/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.132 by jmc, Thu Jan 14 23:17:42 2010 UTC revision 1.176 by jmc, Thu Aug 16 18:44:48 2012 UTC
# Line 12  usage() Line 12  usage()
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18        echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
19        echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
20        echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
21      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
22      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
23      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
24        echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
25      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
26      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
27      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
28      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
29      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
30      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
31      echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
32        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
33        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
34      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
35      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
36      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
37      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
38        echo "  (-tlm)                   perform a Tangent Linear run"
39      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
40      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
41      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
42      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
43      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
44      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
45      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
46      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
47      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"  #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
48      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"  #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
49      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
50      echo "                             (DEF=\"12\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
51      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
52      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
53        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
54        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
55        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
56        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
57      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
58      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
59      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
60      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
61        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
62        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
63      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
64      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
65      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
# Line 104  testoutput_var() Line 117  testoutput_var()
117  {  {
118      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
119      #      #
120      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
121      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/$reference_output
122      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
123    
124      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
# Line 118  testoutput_var() Line 131  testoutput_var()
131              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
132                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
133              fi              fi
134              return 99              rm -f tmp1.txt ; return 99
135          fi          fi
136      else      else
137          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
138          return 99          return 99
139      fi      fi
140      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
141          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$5 1>&2
142      fi      fi
143      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
144      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
145      if [ $lncntB -lt 2 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
146          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
147              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
148          fi          fi
149          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
150      fi      fi
151      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
152          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
153              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
154          fi          fi
155          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
156      fi      fi
157      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
158      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
159          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
160          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
161      fi      fi
162      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
163      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
164          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
165          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
166      fi      fi
167      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
168          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
# Line 176  testoutput_var() Line 189  testoutput_var()
189          fi          fi
190      fi      fi
191      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
192        
193      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
194  }  }
195    
# Line 186  testoutput_run() Line 199  testoutput_run()
199      #      #
200      #  test output from 1 run in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
201  # --> same processing for adjoint & forward test  # --> same processing for adjoint & forward test
202          # default list of output variables to be checked:          # default list of output variables to be checked:
203          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
204          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
205          listChk=$DEF_CHECK_LIST          listChk=$DEF_CHECK_LIST
206          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
207          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
208          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
209          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
210          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
211                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
212          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
213          # check for ptracer output in reference_output file :          # set ref.outp file-name and, if compressed, uncompress it into subdir
214          outpref=$1/results/$3          refoutp=results/$3
215          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"          if test ! -r $1/results/$3 ; then
216          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"            if test -r $1/results/${3}.gz ; then
217          for ii in $PTRACERS_NUM ; do              tmpNam1=$3
218                tmpNam2=`echo $tmpNam1 | sed 's/\..*\././'`
219                if test "x$tmpNam1" = "x$tmpNam2" ; then
220                    tmpNam1=`echo $tmpNam2 | sed 's/\./.std./'`
221                fi
222                refoutp=$2/$tmpNam1
223                if [ $debug -gt 0 ]; then
224                    echo "testoutput_run: gunzip 'results/$3.gz' into '$refoutp'" 1>&2
225                fi
226                gzip -cd $1/results/${3}.gz > $1/$refoutp
227              else
228                echo "missing reference output file '$3' (.gz) in '$1/results/'"
229              fi
230            fi
231            # check for ptracer output in reference_output file :
232            if test $KIND = 0 ; then
233              ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
234              ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
235              for ii in $PTRACERS_NUM ; do
236              ptrfound=0              ptrfound=0
237              for jj in $ptr_mon ; do              for jj in $ptr_mon ; do
238                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
239                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`                  tst=`grep $name $1/$refoutp | wc -l | awk '{print $1}'`
240                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
241              done              done
242              if test $ptrfound = '1' ; then              if test $ptrfound = '1' ; then
243                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
244              else              else
245                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
               if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  
246                # remove this ptr from the list of output variable to check                # remove this ptr from the list of output variable to check
247                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
248                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
               fi  
249              fi              fi
250          #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2            # eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
251          done            done
252          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`          fi
253          if test $tst != 1 ; then          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
254            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2          if test $tst != 1 ; then
255                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
256            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
257          #- put it back once:            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
258            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`          #- put it back once:
259          fi            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
260            fi
261          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
262          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
263          allargs=""          #---
264          for xx in $listVar          allargs=""
265          do          for xx in $listVar
266            case $xx in          do
267              case $xx in
268             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
269                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
270                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $refoutp ; yy=$?
271                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
272            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  ref_cost_function" "ADM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
273            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;           'AdGrd') testoutput_var $1 "ADM  adjoint_gradient"  "ADM Ad Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
274             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'FDGrd') testoutput_var $1 "ADM  finite-diff_grad"  "ADM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
275             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;          'tlmCst') testoutput_var $1 "TLM  ref_cost_function" "TLM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
276             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;          'tlmGrd') testoutput_var $1 "TLM  tangent-lin_grad"  "TLM TL Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
277             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;          'fwdGrd') testoutput_var $1 "TLM  finite-diff_grad"  "TLM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
278             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
279             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
280             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
281             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
282             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
283             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
284             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
285             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
286             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
287             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
288             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
289             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
290               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
291               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
292               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
293               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
294          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
295             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
296          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
297             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
298          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
299             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
300          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
301             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
302           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
303           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
304           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
305           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
306           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
307           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
308           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
309           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
310           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
311           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
312           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
313           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
314          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;           'uSImn') testoutput_var $1 "seaice_uice_min"   "SIce Uice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
315          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSImx') testoutput_var $1 "seaice_uice_max"   "SIce Uice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
316          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSIav') testoutput_var $1 "seaice_uice_mean"  "SIce Uice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
317          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;           'uSIsd') testoutput_var $1 "seaice_uice_sd"    "SIce Uice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
318          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImn') testoutput_var $1 "seaice_vice_min"   "SIce Vice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
319          'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImx') testoutput_var $1 "seaice_vice_max"   "SIce Vice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
320                *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;           'vSIav') testoutput_var $1 "seaice_vice_mean"  "SIce Vice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
321            esac           'vSIsd') testoutput_var $1 "seaice_vice_sd"    "SIce Vice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
322            if test $xx = $sVar          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
323            then allargs="$allargs > $yy <"          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
324            else allargs="$allargs $yy"          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
325            fi          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
326          done          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
327            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
328                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
329              esac
330              if test $xx = $sVar
331              then allargs="$allargs > $yy <"
332              else allargs="$allargs $yy"
333              fi
334            done
335    
336          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
337          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
338          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
339            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
340            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
341          else          else
342            echo $allargs            echo $allargs
343          fi          fi
344  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
345  }  }
346    
# Line 315  genmakemodel() Line 358  genmakemodel()
358          (          (
359              cd $1;              cd $1;
360              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
361              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
362                    command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
363                fi
364                if test $KIND = 1 -o $KIND = 2 ; then
365                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
366              elif test "x$OADM" = xt ; then              elif test $KIND = 4 ; then
367                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
368              else              else
369                  command="$command -mods=../code"                  command="$command -mods=../code"
# Line 325  genmakemodel() Line 371  genmakemodel()
371              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
372                  command="$command -optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
373              fi              fi
374              if test "x$IEEE" != x ; then              if test $OptLev = 1 ; then
375                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
376              fi              fi
377                if test $OptLev = 0 ; then
378                    command="$command -devel"
379                fi
380              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
381                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
382              fi              fi
383              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" != x0 ; then
384                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
385              fi              fi
386              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
387              #- run multi-threaded using OpenMP:              #- run multi-threaded using OpenMP:
388                  command="$command -omp"                  command="$command -omp"
389              fi              fi
390                if test "x$USE_R4" = xt ; then
391                    command="$command -use_r4"
392                fi
393                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
394                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
395                fi
396              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
397                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
398              fi              fi
399              if test "x$PAPIS" = xt ; then              if test "x$PAPIS" = xt ; then
400                  command="$command -papis"                  command="$command -papis"
401              else              else
402              if test "x$PCLS" = xt ; then              if test "x$PCLS" = xt ; then
403                  command="$command -pcls"                  command="$command -pcls"
404              fi              fi
405              fi              fi
406              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... '
407              # $command > make.log 2>&1              eval $command > genmake.tr_log 2>&1
             eval $command > make.log 2>&1  
408              RETVAL=$?              RETVAL=$?
409              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
410              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
411              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
412                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
413                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
414                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
415                  return 1                  return 1
416              else              else
417                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
418              fi              fi
419          )          )
420      fi      fi
# Line 369  genmakemodel() Line 423  genmakemodel()
423  makeclean()  makeclean()
424  {  {
425      # makeclean directory      # makeclean directory
426        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
427      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
428          echo "make Clean skipped!"          echo "make Clean skipped!"
429      else      else
# Line 376  makeclean() Line 431  makeclean()
431              cd $1;              cd $1;
432              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
433              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
434                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
435                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
436                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
437                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
438                      tail make.log                      tail make.tr_log
439                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
440                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
441                      return 1                      return 1
442                  fi                  fi
443                  echo successful 1>&2                  echo successful
444              else              else
445                  echo ''                  echo ''
446              fi              fi
# Line 402  run_clean() Line 457  run_clean()
457      else      else
458          (          (
459              cd $1;              cd $1;
460              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1              printf 'clean run-dir ... '
461              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
462              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
463              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
464              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
465              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
466              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime              #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)
467                rm -f $RUNLOG *.txt STD* w2_tile_topology.????.log *diagnostics.log datetime
468              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
469              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
470              echo successful 1>&2              echo successful
471              exit 0              exit 0
472          )          )
473      fi      fi
# Line 425  makedependmodel() Line 481  makedependmodel()
481      else      else
482          (          (
483              cd $1;              cd $1;
484              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
485              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
486              RETVAL=$?              RETVAL=$?
487              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
488                  tail make.log                  tail make.tr_log
489                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
490                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
491                  return 1                  return 1
492              else              else
493                  echo successful 1>&2                  echo successful
494              fi              fi
495          )          )
496      fi      fi
# Line 444  makemodel() Line 500  makemodel()
500  {  {
501      # makemodel directory      # makemodel directory
502      (      (
503        mk_fail=0
504        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
505            cd $1;
506            if test -x $EXECUTABLE ; then
507                echo "make skipped!"
508            else
509                echo "no executable!"
510                mk_fail=3
511            fi
512        else
513          cd $1;          cd $1;
514          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
515              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
516              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$REPLMAKE" = x ; then
517                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
518              elif test "x$OADM" = xt ; then              else
519                  $MAKE adAll >> make.log 2>&1                  $REPLMAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
             else  
                 if test "x$JOBS" = x ; then  
                     $MAKE >> make.log 2>&1  
                 else  
                     $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1  
                 fi  
520              fi              fi
521              RETVAL=$?              RETVAL=$?
522              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
523                  tail make.log                  tail make.tr_log
524                  echo failed 1>&2                  echo failed
525                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
526                    tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
527                  rm -f $EXECUTABLE                  rm -f $EXECUTABLE
528                  return 1                  mk_fail=1
529              else              else
530                  echo successful 1>&2                  echo successful
531              fi              fi
532            else
533                echo "no Makefile !"
534                mk_fail=2
535          fi          fi
536        fi
537        if test $KIND = 2 -a -f taf_ad.log ; then
538                head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
539                nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
540                nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
541                echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
542                                    >> $CDIR"/summary.txt"
543        fi
544        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
545      )      )
546  }  }
547    
548    mk_mpi_size()
549    {
550        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb threads_Nb_X threads_Nb_Y
551        #
552        #  make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
553        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
554        #  ensure that enough tiles per proc (nSx,nSy) remain for the given
555        #     number of threads (nTx,nTy) ;
556        #  return the effective number of processors.
557    
558        inp=$1
559        out=$2
560        np=$3
561        tx=$4
562        ty=$5
563        tmp=TTT.$$
564    
565        # dirX : select with direction to favor in MPI process repartition
566        #   dirX=1 : prefer to put more proc in X direction
567        #   dirX=0 : prefer to put more proc in Y direction
568        dirX=0
569    
570        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
571        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
572        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
573        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
574    
575        #- for each direction, assume # of threads is a multiple of total number of tiles
576        nx=$px
577        if [ `expr $sx % $tx` -ne 0 -a `expr $sx \* $px % $tx` -eq 0 ] ; then
578            nx=`expr $sx \* $px / $tx`
579            if [ $verbose -gt 1 ]; then
580                echo " change px from $px to $nx to accommodate $tx threads"
581            fi
582        fi
583        ny=$py
584        if [ `expr $sy % $ty` -ne 0 -a `expr $sy \* $py % $ty` -eq 0 ] ; then
585            ny=`expr $sy \* $py / $ty`
586            if [ $verbose -gt 1 ]; then
587                echo " change py from $py to $ny to accommodate $ty threads"
588            fi
589        fi
590        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
591        pp=0
592        i=1
593        while [ $i -le $nx ] ; do
594          if [ `expr $nx % $i` -eq 0 ] ; then
595            j=1
596            while [ $j -le $ny ] ; do
597              if [ `expr $ny % $j` -eq 0 ] ; then
598                ij=`expr $i \* $j`
599                if [ $ij -gt $pp ] ; then
600                    flag=1
601                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
602                    flag=$dirX
603                else
604                    flag=0
605                fi
606                if test $flag = 1 ; then
607                  if [ $ij -le $np ] ; then
608                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
609                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
610                  fi
611                fi
612              fi
613              j=`expr $j + 1`
614            done
615          fi
616          i=`expr $i + 1`
617        done
618    
619        #- create new SIZE.h type file:
620        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
621        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
622        if [ $verbose -gt 1 ]; then
623            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
624        fi
625        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
626        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
627        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
628        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
629        rm -f $tmp
630        return $pp
631    }
632    
633  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
634  {  {
635      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 480  symlink_mpifiles() Line 638  symlink_mpifiles()
638    
639      dir=$1      dir=$1
640      code_dir=$2      code_dir=$2
641      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
642      CODE_DIR=$dir/$code_dir  
       
643      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
644      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
645    
646      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
647      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
648          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
649          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
650          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
651              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
652              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
653              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
654              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
655              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
656                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
657                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
658                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
659                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
660                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
661                        rm -f $build_dir/$name
662                  fi                  fi
663              fi              fi
664          done          else
665      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
666                    # dir so long as there is no real file in place
667                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
668                RETVAL=$?
669                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
670                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
671                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
672                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
673                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
674                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
675                    fi
676                fi
677            fi
678        done
679  }  }
680    
681  linkdata()  linkdata()
# Line 528  linkdata() Line 686  linkdata()
686      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
687          (          (
688              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
689              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`              echo 'linkdata from dirs:' $*
690                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
691              for xx in $inpMPI ; do              for xx in $inpMPI ; do
692                if test -r "../"$1"/"$xx ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
693                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
694                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
695                  if test "x$MPI" = "xt" ; then                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
696                  # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file                      # not mpi test: remove symbolic link
697                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
                     if test ! -r $yy ; then  
                         ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;  
                         printf "$xx " 1>&2  
                     fi  
698                  else                  else
699                  # not mpi test: remove symbolic link                      # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
700                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
701                        if test ! -r $yy ; then
702                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
703                            printf " $xx" 1>&2
704                        fi
705                  fi                  fi
706                fi                fi
707              done              done
# Line 551  linkdata() Line 710  linkdata()
710                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
711                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
712                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
713                      if test ! -r eedata ; then                      if test ! -r eedata ; then
714                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
715                          printf 'eedata.mth ' 1>&2                          printf ' eedata.mth' 1>&2
716                      fi                      fi
717                  else                  else
718                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
# Line 563  linkdata() Line 722  linkdata()
722              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
723              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
724                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
725                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
726                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
727                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
728                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 573  linkdata() Line 732  linkdata()
732                              fi                              fi
733                          fi                          fi
734                      done                      done
735                        printf ' ;' 1>&2
736                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
737                          "../"$ldir"/"prepare_run                          "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
738                        else
739                            echo '' 1>&2
740                      fi                      fi
                     printf ' ; ' 1>&2  
741                  fi                  fi
742                  prevDir=$ldir                  prevDir=$ldir
743              done              done
# Line 588  runmodel() Line 749  runmodel()
749  {  {
750      # runmodel directory      # runmodel directory
751      #      #
752      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
753      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
754      (      (
755          cd $1          cd $1
756          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
757          # make output.txt          if test "x$MPI" != x0 ; then
758          echo              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
759          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
760              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
761              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
762                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
763                fi
764                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
765            fi
766            if test -L $EXECUTABLE ; then
767              if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
768                cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
769                outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
770              else rm -f $EXECUTABLE
771              fi
772          fi          fi
773          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
774              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
775              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
776          fi          fi
777          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
778                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
779                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
780                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
781                  RETVAL=8              RETVAL=8
782                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
783          else          else
784              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
785                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
786                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
787                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
788                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
789                  RETVAL=$?              RETVAL=$?
790              else              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
791                  RETVAL=0              if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
792                  if test -f $RUNLOG ; then                  find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
793                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                  find . -name "*.data" -exec rm {} \;
794                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                  rm -rf mnc_test_*
                 else  
                     touch $RUNLOG  
                     if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi  
                     echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1  
                     echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1  
                 fi  
795              fi              fi
796              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            else
797                RETVAL=0
798                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
799                touch $RUNLOG
800                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
801                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
802              fi
803          fi          fi
804          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
805            #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE (and AD time)
806            if test -f $OUTPUTFILE ; then
807              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
808                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"
809              if test $KIND = 2 ; then
810                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"
811              fi
812            fi
813            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
814          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
815              tail $RUNLOG              echo successful
816              echo successful 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
817              # === Reduce the size of the testing emails!              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
             #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE  
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
818              return 0              return 0
819          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
820              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
821              tail $RUNLOG              echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
822              echo finished with error '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
823                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
824              return 0              return 0
825          else          else
826              tail $RUNLOG              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
827              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
828                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
829              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
830              return 1              return 1
831          fi          fi
832      )      )
# Line 697  EOF Line 876  EOF
876          return 0          return 0
877      else      else
878          echo          echo
879          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
880          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
881          exit 1          exit 1
882      fi      fi
# Line 716  formatresults() Line 895  formatresults()
895      printf '%3s' $listPrt      printf '%3s' $listPrt
896  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
897  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
898        
899      if [ $xx = '..' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
900          printf ' N/O '          printf ' N/O '
901      elif [ $xx = '--' ]; then      elif [ $xx = '--' ]; then
# Line 732  formatresults() Line 911  formatresults()
911      fi      fi
912      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
913      printf '\n'      printf '\n'
914        
915  }  }
916    
917  scandirs()  scandirs()
918  {  {
919      if [ $# -eq 1 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
920          for arg in * ; do          for arg in * ; do
921              test -f $arg/$1 && echo $arg             #test -f $arg/$1 && echo $arg
922                test -f $arg/$1 -o -f $arg/$1.gz && echo $arg
923          done          done
924      else      else
925          echo $*          echo $*
# Line 749  scandirs() Line 929  scandirs()
929    
930  check_eedata()  check_eedata()
931  {  {
932      # check_eedata size.h eedata      # check_eedata eedata size.h
933      if [ $# -eq 2 ] ; then      if [ $# -eq 2 ] ; then
934        if test -f $1 -a -f $2 ; then       if test -f $1 -a -f $2 ; then
935        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`        nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
936        nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`        sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
937        if test "x$nx" = x ; then        if test "x$nx" = x ; then
938          rx=10          rx=10
939        else        else
940          rx=`expr $sx % $nx`          rx=`expr $sx % $nx`
941        fi        fi
942        sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`        ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
943        ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`        sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
944        if test "x$ny" = x ; then        if test "x$ny" = x ; then
945          ry=20          ry=20
946        else        else
947          ry=`expr $sy % $ny`          ry=`expr $sy % $ny`
948        fi        fi
949        echo `expr $rx + $ry`        echo `expr $rx + $ry`
950      else       else
951        echo '-1'        echo '-1'
952        fi       fi
953        elif [ $# -eq 1 ] ; then
954         if test -f $1 ; then
955          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
956          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
957          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
958          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
959         #echo $nx $ny
960          echo $nx
961         else
962          echo '-1'
963         fi
964      else      else
965        echo '-2'        echo '-2'
966      fi      fi
# Line 782  check_eedata() Line 973  check_eedata()
973  #  Default properties  #  Default properties
974  debug=0  debug=0
975  verbose=1  verbose=1
976  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
977    
978  IEEE=true  OptLev=1
 if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  
     IEEE=$MITGCM_IEEE  
 fi  
979  GSL=f  GSL=f
980    
981  CLEANUP=f  CLEANUP=f
982    NORUN=f
983  QUICK=f  QUICK=f
984    NOMAKE=f
985  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
986  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
987  NODEPEND=f  NODEPEND=f
988  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
989    
990  BASH=  BASH=
991  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 806  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6" Line 996  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
996  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
997  MPACK=  MPACK=
998  COMMAND=  COMMAND=
999    MKDEPEND=
1000  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
1001      MAKE=make      MAKE=make
1002  fi  fi
1003    REPLMAKE=
1004  if test "x$CC" = x ; then  if test "x$CC" = x ; then
1005      CC=cc      CC=cc
1006  fi  fi
1007  JOBS=  JOBS=
1008  MPI=f  TARG=
1009    MPI=0
1010    MPI_MFILE=
1011  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
1012  OUTDIR=  OUTDIR=
1013  DELDIR=  DELDIR=
1014    USE_R4=
1015    EXTRFLG=
1016    
1017  ADM=  #- type of testing (KIND):
1018  OADM=  #   KIND=0 : forward (= default) ;  KIND=1 : Tangent Linear with TAF ;
1019    #   KIND=2 : Adjoint with TAF ;     KIND=4 : Adjoint with OpenAD
1020    KIND=0
1021    
1022  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
1023  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
1024    
1025  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=10
1026    
1027  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
1028    
# Line 839  for ac_option ; do Line 1037  for ac_option ; do
1037      fi      fi
1038    
1039      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
1040        
1041      case $ac_option in      case $ac_option in
1042                    
1043          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
1044              usage ;;  
1045                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
1046          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
1047              ac_prev=OPTFILE ;;  
1048          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
1049              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
1050                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
1051          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
1052              ac_prev=ADDRESSES ;;  
1053          -addr=* | --addr=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
1054              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
1055          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
1056              ac_prev=MPACKDIR ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
1057          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
1058              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1059            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1060          -tdir | --tdir | -t | --t)  
1061              ac_prev=TESTDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1062          -tdir=* | --tdir=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1063              TESTDIRS=$ac_optarg ;;  
1064            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1065          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1066              ac_prev=SKIPDIRS ;;  
1067          -skipdir=* | --skipdir=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1068              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1069    
1070          -bash | --bash | -b | --b)          -repl_mk | --repl_mk ) ac_prev=REPLMAKE ;;
1071              ac_prev=BASH ;;          -repl_mk=* | --repl_mk=*) REPLMAKE=$ac_optarg ;;
1072          -bash=* | --bash=*)  
1073              BASH=$ac_optarg ;;          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1074            -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1075          -command | --command | -c | --c)  
1076              ac_prev=COMMAND ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1077          -command=* | --command=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
             COMMAND=$ac_optarg ;;  
   
         -make | --make | -m | --m)  
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
1078    
1079          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1080          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1081    
1082          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1083          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1084    
1085          -clean | --clean)          -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1086              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;          -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1087    
1088          -quick | --quick | -q | --q)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             QUICK=t ;;  
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
1089    
1090          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1091              POSTCLEAN=t ;;          -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1092            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1093            -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1094            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1095            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1096            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1097    
1098            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1099            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1100    
1101            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1102            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1103            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1104    
1105          -mpi) MPI=t ;;          -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1106            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1107    
1108          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1109    
1110          -adm | -ad) ADM=t ;;          -tlm) if test $KIND = 0 ; then KIND=1 ; else
1111                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1112          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;                fi ;;
1113            -adm | -ad) if test $KIND = 0 ; then KIND=2 ; else
1114          -ieee) IEEE=true ;;                  echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1115          -noieee) IEEE= ;;                fi ;;
1116          -gsl) GSL=t ;;          -oad) if test $KIND = 0 ; then KIND=4 ; NODEPEND=t ; else
1117                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1118                  fi ;;
1119    
1120            -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1121                     printf " ... " ;;
1122            -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1123                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1124            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1125            -devel) OptLev=0 ;;
1126            -gsl) GSL=t ;;
1127    
1128          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1129          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 933  for ac_option ; do Line 1131  for ac_option ; do
1131    
1132          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1133    
1134          -ts) TS=t;;          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1135    
1136            -ts) TS=t;;
1137          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
   
1138          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1139    
1140          -*)          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1141              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              usage ;;
1142              usage          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1143              ;;              usage ;;
1144            
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
           
1145       esac       esac
1146        
1147  done  done
1148    
1149  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 959  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1152  if test "x$QUICK" = xt ; then
1152      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1153  fi  fi
1154    
1155    #- check length of MPI machine file:
1156    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1157        if test -r $MPI_MFILE ; then
1158            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1159            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1160              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1161              usage
1162            fi
1163            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1164                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1165            fi
1166        else
1167              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1168              usage
1169        fi
1170    fi
1171    
1172  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1173  if test "x$ADM" = xt ; then  if test $KIND = 1 ; then
1174        TARG=ftlall
1175        code_dir=code_ad
1176        inputdir=input_ad
1177        ref_outp="output_tlm.txt"
1178        EXECUTABLE="mitgcmuv_ftl"
1179    elif test $KIND = 2 ; then
1180        if test "x$TARG" = xobj ; then TARG=adobj ; else TARG=adall ; fi
1181      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
1182      inputdir=input_ad      inputdir=input_ad
1183      ref_outp="output_adm.txt"      ref_outp="output_adm.txt"
1184      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1185  elif test "x$OADM" = xt ; then  elif test $KIND = 4 ; then
1186        TARG=adAll
1187      code_dir=code_oad      code_dir=code_oad
1188      inputdir=input_oad      inputdir=input_oad
1189      ref_outp="output_oadm.txt"      ref_outp="output_oadm.txt"
1190      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1191  else  else
1192        if test "x$JOBS" != x ; then TARG="-j $JOBS $TARG" ; fi
1193      code_dir=code      code_dir=code
1194      inputdir=input      inputdir=input
1195      ref_outp="output.txt"      ref_outp="output.txt"
1196      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
1197  fi  fi
1198    
1199    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1200  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1201      LIST=`scandirs results/$ref_outp`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1202    elif test $xx = 'start_from' ; then
1203        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1204        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1205  else  else
1206      #- expand group of experiments:      #- expand group of experiments:
1207      LIST=" "      LIST=" "
# Line 993  else Line 1216  else
1216                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1217          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1218        esac        esac
1219      done      done
1220  fi  fi
1221  #echo 'LIST='${LIST}'<'  #echo 'LIST='${LIST}'<'
1222  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
# Line 1010  do Line 1233  do
1233              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1234          fi          fi
1235      else      else
1236          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1237          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1238          fi          fi
1239      fi      fi
1240  done  done
1241  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1242  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1243    
# Line 1022  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1245  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1245      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1246  fi  fi
1247    
1248  RUNLOG="run.log"  LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1249    RUNLOG="run.tr_log"
1250  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1251  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1252      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1253  fi  fi
1254  if test "x$MPI" = xt ; then  if test "x$MPI" != x0 ; then
1255      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1256  fi  fi
1257    
# Line 1037  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )" Line 1261  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1261  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1262  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1263  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1264  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 1 ; then
1265        DEF_CHECK_LIST='tlmGrd tlmCst tlmGrd fwdGrd'
1266        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1267        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1268    elif test $KIND = 2 -o $KIND = 4 ; then
1269        DEF_CHECK_LIST='AdGrd Cost AdGrd FDGrd'
1270        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1271        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1272    else
1273      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1274      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1275      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1276      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1277      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
 else  
     DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'  
     EMPTY_RESULTS='.. ..'  
     LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`  
1278  fi  fi
1279    
1280  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1281  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1282        echo "skipping comparison code build"
1283    else
1284        createcodelet
1285    fi
1286    
1287  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1288  if test "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
# Line 1116  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1348  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1348      fi      fi
1349  else  else
1350      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1351      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1352      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1353  fi  fi
1354  echo  echo
1355  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1356  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 0 ; then
1357      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      line_0=`printf '%s %2i' 'default' $MATCH_CRIT`
     then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi  
1358         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
 #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"  
1359      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1360      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="e p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1361      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="n n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1362      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1363      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1364          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
# Line 1138  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1367  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1367          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1368          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
1369      done      done
1370    else
1371        line_0=`printf '%s %2i' 'default   ' $MATCH_CRIT`
1372      if test $KIND = 1 ; then
1373        echo "TANGLIN=true" >> $SUMMARY
1374        line_1="G D M    C  T  F"
1375        line_2="e p a R  o  L  D"
1376      else
1377        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1378        line_1="G D M    C  A  F"
1379        line_2="e p a R  o  d  D"
1380      fi
1381        line_3="n n k u  s  G  G"
1382        line_4="2 d e n  t  r  r"
1383        echo >> $SUMMARY
1384    fi
1385      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1386      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1387      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1388      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1389      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1390      echo " "       | tee -a $SUMMARY      echo ""        | tee -a $SUMMARY
1391  else  echo "-------------------------------------------------------------------------------"
     echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY  
     echo >> $SUMMARY  
     if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;  
     then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi  
     echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY  
     cat << EOF | tee -a $SUMMARY  
 G D M    C  G  
 E p a R  o  r  
 N n k u  s  a  
 2 d e n  t  d  
   
 EOF  
 fi  
1392    
1393  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1394  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1395        
1396      # set builddir & rundir:      # set builddir & rundir:
1397      builddir="build"      builddir="build"
1398      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1399      rundir="run"      rundir="run"
1400        pfxdir="tr_$rundir"
1401      if test ! -d $dir/$rundir ; then      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1402          rundir=$builddir          rundir=$builddir
1403      fi      fi
# Line 1177  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1408  for dir in $TESTDIRS ; do
1408      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1409          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1410          makeclean $BUILD_DIR          makeclean $BUILD_DIR
1411          rm -f $BUILD_DIR/$EXECUTABLE          (   cd $BUILD_DIR
1412                rm -f $EXECUTABLE *.bak
1413                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1414                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1415            )
1416          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1417              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1418              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1419          fi          fi
1420          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1421          ttd=`echo $trdir | wc -w`          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1422          if test $ttd != 0 ; then          if test $ttd != 0 ; then
1423              echo '  --- rm dir:' $trdir              echo '  --- rm dir:' $trdir
# Line 1191  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1426  for dir in $TESTDIRS ; do
1426          continue          continue
1427      fi      fi
1428    
1429      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1430      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1431      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1432      if test ! -r $fout ; then     #if test ! -r $fout ; then
1433        if test ! -r $fout -a ! -r ${fout}.gz ; then
1434          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1435          continue          continue
1436      fi      fi
1437    
1438      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1439    
1440      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1441          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1442          continue          continue
1443      fi      fi
# Line 1209  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1445  for dir in $TESTDIRS ; do
1445          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1446          continue          continue
1447      fi      fi
1448      if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then  
1449        retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1450        if test $retv != 0 ; then          ntx=1 ; nty=1
1451          echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1452          continue            ff=$dir"/input/eedata.mth"
1453        fi            ntx=`grep "^ *nTx *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
1454              nty=`grep "^ *nTy *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
1455              if test "x$ntx" = x ; then ntx=1 ; fi
1456              if test "x$nty" = x ; then nty=1 ; fi
1457            fi
1458            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1459            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $ntx $nty
1460            LOC_NPROC=$?
1461            (   cd $BUILD_DIR
1462                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1463                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1464                else RETVAL=1
1465                fi
1466                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1467                    rm -f tr_size.mpi
1468                else
1469                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1470                fi
1471            )
1472            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1473                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1474                rm -f $LOC_MFILE
1475                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1476                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1477                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1478                    rm -f $LOC_MFILE
1479                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1480                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1481                fi
1482                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1483                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1484                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1485                fi
1486            fi
1487            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1488                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1489                if test $retv != 0 ; then
1490                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1491                    continue
1492                fi
1493            fi
1494      fi      fi
1495    
1496      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1497      extra_runs=      extra_runs=
1498      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`      if test "x$NORUN" = xf ; then
1499            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1500        fi
1501      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1502      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1503          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1504          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1505          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1506          if test -f $outf -a -r $outf ; then          #if test -f $outf -a -r $outf ; then
1507            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then          if test -r $outf -o -r ${outf}.gz ; then
1508              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1509              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1510                if test "x$MPI" = "xt" ; then                if test "x$MPI" = "x0" ; then
1511                  retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`                  extra_runs="$extra_runs $name"
1512                  else
1513                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1514                  if test $retv = 0 ; then                  if test $retv = 0 ; then
1515                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1516                  else                  else
1517                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1518                  fi                  fi
               else  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
1519                fi                fi
1520              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1521              fi              fi
# Line 1246  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1525  for dir in $TESTDIRS ; do
1525          fi          fi
1526      done      done
1527    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1528      echo      echo
1529      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1530         echo "Experiment:  $dir"          echo "Experiment:  $dir"
1531      else      else
1532         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"          echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1533      fi      fi
1534      echo      echo
1535      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1536      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1537    
1538      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1539      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1540      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1541      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      #- report to this experiment local summary file ---
1542            echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1543      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1544          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1545          makeclean $dir/$builddir \      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1546              && run_clean $dir/$rundir  
1547        if test "x$NORUN" = xt ; then
1548                run=N
1549            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1550                && makeclean $dir/$builddir \
1551                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1552                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1553                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1554      else      else
1555          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1556              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1557              && run_clean $dir/$rundir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
             && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \  
1558              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1559              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1560              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \              && run_clean $dir/$rundir \
1561                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1562              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1563              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1564      fi      fi
1565            #echo "results='$results'"
1566      echo  
1567          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1568          echo          echo 1>&2
1569          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1570          touch $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         if test "x$ADM" = xt ; then  
             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                                 >> $CDIR"/summary.txt"  
         fi  
1571    
1572          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1573              unset run              unset run
1574              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1575              #  reference output file              #  reference output file
1576              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1577              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1578              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1579              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1580              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              #- report to this experiment local summary file ---
1581              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1582              run_clean $dir/tr_run.$ex              #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1583              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input              #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1584              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1585              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1586                run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1587                linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1588                runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1589                && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1590              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1591              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1592              echo              echo 1>&2
1593              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1594              touch $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1595              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1596              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
             echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             if test "x$ADM" = xt ; then  
                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \  
                                    >> $CDIR"/summary.txt"  
             fi  
             if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then  
                 run_clean $dir/tr_run.$ex  
1597              fi              fi
1598          done          done
1599    
1600        if test ! -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then
1601            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1602                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1603                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1604                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1605                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1606                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1607                    eval $mkOpt
1608                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1609                            $SUMMARY > tmp.tr_log
1610                    RETVAL=$?
1611                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1612                            cp tmp.tr_log $SUMMARY
1613                    else rm -f tmp.tr_log
1614                    fi
1615                fi
1616                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1617                if test -r $gmkLog ; then
1618                    grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1619                    RETVAL=$?
1620                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1621                      echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1622                      echo "extract compiler version:"   >> $DRESULTS/genmake_state
1623                      sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' \
1624                         $gmkLog | grep -v '^... compiler version ' > tmp.tr_log
1625                      sed -n '1p' tmp.tr_log >> $DRESULTS/genmake_state
1626                      sed -n '2,/^$/p' tmp.tr_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1627                                             >> $DRESULTS/genmake_state
1628                      rm -f tmp.tr_log
1629                    fi
1630                    echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1631                    echo "get NETCDF & LAPACK settings:" >> $DRESULTS/genmake_state
1632                    sed -n '/set HAVE_NETCDF=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1633                    sed -n '/set HAVE_LAPACK=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1634                fi
1635            fi
1636        fi
1637      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1638      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1639          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1640              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1641      fi      fi
1642            if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1643    
1644      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1645        
1646  done  done
1647    
1648  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
# Line 1370  else Line 1677  else
1677      fi      fi
1678  fi  fi
1679    
1680  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1681        rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1682    fi
1683    
1684  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1685      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1686      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1687          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1688      fi      fi
1689      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1690  fi  fi
# Line 1383  fi Line 1692  fi
1692  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1693      rm -rf $DRESULTS      rm -rf $DRESULTS
1694  fi  fi
   

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