/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.127 by jmc, Thu Jun 4 23:40:53 2009 UTC revision 1.198 by jmc, Tue Nov 11 15:45:57 2014 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14        echo " ---- type of test : ----"
15        echo "  (-tlm)                   perform a Tangent Linear run"
16        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
17        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
18      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
19      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
20      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
21      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
22        echo "  (-command|-c) STRING     command to run (e.g., if non-standard MPI setting)"
23        echo "                            DEF='mitgcmuv' or ='mpirun -np TR_NPROC mitgcmuv'"
24        echo " ---- testing options : ----"
25        echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
26        echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
27        echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
28        echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
29      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
30      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
31      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
     echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"  
     echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"  
     echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"  
     echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"  
32      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
33      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
34      echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
35        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
36        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
37      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
38      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
39      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
40        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
41        echo " ---- system options : ----"
42        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or \"sh\" shell"
43      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
44      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
45      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
46      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
     echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"  
     echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""  
47      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
48        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
49        echo " ---- output options : ----"
50        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
51        echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
52      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
53      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
54      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
55      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
56      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-send)       STRING     sending command (instead of using mpack)"
57      echo "                             (DEF=\"12\")"      echo "  (-savdir|-sd) STRING     location to save output tar file to send (DEF='$SAVDIR')"
58      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
59      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
60        echo " -- do only some parts: --"
61        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
62        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
63        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
64        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
65      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
66      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
67      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
68      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
69        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
70        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
71      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
     echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"  
     echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"  
     echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"  
72      echo      echo
73      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
74      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 104  testoutput_var() Line 122  testoutput_var()
122  {  {
123      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
124      #      #
125      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
126      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/$reference_output
127      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
128    
129      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
130          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
131      fi      fi
132      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
133          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > ${TMP}a.txt
134          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l ${TMP}a.txt | awk '{print $1}' `
135          if [ $lncntA -lt 2 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
136              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
137                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
138              fi              fi
139              return 99              rm -f ${TMP}a.txt ; return 99
140          fi          fi
141      else      else
142          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
143          return 99          return 99
144      fi      fi
145      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
146          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$5 1>&2
147      fi      fi
148      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > ${TMP}b.txt
149      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l ${TMP}b.txt | awk '{print $1}' `
150      if [ $lncntB -lt 2 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
151          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
152              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
153          fi          fi
154          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
155      fi      fi
156      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
157          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
158              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
159          fi          fi
160          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
161      fi      fi
162      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat ${TMP}a.txt | grep -i nan | wc -l`
163      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
164          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
165          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
166      fi      fi
167      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat ${TMP}a.txt | grep -i inf | wc -l`
168      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
169          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
170          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
171      fi      fi
172      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
173          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt 1>&2
174      fi      fi
175      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
176        join ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' | sed -e 's|:||g' > ${TMP}c.txt
177      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
178          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
179      fi      fi
180      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
181          cat tmp3.txt 1>&2          cat ${TMP}c.txt 1>&2
182      fi      fi
183      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> ${TMP}c.txt
184      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < ${TMP}c.txt`
     cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt  
     digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`  
185      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
186          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
187              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
# Line 175  testoutput_var() Line 192  testoutput_var()
192              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
193          fi          fi
194      fi      fi
195      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ${TMP}c.txt
196        
197      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
198  }  }
199    
# Line 186  testoutput_run() Line 203  testoutput_run()
203      #      #
204      #  test output from 1 run in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
205  # --> same processing for adjoint & forward test  # --> same processing for adjoint & forward test
206          # default list of output variables to be checked:          # default list of output variables to be checked:
207          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
208          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
209          listChk=$DEF_CHECK_LIST          listChk=$DEF_CHECK_LIST
210          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
211          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
212          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
213          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
214          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
215                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
216          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
217          # check for ptracer output in reference_output file :          # set ref.outp file-name and, if compressed, uncompress it into subdir
218          outpref=$1/results/$3          refoutp=results/$3
219          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"          if test ! -r $1/results/$3 ; then
220          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"            if test -r $1/results/${3}.gz ; then
221          for ii in $PTRACERS_NUM ; do              tmpNam1=$3
222                tmpNam2=`echo $tmpNam1 | sed 's/\..*\././'`
223                if test "x$tmpNam1" = "x$tmpNam2" ; then
224                    tmpNam1=`echo $tmpNam2 | sed 's/\./.std./'`
225                fi
226                refoutp=$2/$tmpNam1
227                if [ $debug -gt 0 ]; then
228                    echo "testoutput_run: gunzip 'results/$3.gz' into '$refoutp'" 1>&2
229                fi
230                gzip -cd $1/results/${3}.gz > $1/$refoutp
231              else
232                echo "missing reference output file '$3' (.gz) in '$1/results/'"
233              fi
234            fi
235            # check for ptracer output in reference_output file :
236            if test $KIND = 0 ; then
237              ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
238              ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
239              for ii in $PTRACERS_NUM ; do
240              ptrfound=0              ptrfound=0
241              for jj in $ptr_mon ; do              for jj in $ptr_mon ; do
242                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
243                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`                  tst=`grep $name $1/$refoutp | wc -l | awk '{print $1}'`
244                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
245              done              done
246              if test $ptrfound = '1' ; then              if test $ptrfound = '1' ; then
247                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
248              else              else
249                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
               if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  
250                # remove this ptr from the list of output variable to check                # remove this ptr from the list of output variable to check
251                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
252                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
               fi  
253              fi              fi
254          #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2            # eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
255          done            done
256          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`          fi
257          if test $tst != 1 ; then          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
258            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2          if test $tst != 1 ; then
259                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
260            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
261          #- put it back once:            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
262            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`          #- put it back once:
263          fi            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
264            fi
265          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
266          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
267          allargs=""          #---
268          for xx in $listVar          allargs=""
269          do          for xx in $listVar
270            case $xx in          do
271              case $xx in
272             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
273                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
274                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $refoutp ; yy=$?
275                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
276            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  ref_cost_function" "ADM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
277            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;           'AdGrd') testoutput_var $1 "ADM  adjoint_gradient"  "ADM Ad Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
278             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'FDGrd') testoutput_var $1 "ADM  finite-diff_grad"  "ADM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
279             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;          'tlmCst') testoutput_var $1 "TLM  ref_cost_function" "TLM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
280             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;          'tlmGrd') testoutput_var $1 "TLM  tangent-lin_grad"  "TLM TL Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
281             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;          'fwdGrd') testoutput_var $1 "TLM  finite-diff_grad"  "TLM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
282             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
283             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
284             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
285             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
286             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
287             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
288             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
289             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
290             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
291             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
292             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
293             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
294               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
295               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
296               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
297               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
298          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
299             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
300          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
301             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
302          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
303             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
304          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
305             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
306           'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
307           'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
308           'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
309           'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
310           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
311           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
312           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
313           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
314           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
315           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
316           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
317           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
318          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;           'uSImn') testoutput_var $1 "seaice_uice_min"   "SIce Uice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
319          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSImx') testoutput_var $1 "seaice_uice_max"   "SIce Uice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
320          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSIav') testoutput_var $1 "seaice_uice_mean"  "SIce Uice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
321          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;           'uSIsd') testoutput_var $1 "seaice_uice_sd"    "SIce Uice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
322          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImn') testoutput_var $1 "seaice_vice_min"   "SIce Vice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
323          'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImx') testoutput_var $1 "seaice_vice_max"   "SIce Vice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
324                *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;           'vSIav') testoutput_var $1 "seaice_vice_mean"  "SIce Vice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
325            esac           'vSIsd') testoutput_var $1 "seaice_vice_sd"    "SIce Vice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
326            if test $xx = $sVar          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
327            then allargs="$allargs > $yy <"          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
328            else allargs="$allargs $yy"          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
329            fi          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Glob-ave"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
330          done          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South-av"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
331            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North-av"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
332            'HthMxS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_max_S" "thSIc H South-max" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
333            'HthMxN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_max_N" "thSIc H North-max" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
334             'sbo_M') testoutput_var $1 "sbo_mass"          "SBO mass"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
335             'sboFW') testoutput_var $1 "sbo_mass_fw"       "SBO m-FW"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
336             'sboAc') testoutput_var $1 "sbo_zoamc"         "SBO AM-C"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
337             'sboAp') testoutput_var $1 "sbo_zoamp"         "SBO AM-P"        $2 $refoutp ; yy=$? ;;
338            'StrmIc') testoutput_var $1 "STREAMICE_FP_ERR" "StreamIce Solver" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
339                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
340              esac
341              if test $xx = $sVar
342              then allargs="$allargs > $yy <"
343              else allargs="$allargs $yy"
344              fi
345            done
346    
347          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
348          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
349          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
350            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
351            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
352          else          else
353            echo $allargs            echo $allargs
354          fi          fi
355  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
356  }  }
357    
# Line 315  genmakemodel() Line 369  genmakemodel()
369          (          (
370              cd $1;              cd $1;
371              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
372              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
373                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
374              elif test "x$OADM" = xt ; then              fi
375                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"              if test $KIND = 4 ; then
376                    command="$command -oad -mods=../$code_dir"
377              else              else
378                  command="$command -mods=../code"                  command="$command -mods=../$code_dir"
379              fi              fi
380              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
381                  command="$command -optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
382              fi              fi
383              if test "x$IEEE" != x ; then              if test $OptLev = 1 ; then
384                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
385              fi              fi
386                if test $OptLev = 0 ; then
387                    command="$command -devel"
388                fi
389              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
390                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
391              fi              fi
392              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" != x0 ; then
393                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
394              fi              fi
395              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
396              #- run multi-threaded using OpenMP:              #- run multi-threaded using OpenMP:
397                  command="$command -omp"                  command="$command -omp"
398              fi              fi
399                if test "x$USE_R4" = xt ; then
400                    command="$command -use_r4"
401                fi
402                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
403                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
404                fi
405              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
406                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
407              fi              fi
408              if test "x$PAPIS" = xt ; then              if test "x$PAPIS" = xt ; then
409                  command="$command -papis"                  command="$command -papis"
410              else              else
411              if test "x$PCLS" = xt ; then              if test "x$PCLS" = xt ; then
412                  command="$command -pcls"                  command="$command -pcls"
413              fi              fi
414              fi              fi
415              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... '
416              # $command > make.log 2>&1              eval $command > genmake.tr_log 2>&1
             eval $command > make.log 2>&1  
417              RETVAL=$?              RETVAL=$?
418              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
419              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
420              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
421                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
422                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
423                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
424                  return 1                  return 1
425              else              else
426                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
427              fi              fi
428          )          )
429      fi      fi
# Line 369  genmakemodel() Line 432  genmakemodel()
432  makeclean()  makeclean()
433  {  {
434      # makeclean directory      # makeclean directory
435        if test "x$NOGENMAKE" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
436      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
437          echo "make Clean skipped!"          echo "make Clean skipped!"
438      else      else
# Line 376  makeclean() Line 440  makeclean()
440              cd $1;              cd $1;
441              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
442              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
443                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
444                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
445                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
446                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
447                      tail make.log                      tail make.tr_log
448                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
449                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
450                      return 1                      return 1
451                  fi                  fi
452                  echo successful 1>&2                  echo successful
453              else              else
454                  echo ''                  echo ''
455              fi              fi
# Line 400  run_clean() Line 464  run_clean()
464      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
465          echo "run_clean skipped!"          echo "run_clean skipped!"
466      else      else
467          (        (
468              cd $1;          cd $1;
469              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1          printf 'clean run-dir ... '
470              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"          # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
471              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;          find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
472              find . -name "*.data" -exec rm {} \;          find . -name "*.data" -exec rm {} \;
473              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;          find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
474              find . -type l -exec rm {} \;          find . -type l -exec rm {} \;
475              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime          #- should remove executable only if sym-link (already done above)
476              rm -rf mnc_test_*          rm -f $RUNLOG *.txt STDOUT.* STDERR.* *diagnostics.log *.[0-9][0-9][0-9][0-9].log
477              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000          rm -f datetime costfinal divided.ctrl snapshot* output_adm.*.diva_*
478              echo successful 1>&2          rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
479              exit 0          rm -f oad_cp.[0-9][0-9][0-9].?????
480          )          rm -rf mnc_test_*
481            echo successful
482            exit 0
483          )
484      fi      fi
485  }  }
486    
# Line 425  makedependmodel() Line 492  makedependmodel()
492      else      else
493          (          (
494              cd $1;              cd $1;
495              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
496              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
497              RETVAL=$?              RETVAL=$?
498              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
499                  tail make.log                  tail make.tr_log
500                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
501                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
502                  return 1                  return 1
503              else              else
504                  echo successful 1>&2                  echo successful
505              fi              fi
506          )          )
507      fi      fi
# Line 444  makemodel() Line 511  makemodel()
511  {  {
512      # makemodel directory      # makemodel directory
513      (      (
514        mk_fail=0
515        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
516            cd $1;
517            if test -x $EXECUTABLE ; then
518                echo "make skipped!"
519            else
520                echo "no executable!"
521                mk_fail=3
522            fi
523        else
524          cd $1;          cd $1;
525          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
526              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
527              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$REPLMAKE" = x ; then
528                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
529              elif test "x$OADM" = xt ; then              else
530                  $MAKE adAll >> make.log 2>&1                  $REPLMAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
             else  
                 if test "x$JOBS" = x ; then  
                     $MAKE >> make.log 2>&1  
                 else  
                     $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1  
                 fi  
531              fi              fi
532              RETVAL=$?              RETVAL=$?
533              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
534                  tail make.log                  tail make.tr_log
535                  echo failed 1>&2                  echo failed
536                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
537                  return 1                  tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
538                    rm -f $EXECUTABLE
539                    mk_fail=1
540              else              else
541                  echo successful 1>&2                  echo successful
542              fi              fi
543            else
544                echo "no Makefile !"
545                mk_fail=2
546          fi          fi
547        fi
548        if test $KIND = 1 -a -f taf_ftl.log ; then
549            head -1 taf_ftl.log >> $CDIR"/summary.txt"
550        fi
551        if test $KIND = 2 -a -f taf_ad.log ; then
552            head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
553            nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
554            nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
555            if test -f taf_output ; then
556                n2er=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_output`
557                n3er=`grep -c '\*ERROR\* ' taf_output`
558                nerr=`expr $nerr + $n2er + $n3er`
559            fi
560            echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
561                                    >> $CDIR"/summary.txt"
562        fi
563        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
564      )      )
565  }  }
566    
567    mk_mpi_size()
568    {
569        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb threads_Nb_X threads_Nb_Y
570        #
571        #  make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
572        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
573        #  ensure that enough tiles per proc (nSx,nSy) remain for the given
574        #     number of threads (nTx,nTy) ;
575        #  return the effective number of processors.
576    
577        inp=$1
578        out=$2
579        np=$3
580        tx=$4
581        ty=$5
582        tmp=TTT.$$
583    
584        # dirX : select with direction to favor in MPI process repartition
585        #   dirX=1 : prefer to put more proc in X direction
586        #   dirX=0 : prefer to put more proc in Y direction
587        dirX=0
588    
589        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
590        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
591        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
592        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
593    
594        #- for each direction, assume # of threads is a multiple of total number of tiles
595        nx=$px
596        if [ `expr $sx % $tx` -ne 0 -a `expr $sx \* $px % $tx` -eq 0 ] ; then
597            nx=`expr $sx \* $px / $tx`
598            if [ $verbose -gt 1 ]; then
599                echo " change px from $px to $nx to accommodate $tx threads"
600            fi
601        fi
602        ny=$py
603        if [ `expr $sy % $ty` -ne 0 -a `expr $sy \* $py % $ty` -eq 0 ] ; then
604            ny=`expr $sy \* $py / $ty`
605            if [ $verbose -gt 1 ]; then
606                echo " change py from $py to $ny to accommodate $ty threads"
607            fi
608        fi
609        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
610        pp=0
611        i=1
612        while [ $i -le $nx ] ; do
613          if [ `expr $nx % $i` -eq 0 ] ; then
614            j=1
615            while [ $j -le $ny ] ; do
616              if [ `expr $ny % $j` -eq 0 ] ; then
617                ij=`expr $i \* $j`
618                if [ $ij -gt $pp ] ; then
619                    flag=1
620                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
621                    flag=$dirX
622                else
623                    flag=0
624                fi
625                if test $flag = 1 ; then
626                  if [ $ij -le $np ] ; then
627                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
628                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
629                  fi
630                fi
631              fi
632              j=`expr $j + 1`
633            done
634          fi
635          i=`expr $i + 1`
636        done
637    
638        #- create new SIZE.h type file:
639        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
640        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
641        if [ $verbose -gt 1 ]; then
642            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
643        fi
644        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
645        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
646        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
647        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
648        rm -f $tmp
649        return $pp
650    }
651    
652  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
653  {  {
654      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 479  symlink_mpifiles() Line 657  symlink_mpifiles()
657    
658      dir=$1      dir=$1
659      code_dir=$2      code_dir=$2
660      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
661      CODE_DIR=$dir/$code_dir  
       
662      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
663      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
664    
665      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
666      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
667          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
668          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
669          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
670              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
671              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
672              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
673              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
674              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
675                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
676                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
677                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
678                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
679                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
680                        rm -f $build_dir/$name
681                  fi                  fi
682              fi              fi
683          done          else
684      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
685                    # dir so long as there is no real file in place
686                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
687                RETVAL=$?
688                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
689                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
690                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
691                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
692                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
693                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
694                    fi
695                fi
696            fi
697        done
698  }  }
699    
700  linkdata()  linkdata()
# Line 527  linkdata() Line 705  linkdata()
705      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
706          (          (
707              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
708              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`              echo 'linkdata from dirs:' $*
709                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
710              for xx in $inpMPI ; do              for xx in $inpMPI ; do
711                if test -r "../"$1"/"$xx ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
712                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
713                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
714                  if test "x$MPI" = "xt" ; then                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
715                  # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file                      # not mpi test: remove symbolic link
716                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
                     if test ! -r $yy ; then  
                         ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;  
                         printf "$xx " 1>&2  
                     fi  
717                  else                  else
718                  # not mpi test: remove symbolic link                      # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
719                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
720                        if test ! -r $yy ; then
721                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
722                            printf " $xx" 1>&2
723                        fi
724                  fi                  fi
725                fi                fi
726              done              done
# Line 550  linkdata() Line 729  linkdata()
729                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
730                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
731                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
732                      if test ! -r eedata ; then                      if test ! -r eedata ; then
733                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
734                          printf 'eedata.mth ' 1>&2                          printf ' eedata.mth' 1>&2
735                      fi                      fi
736                  else                  else
737                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
# Line 562  linkdata() Line 741  linkdata()
741              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
742              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
743                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
744                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
745                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
746                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
747                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 572  linkdata() Line 751  linkdata()
751                              fi                              fi
752                          fi                          fi
753                      done                      done
754                        printf ' ;' 1>&2
755                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
756                          "../"$ldir"/"prepare_run                          "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
757                        else
758                            echo '' 1>&2
759                      fi                      fi
                     printf ' ; ' 1>&2  
760                  fi                  fi
761                  prevDir=$ldir                  prevDir=$ldir
762              done              done
# Line 587  runmodel() Line 768  runmodel()
768  {  {
769      # runmodel directory      # runmodel directory
770      #      #
771      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
772      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
773      (      (
774          cd $1          cd $1
775          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
776          # make output.txt          if test "x$MPI" != x0 ; then
777          echo              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
778          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
779              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
780              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
781                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
782                fi
783                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
784            fi
785            if test -L $EXECUTABLE ; then
786              if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
787                cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
788                outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
789              else rm -f $EXECUTABLE
790              fi
791          fi          fi
792          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
793              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
794              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
795          fi          fi
796          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
797                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
798                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
799                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
800                  RETVAL=8              RETVAL=8
801                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
802          else          else
803              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
804                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
805                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
806                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
807                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1          #- Divided Adjoint Run:
808                  RETVAL=$?          #  get the number of additional runs (add_DIVA_runs) from file "run_ADM_DIVA"
809              else              if test $KIND = 2 -a -f run_ADM_DIVA ; then
810                  RETVAL=0                adm_diva_nb=`sed -n '/^ *add_DIVA_runs\>.*=/p' run_ADM_DIVA | sed 's/ //g'`
811                  if test -f $RUNLOG ; then                echo " Divided Adjoint Run: $adm_diva_nb" >> $RUNLOG
812                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                eval "let $adm_diva_nb"
813                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                if [ $add_DIVA_runs -ge 1 ] ; then
814                  else                  rm -f costf* divided.ctrl snapshot*
815                      touch $RUNLOG                  echo -n "(add_DIVA_runs=$add_DIVA_runs) ... "
816                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                  for ii in `seq 1 $add_DIVA_runs` ; do
817                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
818                      echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1                    echo " additional DIVA run # $ii : done" >> $RUNLOG
819                  fi                    mv -f $OUTPUTFILE ${OUTPUTFILE}.diva_${ii}
820                    done
821                  fi
822                fi
823            #- special DIVA processing ends here
824                ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
825                RETVAL=$?
826                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
827                if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
828                    find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
829                    find . -name "*.data" -exec rm {} \;
830                    rm -rf mnc_test_*
831              fi              fi
832              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            else
833                RETVAL=0
834                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
835                touch $RUNLOG
836                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
837                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
838              fi
839          fi          fi
840          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
841          #if test "x$RETVAL" = x0 ; then          #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE and time
842            if test -f $OUTPUTFILE ; then
843              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
844                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
845              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE \
846                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
847            fi
848            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
849          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
850              tail $RUNLOG              echo successful
851              echo successful 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
852              # === Reduce the size of the testing emails!              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
853              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE              return 0
854              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
855                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
856                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
857                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
858                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
859              return 0              return 0
860          else          else
861              tail $RUNLOG              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
862              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
863                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
864              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
865              return 1              return 1
866          fi          fi
867      )      )
# Line 692  EOF Line 911  EOF
911          return 0          return 0
912      else      else
913          echo          echo
914          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
915          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
916          exit 1          exit 1
917      fi      fi
# Line 711  formatresults() Line 930  formatresults()
930      printf '%3s' $listPrt      printf '%3s' $listPrt
931  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
932  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
933        
934      if [ $xx = '..' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
935          printf ' N/O '          printf ' N/O '
936      elif [ $xx = '--' ]; then      elif [ $xx = '--' ]; then
# Line 726  formatresults() Line 945  formatresults()
945          fi          fi
946      fi      fi
947      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
948        if test $KIND = 2 ; then
949            #-- apppend taf repport summary:
950            tafrep=`grep -c '^ TAF reports ' $CDIR/summary.txt`
951            if test $tafrep = 1 ; then
952                grep '^ TAF reports ' $CDIR/summary.txt | awk '{printf "  (e=%i, w=%i)",$3,$6}'
953            fi
954        fi
955      printf '\n'      printf '\n'
956        
957  }  }
958    
959  scandirs()  scandirs()
960  {  {
961      if [ $# -eq 1 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
962          for arg in * ; do          for arg in * ; do
963              test -f $arg/$1 && echo $arg             #test -f $arg/$1 && echo $arg
964                test -f $arg/$1 -o -f $arg/$1.gz && echo $arg
965          done          done
966      else      else
967          echo $*          echo $*
# Line 744  scandirs() Line 971  scandirs()
971    
972  check_eedata()  check_eedata()
973  {  {
974      # check_eedata size.h eedata      # check_eedata eedata size.h
975      if [ $# -eq 2 ] ; then      if [ $# -eq 2 ] ; then
976        if test -f $1 -a -f $2 ; then       if test -f $1 -a -f $2 ; then
977        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`        nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
978        nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`        sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
979        if test "x$nx" = x ; then        if test "x$nx" = x ; then
980          rx=10          rx=10
981        else        else
982          rx=`expr $sx % $nx`          rx=`expr $sx % $nx`
983        fi        fi
984        sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`        ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
985        ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`        sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
986        if test "x$ny" = x ; then        if test "x$ny" = x ; then
987          ry=20          ry=20
988        else        else
989          ry=`expr $sy % $ny`          ry=`expr $sy % $ny`
990        fi        fi
991        echo `expr $rx + $ry`        echo `expr $rx + $ry`
992      else       else
993        echo '-1'        echo '-1'
994        fi       fi
995        elif [ $# -eq 1 ] ; then
996         if test -f $1 ; then
997          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
998          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
999          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
1000          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
1001         #echo $nx $ny
1002          echo $nx
1003         else
1004          echo '-1'
1005         fi
1006      else      else
1007        echo '-2'        echo '-2'
1008      fi      fi
# Line 777  check_eedata() Line 1015  check_eedata()
1015  #  Default properties  #  Default properties
1016  debug=0  debug=0
1017  verbose=1  verbose=1
1018  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
1019    
1020  IEEE=true  OptLev=1
 if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  
     IEEE=$MITGCM_IEEE  
 fi  
1021  GSL=f  GSL=f
1022    
1023  CLEANUP=f  CLEANUP=f
1024    NORUN=f
1025  QUICK=f  QUICK=f
1026    NOMAKE=f
1027  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
1028  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
1029  NODEPEND=f  NODEPEND=f
1030  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
1031    
1032  BASH=  BASH=
1033  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 800  SKIPDIRS= Line 1037  SKIPDIRS=
1037  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
1038  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
1039  MPACK=  MPACK=
1040    SENDCMD=
1041    SAVDIR='.'
1042  COMMAND=  COMMAND=
1043    MKDEPEND=
1044  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
1045      MAKE=make      MAKE=make
1046  fi  fi
1047    REPLMAKE=
1048  if test "x$CC" = x ; then  if test "x$CC" = x ; then
1049      CC=cc      CC=cc
1050  fi  fi
1051  JOBS=  JOBS=
1052  MPI=f  TARG=
1053    MPI=0
1054    MPI_MFILE=
1055  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
1056  OUTDIR=  OUTDIR=
1057  DELDIR=  DELDIR=
1058    USE_R4=
1059    EXTRFLG=
1060    
1061  ADM=  #- type of testing (KIND):
1062  OADM=  #   KIND=0 : forward (= default) ;  KIND=1 : Tangent Linear with TAF ;
1063    #   KIND=2 : Adjoint with TAF ;     KIND=4 : Adjoint with OpenAD
1064    KIND=0
1065    
1066  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
1067  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
1068    
1069  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=10
1070    
1071  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
1072    
# Line 834  for ac_option ; do Line 1081  for ac_option ; do
1081      fi      fi
1082    
1083      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
1084        
1085      case $ac_option in      case $ac_option in
1086                    
1087          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
1088              usage ;;  
1089                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
1090          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
1091              ac_prev=OPTFILE ;;  
1092          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
1093              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
1094                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
1095          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
1096              ac_prev=ADDRESSES ;;  
1097          -addr=* | --addr=*)          -send | --send ) ac_prev=SENDCMD ;;
1098              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -send=* | --send=* ) SENDCMD=$ac_optarg ;;
1099          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -savdir | --savdir | -sd | --sd ) ac_prev=SAVDIR ;;
1100              ac_prev=MPACKDIR ;;          -savdir=* | --savdir=* | -sd=* | --sd=* ) SAVDIR=$ac_optarg ;;
1101          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
1102              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
1103            -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
1104          -tdir | --tdir | -t | --t)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
1105              ac_prev=TESTDIRS ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
1106          -tdir=* | --tdir=*)  
1107              TESTDIRS=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1108            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1109          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)  
1110              ac_prev=SKIPDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1111          -skipdir=* | --skipdir=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1112              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;  
1113            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1114          -bash | --bash | -b | --b)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1115              ac_prev=BASH ;;  
1116          -bash=* | --bash=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1117              BASH=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1118    
1119          -command | --command | -c | --c)          -repl_mk | --repl_mk ) ac_prev=REPLMAKE ;;
1120              ac_prev=COMMAND ;;          -repl_mk=* | --repl_mk=*) REPLMAKE=$ac_optarg ;;
1121          -command=* | --command=*)  
1122              COMMAND=$ac_optarg ;;          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1123            -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1124          -make | --make | -m | --m)  
1125              ac_prev=MAKE ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1126          -make=* | --make=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
1127    
1128          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1129          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1130    
1131          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1132          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1133    
1134          -clean | --clean)          -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1135              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;          -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1136    
1137          -quick | --quick | -q | --q)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             QUICK=t ;;  
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
1138    
1139          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1140              POSTCLEAN=t ;;          -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1141            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1142            -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1143            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1144            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1145            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1146    
1147            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1148            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1149    
1150            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1151            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1152            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1153    
1154          -mpi) MPI=t ;;          -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1155            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1156    
1157          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1158    
1159          -adm | -ad) ADM=t ;;          -tlm) if test $KIND = 0 ; then KIND=1 ; else
1160                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1161          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;                fi ;;
1162            -adm | -ad) if test $KIND = 0 ; then KIND=2 ; else
1163          -ieee) IEEE=true ;;                  echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1164          -noieee) IEEE= ;;                fi ;;
1165          -gsl) GSL=t ;;          -oad) if test $KIND = 0 ; then KIND=4 ; NODEPEND=t ; else
1166                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1167                  fi ;;
1168    
1169            -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1170                     printf " ... " ;;
1171            -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1172                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1173            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1174            -devel) OptLev=0 ;;
1175            -gsl) GSL=t ;;
1176    
1177          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1178          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 928  for ac_option ; do Line 1180  for ac_option ; do
1180    
1181          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1182    
1183          -ts) TS=t;;          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1184    
1185            -ts) TS=t;;
1186          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
   
1187          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1188    
1189          -*)          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1190              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              usage ;;
1191              usage          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1192              ;;              usage ;;
1193            
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
           
1194       esac       esac
1195        
1196  done  done
1197    
1198  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 954  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1201  if test "x$QUICK" = xt ; then
1201      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1202  fi  fi
1203    
1204    #- check length of MPI machine file:
1205    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1206        if test -r $MPI_MFILE ; then
1207            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1208            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1209              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1210              usage
1211            fi
1212            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1213                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1214            fi
1215        else
1216              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1217              usage
1218        fi
1219    fi
1220    
1221  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1222  if test "x$ADM" = xt ; then  if test $KIND = 1 ; then
1223        TARG=ftlall
1224        code_dir=code_ad
1225        inputdir=input_ad
1226        ref_outp="output_tlm.txt"
1227        EXECUTABLE="mitgcmuv_ftl"
1228    elif test $KIND = 2 ; then
1229        if test "x$TARG" = xobj ; then TARG=adobj ; else TARG=adall ; fi
1230      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
1231      inputdir=input_ad      inputdir=input_ad
1232      ref_outp="output_adm.txt"      ref_outp="output_adm.txt"
1233      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1234  elif test "x$OADM" = xt ; then  elif test $KIND = 4 ; then
1235        TARG=adAll
1236      code_dir=code_oad      code_dir=code_oad
1237      inputdir=input_oad      inputdir=input_oad
1238      ref_outp="output_oadm.txt"      ref_outp="output_oadm.txt"
1239      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1240  else  else
1241        if test "x$JOBS" != x ; then TARG="-j $JOBS $TARG" ; fi
1242      code_dir=code      code_dir=code
1243      inputdir=input      inputdir=input
1244      ref_outp="output.txt"      ref_outp="output.txt"
1245      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
1246  fi  fi
1247    
1248    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1249  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1250      LIST=`scandirs results/$ref_outp`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1251    elif test $xx = 'start_from' ; then
1252        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1253        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1254  else  else
1255      #- expand group of experiments:      #- expand group of experiments:
1256      LIST=" "      LIST=" "
# Line 988  else Line 1265  else
1265                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1266          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1267        esac        esac
1268      done      done
1269  fi  fi
1270  #echo 'LIST='${LIST}'<'  #echo 'LIST='${LIST}'<'
1271  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
# Line 1005  do Line 1282  do
1282              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1283          fi          fi
1284      else      else
1285          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1286          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1287          fi          fi
1288      fi      fi
1289  done  done
1290  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1291  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1292    
# Line 1017  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1294  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1294      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1295  fi  fi
1296    
1297  RUNLOG="run.log"  LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1298  OUTPUTFILE=$ref_outp  RUNLOG="run.tr_log"
1299  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$MPI" = x0 ; then
1300      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"    OUTPUTFILE=$ref_outp
1301  fi    if test "x$COMMAND" = x ; then COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE" ; fi
1302  if test "x$MPI" = xt ; then  else
1303      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"    OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1304      if test "x$COMMAND" = x ; then COMMAND="mpirun -v -np TR_NPROC ./$EXECUTABLE" ; fi
1305  fi  fi
1306    
1307  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"  echo "OK (COMMAND='$COMMAND')"
1308    
1309    TMP=./tr_$$
1310    #- try to put temporary files in system-local /tmp dir
1311    #TMP=/tmp/tr_$$
1312    #touch $TMP ; retVal=$?
1313    #if [ $retVal -eq 0 ] ; then
1314    #  if test ! -r $TMP ; then TMP=./tr_$$ ; fi
1315    #else
1316    #  TMP=./tr_$$
1317    #fi
1318    #rm -f $TMP
1319    #if [ $verbose -gt 1 ]; then echo " temp files: $TMP" ; fi
1320    
1321  # set the Default List of output variables to be checked:  # set the Default List of output variables to be checked:
1322  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1323  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1324  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1325  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 1 ; then
1326        DEF_CHECK_LIST='tlmGrd tlmCst tlmGrd fwdGrd'
1327        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1328        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1329    elif test $KIND = 2 -o $KIND = 4 ; then
1330        DEF_CHECK_LIST='AdGrd Cost AdGrd FDGrd'
1331        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1332        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1333    else
1334      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1335      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1336      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1337      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1338      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
 else  
     DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'  
     EMPTY_RESULTS='.. ..'  
     LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`  
1339  fi  fi
1340    
1341  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1342  createcodelet  if test "x$CLEANUP" = xt -o -x tr_cmpnum ; then
1343        echo "skipping comparison code build"
1344    else
1345        createcodelet
1346    fi
1347    
1348  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1349  if test "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x -o "x$SENDCMD" != x ; then
1350      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1351  else  else
1352      build_mpack      build_mpack
1353        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then SENDCMD=$MPACK ; fi
1354  fi  fi
1355    
1356  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1357  CMDLINE=$0  CMDLINE=$0
1358  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1359      if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"      if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx" ; else
1360                          else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi        nb=`echo $xx | grep -c '='`
1361          if test $nb = 0 ; then CMDLINE="$CMDLINE '$xx'"
1362          else yy=`echo "$xx'" | sed "s/=/='/"` ;
1363                                 CMDLINE="$CMDLINE $yy" ; fi
1364        fi
1365  done  done
 #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done  
1366  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1367  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1368  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
# Line 1068  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_" Line 1370  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1370  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1371      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1372  else  else
1373      short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`     #short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1374        short_name=`hostname -s | tr '[:upper:]' '[:lower:]'`
1375      BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1376  fi  fi
1377  DNUM=0  DNUM=0
# Line 1105  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1408  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1408          echo >> $SUMMARY          echo >> $SUMMARY
1409          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1410      else      else
1411          echo | tee $SUMMARY          echo | tee -a $SUMMARY
1412          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee -a $SUMMARY
1413          exit 1          exit 1
1414      fi      fi
1415  else  else
1416      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1417      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1418      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1419  fi  fi
1420  echo  echo
1421  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1422  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 0 ; then
1423      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      line_0=`printf '%s %2i' 'default' $MATCH_CRIT`
     then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi  
1424         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
 #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"  
1425      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1426      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="e p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1427      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="n n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1428      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1429      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1430          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
# Line 1133  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1433  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1433          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1434          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
1435      done      done
1436    else
1437        line_0=`printf '%s %2i' 'default   ' $MATCH_CRIT`
1438      if test $KIND = 1 ; then
1439       #echo "TANGLIN=true" >> $SUMMARY
1440        echo "TangLin generated by TAF" >> $SUMMARY
1441      elif test $KIND = 3 ; then
1442        echo "TangLin generated by OpenAD" >> $SUMMARY
1443      elif test $KIND = 2 ; then
1444       #echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1445        echo "Adjoint generated by TAF" >> $SUMMARY
1446      else
1447        echo "Adjoint generated by OpenAD" >> $SUMMARY
1448      fi
1449      if test $KIND = 1 -o $KIND = 3 ; then
1450        line_1="G D M    C  T  F"
1451        line_2="e p a R  o  L  D"
1452      else
1453        line_1="G D M    C  A  F"
1454        line_2="e p a R  o  d  D"
1455      fi
1456        line_3="n n k u  s  G  G"
1457        line_4="2 d e n  t  r  r"
1458        echo >> $SUMMARY
1459    fi
1460    if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1461      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1462      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1463      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1464      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1465      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1466      echo " "       | tee -a $SUMMARY      echo ""        | tee -a $SUMMARY
 else  
     echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY  
     echo >> $SUMMARY  
     if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;  
     then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi  
     echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY  
     cat << EOF | tee -a $SUMMARY  
 G D M    C  G  
 E p a R  o  r  
 N n k u  s  a  
 2 d e n  t  d  
   
 EOF  
1467  fi  fi
1468    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1469    
1470  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1471  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1472        
1473      # set builddir & rundir:      # set builddir & rundir:
1474      builddir="build"      builddir="build"
1475      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1476      rundir="run"      rundir="run"
1477        pfxdir="tr_$rundir"
1478      if test ! -d $dir/$rundir ; then      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1479          rundir=$builddir          rundir=$builddir
1480      fi      fi
# Line 1172  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1485  for dir in $TESTDIRS ; do
1485      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1486          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1487          makeclean $BUILD_DIR          makeclean $BUILD_DIR
1488            (   cd $BUILD_DIR
1489                rm -f $EXECUTABLE *.bak
1490                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1491                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1492                rm -rf mpi_headers
1493            )
1494          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1495              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1496              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1497          fi          fi
1498          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1499          ttd=`echo $trdir | wc -w`          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1500          if test $ttd != 0 ; then          if test $ttd != 0 ; then
1501              echo '  --- rm dir:' $trdir              echo '  --- rm dir:' $trdir
# Line 1185  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1504  for dir in $TESTDIRS ; do
1504          continue          continue
1505      fi      fi
1506    
1507      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1508      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1509      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1510      if test ! -r $fout ; then     #if test ! -r $fout ; then
1511        if test ! -r $fout -a ! -r ${fout}.gz ; then
1512          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1513          continue          continue
1514      fi      fi
1515    
1516      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1517    
1518      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1519          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1520          continue          continue
1521      fi      fi
# Line 1203  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1523  for dir in $TESTDIRS ; do
1523          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1524          continue          continue
1525      fi      fi
1526      if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then  
1527        retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1528        if test $retv != 0 ; then          ntx=1 ; nty=1
1529          echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1530          continue            ff=$dir"/input/eedata.mth"
1531        fi            ntx=`grep "^ *nTx *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
1532              nty=`grep "^ *nTy *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
1533              if test "x$ntx" = x ; then ntx=1 ; fi
1534              if test "x$nty" = x ; then nty=1 ; fi
1535            fi
1536            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1537            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $ntx $nty
1538            LOC_NPROC=$?
1539            (   cd $BUILD_DIR
1540                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1541                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1542                else RETVAL=1
1543                fi
1544                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1545                    rm -f tr_size.mpi
1546                else
1547                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1548                fi
1549            )
1550            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1551                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1552                rm -f $LOC_MFILE
1553                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1554                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1555                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1556                    rm -f $LOC_MFILE
1557                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1558                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1559                fi
1560                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1561                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1562                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1563                fi
1564            fi
1565            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1566                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1567                if test $retv != 0 ; then
1568                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1569                    continue
1570                fi
1571            fi
1572      fi      fi
1573    
1574      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1575      extra_runs=      extra_runs=
1576      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`      if test "x$NORUN" = xf ; then
1577            ex_run_dirs=`( cd $dir ; ls -d $inputdir.* 2> /dev/null )`
1578        fi
1579      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1580      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1581          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1582          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1583          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1584          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -r $outf -o -r ${outf}.gz ; then
1585            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1586              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1587                if test "x$MPI" = "xt" ; then                if test "x$MPI" = "x0" ; then
1588                  retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`                  extra_runs="$extra_runs $name"
1589                  else
1590                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1591                  if test $retv = 0 ; then                  if test $retv = 0 ; then
1592                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1593                  else                  else
1594                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1595                  fi                  fi
               else  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
1596                fi                fi
1597              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1598              fi              fi
# Line 1240  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1602  for dir in $TESTDIRS ; do
1602          fi          fi
1603      done      done
1604    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1605      echo      echo
1606      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1607         echo "Experiment:  $dir"          echo "Experiment:  $dir"
1608      else      else
1609         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"          echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1610      fi      fi
1611      echo      echo
1612      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1613      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1614    
1615      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1616      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1617      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1618      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      #- report to this experiment local summary file ---
1619            echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1620      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1621          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1622          makeclean $dir/$builddir \      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1623              && run_clean $dir/$rundir  
1624        if test "x$NORUN" = xt ; then
1625                run=N
1626            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1627                && makeclean $dir/$builddir \
1628                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1629                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1630                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1631      else      else
1632          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1633              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1634              && run_clean $dir/$rundir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
             && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \  
1635              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1636              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1637              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \              && run_clean $dir/$rundir \
1638                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1639              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1640              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1641      fi      fi
1642            #echo "results='$results'"
1643      echo  
1644          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1645          echo          echo 1>&2
1646          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1647          touch $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         if test "x$ADM" = xt ; then  
             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                                 >> $CDIR"/summary.txt"  
         fi  
1648    
1649          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1650              unset run              unset run
1651              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1652              #  reference output file              #  reference output file
1653              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1654              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1655              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1656              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1657              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              #- report to this experiment local summary file ---
1658              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1659              run_clean $dir/tr_run.$ex              #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1660              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input              #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1661              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1662              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1663              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1664              fres="$fres.$ex"              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1665              echo              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1666                && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1667                fres=`formatresults $dir.$ex ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1668                echo 1>&2
1669              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1670              touch $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1671              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1672              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
             echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             if test "x$ADM" = xt ; then  
                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \  
                                    >> $CDIR"/summary.txt"  
             fi  
             if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then  
                 run_clean $dir/tr_run.$ex  
1673              fi              fi
1674          done          done
1675    
1676        if test ! -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then
1677            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1678                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1679                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1680                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1681                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1682                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1683                    eval $mkOpt
1684                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1685                            $SUMMARY > tmp.tr_log
1686                    RETVAL=$?
1687                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1688                        cp -f tmp.tr_log $SUMMARY
1689                    fi
1690                    rm -f tmp.tr_log
1691                fi
1692                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1693                if test -r $gmkLog ; then
1694                    grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1695                    RETVAL=$?
1696                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1697                      echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1698                      echo "extract compiler version:"   >> $DRESULTS/genmake_state
1699                      sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' \
1700                         $gmkLog | grep -v '^... compiler version ' > tmp.tr_log
1701                      sed -n '1p' tmp.tr_log >> $DRESULTS/genmake_state
1702                      sed -n '2,/^$/p' tmp.tr_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1703                                             >> $DRESULTS/genmake_state
1704                      rm -f tmp.tr_log
1705                    fi
1706                    echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1707                    echo "get NETCDF & LAPACK settings:" >> $DRESULTS/genmake_state
1708                    sed -n '/set HAVE_NETCDF=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1709                    sed -n '/set HAVE_LAPACK=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1710                fi
1711            fi
1712        fi
1713      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1714      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1715          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1716              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1717      fi      fi
1718            if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1719    
1720      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1721        
1722  done  done
1723    
1724  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
# Line 1342  date >> $SUMMARY Line 1731  date >> $SUMMARY
1731  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1732      echo "No results email was sent."      echo "No results email was sent."
1733  else  else
1734      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$SENDCMD" != x ; then
1735          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          if [ $verbose -gt 1 ]; then
1736              && gzip $DRESULTS".tar" \             echo " run: $SENDCMD -s MITgcm-test -m 3555000 ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" $ADDRESSES"
1737              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES          fi
1738            tar -cf ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1739                && gzip ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" \
1740                && $SENDCMD -s MITgcm-test -m 3555000 ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" $ADDRESSES
1741          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1742          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1743              echo              echo
# Line 1358  else Line 1750  else
1750              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1751              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1752              echo              echo
1753                test -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" &&  rm -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar"
1754                test -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" &&  rm -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz"
1755          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1756      fi      fi
1757  fi  fi
1758    
1759  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1760        rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1761    fi
1762    
1763  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1764      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1765      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1766          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1767      fi      fi
1768      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1769  fi  fi
# Line 1377  fi Line 1771  fi
1771  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1772      rm -rf $DRESULTS      rm -rf $DRESULTS
1773  fi  fi
1774    echo "======== End of testreport execution ========"
Legend:
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