/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.146 by jmc, Tue Nov 2 22:53:11 2010 UTC revision 1.172 by jmc, Wed May 2 14:30:28 2012 UTC
# Line 12  usage() Line 12  usage()
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18        echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
19        echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
20        echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
21      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
22      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
23      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
# Line 25  usage() Line 28  usage()
28      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
29      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
30      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
31        echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
32        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
33      echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
34      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
35      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
# Line 38  usage() Line 43  usage()
43      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
44      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
45      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
46      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"  #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
47      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"  #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
48      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
49      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
50      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
51      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
52        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
53      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
54        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
55      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
56      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
57      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
58      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
59      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
60        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
61        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
62      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
63      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
64      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
# Line 232  testoutput_run() Line 241  testoutput_run()
241            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
242          fi          fi
243          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
244          echo "listVar='$listVar'" > $locDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
245            #---
246          allargs=""          allargs=""
247          for xx in $listVar          for xx in $listVar
248          do          do
# Line 241  testoutput_run() Line 251  testoutput_run()
251                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
252                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
253                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
254            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  ref_cost_function" "ADM CostFct" $2 $3; yy=$? ;;
255            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;           'AdGrd') testoutput_var $1 "ADM  adjoint_gradient"  "ADM Ad Grad" $2 $3; yy=$? ;;
256             'FDGrd') testoutput_var $1 "ADM  finite-diff_grad"  "ADM FD Grad" $2 $3; yy=$? ;;
257             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
258             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
259             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
# Line 279  testoutput_run() Line 290  testoutput_run()
290           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
291           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
292           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
293             'uSImn') testoutput_var $1 "seaice_uice_min"   "SIce Uice min"   $2 $3; yy=$? ;;
294             'uSImx') testoutput_var $1 "seaice_uice_max"   "SIce Uice max"   $2 $3; yy=$? ;;
295             'uSIav') testoutput_var $1 "seaice_uice_mean"  "SIce Uice mean"  $2 $3; yy=$? ;;
296             'uSIsd') testoutput_var $1 "seaice_uice_sd"    "SIce Uice StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
297             'vSImn') testoutput_var $1 "seaice_vice_min"   "SIce Vice min"   $2 $3; yy=$? ;;
298             'vSImx') testoutput_var $1 "seaice_vice_max"   "SIce Vice max"   $2 $3; yy=$? ;;
299             'vSIav') testoutput_var $1 "seaice_vice_mean"  "SIce Vice mean"  $2 $3; yy=$? ;;
300             'vSIsd') testoutput_var $1 "seaice_vice_sd"    "SIce Vice StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
301          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
302          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
303          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
# Line 331  genmakemodel() Line 350  genmakemodel()
350              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
351                  command="$command -optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
352              fi              fi
353              if test "x$IEEE" != x ; then              if test $OptLev = 1 ; then
354                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
355                fi
356                if test $OptLev = 0 ; then
357                    command="$command -devel"
358              fi              fi
359              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
360                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
361              fi              fi
362              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" != x0 ; then
363                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
364              fi              fi
365              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
# Line 347  genmakemodel() Line 369  genmakemodel()
369              if test "x$USE_R4" = xt ; then              if test "x$USE_R4" = xt ; then
370                  command="$command -use_r4"                  command="$command -use_r4"
371              fi              fi
372                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
373                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
374                fi
375              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
376                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
377              fi              fi
# Line 365  genmakemodel() Line 390  genmakemodel()
390              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
391                  tail genmake.tr_log                  tail genmake.tr_log
392                  echo "genmakemodel: genmake failed"                  echo "genmakemodel: genmake failed"
393                  cp genmake_* genmake.tr_log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
394                  return 1                  return 1
395              else              else
396                  echo "successful"                  echo "successful"
# Line 386  makeclean() Line 411  makeclean()
411              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
412              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
413                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
                 rm -f Makefile.old  
414                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
415                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
416                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
417                      tail make.tr_log                      tail make.tr_log
418                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
419                      cp make.tr_log $CDIR"/make.tr_log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
420                      return 1                      return 1
421                  fi                  fi
422                  echo successful                  echo successful
# Line 418  run_clean() Line 442  run_clean()
442              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
443              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
444              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
445              rm -f $EXECUTABLE $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime              #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)
446                rm -f $RUNLOG *.txt STD* w2_tile_topology.????.log *diagnostics.log datetime
447              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
448              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
449              echo successful              echo successful
# Line 441  makedependmodel() Line 466  makedependmodel()
466              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
467                  tail make.tr_log                  tail make.tr_log
468                  echo "makedependmodel: make depend failed"                  echo "makedependmodel: make depend failed"
469                  cp make.tr_log $CDIR"/make.tr_log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
470                  return 1                  return 1
471              else              else
472                  echo successful                  echo successful
# Line 454  makemodel() Line 479  makemodel()
479  {  {
480      # makemodel directory      # makemodel directory
481      (      (
482        mk_fail=0
483      if test "x$NOMAKE" = xt ; then      if test "x$NOMAKE" = xt ; then
484          cd $1;          cd $1;
485          if test -x $EXECUTABLE ; then          if test -x $EXECUTABLE ; then
486              echo "make skipped!"              echo "make skipped!"
487          else          else
488              echo "no executable!"              echo "no executable!"
489              return 2              mk_fail=3
490          fi          fi
491      else      else
492          cd $1;          cd $1;
493          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
494              printf 'make ... '              printf 'make ... '
495              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$REPLMAKE" = x ; then
496                  $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1                  $MAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
497              elif test "x$OADM" = xt ; then              else
498                  $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1                  $REPLMAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
             else  
                 if test "x$JOBS" = x ; then  
                     $MAKE >> make.tr_log 2>&1  
                 else  
                     $MAKE -j $JOBS >> make.tr_log 2>&1  
                 fi  
499              fi              fi
500              RETVAL=$?              RETVAL=$?
501              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
502                  tail make.tr_log                  tail make.tr_log
503                  echo failed                  echo failed
504                  cp make.tr_log $CDIR"/make.tr_log"                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
505                    tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
506                  rm -f $EXECUTABLE                  rm -f $EXECUTABLE
507                  return 1                  mk_fail=1
508              else              else
509                  echo successful                  echo successful
510              fi              fi
511            else
512                echo "no Makefile !"
513                mk_fail=2
514          fi          fi
515      fi      fi
516        if test "x$ADM" = xt -a -f taf_ad.log ; then
517                head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
518                nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
519                nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
520                echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
521                                    >> $CDIR"/summary.txt"
522        fi
523        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
524      )      )
525  }  }
526    
527    mk_mpi_size()
528    {
529        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb prefer_to_split_X
530        #
531        # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
532        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
533        # return the effective number of processors.
534    
535        inp=$1
536        out=$2
537        np=$3
538        dirX=$4
539        tmp=TTT.$$
540    
541        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
542        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
543        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
544        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
545    
546        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
547        pp=0
548        i=1
549        while [ $i -le $px ] ; do
550          if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then
551            j=1
552            while [ $j -le $py ] ; do
553              if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
554                ij=`expr $i \* $j`
555                if [ $ij -gt $pp ] ; then
556                    flag=1
557                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
558                    flag=$dirX
559                else
560                    flag=0
561                fi
562                if test $flag = 1 ; then
563                  if [ $ij -le $np ] ; then
564                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
565                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
566                  fi
567                fi
568              fi
569              j=`expr $j + 1`
570            done
571          fi
572          i=`expr $i + 1`
573        done
574    
575        #- create new SIZE.h type file:
576        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
577        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
578        if [ $verbose -gt 1 ]; then
579            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
580        fi
581        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
582        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
583        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
584        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
585        rm -f $tmp
586        return $pp
587    }
588    
589  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
590  {  {
591      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 500  symlink_mpifiles() Line 594  symlink_mpifiles()
594    
595      dir=$1      dir=$1
596      code_dir=$2      code_dir=$2
597      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
     CODE_DIR=$dir/$code_dir  
598    
599      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
600      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
601    
602      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
603      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
604          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
605          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
606          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
607              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
608              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
609              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
610              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
611              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
612                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
613                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
614                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
615                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
616                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
617                        rm -f $build_dir/$name
618                  fi                  fi
619              fi              fi
620          done          else
621      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
622                # dir so long as there is no real file in place
623                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
624                RETVAL=$?
625                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
626                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
627                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
628                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
629                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
630                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
631                    fi
632                fi
633            fi
634        done
635  }  }
636    
637  linkdata()  linkdata()
# Line 554  linkdata() Line 648  linkdata()
648                if test -r "../"$1"/"$xx ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
649                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
650                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
651                  if test "x$MPI" = "xt" ; then                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
652                  # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file                      # not mpi test: remove symbolic link
653                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
654                    else
655                        # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
656                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
657                      if test ! -r $yy ; then                      if test ! -r $yy ; then
658                          ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;                          ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
659                          printf " $xx" 1>&2                          printf " $xx" 1>&2
660                      fi                      fi
                 else  
                 # not mpi test: remove symbolic link  
                     if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi  
661                  fi                  fi
662                fi                fi
663              done              done
# Line 611  runmodel() Line 705  runmodel()
705  {  {
706      # runmodel directory      # runmodel directory
707      #      #
708      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
709      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
710      (      (
711          cd $1          cd $1
712          printf 'runmodel in %s ... ' $1          printf 'runmodel in %s ... ' $1
713            if test "x$MPI" != x0 ; then
714                #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
715                #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
716                COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
717                if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
718                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
719                fi
720                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
721            fi
722          if test -L $EXECUTABLE ; then          if test -L $EXECUTABLE ; then
723            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
724              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
725              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi              outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
726            else rm -f $EXECUTABLE            else rm -f $EXECUTABLE
727            fi            fi
728          fi          fi
# Line 628  runmodel() Line 731  runmodel()
731              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
732          fi          fi
733          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
734                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
735                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
736                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
737                  RETVAL=8              RETVAL=8
738                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
739          else          else
740              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
741                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
742                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
743                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
744                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
745                  RETVAL=$?              RETVAL=$?
746              else              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
747                  RETVAL=0              if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
748                  if test -f $RUNLOG ; then                  find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
749                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                  find . -name "*.data" -exec rm {} \;
750                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                  rm -rf mnc_test_*
                 else  
                     touch $RUNLOG  
                     if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi  
                     echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1  
                     echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1  
                 fi  
751              fi              fi
752              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            else
753                RETVAL=0
754                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
755                touch $RUNLOG
756                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
757                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
758              fi
759          fi          fi
760          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
761            #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE (and AD time)
762            if test -f $OUTPUTFILE ; then
763              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
764                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"
765              if test "x$ADM" = xt ; then
766                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"
767              fi
768            fi
769            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
770          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
771              echo successful              echo successful
772              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
773              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
             # === Reduce the size of the testing emails!  
             #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE  
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
774              return 0              return 0
775          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
776              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
# Line 674  runmodel() Line 783  runmodel()
783              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
784              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
785              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
786              return 1              return 1
787          fi          fi
788      )      )
# Line 776  scandirs() Line 884  scandirs()
884    
885  check_eedata()  check_eedata()
886  {  {
887      # check_eedata size.h eedata      # check_eedata eedata size.h
888      if [ $# -eq 2 ] ; then      if [ $# -eq 2 ] ; then
889        if test -f $1 -a -f $2 ; then       if test -f $1 -a -f $2 ; then
890        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`        nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
891        nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`        sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
892        if test "x$nx" = x ; then        if test "x$nx" = x ; then
893          rx=10          rx=10
894        else        else
895          rx=`expr $sx % $nx`          rx=`expr $sx % $nx`
896        fi        fi
897        sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`        ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
898        ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`        sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
899        if test "x$ny" = x ; then        if test "x$ny" = x ; then
900          ry=20          ry=20
901        else        else
902          ry=`expr $sy % $ny`          ry=`expr $sy % $ny`
903        fi        fi
904        echo `expr $rx + $ry`        echo `expr $rx + $ry`
905      else       else
906        echo '-1'        echo '-1'
907        fi       fi
908        elif [ $# -eq 1 ] ; then
909         if test -f $1 ; then
910          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
911          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
912          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
913          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
914         #echo $nx $ny
915          echo $nx
916         else
917          echo '-1'
918         fi
919      else      else
920        echo '-2'        echo '-2'
921      fi      fi
# Line 809  check_eedata() Line 928  check_eedata()
928  #  Default properties  #  Default properties
929  debug=0  debug=0
930  verbose=1  verbose=1
931  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
932    
933  IEEE=true  OptLev=1
 if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  
     IEEE=$MITGCM_IEEE  
 fi  
934  GSL=f  GSL=f
935    
936  CLEANUP=f  CLEANUP=f
# Line 824  NOMAKE=f Line 940  NOMAKE=f
940  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
941  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
942  NODEPEND=f  NODEPEND=f
943  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
944    
945  BASH=  BASH=
946  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 839  MKDEPEND= Line 955  MKDEPEND=
955  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
956      MAKE=make      MAKE=make
957  fi  fi
958    REPLMAKE=
959  if test "x$CC" = x ; then  if test "x$CC" = x ; then
960      CC=cc      CC=cc
961  fi  fi
962  JOBS=  JOBS=
963  MPI=f  TARG=
964    MPI=0
965    MPI_MFILE=
966  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
967  OUTDIR=  OUTDIR=
968  DELDIR=  DELDIR=
969  USE_R4=  USE_R4=
970    EXTRFLG=
971    
972  ADM=  ADM=
973  OADM=  OADM=
# Line 855  OADM= Line 975  OADM=
975  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
976  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
977    
978  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=10
979    
980  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
981    
# Line 873  for ac_option ; do Line 993  for ac_option ; do
993    
994      case $ac_option in      case $ac_option in
995                    
996          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
997              usage ;;  
998                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
999          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
1000              ac_prev=OPTFILE ;;  
1001          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
1002              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
1003                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
1004          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
1005              ac_prev=ADDRESSES ;;  
1006          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
1007              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
1008          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
1009              ac_prev=MPACKDIR ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
1010          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
1011              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1012            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1013          -tdir | --tdir | -t | --t)  
1014              ac_prev=TESTDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1015          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1016              TESTDIRS=$ac_optarg ;;  
1017            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1018          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1019              ac_prev=SKIPDIRS ;;  
1020          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1021              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1022    
1023          -bash | --bash | -b | --b)          -repl_mk | --repl_mk ) ac_prev=REPLMAKE ;;
1024              ac_prev=BASH ;;          -repl_mk=* | --repl_mk=*) REPLMAKE=$ac_optarg ;;
1025          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)  
1026              BASH=$ac_optarg ;;          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1027            -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1028          -command | --command | -c | --c)  
1029              ac_prev=COMMAND ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1030          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
             COMMAND=$ac_optarg ;;  
   
         -makedepend | --makedepend | -md | --md)  
             ac_prev=MKDEPEND ;;  
         -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*)  
             MKDEPEND=$ac_optarg ;;  
   
         -make | --make | -m | --m)  
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
1031    
1032          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1033          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
# Line 936  for ac_option ; do Line 1035  for ac_option ; do
1035          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1036          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1037    
1038          -clean | --clean)          -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1039              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;          -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1040    
1041          -norun | --norun | -nr | --nr)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             NORUN=t ;;  
         -runonly | --runonly | -ro | --ro)  
             QUICK=t ; NOMAKE=t ;;  
         -quick | --quick | -q | --q)  
             QUICK=t ;;  
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
1042    
1043          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1044              POSTCLEAN=t ;;          -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1045            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1046            -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1047            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1048            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1049            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1050    
1051            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1052            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1053    
1054            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1055            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1056            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1057    
1058          -mpi) MPI=t ;;          -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1059            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1060    
1061          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1062    
1063          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
   
1064          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1065    
1066          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1067          -noieee) IEEE= ;;                   printf " ... " ;;
1068          -gsl) GSL=t ;;          -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1069                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1070            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1071            -devel) OptLev=0 ;;
1072            -gsl) GSL=t ;;
1073    
1074          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1075          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 979  for ac_option ; do Line 1083  for ac_option ; do
1083          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
1084          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1085    
1086          -*)          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1087              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              usage ;;
1088              usage          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1089              ;;              usage ;;
   
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
1090    
1091       esac       esac
1092    
# Line 999  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1098  if test "x$QUICK" = xt ; then
1098      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1099  fi  fi
1100    
1101    #- check length of MPI machine file:
1102    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1103        if test -r $MPI_MFILE ; then
1104            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1105            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1106              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1107              usage
1108            fi
1109            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1110                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1111            fi
1112        else
1113              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1114              usage
1115        fi
1116    fi
1117    
1118  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1119  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
1120        if test "x$TARG" = xobj ; then TARG=adobj ; else TARG=adall ; fi
1121      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
1122      inputdir=input_ad      inputdir=input_ad
1123      ref_outp="output_adm.txt"      ref_outp="output_adm.txt"
1124      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1125  elif test "x$OADM" = xt ; then  elif test "x$OADM" = xt ; then
1126        TARG=adAll
1127      code_dir=code_oad      code_dir=code_oad
1128      inputdir=input_oad      inputdir=input_oad
1129      ref_outp="output_oadm.txt"      ref_outp="output_oadm.txt"
1130      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1131  else  else
1132        if test "x$JOBS" != x ; then TARG="-j $JOBS $TARG" ; fi
1133      code_dir=code      code_dir=code
1134      inputdir=input      inputdir=input
1135      ref_outp="output.txt"      ref_outp="output.txt"
# Line 1066  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1185  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1185      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1186  fi  fi
1187    
1188    LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1189  RUNLOG="run.tr_log"  RUNLOG="run.tr_log"
1190  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1191  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1192      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1193  fi  fi
1194  if test "x$MPI" = xt ; then  if test "x$MPI" != x0 ; then
1195      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1196  fi  fi
1197    
# Line 1088  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1208  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1208      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1209      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1210  else  else
1211      DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'      DEF_CHECK_LIST='AdGrd Cost AdGrd FDGrd'
1212      EMPTY_RESULTS='.. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1213      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1214  fi  fi
1215    
# Line 1164  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1284  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1284      fi      fi
1285  else  else
1286      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1287      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1288      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1289  fi  fi
1290  echo  echo
1291  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
# Line 1175  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1295  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1295      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1296         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1297      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1298      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="e p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1299      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="n n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1300      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1301      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1302          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
# Line 1199  else Line 1319  else
1319      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1320      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1321      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1322  G D M    C  G  G D M    C  A  F
1323  E p a R  o  r  e p a R  o  d  D
1324  N n k u  s  a  n n k u  s  G  G
1325  2 d e n  t  d  2 d e n  t  r  r
1326    
1327  EOF  EOF
1328  fi  fi
# Line 1229  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1349  for dir in $TESTDIRS ; do
1349          (   cd $BUILD_DIR          (   cd $BUILD_DIR
1350              rm -f $EXECUTABLE *.bak              rm -f $EXECUTABLE *.bak
1351              rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log              rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1352              rm -f genmake.tr_log make.tr_log              rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1353          )          )
1354          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1355              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
# Line 1254  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1374  for dir in $TESTDIRS ; do
1374    
1375      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1376    
1377      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1378          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1379          continue          continue
1380      fi      fi
# Line 1262  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1382  for dir in $TESTDIRS ; do
1382          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1383          continue          continue
1384      fi      fi
1385      if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then  
1386        retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1387        if test $retv != 0 ; then          prefer_X=0
1388          echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1389          continue              retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth"`
1390        fi              if test $retv = 1 ; then prefer_X=1 ; fi
1391            fi
1392            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1393            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $prefer_X
1394            LOC_NPROC=$?
1395            (   cd $BUILD_DIR
1396                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1397                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1398                else RETVAL=1
1399                fi
1400                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1401                    rm -f tr_size.mpi
1402                else
1403                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1404                fi
1405            )
1406            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1407                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1408                rm -f $LOC_MFILE
1409                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1410                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1411                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1412                    rm -f $LOC_MFILE
1413                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1414                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1415                fi
1416                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1417                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1418                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1419                fi
1420            fi
1421            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1422                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1423                if test $retv != 0 ; then
1424                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1425                    continue
1426                fi
1427            fi
1428      fi      fi
1429    
1430      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
# Line 1283  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1440  for dir in $TESTDIRS ; do
1440          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1441            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1442              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1443                if test "x$MPI" = "xt" ; then                if test "x$MPI" = "x0" ; then
1444                  retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`                  extra_runs="$extra_runs $name"
1445                  else
1446                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1447                  if test $retv = 0 ; then                  if test $retv = 0 ; then
1448                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1449                  else                  else
1450                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1451                  fi                  fi
               else  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
1452                fi                fi
1453              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1454              fi              fi
# Line 1311  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1468  for dir in $TESTDIRS ; do
1468      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1469      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1470    
1471      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1472      locDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1473      mkdir $locDIR      mkdir $locDIR
1474        #- report to this experiment local summary file ---
1475        echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1476        echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1477        echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1478      CDIR=`pwd`"/$locDIR"      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1479    
1480      if test "x$NORUN" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
# Line 1339  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1500  for dir in $TESTDIRS ; do
1500          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1501          echo 1>&2          echo 1>&2
1502          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
         touch $locDIR"/summary.txt"  
1503          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         if test "x$ADM" = xt ; then  
             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"  
             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                                 >> $locDIR"/summary.txt"  
         fi  
1504    
1505          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1506              unset run              unset run
1507              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1508              #  reference output file              #  reference output file
1509              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1510              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1511              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1512              mkdir $locDIR              mkdir $locDIR
1513                #- report to this experiment local summary file ---
1514                echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1515                #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1516                #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1517              CDIR=`pwd`"/$locDIR"              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1518              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1519              run_clean $dir/$pfxdir.$ex              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
# Line 1369  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1524  for dir in $TESTDIRS ; do
1524              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1525              echo 1>&2              echo 1>&2
1526              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
             touch $locDIR"/summary.txt"  
1527              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1528              echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
             echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"  
             echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"  
             echo "tdir='$dir.$ex'" >> $locDIR"/summary.txt"  
             if test "x$ADM" = xt ; then  
                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"  
                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$pfxdir.$ex/$OUTPUTFILE \  
                                    >> $locDIR"/summary.txt"  
             fi  
             if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then  
1529                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1530              fi              fi
1531          done          done
# Line 1390  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1535  for dir in $TESTDIRS ; do
1535              mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`              mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1536              echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state              echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1537              sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state              sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1538              echo $mkOpt >> $DRESULTS/genmake_state              echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1539                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1540                    eval $mkOpt
1541                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1542                            $SUMMARY > tr_0.tmp_log
1543                    RETVAL=$?
1544                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1545                            cp tr_0.tmp_log $SUMMARY
1546                    else rm -f tr_0.tmp_log
1547                    fi
1548                fi
1549                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1550                grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1551                RETVAL=$?
1552                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1553                    echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state
1554                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \
1555                            | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log
1556                    sed -n '1p' tr_1.tmp_log >> $DRESULTS/genmake_state
1557                    sed -n '2,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1558                            >> $DRESULTS/genmake_state
1559                    rm -f tr_1.tmp_log
1560                fi
1561          fi          fi
1562      fi      fi
1563      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1564      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1565          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1566              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1567      fi      fi
1568        if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1569    
1570      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1571    
Legend:
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changed lines
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