/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.163 by jmc, Wed May 18 22:03:57 2011 UTC revision 1.176 by jmc, Thu Aug 16 18:44:48 2012 UTC
# Line 15  usage() Line 15  usage()
15      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
19      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
20        echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
21      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
22      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
23      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
# Line 34  usage() Line 35  usage()
35      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
36      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
37      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
38        echo "  (-tlm)                   perform a Tangent Linear run"
39      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
40      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
41      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
# Line 47  usage() Line 49  usage()
49      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
50      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
51      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
52        echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
53      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
54      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
55        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
56      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
57      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
58      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
# Line 114  testoutput_var() Line 118  testoutput_var()
118      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
119      #      #
120      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
121      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/$reference_output
122      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
123    
124      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
# Line 127  testoutput_var() Line 131  testoutput_var()
131              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
132                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
133              fi              fi
134              return 99              rm -f tmp1.txt ; return 99
135          fi          fi
136      else      else
137          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
138          return 99          return 99
139      fi      fi
140      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
141          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$5 1>&2
142      fi      fi
143      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
144      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
145      if [ $lncntB -lt 2 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
146          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
147              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
148          fi          fi
149          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
150      fi      fi
151      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
152          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
153              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
154          fi          fi
155          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
156      fi      fi
157      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
158      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
159          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
160          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
161      fi      fi
162      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
163      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
164          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
165          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
166      fi      fi
167      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
168          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
# Line 195  testoutput_run() Line 199  testoutput_run()
199      #      #
200      #  test output from 1 run in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
201  # --> same processing for adjoint & forward test  # --> same processing for adjoint & forward test
202          # default list of output variables to be checked:          # default list of output variables to be checked:
203          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
204          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
205          listChk=$DEF_CHECK_LIST          listChk=$DEF_CHECK_LIST
206          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
207          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
208          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
209          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
210          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
211                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
212          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
213          # check for ptracer output in reference_output file :          # set ref.outp file-name and, if compressed, uncompress it into subdir
214          outpref=$1/results/$3          refoutp=results/$3
215          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"          if test ! -r $1/results/$3 ; then
216          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"            if test -r $1/results/${3}.gz ; then
217          for ii in $PTRACERS_NUM ; do              tmpNam1=$3
218                tmpNam2=`echo $tmpNam1 | sed 's/\..*\././'`
219                if test "x$tmpNam1" = "x$tmpNam2" ; then
220                    tmpNam1=`echo $tmpNam2 | sed 's/\./.std./'`
221                fi
222                refoutp=$2/$tmpNam1
223                if [ $debug -gt 0 ]; then
224                    echo "testoutput_run: gunzip 'results/$3.gz' into '$refoutp'" 1>&2
225                fi
226                gzip -cd $1/results/${3}.gz > $1/$refoutp
227              else
228                echo "missing reference output file '$3' (.gz) in '$1/results/'"
229              fi
230            fi
231            # check for ptracer output in reference_output file :
232            if test $KIND = 0 ; then
233              ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
234              ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
235              for ii in $PTRACERS_NUM ; do
236              ptrfound=0              ptrfound=0
237              for jj in $ptr_mon ; do              for jj in $ptr_mon ; do
238                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
239                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`                  tst=`grep $name $1/$refoutp | wc -l | awk '{print $1}'`
240                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
241              done              done
242              if test $ptrfound = '1' ; then              if test $ptrfound = '1' ; then
243                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
244              else              else
245                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
               if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  
246                # remove this ptr from the list of output variable to check                # remove this ptr from the list of output variable to check
247                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
248                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
               fi  
249              fi              fi
250          #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2            # eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
251          done            done
252          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`          fi
253          if test $tst != 1 ; then          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
254            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2          if test $tst != 1 ; then
255                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
256            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
257          #- put it back once:            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
258            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`          #- put it back once:
259          fi            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
260            fi
261          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
262          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
263          #---          #---
264          allargs=""          allargs=""
265          for xx in $listVar          for xx in $listVar
266          do          do
267            case $xx in            case $xx in
268             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
269                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
270                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $refoutp ; yy=$?
271                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
272            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  ref_cost_function" "ADM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
273            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;           'AdGrd') testoutput_var $1 "ADM  adjoint_gradient"  "ADM Ad Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
274             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'FDGrd') testoutput_var $1 "ADM  finite-diff_grad"  "ADM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
275             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;          'tlmCst') testoutput_var $1 "TLM  ref_cost_function" "TLM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
276             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;          'tlmGrd') testoutput_var $1 "TLM  tangent-lin_grad"  "TLM TL Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
277             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;          'fwdGrd') testoutput_var $1 "TLM  finite-diff_grad"  "TLM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
278             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
279             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
280             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
281             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
282             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
283             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
284             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
285             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
286             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
287             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
288             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
289             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
290               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
291               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
292               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
293               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
294          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
295             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
296          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
297             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
298          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
299             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
300          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
301             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
302           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
303           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
304           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
305           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
306           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
307           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
308           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
309           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
310           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
311           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
312           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
313           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
314          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;           'uSImn') testoutput_var $1 "seaice_uice_min"   "SIce Uice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
315          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSImx') testoutput_var $1 "seaice_uice_max"   "SIce Uice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
316          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSIav') testoutput_var $1 "seaice_uice_mean"  "SIce Uice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
317          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;           'uSIsd') testoutput_var $1 "seaice_uice_sd"    "SIce Uice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
318          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImn') testoutput_var $1 "seaice_vice_min"   "SIce Vice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
319          'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImx') testoutput_var $1 "seaice_vice_max"   "SIce Vice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
320                *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;           'vSIav') testoutput_var $1 "seaice_vice_mean"  "SIce Vice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
321            esac           'vSIsd') testoutput_var $1 "seaice_vice_sd"    "SIce Vice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
322            if test $xx = $sVar          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
323            then allargs="$allargs > $yy <"          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
324            else allargs="$allargs $yy"          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
325            fi          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
326          done          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
327            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
328                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
329              esac
330              if test $xx = $sVar
331              then allargs="$allargs > $yy <"
332              else allargs="$allargs $yy"
333              fi
334            done
335    
336          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
337          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
338          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
339            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
340            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
341          else          else
342            echo $allargs            echo $allargs
343          fi          fi
344  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
# Line 328  genmakemodel() Line 361  genmakemodel()
361              if test "x$MKDEPEND" != x ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
362                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
363              fi              fi
364              if test "x$ADM" = xt ; then              if test $KIND = 1 -o $KIND = 2 ; then
365                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
366              elif test "x$OADM" = xt ; then              elif test $KIND = 4 ; then
367                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
368              else              else
369                  command="$command -mods=../code"                  command="$command -mods=../code"
# Line 338  genmakemodel() Line 371  genmakemodel()
371              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
372                  command="$command -optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
373              fi              fi
374              if test "x$IEEE" != x ; then              if test $OptLev = 1 ; then
375                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
376              fi              fi
377                if test $OptLev = 0 ; then
378                    command="$command -devel"
379                fi
380              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
381                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
382              fi              fi
# Line 354  genmakemodel() Line 390  genmakemodel()
390              if test "x$USE_R4" = xt ; then              if test "x$USE_R4" = xt ; then
391                  command="$command -use_r4"                  command="$command -use_r4"
392              fi              fi
393                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
394                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
395                fi
396              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
397                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
398              fi              fi
# Line 425  run_clean() Line 464  run_clean()
464              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
465              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
466              #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)              #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)
467              rm -f $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime              rm -f $RUNLOG *.txt STD* w2_tile_topology.????.log *diagnostics.log datetime
468              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
469              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
470              echo successful              echo successful
471              exit 0              exit 0
472          )          )
# Line 474  makemodel() Line 513  makemodel()
513          cd $1;          cd $1;
514          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
515              printf 'make ... '              printf 'make ... '
516              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$REPLMAKE" = x ; then
517                  $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1                  $MAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
518              elif test "x$OADM" = xt ; then              else
519                  $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1                  $REPLMAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
             else  
                 if test "x$JOBS" = x ; then  
                     $MAKE >> make.tr_log 2>&1  
                 else  
                     $MAKE -j $JOBS >> make.tr_log 2>&1  
                 fi  
520              fi              fi
521              RETVAL=$?              RETVAL=$?
522              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 501  makemodel() Line 534  makemodel()
534              mk_fail=2              mk_fail=2
535          fi          fi
536      fi      fi
537      if test "x$ADM" = xt -a -f taf_ad.log ; then      if test $KIND = 2 -a -f taf_ad.log ; then
538              head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"              head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
539              nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`              nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
540              nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`              nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
# Line 514  makemodel() Line 547  makemodel()
547    
548  mk_mpi_size()  mk_mpi_size()
549  {  {
550      # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb prefer_to_split_X      # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb threads_Nb_X threads_Nb_Y
551      #      #
552      # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)      #  make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
553      #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;      #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
554      # return the effective number of processors.      #  ensure that enough tiles per proc (nSx,nSy) remain for the given
555        #     number of threads (nTx,nTy) ;
556        #  return the effective number of processors.
557    
558      inp=$1      inp=$1
559      out=$2      out=$2
560      np=$3      np=$3
561      dirX=$4      tx=$4
562        ty=$5
563      tmp=TTT.$$      tmp=TTT.$$
564    
565        # dirX : select with direction to favor in MPI process repartition
566        #   dirX=1 : prefer to put more proc in X direction
567        #   dirX=0 : prefer to put more proc in Y direction
568        dirX=0
569    
570      px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`      px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
571      py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`      py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
572      sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`      sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
573      sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`      sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
574    
575        #- for each direction, assume # of threads is a multiple of total number of tiles
576        nx=$px
577        if [ `expr $sx % $tx` -ne 0 -a `expr $sx \* $px % $tx` -eq 0 ] ; then
578            nx=`expr $sx \* $px / $tx`
579            if [ $verbose -gt 1 ]; then
580                echo " change px from $px to $nx to accommodate $tx threads"
581            fi
582        fi
583        ny=$py
584        if [ `expr $sy % $ty` -ne 0 -a `expr $sy \* $py % $ty` -eq 0 ] ; then
585            ny=`expr $sy \* $py / $ty`
586            if [ $verbose -gt 1 ]; then
587                echo " change py from $py to $ny to accommodate $ty threads"
588            fi
589        fi
590      #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np      #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
591      pp=0      pp=0
592      i=1      i=1
593      while [ $i -le $px ] ; do      while [ $i -le $nx ] ; do
594        if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then        if [ `expr $nx % $i` -eq 0 ] ; then
595          j=1          j=1
596          while [ $j -le $py ] ; do          while [ $j -le $ny ] ; do
597            if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then            if [ `expr $ny % $j` -eq 0 ] ; then
598              ij=`expr $i \* $j`              ij=`expr $i \* $j`
599              if [ $ij -gt $pp ] ; then              if [ $ij -gt $pp ] ; then
600                  flag=1                  flag=1
# Line 631  linkdata() Line 687  linkdata()
687          (          (
688              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
689              echo 'linkdata from dirs:' $*              echo 'linkdata from dirs:' $*
690              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
691              for xx in $inpMPI ; do              for xx in $inpMPI ; do
692                if test -r "../"$1"/"$xx ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
693                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
694                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
695                  if test "x$MPI" = "x0" ; then                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
696                      # not mpi test: remove symbolic link                      # not mpi test: remove symbolic link
# Line 666  linkdata() Line 722  linkdata()
722              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
723              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
724                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
725                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
726                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
727                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
728                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 714  runmodel() Line 770  runmodel()
770            else rm -f $EXECUTABLE            else rm -f $EXECUTABLE
771            fi            fi
772          fi          fi
773          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
774              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
775              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
776          fi          fi
777          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
778              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
779              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
780              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
781              RETVAL=8              RETVAL=8
782              ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
783          else          else
784            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
785              # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
786              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
787              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
788              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
# Line 742  runmodel() Line 798  runmodel()
798              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
799              touch $RUNLOG              touch $RUNLOG
800              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
801              echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1              echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
802            fi            fi
803          fi          fi
804          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
# Line 750  runmodel() Line 806  runmodel()
806          if test -f $OUTPUTFILE ; then          if test -f $OUTPUTFILE ; then
807            grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \            grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
808                  | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"                  | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"
809            if test "x$ADM" = xt ; then            if test $KIND = 2 ; then
810              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"
811            fi            fi
812          fi          fi
# Line 862  scandirs() Line 918  scandirs()
918  {  {
919      if [ $# -eq 1 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
920          for arg in * ; do          for arg in * ; do
921              test -f $arg/$1 && echo $arg             #test -f $arg/$1 && echo $arg
922                test -f $arg/$1 -o -f $arg/$1.gz && echo $arg
923          done          done
924      else      else
925          echo $*          echo $*
# Line 918  debug=0 Line 975  debug=0
975  verbose=1  verbose=1
976  NBLINES_MKLOG=16000  NBLINES_MKLOG=16000
977    
978  IEEE=true  OptLev=1
 if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  
     IEEE=$MITGCM_IEEE  
 fi  
979  GSL=f  GSL=f
980    
981  CLEANUP=f  CLEANUP=f
# Line 946  MKDEPEND= Line 1000  MKDEPEND=
1000  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
1001      MAKE=make      MAKE=make
1002  fi  fi
1003    REPLMAKE=
1004  if test "x$CC" = x ; then  if test "x$CC" = x ; then
1005      CC=cc      CC=cc
1006  fi  fi
1007  JOBS=  JOBS=
1008    TARG=
1009  MPI=0  MPI=0
1010  MPI_MFILE=  MPI_MFILE=
1011  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
1012  OUTDIR=  OUTDIR=
1013  DELDIR=  DELDIR=
1014  USE_R4=  USE_R4=
1015    EXTRFLG=
1016    
1017  ADM=  #- type of testing (KIND):
1018  OADM=  #   KIND=0 : forward (= default) ;  KIND=1 : Tangent Linear with TAF ;
1019    #   KIND=2 : Adjoint with TAF ;     KIND=4 : Adjoint with OpenAD
1020    KIND=0
1021    
1022  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
1023  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
# Line 1008  for ac_option ; do Line 1067  for ac_option ; do
1067          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1068          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1069    
1070            -repl_mk | --repl_mk ) ac_prev=REPLMAKE ;;
1071            -repl_mk=* | --repl_mk=*) REPLMAKE=$ac_optarg ;;
1072    
1073          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1074          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1075    
# Line 1020  for ac_option ; do Line 1082  for ac_option ; do
1082          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1083          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1084    
1085            -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1086            -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1087    
1088          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
1089    
1090          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1091            -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1092          -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;          -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1093          -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;          -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1094          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
# Line 1041  for ac_option ; do Line 1107  for ac_option ; do
1107    
1108          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1109    
1110          -adm | -ad) ADM=t ;;          -tlm) if test $KIND = 0 ; then KIND=1 ; else
1111          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;                  echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1112                  fi ;;
1113          -ieee) IEEE=true ;;          -adm | -ad) if test $KIND = 0 ; then KIND=2 ; else
1114          -noieee) IEEE= ;;                  echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1115                  fi ;;
1116            -oad) if test $KIND = 0 ; then KIND=4 ; NODEPEND=t ; else
1117                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1118                  fi ;;
1119    
1120            -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1121                     printf " ... " ;;
1122            -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1123                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1124            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1125            -devel) OptLev=0 ;;
1126          -gsl) GSL=t ;;          -gsl) GSL=t ;;
1127    
1128          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
# Line 1080  if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" ! Line 1157  if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" !
1157      if test -r $MPI_MFILE ; then      if test -r $MPI_MFILE ; then
1158          nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`          nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1159          if [ $nl -lt $MPI ] ; then          if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1160            echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"            echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1161            usage            usage
1162          fi          fi
1163          if [ $verbose -gt 1 ]; then          if [ $verbose -gt 1 ]; then
1164              echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"              echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1165          fi          fi
1166      else      else
1167            echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"            echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1168            usage            usage
1169      fi      fi
1170  fi  fi
1171    
1172  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1173  if test "x$ADM" = xt ; then  if test $KIND = 1 ; then
1174        TARG=ftlall
1175        code_dir=code_ad
1176        inputdir=input_ad
1177        ref_outp="output_tlm.txt"
1178        EXECUTABLE="mitgcmuv_ftl"
1179    elif test $KIND = 2 ; then
1180        if test "x$TARG" = xobj ; then TARG=adobj ; else TARG=adall ; fi
1181      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
1182      inputdir=input_ad      inputdir=input_ad
1183      ref_outp="output_adm.txt"      ref_outp="output_adm.txt"
1184      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1185  elif test "x$OADM" = xt ; then  elif test $KIND = 4 ; then
1186        TARG=adAll
1187      code_dir=code_oad      code_dir=code_oad
1188      inputdir=input_oad      inputdir=input_oad
1189      ref_outp="output_oadm.txt"      ref_outp="output_oadm.txt"
1190      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1191  else  else
1192        if test "x$JOBS" != x ; then TARG="-j $JOBS $TARG" ; fi
1193      code_dir=code      code_dir=code
1194      inputdir=input      inputdir=input
1195      ref_outp="output.txt"      ref_outp="output.txt"
# Line 1147  do Line 1233  do
1233              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1234          fi          fi
1235      else      else
1236          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1237          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1238          fi          fi
1239      fi      fi
# Line 1175  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )" Line 1261  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1261  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1262  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1263  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1264  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 1 ; then
1265        DEF_CHECK_LIST='tlmGrd tlmCst tlmGrd fwdGrd'
1266        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1267        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1268    elif test $KIND = 2 -o $KIND = 4 ; then
1269        DEF_CHECK_LIST='AdGrd Cost AdGrd FDGrd'
1270        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1271        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1272    else
1273      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1274      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1275      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1276      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1277      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
 else  
     DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'  
     EMPTY_RESULTS='.. ..'  
     LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`  
1278  fi  fi
1279    
1280  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
# Line 1263  else Line 1353  else
1353  fi  fi
1354  echo  echo
1355  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1356  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 0 ; then
1357      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      line_0=`printf '%s %2i' 'default' $MATCH_CRIT`
     then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi  
1358         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1359      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1360      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="e p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1361      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="n n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1362      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1363      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1364          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
# Line 1279  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1367  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1367          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1368          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
1369      done      done
1370    else
1371        line_0=`printf '%s %2i' 'default   ' $MATCH_CRIT`
1372      if test $KIND = 1 ; then
1373        echo "TANGLIN=true" >> $SUMMARY
1374        line_1="G D M    C  T  F"
1375        line_2="e p a R  o  L  D"
1376      else
1377        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1378        line_1="G D M    C  A  F"
1379        line_2="e p a R  o  d  D"
1380      fi
1381        line_3="n n k u  s  G  G"
1382        line_4="2 d e n  t  r  r"
1383        echo >> $SUMMARY
1384    fi
1385      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1386      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1387      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1388      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1389      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1390      echo " "       | tee -a $SUMMARY      echo ""        | tee -a $SUMMARY
 else  
     echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY  
     echo >> $SUMMARY  
     if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;  
     then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi  
     echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY  
     cat << EOF | tee -a $SUMMARY  
 G D M    C  G  
 E p a R  o  r  
 N n k u  s  a  
 2 d e n  t  d  
   
 EOF  
 fi  
1391  echo "-------------------------------------------------------------------------------"  echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1392    
1393  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
# Line 1326  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1414  for dir in $TESTDIRS ; do
1414              rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log              rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1415          )          )
1416          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1417              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1418              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1419          fi          fi
1420          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
# Line 1341  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1429  for dir in $TESTDIRS ; do
1429      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1430      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1431      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1432      if test ! -r $fout ; then     #if test ! -r $fout ; then
1433        if test ! -r $fout -a ! -r ${fout}.gz ; then
1434          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1435          continue          continue
1436      fi      fi
# Line 1358  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1447  for dir in $TESTDIRS ; do
1447      fi      fi
1448    
1449      if test "x$MPI" != "x0" ; then      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1450          prefer_X=0          ntx=1 ; nty=1
1451          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1452              retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth"`            ff=$dir"/input/eedata.mth"
1453              if test $retv = 1 ; then prefer_X=1 ; fi            ntx=`grep "^ *nTx *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
1454              nty=`grep "^ *nTy *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
1455              if test "x$ntx" = x ; then ntx=1 ; fi
1456              if test "x$nty" = x ; then nty=1 ; fi
1457          fi          fi
1458          #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs          #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1459          mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $prefer_X          mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $ntx $nty
1460          LOC_NPROC=$?          LOC_NPROC=$?
1461          (   cd $BUILD_DIR          (   cd $BUILD_DIR
1462              if test -r SIZE.h.mpi ; then              if test -r SIZE.h.mpi ; then
# Line 1411  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1503  for dir in $TESTDIRS ; do
1503          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1504          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1505          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1506          if test -f $outf -a -r $outf ; then          #if test -f $outf -a -r $outf ; then
1507            if test -r $outf -o -r ${outf}.gz ; then
1508            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1509              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1510                if test "x$MPI" = "x0" ; then                if test "x$MPI" = "x0" ; then
# Line 1434  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1527  for dir in $TESTDIRS ; do
1527    
1528      echo      echo
1529      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1530         echo "Experiment:  $dir"          echo "Experiment:  $dir"
1531      else      else
1532         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"          echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1533      fi      fi
1534      echo      echo
1535      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
# Line 1455  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1548  for dir in $TESTDIRS ; do
1548              run=N              run=N
1549          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1550              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1551              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1552              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1553              && makemodel $dir/$builddir && make=Y              && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1554      else      else
1555          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1556              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1557              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1558              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1559              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1560              && run_clean $dir/$rundir \              && run_clean $dir/$rundir \
# Line 1473  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1566  for dir in $TESTDIRS ; do
1566    
1567          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1568          echo 1>&2          echo 1>&2
1569          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1570          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1571    
1572          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1573              unset run              unset run
1574              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1575              #  reference output file              #  reference output file
1576              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1577              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
# Line 1504  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1597  for dir in $TESTDIRS ; do
1597              fi              fi
1598          done          done
1599    
1600      if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else      if test ! -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then
1601          if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then          if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1602              mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`              mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1603              echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state              echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
# Line 1513  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1606  for dir in $TESTDIRS ; do
1606              if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1607                  eval $mkOpt                  eval $mkOpt
1608                  sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\                  sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1609                          $SUMMARY > tr_0.tmp_log                          $SUMMARY > tmp.tr_log
1610                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
1611                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1612                          cp tr_0.tmp_log $SUMMARY                          cp tmp.tr_log $SUMMARY
1613                  else rm -f tr_0.tmp_log                  else rm -f tmp.tr_log
1614                  fi                  fi
1615              fi              fi
1616              gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log              gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1617              grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1              if test -r $gmkLog ; then
1618              RETVAL=$?                  grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1619              if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  RETVAL=$?
1620                  echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1621                  sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \                    echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1622                         | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log                    echo "extract compiler version:"   >> $DRESULTS/genmake_state
1623                  sed -n '1,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' \
1624                          >> $DRESULTS/genmake_state                       $gmkLog | grep -v '^... compiler version ' > tmp.tr_log
1625                  rm -f tr_1.tmp_log                    sed -n '1p' tmp.tr_log >> $DRESULTS/genmake_state
1626                      sed -n '2,/^$/p' tmp.tr_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1627                                             >> $DRESULTS/genmake_state
1628                      rm -f tmp.tr_log
1629                    fi
1630                    echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1631                    echo "get NETCDF & LAPACK settings:" >> $DRESULTS/genmake_state
1632                    sed -n '/set HAVE_NETCDF=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1633                    sed -n '/set HAVE_LAPACK=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1634              fi              fi
1635          fi          fi
1636      fi      fi
1637      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1638      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1639          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1640              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1641      fi      fi
1642      if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi      if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1643    
# Line 1583  fi Line 1684  fi
1684  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1685      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1686      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1687          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1688      fi      fi
1689      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1690  fi  fi
# Line 1591  fi Line 1692  fi
1692  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1693      rm -rf $DRESULTS      rm -rf $DRESULTS
1694  fi  fi
   
Legend:
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