/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.11 by edhill, Fri Oct 10 03:29:44 2003 UTC revision 1.71 by jmc, Tue Aug 16 17:12:46 2005 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4  #  $Name$  #  $Name$
# Line 13  usage() Line 13  usage()
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"
15      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
16        echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
17      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
18      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
19      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
20      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"
21      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"
22      echo "  (-b|-bash)STRING         location of \"bash\" executable"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
23      echo "                             (DEF=\"\" for \"/bin/bash\")"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
24      echo "  (-command)STRING         command to run"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
25        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
26        echo "  (-command) STRING        command to run"
27      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
28      echo "  (-m|-make)STRING         command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
29      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
30        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
31        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
32        echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
33        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
34        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
35      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
36      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
37      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
38      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
39      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
40        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
41      echo      echo
42      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
43      echo "such as:"      echo "such as:"
44        echo
45      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
46      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
47      echo      echo
48        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
49        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
50        echo
51      exit 1      exit 1
52  }  }
53    
54  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
55  build_mpack()  build_mpack()
56  {  {
57      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
58      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
59          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
60                echo
61              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
62              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
63              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
64              exit 1              echo
65                HAVE_MPACK=f
66            fi
67            printf "building mpack...  "
68            if test "x$CC" = x ; then
69                export CC=cc
70          fi          fi
71          echo -n "building mpack...  "          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
         ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1  
72          RETVAL=$?          RETVAL=$?
73          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
74              echo              echo
75              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
76              exit 1              echo
77                HAVE_MPACK=f
78            else
79                rm -f tr_build_mpack.out
80                HAVE_MPACK=t
81          fi          fi
82        else
83            HAVE_MPACK=t
84      fi      fi
85      echo "OK"      echo "OK"
86  }  }
87    
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
 }  
   
88  testoutput_for_prop()  testoutput_for_prop()
89  {  {
90      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension
91      #      #
92      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt
93      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
# Line 81  testoutput_for_prop() Line 96  testoutput_for_prop()
96          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2
97      fi      fi
98      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then
99          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
100          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
101          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
102              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
103                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
104              fi              fi
# Line 94  testoutput_for_prop() Line 109  testoutput_for_prop()
109          return 99          return 99
110      fi      fi
111      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
112          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2
113      fi      fi
114      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
115      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
116      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
117          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
118              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
119          fi          fi
120          return 99          return 99
121      fi      fi
122        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
123            if [ $verbose -gt 0 ]; then
124                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
125            fi
126            return 99
127        fi
128        non_real_numb=`egrep -c -i 'NAN|INF' tmp1.txt`
129        if [ $non_real_numb -gt 0 ]; then
130            echo testoutput_for_prop: output.txt has $non_real_numb not real numbers 1>&2
131            return 99
132        fi
133      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
134          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
135      fi      fi
# Line 111  testoutput_for_prop() Line 137  testoutput_for_prop()
137      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
138          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2
139      fi      fi
140      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
141      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
142        fi
143        echo "-1" >> tmp3.txt
144        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
145        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
146        digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`
147      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
148          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
149              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
# Line 123  testoutput_for_prop() Line 154  testoutput_for_prop()
154              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2
155          fi          fi
156      fi      fi
157      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
158            
159      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
160  }  }
# Line 143  dashnum() Line 174  dashnum()
174      done      done
175  }  }
176    
177    testoutput_ad()
178    {
179        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
180        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
181        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
182        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
183        join t05.txt t15.txt > t5.txt
184        join t06.txt t16.txt > t6.txt
185        echo "-1" >> t5.txt
186        echo "-1" >> t6.txt
187        digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`
188        digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`
189        dashnum $digits_5 $digits_6
190        rm -f t[01][56].txt t[56].txt
191    }
192    
193    check_for_add_mon_output()
194    {
195        # Check for additional types of monitor output
196        if test "x$1" = x ; then
197            return
198        fi
199    
200        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
201            eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
202        done
203    
204        ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
205        ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
206        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
207            for jj in $ptr_add ; do
208                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
209                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
210                if test ! "x$tst" = x0 ; then
211                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
212                fi
213            done
214            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
215        done
216    }
217    
218  testoutput()  testoutput()
219  {  {
220      # testoutput diretory subdir      # testoutput directory subdir extension
221      #      #
222      #  test output in "directory"      #  test output in "directory"
223        if test "x$ADM" = x ; then
224            if [ $debug -gt 0 ]; then
225                echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2
226            fi
227            testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?
228            if [ $debug -gt 0 ]; then
229                echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2
230            fi
231            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?
232            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?
233            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?
234            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?
235            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?
236            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?
237            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?
238            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?
239            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?
240            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?
241            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?
242            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?
243            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?
244            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
245            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
246            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
247    
248            #  This is for PTRACERS
249            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
250                eval `echo "p0"$ii"_min=99"`
251                eval `echo "p0"$ii"_max=99"`
252                eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`
253                eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`
254                tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
255                #echo 'tst = '$tst
256                if test "x$tst" = xt ; then
257                    a="trcstat_ptracer0"
258                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3
259                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`
260                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3
261                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`
262                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3
263                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`
264                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3
265                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`
266                fi
267            done
268    
269      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"
270          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"
271      fi          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"
272      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"
273      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"
274          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"
275            allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"
276    
277            eval "dashnum $allargs"
278    
279        else
280            testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
281      fi      fi
       
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?  
       
     dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
         $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd  
282  }  }
283    
284  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 184  genmakemodel() Line 287  genmakemodel()
287      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
288          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
289      else      else
290          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
291                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
292            else
293                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
294            fi
295          (          (
296              cd $1;              cd $1;
297              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE --mods=../code"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
298                if test "x$ADM" = x ; then
299                    command="$command --mods=../code"
300                else
301                    command="$command --mods=../code_ad"
302                    command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"
303                fi
304              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
305                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
                 # echo "  command=\"$command\""  
306              fi              fi
307              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
308                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
309              fi              fi
310              # echo "command: \"$command\""              if test "x$MPI" = xt ; then
311                    command="$command -mpi"
312                fi
313              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
314              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
315              RETVAL=$?              RETVAL=$?
316              for i in genmake_state genmake_optfile genmake_local Makefile ; do              #  Reduce the size of the testing emails!
317                  if test -r $i ; then              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
                     cp $i $CDIR  
                 fi  
             done  
318              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
319                  tail make.log                  tail make.log
320                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
321                  cp make.log $CDIR                  cp genmake_* make.log $CDIR
322                  return 1                  return 1
323              else              else
324                  echo "succesful" 1>&2                  echo "successful" 1>&2
325              fi              fi
326          )          )
327      fi      fi
# Line 238  makeclean() Line 349  makeclean()
349                      return 1                      return 1
350                  fi                  fi
351              fi              fi
352              echo succesful 1>&2              echo successful 1>&2
353                exit 0
354            )
355        fi
356    }
357    
358    postclean()
359    {
360        # postclean directory
361        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
362            (
363                cd $1;
364                if test -r Makefile ; then
365                    $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1
366                fi
367              exit 0              exit 0
368          )          )
369      fi      fi
# Line 261  makedependmodel() Line 386  makedependmodel()
386                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
387                  return 1                  return 1
388              else              else
389                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
390              fi              fi
391          )          )
392      fi      fi
# Line 274  makemodel() Line 399  makemodel()
399          cd $1;          cd $1;
400          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
401              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
402              $MAKE >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = x ; then
403                    if test "x$JOBS" = x ; then
404                        $MAKE >> make.log 2>&1
405                    else
406                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
407                    fi
408                else
409                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
410                fi
411              RETVAL=$?              RETVAL=$?
412              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
413                  tail make.log                  tail make.log
# Line 282  makemodel() Line 415  makemodel()
415                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
416                  return 1                  return 1
417              else              else
418                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
419              fi              fi
420          fi          fi
421      )      )
422  }  }
423    
424    symlink_mpifiles()
425    {
426        # Put special links so that MPI specific files are used
427        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
428        # the Makefile will link to non-mpi files by default
429    
430        dir=$1
431        code_dir=$2
432        BUILD_DIR=$dir/$3
433        CODE_DIR=$dir/$code_dir
434        
435        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
436        MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
437    
438        #  Is this an MPI run?
439        if test "x$MPI" = xt ; then
440            # YES: We symbolically link these files to the build
441            # dir so long as there is no real file in place
442            for ii in $MPI_FILES ; do
443                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
444                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
445                cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1
446                RETVAL=$?
447                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
448                    if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
449                        #echo Linking $name to $i
450                        (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
451                    fi
452                fi
453            done
454        else
455            # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
456            for ii in $MPI_FILES ; do
457                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
458                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
459                if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
460                    cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
461                    RETVAL=$?
462                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
463                        #echo Un-linking $name from $linktarg
464                        rm -f $BUILD_DIR/$name
465                    fi
466                fi
467            done
468        fi
469        
470    }
471    
472  linkdata()  linkdata()
473  {  {
474      # linkdata flag      # linkdata flag
475      #      #
476      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
477      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test "x$1" = x1 ; then
478          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
479                cd $2
480                if test "x$ADM" = x ; then
481                    files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`
482                    for i in $files ; do
483                        if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then
484                            ln -sf "../input/"$i $i
485                        fi
486                    done
487                else
488                    files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`
489                    for i in $files ; do
490                        if test ! -d "../input/"$i ; then
491                            ln -sf "../input/"$i $i
492                        fi
493                    done
494                    files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`
495                    for i in $files ; do
496                        if test ! -d "../input_ad/"$i ; then
497                            ln -sf "../input_ad/"$i $i
498                        fi
499                    done
500                fi
501            )
502      fi      fi
503  }  }
504    
# Line 302  runmodel() Line 506  runmodel()
506  {  {
507      # runmodel directory      # runmodel directory
508      #      #
509      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
510      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
511      (      (
512          cd $1          cd $1
513          printf 'runmodel: ' 1>&2          printf 'runmodel ... ' 1>&2
514          # make output.txt          # make output.txt
515          $COMMAND          echo
516            rm -f run.log
517            # echo "COMMAND='$COMMAND'"
518            # echo "pwd='"`pwd`"'"
519            ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1
520          RETVAL=$?          RETVAL=$?
521          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
522              cp output.txt $CDIR"/output.txt"              tail run.log
523                echo successful 1>&2
524                # === Reduce the size of the testing emails!
525                # if test "x$ADM" = x ; then
526                #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
527                # else
528                #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"
529                # fi
530                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
531              return 0              return 0
532          else          else
533                tail run.log
534                echo failed 1>&2
535                cp run.log $CDIR"/run.log"
536                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
537              return 1              return 1
538          fi          fi
539      )      )
# Line 323  createcodelet() Line 543  createcodelet()
543  {  {
544      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
545    
546      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
547      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF
548        program cmpnum  #include <stdio.h>
549        implicit none  #include <math.h>
550        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
551        integer linnum,best    int linnum,best,lncnt;
552        best=-16    double a,b,abave,relerr;
553    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
554        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
555  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
556        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
557          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
558          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
559  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
560            linnum=int(log10(diff))      if (abave > 0.0) {
561            best=max(best,linnum)        relerr=fabs(a-b)/abave;
562          endif        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }
563        else        else { linnum = -16 ; }
564          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22        best = (best > linnum) ? best : linnum;
565        endif      }
566        goto 99    }
567    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'    if (lncnt == 999) best=-29;
568    70  print *,-best    printf("%d\n", -best);
569        end    return 0;
570  EOFA  }
571    EOF
572        $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
573    
574      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
575          echo "OK"          echo "OK"
576          return 0          return 0
577      else      else
578          echo          echo
579          echo "createcodelet: failed to compile codelet"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
580            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
581          exit 1          exit 1
582      fi      fi
583  }  }
# Line 415  scandirs() Line 637  scandirs()
637    
638    
639  ###############################################################################  ###############################################################################
 ###############################################################################  
 ###############################################################################  
640    
641    
642  #  Default properties  #  Default properties
# Line 426  clean=0 Line 646  clean=0
646  expts=''  expts=''
647  # ieee=1  # ieee=1
648    
649  IEEE=  IEEE=true
650  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
651      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
652  fi  fi
# Line 437  QUICK=f Line 657  QUICK=f
657  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
658  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
659  NODEPEND=f  NODEPEND=f
660    POSTCLEAN=f
661    
662  BASH=  BASH=
663  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
664  ADDRESSES=  ADDRESSES=
665  TESTDIRS=  TESTDIRS=
666  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
667    HAVE_MPACK=
668  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
669  COMMAND="make output.txt"  COMMAND=
670  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
671        MAKE=make
672    fi
673    if test "x$CC" = x ; then
674        CC=cc
675    fi
676    JOBS=
677  MPI=f  MPI=f
678    OUTDIR=
679    DELDIR=
680    
681    ADM=
682    
683    # Additional monitor types
684    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
685    
686  echo -n "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
687    
688  ac_prev=  ac_prev=
689  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 497  for ac_option ; do Line 732  for ac_option ; do
732          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
733              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
734    
735            -odir | --odir)
736                ac_prev=OUTDIR ;;
737            -odir=* | --odir=*)
738                OUTDIR=$ac_optarg ;;
739    
740            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
741                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
742            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
743                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
744    
745            -j) ac_prev=JOBS ;;
746            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
747    
748          -clean | --clean)          -clean | --clean)
749              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
750    
751          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
752              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 509  for ac_option ; do Line 757  for ac_option ; do
757          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
758              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
759    
760          -mpi) MPI=true ;;          -postclean | --postclean | -pc | --pc)
761                POSTCLEAN=t ;;
762    
763            -mpi) MPI=t ;;
764    
765            -adm | -ad) ADM=t ;;
766    
767          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
768          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
# Line 518  for ac_option ; do Line 771  for ac_option ; do
771          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
772          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
773    
774            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
775    
776          -*)          -*)
777              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
778              usage              usage
# Line 546  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 801  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
801      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
802  fi  fi
803    
804    if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
805        COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"
806    fi
807    
808    if test "x$COMMAND" = x ; then
809        COMMAND="$MAKE output.txt"
810    fi
811    
812  echo "OK"  echo "OK"
813    
814  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
815  createcodelet  createcodelet
816    
817  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
818  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
819        echo "skipping mpack build"
820    else
821        build_mpack
822    fi
823    
824  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
825  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
826  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
827  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
828  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
829    if test "x$OUTDIR" != x ; then
830        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
831    fi
832  DNUM=0  DNUM=0
833  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
834  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 568  done Line 838  done
838  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
839  RETVAL=$?  RETVAL=$?
840  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
841      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
842      exit 1      exit 1
843  fi  fi
844  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
845  date > $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
846  cat << EOF >> $SUMMARY  start_date=`date`
847                  T           S           U           V  echo $start_date > $SUMMARY
 G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  
 E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  
 N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  
 2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  
   
 EOF  
   
 NDIR=0  
848    
849  of_path=  of_path=
850  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 596  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 858  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
858          fi          fi
859          file=${OPTFILE##*/}          file=${OPTFILE##*/}
860          OPTFILE=$of_path/$file          OPTFILE=$of_path/$file
861            cp $OPTFILE $DRESULTS
862            echo >> $SUMMARY
863            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
864      else      else
865          echo          echo | tee $SUMMARY
866          echo "WARNING: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\" but will try to use it..."          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
867            exit 1
868      fi      fi
869    else
870        echo >> $SUMMARY
871        echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY
872        echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY
873  fi  fi
874  echo  echo
 echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
875  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
876    if test "x$ADM" = x ; then
877        line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
878        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
879        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
880        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
881        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
882        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
883            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
884            #  if test "x$tst" = xt ; then
885            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
886            line_1="$line_1        m  s"
887            line_2="$line_2  m  m  e  ."
888            line_3="$line_3  i  a  a  d"
889            line_4="$line_4  n  x  n  ."
890            #  fi
891        done
892        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
893        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
894        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
895        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
896        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
897        echo " "       | tee -a $SUMMARY
898    else
899        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
900        echo >> $SUMMARY
901        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
902    G D M    C  G
903    E p a R  o  r
904    N n k u  s  a
905    2 d e n  t  d
906    
907    EOF
908    fi
909    
910  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
911  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
# Line 616  for dir in $TESTDIRS ; do Line 918  for dir in $TESTDIRS ; do
918          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -r $dir/input/Makefile ; then
919              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              ( cd $dir/input ; make CLEAN )
920          fi          fi
921            (
922                cd $dir
923                rm -rf tr_run.*
924            )
925          continue          continue
926      fi      fi
927    
928      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
929      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
930      if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      fout=
931          echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir"      if test "x$ADM" = x ; then
932            fout=$dir"/results/output.txt"
933        else
934            fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"
935        fi
936        if test ! -r $fout ; then
937            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
938          continue          continue
939      fi      fi
940        if test "x$ADM" = x ; then
941            check_for_add_mon_output  $fout
942        fi
943    
944      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      # Check for additional types of monitor output
     echo  
     echo "Experiment:  $dir"  
     echo  
     unset genmake makedepend make run  
     results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
945    
946      if [ -r $dir/build ]; then      builddir="input"
947          seperatebuilddir=1      rundir="input"
948          builddir=build      use_seperate_build=0
949          rundir=build      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then
950          ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )          builddir="build"
951      else          rundir="build"
952          seperatebuilddir=0          use_seperate_build=1
953          builddir=input          linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir
         rundir=input  
954      fi      fi
955            
956      CODE_DIR=$dir/code      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
957      BUILD_DIR=$dir/$builddir      extra_runs=
958      MPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_mpi SIZE.h_mpi"      if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then
959      NOMPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_nompi SIZE.h_nompi"          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
960            echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
961            for exd in $ex_run_dirs ; do
962                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
963                outf="$dir/results/output.txt.$name"
964                if test -f $outf -a -r $outf ; then
965                    extra_runs="$extra_runs $name"
966                fi
967            done
968        fi
969    
970      #  Is this an MPI run?      if test "x$ADM" = x ; then
971      if test "x$MPI" = xt ; then          code_dir=code
972          FILES=$MPI_FILES          CODE_DIR=$dir/code
         endings="_mpi"  
973      else      else
974          FILES=$NOMPI_FILES          code_dir=code_ad
975          endings="_nompi"          CODE_DIR=$dir/code_ad
976      fi      fi
977            BUILD_DIR=$dir/$builddir
978      #  Check to see that we have the files  
979      have_files=t      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
980      for i in $FILES ; do          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
         if test ! -r $CODE_DIR/$i ; then  
             echo "Warning: can't read file $CODE_DIR/$i"  
             have_files=f  
         fi  
     done  
     if test "x$have_files" != xt -a "x$MPI" = xt ; then  
         echo "Skipping $dir due to lack of input files (see above warning)"  
981          continue          continue
982      fi      fi
983        
984      #  If we have the $FILES and they differ, copy the $FILES to $BUILD_DIR      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
985      if test "x$have_files" = xt ; then      echo
986          for i in $FILES ; do      echo "Experiment:  $dir"
987              sstr="s|$endings||"      echo
988              name=`echo $i | sed -e $sstr `      unset genmake makedepend make run
989              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
990              RETVAL=$?  
             if test "x$RETVAL" != x0 ; then  
                 cp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name  
             fi  
         done  
     fi  
       
991      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
992      CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
993      mkdir $CDIR      mkdir $rel_CDIR
994      CDIR=`pwd`"/$CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
995            
996      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
997          makeclean $dir/$builddir          makeclean $dir/$builddir
998      else      else
999          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1000              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1001                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1002              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1003              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1004              && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \
1005              && runmodel $dir/$builddir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1006              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir`
1007      fi      fi
1008            
1009      echo      echo
1010      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \      if test "x$ADM" = x ; then
1011          ${run:-N} $results          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1012      echo          echo
1013      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "$fres" >> $SUMMARY
1014          ${run:-N} $results >> $SUMMARY          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1015      echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1016      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1017          ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1018      echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1019      echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1020      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          for ex in $extra_runs ; do
1021      echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1022      echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              for ldir in input.$ex input ; do
1023                    (
1024                        cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1
1025                        ls -1 2>/dev/null \
1026                            | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'
1027                    ) > tr_exrun_links
1028                    (
1029                        cd "$dir/tr_run.$ex"
1030                        cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do
1031                            if test ! "x$i" = x ; then
1032                                test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i
1033                            fi
1034                        done
1035                    )
1036                    test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links
1037                done
1038                ldir=build
1039                (
1040                    cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1
1041                    ls -1 Makefile *.[fFhco] mitgcmuv  2>/dev/null \
1042                        | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'
1043                ) > tr_exrun_links
1044                (
1045                    cd "$dir/tr_run.$ex"
1046                        cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do
1047                            if test ! "x$i" = x ; then
1048                                test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i
1049                            fi
1050                        done
1051                )
1052                test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links
1053                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1054                    && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`
1055                fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1056                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1057                fres="$fres.$ex"
1058                echo
1059                echo "$fres" >> $SUMMARY
1060                echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1061                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1062                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1063                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1064                echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1065            done
1066        else
1067            fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1068            fres=$fres"$results   $dir"
1069            echo
1070            echo "$fres" >> $SUMMARY
1071            echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1072            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1073            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1074            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1075            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1076        fi
1077    
1078        postclean $dir/$builddir
1079            
1080      (      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
         cd $DRESULTS  
         tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1  
         gzip $NDIR".tar"  
     )  
1081            
1082      if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  done
1083          echo "No mail sent"  
1084      else  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1085          $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES  echo $start_date >> $SUMMARY
1086    printf "End time:    " >> $SUMMARY
1087    date >> $SUMMARY
1088    
1089    #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1090    #  to send email using mpack.
1091    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1092        echo "No results email was sent."
1093    else
1094        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1095            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1096                && gzip $DRESULTS".tar" \
1097                && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1098          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1099          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1100              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
1101                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1102                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1103                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1104                echo
1105          else          else
1106              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              echo
1107                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1108                echo "  \"$ADDRESSES\""
1109                echo
1110          fi          fi
1111            test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1112            test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1113      fi      fi
1114    fi
1115    
1116      echo "-------------------------------------------------------------------------------"  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out
1117        rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
     NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  
       
 done  
1118    
1119  rm tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1120        cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
1121        if test -e tr_out.txt ; then
1122            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1123        fi
1124        cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt
1125    fi
1126    
1127  cat $SUMMARY  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1128        rm -rf $DRESULTS
1129    fi
1130    
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