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revision 1.127 by jmc, Thu Jun 4 23:40:53 2009 UTC revision 1.196 by jmc, Sat Jan 25 18:29:03 2014 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14        echo " ---- type of test : ----"
15        echo "  (-tlm)                   perform a Tangent Linear run"
16        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
17        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
18      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
19      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
20      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
21      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
22        echo "  (-command|-c) STRING     command to run (e.g., if non-standard MPI setting)"
23        echo "                            DEF='mitgcmuv' or ='mpirun -np TR_NPROC mitgcmuv'"
24        echo " ---- testing options : ----"
25        echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
26        echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
27        echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
28        echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
29      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
30      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
31      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
     echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"  
     echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"  
     echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"  
     echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"  
32      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
33      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
34      echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
35        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
36        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
37      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
38      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
39      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
40        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
41        echo " ---- system options : ----"
42        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or \"sh\" shell"
43      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
44      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
45      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
46      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
     echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"  
     echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""  
47      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
48        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
49        echo " ---- output options : ----"
50        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
51        echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
52      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
53      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
54      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
55      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
56      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-send)       STRING     sending command (instead of using mpack)"
57      echo "                             (DEF=\"12\")"      echo "  (-savdir|-sd) STRING     location to save output tar file to send (DEF='$SAVDIR')"
58      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
59      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
60        echo " -- do only some parts: --"
61        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
62        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
63        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
64        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
65      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
66      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
67      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
68      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
69        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
70        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
71      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
     echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"  
     echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"  
     echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"  
72      echo      echo
73      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
74      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 104  testoutput_var() Line 122  testoutput_var()
122  {  {
123      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
124      #      #
125      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
126      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/$reference_output
127      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
128    
129      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
130          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
131      fi      fi
132      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
133          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > ${TMP}a.txt
134          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l ${TMP}a.txt | awk '{print $1}' `
135          if [ $lncntA -lt 2 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
136              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
137                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
138              fi              fi
139              return 99              rm -f ${TMP}a.txt ; return 99
140          fi          fi
141      else      else
142          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
143          return 99          return 99
144      fi      fi
145      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
146          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$5 1>&2
147      fi      fi
148      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > ${TMP}b.txt
149      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l ${TMP}b.txt | awk '{print $1}' `
150      if [ $lncntB -lt 2 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
151          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
152              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
153          fi          fi
154          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
155      fi      fi
156      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
157          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
158              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
159          fi          fi
160          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
161      fi      fi
162      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat ${TMP}a.txt | grep -i nan | wc -l`
163      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
164          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
165          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
166      fi      fi
167      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat ${TMP}a.txt | grep -i inf | wc -l`
168      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
169          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
170          return 99          rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ; return 99
171      fi      fi
172      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
173          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt 1>&2
174      fi      fi
175      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
176        join ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' | sed -e 's|:||g' > ${TMP}c.txt
177      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
178          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
179      fi      fi
180      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
181          cat tmp3.txt 1>&2          cat ${TMP}c.txt 1>&2
182      fi      fi
183      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> ${TMP}c.txt
184      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < ${TMP}c.txt`
     cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt  
     digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`  
185      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
186          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
187              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
# Line 175  testoutput_var() Line 192  testoutput_var()
192              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
193          fi          fi
194      fi      fi
195      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f ${TMP}a.txt ${TMP}b.txt ${TMP}c.txt
196        
197      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
198  }  }
199    
# Line 186  testoutput_run() Line 203  testoutput_run()
203      #      #
204      #  test output from 1 run in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
205  # --> same processing for adjoint & forward test  # --> same processing for adjoint & forward test
206          # default list of output variables to be checked:          # default list of output variables to be checked:
207          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
208          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
209          listChk=$DEF_CHECK_LIST          listChk=$DEF_CHECK_LIST
210          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
211          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
212          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
213          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
214          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
215                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
216          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
217          # check for ptracer output in reference_output file :          # set ref.outp file-name and, if compressed, uncompress it into subdir
218          outpref=$1/results/$3          refoutp=results/$3
219          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"          if test ! -r $1/results/$3 ; then
220          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"            if test -r $1/results/${3}.gz ; then
221          for ii in $PTRACERS_NUM ; do              tmpNam1=$3
222                tmpNam2=`echo $tmpNam1 | sed 's/\..*\././'`
223                if test "x$tmpNam1" = "x$tmpNam2" ; then
224                    tmpNam1=`echo $tmpNam2 | sed 's/\./.std./'`
225                fi
226                refoutp=$2/$tmpNam1
227                if [ $debug -gt 0 ]; then
228                    echo "testoutput_run: gunzip 'results/$3.gz' into '$refoutp'" 1>&2
229                fi
230                gzip -cd $1/results/${3}.gz > $1/$refoutp
231              else
232                echo "missing reference output file '$3' (.gz) in '$1/results/'"
233              fi
234            fi
235            # check for ptracer output in reference_output file :
236            if test $KIND = 0 ; then
237              ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
238              ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
239              for ii in $PTRACERS_NUM ; do
240              ptrfound=0              ptrfound=0
241              for jj in $ptr_mon ; do              for jj in $ptr_mon ; do
242                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
243                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`                  tst=`grep $name $1/$refoutp | wc -l | awk '{print $1}'`
244                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
245              done              done
246              if test $ptrfound = '1' ; then              if test $ptrfound = '1' ; then
247                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
248              else              else
249                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
               if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  
250                # remove this ptr from the list of output variable to check                # remove this ptr from the list of output variable to check
251                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
252                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
               fi  
253              fi              fi
254          #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2            # eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
255          done            done
256          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`          fi
257          if test $tst != 1 ; then          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
258            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2          if test $tst != 1 ; then
259                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
260            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
261          #- put it back once:            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
262            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`          #- put it back once:
263          fi            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
264            fi
265          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
266          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
267          allargs=""          #---
268          for xx in $listVar          allargs=""
269          do          for xx in $listVar
270            case $xx in          do
271              case $xx in
272             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
273                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
274                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $refoutp ; yy=$?
275                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
276            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  ref_cost_function" "ADM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
277            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;           'AdGrd') testoutput_var $1 "ADM  adjoint_gradient"  "ADM Ad Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
278             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'FDGrd') testoutput_var $1 "ADM  finite-diff_grad"  "ADM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
279             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;          'tlmCst') testoutput_var $1 "TLM  ref_cost_function" "TLM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
280             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;          'tlmGrd') testoutput_var $1 "TLM  tangent-lin_grad"  "TLM TL Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
281             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;          'fwdGrd') testoutput_var $1 "TLM  finite-diff_grad"  "TLM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
282             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
283             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
284             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
285             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
286             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
287             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
288             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
289             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
290             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
291             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
292             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
293             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
294               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
295               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
296               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
297               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
298          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
299             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
300          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
301             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
302          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
303             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
304          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
305             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
306           'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
307           'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
308           'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
309           'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
310           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
311           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
312           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
313           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
314           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
315           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
316           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
317           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
318          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;           'uSImn') testoutput_var $1 "seaice_uice_min"   "SIce Uice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
319          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSImx') testoutput_var $1 "seaice_uice_max"   "SIce Uice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
320          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSIav') testoutput_var $1 "seaice_uice_mean"  "SIce Uice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
321          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;           'uSIsd') testoutput_var $1 "seaice_uice_sd"    "SIce Uice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
322          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImn') testoutput_var $1 "seaice_vice_min"   "SIce Vice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
323          'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImx') testoutput_var $1 "seaice_vice_max"   "SIce Vice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
324                *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;           'vSIav') testoutput_var $1 "seaice_vice_mean"  "SIce Vice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
325            esac           'vSIsd') testoutput_var $1 "seaice_vice_sd"    "SIce Vice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
326            if test $xx = $sVar          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
327            then allargs="$allargs > $yy <"          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
328            else allargs="$allargs $yy"          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
329            fi          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Glob-ave"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
330          done          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South-av"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
331            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North-av"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
332            'HthMxS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_max_S" "thSIc H South-max" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
333            'HthMxN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_max_N" "thSIc H North-max" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
334            'StrmIc') testoutput_var $1 "STREAMICE_FP_ERR" "StreamIce Solver" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
335                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
336              esac
337              if test $xx = $sVar
338              then allargs="$allargs > $yy <"
339              else allargs="$allargs $yy"
340              fi
341            done
342    
343          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
344          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
345          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
346            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
347            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
348          else          else
349            echo $allargs            echo $allargs
350          fi          fi
351  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
352  }  }
353    
# Line 315  genmakemodel() Line 365  genmakemodel()
365          (          (
366              cd $1;              cd $1;
367              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
368              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
369                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
370              elif test "x$OADM" = xt ; then              fi
371                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"              if test $KIND = 4 ; then
372                    command="$command -oad -mods=../$code_dir"
373              else              else
374                  command="$command -mods=../code"                  command="$command -mods=../$code_dir"
375              fi              fi
376              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
377                  command="$command -optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
378              fi              fi
379              if test "x$IEEE" != x ; then              if test $OptLev = 1 ; then
380                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
381              fi              fi
382                if test $OptLev = 0 ; then
383                    command="$command -devel"
384                fi
385              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
386                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
387              fi              fi
388              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" != x0 ; then
389                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
390              fi              fi
391              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
392              #- run multi-threaded using OpenMP:              #- run multi-threaded using OpenMP:
393                  command="$command -omp"                  command="$command -omp"
394              fi              fi
395                if test "x$USE_R4" = xt ; then
396                    command="$command -use_r4"
397                fi
398                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
399                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
400                fi
401              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
402                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
403              fi              fi
404              if test "x$PAPIS" = xt ; then              if test "x$PAPIS" = xt ; then
405                  command="$command -papis"                  command="$command -papis"
406              else              else
407              if test "x$PCLS" = xt ; then              if test "x$PCLS" = xt ; then
408                  command="$command -pcls"                  command="$command -pcls"
409              fi              fi
410              fi              fi
411              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... '
412              # $command > make.log 2>&1              eval $command > genmake.tr_log 2>&1
             eval $command > make.log 2>&1  
413              RETVAL=$?              RETVAL=$?
414              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
415              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
416              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
417                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
418                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
419                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
420                  return 1                  return 1
421              else              else
422                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
423              fi              fi
424          )          )
425      fi      fi
# Line 369  genmakemodel() Line 428  genmakemodel()
428  makeclean()  makeclean()
429  {  {
430      # makeclean directory      # makeclean directory
431        if test "x$NOGENMAKE" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
432      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
433          echo "make Clean skipped!"          echo "make Clean skipped!"
434      else      else
# Line 376  makeclean() Line 436  makeclean()
436              cd $1;              cd $1;
437              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
438              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
439                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
440                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
441                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
442                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
443                      tail make.log                      tail make.tr_log
444                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
445                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
446                      return 1                      return 1
447                  fi                  fi
448                  echo successful 1>&2                  echo successful
449              else              else
450                  echo ''                  echo ''
451              fi              fi
# Line 400  run_clean() Line 460  run_clean()
460      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
461          echo "run_clean skipped!"          echo "run_clean skipped!"
462      else      else
463          (        (
464              cd $1;          cd $1;
465              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1          printf 'clean run-dir ... '
466              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"          # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
467              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;          find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
468              find . -name "*.data" -exec rm {} \;          find . -name "*.data" -exec rm {} \;
469              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;          find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
470              find . -type l -exec rm {} \;          find . -type l -exec rm {} \;
471              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime          #- should remove executable only if sym-link (already done above)
472              rm -rf mnc_test_*          rm -f $RUNLOG *.txt STDOUT.* STDERR.* *diagnostics.log *.[0-9][0-9][0-9][0-9].log
473              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000          rm -f datetime costfinal divided.ctrl snapshot* output_adm.*.diva_*
474              echo successful 1>&2          rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
475              exit 0          rm -f oad_cp.[0-9][0-9][0-9].?????
476          )          rm -rf mnc_test_*
477            echo successful
478            exit 0
479          )
480      fi      fi
481  }  }
482    
# Line 425  makedependmodel() Line 488  makedependmodel()
488      else      else
489          (          (
490              cd $1;              cd $1;
491              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
492              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
493              RETVAL=$?              RETVAL=$?
494              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
495                  tail make.log                  tail make.tr_log
496                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
497                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
498                  return 1                  return 1
499              else              else
500                  echo successful 1>&2                  echo successful
501              fi              fi
502          )          )
503      fi      fi
# Line 444  makemodel() Line 507  makemodel()
507  {  {
508      # makemodel directory      # makemodel directory
509      (      (
510        mk_fail=0
511        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
512            cd $1;
513            if test -x $EXECUTABLE ; then
514                echo "make skipped!"
515            else
516                echo "no executable!"
517                mk_fail=3
518            fi
519        else
520          cd $1;          cd $1;
521          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
522              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
523              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$REPLMAKE" = x ; then
524                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
525              elif test "x$OADM" = xt ; then              else
526                  $MAKE adAll >> make.log 2>&1                  $REPLMAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
             else  
                 if test "x$JOBS" = x ; then  
                     $MAKE >> make.log 2>&1  
                 else  
                     $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1  
                 fi  
527              fi              fi
528              RETVAL=$?              RETVAL=$?
529              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
530                  tail make.log                  tail make.tr_log
531                  echo failed 1>&2                  echo failed
532                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
533                  return 1                  tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
534                    rm -f $EXECUTABLE
535                    mk_fail=1
536              else              else
537                  echo successful 1>&2                  echo successful
538              fi              fi
539            else
540                echo "no Makefile !"
541                mk_fail=2
542          fi          fi
543        fi
544        if test $KIND = 1 -a -f taf_ftl.log ; then
545            head -1 taf_ftl.log >> $CDIR"/summary.txt"
546        fi
547        if test $KIND = 2 -a -f taf_ad.log ; then
548            head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
549            nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
550            nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
551            if test -f taf_output ; then
552                n2er=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_output`
553                n3er=`grep -c '\*ERROR\* ' taf_output`
554                nerr=`expr $nerr + $n2er + $n3er`
555            fi
556            echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
557                                    >> $CDIR"/summary.txt"
558        fi
559        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
560      )      )
561  }  }
562    
563    mk_mpi_size()
564    {
565        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb threads_Nb_X threads_Nb_Y
566        #
567        #  make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
568        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
569        #  ensure that enough tiles per proc (nSx,nSy) remain for the given
570        #     number of threads (nTx,nTy) ;
571        #  return the effective number of processors.
572    
573        inp=$1
574        out=$2
575        np=$3
576        tx=$4
577        ty=$5
578        tmp=TTT.$$
579    
580        # dirX : select with direction to favor in MPI process repartition
581        #   dirX=1 : prefer to put more proc in X direction
582        #   dirX=0 : prefer to put more proc in Y direction
583        dirX=0
584    
585        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
586        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
587        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
588        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
589    
590        #- for each direction, assume # of threads is a multiple of total number of tiles
591        nx=$px
592        if [ `expr $sx % $tx` -ne 0 -a `expr $sx \* $px % $tx` -eq 0 ] ; then
593            nx=`expr $sx \* $px / $tx`
594            if [ $verbose -gt 1 ]; then
595                echo " change px from $px to $nx to accommodate $tx threads"
596            fi
597        fi
598        ny=$py
599        if [ `expr $sy % $ty` -ne 0 -a `expr $sy \* $py % $ty` -eq 0 ] ; then
600            ny=`expr $sy \* $py / $ty`
601            if [ $verbose -gt 1 ]; then
602                echo " change py from $py to $ny to accommodate $ty threads"
603            fi
604        fi
605        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
606        pp=0
607        i=1
608        while [ $i -le $nx ] ; do
609          if [ `expr $nx % $i` -eq 0 ] ; then
610            j=1
611            while [ $j -le $ny ] ; do
612              if [ `expr $ny % $j` -eq 0 ] ; then
613                ij=`expr $i \* $j`
614                if [ $ij -gt $pp ] ; then
615                    flag=1
616                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
617                    flag=$dirX
618                else
619                    flag=0
620                fi
621                if test $flag = 1 ; then
622                  if [ $ij -le $np ] ; then
623                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
624                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
625                  fi
626                fi
627              fi
628              j=`expr $j + 1`
629            done
630          fi
631          i=`expr $i + 1`
632        done
633    
634        #- create new SIZE.h type file:
635        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
636        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
637        if [ $verbose -gt 1 ]; then
638            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
639        fi
640        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
641        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
642        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
643        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
644        rm -f $tmp
645        return $pp
646    }
647    
648  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
649  {  {
650      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 479  symlink_mpifiles() Line 653  symlink_mpifiles()
653    
654      dir=$1      dir=$1
655      code_dir=$2      code_dir=$2
656      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
657      CODE_DIR=$dir/$code_dir  
       
658      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
659      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
660    
661      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
662      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
663          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
664          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
665          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
666              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
667              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
668              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
669              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
670              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
671                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
672                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
673                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
674                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
675                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
676                        rm -f $build_dir/$name
677                  fi                  fi
678              fi              fi
679          done          else
680      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
681                    # dir so long as there is no real file in place
682                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
683                RETVAL=$?
684                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
685                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
686                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
687                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
688                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
689                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
690                    fi
691                fi
692            fi
693        done
694  }  }
695    
696  linkdata()  linkdata()
# Line 527  linkdata() Line 701  linkdata()
701      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
702          (          (
703              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
704              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`              echo 'linkdata from dirs:' $*
705                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
706              for xx in $inpMPI ; do              for xx in $inpMPI ; do
707                if test -r "../"$1"/"$xx ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
708                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
709                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
710                  if test "x$MPI" = "xt" ; then                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
711                  # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file                      # not mpi test: remove symbolic link
712                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
                     if test ! -r $yy ; then  
                         ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;  
                         printf "$xx " 1>&2  
                     fi  
713                  else                  else
714                  # not mpi test: remove symbolic link                      # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
715                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
716                        if test ! -r $yy ; then
717                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
718                            printf " $xx" 1>&2
719                        fi
720                  fi                  fi
721                fi                fi
722              done              done
# Line 550  linkdata() Line 725  linkdata()
725                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
726                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
727                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
728                      if test ! -r eedata ; then                      if test ! -r eedata ; then
729                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
730                          printf 'eedata.mth ' 1>&2                          printf ' eedata.mth' 1>&2
731                      fi                      fi
732                  else                  else
733                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
# Line 562  linkdata() Line 737  linkdata()
737              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
738              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
739                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
740                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
741                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
742                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
743                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 572  linkdata() Line 747  linkdata()
747                              fi                              fi
748                          fi                          fi
749                      done                      done
750                        printf ' ;' 1>&2
751                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
752                          "../"$ldir"/"prepare_run                          "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
753                        else
754                            echo '' 1>&2
755                      fi                      fi
                     printf ' ; ' 1>&2  
756                  fi                  fi
757                  prevDir=$ldir                  prevDir=$ldir
758              done              done
# Line 587  runmodel() Line 764  runmodel()
764  {  {
765      # runmodel directory      # runmodel directory
766      #      #
767      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
768      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
769      (      (
770          cd $1          cd $1
771          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
772          # make output.txt          if test "x$MPI" != x0 ; then
773          echo              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
774          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
775              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
776              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
777                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
778                fi
779                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
780            fi
781            if test -L $EXECUTABLE ; then
782              if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
783                cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
784                outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
785              else rm -f $EXECUTABLE
786              fi
787          fi          fi
788          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
789              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
790              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
791          fi          fi
792          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
793                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
794                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
795                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
796                  RETVAL=8              RETVAL=8
797                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
798          else          else
799              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
800                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
801                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
802                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
803                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1          #- Divided Adjoint Run:
804                  RETVAL=$?          #  get the number of additional runs (add_DIVA_runs) from file "run_ADM_DIVA"
805              else              if test $KIND = 2 -a -f run_ADM_DIVA ; then
806                  RETVAL=0                adm_diva_nb=`sed -n '/^ *add_DIVA_runs\>.*=/p' run_ADM_DIVA | sed 's/ //g'`
807                  if test -f $RUNLOG ; then                echo " Divided Adjoint Run: $adm_diva_nb" >> $RUNLOG
808                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                eval "let $adm_diva_nb"
809                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                if [ $add_DIVA_runs -ge 1 ] ; then
810                  else                  rm -f costf* divided.ctrl snapshot*
811                      touch $RUNLOG                  echo -n "(add_DIVA_runs=$add_DIVA_runs) ... "
812                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                  for ii in `seq 1 $add_DIVA_runs` ; do
813                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
814                      echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1                    echo " additional DIVA run # $ii : done" >> $RUNLOG
815                  fi                    mv -f $OUTPUTFILE ${OUTPUTFILE}.diva_${ii}
816                    done
817                  fi
818                fi
819            #- special DIVA processing ends here
820                ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
821                RETVAL=$?
822                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
823                if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
824                    find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
825                    find . -name "*.data" -exec rm {} \;
826                    rm -rf mnc_test_*
827              fi              fi
828              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            else
829                RETVAL=0
830                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
831                touch $RUNLOG
832                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
833                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
834              fi
835          fi          fi
836          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
837          #if test "x$RETVAL" = x0 ; then          #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE and time
838            if test -f $OUTPUTFILE ; then
839              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
840                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
841              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE \
842                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
843            fi
844            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
845          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
846              tail $RUNLOG              echo successful
847              echo successful 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
848              # === Reduce the size of the testing emails!              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
849              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE              return 0
850              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
851                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
852                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
853                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
854                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
855              return 0              return 0
856          else          else
857              tail $RUNLOG              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
858              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
859                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
860              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
861              return 1              return 1
862          fi          fi
863      )      )
# Line 692  EOF Line 907  EOF
907          return 0          return 0
908      else      else
909          echo          echo
910          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
911          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
912          exit 1          exit 1
913      fi      fi
# Line 711  formatresults() Line 926  formatresults()
926      printf '%3s' $listPrt      printf '%3s' $listPrt
927  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
928  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
929        
930      if [ $xx = '..' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
931          printf ' N/O '          printf ' N/O '
932      elif [ $xx = '--' ]; then      elif [ $xx = '--' ]; then
# Line 726  formatresults() Line 941  formatresults()
941          fi          fi
942      fi      fi
943      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
944        if test $KIND = 2 ; then
945            #-- apppend taf repport summary:
946            tafrep=`grep -c '^ TAF reports ' $CDIR/summary.txt`
947            if test $tafrep = 1 ; then
948                grep '^ TAF reports ' $CDIR/summary.txt | awk '{printf "  (e=%i, w=%i)",$3,$6}'
949            fi
950        fi
951      printf '\n'      printf '\n'
952        
953  }  }
954    
955  scandirs()  scandirs()
956  {  {
957      if [ $# -eq 1 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
958          for arg in * ; do          for arg in * ; do
959              test -f $arg/$1 && echo $arg             #test -f $arg/$1 && echo $arg
960                test -f $arg/$1 -o -f $arg/$1.gz && echo $arg
961          done          done
962      else      else
963          echo $*          echo $*
# Line 744  scandirs() Line 967  scandirs()
967    
968  check_eedata()  check_eedata()
969  {  {
970      # check_eedata size.h eedata      # check_eedata eedata size.h
971      if [ $# -eq 2 ] ; then      if [ $# -eq 2 ] ; then
972        if test -f $1 -a -f $2 ; then       if test -f $1 -a -f $2 ; then
973        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`        nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
974        nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`        sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
975        if test "x$nx" = x ; then        if test "x$nx" = x ; then
976          rx=10          rx=10
977        else        else
978          rx=`expr $sx % $nx`          rx=`expr $sx % $nx`
979        fi        fi
980        sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`        ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
981        ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`        sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
982        if test "x$ny" = x ; then        if test "x$ny" = x ; then
983          ry=20          ry=20
984        else        else
985          ry=`expr $sy % $ny`          ry=`expr $sy % $ny`
986        fi        fi
987        echo `expr $rx + $ry`        echo `expr $rx + $ry`
988      else       else
989        echo '-1'        echo '-1'
990        fi       fi
991        elif [ $# -eq 1 ] ; then
992         if test -f $1 ; then
993          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
994          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
995          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
996          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
997         #echo $nx $ny
998          echo $nx
999         else
1000          echo '-1'
1001         fi
1002      else      else
1003        echo '-2'        echo '-2'
1004      fi      fi
# Line 777  check_eedata() Line 1011  check_eedata()
1011  #  Default properties  #  Default properties
1012  debug=0  debug=0
1013  verbose=1  verbose=1
1014  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
1015    
1016  IEEE=true  OptLev=1
 if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  
     IEEE=$MITGCM_IEEE  
 fi  
1017  GSL=f  GSL=f
1018    
1019  CLEANUP=f  CLEANUP=f
1020    NORUN=f
1021  QUICK=f  QUICK=f
1022    NOMAKE=f
1023  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
1024  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
1025  NODEPEND=f  NODEPEND=f
1026  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
1027    
1028  BASH=  BASH=
1029  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 800  SKIPDIRS= Line 1033  SKIPDIRS=
1033  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
1034  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
1035  MPACK=  MPACK=
1036    SENDCMD=
1037    SAVDIR='.'
1038  COMMAND=  COMMAND=
1039    MKDEPEND=
1040  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
1041      MAKE=make      MAKE=make
1042  fi  fi
1043    REPLMAKE=
1044  if test "x$CC" = x ; then  if test "x$CC" = x ; then
1045      CC=cc      CC=cc
1046  fi  fi
1047  JOBS=  JOBS=
1048  MPI=f  TARG=
1049    MPI=0
1050    MPI_MFILE=
1051  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
1052  OUTDIR=  OUTDIR=
1053  DELDIR=  DELDIR=
1054    USE_R4=
1055    EXTRFLG=
1056    
1057  ADM=  #- type of testing (KIND):
1058  OADM=  #   KIND=0 : forward (= default) ;  KIND=1 : Tangent Linear with TAF ;
1059    #   KIND=2 : Adjoint with TAF ;     KIND=4 : Adjoint with OpenAD
1060    KIND=0
1061    
1062  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
1063  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
1064    
1065  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=10
1066    
1067  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
1068    
# Line 834  for ac_option ; do Line 1077  for ac_option ; do
1077      fi      fi
1078    
1079      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
1080        
1081      case $ac_option in      case $ac_option in
1082                    
1083          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
1084              usage ;;  
1085                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
1086          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
1087              ac_prev=OPTFILE ;;  
1088          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
1089              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
1090                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
1091          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
1092              ac_prev=ADDRESSES ;;  
1093          -addr=* | --addr=*)          -send | --send ) ac_prev=SENDCMD ;;
1094              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -send=* | --send=* ) SENDCMD=$ac_optarg ;;
1095          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -savdir | --savdir | -sd | --sd ) ac_prev=SAVDIR ;;
1096              ac_prev=MPACKDIR ;;          -savdir=* | --savdir=* | -sd=* | --sd=* ) SAVDIR=$ac_optarg ;;
1097          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
1098              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
1099            -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
1100          -tdir | --tdir | -t | --t)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
1101              ac_prev=TESTDIRS ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
1102          -tdir=* | --tdir=*)  
1103              TESTDIRS=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1104            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1105          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)  
1106              ac_prev=SKIPDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1107          -skipdir=* | --skipdir=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1108              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;  
1109            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1110          -bash | --bash | -b | --b)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1111              ac_prev=BASH ;;  
1112          -bash=* | --bash=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1113              BASH=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1114    
1115          -command | --command | -c | --c)          -repl_mk | --repl_mk ) ac_prev=REPLMAKE ;;
1116              ac_prev=COMMAND ;;          -repl_mk=* | --repl_mk=*) REPLMAKE=$ac_optarg ;;
1117          -command=* | --command=*)  
1118              COMMAND=$ac_optarg ;;          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1119            -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1120          -make | --make | -m | --m)  
1121              ac_prev=MAKE ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1122          -make=* | --make=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
1123    
1124          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1125          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1126    
1127          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1128          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1129    
1130          -clean | --clean)          -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1131              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;          -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1132    
1133          -quick | --quick | -q | --q)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             QUICK=t ;;  
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
1134    
1135          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1136              POSTCLEAN=t ;;          -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1137            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1138            -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1139            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1140            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1141            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1142    
1143            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1144            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1145    
1146            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1147            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1148            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1149    
1150          -mpi) MPI=t ;;          -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1151            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1152    
1153          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1154    
1155          -adm | -ad) ADM=t ;;          -tlm) if test $KIND = 0 ; then KIND=1 ; else
1156                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1157          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;                fi ;;
1158            -adm | -ad) if test $KIND = 0 ; then KIND=2 ; else
1159          -ieee) IEEE=true ;;                  echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1160          -noieee) IEEE= ;;                fi ;;
1161          -gsl) GSL=t ;;          -oad) if test $KIND = 0 ; then KIND=4 ; NODEPEND=t ; else
1162                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1163                  fi ;;
1164    
1165            -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1166                     printf " ... " ;;
1167            -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1168                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1169            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1170            -devel) OptLev=0 ;;
1171            -gsl) GSL=t ;;
1172    
1173          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1174          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 928  for ac_option ; do Line 1176  for ac_option ; do
1176    
1177          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1178    
1179          -ts) TS=t;;          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1180    
1181            -ts) TS=t;;
1182          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
   
1183          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1184    
1185          -*)          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1186              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              usage ;;
1187              usage          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1188              ;;              usage ;;
1189            
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
           
1190       esac       esac
1191        
1192  done  done
1193    
1194  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 954  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1197  if test "x$QUICK" = xt ; then
1197      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1198  fi  fi
1199    
1200    #- check length of MPI machine file:
1201    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1202        if test -r $MPI_MFILE ; then
1203            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1204            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1205              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1206              usage
1207            fi
1208            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1209                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1210            fi
1211        else
1212              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1213              usage
1214        fi
1215    fi
1216    
1217  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1218  if test "x$ADM" = xt ; then  if test $KIND = 1 ; then
1219        TARG=ftlall
1220        code_dir=code_ad
1221        inputdir=input_ad
1222        ref_outp="output_tlm.txt"
1223        EXECUTABLE="mitgcmuv_ftl"
1224    elif test $KIND = 2 ; then
1225        if test "x$TARG" = xobj ; then TARG=adobj ; else TARG=adall ; fi
1226      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
1227      inputdir=input_ad      inputdir=input_ad
1228      ref_outp="output_adm.txt"      ref_outp="output_adm.txt"
1229      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1230  elif test "x$OADM" = xt ; then  elif test $KIND = 4 ; then
1231        TARG=adAll
1232      code_dir=code_oad      code_dir=code_oad
1233      inputdir=input_oad      inputdir=input_oad
1234      ref_outp="output_oadm.txt"      ref_outp="output_oadm.txt"
1235      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1236  else  else
1237        if test "x$JOBS" != x ; then TARG="-j $JOBS $TARG" ; fi
1238      code_dir=code      code_dir=code
1239      inputdir=input      inputdir=input
1240      ref_outp="output.txt"      ref_outp="output.txt"
1241      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
1242  fi  fi
1243    
1244    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1245  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1246      LIST=`scandirs results/$ref_outp`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1247    elif test $xx = 'start_from' ; then
1248        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1249        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1250  else  else
1251      #- expand group of experiments:      #- expand group of experiments:
1252      LIST=" "      LIST=" "
# Line 988  else Line 1261  else
1261                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1262          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1263        esac        esac
1264      done      done
1265  fi  fi
1266  #echo 'LIST='${LIST}'<'  #echo 'LIST='${LIST}'<'
1267  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
# Line 1005  do Line 1278  do
1278              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1279          fi          fi
1280      else      else
1281          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1282          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1283          fi          fi
1284      fi      fi
1285  done  done
1286  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1287  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1288    
# Line 1017  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1290  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1290      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1291  fi  fi
1292    
1293  RUNLOG="run.log"  LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1294  OUTPUTFILE=$ref_outp  RUNLOG="run.tr_log"
1295  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$MPI" = x0 ; then
1296      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"    OUTPUTFILE=$ref_outp
1297  fi    if test "x$COMMAND" = x ; then COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE" ; fi
1298  if test "x$MPI" = xt ; then  else
1299      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"    OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1300      if test "x$COMMAND" = x ; then COMMAND="mpirun -v -np TR_NPROC ./$EXECUTABLE" ; fi
1301  fi  fi
1302    
1303  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"  echo "OK (COMMAND='$COMMAND')"
1304    
1305    TMP=./tr_$$
1306    #- try to put temporary files in system-local /tmp dir
1307    #TMP=/tmp/tr_$$
1308    #touch $TMP ; retVal=$?
1309    #if [ $retVal -eq 0 ] ; then
1310    #  if test ! -r $TMP ; then TMP=./tr_$$ ; fi
1311    #else
1312    #  TMP=./tr_$$
1313    #fi
1314    #rm -f $TMP
1315    #if [ $verbose -gt 1 ]; then echo " temp files: $TMP" ; fi
1316    
1317  # set the Default List of output variables to be checked:  # set the Default List of output variables to be checked:
1318  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1319  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1320  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1321  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 1 ; then
1322        DEF_CHECK_LIST='tlmGrd tlmCst tlmGrd fwdGrd'
1323        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1324        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1325    elif test $KIND = 2 -o $KIND = 4 ; then
1326        DEF_CHECK_LIST='AdGrd Cost AdGrd FDGrd'
1327        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1328        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1329    else
1330      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1331      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1332      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1333      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1334      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
 else  
     DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'  
     EMPTY_RESULTS='.. ..'  
     LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`  
1335  fi  fi
1336    
1337  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1338  createcodelet  if test "x$CLEANUP" = xt -o -x tr_cmpnum ; then
1339        echo "skipping comparison code build"
1340    else
1341        createcodelet
1342    fi
1343    
1344  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1345  if test "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x -o "x$SENDCMD" != x ; then
1346      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1347  else  else
1348      build_mpack      build_mpack
1349        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then SENDCMD=$MPACK ; fi
1350  fi  fi
1351    
1352  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1353  CMDLINE=$0  CMDLINE=$0
1354  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1355      if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"      if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx" ; else
1356                          else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi        nb=`echo $xx | grep -c '='`
1357          if test $nb = 0 ; then CMDLINE="$CMDLINE '$xx'"
1358          else yy=`echo "$xx'" | sed "s/=/='/"` ;
1359                                 CMDLINE="$CMDLINE $yy" ; fi
1360        fi
1361  done  done
1362  #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done  #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1363  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
# Line 1105  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1404  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1404          echo >> $SUMMARY          echo >> $SUMMARY
1405          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1406      else      else
1407          echo | tee $SUMMARY          echo | tee -a $SUMMARY
1408          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee -a $SUMMARY
1409          exit 1          exit 1
1410      fi      fi
1411  else  else
1412      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1413      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1414      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1415  fi  fi
1416  echo  echo
1417  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1418  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 0 ; then
1419      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      line_0=`printf '%s %2i' 'default' $MATCH_CRIT`
     then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi  
1420         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
 #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"  
1421      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1422      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="e p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1423      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="n n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1424      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1425      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1426          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
# Line 1133  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1429  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1429          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1430          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
1431      done      done
1432    else
1433        line_0=`printf '%s %2i' 'default   ' $MATCH_CRIT`
1434      if test $KIND = 1 ; then
1435       #echo "TANGLIN=true" >> $SUMMARY
1436        echo "TangLin generated by TAF" >> $SUMMARY
1437      elif test $KIND = 3 ; then
1438        echo "TangLin generated by OpenAD" >> $SUMMARY
1439      elif test $KIND = 2 ; then
1440       #echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1441        echo "Adjoint generated by TAF" >> $SUMMARY
1442      else
1443        echo "Adjoint generated by OpenAD" >> $SUMMARY
1444      fi
1445      if test $KIND = 1 -o $KIND = 3 ; then
1446        line_1="G D M    C  T  F"
1447        line_2="e p a R  o  L  D"
1448      else
1449        line_1="G D M    C  A  F"
1450        line_2="e p a R  o  d  D"
1451      fi
1452        line_3="n n k u  s  G  G"
1453        line_4="2 d e n  t  r  r"
1454        echo >> $SUMMARY
1455    fi
1456    if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1457      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1458      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1459      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1460      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1461      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1462      echo " "       | tee -a $SUMMARY      echo ""        | tee -a $SUMMARY
 else  
     echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY  
     echo >> $SUMMARY  
     if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;  
     then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi  
     echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY  
     cat << EOF | tee -a $SUMMARY  
 G D M    C  G  
 E p a R  o  r  
 N n k u  s  a  
 2 d e n  t  d  
   
 EOF  
1463  fi  fi
1464    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1465    
1466  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1467  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1468        
1469      # set builddir & rundir:      # set builddir & rundir:
1470      builddir="build"      builddir="build"
1471      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1472      rundir="run"      rundir="run"
1473        pfxdir="tr_$rundir"
1474      if test ! -d $dir/$rundir ; then      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1475          rundir=$builddir          rundir=$builddir
1476      fi      fi
# Line 1172  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1481  for dir in $TESTDIRS ; do
1481      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1482          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1483          makeclean $BUILD_DIR          makeclean $BUILD_DIR
1484            (   cd $BUILD_DIR
1485                rm -f $EXECUTABLE *.bak
1486                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1487                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1488                rm -rf mpi_headers
1489            )
1490          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1491              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1492              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1493          fi          fi
1494          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1495          ttd=`echo $trdir | wc -w`          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1496          if test $ttd != 0 ; then          if test $ttd != 0 ; then
1497              echo '  --- rm dir:' $trdir              echo '  --- rm dir:' $trdir
# Line 1185  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1500  for dir in $TESTDIRS ; do
1500          continue          continue
1501      fi      fi
1502    
1503      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1504      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1505      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1506      if test ! -r $fout ; then     #if test ! -r $fout ; then
1507        if test ! -r $fout -a ! -r ${fout}.gz ; then
1508          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1509          continue          continue
1510      fi      fi
1511    
1512      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1513    
1514      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1515          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1516          continue          continue
1517      fi      fi
# Line 1203  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1519  for dir in $TESTDIRS ; do
1519          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1520          continue          continue
1521      fi      fi
1522      if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then  
1523        retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1524        if test $retv != 0 ; then          ntx=1 ; nty=1
1525          echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1526          continue            ff=$dir"/input/eedata.mth"
1527        fi            ntx=`grep "^ *nTx *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
1528              nty=`grep "^ *nTy *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
1529              if test "x$ntx" = x ; then ntx=1 ; fi
1530              if test "x$nty" = x ; then nty=1 ; fi
1531            fi
1532            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1533            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $ntx $nty
1534            LOC_NPROC=$?
1535            (   cd $BUILD_DIR
1536                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1537                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1538                else RETVAL=1
1539                fi
1540                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1541                    rm -f tr_size.mpi
1542                else
1543                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1544                fi
1545            )
1546            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1547                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1548                rm -f $LOC_MFILE
1549                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1550                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1551                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1552                    rm -f $LOC_MFILE
1553                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1554                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1555                fi
1556                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1557                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1558                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1559                fi
1560            fi
1561            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1562                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1563                if test $retv != 0 ; then
1564                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1565                    continue
1566                fi
1567            fi
1568      fi      fi
1569    
1570      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1571      extra_runs=      extra_runs=
1572      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`      if test "x$NORUN" = xf ; then
1573            ex_run_dirs=`( cd $dir ; ls -d $inputdir.* 2> /dev/null )`
1574        fi
1575      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1576      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1577          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1578          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1579          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1580          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -r $outf -o -r ${outf}.gz ; then
1581            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1582              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1583                if test "x$MPI" = "xt" ; then                if test "x$MPI" = "x0" ; then
1584                  retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`                  extra_runs="$extra_runs $name"
1585                  else
1586                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1587                  if test $retv = 0 ; then                  if test $retv = 0 ; then
1588                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1589                  else                  else
1590                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1591                  fi                  fi
               else  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
1592                fi                fi
1593              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1594              fi              fi
# Line 1240  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1598  for dir in $TESTDIRS ; do
1598          fi          fi
1599      done      done
1600    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1601      echo      echo
1602      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1603         echo "Experiment:  $dir"          echo "Experiment:  $dir"
1604      else      else
1605         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"          echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1606      fi      fi
1607      echo      echo
1608      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1609      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1610    
1611      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1612      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1613      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1614      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      #- report to this experiment local summary file ---
1615            echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1616      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1617          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1618          makeclean $dir/$builddir \      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1619              && run_clean $dir/$rundir  
1620        if test "x$NORUN" = xt ; then
1621                run=N
1622            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1623                && makeclean $dir/$builddir \
1624                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1625                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1626                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1627      else      else
1628          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1629              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1630              && run_clean $dir/$rundir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
             && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \  
1631              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1632              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1633              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \              && run_clean $dir/$rundir \
1634                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1635              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1636              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1637      fi      fi
1638            #echo "results='$results'"
1639      echo  
1640          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1641          echo          echo 1>&2
1642          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1643          touch $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         if test "x$ADM" = xt ; then  
             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                                 >> $CDIR"/summary.txt"  
         fi  
1644    
1645          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1646              unset run              unset run
1647              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1648              #  reference output file              #  reference output file
1649              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1650              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1651              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1652              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1653              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              #- report to this experiment local summary file ---
1654              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1655              run_clean $dir/tr_run.$ex              #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1656              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input              #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1657              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1658              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1659              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1660              fres="$fres.$ex"              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1661              echo              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1662                && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1663                fres=`formatresults $dir.$ex ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1664                echo 1>&2
1665              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1666              touch $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1667              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1668              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
             echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             if test "x$ADM" = xt ; then  
                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \  
                                    >> $CDIR"/summary.txt"  
             fi  
             if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then  
                 run_clean $dir/tr_run.$ex  
1669              fi              fi
1670          done          done
1671    
1672        if test ! -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then
1673            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1674                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1675                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1676                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1677                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1678                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1679                    eval $mkOpt
1680                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1681                            $SUMMARY > tmp.tr_log
1682                    RETVAL=$?
1683                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1684                        cp -f tmp.tr_log $SUMMARY
1685                    fi
1686                    rm -f tmp.tr_log
1687                fi
1688                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1689                if test -r $gmkLog ; then
1690                    grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1691                    RETVAL=$?
1692                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1693                      echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1694                      echo "extract compiler version:"   >> $DRESULTS/genmake_state
1695                      sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' \
1696                         $gmkLog | grep -v '^... compiler version ' > tmp.tr_log
1697                      sed -n '1p' tmp.tr_log >> $DRESULTS/genmake_state
1698                      sed -n '2,/^$/p' tmp.tr_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1699                                             >> $DRESULTS/genmake_state
1700                      rm -f tmp.tr_log
1701                    fi
1702                    echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1703                    echo "get NETCDF & LAPACK settings:" >> $DRESULTS/genmake_state
1704                    sed -n '/set HAVE_NETCDF=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1705                    sed -n '/set HAVE_LAPACK=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1706                fi
1707            fi
1708        fi
1709      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1710      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1711          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1712              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1713      fi      fi
1714            if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1715    
1716      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1717        
1718  done  done
1719    
1720  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
# Line 1342  date >> $SUMMARY Line 1727  date >> $SUMMARY
1727  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1728      echo "No results email was sent."      echo "No results email was sent."
1729  else  else
1730      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$SENDCMD" != x ; then
1731          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          if [ $verbose -gt 1 ]; then
1732              && gzip $DRESULTS".tar" \             echo " run: $SENDCMD -s MITgcm-test -m 3555000 ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" $ADDRESSES"
1733              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES          fi
1734            tar -cf ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1735                && gzip ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" \
1736                && $SENDCMD -s MITgcm-test -m 3555000 ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" $ADDRESSES
1737          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1738          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1739              echo              echo
# Line 1358  else Line 1746  else
1746              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1747              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1748              echo              echo
1749                test -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar" &&  rm -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar"
1750                test -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz" &&  rm -f ${SAVDIR}/${DRESULTS}".tar.gz"
1751          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1752      fi      fi
1753  fi  fi
1754    
1755  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1756        rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1757    fi
1758    
1759  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1760      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1761      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1762          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1763      fi      fi
1764      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1765  fi  fi
# Line 1377  fi Line 1767  fi
1767  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1768      rm -rf $DRESULTS      rm -rf $DRESULTS
1769  fi  fi
1770    echo "======== End of testreport execution ========"

Legend:
Removed from v.1.127  
changed lines
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