/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.154 by jmc, Fri Jan 14 23:55:00 2011 UTC revision 1.161 by jmc, Sat Apr 30 22:20:17 2011 UTC
# Line 14  usage() Line 14  usage()
14      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17        echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
19      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
20      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
# Line 41  usage() Line 42  usage()
42      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
43      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
44      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
45      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"  #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
46      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"  #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
47      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
48      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
49      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
50      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
51      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
52      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
53      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
54      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
55      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
56      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
57        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
58        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
59      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
60      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
61      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
# Line 235  testoutput_run() Line 238  testoutput_run()
238            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
239          fi          fi
240          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
         #- report to this experiment local summary file ---  
         echo "MACH='$MACH'" > $locDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $1/$2/$OUTPUTFILE \  
          | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $locDIR"/summary.txt"  
241          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
242          #---          #---
243          allargs=""          allargs=""
# Line 427  run_clean() Line 424  run_clean()
424              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
425              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
426              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
427              rm -f $EXECUTABLE $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime              #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)
428                rm -f $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
429              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
430              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
431              echo successful              echo successful
# Line 463  makemodel() Line 461  makemodel()
461  {  {
462      # makemodel directory      # makemodel directory
463      (      (
464        mk_fail=0
465      if test "x$NOMAKE" = xt ; then      if test "x$NOMAKE" = xt ; then
466          cd $1;          cd $1;
467          if test -x $EXECUTABLE ; then          if test -x $EXECUTABLE ; then
468              echo "make skipped!"              echo "make skipped!"
469          else          else
470              echo "no executable!"              echo "no executable!"
471              return 2              mk_fail=3
472          fi          fi
473      else      else
474          cd $1;          cd $1;
# Line 492  makemodel() Line 491  makemodel()
491                  echo failed                  echo failed
492                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
493                  rm -f $EXECUTABLE                  rm -f $EXECUTABLE
494                  return 1                  mk_fail=1
495              else              else
496                  echo successful                  echo successful
497              fi              fi
498            else
499                echo "no Makefile !"
500                mk_fail=2
501          fi          fi
502      fi      fi
503        if test "x$ADM" = xt -a -f taf_ad.log ; then
504                head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
505                nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
506                nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
507                echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
508                                    >> $CDIR"/summary.txt"
509        fi
510        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
511      )      )
512  }  }
513    
514  mk_mpi_size()  mk_mpi_size()
515  {  {
516      # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb      # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb prefer_to_split_X
517      #      #
518      # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)      # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
519      #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;      #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
# Line 512  mk_mpi_size() Line 522  mk_mpi_size()
522      inp=$1      inp=$1
523      out=$2      out=$2
524      np=$3      np=$3
525        dirX=$4
526      tmp=TTT.$$      tmp=TTT.$$
527    
528      px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`      px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
# Line 521  mk_mpi_size() Line 532  mk_mpi_size()
532    
533      #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np      #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
534      pp=0      pp=0
535      for i in `seq 1 $px` ; do      i=1
536        while [ $i -le $px ] ; do
537        if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then        if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then
538          for j in `seq 1 $py` ; do          j=1
539            if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then          while [ $j -le $py ] ; do
540              ij=`expr $i \* $j`            if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
541              if [ $ij -gt $pp ] ; then              ij=`expr $i \* $j`
542                if [ $ij -le $np ] ; then              if [ $ij -gt $pp ] ; then
543                  ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij                  flag=1
544                  #echo "  ix,jy= $ix,$jy"              elif [ $ij -eq $pp ] ; then
545                fi                  flag=$dirX
546              fi              else
547            fi                  flag=0
548          done              fi
549                if test $flag = 1 ; then
550                  if [ $ij -le $np ] ; then
551                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
552                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
553                  fi
554                fi
555              fi
556              j=`expr $j + 1`
557            done
558        fi        fi
559          i=`expr $i + 1`
560      done      done
561    
562      #- create new SIZE.h type file:      #- create new SIZE.h type file:
# Line 675  runmodel() Line 697  runmodel()
697      (      (
698          cd $1          cd $1
699          printf 'runmodel in %s ... ' $1          printf 'runmodel in %s ... ' $1
700            if test "x$MPI" != x0 ; then
701                #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
702                #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
703                COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
704                if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
705                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
706                fi
707                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
708            fi
709          if test -L $EXECUTABLE ; then          if test -L $EXECUTABLE ; then
710            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
711              cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
# Line 686  runmodel() Line 717  runmodel()
717              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
718              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
719          fi          fi
         if test "x$MPI" != x0 ; then  
             #- adjust the MPI run command with the right number of Procs  
             #echo "COMMAND='$COMMAND'"  
             COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/-np * XX /-np $NPROC_MPI /"`  
             #echo "COMMAND='$COMMAND'"  
         fi  
720          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
721                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
722                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
723                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
724                  RETVAL=8              RETVAL=8
725                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
726          else          else
727              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
728                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
729                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
730                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
731                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
732                  RETVAL=$?              RETVAL=$?
733              else              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
734                  RETVAL=0              if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
735                  if test -f $RUNLOG ; then                  find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
736                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                  find . -name "*.data" -exec rm {} \;
737                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                  rm -rf mnc_test_*
                 else  
                     touch $RUNLOG  
                     if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi  
                     echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1  
                     echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1  
                 fi  
738              fi              fi
739              #ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            else
740                RETVAL=0
741              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
742                touch $RUNLOG
743                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
744                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
745              fi
746          fi          fi
747          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
748            #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE (and AD time)
749            if test -f $OUTPUTFILE ; then
750              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
751                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"
752              if test "x$ADM" = xt ; then
753                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"
754              fi
755            fi
756            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
757          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
758              echo successful              echo successful
759              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
760              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
             # === Reduce the size of the testing emails!  
             #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE  
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
761              return 0              return 0
762          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
763              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
# Line 740  runmodel() Line 770  runmodel()
770              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
771              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
772              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
773              return 1              return 1
774          fi          fi
775      )      )
# Line 842  scandirs() Line 871  scandirs()
871    
872  check_eedata()  check_eedata()
873  {  {
874      # check_eedata size.h eedata      # check_eedata eedata size.h
875      if [ $# -eq 2 ] ; then      if [ $# -eq 2 ] ; then
876        if test -f $1 -a -f $2 ; then       if test -f $1 -a -f $2 ; then
877        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`        nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
878        nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`        sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
879        if test "x$nx" = x ; then        if test "x$nx" = x ; then
880          rx=10          rx=10
881        else        else
882          rx=`expr $sx % $nx`          rx=`expr $sx % $nx`
883        fi        fi
884        sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`        ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
885        ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`        sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
886        if test "x$ny" = x ; then        if test "x$ny" = x ; then
887          ry=20          ry=20
888        else        else
889          ry=`expr $sy % $ny`          ry=`expr $sy % $ny`
890        fi        fi
891        echo `expr $rx + $ry`        echo `expr $rx + $ry`
892      else       else
893        echo '-1'        echo '-1'
894        fi       fi
895        elif [ $# -eq 1 ] ; then
896         if test -f $1 ; then
897          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
898          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
899          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
900          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
901         #echo $nx $ny
902          echo $nx
903         else
904          echo '-1'
905         fi
906      else      else
907        echo '-2'        echo '-2'
908      fi      fi
# Line 875  check_eedata() Line 915  check_eedata()
915  #  Default properties  #  Default properties
916  debug=0  debug=0
917  verbose=1  verbose=1
 clean=0  
918    
919  IEEE=true  IEEE=true
920  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
# Line 890  NOMAKE=f Line 929  NOMAKE=f
929  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
930  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
931  NODEPEND=f  NODEPEND=f
932  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
933    
934  BASH=  BASH=
935  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 910  if test "x$CC" = x ; then Line 949  if test "x$CC" = x ; then
949  fi  fi
950  JOBS=  JOBS=
951  MPI=0  MPI=0
952    MPI_MFILE=
953  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
954  OUTDIR=  OUTDIR=
955  DELDIR=  DELDIR=
# Line 939  for ac_option ; do Line 979  for ac_option ; do
979    
980      case $ac_option in      case $ac_option in
981                    
982          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
983              usage ;;  
984                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
985          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
986              ac_prev=OPTFILE ;;  
987          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
988              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
989                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
990          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
991              ac_prev=ADDRESSES ;;  
992          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
993              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
994          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
995              ac_prev=MPACKDIR ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
996          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
997              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
998            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
999          -tdir | --tdir | -t | --t)  
1000              ac_prev=TESTDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1001          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1002              TESTDIRS=$ac_optarg ;;  
1003            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1004          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1005              ac_prev=SKIPDIRS ;;  
1006          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1007              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1008    
1009          -bash | --bash | -b | --b)          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1010              ac_prev=BASH ;;          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1011          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)  
1012              BASH=$ac_optarg ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1013            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
         -command | --command | -c | --c)  
             ac_prev=COMMAND ;;  
         -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)  
             COMMAND=$ac_optarg ;;  
   
         -makedepend | --makedepend | -md | --md)  
             ac_prev=MKDEPEND ;;  
         -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*)  
             MKDEPEND=$ac_optarg ;;  
   
         -make | --make | -m | --m)  
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
1014    
1015          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1016          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
# Line 1002  for ac_option ; do Line 1018  for ac_option ; do
1018          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1019          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1020    
1021          -clean | --clean)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;  
1022    
1023          -norun | --norun | -nr | --nr)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1024              NORUN=t ;;          -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1025          -runonly | --runonly | -ro | --ro)          -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1026              QUICK=t ; NOMAKE=t ;;          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1027          -quick | --quick | -q | --q)          -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1028              QUICK=t ;;          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
1029    
1030          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1031              POSTCLEAN=t ;;          -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1032    
1033          -mpi | --mpi) MPI=2 ;;          -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1034          -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;          -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1035          -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;          -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1036    
1037            -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1038            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1039    
1040          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1041    
1042          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
   
1043          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1044    
1045          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
1046          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
1047          -gsl) GSL=t ;;          -gsl) GSL=t ;;
1048    
1049          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1050          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 1047  for ac_option ; do Line 1058  for ac_option ; do
1058          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
1059          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1060    
1061          -*)          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1062              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              usage ;;
1063              usage          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1064              ;;              usage ;;
   
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
1065    
1066       esac       esac
1067    
# Line 1067  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1073  if test "x$QUICK" = xt ; then
1073      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1074  fi  fi
1075    
1076    #- check length of MPI machine file:
1077    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1078        if test -r $MPI_MFILE ; then
1079            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1080            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1081              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1082              usage
1083            fi
1084            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1085                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1086            fi
1087        else
1088              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1089              usage
1090        fi
1091    fi
1092    
1093  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1094  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
1095      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
# Line 1134  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1157  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1157      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1158  fi  fi
1159    
1160    LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1161  RUNLOG="run.tr_log"  RUNLOG="run.tr_log"
1162  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1163  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
# Line 1322  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1346  for dir in $TESTDIRS ; do
1346    
1347      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1348    
1349      if test "x$MPI" != "x0" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1350          if test -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" ; then          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1351              #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs          continue
             mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI  
             NPROC_MPI=$?  
             (   cd $BUILD_DIR  
                 if test -r SIZE.h.mpi ; then  
                     cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?  
                 else RETVAL=1  
                 fi  
                 if test "x$RETVAL" = x0 ; then  
                     rm -f tr_size.mpi  
                 else  
                     rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi  
                 fi  
             )  
         else  
             echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"  
             continue  
         fi  
1352      fi      fi
1353      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1354          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1355          continue          continue
1356      fi      fi
1357      if test "x$MPI" != "x0" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then  
1358          retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/input/eedata.mth"`      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1359          if test $retv != 0 ; then          prefer_X=0
1360              echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1361              continue              retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth"`
1362                if test $retv = 1 ; then prefer_X=1 ; fi
1363            fi
1364            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1365            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $prefer_X
1366            LOC_NPROC=$?
1367            (   cd $BUILD_DIR
1368                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1369                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1370                else RETVAL=1
1371                fi
1372                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1373                    rm -f tr_size.mpi
1374                else
1375                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1376                fi
1377            )
1378            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1379                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1380                rm -f $LOC_MFILE
1381                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1382                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1383                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1384                    rm -f $LOC_MFILE
1385                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1386                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1387                fi
1388                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1389                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1390                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1391                fi
1392            fi
1393            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1394                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1395                if test $retv != 0 ; then
1396                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1397                    continue
1398                fi
1399          fi          fi
1400      fi      fi
1401    
# Line 1371  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1415  for dir in $TESTDIRS ; do
1415                if test "x$MPI" = "x0" ; then                if test "x$MPI" = "x0" ; then
1416                  extra_runs="$extra_runs $name"                  extra_runs="$extra_runs $name"
1417                else                else
1418                  retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`                  retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1419                  if test $retv = 0 ; then                  if test $retv = 0 ; then
1420                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1421                  else                  else
# Line 1396  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1440  for dir in $TESTDIRS ; do
1440      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1441      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1442    
1443      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1444      locDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1445      mkdir $locDIR      mkdir $locDIR
1446        #- report to this experiment local summary file ---
1447        echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1448        echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1449        echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1450      CDIR=`pwd`"/$locDIR"      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1451    
1452      if test "x$NORUN" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
# Line 1424  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1472  for dir in $TESTDIRS ; do
1472          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1473          echo 1>&2          echo 1>&2
1474          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
         touch $locDIR"/summary.txt"  
1475          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "tdir='$dir'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         if test "x$ADM" = xt ; then  
             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"  
             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                                 >> $locDIR"/summary.txt"  
         fi  
1476    
1477          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1478              unset run              unset run
1479              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1480              #  reference output file              #  reference output file
1481              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1482              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1483              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1484              mkdir $locDIR              mkdir $locDIR
1485                #- report to this experiment local summary file ---
1486                echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1487                #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1488                #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1489              CDIR=`pwd`"/$locDIR"              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1490              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1491              run_clean $dir/$pfxdir.$ex              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
# Line 1451  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1496  for dir in $TESTDIRS ; do
1496              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1497              echo 1>&2              echo 1>&2
1498              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
             touch $locDIR"/summary.txt"  
1499              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1500              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $locDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
             if test "x$ADM" = xt ; then  
                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"  
                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$pfxdir.$ex/$OUTPUTFILE \  
                                    >> $locDIR"/summary.txt"  
             fi  
             if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then  
1501                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1502              fi              fi
1503          done          done
# Line 1494  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1532  for dir in $TESTDIRS ; do
1532          fi          fi
1533      fi      fi
1534      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1535      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1536          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1537              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1538      fi      fi
1539        if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1540    
1541      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1542    
Legend:
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