/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
ViewVC logotype

Diff of /MITgcm/verification/testreport

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Revision Graph Revision Graph | View Patch Patch

revision 1.146 by jmc, Tue Nov 2 22:53:11 2010 UTC revision 1.191 by jmc, Thu Jul 25 00:42:41 2013 UTC
# Line 12  usage() Line 12  usage()
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18        echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
19        echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
20        echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
21      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
22      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
23      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
# Line 25  usage() Line 28  usage()
28      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
29      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
30      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
31        echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
32        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
33      echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
34      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
35      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
36      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
37      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
38        echo "  (-tlm)                   perform a Tangent Linear run"
39      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
40      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
41      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
# Line 38  usage() Line 44  usage()
44      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
45      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
46      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
47      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"  #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
48      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"  #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
49      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
50      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
51      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
52      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
53        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
54      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
55        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
56      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
57      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
58      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
59      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
60      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
61        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
62        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
63      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
64      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
65      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
# Line 108  testoutput_var() Line 118  testoutput_var()
118      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
119      #      #
120      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
121      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/$reference_output
122      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
123    
124      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
# Line 121  testoutput_var() Line 131  testoutput_var()
131              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
132                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
133              fi              fi
134              return 99              rm -f tmp1.txt ; return 99
135          fi          fi
136      else      else
137          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
138          return 99          return 99
139      fi      fi
140      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
141          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$5 1>&2
142      fi      fi
143      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
144      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
145      if [ $lncntB -lt 2 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
146          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
147              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
148          fi          fi
149          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
150      fi      fi
151      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
152          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
153              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
154          fi          fi
155          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
156      fi      fi
157      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
158      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
159          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
160          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
161      fi      fi
162      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
163      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
164          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
165          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
166      fi      fi
167      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
168          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
# Line 189  testoutput_run() Line 199  testoutput_run()
199      #      #
200      #  test output from 1 run in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
201  # --> same processing for adjoint & forward test  # --> same processing for adjoint & forward test
202          # default list of output variables to be checked:          # default list of output variables to be checked:
203          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
204          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
205          listChk=$DEF_CHECK_LIST          listChk=$DEF_CHECK_LIST
206          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
207          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
208          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
209          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
210          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
211                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
212          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
213          # check for ptracer output in reference_output file :          # set ref.outp file-name and, if compressed, uncompress it into subdir
214          outpref=$1/results/$3          refoutp=results/$3
215          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"          if test ! -r $1/results/$3 ; then
216          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"            if test -r $1/results/${3}.gz ; then
217          for ii in $PTRACERS_NUM ; do              tmpNam1=$3
218                tmpNam2=`echo $tmpNam1 | sed 's/\..*\././'`
219                if test "x$tmpNam1" = "x$tmpNam2" ; then
220                    tmpNam1=`echo $tmpNam2 | sed 's/\./.std./'`
221                fi
222                refoutp=$2/$tmpNam1
223                if [ $debug -gt 0 ]; then
224                    echo "testoutput_run: gunzip 'results/$3.gz' into '$refoutp'" 1>&2
225                fi
226                gzip -cd $1/results/${3}.gz > $1/$refoutp
227              else
228                echo "missing reference output file '$3' (.gz) in '$1/results/'"
229              fi
230            fi
231            # check for ptracer output in reference_output file :
232            if test $KIND = 0 ; then
233              ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
234              ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
235              for ii in $PTRACERS_NUM ; do
236              ptrfound=0              ptrfound=0
237              for jj in $ptr_mon ; do              for jj in $ptr_mon ; do
238                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
239                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`                  tst=`grep $name $1/$refoutp | wc -l | awk '{print $1}'`
240                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
241              done              done
242              if test $ptrfound = '1' ; then              if test $ptrfound = '1' ; then
243                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
244              else              else
245                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
               if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  
246                # remove this ptr from the list of output variable to check                # remove this ptr from the list of output variable to check
247                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
248                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
               fi  
249              fi              fi
250          #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2            # eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
251          done            done
252          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`          fi
253          if test $tst != 1 ; then          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
254            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2          if test $tst != 1 ; then
255                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
256            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
257          #- put it back once:            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
258            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`          #- put it back once:
259          fi            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
260            fi
261          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
262          echo "listVar='$listVar'" > $locDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
263          allargs=""          #---
264          for xx in $listVar          allargs=""
265          do          for xx in $listVar
266            case $xx in          do
267              case $xx in
268             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
269                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
270                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $refoutp ; yy=$?
271                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
272            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  ref_cost_function" "ADM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
273            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;           'AdGrd') testoutput_var $1 "ADM  adjoint_gradient"  "ADM Ad Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
274             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'FDGrd') testoutput_var $1 "ADM  finite-diff_grad"  "ADM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
275             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;          'tlmCst') testoutput_var $1 "TLM  ref_cost_function" "TLM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
276             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;          'tlmGrd') testoutput_var $1 "TLM  tangent-lin_grad"  "TLM TL Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
277             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;          'fwdGrd') testoutput_var $1 "TLM  finite-diff_grad"  "TLM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
278             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
279             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
280             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
281             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
282             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
283             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
284             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
285             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
286             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
287             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
288             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
289             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
290               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
291               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
292               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
293               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
294          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
295             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
296          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
297             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
298          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
299             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
300          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
301             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
302           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
303           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
304           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
305           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
306           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
307           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
308           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
309           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
310           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
311           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
312           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
313           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
314          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;           'uSImn') testoutput_var $1 "seaice_uice_min"   "SIce Uice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
315          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSImx') testoutput_var $1 "seaice_uice_max"   "SIce Uice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
316          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSIav') testoutput_var $1 "seaice_uice_mean"  "SIce Uice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
317          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;           'uSIsd') testoutput_var $1 "seaice_uice_sd"    "SIce Uice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
318          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImn') testoutput_var $1 "seaice_vice_min"   "SIce Vice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
319          'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImx') testoutput_var $1 "seaice_vice_max"   "SIce Vice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
320                *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;           'vSIav') testoutput_var $1 "seaice_vice_mean"  "SIce Vice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
321            esac           'vSIsd') testoutput_var $1 "seaice_vice_sd"    "SIce Vice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
322            if test $xx = $sVar          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
323            then allargs="$allargs > $yy <"          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
324            else allargs="$allargs $yy"          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
325            fi          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Glob-ave"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
326          done          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South-av"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
327            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North-av"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
328            'HthMxS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_max_S" "thSIc H South-max" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
329            'HthMxN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_max_N" "thSIc H North-max" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
330            'StrmIc') testoutput_var $1 "STREAMICE_FP_ERR" "StreamIce Solver" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
331                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
332              esac
333              if test $xx = $sVar
334              then allargs="$allargs > $yy <"
335              else allargs="$allargs $yy"
336              fi
337            done
338    
339          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
340          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
341          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
342            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
343            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
344          else          else
345            echo $allargs            echo $allargs
346          fi          fi
347  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
# Line 321  genmakemodel() Line 364  genmakemodel()
364              if test "x$MKDEPEND" != x ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
365                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
366              fi              fi
367              if test "x$ADM" = xt ; then              if test $KIND = 1 -o $KIND = 2 ; then
368                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
369              elif test "x$OADM" = xt ; then              elif test $KIND = 4 ; then
370                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
371              else              else
372                  command="$command -mods=../code"                  command="$command -mods=../code"
# Line 331  genmakemodel() Line 374  genmakemodel()
374              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
375                  command="$command -optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
376              fi              fi
377              if test "x$IEEE" != x ; then              if test $OptLev = 1 ; then
378                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
379              fi              fi
380                if test $OptLev = 0 ; then
381                    command="$command -devel"
382                fi
383              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
384                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
385              fi              fi
386              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" != x0 ; then
387                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
388              fi              fi
389              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
# Line 347  genmakemodel() Line 393  genmakemodel()
393              if test "x$USE_R4" = xt ; then              if test "x$USE_R4" = xt ; then
394                  command="$command -use_r4"                  command="$command -use_r4"
395              fi              fi
396                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
397                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
398                fi
399              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
400                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
401              fi              fi
# Line 365  genmakemodel() Line 414  genmakemodel()
414              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
415                  tail genmake.tr_log                  tail genmake.tr_log
416                  echo "genmakemodel: genmake failed"                  echo "genmakemodel: genmake failed"
417                  cp genmake_* genmake.tr_log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
418                  return 1                  return 1
419              else              else
420                  echo "successful"                  echo "successful"
# Line 386  makeclean() Line 435  makeclean()
435              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
436              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
437                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
                 rm -f Makefile.old  
438                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
439                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
440                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
441                      tail make.tr_log                      tail make.tr_log
442                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
443                      cp make.tr_log $CDIR"/make.tr_log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
444                      return 1                      return 1
445                  fi                  fi
446                  echo successful                  echo successful
# Line 410  run_clean() Line 458  run_clean()
458      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
459          echo "run_clean skipped!"          echo "run_clean skipped!"
460      else      else
461          (        (
462              cd $1;          cd $1;
463              printf 'clean run-dir ... '          printf 'clean run-dir ... '
464              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"          # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
465              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;          find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
466              find . -name "*.data" -exec rm {} \;          find . -name "*.data" -exec rm {} \;
467              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;          find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
468              find . -type l -exec rm {} \;          find . -type l -exec rm {} \;
469              rm -f $EXECUTABLE $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime          #- should remove executable only if sym-link (already done above)
470              rm -rf mnc_test_*          rm -f $RUNLOG *.txt STDOUT.* STDERR.* *diagnostics.log *.[0-9][0-9][0-9][0-9].log
471              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000          rm -f datetime costfinal divided.ctrl snapshot* output_adm.*.diva_*
472              echo successful          rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
473              exit 0          rm -f oad_cp.[0-9][0-9][0-9].?????
474          )          rm -rf mnc_test_*
475            echo successful
476            exit 0
477          )
478      fi      fi
479  }  }
480    
# Line 441  makedependmodel() Line 492  makedependmodel()
492              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
493                  tail make.tr_log                  tail make.tr_log
494                  echo "makedependmodel: make depend failed"                  echo "makedependmodel: make depend failed"
495                  cp make.tr_log $CDIR"/make.tr_log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
496                  return 1                  return 1
497              else              else
498                  echo successful                  echo successful
# Line 454  makemodel() Line 505  makemodel()
505  {  {
506      # makemodel directory      # makemodel directory
507      (      (
508        mk_fail=0
509      if test "x$NOMAKE" = xt ; then      if test "x$NOMAKE" = xt ; then
510          cd $1;          cd $1;
511          if test -x $EXECUTABLE ; then          if test -x $EXECUTABLE ; then
512              echo "make skipped!"              echo "make skipped!"
513          else          else
514              echo "no executable!"              echo "no executable!"
515              return 2              mk_fail=3
516          fi          fi
517      else      else
518          cd $1;          cd $1;
519          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
520              printf 'make ... '              printf 'make ... '
521              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$REPLMAKE" = x ; then
522                  $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1                  $MAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
523              elif test "x$OADM" = xt ; then              else
524                  $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1                  $REPLMAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
             else  
                 if test "x$JOBS" = x ; then  
                     $MAKE >> make.tr_log 2>&1  
                 else  
                     $MAKE -j $JOBS >> make.tr_log 2>&1  
                 fi  
525              fi              fi
526              RETVAL=$?              RETVAL=$?
527              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
528                  tail make.tr_log                  tail make.tr_log
529                  echo failed                  echo failed
530                  cp make.tr_log $CDIR"/make.tr_log"                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
531                    tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
532                  rm -f $EXECUTABLE                  rm -f $EXECUTABLE
533                  return 1                  mk_fail=1
534              else              else
535                  echo successful                  echo successful
536              fi              fi
537            else
538                echo "no Makefile !"
539                mk_fail=2
540            fi
541        fi
542        if test $KIND = 1 -a -f taf_ftl.log ; then
543            head -1 taf_ftl.log >> $CDIR"/summary.txt"
544        fi
545        if test $KIND = 2 -a -f taf_ad.log ; then
546            head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
547            nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
548            nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
549            if test -f taf_output ; then
550                n2er=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_output`
551                n3er=`grep -c '\*ERROR\* ' taf_output`
552                nerr=`expr $nerr + $n2er + $n3er`
553          fi          fi
554            echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
555                                    >> $CDIR"/summary.txt"
556      fi      fi
557        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
558      )      )
559  }  }
560    
561    mk_mpi_size()
562    {
563        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb threads_Nb_X threads_Nb_Y
564        #
565        #  make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
566        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
567        #  ensure that enough tiles per proc (nSx,nSy) remain for the given
568        #     number of threads (nTx,nTy) ;
569        #  return the effective number of processors.
570    
571        inp=$1
572        out=$2
573        np=$3
574        tx=$4
575        ty=$5
576        tmp=TTT.$$
577    
578        # dirX : select with direction to favor in MPI process repartition
579        #   dirX=1 : prefer to put more proc in X direction
580        #   dirX=0 : prefer to put more proc in Y direction
581        dirX=0
582    
583        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
584        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
585        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
586        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
587    
588        #- for each direction, assume # of threads is a multiple of total number of tiles
589        nx=$px
590        if [ `expr $sx % $tx` -ne 0 -a `expr $sx \* $px % $tx` -eq 0 ] ; then
591            nx=`expr $sx \* $px / $tx`
592            if [ $verbose -gt 1 ]; then
593                echo " change px from $px to $nx to accommodate $tx threads"
594            fi
595        fi
596        ny=$py
597        if [ `expr $sy % $ty` -ne 0 -a `expr $sy \* $py % $ty` -eq 0 ] ; then
598            ny=`expr $sy \* $py / $ty`
599            if [ $verbose -gt 1 ]; then
600                echo " change py from $py to $ny to accommodate $ty threads"
601            fi
602        fi
603        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
604        pp=0
605        i=1
606        while [ $i -le $nx ] ; do
607          if [ `expr $nx % $i` -eq 0 ] ; then
608            j=1
609            while [ $j -le $ny ] ; do
610              if [ `expr $ny % $j` -eq 0 ] ; then
611                ij=`expr $i \* $j`
612                if [ $ij -gt $pp ] ; then
613                    flag=1
614                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
615                    flag=$dirX
616                else
617                    flag=0
618                fi
619                if test $flag = 1 ; then
620                  if [ $ij -le $np ] ; then
621                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
622                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
623                  fi
624                fi
625              fi
626              j=`expr $j + 1`
627            done
628          fi
629          i=`expr $i + 1`
630        done
631    
632        #- create new SIZE.h type file:
633        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
634        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
635        if [ $verbose -gt 1 ]; then
636            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
637        fi
638        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
639        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
640        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
641        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
642        rm -f $tmp
643        return $pp
644    }
645    
646  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
647  {  {
648      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 500  symlink_mpifiles() Line 651  symlink_mpifiles()
651    
652      dir=$1      dir=$1
653      code_dir=$2      code_dir=$2
654      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
     CODE_DIR=$dir/$code_dir  
655    
656      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
657      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
658    
659      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
660      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
661          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
662          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
663          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
664              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
665              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
666              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
667              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
668              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
669                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
670                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
671                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
672                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
673                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
674                        rm -f $build_dir/$name
675                  fi                  fi
676              fi              fi
677          done          else
678      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
679                # dir so long as there is no real file in place
680                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
681                RETVAL=$?
682                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
683                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
684                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
685                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
686                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
687                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
688                    fi
689                fi
690            fi
691        done
692  }  }
693    
694  linkdata()  linkdata()
# Line 549  linkdata() Line 700  linkdata()
700          (          (
701              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
702              echo 'linkdata from dirs:' $*              echo 'linkdata from dirs:' $*
703              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
704              for xx in $inpMPI ; do              for xx in $inpMPI ; do
705                if test -r "../"$1"/"$xx ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
706                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
707                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
708                  if test "x$MPI" = "xt" ; then                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
709                  # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file                      # not mpi test: remove symbolic link
710                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
711                    else
712                        # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
713                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
714                      if test ! -r $yy ; then                      if test ! -r $yy ; then
715                          ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;                          ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
716                          printf " $xx" 1>&2                          printf " $xx" 1>&2
717                      fi                      fi
                 else  
                 # not mpi test: remove symbolic link  
                     if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi  
718                  fi                  fi
719                fi                fi
720              done              done
# Line 584  linkdata() Line 735  linkdata()
735              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
736              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
737                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
738                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
739                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
740                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
741                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 611  runmodel() Line 762  runmodel()
762  {  {
763      # runmodel directory      # runmodel directory
764      #      #
765      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
766      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
767      (      (
768          cd $1          cd $1
769          printf 'runmodel in %s ... ' $1          printf 'runmodel in %s ... ' $1
770            if test "x$MPI" != x0 ; then
771                #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
772                #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
773                COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
774                if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
775                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
776                fi
777                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
778            fi
779          if test -L $EXECUTABLE ; then          if test -L $EXECUTABLE ; then
780            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
781              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
782              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi              outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
783            else rm -f $EXECUTABLE            else rm -f $EXECUTABLE
784            fi            fi
785          fi          fi
786          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
787              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
788              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
789          fi          fi
790          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
791                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
792                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
793                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
794                  RETVAL=8              RETVAL=8
795                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
796          else          else
797              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
798                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
799                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
800                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
801                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1          #- Divided Adjoint Run:
802                  RETVAL=$?          #  get the number of additional runs (add_DIVA_runs) from file "run_ADM_DIVA"
803              else              if test $KIND = 2 -a -f run_ADM_DIVA ; then
804                  RETVAL=0                adm_diva_nb=`sed -n '/^ *add_DIVA_runs\>.*=/p' run_ADM_DIVA | sed 's/ //g'`
805                  if test -f $RUNLOG ; then                echo " Divided Adjoint Run: $adm_diva_nb" >> $RUNLOG
806                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                eval "let $adm_diva_nb"
807                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                if [ $add_DIVA_runs -ge 1 ] ; then
808                  else                  rm -f costf* divided.ctrl snapshot*
809                      touch $RUNLOG                  echo -n "(add_DIVA_runs=$add_DIVA_runs) ... "
810                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                  for ii in `seq 1 $add_DIVA_runs` ; do
811                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
812                      echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1                    echo " additional DIVA run # $ii : done" >> $RUNLOG
813                  fi                    mv -f $OUTPUTFILE ${OUTPUTFILE}.diva_${ii}
814                    done
815                  fi
816                fi
817            #- special DIVA processing ends here
818                ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
819                RETVAL=$?
820                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
821                if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
822                    find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
823                    find . -name "*.data" -exec rm {} \;
824                    rm -rf mnc_test_*
825              fi              fi
826              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            else
827                RETVAL=0
828                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
829                touch $RUNLOG
830                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
831                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
832              fi
833          fi          fi
834          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
835            #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE and time
836            if test -f $OUTPUTFILE ; then
837              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
838                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
839              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE \
840                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
841            fi
842            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
843          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
844              echo successful              echo successful
845              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
846              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
             # === Reduce the size of the testing emails!  
             #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE  
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
847              return 0              return 0
848          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
849              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
# Line 674  runmodel() Line 856  runmodel()
856              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
857              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
858              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
859              return 1              return 1
860          fi          fi
861      )      )
# Line 758  formatresults() Line 939  formatresults()
939          fi          fi
940      fi      fi
941      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
942        if test $KIND = 2 ; then
943            #-- apppend taf repport summary:
944            tafrep=`grep -c '^ TAF reports ' $CDIR/summary.txt`
945            if test $tafrep = 1 ; then
946                grep '^ TAF reports ' $CDIR/summary.txt | awk '{printf "  (e=%i, w=%i)",$3,$6}'
947            fi
948        fi
949      printf '\n'      printf '\n'
950    
951  }  }
# Line 766  scandirs() Line 954  scandirs()
954  {  {
955      if [ $# -eq 1 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
956          for arg in * ; do          for arg in * ; do
957              test -f $arg/$1 && echo $arg             #test -f $arg/$1 && echo $arg
958                test -f $arg/$1 -o -f $arg/$1.gz && echo $arg
959          done          done
960      else      else
961          echo $*          echo $*
# Line 776  scandirs() Line 965  scandirs()
965    
966  check_eedata()  check_eedata()
967  {  {
968      # check_eedata size.h eedata      # check_eedata eedata size.h
969      if [ $# -eq 2 ] ; then      if [ $# -eq 2 ] ; then
970        if test -f $1 -a -f $2 ; then       if test -f $1 -a -f $2 ; then
971        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`        nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
972        nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`        sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
973        if test "x$nx" = x ; then        if test "x$nx" = x ; then
974          rx=10          rx=10
975        else        else
976          rx=`expr $sx % $nx`          rx=`expr $sx % $nx`
977        fi        fi
978        sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`        ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
979        ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`        sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
980        if test "x$ny" = x ; then        if test "x$ny" = x ; then
981          ry=20          ry=20
982        else        else
983          ry=`expr $sy % $ny`          ry=`expr $sy % $ny`
984        fi        fi
985        echo `expr $rx + $ry`        echo `expr $rx + $ry`
986      else       else
987        echo '-1'        echo '-1'
988        fi       fi
989        elif [ $# -eq 1 ] ; then
990         if test -f $1 ; then
991          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
992          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
993          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
994          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
995         #echo $nx $ny
996          echo $nx
997         else
998          echo '-1'
999         fi
1000      else      else
1001        echo '-2'        echo '-2'
1002      fi      fi
# Line 809  check_eedata() Line 1009  check_eedata()
1009  #  Default properties  #  Default properties
1010  debug=0  debug=0
1011  verbose=1  verbose=1
1012  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
1013    
1014  IEEE=true  OptLev=1
 if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  
     IEEE=$MITGCM_IEEE  
 fi  
1015  GSL=f  GSL=f
1016    
1017  CLEANUP=f  CLEANUP=f
# Line 824  NOMAKE=f Line 1021  NOMAKE=f
1021  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
1022  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
1023  NODEPEND=f  NODEPEND=f
1024  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
1025    
1026  BASH=  BASH=
1027  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 839  MKDEPEND= Line 1036  MKDEPEND=
1036  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
1037      MAKE=make      MAKE=make
1038  fi  fi
1039    REPLMAKE=
1040  if test "x$CC" = x ; then  if test "x$CC" = x ; then
1041      CC=cc      CC=cc
1042  fi  fi
1043  JOBS=  JOBS=
1044  MPI=f  TARG=
1045    MPI=0
1046    MPI_MFILE=
1047  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
1048  OUTDIR=  OUTDIR=
1049  DELDIR=  DELDIR=
1050  USE_R4=  USE_R4=
1051    EXTRFLG=
1052    
1053  ADM=  #- type of testing (KIND):
1054  OADM=  #   KIND=0 : forward (= default) ;  KIND=1 : Tangent Linear with TAF ;
1055    #   KIND=2 : Adjoint with TAF ;     KIND=4 : Adjoint with OpenAD
1056    KIND=0
1057    
1058  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
1059  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
1060    
1061  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=10
1062    
1063  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
1064    
# Line 873  for ac_option ; do Line 1076  for ac_option ; do
1076    
1077      case $ac_option in      case $ac_option in
1078                    
1079          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
1080              usage ;;  
1081                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
1082          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
1083              ac_prev=OPTFILE ;;  
1084          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
1085              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
1086                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
1087          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
1088              ac_prev=ADDRESSES ;;  
1089          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
1090              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
1091          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
1092              ac_prev=MPACKDIR ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
1093          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
1094              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1095            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1096          -tdir | --tdir | -t | --t)  
1097              ac_prev=TESTDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1098          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1099              TESTDIRS=$ac_optarg ;;  
1100            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1101          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1102              ac_prev=SKIPDIRS ;;  
1103          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1104              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1105    
1106          -bash | --bash | -b | --b)          -repl_mk | --repl_mk ) ac_prev=REPLMAKE ;;
1107              ac_prev=BASH ;;          -repl_mk=* | --repl_mk=*) REPLMAKE=$ac_optarg ;;
1108          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)  
1109              BASH=$ac_optarg ;;          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1110            -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1111          -command | --command | -c | --c)  
1112              ac_prev=COMMAND ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1113          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
             COMMAND=$ac_optarg ;;  
   
         -makedepend | --makedepend | -md | --md)  
             ac_prev=MKDEPEND ;;  
         -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*)  
             MKDEPEND=$ac_optarg ;;  
   
         -make | --make | -m | --m)  
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
1114    
1115          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1116          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
# Line 936  for ac_option ; do Line 1118  for ac_option ; do
1118          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1119          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1120    
1121          -clean | --clean)          -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1122              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;          -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1123    
1124          -norun | --norun | -nr | --nr)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             NORUN=t ;;  
         -runonly | --runonly | -ro | --ro)  
             QUICK=t ; NOMAKE=t ;;  
         -quick | --quick | -q | --q)  
             QUICK=t ;;  
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
1125    
1126          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1127              POSTCLEAN=t ;;          -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1128            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1129            -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1130            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1131            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1132            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1133    
1134            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1135            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1136    
1137            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1138            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1139            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1140    
1141          -mpi) MPI=t ;;          -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1142            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1143    
1144          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1145    
1146          -adm | -ad) ADM=t ;;          -tlm) if test $KIND = 0 ; then KIND=1 ; else
1147                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1148          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;                fi ;;
1149            -adm | -ad) if test $KIND = 0 ; then KIND=2 ; else
1150          -ieee) IEEE=true ;;                  echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1151          -noieee) IEEE= ;;                fi ;;
1152          -gsl) GSL=t ;;          -oad) if test $KIND = 0 ; then KIND=4 ; NODEPEND=t ; else
1153                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1154                  fi ;;
1155    
1156            -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1157                     printf " ... " ;;
1158            -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1159                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1160            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1161            -devel) OptLev=0 ;;
1162            -gsl) GSL=t ;;
1163    
1164          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1165          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 979  for ac_option ; do Line 1173  for ac_option ; do
1173          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
1174          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1175    
1176          -*)          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1177              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              usage ;;
1178              usage          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1179              ;;              usage ;;
   
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
1180    
1181       esac       esac
1182    
# Line 999  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1188  if test "x$QUICK" = xt ; then
1188      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1189  fi  fi
1190    
1191    #- check length of MPI machine file:
1192    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1193        if test -r $MPI_MFILE ; then
1194            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1195            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1196              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1197              usage
1198            fi
1199            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1200                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1201            fi
1202        else
1203              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1204              usage
1205        fi
1206    fi
1207    
1208  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1209  if test "x$ADM" = xt ; then  if test $KIND = 1 ; then
1210        TARG=ftlall
1211        code_dir=code_ad
1212        inputdir=input_ad
1213        ref_outp="output_tlm.txt"
1214        EXECUTABLE="mitgcmuv_ftl"
1215    elif test $KIND = 2 ; then
1216        if test "x$TARG" = xobj ; then TARG=adobj ; else TARG=adall ; fi
1217      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
1218      inputdir=input_ad      inputdir=input_ad
1219      ref_outp="output_adm.txt"      ref_outp="output_adm.txt"
1220      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1221  elif test "x$OADM" = xt ; then  elif test $KIND = 4 ; then
1222        TARG=adAll
1223      code_dir=code_oad      code_dir=code_oad
1224      inputdir=input_oad      inputdir=input_oad
1225      ref_outp="output_oadm.txt"      ref_outp="output_oadm.txt"
1226      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1227  else  else
1228        if test "x$JOBS" != x ; then TARG="-j $JOBS $TARG" ; fi
1229      code_dir=code      code_dir=code
1230      inputdir=input      inputdir=input
1231      ref_outp="output.txt"      ref_outp="output.txt"
# Line 1054  do Line 1269  do
1269              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1270          fi          fi
1271      else      else
1272          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1273          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1274          fi          fi
1275      fi      fi
# Line 1066  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1281  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1281      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1282  fi  fi
1283    
1284    LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1285  RUNLOG="run.tr_log"  RUNLOG="run.tr_log"
1286  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1287  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1288      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1289  fi  fi
1290  if test "x$MPI" = xt ; then  if test "x$MPI" != x0 ; then
1291      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1292  fi  fi
1293    
# Line 1081  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )" Line 1297  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1297  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1298  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1299  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1300  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 1 ; then
1301        DEF_CHECK_LIST='tlmGrd tlmCst tlmGrd fwdGrd'
1302        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1303        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1304    elif test $KIND = 2 -o $KIND = 4 ; then
1305        DEF_CHECK_LIST='AdGrd Cost AdGrd FDGrd'
1306        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1307        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1308    else
1309      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1310      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1311      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1312      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1313      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
 else  
     DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'  
     EMPTY_RESULTS='.. ..'  
     LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`  
1314  fi  fi
1315    
1316  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1317  if test -x tr_cmpnum ; then  if test "x$CLEANUP" = xt -o -x tr_cmpnum ; then
1318      echo "skipping comparison code build"      echo "skipping comparison code build"
1319  else  else
1320      createcodelet      createcodelet
# Line 1110  fi Line 1330  fi
1330  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1331  CMDLINE=$0  CMDLINE=$0
1332  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1333      if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"      if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx" ; else
1334                          else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi        nb=`echo $xx | grep -c '='`
1335          if test $nb = 0 ; then CMDLINE="$CMDLINE '$xx'"
1336          else yy=`echo "$xx'" | sed "s/=/='/"` ;
1337                                 CMDLINE="$CMDLINE $yy" ; fi
1338        fi
1339  done  done
1340  #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done  #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1341  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
# Line 1158  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1382  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1382          echo >> $SUMMARY          echo >> $SUMMARY
1383          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1384      else      else
1385          echo | tee $SUMMARY          echo | tee -a $SUMMARY
1386          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee -a $SUMMARY
1387          exit 1          exit 1
1388      fi      fi
1389  else  else
1390      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1391      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1392      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1393  fi  fi
1394  echo  echo
1395  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1396  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 0 ; then
1397      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      line_0=`printf '%s %2i' 'default' $MATCH_CRIT`
     then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi  
1398         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1399      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1400      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="e p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1401      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="n n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1402      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1403      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1404          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
# Line 1185  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1407  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1407          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1408          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
1409      done      done
1410    else
1411        line_0=`printf '%s %2i' 'default   ' $MATCH_CRIT`
1412      if test $KIND = 1 ; then
1413       #echo "TANGLIN=true" >> $SUMMARY
1414        echo "TangLin generated by TAF" >> $SUMMARY
1415      elif test $KIND = 3 ; then
1416        echo "TangLin generated by OpenAD" >> $SUMMARY
1417      elif test $KIND = 2 ; then
1418       #echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1419        echo "Adjoint generated by TAF" >> $SUMMARY
1420      else
1421        echo "Adjoint generated by OpenAD" >> $SUMMARY
1422      fi
1423      if test $KIND = 1 -o $KIND = 3 ; then
1424        line_1="G D M    C  T  F"
1425        line_2="e p a R  o  L  D"
1426      else
1427        line_1="G D M    C  A  F"
1428        line_2="e p a R  o  d  D"
1429      fi
1430        line_3="n n k u  s  G  G"
1431        line_4="2 d e n  t  r  r"
1432        echo >> $SUMMARY
1433    fi
1434    if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1435      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1436      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1437      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1438      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1439      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1440      echo " "       | tee -a $SUMMARY      echo ""        | tee -a $SUMMARY
 else  
     echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY  
     echo >> $SUMMARY  
     if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;  
     then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi  
     echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY  
     cat << EOF | tee -a $SUMMARY  
 G D M    C  G  
 E p a R  o  r  
 N n k u  s  a  
 2 d e n  t  d  
   
 EOF  
1441  fi  fi
1442  echo "-------------------------------------------------------------------------------"  echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1443    
# Line 1229  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1462  for dir in $TESTDIRS ; do
1462          (   cd $BUILD_DIR          (   cd $BUILD_DIR
1463              rm -f $EXECUTABLE *.bak              rm -f $EXECUTABLE *.bak
1464              rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log              rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1465              rm -f genmake.tr_log make.tr_log              rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1466                rm -rf mpi_headers
1467          )          )
1468          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1469              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1470              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1471          fi          fi
1472          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
# Line 1247  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1481  for dir in $TESTDIRS ; do
1481      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1482      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1483      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1484      if test ! -r $fout ; then     #if test ! -r $fout ; then
1485        if test ! -r $fout -a ! -r ${fout}.gz ; then
1486          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1487          continue          continue
1488      fi      fi
1489    
1490      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1491    
1492      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1493          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1494          continue          continue
1495      fi      fi
# Line 1262  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1497  for dir in $TESTDIRS ; do
1497          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1498          continue          continue
1499      fi      fi
1500      if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then  
1501        retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1502        if test $retv != 0 ; then          ntx=1 ; nty=1
1503          echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1504          continue            ff=$dir"/input/eedata.mth"
1505        fi            ntx=`grep "^ *nTx *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
1506              nty=`grep "^ *nTy *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
1507              if test "x$ntx" = x ; then ntx=1 ; fi
1508              if test "x$nty" = x ; then nty=1 ; fi
1509            fi
1510            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1511            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $ntx $nty
1512            LOC_NPROC=$?
1513            (   cd $BUILD_DIR
1514                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1515                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1516                else RETVAL=1
1517                fi
1518                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1519                    rm -f tr_size.mpi
1520                else
1521                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1522                fi
1523            )
1524            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1525                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1526                rm -f $LOC_MFILE
1527                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1528                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1529                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1530                    rm -f $LOC_MFILE
1531                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1532                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1533                fi
1534                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1535                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1536                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1537                fi
1538            fi
1539            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1540                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1541                if test $retv != 0 ; then
1542                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1543                    continue
1544                fi
1545            fi
1546      fi      fi
1547    
1548      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1549      extra_runs=      extra_runs=
1550      if test "x$NORUN" = xf ; then      if test "x$NORUN" = xf ; then
1551          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`          ex_run_dirs=`( cd $dir ; ls -d $inputdir.* 2> /dev/null )`
1552      fi      fi
1553      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1554      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1555          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1556          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1557          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1558          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -r $outf -o -r ${outf}.gz ; then
1559            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1560              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1561                if test "x$MPI" = "xt" ; then                if test "x$MPI" = "x0" ; then
1562                  retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`                  extra_runs="$extra_runs $name"
1563                  else
1564                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1565                  if test $retv = 0 ; then                  if test $retv = 0 ; then
1566                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1567                  else                  else
1568                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1569                  fi                  fi
               else  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
1570                fi                fi
1571              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1572              fi              fi
# Line 1303  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1578  for dir in $TESTDIRS ; do
1578    
1579      echo      echo
1580      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1581         echo "Experiment:  $dir"          echo "Experiment:  $dir"
1582      else      else
1583         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"          echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1584      fi      fi
1585      echo      echo
1586      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1587      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1588    
1589      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1590      locDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1591      mkdir $locDIR      mkdir $locDIR
1592        #- report to this experiment local summary file ---
1593        echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1594        echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1595        echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1596      CDIR=`pwd`"/$locDIR"      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1597    
1598      if test "x$NORUN" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
1599              run=N              run=N
1600          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1601              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1602              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1603              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1604              && makemodel $dir/$builddir && make=Y              && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1605      else      else
1606          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1607              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1608              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1609              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1610              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1611              && run_clean $dir/$rundir \              && run_clean $dir/$rundir \
# Line 1338  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1617  for dir in $TESTDIRS ; do
1617    
1618          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1619          echo 1>&2          echo 1>&2
1620          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
         touch $locDIR"/summary.txt"  
1621          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         if test "x$ADM" = xt ; then  
             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"  
             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                                 >> $locDIR"/summary.txt"  
         fi  
1622    
1623          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1624              unset run              unset run
1625              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1626              #  reference output file              #  reference output file
1627              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1628              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1629              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1630              mkdir $locDIR              mkdir $locDIR
1631                #- report to this experiment local summary file ---
1632                echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1633                #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1634                #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1635              CDIR=`pwd`"/$locDIR"              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1636              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1637              run_clean $dir/$pfxdir.$ex              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1638              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1639              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1640              && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`              && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1641              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir.$ex ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
             fres="$fres.$ex"  
1642              echo 1>&2              echo 1>&2
1643              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
             touch $locDIR"/summary.txt"  
1644              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1645              echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
             echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"  
             echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"  
             echo "tdir='$dir.$ex'" >> $locDIR"/summary.txt"  
             if test "x$ADM" = xt ; then  
                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"  
                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$pfxdir.$ex/$OUTPUTFILE \  
                                    >> $locDIR"/summary.txt"  
             fi  
             if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then  
1646                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1647              fi              fi
1648          done          done
1649    
1650      if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else      if test ! -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then
1651          if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then          if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1652              mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`              mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1653              echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state              echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1654              sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state              sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1655              echo $mkOpt >> $DRESULTS/genmake_state              echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1656                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1657                    eval $mkOpt
1658                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1659                            $SUMMARY > tmp.tr_log
1660                    RETVAL=$?
1661                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1662                            cp tmp.tr_log $SUMMARY
1663                    else rm -f tmp.tr_log
1664                    fi
1665                fi
1666                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1667                if test -r $gmkLog ; then
1668                    grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1669                    RETVAL=$?
1670                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1671                      echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1672                      echo "extract compiler version:"   >> $DRESULTS/genmake_state
1673                      sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' \
1674                         $gmkLog | grep -v '^... compiler version ' > tmp.tr_log
1675                      sed -n '1p' tmp.tr_log >> $DRESULTS/genmake_state
1676                      sed -n '2,/^$/p' tmp.tr_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1677                                             >> $DRESULTS/genmake_state
1678                      rm -f tmp.tr_log
1679                    fi
1680                    echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1681                    echo "get NETCDF & LAPACK settings:" >> $DRESULTS/genmake_state
1682                    sed -n '/set HAVE_NETCDF=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1683                    sed -n '/set HAVE_LAPACK=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1684                fi
1685          fi          fi
1686      fi      fi
1687      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1688      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1689          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1690              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1691      fi      fi
1692        if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1693    
1694      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1695    
# Line 1442  fi Line 1734  fi
1734  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1735      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1736      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1737          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1738      fi      fi
1739      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1740  fi  fi
# Line 1450  fi Line 1742  fi
1742  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1743      rm -rf $DRESULTS      rm -rf $DRESULTS
1744  fi  fi
1745    echo "======== End of testreport execution ========"

Legend:
Removed from v.1.146  
changed lines
  Added in v.1.191

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.22