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revision 1.163 by jmc, Wed May 18 22:03:57 2011 UTC revision 1.203 by mlosch, Tue Apr 7 15:30:41 2015 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14        echo " ---- type of test : ----"
15        echo "  (-tlm)                   perform a Tangent Linear run"
16        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
17        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
18      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
19      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
20      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
21      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
22      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run (e.g., if non-standard MPI setting)"
23      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                            DEF='mitgcmuv' or ='mpirun -np TR_NPROC mitgcmuv'"
24        echo " ---- testing options : ----"
25        echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
26        echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
27        echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
28        echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
29      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
30      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
     echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"  
     echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"  
     echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"  
     echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"  
     echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"  
31      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
32      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
33      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
# Line 31  usage() Line 35  usage()
35      echo "                              test THIS_EXP + all the following)"      echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
36      echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
37      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
38      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
39      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
40        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
41        echo " ---- system options : ----"
42        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or \"sh\" shell"
43      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
44      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
45      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"      echo "  (-ncad)                  use genmake2 option \"-nocat4ad\" (-ncad)"
46      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"      echo "  (-small_f)               make target small_f before making target all"
47      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
48      echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
49      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
50      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
51      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo " ---- output options : ----"
 #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"  
 #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"  
52      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
53      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
54      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
55        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
56        echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
57        echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
58        echo "  (-send)       STRING     sending command (instead of using mpack)"
59        echo "  (-savdir|-sd) STRING     location to save output tar file to send (DEF='$SAVDIR')"
60        echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
61        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
62        echo " -- do only some parts: --"
63      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
64      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
65        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
66      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
67      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
68      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
# Line 57  usage() Line 71  usage()
71      echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"      echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
72      echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"      echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
73      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
     echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"  
     echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"  
     echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"  
74      echo      echo
75      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
76      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 114  testoutput_var() Line 125  testoutput_var()
125      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
126      #      #
127      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
128      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/$reference_output
129      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
130    
131      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
132          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
133      fi      fi
134      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
135          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | nl > ${TMP}a.txt
136          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l ${TMP}a.txt | awk '{print $1}' `
137          if [ $lncntA -lt 2 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
138              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
139                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
140              fi              fi
141              return 99              rm -f ${TMP}a.txt ; return 99
142          fi          fi
143      else      else
144          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
145          return 99          return 99
146      fi      fi
147      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
148          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$5 1>&2
149      fi      fi
150      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/$5 | sed 's/.*=//' | nl > ${TMP}b.txt
151      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l ${TMP}b.txt | awk '{print $1}' `
152      if [ $lncntB -lt 2 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
153          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
154              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
155          fi          fi
156          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
157      fi      fi
158      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
159          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
160              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
161          fi          fi
162          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
163      fi      fi
164      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat ${TMP}a.txt | grep -i nan | wc -l`
165      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
166          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
167          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
168      fi      fi
169      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat ${TMP}a.txt | grep -i inf | wc -l`
170      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
171          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
172          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
173      fi      fi
174      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
175          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt 1>&2
176      fi      fi
177      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
178        join ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' | sed -e 's|:||g' > ${TMP}c.txt
179      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
180          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
181      fi      fi
182      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
183          cat tmp3.txt 1>&2          cat ${TMP}c.txt 1>&2
184      fi      fi
185      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> ${TMP}c.txt
186      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < ${TMP}c.txt`
     cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt  
     digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`  
187      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
188          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
189              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
# Line 184  testoutput_var() Line 194  testoutput_var()
194              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
195          fi          fi
196      fi      fi
197      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ${TMP}c.txt
198    
199      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
200  }  }
# Line 195  testoutput_run() Line 205  testoutput_run()
205      #      #
206      #  test output from 1 run in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
207  # --> same processing for adjoint & forward test  # --> same processing for adjoint & forward test
208          # default list of output variables to be checked:          # default list of output variables to be checked:
209          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
210          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
211          listChk=$DEF_CHECK_LIST          listChk=$DEF_CHECK_LIST
212          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
213          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
214          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
215          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
216          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
217                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
218          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
219          # check for ptracer output in reference_output file :          # set ref.outp file-name and, if compressed, uncompress it into subdir
220          outpref=$1/results/$3          refoutp=results/$3
221          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"          if test ! -r $1/results/$3 ; then
222          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"            if test -r $1/results/${3}.gz ; then
223          for ii in $PTRACERS_NUM ; do              tmpNam1=$3
224                tmpNam2=`echo $tmpNam1 | sed 's/\..*\././'`
225                if test "x$tmpNam1" = "x$tmpNam2" ; then
226                    tmpNam1=`echo $tmpNam2 | sed 's/\./.std./'`
227                fi
228                refoutp=$2/$tmpNam1
229                if [ $debug -gt 0 ]; then
230                    echo "testoutput_run: gunzip 'results/$3.gz' into '$refoutp'" 1>&2
231                fi
232                gzip -cd $1/results/${3}.gz > $1/$refoutp
233              else
234                echo "missing reference output file '$3' (.gz) in '$1/results/'"
235              fi
236            fi
237            # check for ptracer output in reference_output file :
238            if test $KIND = 0 ; then
239              ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
240              ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
241              for ii in $PTRACERS_NUM ; do
242              ptrfound=0              ptrfound=0
243              for jj in $ptr_mon ; do              for jj in $ptr_mon ; do
244                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
245                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`                  tst=`grep $name $1/$refoutp | wc -l | awk '{print $1}'`
246                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
247              done              done
248              if test $ptrfound = '1' ; then              if test $ptrfound = '1' ; then
249                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
250              else              else
251                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
               if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  
252                # remove this ptr from the list of output variable to check                # remove this ptr from the list of output variable to check
253                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
254                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
               fi  
255              fi              fi
256          #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2            # eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
257          done            done
258          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`          fi
259          if test $tst != 1 ; then          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
260            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2          if test $tst != 1 ; then
261                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
262            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
263          #- put it back once:            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
264            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`          #- put it back once:
265          fi            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
266            fi
267          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
268          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
269          #---          #---
270          allargs=""          allargs=""
271          for xx in $listVar          for xx in $listVar
272          do          do
273            case $xx in            case $xx in
274             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
275                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
276                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $refoutp ; yy=$?
277                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
278            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  ref_cost_function" "ADM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
279            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;           'AdGrd') testoutput_var $1 "ADM  adjoint_gradient"  "ADM Ad Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
280             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'FDGrd') testoutput_var $1 "ADM  finite-diff_grad"  "ADM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
281             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;          'tlmCst') testoutput_var $1 "TLM  ref_cost_function" "TLM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
282             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;          'tlmGrd') testoutput_var $1 "TLM  tangent-lin_grad"  "TLM TL Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
283             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;          'fwdGrd') testoutput_var $1 "TLM  finite-diff_grad"  "TLM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
284             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
285             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
286             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
287             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
288             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
289             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
290             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
291             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
292             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
293             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
294             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
295             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
296               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
297               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
298               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
299               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
300          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
301             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
302          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
303             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
304          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
305             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
306          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
307             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
308           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
309           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
310           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
311           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
312           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
313           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
314           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
315           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
316           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
317           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
318           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
319           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
320          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;           'uSImn') testoutput_var $1 "seaice_uice_min"   "SIce Uice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
321          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSImx') testoutput_var $1 "seaice_uice_max"   "SIce Uice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
322          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSIav') testoutput_var $1 "seaice_uice_mean"  "SIce Uice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
323          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;           'uSIsd') testoutput_var $1 "seaice_uice_sd"    "SIce Uice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
324          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImn') testoutput_var $1 "seaice_vice_min"   "SIce Vice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
325          'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImx') testoutput_var $1 "seaice_vice_max"   "SIce Vice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
326                *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;           'vSIav') testoutput_var $1 "seaice_vice_mean"  "SIce Vice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
327            esac           'vSIsd') testoutput_var $1 "seaice_vice_sd"    "SIce Vice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
328            if test $xx = $sVar          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
329            then allargs="$allargs > $yy <"          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
330            else allargs="$allargs $yy"          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
331            fi          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Glob-ave"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
332          done          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South-av"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
333            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North-av"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
334            'HthMxS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_max_S" "thSIc H South-max" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
335            'HthMxN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_max_N" "thSIc H North-max" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
336             'sbo_M') testoutput_var $1 "sbo_mass"          "SBO mass"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
337             'sboFW') testoutput_var $1 "sbo_mass_fw"       "SBO m-FW"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
338             'sboAc') testoutput_var $1 "sbo_zoamc"         "SBO AM-C"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
339             'sboAp') testoutput_var $1 "sbo_zoamp"         "SBO AM-P"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
340            'StrmIc') testoutput_var $1 "STREAMICE_FP_ERR" "StreamIce Solver" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
341                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
342              esac
343              if test $xx = $sVar
344              then allargs="$allargs > $yy <"
345              else allargs="$allargs $yy"
346              fi
347            done
348    
349          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
350          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
351          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
352            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
353            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
354          else          else
355            echo $allargs            echo $allargs
356          fi          fi
357  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
# Line 328  genmakemodel() Line 374  genmakemodel()
374              if test "x$MKDEPEND" != x ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
375                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
376              fi              fi
377              if test "x$ADM" = xt ; then              if test $KIND = 4 ; then
378                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command -oad -mods=../$code_dir"
             elif test "x$OADM" = xt ; then  
                 command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"  
379              else              else
380                  command="$command -mods=../code"                  command="$command -mods=../$code_dir"
381              fi              fi
382              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
383                  command="$command -optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
384              fi              fi
385              if test "x$IEEE" != x ; then              if test $OptLev = 1 ; then
386                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
387              fi              fi
388                if test $OptLev = 0 ; then
389                    command="$command -devel"
390                fi
391              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
392                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
393              fi              fi
# Line 354  genmakemodel() Line 401  genmakemodel()
401              if test "x$USE_R4" = xt ; then              if test "x$USE_R4" = xt ; then
402                  command="$command -use_r4"                  command="$command -use_r4"
403              fi              fi
404                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
405                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
406                fi
407                if test "x$NOCATAD" = xt ; then
408                    command="$command -nocat4ad"
409                fi
410              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
411                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
412              fi              fi
# Line 384  genmakemodel() Line 437  genmakemodel()
437  makeclean()  makeclean()
438  {  {
439      # makeclean directory      # makeclean directory
440      if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi      if test "x$NOGENMAKE" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
441      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
442          echo "make Clean skipped!"          echo "make Clean skipped!"
443      else      else
# Line 416  run_clean() Line 469  run_clean()
469      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
470          echo "run_clean skipped!"          echo "run_clean skipped!"
471      else      else
472          (        (
473              cd $1;          cd $1;
474              printf 'clean run-dir ... '          printf 'clean run-dir ... '
475              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"          # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
476              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;          find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
477              find . -name "*.data" -exec rm {} \;          find . -name "*.data" -exec rm {} \;
478              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;          find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
479              find . -type l -exec rm {} \;          find . -type l -exec rm {} \;
480              #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)          #- should remove executable only if sym-link (already done above)
481              rm -f $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime          rm -f $RUNLOG *.txt STDOUT.* STDERR.* *diagnostics.log *.[0-9][0-9][0-9][0-9].log
482              rm -rf mnc_test_*          rm -f datetime costfinal divided.ctrl snapshot* output_adm.*.diva_*
483              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000          rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
484              echo successful          rm -f oad_cp.[0-9][0-9][0-9].?????
485              exit 0          rm -rf mnc_test_*
486          )          echo successful
487            exit 0
488          )
489      fi      fi
490  }  }
491    
# Line 473  makemodel() Line 528  makemodel()
528      else      else
529          cd $1;          cd $1;
530          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
531              printf 'make ... '              if test "x$MKSMALLF" = xt ; then
532              if test "x$ADM" = xt ; then                  printf 'make small_f ... '
533                  $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1                  $MAKE_CMD small_f >> make.tr_log 2>&1
534              elif test "x$OADM" = xt ; then                  RETVAL=$?
535                  $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
536              else                      tail make.tr_log
537                  if test "x$JOBS" = x ; then                      echo failed
538                      $MAKE >> make.tr_log 2>&1                      cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
539                        tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
540                        rm -f $EXECUTABLE
541                        mk_fail=1
542                  else                  else
543                      $MAKE -j $JOBS >> make.tr_log 2>&1                      echo successful
544                  fi                  fi
545              fi              fi
546                printf 'make ... '
547                $MAKE_CMD $TARG >> make.tr_log 2>&1
548              RETVAL=$?              RETVAL=$?
549              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
550                  tail make.tr_log                  tail make.tr_log
# Line 501  makemodel() Line 561  makemodel()
561              mk_fail=2              mk_fail=2
562          fi          fi
563      fi      fi
564      if test "x$ADM" = xt -a -f taf_ad.log ; then      if test $KIND = 1 -a -f taf_ftl.log ; then
565              head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"          head -1 taf_ftl.log >> $CDIR"/summary.txt"
566              nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`      fi
567              nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`      if test $KIND = 2 -a -f taf_ad.log ; then
568              echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \          head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
569            nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
570            nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
571            if test -f taf_output ; then
572                n2er=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_output`
573                n3er=`grep -c '\*ERROR\* ' taf_output`
574                nerr=`expr $nerr + $n2er + $n3er`
575            fi
576            echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
577                                  >> $CDIR"/summary.txt"                                  >> $CDIR"/summary.txt"
578      fi      fi
579      if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi      if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
# Line 514  makemodel() Line 582  makemodel()
582    
583  mk_mpi_size()  mk_mpi_size()
584  {  {
585      # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb prefer_to_split_X      # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb threads_Nb_X threads_Nb_Y
586      #      #
587      # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)      #  make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
588      #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;      #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
589      # return the effective number of processors.      #  ensure that enough tiles per proc (nSx,nSy) remain for the given
590        #     number of threads (nTx,nTy) ;
591        #  return the effective number of processors.
592    
593      inp=$1      inp=$1
594      out=$2      out=$2
595      np=$3      np=$3
596      dirX=$4      tx=$4
597        ty=$5
598      tmp=TTT.$$      tmp=TTT.$$
599    
600        # dirX : select with direction to favor in MPI process repartition
601        #   dirX=1 : prefer to put more proc in X direction
602        #   dirX=0 : prefer to put more proc in Y direction
603        dirX=0
604    
605      px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`      px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
606      py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`      py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
607      sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`      sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
608      sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`      sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
609    
610        #- for each direction, assume # of threads is a multiple of total number of tiles
611        nx=$px
612        if [ `expr $sx % $tx` -ne 0 -a `expr $sx \* $px % $tx` -eq 0 ] ; then
613            nx=`expr $sx \* $px / $tx`
614            if [ $verbose -gt 1 ]; then
615                echo " change px from $px to $nx to accommodate $tx threads"
616            fi
617        fi
618        ny=$py
619        if [ `expr $sy % $ty` -ne 0 -a `expr $sy \* $py % $ty` -eq 0 ] ; then
620            ny=`expr $sy \* $py / $ty`
621            if [ $verbose -gt 1 ]; then
622                echo " change py from $py to $ny to accommodate $ty threads"
623            fi
624        fi
625      #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np      #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
626      pp=0      pp=0
627      i=1      i=1
628      while [ $i -le $px ] ; do      while [ $i -le $nx ] ; do
629        if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then        if [ `expr $nx % $i` -eq 0 ] ; then
630          j=1          j=1
631          while [ $j -le $py ] ; do          while [ $j -le $ny ] ; do
632            if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then            if [ `expr $ny % $j` -eq 0 ] ; then
633              ij=`expr $i \* $j`              ij=`expr $i \* $j`
634              if [ $ij -gt $pp ] ; then              if [ $ij -gt $pp ] ; then
635                  flag=1                  flag=1
# Line 631  linkdata() Line 722  linkdata()
722          (          (
723              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
724              echo 'linkdata from dirs:' $*              echo 'linkdata from dirs:' $*
725              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
726              for xx in $inpMPI ; do              for xx in $inpMPI ; do
727                if test -r "../"$1"/"$xx ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
728                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
729                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
730                  if test "x$MPI" = "x0" ; then                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
731                      # not mpi test: remove symbolic link                      # not mpi test: remove symbolic link
# Line 666  linkdata() Line 757  linkdata()
757              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
758              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
759                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
760                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
761                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
762                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
763                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 701  runmodel() Line 792  runmodel()
792          if test "x$MPI" != x0 ; then          if test "x$MPI" != x0 ; then
793              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
794              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
795              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC/ $LOC_NPROC/"`
796              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
797                COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`                COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
798              fi              fi
# Line 714  runmodel() Line 805  runmodel()
805            else rm -f $EXECUTABLE            else rm -f $EXECUTABLE
806            fi            fi
807          fi          fi
808          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
809              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
810              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
811          fi          fi
812          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
813              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
814              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
815              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
816              RETVAL=8              RETVAL=8
817              ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
818          else          else
819            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
820              # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
821              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
822              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
823            #- Divided Adjoint Run:
824            #  get the number of additional runs (add_DIVA_runs) from file "run_ADM_DIVA"
825                if test $KIND = 2 -a -f run_ADM_DIVA ; then
826                  adm_diva_nb=`sed -n '/^ *add_DIVA_runs\>.*=/p' run_ADM_DIVA | sed 's/ //g'`
827                  echo " Divided Adjoint Run: $adm_diva_nb" >> $RUNLOG
828                  eval "let $adm_diva_nb"
829                  if [ $add_DIVA_runs -ge 1 ] ; then
830                    rm -f costf* divided.ctrl snapshot*
831                    echo -n "(add_DIVA_runs=$add_DIVA_runs) ... "
832                    for ii in `seq 1 $add_DIVA_runs` ; do
833                      ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
834                      echo " additional DIVA run # $ii : done" >> $RUNLOG
835                      mv -f $OUTPUTFILE ${OUTPUTFILE}.diva_${ii}
836                    done
837                  fi
838                fi
839            #- special DIVA processing ends here
840              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
841              RETVAL=$?              RETVAL=$?
842              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
# Line 742  runmodel() Line 850  runmodel()
850              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
851              touch $RUNLOG              touch $RUNLOG
852              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
853              echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1              echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
854            fi            fi
855          fi          fi
856          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
857          #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE (and AD time)          #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE and time
858          if test -f $OUTPUTFILE ; then          if test -f $OUTPUTFILE ; then
859            grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \            grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
860                  | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"                  | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
861            if test "x$ADM" = xt ; then  #         grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE \
862              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"  #               | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
863            fi  #         some implementations of grep cannot do contextual searches so we
864    #         replace the above with a sed command
865              cat $OUTPUTFILE | sed -n '/Seconds in section "ALL/{N
866              N
867              N
868              p
869              }' | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
870          fi          fi
871          if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi          if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
872          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
# Line 854  formatresults() Line 968  formatresults()
968          fi          fi
969      fi      fi
970      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
971        if test $KIND = 2 ; then
972            #-- apppend taf repport summary:
973            tafrep=`grep -c '^ TAF reports ' $CDIR/summary.txt`
974            if test $tafrep = 1 ; then
975                grep '^ TAF reports ' $CDIR/summary.txt | awk '{printf "  (e=%i, w=%i)",$3,$6}'
976            fi
977        fi
978      printf '\n'      printf '\n'
979    
980  }  }
# Line 862  scandirs() Line 983  scandirs()
983  {  {
984      if [ $# -eq 1 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
985          for arg in * ; do          for arg in * ; do
986              test -f $arg/$1 && echo $arg             #test -f $arg/$1 && echo $arg
987                test -f $arg/$1 -o -f $arg/$1.gz && echo $arg
988          done          done
989      else      else
990          echo $*          echo $*
# Line 918  debug=0 Line 1040  debug=0
1040  verbose=1  verbose=1
1041  NBLINES_MKLOG=16000  NBLINES_MKLOG=16000
1042    
1043  IEEE=true  OptLev=1
 if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  
     IEEE=$MITGCM_IEEE  
 fi  
1044  GSL=f  GSL=f
1045    
1046  CLEANUP=f  CLEANUP=f
# Line 941  SKIPDIRS= Line 1060  SKIPDIRS=
1060  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
1061  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
1062  MPACK=  MPACK=
1063    SENDCMD=
1064    SAVDIR='.'
1065  COMMAND=  COMMAND=
1066  MKDEPEND=  MKDEPEND=
1067  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
1068      MAKE=make      MAKE=make
1069  fi  fi
1070    MAKE_CMD=
1071  if test "x$CC" = x ; then  if test "x$CC" = x ; then
1072      CC=cc      CC=cc
1073  fi  fi
1074  JOBS=  JOBS=
1075    TARG=
1076  MPI=0  MPI=0
1077  MPI_MFILE=  MPI_MFILE=
1078  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
1079  OUTDIR=  OUTDIR=
1080  DELDIR=  DELDIR=
1081  USE_R4=  USE_R4=
1082    EXTRFLG=
1083  ADM=  NOCATAD=
1084  OADM=  MKSMALLF=
1085    
1086    #- type of testing (KIND):
1087    #   KIND=0 : forward (= default) ;  KIND=1 : Tangent Linear with TAF ;
1088    #   KIND=2 : Adjoint with TAF ;     KIND=4 : Adjoint with OpenAD
1089    KIND=0
1090    
1091  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
1092  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
# Line 991  for ac_option ; do Line 1119  for ac_option ; do
1119          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
1120          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
1121    
1122            -send | --send ) ac_prev=SENDCMD ;;
1123            -send=* | --send=* ) SENDCMD=$ac_optarg ;;
1124            -savdir | --savdir | -sd | --sd ) ac_prev=SAVDIR ;;
1125            -savdir=* | --savdir=* | -sd=* | --sd=* ) SAVDIR=$ac_optarg ;;
1126    
1127          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
1128          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
1129          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
# Line 1008  for ac_option ; do Line 1141  for ac_option ; do
1141          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1142          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1143    
1144            -repl_mk | --repl_mk ) ac_prev=MAKE_CMD ;;
1145            -repl_mk=* | --repl_mk=*) MAKE_CMD=$ac_optarg ;;
1146    
1147          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1148          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1149    
# Line 1020  for ac_option ; do Line 1156  for ac_option ; do
1156          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1157          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1158    
1159            -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1160            -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1161    
1162          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
1163    
1164          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1165            -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1166          -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;          -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1167          -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;          -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1168          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
# Line 1041  for ac_option ; do Line 1181  for ac_option ; do
1181    
1182          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1183    
1184          -adm | -ad) ADM=t ;;          -tlm) if test $KIND = 0 ; then KIND=1 ; else
1185          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;                  echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1186                  fi ;;
1187          -ieee) IEEE=true ;;          -adm | -ad) if test $KIND = 0 ; then KIND=2 ; else
1188          -noieee) IEEE= ;;                  echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1189                  fi ;;
1190            -oad) if test $KIND = 0 ; then KIND=4 ; NODEPEND=t ; else
1191                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1192                  fi ;;
1193            -ncad) NOCATAD=t ;;
1194            -small_f) MKSMALLF=t ;;
1195    
1196            -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1197                     printf " ... " ;;
1198            -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1199                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1200            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1201            -devel) OptLev=0 ;;
1202          -gsl) GSL=t ;;          -gsl) GSL=t ;;
1203    
1204          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
# Line 1058  for ac_option ; do Line 1211  for ac_option ; do
1211    
1212          -ts) TS=t;;          -ts) TS=t;;
1213          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
1214          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCLS=t;;
1215    
1216          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1217              usage ;;              usage ;;
# Line 1074  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1227  if test "x$QUICK" = xt ; then
1227      NOCLEAN=t      NOCLEAN=t
1228      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1229  fi  fi
1230    if test "x$MAKE_CMD" = x ; then MAKE_CMD=$MAKE ; fi
1231    
1232  #- check length of MPI machine file:  #- check length of MPI machine file:
1233  if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then  if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1234      if test -r $MPI_MFILE ; then      if test -r $MPI_MFILE ; then
1235          nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`          nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1236          if [ $nl -lt $MPI ] ; then          if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1237            echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"            echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1238            usage            usage
1239          fi          fi
1240          if [ $verbose -gt 1 ]; then          if [ $verbose -gt 1 ]; then
1241              echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"              echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1242          fi          fi
1243      else      else
1244            echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"            echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1245            usage            usage
1246      fi      fi
1247  fi  fi
1248    
1249  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1250  if test "x$ADM" = xt ; then  if test $KIND = 1 ; then
1251        TARG=ftlall
1252        code_dir=code_ad
1253        inputdir=input_ad
1254        ref_outp="output_tlm.txt"
1255        EXECUTABLE="mitgcmuv_ftl"
1256    elif test $KIND = 2 ; then
1257        if test "x$TARG" = xobj ; then TARG=adobj ; else TARG=adall ; fi
1258      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
1259      inputdir=input_ad      inputdir=input_ad
1260      ref_outp="output_adm.txt"      ref_outp="output_adm.txt"
1261      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1262  elif test "x$OADM" = xt ; then  elif test $KIND = 4 ; then
1263        TARG=adAll
1264      code_dir=code_oad      code_dir=code_oad
1265      inputdir=input_oad      inputdir=input_oad
1266      ref_outp="output_oadm.txt"      ref_outp="output_oadm.txt"
# Line 1109  else Line 1271  else
1271      ref_outp="output.txt"      ref_outp="output.txt"
1272      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
1273  fi  fi
1274    if test "x$JOBS" != x ; then TARG="-j $JOBS $TARG" ; fi
1275    
1276  xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`  xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1277  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
# Line 1147  do Line 1310  do
1310              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1311          fi          fi
1312      else      else
1313          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1314          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1315          fi          fi
1316      fi      fi
# Line 1161  fi Line 1324  fi
1324    
1325  LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'  LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1326  RUNLOG="run.tr_log"  RUNLOG="run.tr_log"
1327  OUTPUTFILE=$ref_outp  if test "x$MPI" = x0 ; then
1328  if test "x$COMMAND" = x ; then    OUTPUTFILE=$ref_outp
1329      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"    if test "x$COMMAND" = x ; then COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE" ; fi
1330  fi  else
1331  if test "x$MPI" != x0 ; then    OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1332      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"    if test "x$COMMAND" = x ; then COMMAND="mpirun -v -np TR_NPROC ./$EXECUTABLE" ; fi
1333  fi  fi
1334    
1335  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"  echo "OK (COMMAND='$COMMAND')"
1336    
1337    #TMP=./tr_$$
1338    #- try to put temporary files in system-local /tmp dir
1339    TMP=/tmp/tr_${USER}_$$
1340    touch $TMP ; retVal=$?
1341    if [ $retVal -eq 0 ] ; then
1342      if test ! -r $TMP ; then TMP=./tr_$$ ; fi
1343    else
1344      TMP=./tr_$$
1345    fi
1346    rm -f $TMP
1347    if [ $verbose -gt 1 ]; then echo " temp files: $TMP" ; fi
1348    
1349  # set the Default List of output variables to be checked:  # set the Default List of output variables to be checked:
1350  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1351  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1352  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1353  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 1 ; then
1354        DEF_CHECK_LIST='tlmGrd tlmCst tlmGrd fwdGrd'
1355        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1356        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1357    elif test $KIND = 2 -o $KIND = 4 ; then
1358        DEF_CHECK_LIST='AdGrd Cost AdGrd FDGrd'
1359        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1360        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1361    else
1362      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1363      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1364      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1365      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1366      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
 else  
     DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'  
     EMPTY_RESULTS='.. ..'  
     LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`  
1367  fi  fi
1368    
1369  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1370  if test -x tr_cmpnum ; then  if test "x$CLEANUP" = xt -o -x tr_cmpnum ; then
1371      echo "skipping comparison code build"      echo "skipping comparison code build"
1372  else  else
1373      createcodelet      createcodelet
1374  fi  fi
1375    
1376  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1377  if test "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x -o "x$SENDCMD" != x ; then
1378      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1379  else  else
1380      build_mpack      build_mpack
1381        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then SENDCMD=$MPACK ; fi
1382  fi  fi
1383    
1384  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1385  CMDLINE=$0  CMDLINE=$0
1386  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1387      if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"      if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx" ; else
1388                          else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi        nb=`echo $xx | grep -c '='`
1389          if test $nb = 0 ; then CMDLINE="$CMDLINE '$xx'"
1390          else yy=`echo "$xx'" | sed "s/=/='/"` ;
1391                                 CMDLINE="$CMDLINE $yy" ; fi
1392        fi
1393  done  done
 #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done  
1394  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1395  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1396  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
# Line 1215  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_" Line 1398  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1398  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1399      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1400  else  else
1401      short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`     #short_name=`hostname -s | tr '[:upper:]' '[:lower:]'`
1402       # hostname -s is not universal (does work on AIX system)
1403        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//' | tr '[:upper:]' '[:lower:]'`
1404      BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1405  fi  fi
1406  DNUM=0  DNUM=0
# Line 1252  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1437  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1437          echo >> $SUMMARY          echo >> $SUMMARY
1438          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1439      else      else
1440          echo | tee $SUMMARY          echo | tee -a $SUMMARY
1441          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee -a $SUMMARY
1442          exit 1          exit 1
1443      fi      fi
1444  else  else
# Line 1263  else Line 1448  else
1448  fi  fi
1449  echo  echo
1450  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1451  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 0 ; then
1452      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      line_0=`printf '%s %2i' 'default' $MATCH_CRIT`
     then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi  
1453         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1454      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1455      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="e p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1456      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="n n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1457      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1458      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1459          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
# Line 1279  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1462  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1462          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1463          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
1464      done      done
1465    else
1466        line_0=`printf '%s %2i' 'default   ' $MATCH_CRIT`
1467      if test $KIND = 1 ; then
1468       #echo "TANGLIN=true" >> $SUMMARY
1469        echo "TangLin generated by TAF" >> $SUMMARY
1470      elif test $KIND = 3 ; then
1471        echo "TangLin generated by OpenAD" >> $SUMMARY
1472      elif test $KIND = 2 ; then
1473       #echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1474        echo "Adjoint generated by TAF" >> $SUMMARY
1475      else
1476        echo "Adjoint generated by OpenAD" >> $SUMMARY
1477      fi
1478      if test $KIND = 1 -o $KIND = 3 ; then
1479        line_1="G D M    C  T  F"
1480        line_2="e p a R  o  L  D"
1481      else
1482        line_1="G D M    C  A  F"
1483        line_2="e p a R  o  d  D"
1484      fi
1485        line_3="n n k u  s  G  G"
1486        line_4="2 d e n  t  r  r"
1487        echo >> $SUMMARY
1488    fi
1489    if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1490      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1491      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1492      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1493      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1494      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1495      echo " "       | tee -a $SUMMARY      echo ""        | tee -a $SUMMARY
 else  
     echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY  
     echo >> $SUMMARY  
     if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;  
     then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi  
     echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY  
     cat << EOF | tee -a $SUMMARY  
 G D M    C  G  
 E p a R  o  r  
 N n k u  s  a  
 2 d e n  t  d  
   
 EOF  
1496  fi  fi
1497  echo "-------------------------------------------------------------------------------"  echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1498    
# Line 1324  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1518  for dir in $TESTDIRS ; do
1518              rm -f $EXECUTABLE *.bak              rm -f $EXECUTABLE *.bak
1519              rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log              rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1520              rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log              rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1521                rm -rf mpi_headers
1522          )          )
1523          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1524              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1525              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1526          fi          fi
1527          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
# Line 1341  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1536  for dir in $TESTDIRS ; do
1536      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1537      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1538      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1539      if test ! -r $fout ; then     #if test ! -r $fout ; then
1540        if test ! -r $fout -a ! -r ${fout}.gz ; then
1541          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1542          continue          continue
1543      fi      fi
# Line 1358  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1554  for dir in $TESTDIRS ; do
1554      fi      fi
1555    
1556      if test "x$MPI" != "x0" ; then      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1557          prefer_X=0          ntx=1 ; nty=1
1558          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1559              retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth"`            ff=$dir"/input/eedata.mth"
1560              if test $retv = 1 ; then prefer_X=1 ; fi            ntx=`grep "^ *nTx *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
1561              nty=`grep "^ *nTy *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
1562              if test "x$ntx" = x ; then ntx=1 ; fi
1563              if test "x$nty" = x ; then nty=1 ; fi
1564          fi          fi
1565          #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs          #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1566          mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $prefer_X          mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $ntx $nty
1567          LOC_NPROC=$?          LOC_NPROC=$?
1568          (   cd $BUILD_DIR          (   cd $BUILD_DIR
1569              if test -r SIZE.h.mpi ; then              if test -r SIZE.h.mpi ; then
# Line 1404  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1603  for dir in $TESTDIRS ; do
1603      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1604      extra_runs=      extra_runs=
1605      if test "x$NORUN" = xf ; then      if test "x$NORUN" = xf ; then
1606          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`          ex_run_dirs=`( cd $dir ; ls -d $inputdir.* 2> /dev/null )`
1607      fi      fi
1608      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1609      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1610          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1611          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1612          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1613          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -r $outf -o -r ${outf}.gz ; then
1614            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1615              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1616                if test "x$MPI" = "x0" ; then                if test "x$MPI" = "x0" ; then
# Line 1434  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1633  for dir in $TESTDIRS ; do
1633    
1634      echo      echo
1635      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1636         echo "Experiment:  $dir"          echo "Experiment:  $dir"
1637      else      else
1638         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"          echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1639      fi      fi
1640      echo      echo
1641      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
# Line 1455  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1654  for dir in $TESTDIRS ; do
1654              run=N              run=N
1655          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1656              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1657              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1658              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1659              && makemodel $dir/$builddir && make=Y              && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1660      else      else
1661          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1662              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1663              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1664              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1665              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1666              && run_clean $dir/$rundir \              && run_clean $dir/$rundir \
# Line 1473  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1672  for dir in $TESTDIRS ; do
1672    
1673          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1674          echo 1>&2          echo 1>&2
1675          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1676          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1677    
1678          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1679              unset run              unset run
1680              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1681              #  reference output file              #  reference output file
1682              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1683              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
# Line 1494  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1693  for dir in $TESTDIRS ; do
1693              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1694              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1695              && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`              && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1696              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir.$ex ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
             fres="$fres.$ex"  
1697              echo 1>&2              echo 1>&2
1698              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1699              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
# Line 1504  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1702  for dir in $TESTDIRS ; do
1702              fi              fi
1703          done          done
1704    
1705      if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else      if test ! -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then
1706          if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then          if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1707              mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`              mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1708              echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state              echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1709              sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state  #           sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1710    # bsd-sed cannot do the above code
1711                cat $dir/$builddir/Makefile | \
1712                    sed -n '/^# executed by:/{N
1713                                              p
1714                                              }' >> $DRESULTS/genmake_state
1715              echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state              echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1716              if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1717                  eval $mkOpt                  eval $mkOpt
1718                  sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\  #               sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1719                          $SUMMARY > tr_0.tmp_log  #                       $SUMMARY > tmp.tr_log
1720    # bsd-sed requires a newline after "a\":
1721                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\\
1722                             OPTFILE=${OPTFILE}" $SUMMARY > tmp.tr_log
1723                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
1724                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1725                          cp tr_0.tmp_log $SUMMARY                      cp -f tmp.tr_log $SUMMARY
                 else rm -f tr_0.tmp_log  
1726                  fi                  fi
1727                    rm -f tmp.tr_log
1728              fi              fi
1729              gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log              gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1730              grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1              if test -r $gmkLog ; then
1731              RETVAL=$?                  grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1732              if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  RETVAL=$?
1733                  echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1734                  sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \                    echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1735                         | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log                    echo "extract compiler version:"   >> $DRESULTS/genmake_state
1736                  sed -n '1,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' \
1737                          >> $DRESULTS/genmake_state                       $gmkLog | grep -v '^... compiler version ' > tmp.tr_log
1738                  rm -f tr_1.tmp_log                    sed -n '1p' tmp.tr_log >> $DRESULTS/genmake_state
1739                      sed -n '2,/^$/p' tmp.tr_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1740                                             >> $DRESULTS/genmake_state
1741                      rm -f tmp.tr_log
1742                    fi
1743                    echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1744                    echo "get NETCDF & LAPACK settings:" >> $DRESULTS/genmake_state
1745                    sed -n '/set HAVE_NETCDF=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1746                    sed -n '/set HAVE_LAPACK=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1747              fi              fi
1748          fi          fi
1749      fi      fi
1750      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1751      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1752          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1753              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1754      fi      fi
1755      if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi      if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1756    
# Line 1554  date >> $SUMMARY Line 1768  date >> $SUMMARY
1768  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1769      echo "No results email was sent."      echo "No results email was sent."
1770  else  else
1771      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$SENDCMD" != x ; then
1772          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          if [ $verbose -gt 1 ]; then
1773              && gzip $DRESULTS".tar" \             echo " run: $SENDCMD -s MITgcm-test -m 3555000 ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" $ADDRESSES"
1774              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES          fi
1775            tar -cf ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1776                && gzip ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" \
1777                && $SENDCMD -s MITgcm-test -m 3555000 ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" $ADDRESSES
1778          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1779          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1780              echo              echo
# Line 1570  else Line 1787  else
1787              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1788              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1789              echo              echo
1790              test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"              test -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" &&  rm -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar"
1791              test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"              test -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" &&  rm -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz"
1792          fi          fi
1793      fi      fi
1794  fi  fi
# Line 1583  fi Line 1800  fi
1800  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1801      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1802      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1803          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1804      fi      fi
1805      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1806  fi  fi
# Line 1591  fi Line 1808  fi
1808  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1809      rm -rf $DRESULTS      rm -rf $DRESULTS
1810  fi  fi
1811    echo "======== End of testreport execution ========"
Legend:
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