/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.146 by jmc, Tue Nov 2 22:53:11 2010 UTC revision 1.186 by jmc, Tue Jul 9 22:11:47 2013 UTC
# Line 12  usage() Line 12  usage()
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18        echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
19        echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
20        echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
21      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
22      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
23      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
# Line 25  usage() Line 28  usage()
28      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
29      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
30      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
31        echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
32        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
33      echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
34      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
35      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
36      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
37      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
38        echo "  (-tlm)                   perform a Tangent Linear run"
39      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
40      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
41      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
# Line 38  usage() Line 44  usage()
44      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
45      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
46      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
47      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"  #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
48      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"  #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
49      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
50      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
51      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
52      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
53        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
54      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
55        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
56      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
57      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
58      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
59      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
60      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
61        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
62        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
63      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
64      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
65      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
# Line 108  testoutput_var() Line 118  testoutput_var()
118      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
119      #      #
120      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
121      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/$reference_output
122      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
123    
124      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
# Line 121  testoutput_var() Line 131  testoutput_var()
131              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
132                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
133              fi              fi
134              return 99              rm -f tmp1.txt ; return 99
135          fi          fi
136      else      else
137          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
138          return 99          return 99
139      fi      fi
140      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
141          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$5 1>&2
142      fi      fi
143      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
144      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
145      if [ $lncntB -lt 2 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
146          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
147              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
148          fi          fi
149          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
150      fi      fi
151      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
152          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
153              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
154          fi          fi
155          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
156      fi      fi
157      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
158      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
159          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
160          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
161      fi      fi
162      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
163      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
164          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
165          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
166      fi      fi
167      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
168          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
# Line 189  testoutput_run() Line 199  testoutput_run()
199      #      #
200      #  test output from 1 run in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
201  # --> same processing for adjoint & forward test  # --> same processing for adjoint & forward test
202          # default list of output variables to be checked:          # default list of output variables to be checked:
203          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
204          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
205          listChk=$DEF_CHECK_LIST          listChk=$DEF_CHECK_LIST
206          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
207          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
208          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
209          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
210          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
211                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
212          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
213          # check for ptracer output in reference_output file :          # set ref.outp file-name and, if compressed, uncompress it into subdir
214          outpref=$1/results/$3          refoutp=results/$3
215          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"          if test ! -r $1/results/$3 ; then
216          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"            if test -r $1/results/${3}.gz ; then
217          for ii in $PTRACERS_NUM ; do              tmpNam1=$3
218                tmpNam2=`echo $tmpNam1 | sed 's/\..*\././'`
219                if test "x$tmpNam1" = "x$tmpNam2" ; then
220                    tmpNam1=`echo $tmpNam2 | sed 's/\./.std./'`
221                fi
222                refoutp=$2/$tmpNam1
223                if [ $debug -gt 0 ]; then
224                    echo "testoutput_run: gunzip 'results/$3.gz' into '$refoutp'" 1>&2
225                fi
226                gzip -cd $1/results/${3}.gz > $1/$refoutp
227              else
228                echo "missing reference output file '$3' (.gz) in '$1/results/'"
229              fi
230            fi
231            # check for ptracer output in reference_output file :
232            if test $KIND = 0 ; then
233              ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
234              ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
235              for ii in $PTRACERS_NUM ; do
236              ptrfound=0              ptrfound=0
237              for jj in $ptr_mon ; do              for jj in $ptr_mon ; do
238                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
239                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`                  tst=`grep $name $1/$refoutp | wc -l | awk '{print $1}'`
240                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
241              done              done
242              if test $ptrfound = '1' ; then              if test $ptrfound = '1' ; then
243                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
244              else              else
245                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
               if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  
246                # remove this ptr from the list of output variable to check                # remove this ptr from the list of output variable to check
247                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
248                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
               fi  
249              fi              fi
250          #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2            # eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
251          done            done
252          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`          fi
253          if test $tst != 1 ; then          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
254            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2          if test $tst != 1 ; then
255                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
256            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
257          #- put it back once:            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
258            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`          #- put it back once:
259          fi            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
260            fi
261          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
262          echo "listVar='$listVar'" > $locDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
263          allargs=""          #---
264          for xx in $listVar          allargs=""
265          do          for xx in $listVar
266            case $xx in          do
267              case $xx in
268             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
269                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
270                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $refoutp ; yy=$?
271                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
272            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  ref_cost_function" "ADM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
273            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;           'AdGrd') testoutput_var $1 "ADM  adjoint_gradient"  "ADM Ad Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
274             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'FDGrd') testoutput_var $1 "ADM  finite-diff_grad"  "ADM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
275             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;          'tlmCst') testoutput_var $1 "TLM  ref_cost_function" "TLM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
276             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;          'tlmGrd') testoutput_var $1 "TLM  tangent-lin_grad"  "TLM TL Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
277             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;          'fwdGrd') testoutput_var $1 "TLM  finite-diff_grad"  "TLM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
278             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
279             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
280             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
281             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
282             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
283             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
284             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
285             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
286             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
287             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
288             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
289             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
290               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
291               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
292               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
293               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
294          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
295             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
296          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
297             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
298          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
299             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
300          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
301             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
302           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
303           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
304           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
305           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
306           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
307           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
308           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
309           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
310           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
311           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
312           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
313           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
314          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;           'uSImn') testoutput_var $1 "seaice_uice_min"   "SIce Uice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
315          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSImx') testoutput_var $1 "seaice_uice_max"   "SIce Uice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
316          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSIav') testoutput_var $1 "seaice_uice_mean"  "SIce Uice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
317          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;           'uSIsd') testoutput_var $1 "seaice_uice_sd"    "SIce Uice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
318          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImn') testoutput_var $1 "seaice_vice_min"   "SIce Vice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
319          'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImx') testoutput_var $1 "seaice_vice_max"   "SIce Vice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
320                *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;           'vSIav') testoutput_var $1 "seaice_vice_mean"  "SIce Vice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
321            esac           'vSIsd') testoutput_var $1 "seaice_vice_sd"    "SIce Vice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
322            if test $xx = $sVar          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
323            then allargs="$allargs > $yy <"          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
324            else allargs="$allargs $yy"          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
325            fi          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Glob-ave"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
326          done          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South-av"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
327            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North-av"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
328            'HthMxS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_max_S" "thSIc H South-max" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
329            'HthMxN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_max_N" "thSIc H North-max" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
330            'StrmIc') testoutput_var $1 "STREAMICE_FP_ERR" "StreamIce Solver" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
331                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
332              esac
333              if test $xx = $sVar
334              then allargs="$allargs > $yy <"
335              else allargs="$allargs $yy"
336              fi
337            done
338    
339          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
340          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
341          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
342            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
343            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
344          else          else
345            echo $allargs            echo $allargs
346          fi          fi
347  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
# Line 321  genmakemodel() Line 364  genmakemodel()
364              if test "x$MKDEPEND" != x ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
365                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
366              fi              fi
367              if test "x$ADM" = xt ; then              if test $KIND = 1 -o $KIND = 2 ; then
368                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
369              elif test "x$OADM" = xt ; then              elif test $KIND = 4 ; then
370                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
371              else              else
372                  command="$command -mods=../code"                  command="$command -mods=../code"
# Line 331  genmakemodel() Line 374  genmakemodel()
374              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
375                  command="$command -optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
376              fi              fi
377              if test "x$IEEE" != x ; then              if test $OptLev = 1 ; then
378                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
379              fi              fi
380                if test $OptLev = 0 ; then
381                    command="$command -devel"
382                fi
383              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
384                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
385              fi              fi
386              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" != x0 ; then
387                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
388              fi              fi
389              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
# Line 347  genmakemodel() Line 393  genmakemodel()
393              if test "x$USE_R4" = xt ; then              if test "x$USE_R4" = xt ; then
394                  command="$command -use_r4"                  command="$command -use_r4"
395              fi              fi
396                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
397                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
398                fi
399              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
400                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
401              fi              fi
# Line 365  genmakemodel() Line 414  genmakemodel()
414              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
415                  tail genmake.tr_log                  tail genmake.tr_log
416                  echo "genmakemodel: genmake failed"                  echo "genmakemodel: genmake failed"
417                  cp genmake_* genmake.tr_log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
418                  return 1                  return 1
419              else              else
420                  echo "successful"                  echo "successful"
# Line 386  makeclean() Line 435  makeclean()
435              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
436              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
437                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
                 rm -f Makefile.old  
438                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
439                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
440                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
441                      tail make.tr_log                      tail make.tr_log
442                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
443                      cp make.tr_log $CDIR"/make.tr_log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
444                      return 1                      return 1
445                  fi                  fi
446                  echo successful                  echo successful
# Line 418  run_clean() Line 466  run_clean()
466              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
467              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
468              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
469              rm -f $EXECUTABLE $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime              #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)
470                rm -f $RUNLOG *.txt STD* w2_tile_topology.????.log *diagnostics.log datetime
471              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
472              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
473                rm -f oad_cp.000.[0-9][0-9][0-9][0-9][0-9]
474              echo successful              echo successful
475              exit 0              exit 0
476          )          )
# Line 441  makedependmodel() Line 491  makedependmodel()
491              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
492                  tail make.tr_log                  tail make.tr_log
493                  echo "makedependmodel: make depend failed"                  echo "makedependmodel: make depend failed"
494                  cp make.tr_log $CDIR"/make.tr_log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
495                  return 1                  return 1
496              else              else
497                  echo successful                  echo successful
# Line 454  makemodel() Line 504  makemodel()
504  {  {
505      # makemodel directory      # makemodel directory
506      (      (
507        mk_fail=0
508      if test "x$NOMAKE" = xt ; then      if test "x$NOMAKE" = xt ; then
509          cd $1;          cd $1;
510          if test -x $EXECUTABLE ; then          if test -x $EXECUTABLE ; then
511              echo "make skipped!"              echo "make skipped!"
512          else          else
513              echo "no executable!"              echo "no executable!"
514              return 2              mk_fail=3
515          fi          fi
516      else      else
517          cd $1;          cd $1;
518          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
519              printf 'make ... '              printf 'make ... '
520              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$REPLMAKE" = x ; then
521                  $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1                  $MAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
522              elif test "x$OADM" = xt ; then              else
523                  $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1                  $REPLMAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
             else  
                 if test "x$JOBS" = x ; then  
                     $MAKE >> make.tr_log 2>&1  
                 else  
                     $MAKE -j $JOBS >> make.tr_log 2>&1  
                 fi  
524              fi              fi
525              RETVAL=$?              RETVAL=$?
526              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
527                  tail make.tr_log                  tail make.tr_log
528                  echo failed                  echo failed
529                  cp make.tr_log $CDIR"/make.tr_log"                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
530                    tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
531                  rm -f $EXECUTABLE                  rm -f $EXECUTABLE
532                  return 1                  mk_fail=1
533              else              else
534                  echo successful                  echo successful
535              fi              fi
536            else
537                echo "no Makefile !"
538                mk_fail=2
539            fi
540        fi
541        if test $KIND = 1 -a -f taf_ftl.log ; then
542            head -1 taf_ftl.log >> $CDIR"/summary.txt"
543        fi
544        if test $KIND = 2 -a -f taf_ad.log ; then
545            head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
546            nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
547            nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
548            if test -f taf_output ; then
549                n2er=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_output`
550                nerr=`expr $nerr + $n2er`
551          fi          fi
552            echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
553                                    >> $CDIR"/summary.txt"
554      fi      fi
555        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
556      )      )
557  }  }
558    
559    mk_mpi_size()
560    {
561        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb threads_Nb_X threads_Nb_Y
562        #
563        #  make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
564        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
565        #  ensure that enough tiles per proc (nSx,nSy) remain for the given
566        #     number of threads (nTx,nTy) ;
567        #  return the effective number of processors.
568    
569        inp=$1
570        out=$2
571        np=$3
572        tx=$4
573        ty=$5
574        tmp=TTT.$$
575    
576        # dirX : select with direction to favor in MPI process repartition
577        #   dirX=1 : prefer to put more proc in X direction
578        #   dirX=0 : prefer to put more proc in Y direction
579        dirX=0
580    
581        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
582        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
583        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
584        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
585    
586        #- for each direction, assume # of threads is a multiple of total number of tiles
587        nx=$px
588        if [ `expr $sx % $tx` -ne 0 -a `expr $sx \* $px % $tx` -eq 0 ] ; then
589            nx=`expr $sx \* $px / $tx`
590            if [ $verbose -gt 1 ]; then
591                echo " change px from $px to $nx to accommodate $tx threads"
592            fi
593        fi
594        ny=$py
595        if [ `expr $sy % $ty` -ne 0 -a `expr $sy \* $py % $ty` -eq 0 ] ; then
596            ny=`expr $sy \* $py / $ty`
597            if [ $verbose -gt 1 ]; then
598                echo " change py from $py to $ny to accommodate $ty threads"
599            fi
600        fi
601        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
602        pp=0
603        i=1
604        while [ $i -le $nx ] ; do
605          if [ `expr $nx % $i` -eq 0 ] ; then
606            j=1
607            while [ $j -le $ny ] ; do
608              if [ `expr $ny % $j` -eq 0 ] ; then
609                ij=`expr $i \* $j`
610                if [ $ij -gt $pp ] ; then
611                    flag=1
612                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
613                    flag=$dirX
614                else
615                    flag=0
616                fi
617                if test $flag = 1 ; then
618                  if [ $ij -le $np ] ; then
619                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
620                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
621                  fi
622                fi
623              fi
624              j=`expr $j + 1`
625            done
626          fi
627          i=`expr $i + 1`
628        done
629    
630        #- create new SIZE.h type file:
631        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
632        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
633        if [ $verbose -gt 1 ]; then
634            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
635        fi
636        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
637        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
638        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
639        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
640        rm -f $tmp
641        return $pp
642    }
643    
644  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
645  {  {
646      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 500  symlink_mpifiles() Line 649  symlink_mpifiles()
649    
650      dir=$1      dir=$1
651      code_dir=$2      code_dir=$2
652      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
     CODE_DIR=$dir/$code_dir  
653    
654      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
655      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
656    
657      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
658      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
659          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
660          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
661          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
662              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
663              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
664              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
665              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
666              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
667                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
668                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
669                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
670                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
671                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
672                        rm -f $build_dir/$name
673                  fi                  fi
674              fi              fi
675          done          else
676      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
677                # dir so long as there is no real file in place
678                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
679                RETVAL=$?
680                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
681                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
682                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
683                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
684                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
685                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
686                    fi
687                fi
688            fi
689        done
690  }  }
691    
692  linkdata()  linkdata()
# Line 549  linkdata() Line 698  linkdata()
698          (          (
699              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
700              echo 'linkdata from dirs:' $*              echo 'linkdata from dirs:' $*
701              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
702              for xx in $inpMPI ; do              for xx in $inpMPI ; do
703                if test -r "../"$1"/"$xx ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
704                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
705                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
706                  if test "x$MPI" = "xt" ; then                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
707                  # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file                      # not mpi test: remove symbolic link
708                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
709                    else
710                        # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
711                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
712                      if test ! -r $yy ; then                      if test ! -r $yy ; then
713                          ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;                          ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
714                          printf " $xx" 1>&2                          printf " $xx" 1>&2
715                      fi                      fi
                 else  
                 # not mpi test: remove symbolic link  
                     if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi  
716                  fi                  fi
717                fi                fi
718              done              done
# Line 584  linkdata() Line 733  linkdata()
733              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
734              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
735                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
736                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
737                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
738                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
739                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 611  runmodel() Line 760  runmodel()
760  {  {
761      # runmodel directory      # runmodel directory
762      #      #
763      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
764      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
765      (      (
766          cd $1          cd $1
767          printf 'runmodel in %s ... ' $1          printf 'runmodel in %s ... ' $1
768            if test "x$MPI" != x0 ; then
769                #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
770                #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
771                COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
772                if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
773                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
774                fi
775                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
776            fi
777          if test -L $EXECUTABLE ; then          if test -L $EXECUTABLE ; then
778            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
779              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
780              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi              outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
781            else rm -f $EXECUTABLE            else rm -f $EXECUTABLE
782            fi            fi
783          fi          fi
784          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
785              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
786              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
787          fi          fi
788          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
789                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
790                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
791                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
792                  RETVAL=8              RETVAL=8
793                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
794          else          else
795              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
796                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
797                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
798                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
799                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
800                  RETVAL=$?              RETVAL=$?
801              else              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
802                  RETVAL=0              if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
803                  if test -f $RUNLOG ; then                  find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
804                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                  find . -name "*.data" -exec rm {} \;
805                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                  rm -rf mnc_test_*
                 else  
                     touch $RUNLOG  
                     if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi  
                     echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1  
                     echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1  
                 fi  
806              fi              fi
807              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            else
808                RETVAL=0
809                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
810                touch $RUNLOG
811                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
812                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
813              fi
814          fi          fi
815          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
816            #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE and time
817            if test -f $OUTPUTFILE ; then
818              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
819                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
820              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE \
821                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
822            fi
823            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
824          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
825              echo successful              echo successful
826              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
827              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
             # === Reduce the size of the testing emails!  
             #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE  
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
828              return 0              return 0
829          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
830              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
# Line 674  runmodel() Line 837  runmodel()
837              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
838              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
839              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
840              return 1              return 1
841          fi          fi
842      )      )
# Line 758  formatresults() Line 920  formatresults()
920          fi          fi
921      fi      fi
922      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
923        if test $KIND = 2 ; then
924            #-- apppend taf repport summary:
925            tafrep=`grep -c '^ TAF reports ' $CDIR/summary.txt`
926            if test $tafrep = 1 ; then
927                grep '^ TAF reports ' $CDIR/summary.txt | awk '{printf "  (e=%i, w=%i)",$3,$6}'
928            fi
929        fi
930      printf '\n'      printf '\n'
931    
932  }  }
# Line 766  scandirs() Line 935  scandirs()
935  {  {
936      if [ $# -eq 1 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
937          for arg in * ; do          for arg in * ; do
938              test -f $arg/$1 && echo $arg             #test -f $arg/$1 && echo $arg
939                test -f $arg/$1 -o -f $arg/$1.gz && echo $arg
940          done          done
941      else      else
942          echo $*          echo $*
# Line 776  scandirs() Line 946  scandirs()
946    
947  check_eedata()  check_eedata()
948  {  {
949      # check_eedata size.h eedata      # check_eedata eedata size.h
950      if [ $# -eq 2 ] ; then      if [ $# -eq 2 ] ; then
951        if test -f $1 -a -f $2 ; then       if test -f $1 -a -f $2 ; then
952        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`        nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
953        nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`        sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
954        if test "x$nx" = x ; then        if test "x$nx" = x ; then
955          rx=10          rx=10
956        else        else
957          rx=`expr $sx % $nx`          rx=`expr $sx % $nx`
958        fi        fi
959        sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`        ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
960        ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`        sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
961        if test "x$ny" = x ; then        if test "x$ny" = x ; then
962          ry=20          ry=20
963        else        else
964          ry=`expr $sy % $ny`          ry=`expr $sy % $ny`
965        fi        fi
966        echo `expr $rx + $ry`        echo `expr $rx + $ry`
967      else       else
968        echo '-1'        echo '-1'
969        fi       fi
970        elif [ $# -eq 1 ] ; then
971         if test -f $1 ; then
972          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
973          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
974          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
975          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
976         #echo $nx $ny
977          echo $nx
978         else
979          echo '-1'
980         fi
981      else      else
982        echo '-2'        echo '-2'
983      fi      fi
# Line 809  check_eedata() Line 990  check_eedata()
990  #  Default properties  #  Default properties
991  debug=0  debug=0
992  verbose=1  verbose=1
993  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
994    
995  IEEE=true  OptLev=1
 if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  
     IEEE=$MITGCM_IEEE  
 fi  
996  GSL=f  GSL=f
997    
998  CLEANUP=f  CLEANUP=f
# Line 824  NOMAKE=f Line 1002  NOMAKE=f
1002  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
1003  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
1004  NODEPEND=f  NODEPEND=f
1005  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
1006    
1007  BASH=  BASH=
1008  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 839  MKDEPEND= Line 1017  MKDEPEND=
1017  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
1018      MAKE=make      MAKE=make
1019  fi  fi
1020    REPLMAKE=
1021  if test "x$CC" = x ; then  if test "x$CC" = x ; then
1022      CC=cc      CC=cc
1023  fi  fi
1024  JOBS=  JOBS=
1025  MPI=f  TARG=
1026    MPI=0
1027    MPI_MFILE=
1028  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
1029  OUTDIR=  OUTDIR=
1030  DELDIR=  DELDIR=
1031  USE_R4=  USE_R4=
1032    EXTRFLG=
1033    
1034  ADM=  #- type of testing (KIND):
1035  OADM=  #   KIND=0 : forward (= default) ;  KIND=1 : Tangent Linear with TAF ;
1036    #   KIND=2 : Adjoint with TAF ;     KIND=4 : Adjoint with OpenAD
1037    KIND=0
1038    
1039  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
1040  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
1041    
1042  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=10
1043    
1044  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
1045    
# Line 873  for ac_option ; do Line 1057  for ac_option ; do
1057    
1058      case $ac_option in      case $ac_option in
1059                    
1060          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
1061              usage ;;  
1062                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
1063          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
1064              ac_prev=OPTFILE ;;  
1065          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
1066              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
1067                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
1068          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
1069              ac_prev=ADDRESSES ;;  
1070          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
1071              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
1072          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
1073              ac_prev=MPACKDIR ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
1074          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
1075              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1076            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1077          -tdir | --tdir | -t | --t)  
1078              ac_prev=TESTDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1079          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1080              TESTDIRS=$ac_optarg ;;  
1081            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1082          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1083              ac_prev=SKIPDIRS ;;  
1084          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1085              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1086    
1087          -bash | --bash | -b | --b)          -repl_mk | --repl_mk ) ac_prev=REPLMAKE ;;
1088              ac_prev=BASH ;;          -repl_mk=* | --repl_mk=*) REPLMAKE=$ac_optarg ;;
1089          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)  
1090              BASH=$ac_optarg ;;          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1091            -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1092          -command | --command | -c | --c)  
1093              ac_prev=COMMAND ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1094          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
             COMMAND=$ac_optarg ;;  
   
         -makedepend | --makedepend | -md | --md)  
             ac_prev=MKDEPEND ;;  
         -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*)  
             MKDEPEND=$ac_optarg ;;  
   
         -make | --make | -m | --m)  
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
1095    
1096          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1097          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
# Line 936  for ac_option ; do Line 1099  for ac_option ; do
1099          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1100          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1101    
1102          -clean | --clean)          -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1103              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;          -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1104    
1105          -norun | --norun | -nr | --nr)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             NORUN=t ;;  
         -runonly | --runonly | -ro | --ro)  
             QUICK=t ; NOMAKE=t ;;  
         -quick | --quick | -q | --q)  
             QUICK=t ;;  
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
1106    
1107          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1108              POSTCLEAN=t ;;          -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1109            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1110            -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1111            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1112            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1113            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1114    
1115            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1116            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1117    
1118            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1119            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1120            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1121    
1122          -mpi) MPI=t ;;          -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1123            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1124    
1125          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1126    
1127          -adm | -ad) ADM=t ;;          -tlm) if test $KIND = 0 ; then KIND=1 ; else
1128                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1129          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;                fi ;;
1130            -adm | -ad) if test $KIND = 0 ; then KIND=2 ; else
1131          -ieee) IEEE=true ;;                  echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1132          -noieee) IEEE= ;;                fi ;;
1133          -gsl) GSL=t ;;          -oad) if test $KIND = 0 ; then KIND=4 ; NODEPEND=t ; else
1134                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1135                  fi ;;
1136    
1137            -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1138                     printf " ... " ;;
1139            -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1140                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1141            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1142            -devel) OptLev=0 ;;
1143            -gsl) GSL=t ;;
1144    
1145          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1146          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 979  for ac_option ; do Line 1154  for ac_option ; do
1154          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
1155          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1156    
1157          -*)          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1158              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              usage ;;
1159              usage          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1160              ;;              usage ;;
   
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
1161    
1162       esac       esac
1163    
# Line 999  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1169  if test "x$QUICK" = xt ; then
1169      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1170  fi  fi
1171    
1172    #- check length of MPI machine file:
1173    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1174        if test -r $MPI_MFILE ; then
1175            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1176            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1177              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1178              usage
1179            fi
1180            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1181                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1182            fi
1183        else
1184              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1185              usage
1186        fi
1187    fi
1188    
1189  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1190  if test "x$ADM" = xt ; then  if test $KIND = 1 ; then
1191        TARG=ftlall
1192        code_dir=code_ad
1193        inputdir=input_ad
1194        ref_outp="output_tlm.txt"
1195        EXECUTABLE="mitgcmuv_ftl"
1196    elif test $KIND = 2 ; then
1197        if test "x$TARG" = xobj ; then TARG=adobj ; else TARG=adall ; fi
1198      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
1199      inputdir=input_ad      inputdir=input_ad
1200      ref_outp="output_adm.txt"      ref_outp="output_adm.txt"
1201      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1202  elif test "x$OADM" = xt ; then  elif test $KIND = 4 ; then
1203        TARG=adAll
1204      code_dir=code_oad      code_dir=code_oad
1205      inputdir=input_oad      inputdir=input_oad
1206      ref_outp="output_oadm.txt"      ref_outp="output_oadm.txt"
1207      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1208  else  else
1209        if test "x$JOBS" != x ; then TARG="-j $JOBS $TARG" ; fi
1210      code_dir=code      code_dir=code
1211      inputdir=input      inputdir=input
1212      ref_outp="output.txt"      ref_outp="output.txt"
# Line 1054  do Line 1250  do
1250              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1251          fi          fi
1252      else      else
1253          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1254          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1255          fi          fi
1256      fi      fi
# Line 1066  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1262  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1262      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1263  fi  fi
1264    
1265    LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1266  RUNLOG="run.tr_log"  RUNLOG="run.tr_log"
1267  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1268  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1269      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1270  fi  fi
1271  if test "x$MPI" = xt ; then  if test "x$MPI" != x0 ; then
1272      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1273  fi  fi
1274    
# Line 1081  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )" Line 1278  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1278  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1279  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1280  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1281  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 1 ; then
1282        DEF_CHECK_LIST='tlmGrd tlmCst tlmGrd fwdGrd'
1283        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1284        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1285    elif test $KIND = 2 -o $KIND = 4 ; then
1286        DEF_CHECK_LIST='AdGrd Cost AdGrd FDGrd'
1287        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1288        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1289    else
1290      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1291      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1292      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1293      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1294      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
 else  
     DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'  
     EMPTY_RESULTS='.. ..'  
     LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`  
1295  fi  fi
1296    
1297  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1298  if test -x tr_cmpnum ; then  if test "x$CLEANUP" = xt -o -x tr_cmpnum ; then
1299      echo "skipping comparison code build"      echo "skipping comparison code build"
1300  else  else
1301      createcodelet      createcodelet
# Line 1110  fi Line 1311  fi
1311  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1312  CMDLINE=$0  CMDLINE=$0
1313  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1314      if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"      if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx" ; else
1315                          else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi        nb=`echo $xx | grep -c '='`
1316          if test $nb = 0 ; then CMDLINE="$CMDLINE '$xx'"
1317          else yy=`echo "$xx'" | sed "s/=/='/"` ;
1318                                 CMDLINE="$CMDLINE $yy" ; fi
1319        fi
1320  done  done
1321  #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done  #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1322  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
# Line 1158  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1363  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1363          echo >> $SUMMARY          echo >> $SUMMARY
1364          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1365      else      else
1366          echo | tee $SUMMARY          echo | tee -a $SUMMARY
1367          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee -a $SUMMARY
1368          exit 1          exit 1
1369      fi      fi
1370  else  else
1371      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1372      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1373      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1374  fi  fi
1375  echo  echo
1376  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1377  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 0 ; then
1378      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      line_0=`printf '%s %2i' 'default' $MATCH_CRIT`
     then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi  
1379         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1380      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1381      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="e p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1382      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="n n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1383      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1384      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1385          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
# Line 1185  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1388  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1388          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1389          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
1390      done      done
1391    else
1392        line_0=`printf '%s %2i' 'default   ' $MATCH_CRIT`
1393      if test $KIND = 1 ; then
1394       #echo "TANGLIN=true" >> $SUMMARY
1395        echo "TangLin generated by TAF" >> $SUMMARY
1396      elif test $KIND = 3 ; then
1397        echo "TangLin generated by OpenAD" >> $SUMMARY
1398      elif test $KIND = 2 ; then
1399       #echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1400        echo "Adjoint generated by TAF" >> $SUMMARY
1401      else
1402        echo "Adjoint generated by OpenAD" >> $SUMMARY
1403      fi
1404      if test $KIND = 1 -o $KIND = 3 ; then
1405        line_1="G D M    C  T  F"
1406        line_2="e p a R  o  L  D"
1407      else
1408        line_1="G D M    C  A  F"
1409        line_2="e p a R  o  d  D"
1410      fi
1411        line_3="n n k u  s  G  G"
1412        line_4="2 d e n  t  r  r"
1413        echo >> $SUMMARY
1414    fi
1415    if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1416      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1417      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1418      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1419      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1420      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1421      echo " "       | tee -a $SUMMARY      echo ""        | tee -a $SUMMARY
 else  
     echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY  
     echo >> $SUMMARY  
     if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;  
     then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi  
     echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY  
     cat << EOF | tee -a $SUMMARY  
 G D M    C  G  
 E p a R  o  r  
 N n k u  s  a  
 2 d e n  t  d  
   
 EOF  
1422  fi  fi
1423  echo "-------------------------------------------------------------------------------"  echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1424    
# Line 1229  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1443  for dir in $TESTDIRS ; do
1443          (   cd $BUILD_DIR          (   cd $BUILD_DIR
1444              rm -f $EXECUTABLE *.bak              rm -f $EXECUTABLE *.bak
1445              rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log              rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1446              rm -f genmake.tr_log make.tr_log              rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1447          )          )
1448          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1449              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1450              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1451          fi          fi
1452          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
# Line 1247  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1461  for dir in $TESTDIRS ; do
1461      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1462      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1463      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1464      if test ! -r $fout ; then     #if test ! -r $fout ; then
1465        if test ! -r $fout -a ! -r ${fout}.gz ; then
1466          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1467          continue          continue
1468      fi      fi
1469    
1470      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1471    
1472      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1473          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1474          continue          continue
1475      fi      fi
# Line 1262  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1477  for dir in $TESTDIRS ; do
1477          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1478          continue          continue
1479      fi      fi
1480      if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then  
1481        retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1482        if test $retv != 0 ; then          ntx=1 ; nty=1
1483          echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1484          continue            ff=$dir"/input/eedata.mth"
1485        fi            ntx=`grep "^ *nTx *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
1486              nty=`grep "^ *nTy *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
1487              if test "x$ntx" = x ; then ntx=1 ; fi
1488              if test "x$nty" = x ; then nty=1 ; fi
1489            fi
1490            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1491            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $ntx $nty
1492            LOC_NPROC=$?
1493            (   cd $BUILD_DIR
1494                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1495                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1496                else RETVAL=1
1497                fi
1498                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1499                    rm -f tr_size.mpi
1500                else
1501                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1502                fi
1503            )
1504            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1505                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1506                rm -f $LOC_MFILE
1507                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1508                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1509                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1510                    rm -f $LOC_MFILE
1511                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1512                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1513                fi
1514                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1515                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1516                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1517                fi
1518            fi
1519            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1520                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1521                if test $retv != 0 ; then
1522                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1523                    continue
1524                fi
1525            fi
1526      fi      fi
1527    
1528      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1529      extra_runs=      extra_runs=
1530      if test "x$NORUN" = xf ; then      if test "x$NORUN" = xf ; then
1531          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`          ex_run_dirs=`( cd $dir ; ls -d $inputdir.* 2> /dev/null )`
1532      fi      fi
1533      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1534      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1535          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1536          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1537          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1538          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -r $outf -o -r ${outf}.gz ; then
1539            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1540              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1541                if test "x$MPI" = "xt" ; then                if test "x$MPI" = "x0" ; then
1542                  retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`                  extra_runs="$extra_runs $name"
1543                  else
1544                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1545                  if test $retv = 0 ; then                  if test $retv = 0 ; then
1546                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1547                  else                  else
1548                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1549                  fi                  fi
               else  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
1550                fi                fi
1551              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1552              fi              fi
# Line 1303  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1558  for dir in $TESTDIRS ; do
1558    
1559      echo      echo
1560      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1561         echo "Experiment:  $dir"          echo "Experiment:  $dir"
1562      else      else
1563         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"          echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1564      fi      fi
1565      echo      echo
1566      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1567      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1568    
1569      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1570      locDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1571      mkdir $locDIR      mkdir $locDIR
1572        #- report to this experiment local summary file ---
1573        echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1574        echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1575        echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1576      CDIR=`pwd`"/$locDIR"      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1577    
1578      if test "x$NORUN" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
1579              run=N              run=N
1580          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1581              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1582              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1583              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1584              && makemodel $dir/$builddir && make=Y              && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1585      else      else
1586          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1587              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1588              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1589              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1590              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1591              && run_clean $dir/$rundir \              && run_clean $dir/$rundir \
# Line 1338  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1597  for dir in $TESTDIRS ; do
1597    
1598          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1599          echo 1>&2          echo 1>&2
1600          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
         touch $locDIR"/summary.txt"  
1601          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         if test "x$ADM" = xt ; then  
             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"  
             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                                 >> $locDIR"/summary.txt"  
         fi  
1602    
1603          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1604              unset run              unset run
1605              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1606              #  reference output file              #  reference output file
1607              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1608              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1609              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1610              mkdir $locDIR              mkdir $locDIR
1611                #- report to this experiment local summary file ---
1612                echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1613                #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1614                #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1615              CDIR=`pwd`"/$locDIR"              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1616              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1617              run_clean $dir/$pfxdir.$ex              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1618              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1619              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1620              && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`              && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1621              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir.$ex ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
             fres="$fres.$ex"  
1622              echo 1>&2              echo 1>&2
1623              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
             touch $locDIR"/summary.txt"  
1624              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1625              echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
             echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"  
             echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"  
             echo "tdir='$dir.$ex'" >> $locDIR"/summary.txt"  
             if test "x$ADM" = xt ; then  
                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"  
                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$pfxdir.$ex/$OUTPUTFILE \  
                                    >> $locDIR"/summary.txt"  
             fi  
             if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then  
1626                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1627              fi              fi
1628          done          done
1629    
1630      if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else      if test ! -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then
1631          if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then          if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1632              mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`              mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1633              echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state              echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1634              sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state              sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1635              echo $mkOpt >> $DRESULTS/genmake_state              echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1636                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1637                    eval $mkOpt
1638                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1639                            $SUMMARY > tmp.tr_log
1640                    RETVAL=$?
1641                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1642                            cp tmp.tr_log $SUMMARY
1643                    else rm -f tmp.tr_log
1644                    fi
1645                fi
1646                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1647                if test -r $gmkLog ; then
1648                    grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1649                    RETVAL=$?
1650                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1651                      echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1652                      echo "extract compiler version:"   >> $DRESULTS/genmake_state
1653                      sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' \
1654                         $gmkLog | grep -v '^... compiler version ' > tmp.tr_log
1655                      sed -n '1p' tmp.tr_log >> $DRESULTS/genmake_state
1656                      sed -n '2,/^$/p' tmp.tr_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1657                                             >> $DRESULTS/genmake_state
1658                      rm -f tmp.tr_log
1659                    fi
1660                    echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1661                    echo "get NETCDF & LAPACK settings:" >> $DRESULTS/genmake_state
1662                    sed -n '/set HAVE_NETCDF=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1663                    sed -n '/set HAVE_LAPACK=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1664                fi
1665          fi          fi
1666      fi      fi
1667      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1668      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1669          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1670              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1671      fi      fi
1672        if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1673    
1674      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1675    
# Line 1442  fi Line 1714  fi
1714  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1715      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1716      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1717          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1718      fi      fi
1719      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1720  fi  fi
# Line 1450  fi Line 1722  fi
1722  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1723      rm -rf $DRESULTS      rm -rf $DRESULTS
1724  fi  fi
1725    echo "======== End of testreport execution ========"
Legend:
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changed lines
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