/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.29 by adcroft, Fri Dec 5 17:36:03 2003 UTC revision 1.127 by jmc, Thu Jun 4 23:40:53 2009 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"noieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19        echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
20      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
21      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
22      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"
23      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
24        echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
25        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
26        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
27        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
28        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
29      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
30      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
31      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
32      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
33        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
34      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command) STRING        command to run"
35      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
36      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
37      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
38        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
39        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
40        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
41        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
42        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
43        echo "                             (DEF=\"12\")"
44        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
45      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
46      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
47      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
48      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
49      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
50        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
51        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
52        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
53        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
54      echo      echo
55      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
56      echo "such as:"      echo "such as:"
57        echo
58      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
59      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
60      echo      echo
61        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
62        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
63        echo
64      exit 1      exit 1
65  }  }
66    
67  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
68  build_mpack()  build_mpack()
69  {  {
70      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
71      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
72        if test ! -x $MPACK ; then
73          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
74              echo              echo
75              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 54  build_mpack() Line 78  build_mpack()
78              echo              echo
79              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
80          fi          fi
         echo -n "building mpack...  "  
81          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
82              export CC=cc              export CC=cc
83          fi          fi
84            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
85          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
86          RETVAL=$?          RETVAL=$?
87          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 68  build_mpack() Line 92  build_mpack()
92          else          else
93              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
94              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
95                echo "done"
96          fi          fi
97      else      else
98          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
99            echo "already exist"
100      fi      fi
     echo "OK"  
101  }  }
102    
103  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
104  {  {
105      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
106      #      #
107      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
108      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
109        #  using search strings s1 and text label
110    
111      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
112          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
113      fi      fi
114      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
115          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
116          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
117          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
118              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
119                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
120              fi              fi
121              return 99              return 99
122          fi          fi
123      else      else
124          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
125          return 99          return 99
126      fi      fi
127      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
128          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
129      fi      fi
130      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
131      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
132      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
133          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
134              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
135          fi          fi
136          return 99          return 99
137      fi      fi
138        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
139            if [ $verbose -gt 0 ]; then
140                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
141            fi
142            return 99
143        fi
144        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
145        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
146            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
147            return 99
148        fi
149        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
150        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
151            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
152            return 99
153        fi
154      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
155          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
156      fi      fi
157      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
158      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
159          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
160      fi      fi
161      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
162          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 122  testoutput_for_prop() Line 164  testoutput_for_prop()
164      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
165      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
166      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
167      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
168      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
169          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
170              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
171          fi          fi
172          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
173      else      else
174          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
175              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
176          fi          fi
177      fi      fi
178      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
# Line 138  testoutput_for_prop() Line 180  testoutput_for_prop()
180      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
181  }  }
182    
183  dashnum()  testoutput_run()
184  {  {
185      # dashnum n1 n2 n3 ...      # testoutput_run directory subdir reference_output
186      #      #
187      #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99      #  test output from 1 run in "directory"
188    # --> same processing for adjoint & forward test
189      for num in $@ ; do          # default list of output variables to be checked:
190          if [ $num = 99 ]; then          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
191              printf ' --'          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
192          else          listChk=$DEF_CHECK_LIST
193              printf '%3i' $num          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
194          fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
195      done          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
196  }          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
197            listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
198  testoutput_ad()                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
199  {          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
200      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt          # check for ptracer output in reference_output file :
201      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt          outpref=$1/results/$3
202      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
203      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
204      join t05.txt t15.txt > t5.txt          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
205      join t06.txt t16.txt > t6.txt              ptrfound=0
206      echo "-1" >> t5.txt              for jj in $ptr_mon ; do
207      echo "-1" >> t6.txt                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
208      digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
209      digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
210      dashnum $digits_5 $digits_6              done
211      rm -f t[01][56].txt t[56].txt              if test $ptrfound = '1' ; then
212  }                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
213                else
214  testoutput()                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
215  {                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
216      # testoutput directory subdir                # remove this ptr from the list of output variable to check
217      #                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
218      #  test output in "directory"                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
219      if test "x$ADM" = x ; then                fi
220          if [ $debug -gt 0 ]; then              fi
221              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
222          fi          done
223          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
224          if [ $debug -gt 0 ]; then          if test $tst != 1 ; then
225              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
226          fi                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
227          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
228          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?          #- put it back once:
229          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
230          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?          fi
231          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
232          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
233          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?          allargs=""
234          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?          for xx in $listVar
235          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?          do
236          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?            case $xx in
237          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
238          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
239          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
240          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
241          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
242          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
243          dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
244              $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
245      else             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
246          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
247      fi             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
248               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
249               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
250               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
251               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
252               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
253               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
254               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
255               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
256               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
257               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
258               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
259            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
260               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
261            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
262               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
263            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
264               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
265            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
266               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
267             'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
268             'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
269             'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;
270             'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
271             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
272             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
273             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
274             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
275             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
276             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
277             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
278             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
279            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
280            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
281            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
282            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
283            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
284            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
285                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
286              esac
287              if test $xx = $sVar
288              then allargs="$allargs > $yy <"
289              else allargs="$allargs $yy"
290              fi
291            done
292    
293            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
294            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
295            #-- fill line (up to standard length) with dot:
296              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
297              echo $allargs $adNul
298            else
299              echo $allargs
300            fi
301    # <-- same processing for adjoint & forward test
302  }  }
303    
304  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 211  genmakemodel() Line 307  genmakemodel()
307      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
308          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
309      else      else
310          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
311                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
312            else
313                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
314            fi
315          (          (
316              cd $1;              cd $1;
317              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
318              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
                 command="$command --mods=../code"  
             else  
319                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
320                  command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"              elif test "x$OADM" = xt ; then
321                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
322                else
323                    command="$command -mods=../code"
324              fi              fi
325              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
326                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
327              fi              fi
328              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
329                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
330              fi              fi
331                if test "x$GSL" = xt ; then
332                    command="$command -gsl"
333                fi
334                if test "x$MPI" = xt ; then
335                    command="$command -mpi"
336                fi
337                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
338                #- run multi-threaded using OpenMP:
339                    command="$command -omp"
340                fi
341                if test "x$TS" = xt ; then
342                    command="$command -ts"
343                fi
344                if test "x$PAPIS" = xt ; then
345                    command="$command -papis"
346                else
347                if test "x$PCLS" = xt ; then
348                    command="$command -pcls"
349                fi
350                fi
351              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
352              $command > make.log 2>&1              # $command > make.log 2>&1
353                eval $command > make.log 2>&1
354              RETVAL=$?              RETVAL=$?
355              cp Makefile $CDIR              #  Reduce the size of the testing emails!
356                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
357              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
358                  tail make.log                  tail make.log
359                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
# Line 247  makeclean() Line 370  makeclean()
370  {  {
371      # makeclean directory      # makeclean directory
372      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
373          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
374      else      else
375          (          (
376              cd $1;              cd $1;
377              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
378              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
379                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
380                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
381                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
382                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
383                      tail make.log                      tail make.log
384                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
385                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
386                      return 1                      return 1
387                  fi                  fi
388                    echo successful 1>&2
389                else
390                    echo ''
391              fi              fi
392                exit 0
393            )
394        fi
395    }
396    
397    run_clean()
398    {
399        # run_clean directory
400        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
401            echo "run_clean skipped!"
402        else
403            (
404                cd $1;
405                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
406                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
407                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
408                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
409                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
410                find . -type l -exec rm {} \;
411                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
412                rm -rf mnc_test_*
413                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
414              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
415              exit 0              exit 0
416          )          )
# Line 301  makemodel() Line 447  makemodel()
447          cd $1;          cd $1;
448          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
449              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
450              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
                 $MAKE >> make.log 2>&1  
             else  
451                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE adall >> make.log 2>&1
452                elif test "x$OADM" = xt ; then
453                    $MAKE adAll >> make.log 2>&1
454                else
455                    if test "x$JOBS" = x ; then
456                        $MAKE >> make.log 2>&1
457                    else
458                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
459                    fi
460              fi              fi
461              RETVAL=$?              RETVAL=$?
462              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 329  symlink_mpifiles() Line 481  symlink_mpifiles()
481      code_dir=$2      code_dir=$2
482      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
483      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
484        
485      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
486      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
487    
488      #  Is this an MPI run?      #  Is this an MPI run?
489      if test "x$MPI" = xt ; then      if test "x$MPI" = xt ; then
# Line 344  symlink_mpifiles() Line 496  symlink_mpifiles()
496              RETVAL=$?              RETVAL=$?
497              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
498                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
499                  #echo Linking $name to $i                      #echo Linking $name to $i
500                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
501                  fi                  fi
502              fi              fi
503          done          done
504      else      else
505      # NO: We undo any _mpi symbolically linked files          # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
506          for ii in $MPI_FILES ; do          for ii in $MPI_FILES ; do
507              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
508              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
509              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
510                  linktarg=`(cd $BUILD_DIR; readlink $name)`                  cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
511                  if test $linktarg = "../$code_dir/$name"_mpi ; then                  RETVAL=$?
512                  #echo Un-linking $name from $linktarg                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
513                        #echo Un-linking $name from $linktarg
514                      rm -f $BUILD_DIR/$name                      rm -f $BUILD_DIR/$name
515                  fi                  fi
516              fi              fi
# Line 368  symlink_mpifiles() Line 521  symlink_mpifiles()
521    
522  linkdata()  linkdata()
523  {  {
524      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
525      #      #
526      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
527      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
528          (          (
529              cd $2              cd $1 ; shift
530              if test "x$ADM" = x ; then              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
531                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              for xx in $inpMPI ; do
532                  for i in $files ; do                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
533                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
534                          ln -sf "../input/"$i $i                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
535                    if test "x$MPI" = "xt" ; then
536                    # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
537                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
538                        if test ! -r $yy ; then
539                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
540                            printf "$xx " 1>&2
541                      fi                      fi
542                  done                  else
543              else                  # not mpi test: remove symbolic link
544                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
545                  for i in $files ; do                  fi
546                      if test ! -d "../input/"$i ; then                fi
547                          ln -sf "../input/"$i $i              done
548                      fi              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
549                  done              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
550                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
551                  for i in $files ; do                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
552                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
553                          ln -sf "../input_ad/"$i $i                      if test ! -r eedata ; then
554                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
555                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
556                      fi                      fi
557                  done                  else
558                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
559                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
560                    fi
561              fi              fi
562                prevDir='NONE'
563                for ldir in $* ; do
564                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
565                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
566                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
567                        for i in $files ; do
568                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
569                                if test ! -r $i  ; then
570                                    printf ' '$i 1>&2
571                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
572                                fi
573                            fi
574                        done
575                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
576                            "../"$ldir"/"prepare_run
577                        fi
578                        printf ' ; ' 1>&2
579                    fi
580                    prevDir=$ldir
581                done
582          )          )
583      fi      fi
584  }  }
# Line 407  runmodel() Line 591  runmodel()
591      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
592      (      (
593          cd $1          cd $1
594          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
595          # make output.txt          # make output.txt
596          $COMMAND >> run.log 2>&1          echo
597          RETVAL=$?          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
598          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
599              echo successful 1>&2              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
600              if test "x$ADM" = x ; then          fi
601                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
602                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
603                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
604            fi
605            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
606                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
607                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
608                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
609                    RETVAL=8
610                    ENDVAL=-1
611            else
612                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
613                  # output do not exist or is older than executable:
614                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
615                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
616                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
617                    RETVAL=$?
618              else              else
619                  cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"                  RETVAL=0
620                    if test -f $RUNLOG ; then
621                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
622                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
623                    else
624                        touch $RUNLOG
625                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
626                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
627                        echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
628                    fi
629              fi              fi
630                ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
631            fi
632            rm -f run.log_tmp
633            #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
634            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
635                tail $RUNLOG
636                echo successful 1>&2
637                # === Reduce the size of the testing emails!
638                #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
639                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
640              return 0              return 0
641          else          else
642              tail run.log              tail $RUNLOG
643              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
644              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
645                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
646              return 1              return 1
647          fi          fi
648      )      )
# Line 432  createcodelet() Line 652  createcodelet()
652  {  {
653      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
654    
655      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
656      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
657  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
658  #include <math.h>  #include <math.h>
659  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
660    int linnum,best;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
661    double a,b,diff;    double a,b,abave,relerr;
662    best = -16;    best = -22;
663    while( 1 )  {    lncnt = 0;
664      while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
665      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
666      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
667      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
668      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
669      if (diff > 1.e-12) {      if ( abave == abave ) {
670        diff=fabs(a-b)/diff;        if (abave > 0.0) {
671        if (diff > 0.0) {          relerr=fabs(a-b)/abave;
672          linnum = (int)log10(diff);          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
673          best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
674        }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
675        else {        else { cmplin = -22 ; }
676          if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
677        }        }
678      }     else {
679       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
680          break; }
681    }    }
682      if (lncnt == 999) best=-29;
683      if (linnum != -1) best=-99;
684    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
685    return 0;    return 0;
686  }  }
687  EOF  EOF
688      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
689    
690      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
691          echo "OK"          echo "OK"
692          return 0          return 0
693      else      else
694          echo          echo
695          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
696            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
697          exit 1          exit 1
698      fi      fi
699  }  }
# Line 479  formatresults() Line 705  formatresults()
705      nm=$1      nm=$1
706      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
707      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
708      printf '%3s' $@      listPrt=$@
709        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
710        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
711        printf '%3s' $listPrt
712    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
713    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
714            
715      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
716            printf ' N/O '
717        elif [ $xx = '--' ]; then
718            printf ' N/O '
719        elif [ $xx = 99 ]; then
720          printf ' N/O '          printf ' N/O '
721      else      else
722          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
723              printf ' pass'              printf ' pass'
724          else          else
725              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 495  formatresults() Line 730  formatresults()
730            
731  }  }
732    
733  show_help()  scandirs()
734  {  {
735      cat - << EOF      if [ $# -eq 1 ]; then
736  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]          for arg in * ; do
737                test -f $arg/$1 && echo $arg
738   -help|-h      Show this help message          done
739   -quiet     Reduce the amount of output      else
740   -verbose   Produce copious amounts of output          echo $*
741   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most      fi
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
742  }  }
743    
744  scandirs()  
745    check_eedata()
746  {  {
747      if [ $# -eq 0 ]; then      # check_eedata size.h eedata
748          for arg in * ; do      if [ $# -eq 2 ] ; then
749              test -d $arg/input && echo $arg        if test -f $1 -a -f $2 ; then
750          done        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
751          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
752          if test "x$nx" = x ; then
753            rx=10
754          else
755            rx=`expr $sx % $nx`
756          fi
757          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
758          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
759          if test "x$ny" = x ; then
760            ry=20
761          else
762            ry=`expr $sy % $ny`
763          fi
764          echo `expr $rx + $ry`
765        else
766          echo '-1'
767          fi
768      else      else
769          echo $*        echo '-2'
770      fi      fi
 }  
771    
772    }
773    
774  ###############################################################################  ###############################################################################
775    
# Line 533  scandirs() Line 778  scandirs()
778  debug=0  debug=0
779  verbose=1  verbose=1
780  clean=0  clean=0
 expts=''  
 # ieee=1  
781    
782  IEEE=  IEEE=true
783  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
784      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
785  fi  fi
786    GSL=f
787    
788  CLEANUP=f  CLEANUP=f
789  QUICK=f  QUICK=f
790  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
791  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
792  NODEPEND=f  NODEPEND=f
793    POSTCLEAN=f
794    
795  BASH=  BASH=
796  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
797  ADDRESSES=  ADDRESSES=
798  TESTDIRS=  TESTDIRS=
799    SKIPDIRS=
800  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
801  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
802  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
803  COMMAND=  COMMAND=
804  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
805        MAKE=make
806    fi
807    if test "x$CC" = x ; then
808        CC=cc
809    fi
810    JOBS=
811  MPI=f  MPI=f
812    MULTI_THREAD=f
813    OUTDIR=
814    DELDIR=
815    
816  ADM=  ADM=
817    OADM=
818    
819    # list of pTracers to check for monitor output
820    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
821    
822    MATCH_CRIT=13
823    
824  echo -n "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
825    
826  ac_prev=  ac_prev=
827  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 589  for ac_option ; do Line 849  for ac_option ; do
849              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
850          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=*)
851              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
852            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
853                ac_prev=MPACKDIR ;;
854            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
855                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
856    
857          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
858              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
859          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
860              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
861    
862            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
863                ac_prev=SKIPDIRS ;;
864            -skipdir=* | --skipdir=*)
865                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
866    
867          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
868              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
869          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 610  for ac_option ; do Line 879  for ac_option ; do
879          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
880              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
881    
882            -odir | --odir)
883                ac_prev=OUTDIR ;;
884            -odir=* | --odir=*)
885                OUTDIR=$ac_optarg ;;
886    
887            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
888                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
889            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
890                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
891    
892            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
893            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
894    
895            -j) ac_prev=JOBS ;;
896            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
897    
898          -clean | --clean)          -clean | --clean)
899              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
900    
901          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
902              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 622  for ac_option ; do Line 907  for ac_option ; do
907          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
908              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
909    
910            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
911                POSTCLEAN=t ;;
912    
913          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
914    
915            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
916    
917          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
918    
919            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
920    
921          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
922          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
923            -gsl) GSL=t ;;
924    
925          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
926          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
927          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
928    
929            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
930    
931            -ts) TS=t;;
932    
933            -papis) PAPIS=t;;
934    
935            -pcls) PCL=t;;
936    
937          -*)          -*)
938              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
939              usage              usage
# Line 653  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 954  if test "x$QUICK" = xt ; then
954      NODEPEND=t      NODEPEND=t
955  fi  fi
956    
957    #- setting for forward or ADM testing
958    if test "x$ADM" = xt ; then
959        code_dir=code_ad
960        inputdir=input_ad
961        ref_outp="output_adm.txt"
962        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
963    elif test "x$OADM" = xt ; then
964        code_dir=code_oad
965        inputdir=input_oad
966        ref_outp="output_oadm.txt"
967        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
968    else
969        code_dir=code
970        inputdir=input
971        ref_outp="output.txt"
972        EXECUTABLE="mitgcmuv"
973    fi
974    
975  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
976      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
977    else
978        #- expand group of experiments:
979        LIST=" "
980        for xx in $TESTDIRS
981        do
982          case $xx in
983            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
984                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
985                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
986                    ;;
987            'tutorials')
988                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
989            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
990          esac
991        done
992  fi  fi
993    #echo 'LIST='${LIST}'<'
994    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
995    TESTDIRS=" "
996    count=0
997    for xx in $LIST
998    do
999        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1000        if test $yy = 0 ; then
1001            if test -d $xx ; then
1002                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1003                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1004            else count=1 ;
1005                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1006            fi
1007        else
1008            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1009            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1010            fi
1011        fi
1012    done
1013    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1014    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1015    
1016  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1017      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1018  fi  fi
1019    
1020  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  RUNLOG="run.log"
1021      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"  OUTPUTFILE=$ref_outp
 fi  
   
1022  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1023      COMMAND="make output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1024    fi
1025    if test "x$MPI" = xt ; then
1026        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1027  fi  fi
1028    
1029  echo "OK"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1030    
1031    # set the Default List of output variables to be checked:
1032    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1033    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1034    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1035    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1036        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1037        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1038        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1039        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1040        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1041    else
1042        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1043        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1044        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1045    fi
1046    
1047  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1048  createcodelet  createcodelet
1049    
1050  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1051  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1052        echo "skipping mpack build"
1053    else
1054        build_mpack
1055    fi
1056    
1057  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1058    CMDLINE=$0
1059    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1060        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1061                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1062    done
1063    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1064  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1065  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1066  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1067  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1068    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1069        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1070    else
1071        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1072        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1073    fi
1074  DNUM=0  DNUM=0
1075  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1076  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 695  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1084  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1084      exit 1      exit 1
1085  fi  fi
1086  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  
1087  start_date=`date`  start_date=`date`
1088  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1089    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1090    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1091    
1092  of_path=  of_path=
1093  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 726  else Line 1116  else
1116  fi  fi
1117  echo  echo
1118  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1119  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1120      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1121                  T           S           U           V      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1122  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1123  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1124  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1125  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1126        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1127  EOF      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1128        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1129        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1130            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1131            line_1="$line_1        m  s"
1132            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1133            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1134            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1135        done
1136        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1137        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1138        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1139        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1140        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1141        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1142  else  else
1143      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1144      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1145        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1146        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1147        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1148        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1149      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1150  G D M    C  G  G D M    C  G
1151  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 750  fi Line 1158  fi
1158  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1159  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1160            
1161        # set builddir & rundir:
1162        builddir="build"
1163        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1164        rundir="run"
1165        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1166            rundir=$builddir
1167        fi
1168        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1169        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1170    
1171      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1172      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1173          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1174              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          makeclean $BUILD_DIR
1175            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1176                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1177                run_clean $dir/$rundir
1178          fi          fi
1179          if test -r $dir/input/Makefile ; then          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`
1180              ( cd $dir/input ; make CLEAN )          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1181            if test $ttd != 0 ; then
1182                echo '  --- rm dir:' $trdir
1183                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1184          fi          fi
1185          continue          continue
1186      fi      fi
1187    
1188      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1189      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1190      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1191      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1192          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1193          continue          continue
1194      fi      fi
1195    
1196      builddir="input"      # Check for specific files for particular type of run
     rundir="input"  
     use_seperate_build=0  
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
     fi  
       
     if test "x$ADM" = x ; then  
         code_dir=code  
         CODE_DIR=$dir/code  
     else  
         code_dir=code_ad  
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
     fi  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
1197    
1198      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" == "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1199          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1200          continue          continue
1201      fi      fi
1202        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1203            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1204            continue
1205        fi
1206        if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1207          retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1208          if test $retv != 0 ; then
1209            echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1210            continue
1211          fi
1212        fi
1213    
1214        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1215        extra_runs=
1216        ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1217        #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1218        for exd in $ex_run_dirs ; do
1219            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1220            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1221            outf="$dir/results/$refExOut"
1222            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1223              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1224                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1225                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
1226                    retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1227                    if test $retv = 0 ; then
1228                        extra_runs="$extra_runs $name"
1229                    else
1230                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1231                    fi
1232                  else
1233                    extra_runs="$extra_runs $name"
1234                  fi
1235                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1236                fi
1237              else
1238                extra_runs="$extra_runs $name"
1239              fi
1240            fi
1241        done
1242    
1243      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1244      echo      echo
1245      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1246           echo "Experiment:  $dir"
1247        else
1248           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1249        fi
1250      echo      echo
1251      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1252      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1253    
1254      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1255      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 811  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1257  for dir in $TESTDIRS ; do
1257      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1258            
1259      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1260          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1261            makeclean $dir/$builddir \
1262                && run_clean $dir/$rundir
1263      else      else
1264          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1265              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1266                && run_clean $dir/$rundir \
1267              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1268              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1269              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1270              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
1271              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1272              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1273      fi      fi
1274            
1275      echo      echo
     if test "x$ADM" = x ; then  
1276          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1277      else          echo
1278          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1279          fres=$fres"$results   $dir"          touch $CDIR"/summary.txt"
1280            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1281            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1282            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1283            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1284            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1285            if test "x$ADM" = xt ; then
1286                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1287                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1288                                    >> $CDIR"/summary.txt"
1289            fi
1290    
1291            for ex in $extra_runs ; do
1292                unset run
1293                results=$EMPTY_RESULTS
1294                #  reference output file
1295                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1296                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1297                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1298                mkdir $rel_CDIR
1299                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1300                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1301                run_clean $dir/tr_run.$ex
1302                linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
1303                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1304                && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
1305                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1306                fres="$fres.$ex"
1307                echo
1308                echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1309                touch $CDIR"/summary.txt"
1310                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1311                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1312                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1313                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1314                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1315                if test "x$ADM" = xt ; then
1316                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1317                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1318                                       >> $CDIR"/summary.txt"
1319                fi
1320                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1321                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1322                fi
1323            done
1324    
1325        #postclean $dir/$builddir
1326        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1327            makeclean $dir/$builddir \
1328                && run_clean $dir/$rundir
1329      fi      fi
     echo  
     echo "$fres" >> $SUMMARY  
     echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
     echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1330            
1331      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1332            
1333  done  done
1334    
1335  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1336  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1337  echo -n "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1338  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1339    
1340  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
# Line 855  else Line 1345  else
1345      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1346          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1347              && gzip $DRESULTS".tar" \              && gzip $DRESULTS".tar" \
1348              && $MPACK -s MITgcm-test -m 1500000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1349          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1350          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1351              echo              echo
# Line 874  else Line 1364  else
1364      fi      fi
1365  fi  fi
1366    
1367  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
 rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  
1368    
1369  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1370      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1371      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1372          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1373      fi      fi
1374      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1375    fi
1376    
1377    if test "x$DELDIR" = xt ; then
1378        rm -rf $DRESULTS
1379  fi  fi
1380    

Legend:
Removed from v.1.29  
changed lines
  Added in v.1.127

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