/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.132 by jmc, Thu Jan 14 23:17:42 2010 UTC revision 1.168 by jmc, Fri Sep 30 20:25:50 2011 UTC
# Line 12  usage() Line 12  usage()
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18        echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
19        echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
20        echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
21      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
22      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
23      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
24        echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
25      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
26      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
27      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
28      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
29      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
30      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
31      echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
32        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
33        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
34      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
35      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
36      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
37      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
38      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
39      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
40      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
41      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
42      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
43      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
44      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
45      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
46      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"  #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
47      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"  #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
48      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
49      echo "                             (DEF=\"12\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
50      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
51      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
52        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
53        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
54        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
55        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
56      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
57      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
58      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
59      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
60        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
61        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
62      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
63      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
64      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
# Line 104  testoutput_var() Line 116  testoutput_var()
116  {  {
117      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
118      #      #
119      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
120      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
121      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
122    
# Line 176  testoutput_var() Line 188  testoutput_var()
188          fi          fi
189      fi      fi
190      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
191        
192      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
193  }  }
194    
# Line 229  testoutput_run() Line 241  testoutput_run()
241            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
242          fi          fi
243          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
244          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
245            #---
246          allargs=""          allargs=""
247          for xx in $listVar          for xx in $listVar
248          do          do
# Line 238  testoutput_run() Line 251  testoutput_run()
251                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
252                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
253                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
254            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  ref_cost_function" "ADM CostFct" $2 $3; yy=$? ;;
255            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;           'AdGrd') testoutput_var $1 "ADM  adjoint_gradient"  "ADM Ad Grad" $2 $3; yy=$? ;;
256             'FDGrd') testoutput_var $1 "ADM  finite-diff_grad"  "ADM FD Grad" $2 $3; yy=$? ;;
257             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
258             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
259             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
# Line 291  testoutput_run() Line 305  testoutput_run()
305          done          done
306    
307          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
308          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
309          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
310            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
311            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
312          else          else
313            echo $allargs            echo $allargs
314          fi          fi
315  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
316  }  }
317    
# Line 315  genmakemodel() Line 329  genmakemodel()
329          (          (
330              cd $1;              cd $1;
331              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
332                if test "x$MKDEPEND" != x ; then
333                    command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
334                fi
335              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
336                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
337              elif test "x$OADM" = xt ; then              elif test "x$OADM" = xt ; then
# Line 325  genmakemodel() Line 342  genmakemodel()
342              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
343                  command="$command -optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
344              fi              fi
345              if test "x$IEEE" != x ; then              if test $OptLev = 1 ; then
346                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
347                fi
348                if test $OptLev = 0 ; then
349                    command="$command -devel"
350              fi              fi
351              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
352                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
353              fi              fi
354              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" != x0 ; then
355                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
356              fi              fi
357              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
358              #- run multi-threaded using OpenMP:              #- run multi-threaded using OpenMP:
359                  command="$command -omp"                  command="$command -omp"
360              fi              fi
361                if test "x$USE_R4" = xt ; then
362                    command="$command -use_r4"
363                fi
364                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
365                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
366                fi
367              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
368                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
369              fi              fi
370              if test "x$PAPIS" = xt ; then              if test "x$PAPIS" = xt ; then
371                  command="$command -papis"                  command="$command -papis"
372              else              else
373              if test "x$PCLS" = xt ; then              if test "x$PCLS" = xt ; then
374                  command="$command -pcls"                  command="$command -pcls"
375              fi              fi
376              fi              fi
377              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... '
378              # $command > make.log 2>&1              eval $command > genmake.tr_log 2>&1
             eval $command > make.log 2>&1  
379              RETVAL=$?              RETVAL=$?
380              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
381              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
382              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
383                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
384                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
385                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
386                  return 1                  return 1
387              else              else
388                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
389              fi              fi
390          )          )
391      fi      fi
# Line 369  genmakemodel() Line 394  genmakemodel()
394  makeclean()  makeclean()
395  {  {
396      # makeclean directory      # makeclean directory
397        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
398      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
399          echo "make Clean skipped!"          echo "make Clean skipped!"
400      else      else
# Line 376  makeclean() Line 402  makeclean()
402              cd $1;              cd $1;
403              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
404              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
405                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
406                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
407                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
408                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
409                      tail make.log                      tail make.tr_log
410                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
411                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
412                      return 1                      return 1
413                  fi                  fi
414                  echo successful 1>&2                  echo successful
415              else              else
416                  echo ''                  echo ''
417              fi              fi
# Line 402  run_clean() Line 428  run_clean()
428      else      else
429          (          (
430              cd $1;              cd $1;
431              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1              printf 'clean run-dir ... '
432              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
433              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
434              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
435              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
436              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
437              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime              #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)
438                rm -f $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
439              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
440              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
441              echo successful 1>&2              echo successful
442              exit 0              exit 0
443          )          )
444      fi      fi
# Line 425  makedependmodel() Line 452  makedependmodel()
452      else      else
453          (          (
454              cd $1;              cd $1;
455              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
456              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
457              RETVAL=$?              RETVAL=$?
458              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
459                  tail make.log                  tail make.tr_log
460                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
461                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
462                  return 1                  return 1
463              else              else
464                  echo successful 1>&2                  echo successful
465              fi              fi
466          )          )
467      fi      fi
# Line 444  makemodel() Line 471  makemodel()
471  {  {
472      # makemodel directory      # makemodel directory
473      (      (
474        mk_fail=0
475        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
476            cd $1;
477            if test -x $EXECUTABLE ; then
478                echo "make skipped!"
479            else
480                echo "no executable!"
481                mk_fail=3
482            fi
483        else
484          cd $1;          cd $1;
485          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
486              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
487              if test "x$ADM" = xt ; then              $MAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
             elif test "x$OADM" = xt ; then  
                 $MAKE adAll >> make.log 2>&1  
             else  
                 if test "x$JOBS" = x ; then  
                     $MAKE >> make.log 2>&1  
                 else  
                     $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1  
                 fi  
             fi  
488              RETVAL=$?              RETVAL=$?
489              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
490                  tail make.log                  tail make.tr_log
491                  echo failed 1>&2                  echo failed
492                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
493                    tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
494                  rm -f $EXECUTABLE                  rm -f $EXECUTABLE
495                  return 1                  mk_fail=1
496              else              else
497                  echo successful 1>&2                  echo successful
498              fi              fi
499            else
500                echo "no Makefile !"
501                mk_fail=2
502          fi          fi
503        fi
504        if test "x$ADM" = xt -a -f taf_ad.log ; then
505                head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
506                nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
507                nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
508                echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
509                                    >> $CDIR"/summary.txt"
510        fi
511        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
512      )      )
513  }  }
514    
515    mk_mpi_size()
516    {
517        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb prefer_to_split_X
518        #
519        # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
520        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
521        # return the effective number of processors.
522    
523        inp=$1
524        out=$2
525        np=$3
526        dirX=$4
527        tmp=TTT.$$
528    
529        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
530        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
531        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
532        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
533    
534        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
535        pp=0
536        i=1
537        while [ $i -le $px ] ; do
538          if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then
539            j=1
540            while [ $j -le $py ] ; do
541              if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
542                ij=`expr $i \* $j`
543                if [ $ij -gt $pp ] ; then
544                    flag=1
545                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
546                    flag=$dirX
547                else
548                    flag=0
549                fi
550                if test $flag = 1 ; then
551                  if [ $ij -le $np ] ; then
552                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
553                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
554                  fi
555                fi
556              fi
557              j=`expr $j + 1`
558            done
559          fi
560          i=`expr $i + 1`
561        done
562    
563        #- create new SIZE.h type file:
564        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
565        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
566        if [ $verbose -gt 1 ]; then
567            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
568        fi
569        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
570        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
571        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
572        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
573        rm -f $tmp
574        return $pp
575    }
576    
577  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
578  {  {
579      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 480  symlink_mpifiles() Line 582  symlink_mpifiles()
582    
583      dir=$1      dir=$1
584      code_dir=$2      code_dir=$2
585      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
586      CODE_DIR=$dir/$code_dir  
       
587      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
588      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
589    
590      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
591      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
592          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
593          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
594          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
595              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
596              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
597              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
598              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
599              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
600                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
601                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
602                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
603                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
604                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
605                        rm -f $build_dir/$name
606                  fi                  fi
607              fi              fi
608          done          else
609      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
610                    # dir so long as there is no real file in place
611                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
612                RETVAL=$?
613                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
614                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
615                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
616                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
617                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
618                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
619                    fi
620                fi
621            fi
622        done
623  }  }
624    
625  linkdata()  linkdata()
# Line 528  linkdata() Line 630  linkdata()
630      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
631          (          (
632              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
633                echo 'linkdata from dirs:' $*
634              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
635              for xx in $inpMPI ; do              for xx in $inpMPI ; do
636                if test -r "../"$1"/"$xx ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
637                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
638                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
639                  if test "x$MPI" = "xt" ; then                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
640                  # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file                      # not mpi test: remove symbolic link
641                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
                     if test ! -r $yy ; then  
                         ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;  
                         printf "$xx " 1>&2  
                     fi  
642                  else                  else
643                  # not mpi test: remove symbolic link                      # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
644                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
645                        if test ! -r $yy ; then
646                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
647                            printf " $xx" 1>&2
648                        fi
649                  fi                  fi
650                fi                fi
651              done              done
# Line 551  linkdata() Line 654  linkdata()
654                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
655                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
656                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
657                      if test ! -r eedata ; then                      if test ! -r eedata ; then
658                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
659                          printf 'eedata.mth ' 1>&2                          printf ' eedata.mth' 1>&2
660                      fi                      fi
661                  else                  else
662                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
# Line 563  linkdata() Line 666  linkdata()
666              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
667              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
668                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
669                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
670                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
671                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
672                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 573  linkdata() Line 676  linkdata()
676                              fi                              fi
677                          fi                          fi
678                      done                      done
679                        printf ' ;' 1>&2
680                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
681                          "../"$ldir"/"prepare_run                          "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
682                        else
683                            echo '' 1>&2
684                      fi                      fi
                     printf ' ; ' 1>&2  
685                  fi                  fi
686                  prevDir=$ldir                  prevDir=$ldir
687              done              done
# Line 588  runmodel() Line 693  runmodel()
693  {  {
694      # runmodel directory      # runmodel directory
695      #      #
696      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
697      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
698      (      (
699          cd $1          cd $1
700          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
701          # make output.txt          if test "x$MPI" != x0 ; then
702          echo              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
703          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
704              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
705              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
706                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
707                fi
708                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
709            fi
710            if test -L $EXECUTABLE ; then
711              if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
712                cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
713                outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
714              else rm -f $EXECUTABLE
715              fi
716          fi          fi
717          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
718              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
719              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
720          fi          fi
721          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
722                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
723                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
724                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
725                  RETVAL=8              RETVAL=8
726                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
727          else          else
728              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
729                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
730                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
731                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
732                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
733                  RETVAL=$?              RETVAL=$?
734              else              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
735                  RETVAL=0              if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
736                  if test -f $RUNLOG ; then                  find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
737                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                  find . -name "*.data" -exec rm {} \;
738                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                  rm -rf mnc_test_*
                 else  
                     touch $RUNLOG  
                     if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi  
                     echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1  
                     echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1  
                 fi  
739              fi              fi
740              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            else
741                RETVAL=0
742                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
743                touch $RUNLOG
744                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
745                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
746              fi
747          fi          fi
748          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
749            #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE (and AD time)
750            if test -f $OUTPUTFILE ; then
751              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
752                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"
753              if test "x$ADM" = xt ; then
754                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"
755              fi
756            fi
757            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
758          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
759              tail $RUNLOG              echo successful
760              echo successful 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
761              # === Reduce the size of the testing emails!              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
             #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE  
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
762              return 0              return 0
763          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
764              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
765              tail $RUNLOG              echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
766              echo finished with error '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
767                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
768              return 0              return 0
769          else          else
770              tail $RUNLOG              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
771              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
772                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
773              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
774              return 1              return 1
775          fi          fi
776      )      )
# Line 697  EOF Line 820  EOF
820          return 0          return 0
821      else      else
822          echo          echo
823          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
824          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
825          exit 1          exit 1
826      fi      fi
# Line 716  formatresults() Line 839  formatresults()
839      printf '%3s' $listPrt      printf '%3s' $listPrt
840  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
841  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
842        
843      if [ $xx = '..' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
844          printf ' N/O '          printf ' N/O '
845      elif [ $xx = '--' ]; then      elif [ $xx = '--' ]; then
# Line 732  formatresults() Line 855  formatresults()
855      fi      fi
856      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
857      printf '\n'      printf '\n'
858        
859  }  }
860    
861  scandirs()  scandirs()
# Line 749  scandirs() Line 872  scandirs()
872    
873  check_eedata()  check_eedata()
874  {  {
875      # check_eedata size.h eedata      # check_eedata eedata size.h
876      if [ $# -eq 2 ] ; then      if [ $# -eq 2 ] ; then
877        if test -f $1 -a -f $2 ; then       if test -f $1 -a -f $2 ; then
878        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`        nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
879        nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`        sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
880        if test "x$nx" = x ; then        if test "x$nx" = x ; then
881          rx=10          rx=10
882        else        else
883          rx=`expr $sx % $nx`          rx=`expr $sx % $nx`
884        fi        fi
885        sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`        ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
886        ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`        sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
887        if test "x$ny" = x ; then        if test "x$ny" = x ; then
888          ry=20          ry=20
889        else        else
890          ry=`expr $sy % $ny`          ry=`expr $sy % $ny`
891        fi        fi
892        echo `expr $rx + $ry`        echo `expr $rx + $ry`
893      else       else
894        echo '-1'        echo '-1'
895        fi       fi
896        elif [ $# -eq 1 ] ; then
897         if test -f $1 ; then
898          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
899          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
900          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
901          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
902         #echo $nx $ny
903          echo $nx
904         else
905          echo '-1'
906         fi
907      else      else
908        echo '-2'        echo '-2'
909      fi      fi
# Line 782  check_eedata() Line 916  check_eedata()
916  #  Default properties  #  Default properties
917  debug=0  debug=0
918  verbose=1  verbose=1
919  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
920    
921  IEEE=true  IEEE=true
922  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
923      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
924  fi  fi
925    OptLev=1
926  GSL=f  GSL=f
927    
928  CLEANUP=f  CLEANUP=f
929    NORUN=f
930  QUICK=f  QUICK=f
931    NOMAKE=f
932  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
933  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
934  NODEPEND=f  NODEPEND=f
935  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
936    
937  BASH=  BASH=
938  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 806  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6" Line 943  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
943  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
944  MPACK=  MPACK=
945  COMMAND=  COMMAND=
946    MKDEPEND=
947  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
948      MAKE=make      MAKE=make
949  fi  fi
# Line 813  if test "x$CC" = x ; then Line 951  if test "x$CC" = x ; then
951      CC=cc      CC=cc
952  fi  fi
953  JOBS=  JOBS=
954  MPI=f  TARG=
955    MPI=0
956    MPI_MFILE=
957  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
958  OUTDIR=  OUTDIR=
959  DELDIR=  DELDIR=
960    USE_R4=
961    EXTRFLG=
962    
963  ADM=  ADM=
964  OADM=  OADM=
# Line 824  OADM= Line 966  OADM=
966  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
967  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
968    
969  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=10
970    
971  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
972    
# Line 839  for ac_option ; do Line 981  for ac_option ; do
981      fi      fi
982    
983      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
984        
985      case $ac_option in      case $ac_option in
986                    
987          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
988              usage ;;  
989                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
990          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
991              ac_prev=OPTFILE ;;  
992          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
993              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
994                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
995          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
996              ac_prev=ADDRESSES ;;  
997          -addr=* | --addr=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
998              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
999          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
1000              ac_prev=MPACKDIR ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
1001          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
1002              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1003            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1004          -tdir | --tdir | -t | --t)  
1005              ac_prev=TESTDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1006          -tdir=* | --tdir=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1007              TESTDIRS=$ac_optarg ;;  
1008            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1009          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1010              ac_prev=SKIPDIRS ;;  
1011          -skipdir=* | --skipdir=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1012              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1013    
1014          -bash | --bash | -b | --b)          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1015              ac_prev=BASH ;;          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1016          -bash=* | --bash=*)  
1017              BASH=$ac_optarg ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1018            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
         -command | --command | -c | --c)  
             ac_prev=COMMAND ;;  
         -command=* | --command=*)  
             COMMAND=$ac_optarg ;;  
   
         -make | --make | -m | --m)  
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
1019    
1020          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1021          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1022    
1023          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1024          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1025    
1026          -clean | --clean)          -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1027              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;          -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1028    
1029          -quick | --quick | -q | --q)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             QUICK=t ;;  
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
1030    
1031          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1032              POSTCLEAN=t ;;          -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1033            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1034            -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1035            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1036            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1037            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1038    
1039            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1040            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1041    
1042            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1043            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1044            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1045    
1046          -mpi) MPI=t ;;          -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1047            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1048    
1049          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1050    
1051          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
   
1052          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1053    
1054          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1055          -noieee) IEEE= ;;                   printf " ... " ;;
1056          -gsl) GSL=t ;;          -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1057                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1058            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1059            -devel) OptLev=0 ;;
1060            -gsl) GSL=t ;;
1061    
1062          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1063          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 933  for ac_option ; do Line 1065  for ac_option ; do
1065    
1066          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1067    
1068          -ts) TS=t;;          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1069    
1070            -ts) TS=t;;
1071          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
   
1072          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1073    
1074          -*)          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1075              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              usage ;;
1076              usage          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1077              ;;              usage ;;
1078            
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
           
1079       esac       esac
1080        
1081  done  done
1082    
1083  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 959  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1086  if test "x$QUICK" = xt ; then
1086      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1087  fi  fi
1088    
1089    #- check length of MPI machine file:
1090    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1091        if test -r $MPI_MFILE ; then
1092            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1093            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1094              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1095              usage
1096            fi
1097            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1098                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1099            fi
1100        else
1101              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1102              usage
1103        fi
1104    fi
1105    
1106  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1107  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
1108        if test "x$TARG" = xobj ; then TARG=adobj ; else TARG=adall ; fi
1109      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
1110      inputdir=input_ad      inputdir=input_ad
1111      ref_outp="output_adm.txt"      ref_outp="output_adm.txt"
1112      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1113  elif test "x$OADM" = xt ; then  elif test "x$OADM" = xt ; then
1114        TARG=adAll
1115      code_dir=code_oad      code_dir=code_oad
1116      inputdir=input_oad      inputdir=input_oad
1117      ref_outp="output_oadm.txt"      ref_outp="output_oadm.txt"
1118      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1119  else  else
1120        if test "x$JOBS" != x ; then TARG="-j $JOBS $TARG" ; fi
1121      code_dir=code      code_dir=code
1122      inputdir=input      inputdir=input
1123      ref_outp="output.txt"      ref_outp="output.txt"
1124      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
1125  fi  fi
1126    
1127    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1128  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1129      LIST=`scandirs results/$ref_outp`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1130    elif test $xx = 'start_from' ; then
1131        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1132        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1133  else  else
1134      #- expand group of experiments:      #- expand group of experiments:
1135      LIST=" "      LIST=" "
# Line 993  else Line 1144  else
1144                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1145          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1146        esac        esac
1147      done      done
1148  fi  fi
1149  #echo 'LIST='${LIST}'<'  #echo 'LIST='${LIST}'<'
1150  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
# Line 1014  do Line 1165  do
1165          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1166          fi          fi
1167      fi      fi
1168  done  done
1169  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1170  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1171    
# Line 1022  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1173  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1173      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1174  fi  fi
1175    
1176  RUNLOG="run.log"  LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1177    RUNLOG="run.tr_log"
1178  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1179  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1180      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1181  fi  fi
1182  if test "x$MPI" = xt ; then  if test "x$MPI" != x0 ; then
1183      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1184  fi  fi
1185    
# Line 1044  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1196  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1196      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1197      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1198  else  else
1199      DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'      DEF_CHECK_LIST='AdGrd Cost AdGrd FDGrd'
1200      EMPTY_RESULTS='.. ..'      EMPTY_RESULTS='.. ..'
1201      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1202  fi  fi
1203    
1204  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1205  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1206        echo "skipping comparison code build"
1207    else
1208        createcodelet
1209    fi
1210    
1211  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1212  if test "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
# Line 1116  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1272  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1272      fi      fi
1273  else  else
1274      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1275      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1276      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1277  fi  fi
1278  echo  echo
1279  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1280  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1281      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1282      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1283      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1284         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
 #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"  
1285      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1286      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="e p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1287      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="n n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1288      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1289      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1290          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
# Line 1147  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1302  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1302  else  else
1303      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1304      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1305      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1306      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1307      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1308      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1309      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1310  G D M    C  G  G D M    C  A  F
1311  E p a R  o  r  e p a R  o  d  D
1312  N n k u  s  a  n n k u  s  G  G
1313  2 d e n  t  d  2 d e n  t  r  r
1314    
1315  EOF  EOF
1316  fi  fi
1317    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1318    
1319  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1320  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1321        
1322      # set builddir & rundir:      # set builddir & rundir:
1323      builddir="build"      builddir="build"
1324      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1325      rundir="run"      rundir="run"
1326        pfxdir="tr_$rundir"
1327      if test ! -d $dir/$rundir ; then      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1328          rundir=$builddir          rundir=$builddir
1329      fi      fi
# Line 1177  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1334  for dir in $TESTDIRS ; do
1334      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1335          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1336          makeclean $BUILD_DIR          makeclean $BUILD_DIR
1337          rm -f $BUILD_DIR/$EXECUTABLE          (   cd $BUILD_DIR
1338                rm -f $EXECUTABLE *.bak
1339                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1340                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1341            )
1342          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1343              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1344              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1345          fi          fi
1346          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1347          ttd=`echo $trdir | wc -w`          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1348          if test $ttd != 0 ; then          if test $ttd != 0 ; then
1349              echo '  --- rm dir:' $trdir              echo '  --- rm dir:' $trdir
# Line 1191  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1352  for dir in $TESTDIRS ; do
1352          continue          continue
1353      fi      fi
1354    
1355      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1356      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1357      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1358      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
# Line 1201  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1362  for dir in $TESTDIRS ; do
1362    
1363      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1364    
1365      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1366          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1367          continue          continue
1368      fi      fi
# Line 1209  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1370  for dir in $TESTDIRS ; do
1370          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1371          continue          continue
1372      fi      fi
1373      if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then  
1374        retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1375        if test $retv != 0 ; then          prefer_X=0
1376          echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1377          continue              retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth"`
1378        fi              if test $retv = 1 ; then prefer_X=1 ; fi
1379            fi
1380            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1381            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $prefer_X
1382            LOC_NPROC=$?
1383            (   cd $BUILD_DIR
1384                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1385                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1386                else RETVAL=1
1387                fi
1388                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1389                    rm -f tr_size.mpi
1390                else
1391                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1392                fi
1393            )
1394            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1395                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1396                rm -f $LOC_MFILE
1397                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1398                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1399                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1400                    rm -f $LOC_MFILE
1401                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1402                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1403                fi
1404                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1405                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1406                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1407                fi
1408            fi
1409            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1410                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1411                if test $retv != 0 ; then
1412                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1413                    continue
1414                fi
1415            fi
1416      fi      fi
1417    
1418      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1419      extra_runs=      extra_runs=
1420      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`      if test "x$NORUN" = xf ; then
1421            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1422        fi
1423      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1424      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1425          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1426          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1427          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1428          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1429            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1430              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1431                if test "x$MPI" = "xt" ; then                if test "x$MPI" = "x0" ; then
1432                  retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`                  extra_runs="$extra_runs $name"
1433                  else
1434                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1435                  if test $retv = 0 ; then                  if test $retv = 0 ; then
1436                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1437                  else                  else
1438                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1439                  fi                  fi
               else  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
1440                fi                fi
1441              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1442              fi              fi
# Line 1246  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1446  for dir in $TESTDIRS ; do
1446          fi          fi
1447      done      done
1448    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1449      echo      echo
1450      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1451         echo "Experiment:  $dir"         echo "Experiment:  $dir"
1452      else      else
1453         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
# Line 1257  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1456  for dir in $TESTDIRS ; do
1456      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1457      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1458    
1459      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1460      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1461      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1462      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      #- report to this experiment local summary file ---
1463            echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1464      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1465          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1466          makeclean $dir/$builddir \      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1467              && run_clean $dir/$rundir  
1468        if test "x$NORUN" = xt ; then
1469                run=N
1470            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1471                && makeclean $dir/$builddir \
1472                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1473                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1474                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1475      else      else
1476          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1477              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
             && run_clean $dir/$rundir \  
1478              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1479              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1480              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1481              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \              && run_clean $dir/$rundir \
1482                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1483              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1484              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1485      fi      fi
1486            #echo "results='$results'"
1487      echo  
1488          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1489          echo          echo 1>&2
1490          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1491          touch $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         if test "x$ADM" = xt ; then  
             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                                 >> $CDIR"/summary.txt"  
         fi  
1492    
1493          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1494              unset run              unset run
1495              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1496              #  reference output file              #  reference output file
1497              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1498              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1499              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1500              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1501              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              #- report to this experiment local summary file ---
1502              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1503              run_clean $dir/tr_run.$ex              #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1504              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input              #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1505              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1506              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1507                run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1508                linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1509                runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1510                && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1511              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1512              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1513              echo              echo 1>&2
1514              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1515              touch $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1516              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1517              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
             echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             if test "x$ADM" = xt ; then  
                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \  
                                    >> $CDIR"/summary.txt"  
             fi  
             if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then  
                 run_clean $dir/tr_run.$ex  
1518              fi              fi
1519          done          done
1520    
1521        if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1522            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1523                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1524                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1525                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1526                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1527                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1528                    eval $mkOpt
1529                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1530                            $SUMMARY > tr_0.tmp_log
1531                    RETVAL=$?
1532                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1533                            cp tr_0.tmp_log $SUMMARY
1534                    else rm -f tr_0.tmp_log
1535                    fi
1536                fi
1537                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1538                grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1539                RETVAL=$?
1540                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1541                    echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state
1542                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \
1543                            | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log
1544                    sed -n '1p' tr_1.tmp_log >> $DRESULTS/genmake_state
1545                    sed -n '2,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1546                            >> $DRESULTS/genmake_state
1547                    rm -f tr_1.tmp_log
1548                fi
1549            fi
1550        fi
1551      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1552      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1553          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1554              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1555      fi      fi
1556            if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1557    
1558      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1559        
1560  done  done
1561    
1562  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
# Line 1370  else Line 1591  else
1591      fi      fi
1592  fi  fi
1593    
1594  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1595        rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1596    fi
1597    
1598  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1599      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
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