
124      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
125      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
126      if [ $lncntB -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
127          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
128              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
129          fi          fi
# Line 127  testoutput_for_prop() Line 137  testoutput_for_prop()
137      fi      fi
138      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
139      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
140          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
141          return 99          return 99
142      fi      fi
143      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
144      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
145          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
146          return 99          return 99
147      fi      fi
148      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
149          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
150      fi      fi
151      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
152      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
153          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
154      fi      fi
155      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
156          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 148  testoutput_for_prop() Line 158  testoutput_for_prop()
158      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
159      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
160      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
161      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
162      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
163          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
164              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
165          fi          fi
166          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
167      else      else
168          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
169              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
170          fi          fi
171      fi      fi
172      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
# Line 179  dashnum() Line 189  dashnum()
189      done      done
190  }  }
191    
 testoutput_ad()  
 {  
     grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt  
     grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt  
     grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt  
     grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt  
     join t05.txt t15.txt > t5.txt  
     join t06.txt t16.txt > t6.txt  
     echo "-1" >> t5.txt  
     echo "-1" >> t6.txt  
     digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`  
     digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`  
     dashnum $digits_5 $digits_6  
     rm -f t[01][56].txt t[56].txt  
 }  
   
192  check_for_add_mon_output()  check_for_add_mon_output()
193  {  {
194      # Check for additional types of monitor output      # Check for additional types of monitor output
# Line 220  check_for_add_mon_output() Line 214  check_for_add_mon_output()
214      done      done
215  }  }
216    
217  testoutput()  testoutput_run()
218  {  {
219      # testoutput directory subdir extension      # testoutput_run directory subdir reference_output
220      #      #
221      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
222      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
223          if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
224              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
225          fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
226          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
227          if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
228              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
229          fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
230          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
231          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
232          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
233          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
234          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?          for ii in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ; do
235          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?            tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
236          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?           #echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
237          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?            if test "x$tst" != xt ; then listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"` ; fi
238          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?          done
239          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){t+=($i==$1)}; print t }'`
240          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?          if test $tst != 1 ; then
241          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
242          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
243          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
244          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?          #- put it back once:
245          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
246            fi
247          #  This is for PTRACERS          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
248          for ii in $PTRACERS_NUM ; do          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
249              eval `echo "p0"$ii"_min=99"`          allargs=""
250              eval `echo "p0"$ii"_max=99"`          for xx in $listVar
251              eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`          do
252              eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`            case $xx in
253              tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
254              #echo 'tst = '$tst                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
255              if test "x$tst" = xt ; then                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
256                  a="trcstat_ptracer0"                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
257                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
258                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
259                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
260                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
261                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
262                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
263                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
264                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
265              fi             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
266          done             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
267               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
268          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
269          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
270          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
271          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
272          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
273          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
274          allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
275            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
276          eval "dashnum $allargs"             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
277            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
278      else             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
279          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
280      fi             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
281            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
282               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
283             'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
284             'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
285             'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;
286             'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
287             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
288             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
289             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
290             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
291             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
292             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;
293             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;
294             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
295            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
296            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
297            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
298            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
299            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
300            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
301                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
302              esac
303              if test $xx = $sVar
304              then allargs="$allargs > $yy <"
305              else allargs="$allargs $yy"
306              fi
307            done
308    
309            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
310            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
311            #-- fill line (up to standard length) with dot:
312              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
313              echo $allargs $adNul
314            else
315              echo $allargs
316            fi
317    # <-- same processing for adjoint & forward test
318  }  }
319    
320  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 304  genmakemodel() Line 335  genmakemodel()
335                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
336              else              else
337                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
338              fi              fi
339              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
340                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 315  genmakemodel() Line 345  genmakemodel()
345              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" = xt ; then
346                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
347              fi              fi
348                if test "x$TS" = xt ; then
349                    command="$command -ts"
350                fi
351                if test "x$PAPIS" = xt ; then
352                    command="$command -papis"
353                else
354                if test "x$PCLS" = xt ; then
355                    command="$command -pcls"
356                fi
357                fi
358              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
359              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
360              RETVAL=$?              RETVAL=$?
# Line 336  makeclean() Line 376  makeclean()
376  {  {
377      # makeclean directory      # makeclean directory
378      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
379          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
380      else      else
381          (          (
382              cd $1;              cd $1;
383              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
384              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
385                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
386                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
387                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
388                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
389                      tail make.log                      tail make.log
390                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
391                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
392                      return 1                      return 1
393                  fi                  fi
# Line 360  makeclean() Line 398  makeclean()
398      fi      fi
399  }  }
400    
401  postclean()  run_clean()
402  {  {
403      # postclean directory      # run_clean directory
404      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
405            echo "run_clean skipped!"
406        else
407          (          (
408              cd $1;              cd $1;
409              if test -r Makefile ; then              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
410                  $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
411              fi              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
412                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
413                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
414                find . -type l -exec rm {} \;
415                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
416                rm -rf mnc_test_*
417                echo successful 1>&2
418              exit 0              exit 0
419          )          )
420      fi      fi
# Line 476  symlink_mpifiles() Line 522  symlink_mpifiles()
522    
523  linkdata()  linkdata()
524  {  {
525      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
526      #      #
527      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
528      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
529          (          (
530              cd $2              cd $1 ; shift
531              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
532                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
533                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
534                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
535                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
536                        if test ! -r eedata ; then
537                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
538                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
539                      fi                      fi
540                  done                  else
541              else                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
542                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
543                  for i in $files ; do                  fi
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
                     fi  
                 done  
                 files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input_ad/"$i ; then  
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
                     fi  
                 done  
544              fi              fi
545                for ldir in $* ; do
546                    if test -d "../"$ldir ; then
547                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
548                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
549                        for i in $files ; do
550                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
551                                if test ! -r $i  ; then
552                                    printf ' '$i 1>&2
553                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
554                                fi
555                            fi
556                        done
557                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
558                            "../"$ldir"/"prepare_run
559                        fi
560                        printf ' ; ' 1>&2
561                    fi
562                done
563          )          )
564      fi      fi
565  }  }
# Line 518  runmodel() Line 575  runmodel()
575          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
576          # make output.txt          # make output.txt
577          echo          echo
578          rm -f run.log          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
579          if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
580             ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; rm -f run.log ; fi
581             RETVAL=$?          fi
582            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
583                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00
584                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
585            fi
586            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
587                    rm -f run.log ; touch run.log
588                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
589                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
590                    RETVAL=8
591                    ENDVAL=-1
592          else          else
593             echo " $OUTPUTFILE is up to date " > run.log 2>&1              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
594             RETVAL=0                # output do not exist or is older than executable:
595                    rm -f run.log ; touch run.log
596                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
597                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
598                    RETVAL=$?
599                else
600                    RETVAL=0
601                    if test -f run.log ; then
602                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
603                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
604                    else
605                        touch run.log
606                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
607                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
608                        echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1
609                    fi
610                fi
611                ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
612          fi          fi
613          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          rm -f run.log_00
614          # echo "pwd='"`pwd`"'"          #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
615          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
616              tail run.log              tail run.log
617              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
618              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
619              # if test "x$ADM" = x ; then              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
             #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"  
             # else  
             #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"  
             # fi  
620              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
621              return 0              return 0
622          else          else
623              tail run.log              tail run.log
624              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
625              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp run.log $CDIR"/run.log"
626              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
627              return 1              return 1
# Line 554  createcodelet() Line 634  createcodelet()
634      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
635    
636      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
637      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
638  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
639  #include <math.h>  #include <math.h>
640  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
641    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
642    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
643    best = -22;    best = -22;
644    lncnt = 0;    lncnt = 0;
645    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
646      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
647      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
648      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
649      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
650      if (abave > 0.0) {      if ( abave == abave ) {
651        relerr=fabs(a-b)/abave;        if (abave > 0.0) {
652        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }          relerr=fabs(a-b)/abave;
653        else { linnum = -16 ; }          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
654        best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
655      }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
656          else { cmplin = -22 ; }
657       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
658          }
659       else {
660       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
661          break; }
662    }    }
663    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
664      if (linnum != -1) best=-99;
665    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
666    return 0;    return 0;
667  }  }
668  EOF  EOF
669      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
670    
671      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
672          echo "OK"          echo "OK"
673          return 0          return 0
674      else      else
# Line 599  formatresults() Line 686  formatresults()
686      nm=$1      nm=$1
687      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
688      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
689      printf '%3s' $@      listPrt=$@
690        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
691        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
692        printf '%3s' $listPrt
693    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
694    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
695            
696      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
697            printf ' N/O '
698        elif [ $xx = '--' ]; then
699            printf ' N/O '
700        elif [ $xx = 99 ]; then
701          printf ' N/O '          printf ' N/O '
702      else      else
703          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
704              printf ' pass'              printf ' pass'
705          else          else
706              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 615  formatresults() Line 711  formatresults()
711            
712  }  }
713    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
 }  
   
714  scandirs()  scandirs()
715  {  {
716      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
717          for arg in * ; do          for arg in * ; do
718              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
719          done          done
720      else      else
721          echo $*          echo $*
722      fi      fi
723  }  }
724    
# Line 673  BASH= Line 750  BASH=
750  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
751  ADDRESSES=  ADDRESSES=
752  TESTDIRS=  TESTDIRS=
753    SKIPDIRS=
754  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
755  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
756  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
# Line 685  if test "x$CC" = x ; then Line 763  if test "x$CC" = x ; then
763  fi  fi
764  JOBS=  JOBS=
765  MPI=f  MPI=f
766    MULTI_THREAD=f
767  OUTDIR=  OUTDIR=
768  DELDIR=  DELDIR=
769    
# Line 693  ADM= Line 772  ADM=
772  # Additional monitor types  # Additional monitor types
773  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
774    
775    MATCH_CRIT=13
776    
777  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
778    
779  ac_prev=  ac_prev=
# Line 727  for ac_option ; do Line 808  for ac_option ; do
808          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
809              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
810    
811            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
812                ac_prev=SKIPDIRS ;;
813            -skipdir=* | --skipdir=*)
814                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
815    
816          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
817              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
818          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 752  for ac_option ; do Line 838  for ac_option ; do
838          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
839              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
840    
841            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
842            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
843    
844          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j) ac_prev=JOBS ;;
845          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
846    
# Line 772  for ac_option ; do Line 861  for ac_option ; do
861    
862          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
863    
864            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
865    
866          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
867    
868          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
# Line 783  for ac_option ; do Line 874  for ac_option ; do
874    
875          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
876    
877            -ts) TS=t;;
878    
879            -papis) PAPIS=t;;
880    
881            -pcls) PCL=t;;
882    
883          -*)          -*)
884              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
885              usage              usage
# Line 803  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 900  if test "x$QUICK" = xt ; then
900      NODEPEND=t      NODEPEND=t
901  fi  fi
902    
903  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  #- setting for forward or ADM testing
     TESTDIRS=`scandirs`  
 fi  
   
 if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  
     OPTFILE=$MITGCM_OF  
 fi  
   
904  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
905        code_dir=code_ad
906        input_dirs='input_ad input'
907        ref_outp="output_adm.txt"
908      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
     OUTPUTFILE="output.txt_adm"  
909  else  else
910        code_dir=code
911        input_dirs='input'
912        ref_outp="output.txt"
913      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
     OUTPUTFILE="output.txt"  
914  fi  fi
915    
916  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
917      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
918    else
919        #- expand group of experiments:
920        LIST=" "
921        for xx in $TESTDIRS
922        do
923          case $xx in
924            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
925                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
926                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
927                    ;;
928            'tutorials')
929                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
930            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
931          esac
932        done
933    fi
934    #echo 'LIST='${LIST}'<'
935    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
936    TESTDIRS=" "
937    count=0
938    for xx in $LIST
939    do
940        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
941        if test $yy = 0 ; then
942            if test -d $xx ; then
943                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
944                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
945            else count=1 ;
946                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
947            fi
948        else
949            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
950            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
951            fi
952        fi
953    done
954    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
955    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
956    
957    if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
958        OPTFILE=$MITGCM_OF
959  fi  fi
960    
961    OUTPUTFILE=$ref_outp
962  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
963      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
964  fi  fi
965    if test "x$MPI" = xt ; then
966        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
967    fi
968    
 #echo "OK"  
969  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
970    
971    # set the Default List of output variables to be checked:
972    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
973    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
974    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
975    if test "x$ADM" = x ; then
976        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
977        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
978        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
979        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
980        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
981    else
982        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
983        EMPTY_RESULTS='.. ..'
984        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
985    fi
986    
987  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
988  createcodelet  createcodelet
989    
# Line 893  fi Line 1047  fi
1047  echo  echo
1048  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1049  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x ; then
1050      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1051        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1052        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1053           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1054    #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1055      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1056      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1057      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
# Line 917  if test "x$ADM" = x ; then Line 1075  if test "x$ADM" = x ; then
1075  else  else
1076      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1077      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1078        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1079        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1080        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1081        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1082      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1083  G D M    C  G  G D M    C  G
1084  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 929  fi Line 1091  fi
1091  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1092  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1093            
1094        # set builddir & rundir:
1095        builddir="build"
1096        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1097        rundir="run"
1098        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1099            rundir=$builddir
1100        fi
1101        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1102        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1103    
1104      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1105      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1106          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then
1107              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/build
1108                ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )
1109          fi          fi
1110          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1111              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir
1112                run_clean $dir/$rundir
1113          fi          fi
1114          (          (
1115              cd $dir              cd $dir
# Line 946  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1120  for dir in $TESTDIRS ; do
1120    
1121      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1122      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1123      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1124      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1125          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1126          continue          continue
# Line 962  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1131  for dir in $TESTDIRS ; do
1131    
1132      # Check for additional types of monitor output      # Check for additional types of monitor output
1133    
1134      builddir="input"      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1135      rundir="input"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1136      use_seperate_build=0          continue
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1137      fi      fi
1138            if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1139            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1140            continue
1141        fi
1142    
1143      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1144      extra_runs=      extra_runs=
1145      if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1146          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
1147          echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"          #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1148          for exd in $ex_run_dirs ; do          for exd in $ex_run_dirs ; do
1149              name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`              name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
1150              outf="$dir/results/output.txt.$name"              outf="$dir/results/output.$name.txt"
1151              if test -f $outf -a -r $outf ; then              if test -f $outf -a -r $outf ; then
1152                  extra_runs="$extra_runs $name"                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1153                        if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1154                            extra_runs="$extra_runs $name"
1155                        #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1156                        fi
1157                    else
1158                        extra_runs="$extra_runs $name"
1159                    fi
1160              fi              fi
1161          done          done
1162      fi      fi
1163    
     if test "x$ADM" = x ; then  
         code_dir=code  
         CODE_DIR=$dir/code  
     else  
         code_dir=code_ad  
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
     fi  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
   
     if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then  
         echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"  
         continue  
     fi  
   
1164      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1165      echo      echo
1166      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1167           echo "Experiment:  $dir"
1168        else
1169           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1170        fi
1171      echo      echo
1172      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1173      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1174    
1175      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1176      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 1013  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1178  for dir in $TESTDIRS ; do
1178      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1179            
1180      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1181          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1182            makeclean $dir/$builddir \
1183                && run_clean $dir/$rundir
1184      else      else
1185          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1186              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1187                && run_clean $dir/$rundir \
1188              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1189              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1190              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1191              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
1192              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1193              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1194      fi      fi
1195            
1196      echo      echo
1197      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
1198          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1199          echo          echo
1200          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1201          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          touch $CDIR"/summary.txt"
1202            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1203          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1204          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1205          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
# Line 1038  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1207  for dir in $TESTDIRS ; do
1207    
1208          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1209              unset run              unset run
1210              results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'              results=$EMPTY_RESULTS
1211                #  reference output file
1212                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1213              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1214              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1215              mkdir $rel_CDIR              mkdir $rel_CDIR
1216              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1217              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1218              for ldir in input.$ex input ; do              run_clean $dir/tr_run.$ex
1219                  (              linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
                     cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1  
                     ls -1 2>/dev/null \  
                         | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'  
                 ) > tr_exrun_links  
                 (  
                     cd "$dir/tr_run.$ex"  
                     cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do  
                         if test ! "x$i" = x ; then  
                             test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i  
                         fi  
                     done  
                 )  
                 test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links  
             done  
             ldir=build  
             (  
                 cd $dir/tr_run.$ex  
                 test ! -e mitgcmuv  &&  ln -s "../"$ldir"/"mitgcmuv .  
             )  
1220              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1221                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
1222              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1223              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1224              echo              echo
1225              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1226              echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              touch $CDIR"/summary.txt"
1227                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1228              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1229              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1230              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1231              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1232                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1233                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1234                fi
1235          done          done
1236      else  # <-- same processing for adjoint & forward test
1237          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`      if test "x$ADM" = xt ; then
1238          fres=$fres"$results   $dir"          head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1239          echo          grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
         echo "$fres" >> $SUMMARY  
         echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
1240                             >> $CDIR"/summary.txt"                             >> $CDIR"/summary.txt"
1241      fi      fi
1242    
1243      postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1244        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1245            makeclean $dir/$builddir \
1246                && run_clean $dir/$rundir
1247        fi
1248            
1249      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1250            
# Line 1130  else Line 1282  else
1282      fi      fi
1283  fi  fi
1284    
1285  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
 rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  
1286    
1287  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1288      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1289      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1290          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1291      fi      fi
1292      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1293  fi  fi
1294    
1295  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
Legend:
Removed from v.1.77  
changed lines
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