/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.85 by jmc, Fri Jul 14 22:00:51 2006 UTC revision 1.146 by jmc, Tue Nov 2 22:53:11 2010 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
21      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
22        echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
23        echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
24        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
25        echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
26      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
27      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
28      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
29        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
30        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
31      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
32      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
33      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
34      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
35      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
36      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
37        echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
38      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
39      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
40      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
41      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
42      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
43        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
44        echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
45      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
46      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
47        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
48        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
49      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
50      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
51      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
52      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
53      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
54        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
55        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
56        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
57      echo      echo
58      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
59      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 57  usage() Line 71  usage()
71  build_mpack()  build_mpack()
72  {  {
73      printf "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
74      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
75        if test ! -x $MPACK ; then
76          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
77              echo              echo
78              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 66  build_mpack() Line 81  build_mpack()
81              echo              echo
82              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
83          fi          fi
         printf "building mpack...  "  
84          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
85              export CC=cc              export CC=cc
86          fi          fi
87            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
88          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
89          RETVAL=$?          RETVAL=$?
90          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 80  build_mpack() Line 95  build_mpack()
95          else          else
96              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
97              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
98                echo "done"
99          fi          fi
100      else      else
101          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
102            echo "already exist"
103      fi      fi
     echo "OK"  
104  }  }
105    
106  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
107  {  {
108      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
109      #      #
110      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
111      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
112        #  using search strings s1 and text label
113    
114      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
115          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
116      fi      fi
117      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
118          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
119          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
120          if [ $lncntA -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
121              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
122                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
123              fi              fi
124              return 99              return 99
125          fi          fi
126      else      else
127          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
128          return 99          return 99
129      fi      fi
130      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
131          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
132      fi      fi
133      grep "$2" $1/results/output.$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
134      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
135      if [ $lncntB -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
136          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
137              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
138          fi          fi
# Line 129  testoutput_for_prop() Line 146  testoutput_for_prop()
146      fi      fi
147      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
148      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
149          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
150          return 99          return 99
151      fi      fi
152      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
153      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
154          echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
155          return 99          return 99
156      fi      fi
157      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
158          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
159      fi      fi
160      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
161      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
162          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
163      fi      fi
164      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
165          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 150  testoutput_for_prop() Line 167  testoutput_for_prop()
167      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
168      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
169      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
170      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
171      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
172          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
173              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
174          fi          fi
175          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
176      else      else
177          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
178              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
179          fi          fi
180      fi      fi
181      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
       
     return $digits_of_similarity  
 }  
   
 dashnum()  
 {  
     # dashnum n1 n2 n3 ...  
     #  
     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99  
   
     for num in $@ ; do  
         if [ $num = 99 ]; then  
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
     done  
 }  
   
 testoutput_ad()  
 {  
     grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt  
     grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt  
     grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt  
     grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt  
     join t05.txt t15.txt > t5.txt  
     join t06.txt t16.txt > t6.txt  
     echo "-1" >> t5.txt  
     echo "-1" >> t6.txt  
     digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`  
     digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`  
     dashnum $digits_5 $digits_6  
     rm -f t[01][56].txt t[56].txt  
 }  
   
 check_for_add_mon_output()  
 {  
     # Check for additional types of monitor output  
     if test "x$1" = x ; then  
         return  
     fi  
   
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"  
     done  
182    
183      ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"      return $digits_of_similarity
     ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"  
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         for jj in $ptr_add ; do  
             name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`  
             tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`  
             if test ! "x$tst" = x0 ; then  
                 eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"  
             fi  
         done  
         #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'  
     done  
184  }  }
185    
186  testoutput()  testoutput_run()
187  {  {
188      # testoutput directory subdir extension      # testoutput_run directory subdir reference_output
189      #      #
190      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
191      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
192          if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
193              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
194          fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
195          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
196          if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
197              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
198          fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
199          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
200          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
201          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
202          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
203          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?          # check for ptracer output in reference_output file :
204          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?          outpref=$1/results/$3
205          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
206          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?  
   
         #  This is for PTRACERS  
207          for ii in $PTRACERS_NUM ; do          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
208              eval `echo "p0"$ii"_min=99"`              ptrfound=0
209              eval `echo "p0"$ii"_max=99"`              for jj in $ptr_mon ; do
210              eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
211              eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
212              tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
213              #echo 'tst = '$tst              done
214              if test "x$tst" = xt ; then              if test $ptrfound = '1' ; then
215                  a="trcstat_ptracer0"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
216                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3              else
217                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
218                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
219                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`                # remove this ptr from the list of output variable to check
220                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
221                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
222                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3                fi
                 RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`  
223              fi              fi
224            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
225          done          done
226            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
227          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"          if test $tst != 1 ; then
228          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
229          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
230          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
231          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"          #- put it back once:
232          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
233          allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"          fi
234            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
235          eval "dashnum $allargs"          echo "listVar='$listVar'" > $locDIR"/summary.txt"
236            allargs=""
237      else          for xx in $listVar
238          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          do
239      fi            case $xx in
240               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
241                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
242                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
243                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
244              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
245              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
246               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
247               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
248               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
249               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
250               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
251               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
252               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
253               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
254               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
255               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
256               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
257               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
258               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
259               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
260               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
261               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
262            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
263               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
264            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
265               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
266            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
267               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
268            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
269               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
270             'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
271             'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
272             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
273             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
274             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
275             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
276             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
277             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
278             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
279             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
280             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
281             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
282            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
283            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
284            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
285            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
286            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
287            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
288                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
289              esac
290              if test $xx = $sVar
291              then allargs="$allargs > $yy <"
292              else allargs="$allargs $yy"
293              fi
294            done
295    
296            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
297            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
298            #-- fill line (up to standard length) with dot:
299              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
300              echo $allargs $adNul
301            else
302              echo $allargs
303            fi
304    # <-- same processing for adjoint & forward test
305  }  }
306    
307  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 302  genmakemodel() Line 318  genmakemodel()
318          (          (
319              cd $1;              cd $1;
320              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
321              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
322                  command="$command --mods=../code"                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
323              else              fi
324                if test "x$ADM" = xt ; then
325                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
326                elif test "x$OADM" = xt ; then
327                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
328                else
329                    command="$command -mods=../code"
330              fi              fi
331              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
332                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
333              fi              fi
334              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
335                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
336              fi              fi
337                if test "x$GSL" = xt ; then
338                    command="$command -gsl"
339                fi
340              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" = xt ; then
341                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
342              fi              fi
343              printf 'genmake ... ' 1>&2              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
344              $command > make.log 2>&1              #- run multi-threaded using OpenMP:
345                    command="$command -omp"
346                fi
347                if test "x$USE_R4" = xt ; then
348                    command="$command -use_r4"
349                fi
350                if test "x$TS" = xt ; then
351                    command="$command -ts"
352                fi
353                if test "x$PAPIS" = xt ; then
354                    command="$command -papis"
355                else
356                if test "x$PCLS" = xt ; then
357                    command="$command -pcls"
358                fi
359                fi
360                printf 'genmake ... '
361                eval $command > genmake.tr_log 2>&1
362              RETVAL=$?              RETVAL=$?
363              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
364              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
365              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
366                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
367                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
368                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake_* genmake.tr_log $CDIR
369                  return 1                  return 1
370              else              else
371                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
372              fi              fi
373          )          )
374      fi      fi
# Line 336  genmakemodel() Line 377  genmakemodel()
377  makeclean()  makeclean()
378  {  {
379      # makeclean directory      # makeclean directory
380        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
381      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
382          echo "make Clean skipped!"          echo "make Clean skipped!"
383      else      else
384          (          (
385              cd $1;              cd $1;
386              #if test -e output.txt ; then rm -f output.txt ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
387              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
388                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
389                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1                  rm -f Makefile.old
390                    $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
391                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
392                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
393                      tail make.log                      tail make.tr_log
394                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
395                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log $CDIR"/make.tr_log"
396                      return 1                      return 1
397                  fi                  fi
398                    echo successful
399                else
400                    echo ''
401              fi              fi
             echo successful 1>&2  
402              exit 0              exit 0
403          )          )
404      fi      fi
# Line 367  run_clean() Line 412  run_clean()
412      else      else
413          (          (
414              cd $1;              cd $1;
415              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1              printf 'clean run-dir ... '
416              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
417              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
418              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
419              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
420              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
421              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime              rm -f $EXECUTABLE $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
422              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
423              echo successful 1>&2              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
424                echo successful
425              exit 0              exit 0
426          )          )
427      fi      fi
# Line 389  makedependmodel() Line 435  makedependmodel()
435      else      else
436          (          (
437              cd $1;              cd $1;
438              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
439              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
440              RETVAL=$?              RETVAL=$?
441              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
442                  tail make.log                  tail make.tr_log
443                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
444                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log $CDIR"/make.tr_log"
445                  return 1                  return 1
446              else              else
447                  echo successful 1>&2                  echo successful
448              fi              fi
449          )          )
450      fi      fi
# Line 408  makemodel() Line 454  makemodel()
454  {  {
455      # makemodel directory      # makemodel directory
456      (      (
457        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
458            cd $1;
459            if test -x $EXECUTABLE ; then
460                echo "make skipped!"
461            else
462                echo "no executable!"
463                return 2
464            fi
465        else
466          cd $1;          cd $1;
467          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
468              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
469              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
470                    $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1
471                elif test "x$OADM" = xt ; then
472                    $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1
473                else
474                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
475                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE >> make.tr_log 2>&1
476                  else                  else
477                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS >> make.tr_log 2>&1
478                  fi                  fi
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
479              fi              fi
480              RETVAL=$?              RETVAL=$?
481              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
482                  tail make.log                  tail make.tr_log
483                  echo failed 1>&2                  echo failed
484                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log $CDIR"/make.tr_log"
485                    rm -f $EXECUTABLE
486                  return 1                  return 1
487              else              else
488                  echo successful 1>&2                  echo successful
489              fi              fi
490          fi          fi
491        fi
492      )      )
493  }  }
494    
# Line 443  symlink_mpifiles() Line 502  symlink_mpifiles()
502      code_dir=$2      code_dir=$2
503      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
504      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
505        
506      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
507      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
508    
509      #  Is this an MPI run?      #  Is this an MPI run?
510      if test "x$MPI" = xt ; then      if test "x$MPI" = xt ; then
# Line 478  symlink_mpifiles() Line 537  symlink_mpifiles()
537              fi              fi
538          done          done
539      fi      fi
540        
541  }  }
542    
543  linkdata()  linkdata()
# Line 489  linkdata() Line 548  linkdata()
548      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
549          (          (
550              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
551                echo 'linkdata from dirs:' $*
552                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
553                for xx in $inpMPI ; do
554                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
555                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
556                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
557                    if test "x$MPI" = "xt" ; then
558                    # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
559                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
560                        if test ! -r $yy ; then
561                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
562                            printf " $xx" 1>&2
563                        fi
564                    else
565                    # not mpi test: remove symbolic link
566                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
567                    fi
568                  fi
569                done
570              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
571              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
572                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
573                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
574                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
575                      if test ! -r eedata ; then                      if test ! -r eedata ; then
576                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
577                          printf 'eedata.mth ' 1>&2                          printf ' eedata.mth' 1>&2
578                      fi                      fi
579                  else                  else
580                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
581                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
582                  fi                  fi
583              fi              fi
584                prevDir='NONE'
585              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
586                  if test -d "../"$ldir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
587                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
588                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
589                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
590                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 515  linkdata() Line 594  linkdata()
594                              fi                              fi
595                          fi                          fi
596                      done                      done
597                        printf ' ;' 1>&2
598                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
599                          "../"$ldir"/"prepare_run                          "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
600                        else
601                            echo '' 1>&2
602                      fi                      fi
                     printf ' ; ' 1>&2  
603                  fi                  fi
604                    prevDir=$ldir
605              done              done
606          )          )
607      fi      fi
# Line 529  runmodel() Line 611  runmodel()
611  {  {
612      # runmodel directory      # runmodel directory
613      #      #
614      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
615      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
616      (      (
617          cd $1          cd $1
618          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
619          # make output.txt          if test -L $EXECUTABLE ; then
620          echo            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
621          rm -f run.log              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
622                outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
623              else rm -f $EXECUTABLE
624              fi
625            fi
626          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
627              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
628              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
         else  
             touch run.log  
629          fi          fi
630          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
631                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
632                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
633                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
634                  RETVAL=8                  RETVAL=8
635                    ENDVAL=-1
636          else          else
637              if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
638                  ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1                # output do not exist or is older than executable:
639                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
640                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
641                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
642                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
643              else              else
                 echo " $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1  
644                  RETVAL=0                  RETVAL=0
645                    if test -f $RUNLOG ; then
646                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
647                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
648                    else
649                        touch $RUNLOG
650                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
651                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
652                        echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
653                    fi
654              fi              fi
655                ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
656          fi          fi
657          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          rm -f run.log_tmp
658          # echo "pwd='"`pwd`"'"          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
659          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              echo successful
660              tail run.log              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
661              echo successful 1>&2              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
662              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
663              # if test "x$ADM" = x ; then              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
             #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"  
             # else  
             #   cp output_adm.txt $CDIR"/output_adm.txt"  
             # fi  
664              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
665              return 0              return 0
666            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
667                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
668                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
669                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
670                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
671                return 0
672          else          else
673              tail run.log              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
674              echo failed 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
675              cp run.log $CDIR"/run.log"              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
676                cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
677              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
678              return 1              return 1
679          fi          fi
# Line 582  createcodelet() Line 684  createcodelet()
684  {  {
685      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
686    
687      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
688      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
689  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
690  #include <math.h>  #include <math.h>
691  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
692    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
693    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
694    best = -22;    best = -22;
695    lncnt = 0;    lncnt = 0;
696    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
697      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
698      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
699      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
700      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
701      if (abave > 0.0) {      if ( abave == abave ) {
702        relerr=fabs(a-b)/abave;        if (abave > 0.0) {
703        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }          relerr=fabs(a-b)/abave;
704        else { linnum = -16 ; }          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
705        best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
706      }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
707          else { cmplin = -22 ; }
708       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
709          }
710       else {
711       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
712          break; }
713    }    }
714    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
715      if (linnum != -1) best=-99;
716    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
717    return 0;    return 0;
718  }  }
719  EOF  EOF
720      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
721    
722      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
723          echo "OK"          echo "OK"
724          return 0          return 0
725      else      else
726          echo          echo
727          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
728          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
729          exit 1          exit 1
730      fi      fi
# Line 628  formatresults() Line 737  formatresults()
737      nm=$1      nm=$1
738      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
739      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
740      printf '%3s' $@      listPrt=$@
741            listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
742      if [ $1 = '--' ]; then      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
743        printf '%3s' $listPrt
744    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
745    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
746    
747        if [ $xx = '..' ]; then
748            printf ' N/O '
749        elif [ $xx = '--' ]; then
750            printf ' N/O '
751        elif [ $xx = 99 ]; then
752          printf ' N/O '          printf ' N/O '
753      else      else
754          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
755              printf ' pass'              printf ' pass'
756          else          else
757              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 641  formatresults() Line 759  formatresults()
759      fi      fi
760      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
761      printf '\n'      printf '\n'
       
 }  
   
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
762    
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
763  }  }
764    
765  scandirs()  scandirs()
766  {  {
767      if [ $# -eq 1 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
768          for arg in * ; do          for arg in * ; do
769              test -d $arg/$1 && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
770          done          done
771      else      else
772          echo $*          echo $*
# Line 675  scandirs() Line 774  scandirs()
774  }  }
775    
776    
777    check_eedata()
778    {
779        # check_eedata size.h eedata
780        if [ $# -eq 2 ] ; then
781          if test -f $1 -a -f $2 ; then
782          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
783          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
784          if test "x$nx" = x ; then
785            rx=10
786          else
787            rx=`expr $sx % $nx`
788          fi
789          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
790          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
791          if test "x$ny" = x ; then
792            ry=20
793          else
794            ry=`expr $sy % $ny`
795          fi
796          echo `expr $rx + $ry`
797        else
798          echo '-1'
799          fi
800        else
801          echo '-2'
802        fi
803    
804    }
805    
806  ###############################################################################  ###############################################################################
807    
808    
# Line 682  scandirs() Line 810  scandirs()
810  debug=0  debug=0
811  verbose=1  verbose=1
812  clean=0  clean=0
 expts=''  
 # ieee=1  
813    
814  IEEE=true  IEEE=true
815  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
816      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
817  fi  fi
818    GSL=f
819    
820  CLEANUP=f  CLEANUP=f
821    NORUN=f
822  QUICK=f  QUICK=f
823    NOMAKE=f
824  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
825  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
826  NODEPEND=f  NODEPEND=f
# Line 702  BASH= Line 830  BASH=
830  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
831  ADDRESSES=  ADDRESSES=
832  TESTDIRS=  TESTDIRS=
833    SKIPDIRS=
834  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
835  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
836  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
837  COMMAND=  COMMAND=
838    MKDEPEND=
839  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
840      MAKE=make      MAKE=make
841  fi  fi
# Line 717  MPI=f Line 847  MPI=f
847  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
848  OUTDIR=  OUTDIR=
849  DELDIR=  DELDIR=
850    USE_R4=
851    
852  ADM=  ADM=
853    OADM=
854    
855  # Additional monitor types  # list of pTracers to check for monitor output
856  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
857    
858    MATCH_CRIT=13
859    
860  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
861    
862  ac_prev=  ac_prev=
# Line 736  for ac_option ; do Line 870  for ac_option ; do
870      fi      fi
871    
872      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
873        
874      case $ac_option in      case $ac_option in
875                    
876          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h)
# Line 749  for ac_option ; do Line 883  for ac_option ; do
883                    
884          -addr | --addr | -a | --a)          -addr | --addr | -a | --a)
885              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
886          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)
887              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
888            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
889                ac_prev=MPACKDIR ;;
890            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
891                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
892    
893          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
894              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
895          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)
896              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
897    
898            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
899                ac_prev=SKIPDIRS ;;
900            -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)
901                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
902    
903          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
904              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
905          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)
906              BASH=$ac_optarg ;;              BASH=$ac_optarg ;;
907    
908          -command | --command | -c | --c)          -command | --command | -c | --c)
909              ac_prev=COMMAND ;;              ac_prev=COMMAND ;;
910          -command=* | --command=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)
911              COMMAND=$ac_optarg ;;              COMMAND=$ac_optarg ;;
912    
913            -makedepend | --makedepend | -md | --md)
914                ac_prev=MKDEPEND ;;
915            -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*)
916                MKDEPEND=$ac_optarg ;;
917    
918          -make | --make | -m | --m)          -make | --make | -m | --m)
919              ac_prev=MAKE ;;              ac_prev=MAKE ;;
920          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)
921              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
922    
923          -odir | --odir)          -odir | --odir)
# Line 782  for ac_option ; do Line 930  for ac_option ; do
930          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
931              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
932    
933          -j) ac_prev=JOBS ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
934          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
935    
936            -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
937            -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
938    
939          -clean | --clean)          -clean | --clean)
940              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
941    
942            -norun | --norun | -nr | --nr)
943                NORUN=t ;;
944            -runonly | --runonly | -ro | --ro)
945                QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
946          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
947              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
948          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
# Line 806  for ac_option ; do Line 961  for ac_option ; do
961    
962          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
963    
964            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
965    
966          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
967          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
968            -gsl) GSL=t ;;
969    
970          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
971          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 815  for ac_option ; do Line 973  for ac_option ; do
973    
974          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
975    
976            -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
977    
978            -ts) TS=t;;
979            -papis) PAPIS=t;;
980            -pcls) PCL=t;;
981    
982          -*)          -*)
983              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
984              usage              usage
985              ;;              ;;
986            
987          *)          *)
988              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
989              usage              usage
990              ;;              ;;
991            
992       esac       esac
993        
994  done  done
995    
996  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 835  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 999  if test "x$QUICK" = xt ; then
999      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1000  fi  fi
1001    
1002    #- setting for forward or ADM testing
1003    if test "x$ADM" = xt ; then
1004        code_dir=code_ad
1005        inputdir=input_ad
1006        ref_outp="output_adm.txt"
1007        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1008    elif test "x$OADM" = xt ; then
1009        code_dir=code_oad
1010        inputdir=input_oad
1011        ref_outp="output_oadm.txt"
1012        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1013    else
1014        code_dir=code
1015        inputdir=input
1016        ref_outp="output.txt"
1017        EXECUTABLE="mitgcmuv"
1018    fi
1019    
1020    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1021  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1022      if test "x$ADM" = xt ; then      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1023          TESTDIRS=`scandirs results_ad`  elif test $xx = 'start_from' ; then
1024      else      xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1025          TESTDIRS=`scandirs results`      LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
     fi  
1026  else  else
1027      #- expand group of experiments:      #- expand group of experiments:
1028      LIST=" "      LIST=" "
1029      for xx in $TESTDIRS      for xx in $TESTDIRS
1030      do      do
1031        case $xx in        case $xx in
1032          'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs front_relax global_ocean.90x40x15"          'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
1033                   LIST=${LIST}" hs94.128x64x5 tutorial_barotropic_gyre"                   LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
1034                   LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_biogeo tutorial_plume_on_slope"                   LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
1035                  ;;                  ;;
1036          'tutorials')          'tutorials')
1037                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1038          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1039        esac        esac
1040      done      done
1041      #echo 'LIST='${LIST}'<'  fi
1042      #- remove duplicate and non-directory:  #echo 'LIST='${LIST}'<'
1043      TESTDIRS=" "  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1044      for xx in $LIST  TESTDIRS=" "
1045      do  count=0
1046    for xx in $LIST
1047    do
1048        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1049        if test $yy = 0 ; then
1050          if test -d $xx ; then          if test -d $xx ; then
1051              yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`              yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1052              if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi              if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1053          else          else count=1 ;
1054              echo " -- skip \"$xx\" : not a directory !"              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1055          fi          fi
1056      done      else
1057  fi          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1058            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1059            fi
1060        fi
1061    done
1062    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1063  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1064    
1065  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1066      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1067  fi  fi
1068    
1069  if test "x$ADM" = xt ; then  RUNLOG="run.tr_log"
1070      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"  OUTPUTFILE=$ref_outp
     OUTPUTFILE="output_adm.txt"  
 else  
     EXECUTABLE="mitgcmuv"  
     OUTPUTFILE="output.txt"  
 fi  
   
 if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  
     COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"  
 fi  
   
1071  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1072      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1073  fi  fi
1074    if test "x$MPI" = xt ; then
1075        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1076    fi
1077    
 #echo "OK"  
1078  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1079    
1080    # set the Default List of output variables to be checked:
1081    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1082    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1083    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1084    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1085        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1086        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1087        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1088        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1089        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1090    else
1091        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1092        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1093        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1094    fi
1095    
1096  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1097  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1098        echo "skipping comparison code build"
1099    else
1100        createcodelet
1101    fi
1102    
1103  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1104  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1105      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1106  else  else
1107      build_mpack      build_mpack
1108  fi  fi
1109    
1110  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1111    CMDLINE=$0
1112    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1113        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1114                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1115    done
1116    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1117  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1118  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1119  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1120  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1121  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1122      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1123    else
1124        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1125        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1126  fi  fi
1127  DNUM=0  DNUM=0
1128  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
# Line 925  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1137  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1137      exit 1      exit 1
1138  fi  fi
1139  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 printf "Start time:  " >> $SUMMARY  
1140  start_date=`date`  start_date=`date`
1141  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1142    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1143    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1144    
1145  of_path=  of_path=
1146  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 956  else Line 1169  else
1169  fi  fi
1170  echo  echo
1171  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1172  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1173      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1174        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1175        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1176           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1177      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1178      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1179      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1180      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1181      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
         #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`  
         #  if test "x$tst" = xt ; then  
1182          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1183          line_1="$line_1        m  s"          line_1="$line_1        m  s"
1184          line_2="$line_2  m  m  e  ."          line_2="$line_2  m  m  e  ."
1185          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1186          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
         #  fi  
1187      done      done
1188      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1189      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
# Line 981  if test "x$ADM" = x ; then Line 1194  if test "x$ADM" = x ; then
1194  else  else
1195      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1196      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1197        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1198        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1199        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1200        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1201      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1202  G D M    C  G  G D M    C  G
1203  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 989  N n k u  s  a Line 1206  N n k u  s  a
1206    
1207  EOF  EOF
1208  fi  fi
1209    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1210    
1211  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1212  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1213        
1214        # set builddir & rundir:
1215        builddir="build"
1216        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1217        rundir="run"
1218        pfxdir="tr_$rundir"
1219        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1220            rundir=$builddir
1221        fi
1222        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1223        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1224    
1225      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1226      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1227          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1228              echo '  ------  clean dir:' $dir/build          makeclean $BUILD_DIR
1229              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          (   cd $BUILD_DIR
1230          fi              rm -f $EXECUTABLE *.bak
1231          if test -d $dir/run/CVS ; then              rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1232              echo '  ------  clean dir:' $dir/run              rm -f genmake.tr_log make.tr_log
             run_clean $dir/run  
         fi  
         (  
             cd $dir  
             rm -rf tr_run.*  
1233          )          )
1234            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1235                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1236                run_clean $dir/$rundir
1237            fi
1238            trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1239            ttd=`echo $trdir | wc -w`
1240            if test $ttd != 0 ; then
1241                echo '  --- rm dir:' $trdir
1242                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1243            fi
1244          continue          continue
1245      fi      fi
1246    
1247      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1248      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1249      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"  
     fi  
1250      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1251          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1252          continue          continue
1253      fi      fi
     if test "x$ADM" = x ; then  
         check_for_add_mon_output  $fout  
     fi  
   
     # Check for additional types of monitor output  
1254    
1255      builddir="build"      # Check for specific files for particular type of run
     if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi  
     rundir="run"  
    #rundir=$builddir  
     if test ! -d $dir/$rundir ; then  
         rundir=$builddir  
     fi  
       
     if test "x$ADM" = x ; then  
         code_dir=code  
         CODE_DIR=$dir/code  
         input_dirs='input'  
     else  
         code_dir=code_ad  
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
         input_dirs='input_ad input'  
     fi  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
1256    
1257      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1258          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
# Line 1055  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1262  for dir in $TESTDIRS ; do
1262          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1263          continue          continue
1264      fi      fi
1265        if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1266          retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1267          if test $retv != 0 ; then
1268            echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1269            continue
1270          fi
1271        fi
1272    
1273      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1274      extra_runs=      extra_runs=
1275      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$NORUN" = xf ; then
1276          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1277          #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      fi
1278          for exd in $ex_run_dirs ; do      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1279              name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`      for exd in $ex_run_dirs ; do
1280              outf="$dir/results/output.$name.txt"          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1281              if test -f $outf -a -r $outf ; then          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1282                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then          outf="$dir/results/$refExOut"
1283                      if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1284                          extra_runs="$extra_runs $name"            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1285                      #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1286                      fi                if test "x$MPI" = "xt" ; then
1287                  else                  retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1288                    if test $retv = 0 ; then
1289                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1290                    else
1291                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1292                  fi                  fi
1293                  else
1294                    extra_runs="$extra_runs $name"
1295                  fi
1296                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1297              fi              fi
1298          done            else
1299      fi              extra_runs="$extra_runs $name"
1300              fi
1301            fi
1302        done
1303    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1304      echo      echo
1305      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1306         echo "Experiment:  $dir"         echo "Experiment:  $dir"
1307      else      else
1308         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1309      fi      fi
1310      echo      echo
1311      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1312      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1313    
1314      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1315      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1316      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1317      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1318        
1319      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
1320          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='              run=N
1321          makeclean $dir/$builddir \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1322              && run_clean $dir/$rundir              && makeclean $dir/$builddir \
1323                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1324                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1325                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1326      else      else
1327          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1328              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
             && run_clean $dir/$rundir \  
1329              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1330              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1331              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1332              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \              && run_clean $dir/$rundir \
1333                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1334              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1335              && results=`testoutput $dir $rundir "txt"`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1336      fi      fi
1337            #echo "results='$results'"
1338      echo  
     if test "x$ADM" = x ; then  
1339          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1340          echo          echo 1>&2
1341          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1342          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          touch $locDIR"/summary.txt"
1343          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1344          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1345          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1346          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
1347            echo "tdir='$dir'" >> $locDIR"/summary.txt"
1348            if test "x$ADM" = xt ; then
1349                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1350                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1351                                    >> $locDIR"/summary.txt"
1352            fi
1353    
1354          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1355              unset run              unset run
1356              results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'              results=$EMPTY_RESULTS
1357                #  reference output file
1358                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1359              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1360              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1361              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1362              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1363              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1364              run_clean $dir/tr_run.$ex              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1365              linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1366              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1367                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex ${ex}".txt"`              && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
1368              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1369              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1370              echo              echo 1>&2
1371              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1372              echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              touch $locDIR"/summary.txt"
1373              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1374              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1375              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1376              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
1377                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $locDIR"/summary.txt"
1378                if test "x$ADM" = xt ; then
1379                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1380                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$pfxdir.$ex/$OUTPUTFILE \
1381                                       >> $locDIR"/summary.txt"
1382                fi
1383              if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then              if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1384                  run_clean $dir/tr_run.$ex                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1385              fi              fi
1386          done          done
     else  
         fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
         fres=$fres"$results   $dir"  
         echo  
         echo "$fres" >> $SUMMARY  
         echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                            >> $CDIR"/summary.txt"  
     fi  
1387    
1388        if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1389            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1390                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1391                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1392                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1393                echo $mkOpt >> $DRESULTS/genmake_state
1394            fi
1395        fi
1396      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1397      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1398          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1399              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1400      fi      fi
1401        
1402      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1403        
1404  done  done
1405    
1406  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1407  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1408  printf "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1409  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1410    
# Line 1196  else Line 1429  else
1429              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1430              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1431              echo              echo
1432                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1433                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1434          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1435      fi      fi
1436  fi  fi
1437    
1438  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1439  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum      rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1440    fi
1441    
1442  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1443      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1444      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1445          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1446      fi      fi
1447      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1448  fi  fi
1449    
1450  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then

Legend:
Removed from v.1.85  
changed lines
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