/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
ViewVC logotype

Diff of /MITgcm/verification/testreport

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Revision Graph Revision Graph | View Patch Patch

revision 1.127 by jmc, Thu Jun 4 23:40:53 2009 UTC revision 1.180 by jmc, Tue Sep 4 19:27:52 2012 UTC
# Line 12  usage() Line 12  usage()
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18        echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
19        echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
20        echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
21      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
22      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
23      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
24        echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
25      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
26      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
27      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
28      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
29      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
30      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
31      echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
32        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
33        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
34      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
35      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
36      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
37      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
38        echo "  (-tlm)                   perform a Tangent Linear run"
39      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
40      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
41      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
42      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
43      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
44      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
45      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
46      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
47      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"  #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
48      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"  #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
49      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
50      echo "                             (DEF=\"12\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
51      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
52      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
53        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
54        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
55        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
56        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
57      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
58      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
59      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
60      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
61        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
62        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
63      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
64      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
65      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
# Line 104  testoutput_var() Line 117  testoutput_var()
117  {  {
118      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
119      #      #
120      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
121      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/$reference_output
122      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
123    
124      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
# Line 118  testoutput_var() Line 131  testoutput_var()
131              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
132                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
133              fi              fi
134              return 99              rm -f tmp1.txt ; return 99
135          fi          fi
136      else      else
137          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
138          return 99          return 99
139      fi      fi
140      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
141          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$5 1>&2
142      fi      fi
143      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
144      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
145      if [ $lncntB -lt 2 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
146          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
147              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
148          fi          fi
149          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
150      fi      fi
151      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then      if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
152          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
153              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2              echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
154          fi          fi
155          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
156      fi      fi
157      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`      has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
158      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then      if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
159          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
160          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
161      fi      fi
162      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`      has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
163      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then      if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
164          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
165          return 99          rm -f tmp1.txt tmp2.txt ; return 99
166      fi      fi
167      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
168          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
# Line 176  testoutput_var() Line 189  testoutput_var()
189          fi          fi
190      fi      fi
191      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
192        
193      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
194  }  }
195    
# Line 186  testoutput_run() Line 199  testoutput_run()
199      #      #
200      #  test output from 1 run in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
201  # --> same processing for adjoint & forward test  # --> same processing for adjoint & forward test
202          # default list of output variables to be checked:          # default list of output variables to be checked:
203          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
204          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
205          listChk=$DEF_CHECK_LIST          listChk=$DEF_CHECK_LIST
206          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
207          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
208          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
209          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
210          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
211                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
212          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
213          # check for ptracer output in reference_output file :          # set ref.outp file-name and, if compressed, uncompress it into subdir
214          outpref=$1/results/$3          refoutp=results/$3
215          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"          if test ! -r $1/results/$3 ; then
216          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"            if test -r $1/results/${3}.gz ; then
217          for ii in $PTRACERS_NUM ; do              tmpNam1=$3
218                tmpNam2=`echo $tmpNam1 | sed 's/\..*\././'`
219                if test "x$tmpNam1" = "x$tmpNam2" ; then
220                    tmpNam1=`echo $tmpNam2 | sed 's/\./.std./'`
221                fi
222                refoutp=$2/$tmpNam1
223                if [ $debug -gt 0 ]; then
224                    echo "testoutput_run: gunzip 'results/$3.gz' into '$refoutp'" 1>&2
225                fi
226                gzip -cd $1/results/${3}.gz > $1/$refoutp
227              else
228                echo "missing reference output file '$3' (.gz) in '$1/results/'"
229              fi
230            fi
231            # check for ptracer output in reference_output file :
232            if test $KIND = 0 ; then
233              ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
234              ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
235              for ii in $PTRACERS_NUM ; do
236              ptrfound=0              ptrfound=0
237              for jj in $ptr_mon ; do              for jj in $ptr_mon ; do
238                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
239                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`                  tst=`grep $name $1/$refoutp | wc -l | awk '{print $1}'`
240                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
241              done              done
242              if test $ptrfound = '1' ; then              if test $ptrfound = '1' ; then
243                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
244              else              else
245                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
               if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  
246                # remove this ptr from the list of output variable to check                # remove this ptr from the list of output variable to check
247                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
248                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
               fi  
249              fi              fi
250          #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2            # eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
251          done            done
252          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`          fi
253          if test $tst != 1 ; then          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
254            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2          if test $tst != 1 ; then
255                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
256            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
257          #- put it back once:            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
258            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`          #- put it back once:
259          fi            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
260            fi
261          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
262          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
263          allargs=""          #---
264          for xx in $listVar          allargs=""
265          do          for xx in $listVar
266            case $xx in          do
267              case $xx in
268             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
269                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
270                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $refoutp ; yy=$?
271                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
272            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  ref_cost_function" "ADM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
273            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;           'AdGrd') testoutput_var $1 "ADM  adjoint_gradient"  "ADM Ad Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
274             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'FDGrd') testoutput_var $1 "ADM  finite-diff_grad"  "ADM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
275             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;          'tlmCst') testoutput_var $1 "TLM  ref_cost_function" "TLM CostFct" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
276             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;          'tlmGrd') testoutput_var $1 "TLM  tangent-lin_grad"  "TLM TL Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
277             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;          'fwdGrd') testoutput_var $1 "TLM  finite-diff_grad"  "TLM FD Grad" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
278             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
279             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
280             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
281             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
282             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
283             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
284             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
285             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
286             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
287             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
288             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
289             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
290               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
291               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
292               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $refoutp ; yy=$? ;;
293               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
294          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
295             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
296          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
297             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
298          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
299             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
300          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
301             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
302           'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
303           'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
304           'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $refoutp ; yy=$? ;;
305           'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
306           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
307           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
308           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
309           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
310           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
311           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;           'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
312           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
313           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;           'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
314          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;           'uSImn') testoutput_var $1 "seaice_uice_min"   "SIce Uice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
315          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSImx') testoutput_var $1 "seaice_uice_max"   "SIce Uice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
316          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;           'uSIav') testoutput_var $1 "seaice_uice_mean"  "SIce Uice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
317          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;           'uSIsd') testoutput_var $1 "seaice_uice_sd"    "SIce Uice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
318          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImn') testoutput_var $1 "seaice_vice_min"   "SIce Vice min"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
319          'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;           'vSImx') testoutput_var $1 "seaice_vice_max"   "SIce Vice max"   $2 $refoutp ; yy=$? ;;
320                *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;           'vSIav') testoutput_var $1 "seaice_vice_mean"  "SIce Vice mean"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
321            esac           'vSIsd') testoutput_var $1 "seaice_vice_sd"    "SIce Vice StDv"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
322            if test $xx = $sVar          'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $refoutp ; yy=$? ;;
323            then allargs="$allargs > $yy <"          'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
324            else allargs="$allargs $yy"          'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $refoutp ; yy=$? ;;
325            fi          'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $refoutp ; yy=$? ;;
326          done          'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
327            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $refoutp ; yy=$? ;;
328                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
329              esac
330              if test $xx = $sVar
331              then allargs="$allargs > $yy <"
332              else allargs="$allargs $yy"
333              fi
334            done
335    
336          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
337          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
338          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
339            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
340            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
341          else          else
342            echo $allargs            echo $allargs
343          fi          fi
344  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
345  }  }
346    
# Line 315  genmakemodel() Line 358  genmakemodel()
358          (          (
359              cd $1;              cd $1;
360              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
361              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
362                    command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
363                fi
364                if test $KIND = 1 -o $KIND = 2 ; then
365                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
366              elif test "x$OADM" = xt ; then              elif test $KIND = 4 ; then
367                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"                  command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
368              else              else
369                  command="$command -mods=../code"                  command="$command -mods=../code"
# Line 325  genmakemodel() Line 371  genmakemodel()
371              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
372                  command="$command -optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
373              fi              fi
374              if test "x$IEEE" != x ; then              if test $OptLev = 1 ; then
375                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
376              fi              fi
377                if test $OptLev = 0 ; then
378                    command="$command -devel"
379                fi
380              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
381                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
382              fi              fi
383              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" != x0 ; then
384                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
385              fi              fi
386              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
387              #- run multi-threaded using OpenMP:              #- run multi-threaded using OpenMP:
388                  command="$command -omp"                  command="$command -omp"
389              fi              fi
390                if test "x$USE_R4" = xt ; then
391                    command="$command -use_r4"
392                fi
393                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
394                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
395                fi
396              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
397                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
398              fi              fi
399              if test "x$PAPIS" = xt ; then              if test "x$PAPIS" = xt ; then
400                  command="$command -papis"                  command="$command -papis"
401              else              else
402              if test "x$PCLS" = xt ; then              if test "x$PCLS" = xt ; then
403                  command="$command -pcls"                  command="$command -pcls"
404              fi              fi
405              fi              fi
406              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... '
407              # $command > make.log 2>&1              eval $command > genmake.tr_log 2>&1
             eval $command > make.log 2>&1  
408              RETVAL=$?              RETVAL=$?
409              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
410              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
411              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
412                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
413                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
414                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
415                  return 1                  return 1
416              else              else
417                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
418              fi              fi
419          )          )
420      fi      fi
# Line 369  genmakemodel() Line 423  genmakemodel()
423  makeclean()  makeclean()
424  {  {
425      # makeclean directory      # makeclean directory
426        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
427      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
428          echo "make Clean skipped!"          echo "make Clean skipped!"
429      else      else
# Line 376  makeclean() Line 431  makeclean()
431              cd $1;              cd $1;
432              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
433              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
434                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
435                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
436                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
437                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
438                      tail make.log                      tail make.tr_log
439                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
440                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
441                      return 1                      return 1
442                  fi                  fi
443                  echo successful 1>&2                  echo successful
444              else              else
445                  echo ''                  echo ''
446              fi              fi
# Line 402  run_clean() Line 457  run_clean()
457      else      else
458          (          (
459              cd $1;              cd $1;
460              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1              printf 'clean run-dir ... '
461              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
462              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
463              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
464              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
465              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
466              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime              #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)
467                rm -f $RUNLOG *.txt STD* w2_tile_topology.????.log *diagnostics.log datetime
468              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
469              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
470              echo successful 1>&2              echo successful
471              exit 0              exit 0
472          )          )
473      fi      fi
# Line 425  makedependmodel() Line 481  makedependmodel()
481      else      else
482          (          (
483              cd $1;              cd $1;
484              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
485              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
486              RETVAL=$?              RETVAL=$?
487              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
488                  tail make.log                  tail make.tr_log
489                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
490                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
491                  return 1                  return 1
492              else              else
493                  echo successful 1>&2                  echo successful
494              fi              fi
495          )          )
496      fi      fi
# Line 444  makemodel() Line 500  makemodel()
500  {  {
501      # makemodel directory      # makemodel directory
502      (      (
503        mk_fail=0
504        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
505            cd $1;
506            if test -x $EXECUTABLE ; then
507                echo "make skipped!"
508            else
509                echo "no executable!"
510                mk_fail=3
511            fi
512        else
513          cd $1;          cd $1;
514          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
515              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
516              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$REPLMAKE" = x ; then
517                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
518              elif test "x$OADM" = xt ; then              else
519                  $MAKE adAll >> make.log 2>&1                  $REPLMAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
             else  
                 if test "x$JOBS" = x ; then  
                     $MAKE >> make.log 2>&1  
                 else  
                     $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1  
                 fi  
520              fi              fi
521              RETVAL=$?              RETVAL=$?
522              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
523                  tail make.log                  tail make.tr_log
524                  echo failed 1>&2                  echo failed
525                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
526                  return 1                  tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
527                    rm -f $EXECUTABLE
528                    mk_fail=1
529              else              else
530                  echo successful 1>&2                  echo successful
531              fi              fi
532            else
533                echo "no Makefile !"
534                mk_fail=2
535          fi          fi
536        fi
537        if test $KIND = 1 -a -f taf_ftl.log ; then
538                head -1 taf_ftl.log >> $CDIR"/summary.txt"
539        fi
540        if test $KIND = 2 -a -f taf_ad.log ; then
541                head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
542                nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
543                nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
544                echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
545                                    >> $CDIR"/summary.txt"
546        fi
547        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
548      )      )
549  }  }
550    
551    mk_mpi_size()
552    {
553        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb threads_Nb_X threads_Nb_Y
554        #
555        #  make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
556        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
557        #  ensure that enough tiles per proc (nSx,nSy) remain for the given
558        #     number of threads (nTx,nTy) ;
559        #  return the effective number of processors.
560    
561        inp=$1
562        out=$2
563        np=$3
564        tx=$4
565        ty=$5
566        tmp=TTT.$$
567    
568        # dirX : select with direction to favor in MPI process repartition
569        #   dirX=1 : prefer to put more proc in X direction
570        #   dirX=0 : prefer to put more proc in Y direction
571        dirX=0
572    
573        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
574        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
575        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
576        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
577    
578        #- for each direction, assume # of threads is a multiple of total number of tiles
579        nx=$px
580        if [ `expr $sx % $tx` -ne 0 -a `expr $sx \* $px % $tx` -eq 0 ] ; then
581            nx=`expr $sx \* $px / $tx`
582            if [ $verbose -gt 1 ]; then
583                echo " change px from $px to $nx to accommodate $tx threads"
584            fi
585        fi
586        ny=$py
587        if [ `expr $sy % $ty` -ne 0 -a `expr $sy \* $py % $ty` -eq 0 ] ; then
588            ny=`expr $sy \* $py / $ty`
589            if [ $verbose -gt 1 ]; then
590                echo " change py from $py to $ny to accommodate $ty threads"
591            fi
592        fi
593        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
594        pp=0
595        i=1
596        while [ $i -le $nx ] ; do
597          if [ `expr $nx % $i` -eq 0 ] ; then
598            j=1
599            while [ $j -le $ny ] ; do
600              if [ `expr $ny % $j` -eq 0 ] ; then
601                ij=`expr $i \* $j`
602                if [ $ij -gt $pp ] ; then
603                    flag=1
604                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
605                    flag=$dirX
606                else
607                    flag=0
608                fi
609                if test $flag = 1 ; then
610                  if [ $ij -le $np ] ; then
611                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
612                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
613                  fi
614                fi
615              fi
616              j=`expr $j + 1`
617            done
618          fi
619          i=`expr $i + 1`
620        done
621    
622        #- create new SIZE.h type file:
623        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
624        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
625        if [ $verbose -gt 1 ]; then
626            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
627        fi
628        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
629        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
630        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
631        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
632        rm -f $tmp
633        return $pp
634    }
635    
636  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
637  {  {
638      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 479  symlink_mpifiles() Line 641  symlink_mpifiles()
641    
642      dir=$1      dir=$1
643      code_dir=$2      code_dir=$2
644      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
645      CODE_DIR=$dir/$code_dir  
       
646      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
647      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
648    
649      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
650      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
651          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
652          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
653          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
654              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
655              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
656              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
657              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
658              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
659                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
660                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
661                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
662                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
663                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
664                        rm -f $build_dir/$name
665                  fi                  fi
666              fi              fi
667          done          else
668      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
669                    # dir so long as there is no real file in place
670                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
671                RETVAL=$?
672                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
673                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
674                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
675                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
676                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
677                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
678                    fi
679                fi
680            fi
681        done
682  }  }
683    
684  linkdata()  linkdata()
# Line 527  linkdata() Line 689  linkdata()
689      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
690          (          (
691              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
692              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`              echo 'linkdata from dirs:' $*
693                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
694              for xx in $inpMPI ; do              for xx in $inpMPI ; do
695                if test -r "../"$1"/"$xx ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
696                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
697                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
698                  if test "x$MPI" = "xt" ; then                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
699                  # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file                      # not mpi test: remove symbolic link
700                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
                     if test ! -r $yy ; then  
                         ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;  
                         printf "$xx " 1>&2  
                     fi  
701                  else                  else
702                  # not mpi test: remove symbolic link                      # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
703                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
704                        if test ! -r $yy ; then
705                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
706                            printf " $xx" 1>&2
707                        fi
708                  fi                  fi
709                fi                fi
710              done              done
# Line 550  linkdata() Line 713  linkdata()
713                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
714                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
715                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
716                      if test ! -r eedata ; then                      if test ! -r eedata ; then
717                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
718                          printf 'eedata.mth ' 1>&2                          printf ' eedata.mth' 1>&2
719                      fi                      fi
720                  else                  else
721                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
# Line 562  linkdata() Line 725  linkdata()
725              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
726              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
727                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
728                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
729                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
730                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
731                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 572  linkdata() Line 735  linkdata()
735                              fi                              fi
736                          fi                          fi
737                      done                      done
738                        printf ' ;' 1>&2
739                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
740                          "../"$ldir"/"prepare_run                          "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
741                        else
742                            echo '' 1>&2
743                      fi                      fi
                     printf ' ; ' 1>&2  
744                  fi                  fi
745                  prevDir=$ldir                  prevDir=$ldir
746              done              done
# Line 587  runmodel() Line 752  runmodel()
752  {  {
753      # runmodel directory      # runmodel directory
754      #      #
755      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
756      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
757      (      (
758          cd $1          cd $1
759          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
760          # make output.txt          if test "x$MPI" != x0 ; then
761          echo              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
762          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
763              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
764              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
765                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
766                fi
767                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
768            fi
769            if test -L $EXECUTABLE ; then
770              if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
771                cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
772                outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
773              else rm -f $EXECUTABLE
774              fi
775          fi          fi
776          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
777              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
778              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
779          fi          fi
780          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
781                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
782                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
783                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
784                  RETVAL=8              RETVAL=8
785                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
786          else          else
787              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
788                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
789                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
790                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
791                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
792                  RETVAL=$?              RETVAL=$?
793              else              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
794                  RETVAL=0              if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
795                  if test -f $RUNLOG ; then                  find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
796                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                  find . -name "*.data" -exec rm {} \;
797                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                  rm -rf mnc_test_*
                 else  
                     touch $RUNLOG  
                     if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi  
                     echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1  
                     echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1  
                 fi  
798              fi              fi
799              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            else
800                RETVAL=0
801                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
802                touch $RUNLOG
803                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
804                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
805              fi
806          fi          fi
807          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
808          #if test "x$RETVAL" = x0 ; then          #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE and time
809            if test -f $OUTPUTFILE ; then
810              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
811                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
812              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE \
813                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)   //' >> $CDIR"/summary.txt"
814            fi
815            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
816          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
817              tail $RUNLOG              echo successful
818              echo successful 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
819              # === Reduce the size of the testing emails!              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
820              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE              return 0
821              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
822                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
823                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
824                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
825                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
826              return 0              return 0
827          else          else
828              tail $RUNLOG              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
829              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
830                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
831              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
832              return 1              return 1
833          fi          fi
834      )      )
# Line 692  EOF Line 878  EOF
878          return 0          return 0
879      else      else
880          echo          echo
881          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
882          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
883          exit 1          exit 1
884      fi      fi
# Line 711  formatresults() Line 897  formatresults()
897      printf '%3s' $listPrt      printf '%3s' $listPrt
898  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
899  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
900        
901      if [ $xx = '..' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
902          printf ' N/O '          printf ' N/O '
903      elif [ $xx = '--' ]; then      elif [ $xx = '--' ]; then
# Line 727  formatresults() Line 913  formatresults()
913      fi      fi
914      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
915      printf '\n'      printf '\n'
916        
917  }  }
918    
919  scandirs()  scandirs()
920  {  {
921      if [ $# -eq 1 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
922          for arg in * ; do          for arg in * ; do
923              test -f $arg/$1 && echo $arg             #test -f $arg/$1 && echo $arg
924                test -f $arg/$1 -o -f $arg/$1.gz && echo $arg
925          done          done
926      else      else
927          echo $*          echo $*
# Line 744  scandirs() Line 931  scandirs()
931    
932  check_eedata()  check_eedata()
933  {  {
934      # check_eedata size.h eedata      # check_eedata eedata size.h
935      if [ $# -eq 2 ] ; then      if [ $# -eq 2 ] ; then
936        if test -f $1 -a -f $2 ; then       if test -f $1 -a -f $2 ; then
937        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`        nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
938        nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`        sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
939        if test "x$nx" = x ; then        if test "x$nx" = x ; then
940          rx=10          rx=10
941        else        else
942          rx=`expr $sx % $nx`          rx=`expr $sx % $nx`
943        fi        fi
944        sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`        ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
945        ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`        sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
946        if test "x$ny" = x ; then        if test "x$ny" = x ; then
947          ry=20          ry=20
948        else        else
949          ry=`expr $sy % $ny`          ry=`expr $sy % $ny`
950        fi        fi
951        echo `expr $rx + $ry`        echo `expr $rx + $ry`
952      else       else
953        echo '-1'        echo '-1'
954        fi       fi
955        elif [ $# -eq 1 ] ; then
956         if test -f $1 ; then
957          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
958          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
959          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
960          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
961         #echo $nx $ny
962          echo $nx
963         else
964          echo '-1'
965         fi
966      else      else
967        echo '-2'        echo '-2'
968      fi      fi
# Line 777  check_eedata() Line 975  check_eedata()
975  #  Default properties  #  Default properties
976  debug=0  debug=0
977  verbose=1  verbose=1
978  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
979    
980  IEEE=true  OptLev=1
 if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  
     IEEE=$MITGCM_IEEE  
 fi  
981  GSL=f  GSL=f
982    
983  CLEANUP=f  CLEANUP=f
984    NORUN=f
985  QUICK=f  QUICK=f
986    NOMAKE=f
987  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
988  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
989  NODEPEND=f  NODEPEND=f
990  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
991    
992  BASH=  BASH=
993  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 801  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6" Line 998  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
998  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
999  MPACK=  MPACK=
1000  COMMAND=  COMMAND=
1001    MKDEPEND=
1002  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
1003      MAKE=make      MAKE=make
1004  fi  fi
1005    REPLMAKE=
1006  if test "x$CC" = x ; then  if test "x$CC" = x ; then
1007      CC=cc      CC=cc
1008  fi  fi
1009  JOBS=  JOBS=
1010  MPI=f  TARG=
1011    MPI=0
1012    MPI_MFILE=
1013  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
1014  OUTDIR=  OUTDIR=
1015  DELDIR=  DELDIR=
1016    USE_R4=
1017    EXTRFLG=
1018    
1019  ADM=  #- type of testing (KIND):
1020  OADM=  #   KIND=0 : forward (= default) ;  KIND=1 : Tangent Linear with TAF ;
1021    #   KIND=2 : Adjoint with TAF ;     KIND=4 : Adjoint with OpenAD
1022    KIND=0
1023    
1024  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
1025  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
1026    
1027  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=10
1028    
1029  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
1030    
# Line 834  for ac_option ; do Line 1039  for ac_option ; do
1039      fi      fi
1040    
1041      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
1042        
1043      case $ac_option in      case $ac_option in
1044                    
1045          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
1046              usage ;;  
1047                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
1048          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
1049              ac_prev=OPTFILE ;;  
1050          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
1051              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
1052                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
1053          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
1054              ac_prev=ADDRESSES ;;  
1055          -addr=* | --addr=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
1056              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
1057          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
1058              ac_prev=MPACKDIR ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
1059          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
1060              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1061            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1062          -tdir | --tdir | -t | --t)  
1063              ac_prev=TESTDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1064          -tdir=* | --tdir=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1065              TESTDIRS=$ac_optarg ;;  
1066            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1067          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1068              ac_prev=SKIPDIRS ;;  
1069          -skipdir=* | --skipdir=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1070              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1071    
1072          -bash | --bash | -b | --b)          -repl_mk | --repl_mk ) ac_prev=REPLMAKE ;;
1073              ac_prev=BASH ;;          -repl_mk=* | --repl_mk=*) REPLMAKE=$ac_optarg ;;
1074          -bash=* | --bash=*)  
1075              BASH=$ac_optarg ;;          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1076            -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1077          -command | --command | -c | --c)  
1078              ac_prev=COMMAND ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1079          -command=* | --command=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
             COMMAND=$ac_optarg ;;  
   
         -make | --make | -m | --m)  
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
1080    
1081          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1082          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1083    
1084          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1085          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1086    
1087          -clean | --clean)          -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1088              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;          -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1089    
1090          -quick | --quick | -q | --q)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             QUICK=t ;;  
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
1091    
1092          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1093              POSTCLEAN=t ;;          -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1094            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1095            -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1096            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1097            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1098            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1099    
1100            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1101            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1102    
1103            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1104            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1105            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1106    
1107          -mpi) MPI=t ;;          -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1108            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1109    
1110          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1111    
1112          -adm | -ad) ADM=t ;;          -tlm) if test $KIND = 0 ; then KIND=1 ; else
1113                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1114          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;                fi ;;
1115            -adm | -ad) if test $KIND = 0 ; then KIND=2 ; else
1116          -ieee) IEEE=true ;;                  echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1117          -noieee) IEEE= ;;                fi ;;
1118          -gsl) GSL=t ;;          -oad) if test $KIND = 0 ; then KIND=4 ; NODEPEND=t ; else
1119                    echo "Error: '-tlm', '-adm' and '-oad' are exclusive" ; usage
1120                  fi ;;
1121    
1122            -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1123                     printf " ... " ;;
1124            -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1125                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1126            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1127            -devel) OptLev=0 ;;
1128            -gsl) GSL=t ;;
1129    
1130          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1131          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 928  for ac_option ; do Line 1133  for ac_option ; do
1133    
1134          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1135    
1136          -ts) TS=t;;          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1137    
1138            -ts) TS=t;;
1139          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
   
1140          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1141    
1142          -*)          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1143              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              usage ;;
1144              usage          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1145              ;;              usage ;;
1146            
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
           
1147       esac       esac
1148        
1149  done  done
1150    
1151  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 954  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1154  if test "x$QUICK" = xt ; then
1154      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1155  fi  fi
1156    
1157    #- check length of MPI machine file:
1158    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1159        if test -r $MPI_MFILE ; then
1160            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1161            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1162              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1163              usage
1164            fi
1165            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1166                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1167            fi
1168        else
1169              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1170              usage
1171        fi
1172    fi
1173    
1174  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1175  if test "x$ADM" = xt ; then  if test $KIND = 1 ; then
1176        TARG=ftlall
1177        code_dir=code_ad
1178        inputdir=input_ad
1179        ref_outp="output_tlm.txt"
1180        EXECUTABLE="mitgcmuv_ftl"
1181    elif test $KIND = 2 ; then
1182        if test "x$TARG" = xobj ; then TARG=adobj ; else TARG=adall ; fi
1183      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
1184      inputdir=input_ad      inputdir=input_ad
1185      ref_outp="output_adm.txt"      ref_outp="output_adm.txt"
1186      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1187  elif test "x$OADM" = xt ; then  elif test $KIND = 4 ; then
1188        TARG=adAll
1189      code_dir=code_oad      code_dir=code_oad
1190      inputdir=input_oad      inputdir=input_oad
1191      ref_outp="output_oadm.txt"      ref_outp="output_oadm.txt"
1192      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1193  else  else
1194        if test "x$JOBS" != x ; then TARG="-j $JOBS $TARG" ; fi
1195      code_dir=code      code_dir=code
1196      inputdir=input      inputdir=input
1197      ref_outp="output.txt"      ref_outp="output.txt"
1198      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
1199  fi  fi
1200    
1201    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1202  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1203      LIST=`scandirs results/$ref_outp`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1204    elif test $xx = 'start_from' ; then
1205        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1206        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1207  else  else
1208      #- expand group of experiments:      #- expand group of experiments:
1209      LIST=" "      LIST=" "
# Line 988  else Line 1218  else
1218                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1219          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1220        esac        esac
1221      done      done
1222  fi  fi
1223  #echo 'LIST='${LIST}'<'  #echo 'LIST='${LIST}'<'
1224  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
# Line 1005  do Line 1235  do
1235              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"              echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1236          fi          fi
1237      else      else
1238          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""          if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1239          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1240          fi          fi
1241      fi      fi
1242  done  done
1243  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1244  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1245    
# Line 1017  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1247  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1247      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1248  fi  fi
1249    
1250  RUNLOG="run.log"  LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1251    RUNLOG="run.tr_log"
1252  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1253  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1254      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1255  fi  fi
1256  if test "x$MPI" = xt ; then  if test "x$MPI" != x0 ; then
1257      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1258  fi  fi
1259    
# Line 1032  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )" Line 1263  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1263  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1264  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1265  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1266  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 1 ; then
1267        DEF_CHECK_LIST='tlmGrd tlmCst tlmGrd fwdGrd'
1268        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1269        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1270    elif test $KIND = 2 -o $KIND = 4 ; then
1271        DEF_CHECK_LIST='AdGrd Cost AdGrd FDGrd'
1272        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1273        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1274    else
1275      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1276      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1277      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1278      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1279      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
 else  
     DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'  
     EMPTY_RESULTS='.. ..'  
     LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`  
1280  fi  fi
1281    
1282  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1283  createcodelet  if test "x$CLEANUP" = xt -o -x tr_cmpnum ; then
1284        echo "skipping comparison code build"
1285    else
1286        createcodelet
1287    fi
1288    
1289  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1290  if test "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
# Line 1057  fi Line 1296  fi
1296  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1297  CMDLINE=$0  CMDLINE=$0
1298  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`  for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1299      if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"      if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx" ; else
1300                          else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi        nb=`echo $xx | grep -c '='`
1301          if test $nb = 0 ; then CMDLINE="$CMDLINE '$xx'"
1302          else yy=`echo "$xx'" | sed "s/=/='/"` ;
1303                                 CMDLINE="$CMDLINE $yy" ; fi
1304        fi
1305  done  done
1306  #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done  #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1307  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
# Line 1105  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1348  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1348          echo >> $SUMMARY          echo >> $SUMMARY
1349          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY          echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1350      else      else
1351          echo | tee $SUMMARY          echo | tee -a $SUMMARY
1352          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee -a $SUMMARY
1353          exit 1          exit 1
1354      fi      fi
1355  else  else
1356      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1357      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1358      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1359  fi  fi
1360  echo  echo
1361  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1362  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test $KIND = 0 ; then
1363      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      line_0=`printf '%s %2i' 'default' $MATCH_CRIT`
     then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi  
1364         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
 #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"  
1365      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1366      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="e p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1367      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="n n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1368      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1369      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1370          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
# Line 1133  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1373  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1373          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1374          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
1375      done      done
1376    else
1377        line_0=`printf '%s %2i' 'default   ' $MATCH_CRIT`
1378      if test $KIND = 1 ; then
1379        echo "TANGLIN=true" >> $SUMMARY
1380        line_1="G D M    C  T  F"
1381        line_2="e p a R  o  L  D"
1382      else
1383        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1384        line_1="G D M    C  A  F"
1385        line_2="e p a R  o  d  D"
1386      fi
1387        line_3="n n k u  s  G  G"
1388        line_4="2 d e n  t  r  r"
1389        echo >> $SUMMARY
1390    fi
1391    if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1392      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1393      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1394      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1395      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1396      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1397      echo " "       | tee -a $SUMMARY      echo ""        | tee -a $SUMMARY
 else  
     echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY  
     echo >> $SUMMARY  
     if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;  
     then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;  
     else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi  
     echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY  
     cat << EOF | tee -a $SUMMARY  
 G D M    C  G  
 E p a R  o  r  
 N n k u  s  a  
 2 d e n  t  d  
   
 EOF  
1398  fi  fi
1399    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1400    
1401  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1402  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1403        
1404      # set builddir & rundir:      # set builddir & rundir:
1405      builddir="build"      builddir="build"
1406      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1407      rundir="run"      rundir="run"
1408        pfxdir="tr_$rundir"
1409      if test ! -d $dir/$rundir ; then      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1410          rundir=$builddir          rundir=$builddir
1411      fi      fi
# Line 1172  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1416  for dir in $TESTDIRS ; do
1416      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1417          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1418          makeclean $BUILD_DIR          makeclean $BUILD_DIR
1419            (   cd $BUILD_DIR
1420                rm -f $EXECUTABLE *.bak
1421                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1422                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1423            )
1424          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1425              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1426              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1427          fi          fi
1428          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1429          ttd=`echo $trdir | wc -w`          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1430          if test $ttd != 0 ; then          if test $ttd != 0 ; then
1431              echo '  --- rm dir:' $trdir              echo '  --- rm dir:' $trdir
# Line 1185  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1434  for dir in $TESTDIRS ; do
1434          continue          continue
1435      fi      fi
1436    
1437      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1438      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1439      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1440      if test ! -r $fout ; then     #if test ! -r $fout ; then
1441        if test ! -r $fout -a ! -r ${fout}.gz ; then
1442          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1443          continue          continue
1444      fi      fi
1445    
1446      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1447    
1448      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1449          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1450          continue          continue
1451      fi      fi
# Line 1203  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1453  for dir in $TESTDIRS ; do
1453          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1454          continue          continue
1455      fi      fi
1456      if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then  
1457        retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1458        if test $retv != 0 ; then          ntx=1 ; nty=1
1459          echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1460          continue            ff=$dir"/input/eedata.mth"
1461        fi            ntx=`grep "^ *nTx *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
1462              nty=`grep "^ *nTy *=" $ff | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
1463              if test "x$ntx" = x ; then ntx=1 ; fi
1464              if test "x$nty" = x ; then nty=1 ; fi
1465            fi
1466            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1467            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $ntx $nty
1468            LOC_NPROC=$?
1469            (   cd $BUILD_DIR
1470                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1471                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1472                else RETVAL=1
1473                fi
1474                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1475                    rm -f tr_size.mpi
1476                else
1477                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1478                fi
1479            )
1480            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1481                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1482                rm -f $LOC_MFILE
1483                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1484                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1485                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1486                    rm -f $LOC_MFILE
1487                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1488                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1489                fi
1490                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1491                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1492                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1493                fi
1494            fi
1495            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1496                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1497                if test $retv != 0 ; then
1498                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1499                    continue
1500                fi
1501            fi
1502      fi      fi
1503    
1504      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1505      extra_runs=      extra_runs=
1506      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`      if test "x$NORUN" = xf ; then
1507            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1508        fi
1509      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1510      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1511          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1512          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1513          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1514          if test -f $outf -a -r $outf ; then          #if test -f $outf -a -r $outf ; then
1515            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then          if test -r $outf -o -r ${outf}.gz ; then
1516              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1517              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1518                if test "x$MPI" = "xt" ; then                if test "x$MPI" = "x0" ; then
1519                  retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`                  extra_runs="$extra_runs $name"
1520                  else
1521                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1522                  if test $retv = 0 ; then                  if test $retv = 0 ; then
1523                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1524                  else                  else
1525                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1526                  fi                  fi
               else  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
1527                fi                fi
1528              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1529              fi              fi
# Line 1240  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1533  for dir in $TESTDIRS ; do
1533          fi          fi
1534      done      done
1535    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1536      echo      echo
1537      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1538         echo "Experiment:  $dir"          echo "Experiment:  $dir"
1539      else      else
1540         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"          echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1541      fi      fi
1542      echo      echo
1543      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1544      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1545    
1546      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1547      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1548      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1549      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      #- report to this experiment local summary file ---
1550            echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1551      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1552          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1553          makeclean $dir/$builddir \      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1554              && run_clean $dir/$rundir  
1555        if test "x$NORUN" = xt ; then
1556                run=N
1557            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1558                && makeclean $dir/$builddir \
1559                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1560                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1561                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1562      else      else
1563          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1564              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1565              && run_clean $dir/$rundir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
             && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \  
1566              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1567              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1568              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \              && run_clean $dir/$rundir \
1569                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1570              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1571              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1572      fi      fi
1573            #echo "results='$results'"
1574      echo  
1575          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1576          echo          echo 1>&2
1577          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1578          touch $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         if test "x$ADM" = xt ; then  
             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                                 >> $CDIR"/summary.txt"  
         fi  
1579    
1580          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1581              unset run              unset run
1582              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1583              #  reference output file              #  reference output file
1584              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1585              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1586              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1587              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1588              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              #- report to this experiment local summary file ---
1589              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1590              run_clean $dir/tr_run.$ex              #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1591              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input              #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1592              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1593              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1594                run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1595                linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1596                runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1597                && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1598              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1599              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1600              echo              echo 1>&2
1601              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1602              touch $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1603              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1604              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
             echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             if test "x$ADM" = xt ; then  
                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \  
                                    >> $CDIR"/summary.txt"  
             fi  
             if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then  
                 run_clean $dir/tr_run.$ex  
1605              fi              fi
1606          done          done
1607    
1608        if test ! -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then
1609            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1610                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1611                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1612                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1613                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1614                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1615                    eval $mkOpt
1616                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1617                            $SUMMARY > tmp.tr_log
1618                    RETVAL=$?
1619                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1620                            cp tmp.tr_log $SUMMARY
1621                    else rm -f tmp.tr_log
1622                    fi
1623                fi
1624                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1625                if test -r $gmkLog ; then
1626                    grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1627                    RETVAL=$?
1628                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1629                      echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1630                      echo "extract compiler version:"   >> $DRESULTS/genmake_state
1631                      sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' \
1632                         $gmkLog | grep -v '^... compiler version ' > tmp.tr_log
1633                      sed -n '1p' tmp.tr_log >> $DRESULTS/genmake_state
1634                      sed -n '2,/^$/p' tmp.tr_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1635                                             >> $DRESULTS/genmake_state
1636                      rm -f tmp.tr_log
1637                    fi
1638                    echo -n "from '$gmkLog', " >> $DRESULTS/genmake_state
1639                    echo "get NETCDF & LAPACK settings:" >> $DRESULTS/genmake_state
1640                    sed -n '/set HAVE_NETCDF=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1641                    sed -n '/set HAVE_LAPACK=/p' $gmkLog >> $DRESULTS/genmake_state
1642                fi
1643            fi
1644        fi
1645      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1646      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1647          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1648              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1649      fi      fi
1650            if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1651    
1652      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1653        
1654  done  done
1655    
1656  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
# Line 1358  else Line 1679  else
1679              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1680              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1681              echo              echo
1682                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1683                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1684          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1685      fi      fi
1686  fi  fi
1687    
1688  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1689        rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1690    fi
1691    
1692  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1693      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1694      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1695          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1696      fi      fi
1697      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1698  fi  fi
# Line 1377  fi Line 1700  fi
1700  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1701      rm -rf $DRESULTS      rm -rf $DRESULTS
1702  fi  fi
1703    echo "======== End of testreport execution ========"
Legend:
Removed from v.1.127  
changed lines
  Added in v.1.180
  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.22