/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.155 by jmc, Wed Jan 19 22:12:55 2011 UTC revision 1.164 by jmc, Mon Jun 27 18:45:16 2011 UTC
# Line 14  usage() Line 14  usage()
14      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
19        echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
20        echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
21      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
22      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
23      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
# Line 41  usage() Line 43  usage()
43      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
44      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
45      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
46      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"  #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
47      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"  #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
48      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
49      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
50      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
51      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
52      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
53      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
54      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
55      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
56      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
57      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
58        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
59        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
60      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
61      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
62      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
# Line 235  testoutput_run() Line 239  testoutput_run()
239            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
240          fi          fi
241          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
         #- report to this experiment local summary file ---  
         echo "MACH='$MACH'" > $locDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $1/$2/$OUTPUTFILE \  
          | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $locDIR"/summary.txt"  
242          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
243          #---          #---
244          allargs=""          allargs=""
# Line 341  genmakemodel() Line 339  genmakemodel()
339              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
340                  command="$command -optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
341              fi              fi
342              if test "x$IEEE" != x ; then              if test $OptLev = 1 ; then
343                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
344                fi
345                if test $OptLev = 0 ; then
346                    command="$command -devel"
347              fi              fi
348              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
349                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
# Line 427  run_clean() Line 428  run_clean()
428              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
429              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
430              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
431              rm -f $EXECUTABLE $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime              #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)
432                rm -f $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
433              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
434              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
435              echo successful              echo successful
# Line 463  makemodel() Line 465  makemodel()
465  {  {
466      # makemodel directory      # makemodel directory
467      (      (
468        mk_fail=0
469      if test "x$NOMAKE" = xt ; then      if test "x$NOMAKE" = xt ; then
470          cd $1;          cd $1;
471          if test -x $EXECUTABLE ; then          if test -x $EXECUTABLE ; then
472              echo "make skipped!"              echo "make skipped!"
473          else          else
474              echo "no executable!"              echo "no executable!"
475              return 2              mk_fail=3
476          fi          fi
477      else      else
478          cd $1;          cd $1;
# Line 490  makemodel() Line 493  makemodel()
493              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
494                  tail make.tr_log                  tail make.tr_log
495                  echo failed                  echo failed
496                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
497                    tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
498                  rm -f $EXECUTABLE                  rm -f $EXECUTABLE
499                  return 1                  mk_fail=1
500              else              else
501                  echo successful                  echo successful
502              fi              fi
503            else
504                echo "no Makefile !"
505                mk_fail=2
506          fi          fi
507      fi      fi
508        if test "x$ADM" = xt -a -f taf_ad.log ; then
509                head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
510                nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
511                nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
512                echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
513                                    >> $CDIR"/summary.txt"
514        fi
515        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
516      )      )
517  }  }
518    
519  mk_mpi_size()  mk_mpi_size()
520  {  {
521      # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb      # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb prefer_to_split_X
522      #      #
523      # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)      # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
524      #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;      #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
# Line 512  mk_mpi_size() Line 527  mk_mpi_size()
527      inp=$1      inp=$1
528      out=$2      out=$2
529      np=$3      np=$3
530        dirX=$4
531      tmp=TTT.$$      tmp=TTT.$$
532    
533      px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`      px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
# Line 529  mk_mpi_size() Line 545  mk_mpi_size()
545            if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then            if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
546              ij=`expr $i \* $j`              ij=`expr $i \* $j`
547              if [ $ij -gt $pp ] ; then              if [ $ij -gt $pp ] ; then
548                    flag=1
549                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
550                    flag=$dirX
551                else
552                    flag=0
553                fi
554                if test $flag = 1 ; then
555                if [ $ij -le $np ] ; then                if [ $ij -le $np ] ; then
556                  ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij                  ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
557                  #echo "  ix,jy= $ix,$jy"                  #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
# Line 679  runmodel() Line 702  runmodel()
702      (      (
703          cd $1          cd $1
704          printf 'runmodel in %s ... ' $1          printf 'runmodel in %s ... ' $1
705            if test "x$MPI" != x0 ; then
706                #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
707                #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
708                COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
709                if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
710                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
711                fi
712                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
713            fi
714          if test -L $EXECUTABLE ; then          if test -L $EXECUTABLE ; then
715            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
716              cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
# Line 690  runmodel() Line 722  runmodel()
722              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
723              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
724          fi          fi
         if test "x$MPI" != x0 ; then  
             #- adjust the MPI run command with the right number of Procs  
             #echo "COMMAND='$COMMAND'"  
             COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $NPROC_MPI /"`  
             #COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / $MFILE_MPI /"`  
             #echo "COMMAND='$COMMAND'"  
         fi  
725          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
726                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
727                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
728                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
729                  RETVAL=8              RETVAL=8
730                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
731          else          else
732              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
733                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
734                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
735                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
736                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
737                  RETVAL=$?              RETVAL=$?
738              else              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
739                  RETVAL=0              if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
740                  if test -f $RUNLOG ; then                  find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
741                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                  find . -name "*.data" -exec rm {} \;
742                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                  rm -rf mnc_test_*
                 else  
                     touch $RUNLOG  
                     if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi  
                     echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1  
                     echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1  
                 fi  
743              fi              fi
744              #ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            else
745                RETVAL=0
746              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
747                touch $RUNLOG
748                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
749                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
750              fi
751          fi          fi
752          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
753            #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE (and AD time)
754            if test -f $OUTPUTFILE ; then
755              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
756                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"
757              if test "x$ADM" = xt ; then
758                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"
759              fi
760            fi
761            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
762          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
763              echo successful              echo successful
764              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
765              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
             # === Reduce the size of the testing emails!  
             #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE  
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
766              return 0              return 0
767          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
768              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
# Line 745  runmodel() Line 775  runmodel()
775              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
776              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
777              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
778              return 1              return 1
779          fi          fi
780      )      )
# Line 847  scandirs() Line 876  scandirs()
876    
877  check_eedata()  check_eedata()
878  {  {
879      # check_eedata size.h eedata      # check_eedata eedata size.h
880      if [ $# -eq 2 ] ; then      if [ $# -eq 2 ] ; then
881        if test -f $1 -a -f $2 ; then       if test -f $1 -a -f $2 ; then
882        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`        nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
883        nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`        sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
884        if test "x$nx" = x ; then        if test "x$nx" = x ; then
885          rx=10          rx=10
886        else        else
887          rx=`expr $sx % $nx`          rx=`expr $sx % $nx`
888        fi        fi
889        sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`        ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
890        ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`        sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
891        if test "x$ny" = x ; then        if test "x$ny" = x ; then
892          ry=20          ry=20
893        else        else
894          ry=`expr $sy % $ny`          ry=`expr $sy % $ny`
895        fi        fi
896        echo `expr $rx + $ry`        echo `expr $rx + $ry`
897      else       else
898        echo '-1'        echo '-1'
899        fi       fi
900        elif [ $# -eq 1 ] ; then
901         if test -f $1 ; then
902          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
903          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
904          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
905          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
906         #echo $nx $ny
907          echo $nx
908         else
909          echo '-1'
910         fi
911      else      else
912        echo '-2'        echo '-2'
913      fi      fi
# Line 880  check_eedata() Line 920  check_eedata()
920  #  Default properties  #  Default properties
921  debug=0  debug=0
922  verbose=1  verbose=1
923  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
924    
925  IEEE=true  IEEE=true
926  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
927      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
928  fi  fi
929    OptLev=1
930  GSL=f  GSL=f
931    
932  CLEANUP=f  CLEANUP=f
# Line 895  NOMAKE=f Line 936  NOMAKE=f
936  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
937  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
938  NODEPEND=f  NODEPEND=f
939  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
940    
941  BASH=  BASH=
942  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 915  if test "x$CC" = x ; then Line 956  if test "x$CC" = x ; then
956  fi  fi
957  JOBS=  JOBS=
958  MPI=0  MPI=0
959    MPI_MFILE=
960  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
961  OUTDIR=  OUTDIR=
962  DELDIR=  DELDIR=
# Line 944  for ac_option ; do Line 986  for ac_option ; do
986    
987      case $ac_option in      case $ac_option in
988                    
989          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
990              usage ;;  
991                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
992          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
993              ac_prev=OPTFILE ;;  
994          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
995              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
996                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
997          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
998              ac_prev=ADDRESSES ;;  
999          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
1000              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
1001          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
1002              ac_prev=MPACKDIR ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
1003          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
1004              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1005            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1006          -tdir | --tdir | -t | --t)  
1007              ac_prev=TESTDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1008          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1009              TESTDIRS=$ac_optarg ;;  
1010            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1011          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1012              ac_prev=SKIPDIRS ;;  
1013          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1014              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1015    
1016          -bash | --bash | -b | --b)          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1017              ac_prev=BASH ;;          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1018          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)  
1019              BASH=$ac_optarg ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1020            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
         -command | --command | -c | --c)  
             ac_prev=COMMAND ;;  
         -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)  
             COMMAND=$ac_optarg ;;  
   
         -makedepend | --makedepend | -md | --md)  
             ac_prev=MKDEPEND ;;  
         -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*)  
             MKDEPEND=$ac_optarg ;;  
   
         -make | --make | -m | --m)  
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
1021    
1022          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1023          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
# Line 1007  for ac_option ; do Line 1025  for ac_option ; do
1025          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1026          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1027    
1028          -clean | --clean)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;  
1029    
1030          -norun | --norun | -nr | --nr)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1031              NORUN=t ;;          -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1032          -runonly | --runonly | -ro | --ro)          -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1033              QUICK=t ; NOMAKE=t ;;          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1034          -quick | --quick | -q | --q)          -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1035              QUICK=t ;;          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
1036    
1037          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1038              POSTCLEAN=t ;;          -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1039    
1040          -mpi | --mpi) MPI=2 ;;          -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1041          -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;          -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1042          -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;          -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1043    
1044            -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1045            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1046    
1047          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1048    
1049          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
   
1050          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1051    
1052          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1053          -noieee) IEEE= ;;                   printf " ... " ;;
1054          -gsl) GSL=t ;;          -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1055                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1056            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1057            -devel) OptLev=0 ;;
1058            -gsl) GSL=t ;;
1059    
1060          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1061          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 1052  for ac_option ; do Line 1069  for ac_option ; do
1069          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
1070          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1071    
1072          -*)          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1073              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              usage ;;
1074              usage          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1075              ;;              usage ;;
   
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
1076    
1077       esac       esac
1078    
# Line 1072  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1084  if test "x$QUICK" = xt ; then
1084      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1085  fi  fi
1086    
1087    #- check length of MPI machine file:
1088    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1089        if test -r $MPI_MFILE ; then
1090            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1091            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1092              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1093              usage
1094            fi
1095            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1096                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1097            fi
1098        else
1099              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1100              usage
1101        fi
1102    fi
1103    
1104  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1105  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
1106      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
# Line 1139  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1168  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1168      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1169  fi  fi
1170    
1171    LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1172  RUNLOG="run.tr_log"  RUNLOG="run.tr_log"
1173  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1174  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
# Line 1327  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1357  for dir in $TESTDIRS ; do
1357    
1358      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1359    
1360      if test "x$MPI" != "x0" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1361          if test -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" ; then          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1362              #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs          continue
             mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI  
             NPROC_MPI=$?  
             (   cd $BUILD_DIR  
                 if test -r SIZE.h.mpi ; then  
                     cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?  
                 else RETVAL=1  
                 fi  
                 if test "x$RETVAL" = x0 ; then  
                     rm -f tr_size.mpi  
                 else  
                     rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi  
                 fi  
             )  
         else  
             echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"  
             continue  
         fi  
1363      fi      fi
1364      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1365          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1366          continue          continue
1367      fi      fi
1368      if test "x$MPI" != "x0" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then  
1369          retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/input/eedata.mth"`      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1370          if test $retv != 0 ; then          prefer_X=0
1371              echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1372              continue              retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth"`
1373                if test $retv = 1 ; then prefer_X=1 ; fi
1374            fi
1375            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1376            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $prefer_X
1377            LOC_NPROC=$?
1378            (   cd $BUILD_DIR
1379                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1380                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1381                else RETVAL=1
1382                fi
1383                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1384                    rm -f tr_size.mpi
1385                else
1386                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1387                fi
1388            )
1389            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1390                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1391                rm -f $LOC_MFILE
1392                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1393                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1394                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1395                    rm -f $LOC_MFILE
1396                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1397                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1398                fi
1399                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1400                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1401                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1402                fi
1403            fi
1404            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1405                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1406                if test $retv != 0 ; then
1407                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1408                    continue
1409                fi
1410          fi          fi
1411      fi      fi
1412    
# Line 1376  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1426  for dir in $TESTDIRS ; do
1426                if test "x$MPI" = "x0" ; then                if test "x$MPI" = "x0" ; then
1427                  extra_runs="$extra_runs $name"                  extra_runs="$extra_runs $name"
1428                else                else
1429                  retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`                  retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1430                  if test $retv = 0 ; then                  if test $retv = 0 ; then
1431                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1432                  else                  else
# Line 1401  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1451  for dir in $TESTDIRS ; do
1451      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1452      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1453    
1454      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1455      locDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1456      mkdir $locDIR      mkdir $locDIR
1457        #- report to this experiment local summary file ---
1458        echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1459        echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1460        echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1461      CDIR=`pwd`"/$locDIR"      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1462    
1463      if test "x$NORUN" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
# Line 1429  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1483  for dir in $TESTDIRS ; do
1483          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1484          echo 1>&2          echo 1>&2
1485          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
         touch $locDIR"/summary.txt"  
1486          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "tdir='$dir'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         if test "x$ADM" = xt ; then  
             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"  
             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                                 >> $locDIR"/summary.txt"  
         fi  
1487    
1488          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1489              unset run              unset run
1490              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1491              #  reference output file              #  reference output file
1492              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1493              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1494              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1495              mkdir $locDIR              mkdir $locDIR
1496                #- report to this experiment local summary file ---
1497                echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1498                #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1499                #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1500              CDIR=`pwd`"/$locDIR"              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1501              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1502              run_clean $dir/$pfxdir.$ex              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
# Line 1456  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1507  for dir in $TESTDIRS ; do
1507              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1508              echo 1>&2              echo 1>&2
1509              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
             touch $locDIR"/summary.txt"  
1510              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1511              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $locDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
             if test "x$ADM" = xt ; then  
                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"  
                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$pfxdir.$ex/$OUTPUTFILE \  
                                    >> $locDIR"/summary.txt"  
             fi  
             if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then  
1512                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1513              fi              fi
1514          done          done
# Line 1499  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1543  for dir in $TESTDIRS ; do
1543          fi          fi
1544      fi      fi
1545      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1546      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1547          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1548              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1549      fi      fi
1550        if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1551    
1552      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1553    
Legend:
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