/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.132 by jmc, Thu Jan 14 23:17:42 2010 UTC revision 1.201 by jmc, Mon Feb 23 23:05:57 2015 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14        echo " ---- type of test : ----"
15        echo "  (-tlm)                   perform a Tangent Linear run"
16        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
17        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
18      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
19      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
20      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
21      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
22        echo "  (-command|-c) STRING     command to run (e.g., if non-standard MPI setting)"
23        echo "                            DEF='mitgcmuv' or ='mpirun -np TR_NPROC mitgcmuv'"
24        echo " ---- testing options : ----"
25        echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
26        echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
27        echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
28        echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
29      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
30      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
31      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
     echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"  
     echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"  
     echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"  
     echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"  
32      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
33      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
34      echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
35        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
36        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
37      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
38      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
39      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
40        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
41        echo " ---- system options : ----"
42        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or \"sh\" shell"
43      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
44      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
45      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"      echo "  (-ncad)                  used genmake2 option \"-nocat4ad\" (-ncad)"
46      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
47      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
     echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""  
48      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
49        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
50        echo " ---- output options : ----"
51        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
52        echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
53      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
54      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
55      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
56      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
57      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-send)       STRING     sending command (instead of using mpack)"
58      echo "                             (DEF=\"12\")"      echo "  (-savdir|-sd) STRING     location to save output tar file to send (DEF='$SAVDIR')"
59      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
60      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
61        echo " -- do only some parts: --"
62        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
63        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
64        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
65        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
66      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
67      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
68      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
69      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
70        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
71        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
72      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
     echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"  
     echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"  
     echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"  
73      echo      echo
74      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
75      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 104  testoutput_var() Line 123  testoutput_var()
123  {  {
124      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
125      #      #
126      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
127      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/$reference_output
128      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
129    
130      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
131          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
132      fi      fi
133      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
134          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > ${TMP}a.txt
135          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l ${TMP}a.txt | awk '{print $1}' `
136          if [ $lncntA -lt 2 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
137              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
138                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
139              fi              fi
140              return 99              rm -f ${TMP}a.txt ; return 99
141          fi          fi
142      else      else
143          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
144          return 99          return 99
145      fi      fi
146      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
147          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$5 1>&2
148      fi      fi
149      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > ${TMP}b.txt
150      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l ${TMP}b.txt | awk '{print $1}' `
151      if [ $lncntB -lt 2 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
152          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
153              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
154          fi          fi
155          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
156      fi      fi
157      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
158          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
159              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
160          fi          fi
161          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
162      fi      fi
163      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat ${TMP}a.txt | grep -i nan | wc -l`
164      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
165          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
166          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
167      fi      fi
168      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat ${TMP}a.txt | grep -i inf | wc -l`
169      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
170          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
171          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
172      fi      fi
173      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
174          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt 1>&2
175      fi      fi
176      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
177        join ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' | sed -e 's|:||g' > ${TMP}c.txt
178      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
179          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
180      fi      fi
181      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
182          cat tmp3.txt 1>&2          cat ${TMP}c.txt 1>&2
183      fi      fi
184      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> ${TMP}c.txt
185      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < ${TMP}c.txt`
     cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt  
     digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`  
186      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
187          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
188              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
# Line 175  testoutput_var() Line 193  testoutput_var()
193              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
194          fi          fi
195      fi      fi
196      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ${TMP}c.txt
197        
198      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
199  }  }
200    
# Line 186  testoutput_run() Line 204  testoutput_run()
204      #      #
205      #  test output from 1 run in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
206  # --> same processing for adjoint & forward test  # --> same processing for adjoint & forward test
207          # default list of output variables to be checked:          # default list of output variables to be checked:
208          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
209          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
210          listChk=$DEF_CHECK_LIST          listChk=$DEF_CHECK_LIST
211          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
212          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
213          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
214          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
215          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
216                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
217          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
218          # check for ptracer output in reference_output file :          # set ref.outp file-name and, if compressed, uncompress it into subdir
219          outpref=$1/results/$3          refoutp=results/$3
220          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"          if test ! -r $1/results/$3 ; then
221          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"            if test -r $1/results/${3}.gz ; then
222          for ii in $PTRACERS_NUM ; do              tmpNam1=$3
223                tmpNam2=`echo $tmpNam1 | sed 's/\..*\././'`
224                if test "x$tmpNam1" = "x$tmpNam2" ; then
225                    tmpNam1=`echo $tmpNam2 | sed 's/\./.std./'`
226                fi
227                refoutp=$2/$tmpNam1
228                if [ $debug -gt 0 ]; then
229                    echo "testoutput_run: gunzip 'results/$3.gz' into '$refoutp'" 1>&2
230                fi
231                gzip -cd $1/results/${3}.gz > $1/$refoutp
232              else
233                echo "missing reference output file '$3' (.gz) in '$1/results/'"
234              fi
235            fi
236            # check for ptracer output in reference_output file :
237            if test $KIND = 0 ; then
238              ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
239              ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
240              for ii in $PTRACERS_NUM ; do
241              ptrfound=0              ptrfound=0
242              for jj in $ptr_mon ; do              for jj in $ptr_mon ; do
243                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
244                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`                  tst=`grep $name $1/$refoutp | wc -l | awk '{print $1}'`
245                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
246              done              done
247              if test $ptrfound = '1' ; then              if test $ptrfound = '1' ; then
248                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
249              else              else
250                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
               if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  
251                # remove this ptr from the list of output variable to check                # remove this ptr from the list of output variable to check
252                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
253                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
               fi  
254              fi              fi
255          #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2            # eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
256          done            done
257          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`          fi
258          if test $tst != 1 ; then          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
259            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2          if test $tst != 1 ; then
260                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
261            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
262          #- put it back once:            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
263            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`          #- put it back once:
264          fi            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
265            fi
266          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
267          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
268          allargs=""          #---
269          for xx in $listVar          allargs=""
270          do          for xx in $listVar
271            case $xx in          do
272              case $xx in
273             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
274                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
275                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $refoutp ; yy=$?
276                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
277            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  ref_cost_function" "ADM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
278            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;           'AdGrd') testoutput_var $1 "ADM  adjoint_gradient"  "ADM Ad Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
279             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'FDGrd') testoutput_var $1 "ADM  finite-diff_grad"  "ADM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
280             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;          'tlmCst') testoutput_var $1 "TLM  ref_cost_function" "TLM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
281             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;          'tlmGrd') testoutput_var $1 "TLM  tangent-lin_grad"  "TLM TL Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
282             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;          'fwdGrd') testoutput_var $1 "TLM  finite-diff_grad"  "TLM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
283             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
284             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
285             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
286             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
287             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
288             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
289             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
290             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
291             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
292             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
293             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
294             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
295               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
296               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
297               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
298               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
299          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
300             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
301          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
302             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
303          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
304             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
305          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
306             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
307           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
308           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
309           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
310           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
311           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
312           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
313           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
314           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
315           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
316           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
317           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
318           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
319          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;           'uSImn') testoutput_var $1 "seaice_uice_min"   "SIce Uice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
320          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSImx') testoutput_var $1 "seaice_uice_max"   "SIce Uice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
321          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSIav') testoutput_var $1 "seaice_uice_mean"  "SIce Uice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
322          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;           'uSIsd') testoutput_var $1 "seaice_uice_sd"    "SIce Uice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
323          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImn') testoutput_var $1 "seaice_vice_min"   "SIce Vice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
324          'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImx') testoutput_var $1 "seaice_vice_max"   "SIce Vice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
325                *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;           'vSIav') testoutput_var $1 "seaice_vice_mean"  "SIce Vice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
326            esac           'vSIsd') testoutput_var $1 "seaice_vice_sd"    "SIce Vice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
327            if test $xx = $sVar          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
328            then allargs="$allargs > $yy <"          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
329            else allargs="$allargs $yy"          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
330            fi          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Glob-ave"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
331          done          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South-av"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
332            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North-av"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
333            'HthMxS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_max_S" "thSIc H South-max" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
334            'HthMxN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_max_N" "thSIc H North-max" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
335             'sbo_M') testoutput_var $1 "sbo_mass"          "SBO mass"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
336             'sboFW') testoutput_var $1 "sbo_mass_fw"       "SBO m-FW"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
337             'sboAc') testoutput_var $1 "sbo_zoamc"         "SBO AM-C"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
338             'sboAp') testoutput_var $1 "sbo_zoamp"         "SBO AM-P"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
339            'StrmIc') testoutput_var $1 "STREAMICE_FP_ERR" "StreamIce Solver" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
340                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
341              esac
342              if test $xx = $sVar
343              then allargs="$allargs > $yy <"
344              else allargs="$allargs $yy"
345              fi
346            done
347    
348          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
349          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
350          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
351            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
352            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
353          else          else
354            echo $allargs            echo $allargs
355          fi          fi
356  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
357  }  }
358    
# Line 315  genmakemodel() Line 370  genmakemodel()
370          (          (
371              cd $1;              cd $1;
372              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
373              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
374                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
375              elif test "x$OADM" = xt ; then              fi
376                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"              if test $KIND = 4 ; then
377                    command="$command -oad -mods=../$code_dir"
378              else              else
379                  command="$command -mods=../code"                  command="$command -mods=../$code_dir"
380              fi              fi
381              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
382                  command="$command -optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
383              fi              fi
384              if test "x$IEEE" != x ; then              if test $OptLev = 1 ; then
385                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
386              fi              fi
387                if test $OptLev = 0 ; then
388                    command="$command -devel"
389                fi
390              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
391                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
392              fi              fi
393              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" != x0 ; then
394                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
395              fi              fi
396              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
397              #- run multi-threaded using OpenMP:              #- run multi-threaded using OpenMP:
398                  command="$command -omp"                  command="$command -omp"
399              fi              fi
400                if test "x$USE_R4" = xt ; then
401                    command="$command -use_r4"
402                fi
403                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
404                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
405                fi
406                if test "x$NOCATAD" = xt ; then
407                    command="$command -nocat4ad"
408                fi
409              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
410                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
411              fi              fi
412              if test "x$PAPIS" = xt ; then              if test "x$PAPIS" = xt ; then
413                  command="$command -papis"                  command="$command -papis"
414              else              else
415              if test "x$PCLS" = xt ; then              if test "x$PCLS" = xt ; then
416                  command="$command -pcls"                  command="$command -pcls"
417              fi              fi
418              fi              fi
419              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... '
420              # $command > make.log 2>&1              eval $command > genmake.tr_log 2>&1
             eval $command > make.log 2>&1  
421              RETVAL=$?              RETVAL=$?
422              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
423              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
424              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
425                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
426                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
427                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
428                  return 1                  return 1
429              else              else
430                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
431              fi              fi
432          )          )
433      fi      fi
# Line 369  genmakemodel() Line 436  genmakemodel()
436  makeclean()  makeclean()
437  {  {
438      # makeclean directory      # makeclean directory
439        if test "x$NOGENMAKE" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
440      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
441          echo "make Clean skipped!"          echo "make Clean skipped!"
442      else      else
# Line 376  makeclean() Line 444  makeclean()
444              cd $1;              cd $1;
445              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
446              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
447                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
448                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
449                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
450                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
451                      tail make.log                      tail make.tr_log
452                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
453                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
454                      return 1                      return 1
455                  fi                  fi
456                  echo successful 1>&2                  echo successful
457              else              else
458                  echo ''                  echo ''
459              fi              fi
# Line 400  run_clean() Line 468  run_clean()
468      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
469          echo "run_clean skipped!"          echo "run_clean skipped!"
470      else      else
471          (        (
472              cd $1;          cd $1;
473              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1          printf 'clean run-dir ... '
474              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"          # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
475              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;          find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
476              find . -name "*.data" -exec rm {} \;          find . -name "*.data" -exec rm {} \;
477              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;          find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
478              find . -type l -exec rm {} \;          find . -type l -exec rm {} \;
479              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime          #- should remove executable only if sym-link (already done above)
480              rm -rf mnc_test_*          rm -f $RUNLOG *.txt STDOUT.* STDERR.* *diagnostics.log *.[0-9][0-9][0-9][0-9].log
481              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000          rm -f datetime costfinal divided.ctrl snapshot* output_adm.*.diva_*
482              echo successful 1>&2          rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
483              exit 0          rm -f oad_cp.[0-9][0-9][0-9].?????
484          )          rm -rf mnc_test_*
485            echo successful
486            exit 0
487          )
488      fi      fi
489  }  }
490    
# Line 425  makedependmodel() Line 496  makedependmodel()
496      else      else
497          (          (
498              cd $1;              cd $1;
499              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
500              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
501              RETVAL=$?              RETVAL=$?
502              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
503                  tail make.log                  tail make.tr_log
504                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
505                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
506                  return 1                  return 1
507              else              else
508                  echo successful 1>&2                  echo successful
509              fi              fi
510          )          )
511      fi      fi
# Line 444  makemodel() Line 515  makemodel()
515  {  {
516      # makemodel directory      # makemodel directory
517      (      (
518        mk_fail=0
519        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
520            cd $1;
521            if test -x $EXECUTABLE ; then
522                echo "make skipped!"
523            else
524                echo "no executable!"
525                mk_fail=3
526            fi
527        else
528          cd $1;          cd $1;
529          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
530              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
531              if test "x$ADM" = xt ; then              $MAKE_CMD $TARG >> make.tr_log 2>&1
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
             elif test "x$OADM" = xt ; then  
                 $MAKE adAll >> make.log 2>&1  
             else  
                 if test "x$JOBS" = x ; then  
                     $MAKE >> make.log 2>&1  
                 else  
                     $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1  
                 fi  
             fi  
532              RETVAL=$?              RETVAL=$?
533              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
534                  tail make.log                  tail make.tr_log
535                  echo failed 1>&2                  echo failed
536                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
537                    tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
538                  rm -f $EXECUTABLE                  rm -f $EXECUTABLE
539                  return 1                  mk_fail=1
540              else              else
541                  echo successful 1>&2                  echo successful
542              fi              fi
543            else
544                echo "no Makefile !"
545                mk_fail=2
546            fi
547        fi
548        if test $KIND = 1 -a -f taf_ftl.log ; then
549            head -1 taf_ftl.log >> $CDIR"/summary.txt"
550        fi
551        if test $KIND = 2 -a -f taf_ad.log ; then
552            head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
553            nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
554            nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
555            if test -f taf_output ; then
556                n2er=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_output`
557                n3er=`grep -c '\*ERROR\* ' taf_output`
558                nerr=`expr $nerr + $n2er + $n3er`
559          fi          fi
560            echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
561                                    >> $CDIR"/summary.txt"
562        fi
563        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
564      )      )
565  }  }
566    
567    mk_mpi_size()
568    {
569        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb threads_Nb_X threads_Nb_Y
570        #
571        #  make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
572        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
573        #  ensure that enough tiles per proc (nSx,nSy) remain for the given
574        #     number of threads (nTx,nTy) ;
575        #  return the effective number of processors.
576    
577        inp=$1
578        out=$2
579        np=$3
580        tx=$4
581        ty=$5
582        tmp=TTT.$$
583    
584        # dirX : select with direction to favor in MPI process repartition
585        #   dirX=1 : prefer to put more proc in X direction
586        #   dirX=0 : prefer to put more proc in Y direction
587        dirX=0
588    
589        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
590        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
591        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
592        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
593    
594        #- for each direction, assume # of threads is a multiple of total number of tiles
595        nx=$px
596        if [ `expr $sx % $tx` -ne 0 -a `expr $sx \* $px % $tx` -eq 0 ] ; then
597            nx=`expr $sx \* $px / $tx`
598            if [ $verbose -gt 1 ]; then
599                echo " change px from $px to $nx to accommodate $tx threads"
600            fi
601        fi
602        ny=$py
603        if [ `expr $sy % $ty` -ne 0 -a `expr $sy \* $py % $ty` -eq 0 ] ; then
604            ny=`expr $sy \* $py / $ty`
605            if [ $verbose -gt 1 ]; then
606                echo " change py from $py to $ny to accommodate $ty threads"
607            fi
608        fi
609        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
610        pp=0
611        i=1
612        while [ $i -le $nx ] ; do
613          if [ `expr $nx % $i` -eq 0 ] ; then
614            j=1
615            while [ $j -le $ny ] ; do
616              if [ `expr $ny % $j` -eq 0 ] ; then
617                ij=`expr $i \* $j`
618                if [ $ij -gt $pp ] ; then
619                    flag=1
620                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
621                    flag=$dirX
622                else
623                    flag=0
624                fi
625                if test $flag = 1 ; then
626                  if [ $ij -le $np ] ; then
627                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
628                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
629                  fi
630                fi
631              fi
632              j=`expr $j + 1`
633            done
634          fi
635          i=`expr $i + 1`
636        done
637    
638        #- create new SIZE.h type file:
639        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
640        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
641        if [ $verbose -gt 1 ]; then
642            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
643        fi
644        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
645        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
646        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
647        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
648        rm -f $tmp
649        return $pp
650    }
651    
652  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
653  {  {
654      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 480  symlink_mpifiles() Line 657  symlink_mpifiles()
657    
658      dir=$1      dir=$1
659      code_dir=$2      code_dir=$2
660      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
661      CODE_DIR=$dir/$code_dir  
       
662      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
663      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
664    
665      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
666      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
667          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
668          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
669          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
670              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
671              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
672              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
673              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
674              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
675                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
676                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
677                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
678                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
679                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
680                        rm -f $build_dir/$name
681                  fi                  fi
682              fi              fi
683          done          else
684      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
685                    # dir so long as there is no real file in place
686                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
687                RETVAL=$?
688                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
689                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
690                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
691                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
692                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
693                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
694                    fi
695                fi
696            fi
697        done
698  }  }
699    
700  linkdata()  linkdata()
# Line 528  linkdata() Line 705  linkdata()
705      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
706          (          (
707              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
708              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`              echo 'linkdata from dirs:' $*
709                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
710              for xx in $inpMPI ; do              for xx in $inpMPI ; do
711                if test -r "../"$1"/"$xx ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
712                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
713                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
714                  if test "x$MPI" = "xt" ; then                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
715                  # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file                      # not mpi test: remove symbolic link
716                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
                     if test ! -r $yy ; then  
                         ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;  
                         printf "$xx " 1>&2  
                     fi  
717                  else                  else
718                  # not mpi test: remove symbolic link                      # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
719                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
720                        if test ! -r $yy ; then
721                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
722                            printf " $xx" 1>&2
723                        fi
724                  fi                  fi
725                fi                fi
726              done              done
# Line 551  linkdata() Line 729  linkdata()
729                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
730                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
731                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
732                      if test ! -r eedata ; then                      if test ! -r eedata ; then
733                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
734                          printf 'eedata.mth ' 1>&2                          printf ' eedata.mth' 1>&2
735                      fi                      fi
736                  else                  else
737                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
# Line 563  linkdata() Line 741  linkdata()
741              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
742              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
743                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
744                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
745                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
746                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
747                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 573  linkdata() Line 751  linkdata()
751                              fi                              fi
752                          fi                          fi
753                      done                      done
754                        printf ' ;' 1>&2
755                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
756                          "../"$ldir"/"prepare_run                          "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
757                        else
758                            echo '' 1>&2
759                      fi                      fi
                     printf ' ; ' 1>&2  
760                  fi                  fi
761                  prevDir=$ldir                  prevDir=$ldir
762              done              done
# Line 588  runmodel() Line 768  runmodel()
768  {  {
769      # runmodel directory      # runmodel directory
770      #      #
771      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
772      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
773      (      (
774          cd $1          cd $1
775          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
776          # make output.txt          if test "x$MPI" != x0 ; then
777          echo              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
778          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
779              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC/ $LOC_NPROC/"`
780              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
781                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
782                fi
783                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
784            fi
785            if test -L $EXECUTABLE ; then
786              if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
787                cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
788                outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
789              else rm -f $EXECUTABLE
790              fi
791          fi          fi
792          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
793              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
794              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
795          fi          fi
796          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
797                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
798                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
799                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
800                  RETVAL=8              RETVAL=8
801                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
802          else          else
803              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
804                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
805                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
806                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
807                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1          #- Divided Adjoint Run:
808                  RETVAL=$?          #  get the number of additional runs (add_DIVA_runs) from file "run_ADM_DIVA"
809              else              if test $KIND = 2 -a -f run_ADM_DIVA ; then
810                  RETVAL=0                adm_diva_nb=`sed -n '/^ *add_DIVA_runs\>.*=/p' run_ADM_DIVA | sed 's/ //g'`
811                  if test -f $RUNLOG ; then                echo " Divided Adjoint Run: $adm_diva_nb" >> $RUNLOG
812                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                eval "let $adm_diva_nb"
813                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                if [ $add_DIVA_runs -ge 1 ] ; then
814                  else                  rm -f costf* divided.ctrl snapshot*
815                      touch $RUNLOG                  echo -n "(add_DIVA_runs=$add_DIVA_runs) ... "
816                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                  for ii in `seq 1 $add_DIVA_runs` ; do
817                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
818                      echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1                    echo " additional DIVA run # $ii : done" >> $RUNLOG
819                  fi                    mv -f $OUTPUTFILE ${OUTPUTFILE}.diva_${ii}
820                    done
821                  fi
822                fi
823            #- special DIVA processing ends here
824                ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
825                RETVAL=$?
826                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
827                if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
828                    find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
829                    find . -name "*.data" -exec rm {} \;
830                    rm -rf mnc_test_*
831              fi              fi
832              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            else
833                RETVAL=0
834                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
835                touch $RUNLOG
836                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
837                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
838              fi
839          fi          fi
840          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
841            #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE and time
842            if test -f $OUTPUTFILE ; then
843              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
844                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
845              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE \
846                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
847            fi
848            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
849          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
850              tail $RUNLOG              echo successful
851              echo successful 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
852              # === Reduce the size of the testing emails!              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
             #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE  
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
853              return 0              return 0
854          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
855              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
856              tail $RUNLOG              echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
857              echo finished with error '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
858                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
859              return 0              return 0
860          else          else
861              tail $RUNLOG              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
862              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
863                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
864              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
865              return 1              return 1
866          fi          fi
867      )      )
# Line 697  EOF Line 911  EOF
911          return 0          return 0
912      else      else
913          echo          echo
914          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
915          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
916          exit 1          exit 1
917      fi      fi
# Line 716  formatresults() Line 930  formatresults()
930      printf '%3s' $listPrt      printf '%3s' $listPrt
931  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
932  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
933        
934      if [ $xx = '..' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
935          printf ' N/O '          printf ' N/O '
936      elif [ $xx = '--' ]; then      elif [ $xx = '--' ]; then
# Line 731  formatresults() Line 945  formatresults()
945          fi          fi
946      fi      fi
947      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
948        if test $KIND = 2 ; then
949            #-- apppend taf repport summary:
950            tafrep=`grep -c '^ TAF reports ' $CDIR/summary.txt`
951            if test $tafrep = 1 ; then
952                grep '^ TAF reports ' $CDIR/summary.txt | awk '{printf "  (e=%i, w=%i)",$3,$6}'
953            fi
954        fi
955      printf '\n'      printf '\n'
956        
957  }  }
958    
959  scandirs()  scandirs()
960  {  {
961      if [ $# -eq 1 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
962          for arg in * ; do          for arg in * ; do
963              test -f $arg/$1 && echo $arg             #test -f $arg/$1 && echo $arg
964                test -f $arg/$1 -o -f $arg/$1.gz && echo $arg
965          done          done
966      else      else
967          echo $*          echo $*
# Line 749  scandirs() Line 971  scandirs()
971    
972  check_eedata()  check_eedata()
973  {  {
974      # check_eedata size.h eedata      # check_eedata eedata size.h
975      if [ $# -eq 2 ] ; then      if [ $# -eq 2 ] ; then
976        if test -f $1 -a -f $2 ; then       if test -f $1 -a -f $2 ; then
977        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`        nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
978        nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`        sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
979        if test "x$nx" = x ; then        if test "x$nx" = x ; then
980          rx=10          rx=10
981        else        else
982          rx=`expr $sx % $nx`          rx=`expr $sx % $nx`
983        fi        fi
984        sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`        ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
985        ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`        sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
986        if test "x$ny" = x ; then        if test "x$ny" = x ; then
987          ry=20          ry=20
988        else        else
989          ry=`expr $sy % $ny`          ry=`expr $sy % $ny`
990        fi        fi
991        echo `expr $rx + $ry`        echo `expr $rx + $ry`
992      else       else
993        echo '-1'        echo '-1'
994        fi       fi
995        elif [ $# -eq 1 ] ; then
996         if test -f $1 ; then
997          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
998          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
999          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
1000          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
1001         #echo $nx $ny
1002          echo $nx
1003         else
1004          echo '-1'
1005         fi
1006      else      else
1007        echo '-2'        echo '-2'
1008      fi      fi
# Line 782  check_eedata() Line 1015  check_eedata()
1015  #  Default properties  #  Default properties
1016  debug=0  debug=0
1017  verbose=1  verbose=1
1018  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
1019    
1020  IEEE=true  OptLev=1
 if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  
     IEEE=$MITGCM_IEEE  
 fi  
1021  GSL=f  GSL=f
1022    
1023  CLEANUP=f  CLEANUP=f
1024    NORUN=f
1025  QUICK=f  QUICK=f
1026    NOMAKE=f
1027  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
1028  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
1029  NODEPEND=f  NODEPEND=f
1030  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
1031    
1032  BASH=  BASH=
1033  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 805  SKIPDIRS= Line 1037  SKIPDIRS=
1037  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
1038  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
1039  MPACK=  MPACK=
1040    SENDCMD=
1041    SAVDIR='.'
1042  COMMAND=  COMMAND=
1043    MKDEPEND=
1044  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
1045      MAKE=make      MAKE=make
1046  fi  fi
1047    MAKE_CMD=
1048  if test "x$CC" = x ; then  if test "x$CC" = x ; then
1049      CC=cc      CC=cc
1050  fi  fi
1051  JOBS=  JOBS=
1052  MPI=f  TARG=
1053    MPI=0
1054    MPI_MFILE=
1055  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
1056  OUTDIR=  OUTDIR=
1057  DELDIR=  DELDIR=
1058    USE_R4=
1059  ADM=  EXTRFLG=
1060  OADM=  NOCATAD=
1061    
1062    #- type of testing (KIND):
1063    #   KIND=0 : forward (= default) ;  KIND=1 : Tangent Linear with TAF ;
1064    #   KIND=2 : Adjoint with TAF ;     KIND=4 : Adjoint with OpenAD
1065    KIND=0
1066    
1067  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
1068  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
1069    
1070  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=10
1071    
1072  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
1073    
# Line 839  for ac_option ; do Line 1082  for ac_option ; do
1082      fi      fi
1083    
1084      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
1085        
1086      case $ac_option in      case $ac_option in
1087                    
1088          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
1089              usage ;;  
1090                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
1091          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
1092              ac_prev=OPTFILE ;;  
1093          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
1094              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
1095                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
1096          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
1097              ac_prev=ADDRESSES ;;  
1098          -addr=* | --addr=*)          -send | --send ) ac_prev=SENDCMD ;;
1099              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -send=* | --send=* ) SENDCMD=$ac_optarg ;;
1100          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -savdir | --savdir | -sd | --sd ) ac_prev=SAVDIR ;;
1101              ac_prev=MPACKDIR ;;          -savdir=* | --savdir=* | -sd=* | --sd=* ) SAVDIR=$ac_optarg ;;
1102          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
1103              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
1104            -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
1105          -tdir | --tdir | -t | --t)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
1106              ac_prev=TESTDIRS ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
1107          -tdir=* | --tdir=*)  
1108              TESTDIRS=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1109            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1110          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)  
1111              ac_prev=SKIPDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1112          -skipdir=* | --skipdir=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1113              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;  
1114            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1115          -bash | --bash | -b | --b)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1116              ac_prev=BASH ;;  
1117          -bash=* | --bash=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1118              BASH=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1119    
1120          -command | --command | -c | --c)          -repl_mk | --repl_mk ) ac_prev=MAKE_CMD ;;
1121              ac_prev=COMMAND ;;          -repl_mk=* | --repl_mk=*) MAKE_CMD=$ac_optarg ;;
1122          -command=* | --command=*)  
1123              COMMAND=$ac_optarg ;;          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1124            -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1125          -make | --make | -m | --m)  
1126              ac_prev=MAKE ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1127          -make=* | --make=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
1128    
1129          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1130          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1131    
1132          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1133          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1134    
1135          -clean | --clean)          -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1136              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;          -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1137    
1138          -quick | --quick | -q | --q)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             QUICK=t ;;  
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
1139    
1140          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1141              POSTCLEAN=t ;;          -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1142            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1143            -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1144            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1145            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1146            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1147    
1148            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1149            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1150    
1151            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1152            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1153            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1154    
1155          -mpi) MPI=t ;;          -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1156            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1157    
1158          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1159    
1160          -adm | -ad) ADM=t ;;          -tlm) if test $KIND = 0 ; then KIND=1 ; else
1161                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1162          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;                fi ;;
1163            -adm | -ad) if test $KIND = 0 ; then KIND=2 ; else
1164          -ieee) IEEE=true ;;                  echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1165          -noieee) IEEE= ;;                fi ;;
1166          -gsl) GSL=t ;;          -oad) if test $KIND = 0 ; then KIND=4 ; NODEPEND=t ; else
1167                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1168                  fi ;;
1169            -ncad) NOCATAD=t ;;
1170    
1171            -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1172                     printf " ... " ;;
1173            -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1174                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1175            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1176            -devel) OptLev=0 ;;
1177            -gsl) GSL=t ;;
1178    
1179          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1180          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 933  for ac_option ; do Line 1182  for ac_option ; do
1182    
1183          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1184    
1185          -ts) TS=t;;          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1186    
1187            -ts) TS=t;;
1188          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
1189            -pcls) PCLS=t;;
1190    
1191          -pcls) PCL=t;;          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1192                usage ;;
1193            *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1194                usage ;;
1195    
         -*)  
             echo "Error: unrecognized option: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
           
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
           
1196       esac       esac
1197        
1198  done  done
1199    
1200  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 958  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1202  if test "x$QUICK" = xt ; then
1202      NOCLEAN=t      NOCLEAN=t
1203      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1204  fi  fi
1205    if test "x$MAKE_CMD" = x ; then MAKE_CMD=$MAKE ; fi
1206    
1207    #- check length of MPI machine file:
1208    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1209        if test -r $MPI_MFILE ; then
1210            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1211            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1212              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1213              usage
1214            fi
1215            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1216                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1217            fi
1218        else
1219              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1220              usage
1221        fi
1222    fi
1223    
1224  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1225  if test "x$ADM" = xt ; then  if test $KIND = 1 ; then
1226        TARG=ftlall
1227        code_dir=code_ad
1228        inputdir=input_ad
1229        ref_outp="output_tlm.txt"
1230        EXECUTABLE="mitgcmuv_ftl"
1231    elif test $KIND = 2 ; then
1232        if test "x$TARG" = xobj ; then TARG=adobj ; else TARG=adall ; fi
1233      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
1234      inputdir=input_ad      inputdir=input_ad
1235      ref_outp="output_adm.txt"      ref_outp="output_adm.txt"
1236      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1237  elif test "x$OADM" = xt ; then  elif test $KIND = 4 ; then
1238        TARG=adAll
1239      code_dir=code_oad      code_dir=code_oad
1240      inputdir=input_oad      inputdir=input_oad
1241      ref_outp="output_oadm.txt"      ref_outp="output_oadm.txt"
# Line 976  else Line 1246  else
1246      ref_outp="output.txt"      ref_outp="output.txt"
1247      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
1248  fi  fi
1249    if test "x$JOBS" != x ; then TARG="-j $JOBS $TARG" ; fi
1250    
1251    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1252  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1253      LIST=`scandirs results/$ref_outp`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1254    elif test $xx = 'start_from' ; then
1255        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1256        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1257  else  else
1258      #- expand group of experiments:      #- expand group of experiments:
1259      LIST=" "      LIST=" "
# Line 993  else Line 1268  else
1268                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1269          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1270        esac        esac
1271      done      done
1272  fi  fi
1273  #echo 'LIST='${LIST}'<'  #echo 'LIST='${LIST}'<'
1274  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
# Line 1010  do Line 1285  do
1285              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1286          fi          fi
1287      else      else
1288          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1289          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1290          fi          fi
1291      fi      fi
1292  done  done
1293  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1294  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1295    
# Line 1022  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1297  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1297      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1298  fi  fi
1299    
1300  RUNLOG="run.log"  LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1301  OUTPUTFILE=$ref_outp  RUNLOG="run.tr_log"
1302  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$MPI" = x0 ; then
1303      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"    OUTPUTFILE=$ref_outp
1304  fi    if test "x$COMMAND" = x ; then COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE" ; fi
1305  if test "x$MPI" = xt ; then  else
1306      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"    OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1307      if test "x$COMMAND" = x ; then COMMAND="mpirun -v -np TR_NPROC ./$EXECUTABLE" ; fi
1308  fi  fi
1309    
1310  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"  echo "OK (COMMAND='$COMMAND')"
1311    
1312    #TMP=./tr_$$
1313    #- try to put temporary files in system-local /tmp dir
1314    TMP=/tmp/tr_${USER}_$$
1315    touch $TMP ; retVal=$?
1316    if [ $retVal -eq 0 ] ; then
1317      if test ! -r $TMP ; then TMP=./tr_$$ ; fi
1318    else
1319      TMP=./tr_$$
1320    fi
1321    rm -f $TMP
1322    if [ $verbose -gt 1 ]; then echo " temp files: $TMP" ; fi
1323    
1324  # set the Default List of output variables to be checked:  # set the Default List of output variables to be checked:
1325  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1326  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1327  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1328  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 1 ; then
1329        DEF_CHECK_LIST='tlmGrd tlmCst tlmGrd fwdGrd'
1330        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1331        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1332    elif test $KIND = 2 -o $KIND = 4 ; then
1333        DEF_CHECK_LIST='AdGrd Cost AdGrd FDGrd'
1334        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1335        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1336    else
1337      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1338      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1339      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1340      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1341      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
 else  
     DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'  
     EMPTY_RESULTS='.. ..'  
     LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`  
1342  fi  fi
1343    
1344  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1345  createcodelet  if test "x$CLEANUP" = xt -o -x tr_cmpnum ; then
1346        echo "skipping comparison code build"
1347    else
1348        createcodelet
1349    fi
1350    
1351  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1352  if test "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x -o "x$SENDCMD" != x ; then
1353      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1354  else  else
1355      build_mpack      build_mpack
1356        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then SENDCMD=$MPACK ; fi
1357  fi  fi
1358    
1359  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1360  CMDLINE=$0  CMDLINE=$0
1361  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1362      if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"      if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx" ; else
1363                          else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi        nb=`echo $xx | grep -c '='`
1364          if test $nb = 0 ; then CMDLINE="$CMDLINE '$xx'"
1365          else yy=`echo "$xx'" | sed "s/=/='/"` ;
1366                                 CMDLINE="$CMDLINE $yy" ; fi
1367        fi
1368  done  done
 #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done  
1369  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1370  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1371  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
# Line 1073  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_" Line 1373  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1373  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1374      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1375  else  else
1376      short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`     #short_name=`hostname -s | tr '[:upper:]' '[:lower:]'`
1377       # hostname -s is not universal (does work on AIX system)
1378        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//' | tr '[:upper:]' '[:lower:]'`
1379      BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1380  fi  fi
1381  DNUM=0  DNUM=0
# Line 1110  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1412  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1412          echo >> $SUMMARY          echo >> $SUMMARY
1413          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1414      else      else
1415          echo | tee $SUMMARY          echo | tee -a $SUMMARY
1416          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee -a $SUMMARY
1417          exit 1          exit 1
1418      fi      fi
1419  else  else
1420      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1421      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1422      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1423  fi  fi
1424  echo  echo
1425  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1426  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 0 ; then
1427      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      line_0=`printf '%s %2i' 'default' $MATCH_CRIT`
     then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi  
1428         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
 #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"  
1429      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1430      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="e p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1431      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="n n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1432      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1433      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1434          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
# Line 1138  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1437  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1437          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1438          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
1439      done      done
1440    else
1441        line_0=`printf '%s %2i' 'default   ' $MATCH_CRIT`
1442      if test $KIND = 1 ; then
1443       #echo "TANGLIN=true" >> $SUMMARY
1444        echo "TangLin generated by TAF" >> $SUMMARY
1445      elif test $KIND = 3 ; then
1446        echo "TangLin generated by OpenAD" >> $SUMMARY
1447      elif test $KIND = 2 ; then
1448       #echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1449        echo "Adjoint generated by TAF" >> $SUMMARY
1450      else
1451        echo "Adjoint generated by OpenAD" >> $SUMMARY
1452      fi
1453      if test $KIND = 1 -o $KIND = 3 ; then
1454        line_1="G D M    C  T  F"
1455        line_2="e p a R  o  L  D"
1456      else
1457        line_1="G D M    C  A  F"
1458        line_2="e p a R  o  d  D"
1459      fi
1460        line_3="n n k u  s  G  G"
1461        line_4="2 d e n  t  r  r"
1462        echo >> $SUMMARY
1463    fi
1464    if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1465      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1466      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1467      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1468      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1469      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1470      echo " "       | tee -a $SUMMARY      echo ""        | tee -a $SUMMARY
 else  
     echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY  
     echo >> $SUMMARY  
     if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;  
     then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi  
     echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY  
     cat << EOF | tee -a $SUMMARY  
 G D M    C  G  
 E p a R  o  r  
 N n k u  s  a  
 2 d e n  t  d  
   
 EOF  
1471  fi  fi
1472    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1473    
1474  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1475  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1476        
1477      # set builddir & rundir:      # set builddir & rundir:
1478      builddir="build"      builddir="build"
1479      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1480      rundir="run"      rundir="run"
1481        pfxdir="tr_$rundir"
1482      if test ! -d $dir/$rundir ; then      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1483          rundir=$builddir          rundir=$builddir
1484      fi      fi
# Line 1177  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1489  for dir in $TESTDIRS ; do
1489      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1490          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1491          makeclean $BUILD_DIR          makeclean $BUILD_DIR
1492          rm -f $BUILD_DIR/$EXECUTABLE          (   cd $BUILD_DIR
1493                rm -f $EXECUTABLE *.bak
1494                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1495                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1496                rm -rf mpi_headers
1497            )
1498          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1499              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1500              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1501          fi          fi
1502          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1503          ttd=`echo $trdir | wc -w`          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1504          if test $ttd != 0 ; then          if test $ttd != 0 ; then
1505              echo '  --- rm dir:' $trdir              echo '  --- rm dir:' $trdir
# Line 1191  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1508  for dir in $TESTDIRS ; do
1508          continue          continue
1509      fi      fi
1510    
1511      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1512      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1513      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1514      if test ! -r $fout ; then     #if test ! -r $fout ; then
1515        if test ! -r $fout -a ! -r ${fout}.gz ; then
1516          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1517          continue          continue
1518      fi      fi
1519    
1520      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1521    
1522      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1523          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1524          continue          continue
1525      fi      fi
# Line 1209  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1527  for dir in $TESTDIRS ; do
1527          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1528          continue          continue
1529      fi      fi
1530      if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then  
1531        retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1532        if test $retv != 0 ; then          ntx=1 ; nty=1
1533          echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1534          continue            ff=$dir"/input/eedata.mth"
1535        fi            ntx=`grep "^ *nTx *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
1536              nty=`grep "^ *nTy *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
1537              if test "x$ntx" = x ; then ntx=1 ; fi
1538              if test "x$nty" = x ; then nty=1 ; fi
1539            fi
1540            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1541            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $ntx $nty
1542            LOC_NPROC=$?
1543            (   cd $BUILD_DIR
1544                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1545                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1546                else RETVAL=1
1547                fi
1548                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1549                    rm -f tr_size.mpi
1550                else
1551                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1552                fi
1553            )
1554            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1555                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1556                rm -f $LOC_MFILE
1557                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1558                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1559                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1560                    rm -f $LOC_MFILE
1561                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1562                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1563                fi
1564                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1565                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1566                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1567                fi
1568            fi
1569            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1570                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1571                if test $retv != 0 ; then
1572                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1573                    continue
1574                fi
1575            fi
1576      fi      fi
1577    
1578      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1579      extra_runs=      extra_runs=
1580      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`      if test "x$NORUN" = xf ; then
1581            ex_run_dirs=`( cd $dir ; ls -d $inputdir.* 2> /dev/null )`
1582        fi
1583      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1584      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1585          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1586          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1587          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1588          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -r $outf -o -r ${outf}.gz ; then
1589            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1590              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1591                if test "x$MPI" = "xt" ; then                if test "x$MPI" = "x0" ; then
1592                  retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`                  extra_runs="$extra_runs $name"
1593                  else
1594                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1595                  if test $retv = 0 ; then                  if test $retv = 0 ; then
1596                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1597                  else                  else
1598                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1599                  fi                  fi
               else  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
1600                fi                fi
1601              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1602              fi              fi
# Line 1246  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1606  for dir in $TESTDIRS ; do
1606          fi          fi
1607      done      done
1608    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1609      echo      echo
1610      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1611         echo "Experiment:  $dir"          echo "Experiment:  $dir"
1612      else      else
1613         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"          echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1614      fi      fi
1615      echo      echo
1616      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1617      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1618    
1619      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1620      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1621      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1622      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      #- report to this experiment local summary file ---
1623            echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1624      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1625          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1626          makeclean $dir/$builddir \      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1627              && run_clean $dir/$rundir  
1628        if test "x$NORUN" = xt ; then
1629                run=N
1630            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1631                && makeclean $dir/$builddir \
1632                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1633                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1634                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1635      else      else
1636          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1637              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1638              && run_clean $dir/$rundir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
             && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \  
1639              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1640              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1641              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \              && run_clean $dir/$rundir \
1642                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1643              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1644              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1645      fi      fi
1646            #echo "results='$results'"
1647      echo  
1648          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1649          echo          echo 1>&2
1650          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1651          touch $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         if test "x$ADM" = xt ; then  
             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                                 >> $CDIR"/summary.txt"  
         fi  
1652    
1653          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1654              unset run              unset run
1655              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1656              #  reference output file              #  reference output file
1657              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1658              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1659              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1660              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1661              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              #- report to this experiment local summary file ---
1662              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1663              run_clean $dir/tr_run.$ex              #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1664              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input              #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1665              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1666              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1667              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1668              fres="$fres.$ex"              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1669              echo              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1670                && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1671                fres=`formatresults $dir.$ex ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1672                echo 1>&2
1673              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1674              touch $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1675              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1676              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
             echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             if test "x$ADM" = xt ; then  
                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \  
                                    >> $CDIR"/summary.txt"  
             fi  
             if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then  
                 run_clean $dir/tr_run.$ex  
1677              fi              fi
1678          done          done
1679    
1680        if test ! -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then
1681            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1682                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1683                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1684    #           sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1685    # bsd-sed cannot do the above code
1686                cat $dir/$builddir/Makefile | \
1687                    sed  -n '/^# executed by:/{N
1688                                               p
1689                                               }' >> $DRESULTS/genmake_state
1690                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1691                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1692                    eval $mkOpt
1693    #               sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1694    #                       $SUMMARY > tmp.tr_log
1695    # bsd-sed requires a newline after "a\":
1696                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\\
1697                             OPTFILE=${OPTFILE}" $SUMMARY > tmp.tr_log
1698                    RETVAL=$?
1699                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1700                        cp -f tmp.tr_log $SUMMARY
1701                    fi
1702                    rm -f tmp.tr_log
1703                fi
1704                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1705                if test -r $gmkLog ; then
1706                    grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1707                    RETVAL=$?
1708                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1709                      echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1710                      echo "extract compiler version:"   >> $DRESULTS/genmake_state
1711                      sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' \
1712                         $gmkLog | grep -v '^... compiler version ' > tmp.tr_log
1713                      sed -n '1p' tmp.tr_log >> $DRESULTS/genmake_state
1714                      sed -n '2,/^$/p' tmp.tr_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1715                                             >> $DRESULTS/genmake_state
1716                      rm -f tmp.tr_log
1717                    fi
1718                    echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1719                    echo "get NETCDF & LAPACK settings:" >> $DRESULTS/genmake_state
1720                    sed -n '/set HAVE_NETCDF=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1721                    sed -n '/set HAVE_LAPACK=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1722                fi
1723            fi
1724        fi
1725      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1726      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1727          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1728              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1729      fi      fi
1730            if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1731    
1732      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1733        
1734  done  done
1735    
1736  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
# Line 1348  date >> $SUMMARY Line 1743  date >> $SUMMARY
1743  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1744      echo "No results email was sent."      echo "No results email was sent."
1745  else  else
1746      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$SENDCMD" != x ; then
1747          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          if [ $verbose -gt 1 ]; then
1748              && gzip $DRESULTS".tar" \             echo " run: $SENDCMD -s MITgcm-test -m 3555000 ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" $ADDRESSES"
1749              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES          fi
1750            tar -cf ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1751                && gzip ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" \
1752                && $SENDCMD -s MITgcm-test -m 3555000 ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" $ADDRESSES
1753          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1754          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1755              echo              echo
# Line 1364  else Line 1762  else
1762              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1763              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1764              echo              echo
1765              test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"              test -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" &&  rm -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar"
1766              test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"              test -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" &&  rm -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz"
1767          fi          fi
1768      fi      fi
1769  fi  fi
1770    
1771  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1772        rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1773    fi
1774    
1775  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1776      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1777      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1778          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1779      fi      fi
1780      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1781  fi  fi
# Line 1383  fi Line 1783  fi
1783  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1784      rm -rf $DRESULTS      rm -rf $DRESULTS
1785  fi  fi
1786    echo "======== End of testreport execution ========"

Legend:
Removed from v.1.132  
changed lines
  Added in v.1.201

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