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revision 1.96 by jmc, Mon Sep 10 21:26:58 2007 UTC revision 1.127 by jmc, Thu Jun 4 23:40:53 2009 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18        echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
20      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
21      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
22        echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"
23        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
24      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
25      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
26      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
# Line 27  usage() Line 30  usage()
30      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
31      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
32      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
33        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
34      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command) STRING        command to run"
35      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
36      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
# Line 64  usage() Line 68  usage()
68  build_mpack()  build_mpack()
69  {  {
70      printf "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
71      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
72        if test ! -x $MPACK ; then
73          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
74              echo              echo
75              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 73  build_mpack() Line 78  build_mpack()
78              echo              echo
79              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
80          fi          fi
         printf "building mpack...  "  
81          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
82              export CC=cc              export CC=cc
83          fi          fi
84            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
85          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
86          RETVAL=$?          RETVAL=$?
87          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 87  build_mpack() Line 92  build_mpack()
92          else          else
93              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
94              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
95                echo "done"
96          fi          fi
97      else      else
98          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
99            echo "already exist"
100      fi      fi
     echo "OK"  
101  }  }
102    
103  testoutput_var()  testoutput_var()
104  {  {
105      # testoutput_var dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
106      #      #
107      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
108      #     with same output from reference file $dir/results/output.$extension      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
109      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
110    
111      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
# Line 108  testoutput_var() Line 114  testoutput_var()
114      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
115          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
116          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
117          if [ $lncntA -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
118              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
119                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
120              fi              fi
# Line 119  testoutput_var() Line 125  testoutput_var()
125          return 99          return 99
126      fi      fi
127      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
128          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/output.$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
129      fi      fi
130      grep "$2" $1/results/output.$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
131      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
132      if [ $lncntB -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
133          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
134              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
135          fi          fi
# Line 161  testoutput_var() Line 167  testoutput_var()
167      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
168      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
169          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
170              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
171          fi          fi
172          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
173      else      else
174          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
175              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
176          fi          fi
177      fi      fi
178      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
# Line 174  testoutput_var() Line 180  testoutput_var()
180      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
181  }  }
182    
 dashnum()  
 {  
     # dashnum n1 n2 n3 ...  
     #  
     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99  
   
     for num in $@ ; do  
         if [ $num = 99 ]; then  
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
     done  
 }  
   
 testoutput_ad()  
 {  
     grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt  
     grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt  
     grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt  
     grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt  
     join t05.txt t15.txt > t5.txt  
     join t06.txt t16.txt > t6.txt  
     echo "-1" >> t5.txt  
     echo "-1" >> t6.txt  
     digits_5=`./tr_cmpnum < t5.txt`  
     digits_6=`./tr_cmpnum < t6.txt`  
     dashnum $digits_5 $digits_6  
     rm -f t[01][56].txt t[56].txt  
 }  
   
 check_for_add_mon_output()  
 {  
     # Check for additional types of monitor output  
     if test "x$1" = x ; then  
         return  
     fi  
   
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"  
     done  
   
     ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"  
     ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"  
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         for jj in $ptr_add ; do  
             name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`  
             tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`  
             if test ! "x$tst" = x0 ; then  
                 eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"  
             fi  
         done  
         #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'  
     done  
 }  
   
183  testoutput_run()  testoutput_run()
184  {  {
185      # testoutput_run directory subdir extension      # testoutput_run directory subdir reference_output
186      #      #
187      #  test output from 1 run in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
188      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
189          # default list of output variables to be checked:          # default list of output variables to be checked:
190          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
191          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
192          listChk=$DEF_CHECK_LIST          listChk=$DEF_CHECK_LIST
         nbDef=`echo $listChk | awk '{print NF-1+3*gsub("+","E")}'`  
193          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
194          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
195          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
196          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
197          listVar=`echo $listChk | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if (sub("+","",$i)) \          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
198              {printf " %s %s %s %s",$i"mn",$i"mx",$i"av",$i"sd"} else {printf " %s",$i} }}'`                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
199          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
200          for ii in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ; do          # check for ptracer output in reference_output file :
201            tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`          outpref=$1/results/$3
202           #echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
203            if test "x$tst" != xt ; then listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"` ; fi          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
204          done          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
205          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){t+=($i==$1)}; print t }'`              ptrfound=0
206                for jj in $ptr_mon ; do
207                    name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
208                    tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
209                    if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
210                done
211                if test $ptrfound = '1' ; then
212                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
213                else
214                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
215                  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
216                  # remove this ptr from the list of output variable to check
217                  # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
218                    listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
219                  fi
220                fi
221            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
222            done
223            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
224          if test $tst != 1 ; then          if test $tst != 1 ; then
225            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
226                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
# Line 269  testoutput_run() Line 236  testoutput_run()
236            case $xx in            case $xx in
237             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
238                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
239                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; yy=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
240                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
241             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
242             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
243             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
244             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "theta s.d."     $2 $3; yy=$? ;;             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
245             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
246             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
247             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
248             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "salt s.d."       $2 $3; yy=$? ;;             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
249               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
250               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
251             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
252             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
253             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
254             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U s.d."          $2 $3; yy=$? ;;             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
255             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
256             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
257             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
258             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V s.d."          $2 $3; yy=$? ;;             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
259          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
260             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
261          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
# Line 294  testoutput_run() Line 263  testoutput_run()
263          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
264             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
265          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
266             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"    $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
267             'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
268             'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
269             'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;
270             'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
271             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
272             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
273             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
274             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
275             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
276             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
277             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
278             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
279            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
280            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
281            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
282            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
283            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
284            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
285                *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;                *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
286            esac            esac
287            if test $xx = $sVar            if test $xx = $sVar
# Line 304  testoutput_run() Line 291  testoutput_run()
291          done          done
292    
293          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
294          if [ $nbVar -lt $nbDef ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
295          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
296            adNul=`expr $nbDef - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
297            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
298          else          else
299            echo $allargs            echo $allargs
300          fi          fi
301    # <-- same processing for adjoint & forward test
     else  
         testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"  
     fi  
302  }  }
303    
304  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 331  genmakemodel() Line 315  genmakemodel()
315          (          (
316              cd $1;              cd $1;
317              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
318              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
                 command="$command --mods=../code"  
             else  
319                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
320                elif test "x$OADM" = xt ; then
321                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
322                else
323                    command="$command -mods=../code"
324              fi              fi
325              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
326                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
327              fi              fi
328              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
329                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
330              fi              fi
331                if test "x$GSL" = xt ; then
332                    command="$command -gsl"
333                fi
334              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" = xt ; then
335                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
336              fi              fi
337                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
338                #- run multi-threaded using OpenMP:
339                    command="$command -omp"
340                fi
341              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
342                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
343              fi              fi
# Line 356  genmakemodel() Line 349  genmakemodel()
349              fi              fi
350              fi              fi
351              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
352              $command > make.log 2>&1              # $command > make.log 2>&1
353                eval $command > make.log 2>&1
354              RETVAL=$?              RETVAL=$?
355              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
356              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
# Line 391  makeclean() Line 385  makeclean()
385                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
386                      return 1                      return 1
387                  fi                  fi
388                    echo successful 1>&2
389                else
390                    echo ''
391              fi              fi
             echo successful 1>&2  
392              exit 0              exit 0
393          )          )
394      fi      fi
# Line 414  run_clean() Line 410  run_clean()
410              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
411              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
412              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
413                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
414              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
415              exit 0              exit 0
416          )          )
# Line 450  makemodel() Line 447  makemodel()
447          cd $1;          cd $1;
448          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
449              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
450              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
451                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
452                elif test "x$OADM" = xt ; then
453                    $MAKE adAll >> make.log 2>&1
454                else
455                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
456                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE >> make.log 2>&1
457                  else                  else
458                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
459                  fi                  fi
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
460              fi              fi
461              RETVAL=$?              RETVAL=$?
462              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 484  symlink_mpifiles() Line 483  symlink_mpifiles()
483      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
484            
485      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
486      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
487    
488      #  Is this an MPI run?      #  Is this an MPI run?
489      if test "x$MPI" = xt ; then      if test "x$MPI" = xt ; then
# Line 528  linkdata() Line 527  linkdata()
527      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
528          (          (
529              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
530                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
531                for xx in $inpMPI ; do
532                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
533                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
534                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
535                    if test "x$MPI" = "xt" ; then
536                    # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
537                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
538                        if test ! -r $yy ; then
539                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
540                            printf "$xx " 1>&2
541                        fi
542                    else
543                    # not mpi test: remove symbolic link
544                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
545                    fi
546                  fi
547                done
548              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
549              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
550                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
# Line 542  linkdata() Line 559  linkdata()
559                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
560                  fi                  fi
561              fi              fi
562                prevDir='NONE'
563              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
564                  if test -d "../"$ldir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
565                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2
566                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
567                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
# Line 559  linkdata() Line 577  linkdata()
577                      fi                      fi
578                      printf ' ; ' 1>&2                      printf ' ; ' 1>&2
579                  fi                  fi
580                    prevDir=$ldir
581              done              done
582          )          )
583      fi      fi
# Line 575  runmodel() Line 594  runmodel()
594          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
595          # make output.txt          # make output.txt
596          echo          echo
597            if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
598                diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
599                outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
600            fi
601          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
602              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
603              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
604          fi          fi
605          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
606                  rm -f run.log ; touch run.log                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
607                  if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
608                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
609                  RETVAL=8                  RETVAL=8
610                  ENDVAL=-1                  ENDVAL=-1
611          else          else
612              if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
613                  rm -f run.log ; touch run.log                # output do not exist or is older than executable:
614                  if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
615                  ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
616                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
617                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
618              else              else
619                  RETVAL=0                  RETVAL=0
620                  if test -f run.log ; then                  if test -f $RUNLOG ; then
621                      if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
622                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
623                  else                  else
624                      touch run.log                      touch $RUNLOG
625                      if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
626                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
627                      echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1                      echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
628                  fi                  fi
629              fi              fi
630              ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
631          fi          fi
632          rm -f run.log_00          rm -f run.log_tmp
633          #if test "x$RETVAL" = x0 ; then          #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
634          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
635              tail run.log              tail $RUNLOG
636              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
637              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
638              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
639              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
640              return 0              return 0
641          else          else
642              tail run.log              tail $RUNLOG
643              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
644              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
645              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
646              return 1              return 1
647          fi          fi
# Line 628  createcodelet() Line 652  createcodelet()
652  {  {
653      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
654    
655      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
656      cat > tr_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
657  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
658  #include <math.h>  #include <math.h>
# Line 684  formatresults() Line 708  formatresults()
708      listPrt=$@      listPrt=$@
709      listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`      listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
710      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
711        printf '%3s' $listPrt
712    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
713  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
     printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > / /' | sed 's/  < / /'  
714            
715      if [ $xx = '..' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
716          printf ' N/O '          printf ' N/O '
# Line 709  scandirs() Line 734  scandirs()
734  {  {
735      if [ $# -eq 1 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
736          for arg in * ; do          for arg in * ; do
737              test -d $arg/$1 && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
738          done          done
739      else      else
740          echo $*          echo $*
# Line 717  scandirs() Line 742  scandirs()
742  }  }
743    
744    
745    check_eedata()
746    {
747        # check_eedata size.h eedata
748        if [ $# -eq 2 ] ; then
749          if test -f $1 -a -f $2 ; then
750          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
751          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
752          if test "x$nx" = x ; then
753            rx=10
754          else
755            rx=`expr $sx % $nx`
756          fi
757          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
758          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
759          if test "x$ny" = x ; then
760            ry=20
761          else
762            ry=`expr $sy % $ny`
763          fi
764          echo `expr $rx + $ry`
765        else
766          echo '-1'
767          fi
768        else
769          echo '-2'
770        fi
771    
772    }
773    
774  ###############################################################################  ###############################################################################
775    
776    
# Line 724  scandirs() Line 778  scandirs()
778  debug=0  debug=0
779  verbose=1  verbose=1
780  clean=0  clean=0
 expts=''  
 # ieee=1  
781    
782  IEEE=true  IEEE=true
783  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
784      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
785  fi  fi
786    GSL=f
787    
788  CLEANUP=f  CLEANUP=f
789  QUICK=f  QUICK=f
# Line 747  TESTDIRS= Line 799  TESTDIRS=
799  SKIPDIRS=  SKIPDIRS=
800  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
801  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
802  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
803  COMMAND=  COMMAND=
804  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
805      MAKE=make      MAKE=make
# Line 762  OUTDIR= Line 814  OUTDIR=
814  DELDIR=  DELDIR=
815    
816  ADM=  ADM=
817    OADM=
818    
819  # Additional monitor types  # list of pTracers to check for monitor output
820  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
821    
822  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=13
# Line 796  for ac_option ; do Line 849  for ac_option ; do
849              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
850          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=*)
851              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
852            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
853                ac_prev=MPACKDIR ;;
854            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
855                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
856    
857          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
858              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
# Line 859  for ac_option ; do Line 916  for ac_option ; do
916    
917          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
918    
919            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
920    
921          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
922          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
923            -gsl) GSL=t ;;
924    
925          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
926          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 894  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 954  if test "x$QUICK" = xt ; then
954      NODEPEND=t      NODEPEND=t
955  fi  fi
956    
957    #- setting for forward or ADM testing
958    if test "x$ADM" = xt ; then
959        code_dir=code_ad
960        inputdir=input_ad
961        ref_outp="output_adm.txt"
962        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
963    elif test "x$OADM" = xt ; then
964        code_dir=code_oad
965        inputdir=input_oad
966        ref_outp="output_oadm.txt"
967        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
968    else
969        code_dir=code
970        inputdir=input
971        ref_outp="output.txt"
972        EXECUTABLE="mitgcmuv"
973    fi
974    
975  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
976      if test "x$ADM" = xt ; then      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
         LIST=`scandirs results_ad`  
     else  
         LIST=`scandirs results`  
     fi  
977  else  else
978      #- expand group of experiments:      #- expand group of experiments:
979      LIST=" "      LIST=" "
# Line 943  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1017  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1017      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1018  fi  fi
1019    
1020  if test "x$ADM" = xt ; then  RUNLOG="run.log"
1021      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"  OUTPUTFILE=$ref_outp
     OUTPUTFILE="output_adm.txt"  
 else  
     EXECUTABLE="mitgcmuv"  
     OUTPUTFILE="output.txt"  
 fi  
   
1022  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1023      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1024  fi  fi
# Line 958  if test "x$MPI" = xt ; then Line 1026  if test "x$MPI" = xt ; then
1026      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1027  fi  fi
1028    
 #echo "OK"  
1029  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1030    
1031  # set the Default List of output variables to be checked:  # set the Default List of output variables to be checked:
1032  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1033  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1034  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1035  if test "x$ADM" != xt ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1036      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1037      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1038      nbDef=`echo $DEF_CHECK_LIST | awk '{print NF-1+3*gsub("+","E")}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1039      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1040      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $nbDef - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1041    else
1042        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1043        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1044        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1045  fi  fi
1046    
1047  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1048  createcodelet  createcodelet
1049    
1050  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1051  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1052      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1053  else  else
1054      build_mpack      build_mpack
1055  fi  fi
1056    
1057  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1058    CMDLINE=$0
1059    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1060        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1061                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1062    done
1063    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1064  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1065  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1066  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1067  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1068  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1069      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1070    else
1071        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1072        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1073  fi  fi
1074  DNUM=0  DNUM=0
1075  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
# Line 1004  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1084  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1084      exit 1      exit 1
1085  fi  fi
1086  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 printf "Start time:  " >> $SUMMARY  
1087  start_date=`date`  start_date=`date`
1088  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1089    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1090    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1091    
1092  of_path=  of_path=
1093  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 1035  else Line 1116  else
1116  fi  fi
1117  echo  echo
1118  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1119  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1120      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1121      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1122      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
# Line 1046  if test "x$ADM" = x ; then Line 1127  if test "x$ADM" = x ; then
1127      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1128      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1129      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
         #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`  
         #  if test "x$tst" = xt ; then  
1130          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1131          line_1="$line_1        m  s"          line_1="$line_1        m  s"
1132          line_2="$line_2  m  m  e  ."          line_2="$line_2  m  m  e  ."
1133          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1134          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
         #  fi  
1135      done      done
1136      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1137      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
# Line 1064  if test "x$ADM" = x ; then Line 1142  if test "x$ADM" = x ; then
1142  else  else
1143      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1144      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1145        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1146        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1147        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1148        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1149      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1150  G D M    C  G  G D M    C  G
1151  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 1076  fi Line 1158  fi
1158  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1159  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1160            
1161        # set builddir & rundir:
1162        builddir="build"
1163        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1164        rundir="run"
1165        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1166            rundir=$builddir
1167        fi
1168        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1169        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1170    
1171      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1172      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1173          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1174              echo '  ------  clean dir:' $dir/build          makeclean $BUILD_DIR
1175              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1176          fi              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1177          if test -d $dir/run/CVS ; then              run_clean $dir/$rundir
1178              echo '  ------  clean dir:' $dir/run          fi
1179              run_clean $dir/run          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`
1180            ttd=`echo $trdir | wc -w`
1181            if test $ttd != 0 ; then
1182                echo '  --- rm dir:' $trdir
1183                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1184          fi          fi
         (  
             cd $dir  
             rm -rf tr_run.*  
         )  
1185          continue          continue
1186      fi      fi
1187    
1188      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1189      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1190      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"  
     fi  
1191      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1192          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1193          continue          continue
1194      fi      fi
     if test "x$ADM" = x ; then  
         check_for_add_mon_output  $fout  
     fi  
1195    
1196      # Check for additional types of monitor output      # Check for specific files for particular type of run
   
     builddir="build"  
     if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi  
     rundir="run"  
    #rundir=$builddir  
     if test ! -d $dir/$rundir ; then  
         rundir=$builddir  
     fi  
       
     if test "x$ADM" = x ; then  
         code_dir=code  
         CODE_DIR=$dir/code  
         input_dirs='input'  
     else  
         code_dir=code_ad  
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
         input_dirs='input_ad input'  
     fi  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
1197    
1198      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1199          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
# Line 1138  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1203  for dir in $TESTDIRS ; do
1203          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1204          continue          continue
1205      fi      fi
1206        if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1207          retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1208          if test $retv != 0 ; then
1209            echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1210            continue
1211          fi
1212        fi
1213    
1214      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1215      extra_runs=      extra_runs=
1216      if test "x$ADM" = x ; then      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1217          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1218          #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      for exd in $ex_run_dirs ; do
1219          for exd in $ex_run_dirs ; do          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1220              name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1221              outf="$dir/results/output.$name.txt"          outf="$dir/results/$refExOut"
1222              if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1223                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1224                      if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1225                          extra_runs="$extra_runs $name"                if test "x$MPI" = "xt" ; then
1226                      #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"                  retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1227                      fi                  if test $retv = 0 ; then
                 else  
1228                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1229                    else
1230                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1231                  fi                  fi
1232                  else
1233                    extra_runs="$extra_runs $name"
1234                  fi
1235                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1236              fi              fi
1237          done            else
1238      fi              extra_runs="$extra_runs $name"
1239              fi
1240            fi
1241        done
1242    
1243      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1244      echo      echo
# Line 1187  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1267  for dir in $TESTDIRS ; do
1267              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1268              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1269              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1270              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
1271              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1272              && results=`testoutput_run $dir $rundir "txt"`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1273      fi      fi
1274            
1275      echo      echo
     if test "x$ADM" = x ; then  
1276          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1277          echo          echo
1278          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1279          touch $CDIR"/summary.txt"          touch $CDIR"/summary.txt"
1280          echo "fresults='$fres'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1281          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1282          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1283          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1284          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1285            if test "x$ADM" = xt ; then
1286                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1287                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1288                                    >> $CDIR"/summary.txt"
1289            fi
1290    
1291          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1292              unset run              unset run
1293              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1294                #  reference output file
1295                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1296              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1297              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1298              mkdir $rel_CDIR              mkdir $rel_CDIR
1299              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1300              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1301              run_clean $dir/tr_run.$ex              run_clean $dir/tr_run.$ex
1302              linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
1303              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1304                  && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex ${ex}".txt"`              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
1305              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1306              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1307              echo              echo
1308              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1309              touch $CDIR"/summary.txt"              touch $CDIR"/summary.txt"
1310              echo "fresults='$fres'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1311              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1312              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1313              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1314              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1315                if test "x$ADM" = xt ; then
1316                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1317                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1318                                       >> $CDIR"/summary.txt"
1319                fi
1320              if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then              if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1321                  run_clean $dir/tr_run.$ex                  run_clean $dir/tr_run.$ex
1322              fi              fi
1323          done          done
     else  
         fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
         fres=$fres"$results   $dir"  
         echo  
         echo "$fres" >> $SUMMARY  
         touch $CDIR"/summary.txt"  
         echo "fresults='$fres'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                            >> $CDIR"/summary.txt"  
     fi  
1324    
1325      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1326      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
# Line 1257  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1333  for dir in $TESTDIRS ; do
1333  done  done
1334    
1335  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1336  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1337  printf "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1338  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1339    
# Line 1291  fi Line 1367  fi
1367  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1368    
1369  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1370      cat $SUMMARY | sed 's/  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.//'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1371      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1372          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1373      fi      fi
1374      cat $SUMMARY | sed '11,$ s/  \.//g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1375  fi  fi
1376    
1377  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then

Legend:
Removed from v.1.96  
changed lines
  Added in v.1.127

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