/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.127 by jmc, Thu Jun 4 23:40:53 2009 UTC revision 1.163 by jmc, Wed May 18 22:03:57 2011 UTC
# Line 12  usage() Line 12  usage()
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17        echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18        echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
19      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
20      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
21      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
22      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
23        echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
24      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
25      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
26      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
27      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
28      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
29      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
30      echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
31        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
32        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
33      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
34      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
35      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
36      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
37      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
38      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
39      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
40      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
41      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
42      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
43      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
44      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
45      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"  #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
46      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"  #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
47      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
48      echo "                             (DEF=\"12\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
49      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
50      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
51        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
52        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
53      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
54      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
55      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
56      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
57        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
58        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
59      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
60      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
61      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
# Line 104  testoutput_var() Line 113  testoutput_var()
113  {  {
114      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
115      #      #
116      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
117      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
118      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
119    
# Line 176  testoutput_var() Line 185  testoutput_var()
185          fi          fi
186      fi      fi
187      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
188        
189      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
190  }  }
191    
# Line 229  testoutput_run() Line 238  testoutput_run()
238            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
239          fi          fi
240          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
241          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
242            #---
243          allargs=""          allargs=""
244          for xx in $listVar          for xx in $listVar
245          do          do
# Line 264  testoutput_run() Line 274  testoutput_run()
274             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
275          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
276             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
277           'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
278           'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
279           'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;           'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
280           'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;           'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
281           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
282           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;           'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
283           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;           'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
# Line 291  testoutput_run() Line 301  testoutput_run()
301          done          done
302    
303          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
304          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
305          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
306            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
307            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
308          else          else
309            echo $allargs            echo $allargs
310          fi          fi
311  # <-- same processing for adjoint & forward test  # <-- same processing for adjoint & forward test
312  }  }
313    
# Line 315  genmakemodel() Line 325  genmakemodel()
325          (          (
326              cd $1;              cd $1;
327              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
328                if test "x$MKDEPEND" != x ; then
329                    command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
330                fi
331              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
332                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
333              elif test "x$OADM" = xt ; then              elif test "x$OADM" = xt ; then
# Line 331  genmakemodel() Line 344  genmakemodel()
344              if test "x$GSL" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
345                  command="$command -gsl"                  command="$command -gsl"
346              fi              fi
347              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" != x0 ; then
348                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
349              fi              fi
350              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
351              #- run multi-threaded using OpenMP:              #- run multi-threaded using OpenMP:
352                  command="$command -omp"                  command="$command -omp"
353              fi              fi
354                if test "x$USE_R4" = xt ; then
355                    command="$command -use_r4"
356                fi
357              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
358                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
359              fi              fi
360              if test "x$PAPIS" = xt ; then              if test "x$PAPIS" = xt ; then
361                  command="$command -papis"                  command="$command -papis"
362              else              else
363              if test "x$PCLS" = xt ; then              if test "x$PCLS" = xt ; then
364                  command="$command -pcls"                  command="$command -pcls"
365              fi              fi
366              fi              fi
367              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... '
368              # $command > make.log 2>&1              eval $command > genmake.tr_log 2>&1
             eval $command > make.log 2>&1  
369              RETVAL=$?              RETVAL=$?
370              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
371              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
372              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
373                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
374                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
375                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
376                  return 1                  return 1
377              else              else
378                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
379              fi              fi
380          )          )
381      fi      fi
# Line 369  genmakemodel() Line 384  genmakemodel()
384  makeclean()  makeclean()
385  {  {
386      # makeclean directory      # makeclean directory
387        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
388      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
389          echo "make Clean skipped!"          echo "make Clean skipped!"
390      else      else
# Line 376  makeclean() Line 392  makeclean()
392              cd $1;              cd $1;
393              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
394              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
395                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
396                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1                  $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
397                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
398                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
399                      tail make.log                      tail make.tr_log
400                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
401                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
402                      return 1                      return 1
403                  fi                  fi
404                  echo successful 1>&2                  echo successful
405              else              else
406                  echo ''                  echo ''
407              fi              fi
# Line 402  run_clean() Line 418  run_clean()
418      else      else
419          (          (
420              cd $1;              cd $1;
421              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1              printf 'clean run-dir ... '
422              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
423              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
424              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
425              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
426              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
427              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime              #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)
428                rm -f $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
429              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
430              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
431              echo successful 1>&2              echo successful
432              exit 0              exit 0
433          )          )
434      fi      fi
# Line 425  makedependmodel() Line 442  makedependmodel()
442      else      else
443          (          (
444              cd $1;              cd $1;
445              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
446              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
447              RETVAL=$?              RETVAL=$?
448              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
449                  tail make.log                  tail make.tr_log
450                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
451                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
452                  return 1                  return 1
453              else              else
454                  echo successful 1>&2                  echo successful
455              fi              fi
456          )          )
457      fi      fi
# Line 444  makemodel() Line 461  makemodel()
461  {  {
462      # makemodel directory      # makemodel directory
463      (      (
464        mk_fail=0
465        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
466            cd $1;
467            if test -x $EXECUTABLE ; then
468                echo "make skipped!"
469            else
470                echo "no executable!"
471                mk_fail=3
472            fi
473        else
474          cd $1;          cd $1;
475          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
476              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
477              if test "x$ADM" = xt ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
478                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1
479              elif test "x$OADM" = xt ; then              elif test "x$OADM" = xt ; then
480                  $MAKE adAll >> make.log 2>&1                  $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1
481              else              else
482                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
483                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE >> make.tr_log 2>&1
484                  else                  else
485                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS >> make.tr_log 2>&1
486                  fi                  fi
487              fi              fi
488              RETVAL=$?              RETVAL=$?
489              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
490                  tail make.log                  tail make.tr_log
491                  echo failed 1>&2                  echo failed
492                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
493                  return 1                  tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
494                    rm -f $EXECUTABLE
495                    mk_fail=1
496              else              else
497                  echo successful 1>&2                  echo successful
498              fi              fi
499            else
500                echo "no Makefile !"
501                mk_fail=2
502          fi          fi
503        fi
504        if test "x$ADM" = xt -a -f taf_ad.log ; then
505                head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
506                nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
507                nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
508                echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
509                                    >> $CDIR"/summary.txt"
510        fi
511        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
512      )      )
513  }  }
514    
515    mk_mpi_size()
516    {
517        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb prefer_to_split_X
518        #
519        # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
520        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
521        # return the effective number of processors.
522    
523        inp=$1
524        out=$2
525        np=$3
526        dirX=$4
527        tmp=TTT.$$
528    
529        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
530        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
531        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
532        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
533    
534        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
535        pp=0
536        i=1
537        while [ $i -le $px ] ; do
538          if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then
539            j=1
540            while [ $j -le $py ] ; do
541              if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
542                ij=`expr $i \* $j`
543                if [ $ij -gt $pp ] ; then
544                    flag=1
545                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
546                    flag=$dirX
547                else
548                    flag=0
549                fi
550                if test $flag = 1 ; then
551                  if [ $ij -le $np ] ; then
552                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
553                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
554                  fi
555                fi
556              fi
557              j=`expr $j + 1`
558            done
559          fi
560          i=`expr $i + 1`
561        done
562    
563        #- create new SIZE.h type file:
564        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
565        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
566        if [ $verbose -gt 1 ]; then
567            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
568        fi
569        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
570        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
571        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
572        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
573        rm -f $tmp
574        return $pp
575    }
576    
577  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
578  {  {
579      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 479  symlink_mpifiles() Line 582  symlink_mpifiles()
582    
583      dir=$1      dir=$1
584      code_dir=$2      code_dir=$2
585      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
586      CODE_DIR=$dir/$code_dir  
       
587      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
588      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
589    
590      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
591      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
592          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
593          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
594          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
595              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
596              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
597              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
598              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
599              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
600                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
601                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
602                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
603                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
604                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
605                        rm -f $build_dir/$name
606                  fi                  fi
607              fi              fi
608          done          else
609      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
610                    # dir so long as there is no real file in place
611                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
612                RETVAL=$?
613                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
614                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
615                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
616                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
617                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
618                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
619                    fi
620                fi
621            fi
622        done
623  }  }
624    
625  linkdata()  linkdata()
# Line 527  linkdata() Line 630  linkdata()
630      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
631          (          (
632              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
633                echo 'linkdata from dirs:' $*
634              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
635              for xx in $inpMPI ; do              for xx in $inpMPI ; do
636                if test -r "../"$1"/"$xx ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
637                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
638                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
639                  if test "x$MPI" = "xt" ; then                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
640                  # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file                      # not mpi test: remove symbolic link
641                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
                     if test ! -r $yy ; then  
                         ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;  
                         printf "$xx " 1>&2  
                     fi  
642                  else                  else
643                  # not mpi test: remove symbolic link                      # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
644                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
645                        if test ! -r $yy ; then
646                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
647                            printf " $xx" 1>&2
648                        fi
649                  fi                  fi
650                fi                fi
651              done              done
# Line 550  linkdata() Line 654  linkdata()
654                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
655                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
656                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
657                      if test ! -r eedata ; then                      if test ! -r eedata ; then
658                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
659                          printf 'eedata.mth ' 1>&2                          printf ' eedata.mth' 1>&2
660                      fi                      fi
661                  else                  else
662                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
# Line 562  linkdata() Line 666  linkdata()
666              prevDir='NONE'              prevDir='NONE'
667              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
668                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
669                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
670                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
671                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
672                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 572  linkdata() Line 676  linkdata()
676                              fi                              fi
677                          fi                          fi
678                      done                      done
679                        printf ' ;' 1>&2
680                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
681                          "../"$ldir"/"prepare_run                          "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
682                        else
683                            echo '' 1>&2
684                      fi                      fi
                     printf ' ; ' 1>&2  
685                  fi                  fi
686                  prevDir=$ldir                  prevDir=$ldir
687              done              done
# Line 587  runmodel() Line 693  runmodel()
693  {  {
694      # runmodel directory      # runmodel directory
695      #      #
696      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
697      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
698      (      (
699          cd $1          cd $1
700          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
701          # make output.txt          if test "x$MPI" != x0 ; then
702          echo              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
703          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
704              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
705              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
706                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
707                fi
708                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
709            fi
710            if test -L $EXECUTABLE ; then
711              if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
712                cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
713                outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
714              else rm -f $EXECUTABLE
715              fi
716          fi          fi
717          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
718              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
719              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
720          fi          fi
721          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
722                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
723                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
724                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
725                  RETVAL=8              RETVAL=8
726                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
727          else          else
728              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
729                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
730                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
731                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
732                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
733                  RETVAL=$?              RETVAL=$?
734              else              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
735                  RETVAL=0              if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
736                  if test -f $RUNLOG ; then                  find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
737                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                  find . -name "*.data" -exec rm {} \;
738                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                  rm -rf mnc_test_*
                 else  
                     touch $RUNLOG  
                     if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi  
                     echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1  
                     echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1  
                 fi  
739              fi              fi
740              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            else
741                RETVAL=0
742                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
743                touch $RUNLOG
744                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
745                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
746              fi
747          fi          fi
748          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
749          #if test "x$RETVAL" = x0 ; then          #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE (and AD time)
750            if test -f $OUTPUTFILE ; then
751              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
752                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"
753              if test "x$ADM" = xt ; then
754                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"
755              fi
756            fi
757            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
758          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
759              tail $RUNLOG              echo successful
760              echo successful 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
761              # === Reduce the size of the testing emails!              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
762              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE              return 0
763              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
764                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
765                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
766                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
767                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
768              return 0              return 0
769          else          else
770              tail $RUNLOG              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
771              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
772                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
773              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
774              return 1              return 1
775          fi          fi
776      )      )
# Line 692  EOF Line 820  EOF
820          return 0          return 0
821      else      else
822          echo          echo
823          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
824          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
825          exit 1          exit 1
826      fi      fi
# Line 711  formatresults() Line 839  formatresults()
839      printf '%3s' $listPrt      printf '%3s' $listPrt
840  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
841  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
842        
843      if [ $xx = '..' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
844          printf ' N/O '          printf ' N/O '
845      elif [ $xx = '--' ]; then      elif [ $xx = '--' ]; then
# Line 727  formatresults() Line 855  formatresults()
855      fi      fi
856      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
857      printf '\n'      printf '\n'
858        
859  }  }
860    
861  scandirs()  scandirs()
# Line 744  scandirs() Line 872  scandirs()
872    
873  check_eedata()  check_eedata()
874  {  {
875      # check_eedata size.h eedata      # check_eedata eedata size.h
876      if [ $# -eq 2 ] ; then      if [ $# -eq 2 ] ; then
877        if test -f $1 -a -f $2 ; then       if test -f $1 -a -f $2 ; then
878        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`        nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
879        nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`        sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
880        if test "x$nx" = x ; then        if test "x$nx" = x ; then
881          rx=10          rx=10
882        else        else
883          rx=`expr $sx % $nx`          rx=`expr $sx % $nx`
884        fi        fi
885        sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`        ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
886        ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`        sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
887        if test "x$ny" = x ; then        if test "x$ny" = x ; then
888          ry=20          ry=20
889        else        else
890          ry=`expr $sy % $ny`          ry=`expr $sy % $ny`
891        fi        fi
892        echo `expr $rx + $ry`        echo `expr $rx + $ry`
893      else       else
894        echo '-1'        echo '-1'
895        fi       fi
896        elif [ $# -eq 1 ] ; then
897         if test -f $1 ; then
898          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
899          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
900          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
901          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
902         #echo $nx $ny
903          echo $nx
904         else
905          echo '-1'
906         fi
907      else      else
908        echo '-2'        echo '-2'
909      fi      fi
# Line 777  check_eedata() Line 916  check_eedata()
916  #  Default properties  #  Default properties
917  debug=0  debug=0
918  verbose=1  verbose=1
919  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
920    
921  IEEE=true  IEEE=true
922  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
# Line 786  fi Line 925  fi
925  GSL=f  GSL=f
926    
927  CLEANUP=f  CLEANUP=f
928    NORUN=f
929  QUICK=f  QUICK=f
930    NOMAKE=f
931  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
932  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
933  NODEPEND=f  NODEPEND=f
934  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
935    
936  BASH=  BASH=
937  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 801  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6" Line 942  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
942  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
943  MPACK=  MPACK=
944  COMMAND=  COMMAND=
945    MKDEPEND=
946  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
947      MAKE=make      MAKE=make
948  fi  fi
# Line 808  if test "x$CC" = x ; then Line 950  if test "x$CC" = x ; then
950      CC=cc      CC=cc
951  fi  fi
952  JOBS=  JOBS=
953  MPI=f  MPI=0
954    MPI_MFILE=
955  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
956  OUTDIR=  OUTDIR=
957  DELDIR=  DELDIR=
958    USE_R4=
959    
960  ADM=  ADM=
961  OADM=  OADM=
# Line 819  OADM= Line 963  OADM=
963  # list of pTracers to check for monitor output  # list of pTracers to check for monitor output
964  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
965    
966  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=10
967    
968  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
969    
# Line 834  for ac_option ; do Line 978  for ac_option ; do
978      fi      fi
979    
980      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
981        
982      case $ac_option in      case $ac_option in
983                    
984          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
985              usage ;;  
986                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
987          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
988              ac_prev=OPTFILE ;;  
989          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
990              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
991                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
992          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
993              ac_prev=ADDRESSES ;;  
994          -addr=* | --addr=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
995              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
996          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
997              ac_prev=MPACKDIR ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
998          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
999              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1000            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1001          -tdir | --tdir | -t | --t)  
1002              ac_prev=TESTDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1003          -tdir=* | --tdir=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1004              TESTDIRS=$ac_optarg ;;  
1005            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1006          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1007              ac_prev=SKIPDIRS ;;  
1008          -skipdir=* | --skipdir=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1009              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1010    
1011          -bash | --bash | -b | --b)          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1012              ac_prev=BASH ;;          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1013          -bash=* | --bash=*)  
1014              BASH=$ac_optarg ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1015            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
         -command | --command | -c | --c)  
             ac_prev=COMMAND ;;  
         -command=* | --command=*)  
             COMMAND=$ac_optarg ;;  
   
         -make | --make | -m | --m)  
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
1016    
1017          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1018          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1019    
1020          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1021          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1022    
1023          -clean | --clean)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;  
1024    
1025          -quick | --quick | -q | --q)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1026              QUICK=t ;;          -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1027          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1028              NOGENMAKE=t ;;          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1029          -noclean | --noclean | -nc | --nc)          -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1030              NOCLEAN=t ;;          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1031          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
1032              NODEPEND=t ;;          -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1033            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1034    
1035            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1036            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1037            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1038    
1039          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1040              POSTCLEAN=t ;;          -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
   
         -mpi) MPI=t ;;  
1041    
1042          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1043    
1044          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
   
1045          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1046    
1047          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
1048          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
1049          -gsl) GSL=t ;;          -gsl) GSL=t ;;
1050    
1051          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1052          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 928  for ac_option ; do Line 1054  for ac_option ; do
1054    
1055          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1056    
1057          -ts) TS=t;;          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1058    
1059            -ts) TS=t;;
1060          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
   
1061          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1062    
1063          -*)          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1064              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              usage ;;
1065              usage          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1066              ;;              usage ;;
1067            
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
           
1068       esac       esac
1069        
1070  done  done
1071    
1072  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 954  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1075  if test "x$QUICK" = xt ; then
1075      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1076  fi  fi
1077    
1078    #- check length of MPI machine file:
1079    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1080        if test -r $MPI_MFILE ; then
1081            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1082            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1083              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1084              usage
1085            fi
1086            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1087                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1088            fi
1089        else
1090              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1091              usage
1092        fi
1093    fi
1094    
1095  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1096  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
1097      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
# Line 972  else Line 1110  else
1110      EXECUTABLE="mitgcmuv"      EXECUTABLE="mitgcmuv"
1111  fi  fi
1112    
1113    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1114  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1115      LIST=`scandirs results/$ref_outp`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1116    elif test $xx = 'start_from' ; then
1117        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1118        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1119  else  else
1120      #- expand group of experiments:      #- expand group of experiments:
1121      LIST=" "      LIST=" "
# Line 988  else Line 1130  else
1130                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1131          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1132        esac        esac
1133      done      done
1134  fi  fi
1135  #echo 'LIST='${LIST}'<'  #echo 'LIST='${LIST}'<'
1136  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
# Line 1009  do Line 1151  do
1151          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1152          fi          fi
1153      fi      fi
1154  done  done
1155  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1156  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1157    
# Line 1017  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1159  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1159      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1160  fi  fi
1161    
1162  RUNLOG="run.log"  LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1163    RUNLOG="run.tr_log"
1164  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1165  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1166      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1167  fi  fi
1168  if test "x$MPI" = xt ; then  if test "x$MPI" != x0 ; then
1169      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1170  fi  fi
1171    
# Line 1045  else Line 1188  else
1188  fi  fi
1189    
1190  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1191  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1192        echo "skipping comparison code build"
1193    else
1194        createcodelet
1195    fi
1196    
1197  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1198  if test "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
# Line 1111  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1258  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1258      fi      fi
1259  else  else
1260      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1261      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1262      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1263  fi  fi
1264  echo  echo
1265  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1266  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1267      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1268      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1269      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1270         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
 #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"  
1271      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1272      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1273      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
# Line 1142  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the Line 1288  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; the
1288  else  else
1289      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1290      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1291      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1292      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1293      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1294      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1295      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
# Line 1154  N n k u  s  a Line 1300  N n k u  s  a
1300    
1301  EOF  EOF
1302  fi  fi
1303    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1304    
1305  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1306  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1307        
1308      # set builddir & rundir:      # set builddir & rundir:
1309      builddir="build"      builddir="build"
1310      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1311      rundir="run"      rundir="run"
1312        pfxdir="tr_$rundir"
1313      if test ! -d $dir/$rundir ; then      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1314          rundir=$builddir          rundir=$builddir
1315      fi      fi
# Line 1172  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1320  for dir in $TESTDIRS ; do
1320      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1321          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1322          makeclean $BUILD_DIR          makeclean $BUILD_DIR
1323            (   cd $BUILD_DIR
1324                rm -f $EXECUTABLE *.bak
1325                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1326                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1327            )
1328          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1329              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '              echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1330              run_clean $dir/$rundir              run_clean $dir/$rundir
1331          fi          fi
1332          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1333          ttd=`echo $trdir | wc -w`          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1334          if test $ttd != 0 ; then          if test $ttd != 0 ; then
1335              echo '  --- rm dir:' $trdir              echo '  --- rm dir:' $trdir
# Line 1185  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1338  for dir in $TESTDIRS ; do
1338          continue          continue
1339      fi      fi
1340    
1341      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1342      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1343      fout=$dir"/results/"$ref_outp      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1344      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
# Line 1195  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1348  for dir in $TESTDIRS ; do
1348    
1349      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1350    
1351      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1352          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1353          continue          continue
1354      fi      fi
# Line 1203  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1356  for dir in $TESTDIRS ; do
1356          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1357          continue          continue
1358      fi      fi
1359      if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then  
1360        retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1361        if test $retv != 0 ; then          prefer_X=0
1362          echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1363          continue              retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth"`
1364        fi              if test $retv = 1 ; then prefer_X=1 ; fi
1365            fi
1366            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1367            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $prefer_X
1368            LOC_NPROC=$?
1369            (   cd $BUILD_DIR
1370                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1371                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1372                else RETVAL=1
1373                fi
1374                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1375                    rm -f tr_size.mpi
1376                else
1377                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1378                fi
1379            )
1380            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1381                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1382                rm -f $LOC_MFILE
1383                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1384                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1385                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1386                    rm -f $LOC_MFILE
1387                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1388                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1389                fi
1390                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1391                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1392                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1393                fi
1394            fi
1395            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1396                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1397                if test $retv != 0 ; then
1398                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1399                    continue
1400                fi
1401            fi
1402      fi      fi
1403    
1404      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1405      extra_runs=      extra_runs=
1406      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`      if test "x$NORUN" = xf ; then
1407            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1408        fi
1409      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1410      for exd in $ex_run_dirs ; do      for exd in $ex_run_dirs ; do
1411          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1412          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1413          outf="$dir/results/$refExOut"          outf="$dir/results/$refExOut"
1414          if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1415            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1416              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1417                if test "x$MPI" = "xt" ; then                if test "x$MPI" = "x0" ; then
1418                  retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`                  extra_runs="$extra_runs $name"
1419                  else
1420                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1421                  if test $retv = 0 ; then                  if test $retv = 0 ; then
1422                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1423                  else                  else
1424                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"                      echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1425                  fi                  fi
               else  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
1426                fi                fi
1427              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"              #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1428              fi              fi
# Line 1240  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1432  for dir in $TESTDIRS ; do
1432          fi          fi
1433      done      done
1434    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1435      echo      echo
1436      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1437         echo "Experiment:  $dir"         echo "Experiment:  $dir"
1438      else      else
1439         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
# Line 1251  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1442  for dir in $TESTDIRS ; do
1442      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1443      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1444    
1445      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1446      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1447      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1448      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      #- report to this experiment local summary file ---
1449            echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1450      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1451          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1452          makeclean $dir/$builddir \      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1453              && run_clean $dir/$rundir  
1454        if test "x$NORUN" = xt ; then
1455                run=N
1456            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1457                && makeclean $dir/$builddir \
1458                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1459                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1460                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1461      else      else
1462          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1463              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
             && run_clean $dir/$rundir \  
1464              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1465              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1466              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1467              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \              && run_clean $dir/$rundir \
1468                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1469              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1470              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1471      fi      fi
1472            #echo "results='$results'"
1473      echo  
1474          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1475          echo          echo 1>&2
1476          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1477          touch $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         if test "x$ADM" = xt ; then  
             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                                 >> $CDIR"/summary.txt"  
         fi  
1478    
1479          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1480              unset run              unset run
1481              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1482              #  reference output file              #  reference output file
1483              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1484              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1485              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1486              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1487              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              #- report to this experiment local summary file ---
1488              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1489              run_clean $dir/tr_run.$ex              #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1490              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input              #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1491              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1492              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1493                run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1494                linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1495                runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1496                && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1497              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1498              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1499              echo              echo 1>&2
1500              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1501              touch $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1502              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1503              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
             echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"  
             if test "x$ADM" = xt ; then  
                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"  
                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \  
                                    >> $CDIR"/summary.txt"  
             fi  
             if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then  
                 run_clean $dir/tr_run.$ex  
1504              fi              fi
1505          done          done
1506    
1507        if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1508            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1509                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1510                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1511                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1512                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1513                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1514                    eval $mkOpt
1515                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1516                            $SUMMARY > tr_0.tmp_log
1517                    RETVAL=$?
1518                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1519                            cp tr_0.tmp_log $SUMMARY
1520                    else rm -f tr_0.tmp_log
1521                    fi
1522                fi
1523                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1524                grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1525                RETVAL=$?
1526                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1527                    echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state
1528                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \
1529                           | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log
1530                    sed -n '1,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1531                            >> $DRESULTS/genmake_state
1532                    rm -f tr_1.tmp_log
1533                fi
1534            fi
1535        fi
1536      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1537      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1538          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1539              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1540      fi      fi
1541            if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1542    
1543      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1544        
1545  done  done
1546    
1547  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
# Line 1358  else Line 1570  else
1570              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1571              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1572              echo              echo
1573                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1574                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1575          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1576      fi      fi
1577  fi  fi
1578    
1579  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1580        rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1581    fi
1582    
1583  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1584      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'

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