/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.38 by edhill, Fri Mar 12 19:55:47 2004 UTC revision 1.58 by edhill, Fri Dec 10 17:36:43 2004 UTC
# Line 13  usage() Line 13  usage()
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"
15      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
16      echo "                             (DEF=\"noieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
17      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
18      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
19      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
# Line 27  usage() Line 27  usage()
27      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
28      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
29      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
30        echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
31        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
32        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
33      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
34      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
35      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
36      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
37      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
38        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
39      echo      echo
40      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
41      echo "such as:"      echo "such as:"
42        echo
43      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
44      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
45      echo      echo
46        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
47        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
48        echo
49      exit 1      exit 1
50  }  }
51    
# Line 169  testoutput_ad() Line 177  testoutput_ad()
177      rm -f t[01][56].txt t[56].txt      rm -f t[01][56].txt t[56].txt
178  }  }
179    
180    check_for_add_mon_output()
181    {
182        # Check for additional types of monitor output
183        if test "x$1" = x ; then
184            return
185        fi
186    
187        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
188            eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
189        done
190    
191        ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
192        ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
193        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
194            for jj in $ptr_add ; do
195                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
196                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
197                if test ! "x$tst" = x0 ; then
198                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
199                fi
200            done
201            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
202        done
203    }
204    
205  testoutput()  testoutput()
206  {  {
207      # testoutput directory subdir extension      # testoutput directory subdir extension
# Line 198  testoutput() Line 231  testoutput()
231          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
232          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
233          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
234          dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
235              $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd          #  This is for PTRACERS
236            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
237                eval `echo "p0"$ii"_min=99"`
238                eval `echo "p0"$ii"_max=99"`
239                eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`
240                eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`
241                tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
242                #echo 'tst = '$tst
243                if test "x$tst" = xt ; then
244                    a="trcstat_ptracer0"
245                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3
246                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`
247                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3
248                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`
249                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3
250                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`
251                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3
252                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`
253                fi
254            done
255    
256            allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"
257            allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"
258            allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"
259            allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"
260            allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"
261            allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"
262            allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"
263    
264            eval "dashnum $allargs"
265    
266      else      else
267          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
268      fi      fi
# Line 234  genmakemodel() Line 297  genmakemodel()
297              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
298              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
299              RETVAL=$?              RETVAL=$?
300              cp Makefile $CDIR              #  Reduce the size of the testing emails!
301                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
302              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
303                  tail make.log                  tail make.log
304                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
# Line 306  makemodel() Line 370  makemodel()
370          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
371              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
372              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = x ; then
373                  $MAKE >> make.log 2>&1                  if test "x$JOBS" = x ; then
374                        $MAKE >> make.log 2>&1
375                    else
376                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
377                    fi
378              else              else
379                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE adall >> make.log 2>&1
380              fi              fi
# Line 333  symlink_mpifiles() Line 401  symlink_mpifiles()
401      code_dir=$2      code_dir=$2
402      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
403      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
404        
405      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
406      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
407    
# Line 348  symlink_mpifiles() Line 416  symlink_mpifiles()
416              RETVAL=$?              RETVAL=$?
417              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
418                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
419                  #echo Linking $name to $i                      #echo Linking $name to $i
420                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
421                  fi                  fi
422              fi              fi
423          done          done
424      else      else
425      # NO: We undo any _mpi symbolically linked files          # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
426          for ii in $MPI_FILES ; do          for ii in $MPI_FILES ; do
427              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
428              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
429              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
430                  linktarg=`(cd $BUILD_DIR; readlink $name)`                  cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
431                  if test $linktarg = "../$code_dir/$name"_mpi ; then                  RETVAL=$?
432                  #echo Un-linking $name from $linktarg                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
433                        #echo Un-linking $name from $linktarg
434                      rm -f $BUILD_DIR/$name                      rm -f $BUILD_DIR/$name
435                  fi                  fi
436              fi              fi
# Line 414  runmodel() Line 483  runmodel()
483          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel ... ' 1>&2
484          # make output.txt          # make output.txt
485          echo          echo
486          echo "COMMAND='$COMMAND'"          rm -f run.log
487          echo "pwd='"`pwd`"'"          # echo "COMMAND='$COMMAND'"
488          ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1          # echo "pwd='"`pwd`"'"
489            ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1
490          RETVAL=$?          RETVAL=$?
491          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
492                tail run.log
493              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
494              if test "x$ADM" = x ; then              # === Reduce the size of the testing emails!
495                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"              # if test "x$ADM" = x ; then
496              else              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
497                  cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"              # else
498              fi              #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"
499                # fi
500                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
501              return 0              return 0
502          else          else
503              tail run.log              tail run.log
504              echo failed 1>&2              echo failed 1>&2
505              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp run.log $CDIR"/run.log"
506                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
507              return 1              return 1
508          fi          fi
509      )      )
# Line 445  createcodelet() Line 519  createcodelet()
519  #include <math.h>  #include <math.h>
520  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
521    int linnum,best,lncnt;    int linnum,best,lncnt;
522    double a,b,diff;    double a,b,abave,relerr;
523    best = -16;    best = -22;
524    lncnt = 0;    lncnt = 0;
525    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
526      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
527      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
528      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
529      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
530      if (diff > 1.e-12) {      if (abave > 0.0) {
531        diff=fabs(a-b)/diff;        relerr=fabs(a-b)/abave;
532        if (diff > 0.0) {        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)log10(relerr); }
533          linnum = (int)log10(diff);        else { linnum = -16 ; }
534          best = (best > linnum) ? best : linnum;        best = (best > linnum) ? best : linnum;
       }  
       else {  
         if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;  
       }  
535      }      }
536    }    }
537    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
# Line 469  int main( int argc, char** argv )  { Line 539  int main( int argc, char** argv )  {
539    return 0;    return 0;
540  }  }
541  EOF  EOF
542      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
543    
544      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
545          echo "OK"          echo "OK"
546          return 0          return 0
547      else      else
548          echo          echo
549          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
550            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
551          exit 1          exit 1
552      fi      fi
553  }  }
# Line 545  clean=0 Line 616  clean=0
616  expts=''  expts=''
617  # ieee=1  # ieee=1
618    
619  IEEE=  IEEE=true
620  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
621      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
622  fi  fi
# Line 566  HAVE_MPACK= Line 637  HAVE_MPACK=
637  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
638  COMMAND=  COMMAND=
639  MAKE=make  MAKE=make
640    JOBS=
641  MPI=f  MPI=f
642    DELDIR=
643    
644  ADM=  ADM=
645    
646    # Additional monitor types
647    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
648    
649  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
650    
651  ac_prev=  ac_prev=
# Line 619  for ac_option ; do Line 695  for ac_option ; do
695          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
696              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
697    
698            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
699                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
700            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
701                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
702    
703            -j) ac_prev=JOBS ;;
704            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
705    
706          -clean | --clean)          -clean | --clean)
707              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ;;
708    
# Line 642  for ac_option ; do Line 726  for ac_option ; do
726          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
727          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
728    
729            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
730    
731          -*)          -*)
732              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
733              usage              usage
# Line 675  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x Line 761  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x
761  fi  fi
762    
763  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
764      COMMAND="make output.txt"      COMMAND="$MAKE output.txt"
765  fi  fi
766    
767  echo "OK"  echo "OK"
# Line 740  fi Line 826  fi
826  echo  echo
827  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
828  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x ; then
829      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
830                  T           S           U           V      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
831  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
832  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
833  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
834  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
835            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
836  EOF          #  if test "x$tst" = xt ; then
837            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
838            line_1="$line_1        m  s"
839            line_2="$line_2  m  m  e  ."
840            line_3="$line_3  i  a  a  d"
841            line_4="$line_4  n  x  n  ."
842            #  fi
843        done
844        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
845        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
846        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
847        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
848        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
849        echo " "       | tee -a $SUMMARY
850  else  else
851      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
852      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
# Line 786  for dir in $TESTDIRS ; do Line 885  for dir in $TESTDIRS ; do
885          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
886          continue          continue
887      fi      fi
888        if test "x$ADM" = x ; then
889            check_for_add_mon_output  $fout
890        fi
891    
892        # Check for additional types of monitor output
893    
894      builddir="input"      builddir="input"
895      rundir="input"      rundir="input"
# Line 861  for dir in $TESTDIRS ; do Line 965  for dir in $TESTDIRS ; do
965          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
966          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
967    
         OLD_COMMAND=$COMMAND  
         COMMAND="./mitgcmuv > output.txt"  
968          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
969              test -e "$dir/tr_run" && rm -rf "$dir/tr_run"              test -e "$dir/tr_run.$ex" && rm -rf "$dir/tr_run.$ex"
970              mkdir "$dir/tr_run"              mkdir "$dir/tr_run.$ex"
971              links=`( cd "$dir/input" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              links=`( cd "$dir/input" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`
972              (              (
973                  cd "$dir/tr_run"                  cd "$dir/tr_run.$ex"
974                  for i in $links; do                  for i in $links; do
975                      ln -s ../input/$i $i                      ln -s ../input/$i $i
976                  done                  done
977              )              )
978              links=`( cd "$dir/input.$ex" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              links=`( cd "$dir/input.$ex" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`
979              (              (
980                  cd "$dir/tr_run"                  cd "$dir/tr_run.$ex"
981                  for i in $links; do                  for i in $links; do
982                      test -e $i  &&  rm -f $i                      test -e $i  &&  rm -f $i
983                      ln -s ../input.$ex/$i $i                      ln -s ../input.$ex/$i $i
984                  done                  done
985                  ln -s ../$builddir/mitgcmuv mitgcmuv                  ln -s ../$builddir/mitgcmuv mitgcmuv
986              )              )
987              runmodel $dir/tr_run && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
988                  && results=`testoutput $dir tr_run "."$ex`                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`
989              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
990              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
991              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
# Line 895  for dir in $TESTDIRS ; do Line 997  for dir in $TESTDIRS ; do
997              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
998              echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
999          done          done
         COMMAND=$OLD_COMMAND  
1000      else      else
1001          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1002          fres=$fres"$results   $dir"          fres=$fres"$results   $dir"
# Line 925  else Line 1026  else
1026      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1027          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1028              && gzip $DRESULTS".tar" \              && gzip $DRESULTS".tar" \
1029              && $MPACK -s MITgcm-test -m 1500000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1030          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1031          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1032              echo              echo
# Line 955  if test "x$CLEANUP" != xt ; then Line 1056  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1056      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY > tr_out.txt
1057  fi  fi
1058    
1059    if test "x$DELDIR" = xt ; then
1060        rm -rf $DRESULTS
1061    fi
1062    
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